iTRAQ定量蛋白质组学资料
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iTRAQTMT技术iTRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation)技术是一种多肽体外标记技术。
该技术采用4-plex或8-plex同位素的标签,通过特异性标记多肽的氨基基团,进行LC-MS/MS分析,可同时比较多种不同样本中蛋白质的相对表达含量。
TMT(Tandem Mass Tag)技术也是一种多肽体外标记的方法,采用2-plex、6-plex或10-plex同位素的标签,通过特异性标记多肽的氨基基团,然后进行串联质谱分析,可同时比较2组、6组或10组不同样品中蛋白质的相对含量。
iTRAQ是由AB SCIEX公司研发的一种体外同重同位素标记的相对与绝对定量技术; TMT技术是由美国Thermo Scientific公司研发的一种多肽体外标记技术。
TMT与iTRAQ试剂在结构和检测原理上基本类似,都是由报告基团、平衡基团和肽反应基团三部分组成。
一、科沿有道服务内容1、服务项目:iTRAQ/ TMT;2、要求:干冰运输(详细要求见样品要求);3、交付:蛋白鉴定及定量结果表、肽段鉴定及定量结果表、差异蛋白结果表、生物信息学分析结果、质谱原始数据、实验报告;4、周期:5-7周。
二、服务流程:iTRAQ/TMT定量蛋白质组学实验的基本流程。
第一步,从样品中提取蛋白。
第二步,对提取后的蛋白样品进行还原烷基化处理,打开二硫键以便后续步骤充分酶解蛋白。
第三步,用Brandford法进行蛋白的浓度测定。
第四步,SDS(十二烷基磺酸钠)-PAGE。
第五步,取等量蛋白Trypsin酶解。
第六步,用iTRAQ/TMT试剂标记肽段。
第七步,将标记后的肽段进行等量混合。
第八步,对混合后的肽段使用强阳离子交换色谱(Strong Cation ExchangeChoematography,SCX)进行预分离。
第九步,通过Orbitrap Fusion Lumos分析鉴定。
中科项目文章蛋白质组学(iTRAQPRM)探讨药物联合治疗胃癌细胞效果和作用机制质谱多组学iTRAQ‑based proteomics analysis of the therapeutic effects of combined anticancerbioactive peptides and oxaliplatin on gastric cancer cellsOncology Reports IF=3.04研究背景胃癌(Gastric Cancer, GC)是最常见的癌症类型之一,也是全球癌症死亡的第二大原因。
胃癌的病因复杂,确切发病机制尚不清楚,由于缺乏有效的临床早期诊断和治疗的肿瘤分子标志物,大多数胃癌患者确诊时已是中晚期,故而导致疗效不佳,死亡率高居不下,患者的5年生存率仅有25%左右。
此外,这些患者有很高的局部复发和远处转移的风险,预后差,存活率低。
因此,胃癌与疾病负担显著相关。
奥沙利铂(Oxaliplatin,OXA)是第三代铂类抗肿瘤药物,以DNA为靶作用部位,铂原子与DNA形成交叉联结,拮抗其复制和转录。
广泛的应用于胃肠道恶性肿瘤的临床治疗。
然而,OXA作为一种化疗药物,使用起来存在一些缺点,长期使用可降低OXA最初的治疗效果,通过提高副作用的风险以及多药物抗性,因此,寻找针对胃癌的新的组合治疗方法成为了研究热点。
抗肿瘤生物活性多肽(ACBP)是用人胃癌细胞免疫山羊,从羊肝脏中分离获得,含有多种肽段,分子量8kDa,包括泛素蛋白酶和脂肪酸结合蛋白。
ACBP不干扰体内正常的生理功能和酶反应。
此前的研究也表明,ACBP具有有效的抑制包括胃癌细胞、鼻咽癌细胞和胆囊癌细胞等多种肿瘤细胞的增殖,具有诱导肿瘤细胞凋亡以及调节患者机体无氧糖代谢等作用。
联合ACBP和低剂量的顺铂可获得与高剂量顺铂治疗同样的治疗效果,有效的降低了顺铂剂量和可能的药物抗性。
然而,ACBP联合OXA抑制增殖,包括凋亡、引起不可逆的MKN-45细胞停滞在细胞周期的G2/M时期。
蛋白质组学定量分析的方法蛋白质组学定量分析是对细胞或组织中的蛋白质进行定量分析的一种方法。
它是研究蛋白质组学的重要手段之一,可以揭示蛋白质的表达差异、功能变化以及相关的生物学过程和疾病机制。
目前,蛋白质组学定量分析的方法主要包括质谱定量法和定量免疫学方法。
质谱定量法是蛋白质组学定量分析的主要方法之一。
它基于质谱技术和同位素标记原理,使用质谱仪对样品中的蛋白质进行定量分析。
目前常用的质谱定量方法包括多重反应监测(MRM)、定量蛋白质鉴定(iTRAQ)和标记蛋白质鉴定(TMT)等。
多重反应监测(MRM)是一种常用的质谱定量分析方法。
它利用质谱仪中的三重四极杆(triple quadrupole)进行分析。
首先,确定待测蛋白质的肽段序列,然后合成同位素标记的肽段标准品作为内标。
接下来,使用质谱仪对待测蛋白质和内标进行质谱分析,测量待测蛋白质和内标的特定肽段的质荷比和峰面积。
最后,通过内标的峰面积和待测蛋白质的峰面积进行定量计算,得到待测蛋白质的表达量。
定量蛋白质鉴定(iTRAQ)是一种基于同位素标记的质谱定量方法。
在iTRAQ 实验中,待测组织或细胞培养基中的蛋白质经过胰蛋白酶消化后,将消化产物用不同的同位素标记。
这些标记反应产物有不同的质量,通过质谱分析可以得到有关各组分的数量比。
通过比较标记反应产物的相对丰度,可以定量分析待测蛋白质的表达差异。
标记蛋白质鉴定(TMT)是一种与iTRAQ类似的同位素标记质谱定量方法。
TMT 实验中,多个待测样品用不同的同位素标记,然后将这些样品混合在一起通过液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)进行分析。
通过质谱分析可以得到不同样品中蛋白质的相对表达量和差异表达蛋白质的鉴定。
定量免疫学方法也是蛋白质组学定量分析的重要方法之一。
相比于质谱定量法,定量免疫学方法具有高灵敏度、高特异性和高通量等优点。
常用的定量免疫学方法包括酶联免疫吸附实验(ELISA)、西方印迹(Western blotting)和流式细胞术(flow cytometry)等。
定量蛋白质组学
定量蛋白质组学是一门研究蛋白质组含量及其变化的学科。
百泰派克生物科技提供基于质谱的定量蛋白组分析服务。
定量蛋白质组学
定量蛋白质组学,就是对一个基因组表达的全部蛋白质或者一个复杂混合体系中所有的蛋白质进行精确的定量与鉴定。
定量蛋白组学是蛋白质组学研究的一个重要分支。
蛋白质的表达水平与生命活动息息相关,因此对蛋白质进行定量分析对阐明蛋白质的生物学功能和细胞的各种生物进程十分重要。
定量蛋白质组学研究技术
现在常用的蛋白质组定量的方法根据定量手段的不同可以分为荧光定量技术、蛋白质芯片技术和基于质谱的定量技术。
荧光定量技术是二维凝胶电泳技术与荧光染色技术相结合的一种技术,运用荧光染料标记蛋白质,在2D胶上进行分离和鉴定,按照荧光强度差异来比较蛋白量的变化。
蛋白质芯片技术是通过蛋白质芯片从待测样品中捕获配体后,利用激光共聚焦显微镜或质谱等检测技术进行蛋白质组定量分析的。
基于质谱的蛋白组定量技术通过比较具有相同离子化能力的蛋白或多肽的质谱峰强弱,可以对它们进行相对定量。
相对于其他技术,该技术不仅可以测定肽序列,而且可以准确定量蛋白质。
目前基于质谱的定量蛋白质组学技术主要分为标记(Label)和非标记的(Label Free)两大类,其中标记的又可分为体内标记(如SILAC标记)以及体外标记(如 iTRAQ、TMT 标记)。
定量蛋白质组学。