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NGS免疫治疗指标分析丨MSI微卫星是一种短的串联重复序列被称短串连重复(Short T andem Repeats, STRs)或简单重复序列(Simple Sequence Repeat, SSRs), 每单元长度在1～6bp之间由重复单元的构成。
微卫星不稳定性MSI（Microsatellite Instability）是指与正常组织相比，在肿瘤中某一微卫星由于重复单位的插入或缺失而造成的微卫星长度的改变而出现新的微卫星等位基因现象。
MSI在结肠直肠癌中已被广泛证实，其发生机制主要是由于DNA错配修复系统的缺失导致。
在其他类型的癌症中也检测到MSI，包括胃癌，子宫内膜癌，卵巢癌和肝癌。
癌症中检测开发MSI的不同方法需要考虑两个关键因素：首先，仔细选择所使用的微卫星分子标志物，以确保它们对MSI检测具有高度敏感性和特异性。
其次，所使用的分析方法应该能明确鉴定MSI和突变等位基因的基因型。
01癌症中MSI检测和鉴定技术的演变▲图1. 癌症中MSI检测不同方法的概况▲注：（A）聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）,（B）毛细管电泳片段分析（FA）,（C）变性高效液相色谱分析（DHPLC）,（D）高分辨率熔解分析（HRM）,（E）新一代测序（NGS）在电泳后用聚丙烯酰胺凝胶进行银或溴化乙锭染色而不是放射自显影(图1A)。
这种方法费力、耗时，并且具有较低的精度，已被新的方法所取代，将PCR与荧光引物和毛细管电泳相结合，通过使用 DNA测序仪，可以在单碱基分辨率下进行片段分析(图1B), 此工艺已改进，通过多重PCR扩增2-5个微卫星分子标志物，并自动识别等位基因的大小。
这种方法至今仍是MSI检测的金标准。
变性高效液相色谱法（DHPLC）是一项在单链构象多态性 (SSCP)和变性梯度凝胶电泳 (DGGE)基础上发展起来的新的杂合双链突变检测技术，可自动检测单碱基替代及小片段核苷酸的插入或缺失(图1C)。
将工作温度 (柱温 )升高使DNA片段开始变性，部分变性的DNA 可被较低浓度的乙腈洗脱下来。
