定量蛋白质组学操作步骤

第一部分蛋白质组学操作规程一、蛋白质组学样品制备规程（01 ）P1. 双向电泳样品缓冲液选用的基本原则P3. 细胞样品制备（分步）操作规程P4. 细胞总蛋白提取操作规程P5. 螺旋藻组织蛋白质提取方法P6. 嗜热菌蛋白质提取方法P7. TCA- 丙酮沉淀法样品制备操作规程P9. 植物材料可溶性蛋白的双乙法制备流程P10. 动物细胞的样品制备P10. 动物组织的样品制备——胃P11. 肺癌组织样品制备P12. 食管癌样品制备P13. 羊绒/毛蛋白提取P13. 大鼠海马组织蛋白提取P14. 使用Cibacron Blue 3GA Agarose 去除小鼠血浆/血清中的白蛋白P15. E.Coli 样品制备方法P15. 微生物细胞样品制备操作规程P16. 去除血浆/血清中的白蛋白和Ig-GP17. 植物根蛋白提取方法P17. 2D-LC鼠肝样品shotgun消化实验路线P18. 小鼠肝组织蛋白质提取方法P18. 小鼠肝脏亚细胞器蛋白质提取方法（线粒体胞浆微粒体） P25. 人肝蛋白质组织提取方法P27. 人肝脏亚细胞器蛋白质提取方法（线粒体胞浆微粒体）P27. 丙酮丁醇菌蛋白质提取方法（选用嗜热菌蛋白质提取方法） P27. 嗜碱菌蛋白质提取方法（尚在摸索阶段）P27. 脑脊液蛋白质提取方法二、蛋白质定量标准操作规程（02 ）P1. 改良的Bradford 法测定蛋白质含量P3. Lowry 法（DC 试剂）测定蛋白质含量P5. Lowry 法测定蛋白质含量（自配试剂）P7. 安玛西亚定量试剂盒使用方法P8. 利用微板（96 孔板）定量测定蛋白质浓度P9. BIO-RAD PROTEIN ASSAY 使用方法P10. BCA Protein Assay Kit 使用操作规程三、蛋白质电泳及凝胶染色操作规程（03）P1. SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳P3. 固相pH 梯度-SDS 双向凝胶电泳实验操作程序P5. 平衡及SDS-PAGEP7. Western blotting Protocol（辣根标记ECL 显色方法碱性磷酸酶标记显色方法\DAB 等）P8. 考马斯亮蓝染色操作规程P8. 银染操作规程P10. ELISA 操作规程P12. 非变性聚丙烯跣胺蛋白质电泳操作方法P14. 梯度SDS-PAGE 的灌制及电泳四、图象分析软件操作规程（04）1. Phoretix 2D v2003.02 胶图分析软件操作规程2. Imagemaster platinum v5.0 操作指南.pdf五、蛋白质酶解操作规程（05）P1. 有还原烷基化蛋白质消化操作流程P2. 双向电泳考染点无还原烷基化胶内消化操作流程P3. 全蛋白溶液消化操作规程六、蛋白质组培训文档资料（06）1. 双向电泳培训班讲义（bio-rad ）2. 蛋白质电泳实验技术（书---郭绕军）3. GE 双向电泳中文手册七、实验仪器操作规范（07）P1. 超声波细胞破碎仪使用规范P1. 精密电子天平使用注意事项P2. 磁力搅拌器使用注意事项P2. PH 计使用注意事项P3. Ettan Dalt n System 操作规程（Amersham）P4. ETTAN DALT SIX 操作规程（Amersham）P6. 扫描仪使用规范P6. SE600 电泳系统操作规程（Amersham）P7. MINIVE 电泳系统操作规程（Amersham）P7. MP3 电泳系统操作规程（bio-rad）P8. Mp3 PROTEAN DODECA （7 厘米12道系统操作规程,bio-rad）P8. PROTEAN II XI 系统操作规程（bio-rad）P9. PROTEAN PLUS DODECA CELL 系统操作规程（bio-rad）P10. 国产制冰机使用方法P10. 国产恒温干燥箱使用方法P11. 国产脱色摇床使用方法P11. 干胶仪使用方法P11. 国产三孔水浴锅使用规范P11. 进口恒温水浴操作规程P12. HETO 冻干机操作规程P13. 小型低温离心机使用及保养程序八、肽质指纹图数据搜索操作规程（08）九、常用试剂配方表（09）1. 常用试剂配方表.xls2. 几种溶液的配制方法.doc十、质谱学实验方法（10）（1）Agilent LC-MSD 操作流程（01）（2）Autoflex tof 操作流程（02）（肽质指纹图数据搜索操作规程）（3）Ettan TOF 操作流程（03）（4）Finnigan LCQ 操作流程（04）（5）Ultraflex tof/tof 操作流程（05）（6）毛细管反相色谱柱制作流程（06）（7）柱效测试（07）Page 3 of 3。

定量蛋白质组学五种常用蛋白质组学定量分析方法对比。

百泰派克生物科技汇总介绍了五种常见定量蛋白质组学分析方法的优势和特点。

SWATH-MS数据可重复性研究。

SWATH在不同实验室间可重复性的研究。

这个研究统计了全世界11个不同的实验室中使用SWATH鉴定的数据重复度情况。

iTRAQ/TMT标签结构以及相对定量原理详解。

通过标记多组不同样品，iTRAQ和TMT能够同时比对正常组织样品和肿瘤组织样品的蛋白水平差异，以及精准检测肿瘤在发展的不同阶段的蛋白水平变化。

蛋白质定量技术及其在临床研究中的应用。

百泰派克采用高通量质谱平台提供蛋白质定量服务，包括定量蛋白质组学，蛋白质定量技术及其他蛋白质组学相关的服务。

百泰派克生物科技独立仪器分析平台，拥有多年蛋白质定量经验，竭诚为您服务。

蛋白组分析中dda和prm。

DDA和PRM是质谱不同的数据采集模式。

DDA主要用于非靶向蛋白质组学的研究，PRM则用于靶向蛋白质组学的研究。

百泰派克生物科技提供基于质谱的DDA、MRM/PRM和DIA蛋白质组学分析服务。

iTRAQ定量蛋白质组学。

iTRAQ蛋白质组学即iTRAQ定量蛋白质组学，是一种标记定量蛋白质组学，指利用iTRAQ标记技术和质谱技术对蛋白质组进行定量。

百泰派克生物科技提供基于质谱的iTRAQ定量蛋白质组学分析服务。

蛋白互作定量检测。

蛋白互作定量检测指对相互作用的蛋白质进行定量。

百泰派克生物科技提供基于质谱的SILAC与免疫共沉淀质谱联用的蛋白互作定量分析服务，可同时实现互作蛋白质组的定性和定量。

DIA蛋白质组学样品处理步骤。

DIA蛋白质组学指利用DIA技术（如SWATH）对样品中的蛋白质组进行检测分析。

百泰派克生物科技提供基于质谱的DIA蛋白质组学分析服务和蛋白质样品制备服务。

功能蛋白质组学。

功能蛋白质组学是蛋白质组学的一部分，其主要目的是研究蛋白质的功能和生命活动的分子机制。

百泰派克生物科技提供基于质谱的功能蛋白质组学分析服务。

定量蛋白质组学技术随着科技的发展，科学家们逐渐掌握了理解生物组成和生物学过程的能力。

其中最有前景的技术之一就是定量蛋白质组学技术。

那么什么是定量蛋白质组学技术呢？本文将围绕这一问题来介绍这项技术。

一、什么是定量蛋白质组学技术？定量蛋白质组学技术是利用高通量质谱技术分离和分析细胞或组织中存在的蛋白质，同时识别这些蛋白质在不同生物学状态下的表达变化。

通俗地说，它是一种通过观察和比较蛋白质在不同状态下的表达程度，得出蛋白质的功能和进一步的研究方向。

二、定量蛋白质组学技术的实现步骤（1）样本收集和制备首先需要准备样本，样品的采集和样品制备是定量蛋白质组学技术中非常关键的步骤。

正确的样品制备可以确保得到的蛋白质质量和数量的准确性。

这一步骤要求科学家考虑到实验设计、样品提取、洗涤和分离蛋白质的方法等多种因素，以进行比较有价值的定量蛋白质组学分析。

（2）蛋白质的消解和分离在样品制备之后，需要进行蛋白质消解和分离。

消解和分离需要先对蛋白质进行断裂和分离，这可以通过多种不同的方法完成，包括化学方法和生物物理学方法。

（3）质谱分离和检测在进行蛋白质的消解和分离后，需要将其转化为质谱可探测的形式。

这可以通过液相色谱与质谱联用，通过对洗脱色谱的样品进行质谱分离和检测，最后得到蛋白质中的定量信息。

（4）数据分析最后，科学家需要利用数据分析方法来获取蛋白质在细胞或组织中不同生物学状态下的表达变化数据。

这包括统计学分析、峰检测、数据可视化等方法。

三、应用领域定量蛋白质组学技术的应用领域广泛。

它在癌症、心血管疾病、肾脏病、神经疾病和生理学等多个学科领域都有应用。

例如，有研究表明，通过定量蛋白质组学技术可以研究药物作用机制、生物标志物和药物靶标。

在精神类疾病方面，也有相关研究表明，在慢性使用大麻后，定量蛋白质组学技术可以检测出相关蛋白质的变化，这些变化与记忆和认知功能的损害有关。

总的来说，定量蛋白质组学技术在许多生物学和医学领域都有广泛应用，可以帮助科学家更好地了解细胞和组织的生物学功能和疾病发展机制，并为开发新药和治疗方案提供更精细的信息。

蛋白质组学定量分析首先给出蛋白质组学的定义：研究各种蛋白质在生命过程中功能与相互作用规律的分子生物学技术，是近年来发展迅速的生物化学新领域。

蛋白质组学（ pro）是从蛋白质组或蛋白质组相关数据库提取、处理、组装和解析蛋白质组信息的技术。

最终通过相关数据库解析蛋白质组相关知识的蛋白质组学知识体系和结构模式的过程。

蛋白质组学基于生物信息学（ bioinformatics）的基本原理和方法，充分利用生物大数据库对蛋白质组进行准确和可靠的定量研究。

为什么要定量分析呢？我们知道生命过程的基本单位是细胞，而细胞是由不同的组成部分构成，这些不同组成部分叫做“组分”。

细胞内的“组分”在合适的条件下会有一些生命活动，如吸收营养、产生能量、控制物质运输等，就好像人类说话吃饭走路一样，不同的“组分”对应了不同的工作；但是没有这个“组分”也就没有任何工作，人的肌肉组织无法收缩。

因此细胞是生命的基本单位，蛋白质是生命活动的基本材料，蛋白质的生命活动决定细胞生命活动的基本特性，即功能特性。

所以，蛋白质的功能是通过与细胞膜上特定组分结合实现的。

在正常情况下蛋白质与“组分”的结合是随机的，当外界条件改变时，蛋白质与“组分”的结合就会出现异常。

比如缺少某个“组分”或“组分”突然失去活性，就会引起疾病，甚至导致死亡，因此蛋白质是细胞正常功能的重要保证。

那么，蛋白质组学定量分析能帮助我们解决哪些问题呢？ 1。

了解蛋白质组的基本状况，为药物设计提供参考。

2。

探索蛋白质组多样性的分布规律及影响因素。

3。

挖掘蛋白质组学与代谢组学间的联系。

4。

阐明蛋白质组学研究中存在的局限性及未来发展方向。

蛋白质组学定量分析主要是针对蛋白质定量分析，这里就包含三个方面：一是蛋白质组总体上的蛋白质定量分析；二是蛋白质组层次上的蛋白质定量分析；三是在具体研究中的蛋白质定量分析。

下面具体讲一下前两者：第一是蛋白质组总体上的蛋白质定量分析，主要指的是将一个具体的蛋白质组中的所有蛋白质都检测出来，再把这些蛋白质的序列进行分析，以获得更详细的信息。

prm定量蛋白质组学引言：蛋白质是生物体中功能最为复杂和多样的分子之一，对于生命的正常运作起着至关重要的作用。

为了深入了解蛋白质的功能和调控机制，科学家们开展了大量的研究工作。

其中，定量蛋白质组学是一种重要的研究手段，可以用来研究蛋白质的定量变化，并揭示蛋白质在生物体内的功能和调控。

一、定量蛋白质组学的概念及原理定量蛋白质组学是一种基于质谱技术的方法，可以对生物体内蛋白质的定量进行研究。

其原理是通过将复杂的蛋白质混合物进行消化、分离和定量，然后使用质谱仪进行蛋白质的定量分析。

通过比较不同样本之间蛋白质的表达水平差异，可以发现与生物体功能和疾病相关的蛋白质。

二、prm技术在定量蛋白质组学中的应用prm（Parallel Reaction Monitoring）是一种高通量的质谱定量方法，可以用于同时定量分析数百到数千个蛋白质。

prm技术通过选择性地监测特定蛋白质的特定肽段进行定量，具有高灵敏度、高准确性和高通量的优点。

在定量蛋白质组学中，prm技术可以用来研究不同条件下蛋白质的表达变化，从而揭示蛋白质在生物体内的功能和调控机制。

三、prm定量蛋白质组学的优势和挑战相对于传统的定量蛋白质组学方法，prm定量蛋白质组学具有许多优势。

首先，prm技术可以实现对大规模蛋白质的定量分析，可以同时研究多个蛋白质，从而提高研究效率。

其次，prm技术具有高灵敏度和高准确性，可以检测到低丰度的蛋白质，并准确地定量其表达水平。

然而，prm定量蛋白质组学也面临一些挑战，如数据分析的复杂性和样本处理的标准化等问题，需要科学家们进行不断的探索和改进。

四、prm定量蛋白质组学的应用领域prm定量蛋白质组学在许多生命科学领域都有广泛的应用。

例如，在疾病研究中，prm技术可以用来研究疾病的发生机制和进展过程，从而发现新的治疗靶点和药物。

在药物研发中，prm技术可以用来研究药物的作用机制和药效评价，从而提高药物的研发效率。

此外，prm定量蛋白质组学还可以应用于食品安全、环境污染等领域的研究。

4D-DIA定量蛋白质组学4D-DIA定量蛋白质组学是一种新兴的高通量质谱技术，其结合数据独立采集（DIA）策略与四维（4D）分离技术，将蛋白质进行酶切和液相色谱分离，然后通过质谱仪对其进行检测和鉴定，实现高通量、高灵敏度的对生物样本中的蛋白质进行定量分析。

4D-DIA应用广泛，包括生物医学研究、疾病诊断、药物研发等领域。

通过对蛋白质组的深度分析，有助于揭示生物学过程、发掘潜在生物标志物及研究药物靶点，促进科学研究与临床应用的突破。

百泰派克生物科技4D-DIA定量蛋白质组学的一般流程。

1.样本准备：从生物样本中提取蛋白质，进行纯化和浓缩。

2.蛋白质酶解：蛋白质样本用酶（如胰蛋白酶）进行酶解，产生肽段。

3.肽段分离：采用高效液相色谱技术对肽段进行分级分离。

4.质谱分析：将分离后的肽段引入质谱仪进行四维数据独立采集（DIA）分析，包括保留时间（retention time）、质荷比（m/z）、离子强度（intensity）及离子淌度（mobility），采集质谱数据并进行质谱图谱匹配。

5.数据处理与定量分析：通过质谱数据库搜索，对质谱数据进行肽段鉴定和蛋白质定量。

4D-DIA定量蛋白质组学的技术优势。

1.高通量：4D-DIA技术能够同时分析大量的样本，比如上千个蛋白质样本，这可以大大缩短实验周期，提高实验效率。

2.高准确性：4D-DIA技术采用高灵敏度、高分辨率的质谱仪进行蛋白质的定量分析，具有较高的准确性和可靠性，可以有效避免误差和漏测现象。

3.全覆盖性：4D-DIA技术能够分析样本中几乎所有的蛋白质，而不仅仅是某些特定的蛋白质。

4.数据可重复性：4D-DIA技术生成的数据具有很高的重复性和可重复性，可以保证实验结果的稳定性和可信度。

4D-DIA定量蛋白质组学的主要应用。

1.功能蛋白组学研究:探索蛋白质的结构、功能及相互作用，为生物科学领域提供重要的理论基础。

2.蛋白质修饰研究：蛋白质的修饰可以影响其功能和调控作用，4D-DIA定量蛋白质组学可以用于研究各种不同类型的蛋白质修饰，例如磷酸化、乙酰化、甲基化等。

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SILAC（Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture）是一种定量蛋白质组学方法，利用稳定同位素标记氨基酸在细胞培养中进行蛋白质定量研究。

以下是SILAC定量蛋白质组学的基本原理和步骤：
1. 原理：
-SILAC利用稳定同位素标记前体氨基酸替代细胞培养基中的天然氨基酸。

-在不同条件下，分别使用含有正常氨基酸和稳定同位素标记的氨基酸的培养基培养细胞。

-标记的氨基酸会在细胞内代谢成稳定同位素标记的蛋白质。

2. 实验步骤：
-细胞培养：将细胞分成两组，一组在正常氨基酸培养基中培养，另一组在稳定同位素标记的氨基酸培养基中培养。

-细胞提取：收集培养的细胞，并提取蛋白质。

-混合和消化：将两组样品的蛋白质混合，并进行消化，一般使用胰蛋白酶将蛋白质消化成肽段。

-肽段分离：使用液相色谱等技术分离肽段。

-质谱分析：使用质谱仪进行肽段的定性和定量分析。

3. 数据分析：
-利用质谱数据分析软件对得到的质谱数据进行解析和比较。

-通过计算同位素标记和未标记肽段的峰面积比例或峰高比例，实现不同样品中蛋白质的定量比较。

-根据定量结果，进一步分析差异表达蛋白质在功能和通路上的富集和变化。

SILAC定量蛋白质组学方法具有高准确性和灵敏度，适用于研究细胞生物学、疾病研究和药物筛选等领域。

它可以提供关于差异表达蛋白质的定量信息，促进对蛋白质功能和分子机制的深入理解。

解码生物药物的隐秘密码：4D非标记定量蛋白质组学的前沿技术与应用生物药物的研发和应用一直是现代医药领域的重要课题，而蛋白质作为生物药物的关键组成部分，其特性和定量分析对于药物研究和开发具有重要意义。

近年来，4D 非标记定量蛋白质组学技术的发展为我们解码生物药物的隐秘密码提供了新的工具和方法。

一、什么是4D非标记定量蛋白质组学技术？。

1.1 蛋白质组学的概念和基本原理。

蛋白质组学是研究生物体内所有蛋白质在一定条件下的表达水平、相互作用以及功能的综合科学。

它基于质谱技术，通过对蛋白质样本进行消化、质谱分析和数据处理，实现对蛋白质组的全面分析和定量。

1.2 4D非标记定量蛋白质组学技术的定义和特点。

4D非标记定量蛋白质组学技术是一种基于质谱的蛋白质组学方法，通过对样品中不同时间点、不同条件下的蛋白质进行定量分析，实现对蛋白质组动态变化的观察和解析。

其特点包括高灵敏度、高通量、高精确度和高时空分辨率等。

图1。

二、4D非标记定量蛋白质组学技术的关键步骤。

2.1 样品制备与前处理。

样品制备是4D非标记定量蛋白质组学技术的关键步骤之一，包括蛋白质提取、样品净化和富集等。

这些步骤的选择和优化对于后续的质谱分析和定量结果具有重要影响。

2.2 蛋白质消化和肽段分离。

蛋白质样品经过酶切消化后产生的肽段是进行质谱分析和定量的主要对象。

常用的消化酶包括胰蛋白酶和内切酶等。

肽段的分离可以通过液相色谱技术实现，以便进行后续的质谱分析。

2.3 质谱分析和数据采集。

质谱分析是4D非标记定量蛋白质组学技术的核心步骤，常用的质谱技术包括液相色谱-质谱联用（LC-MS/MS）和高分辨质谱等。

在质谱分析过程中，需要对样品进行分离、离子化和碎裂，然后通过质谱仪器进行检测和记录。

2.4 数据处理与定量分析。

数据处理是4D非标记定量蛋白质组学技术中不可或缺的步骤，包括峰提取、峰匹配、定量标准建立和结果统计等。

通过对质谱数据的处理和分析，可以获得蛋白质的定量信息和差异表达分析结果。

蛋白组学deep方法【实用版3篇】《蛋白组学deep方法》篇1蛋白组学（proteomics）是一门研究蛋白质的学科，而deep方法则是一种深度学习的方法，可以用于蛋白质组学的研究。

在蛋白组学中，deep方法通常用于蛋白质表达谱的分析，即通过分析生物体内不同组织和细胞中的蛋白质表达谱，来了解蛋白质在生物体内的分布和功能。

具体来说，deep方法通常包括以下步骤：1. 数据预处理：对原始的蛋白质表达谱数据进行预处理，包括去除噪音、归一化、标准化等操作。

2. 数据特征提取：通过对原始数据进行分析，提取出有效的蛋白质表达谱特征，如差异表达蛋白、互作蛋白、差异修饰蛋白等。

3. 数据特征表示：使用深度学习模型对提取出的特征进行表示，例如使用卷积神经网络（CNN）对蛋白质二维聚类图进行自动提取，并进一步识别新的生物学实体。

4. 模型优化：对提取出的特征进行优化，例如使用深度学习模型对蛋白质二维聚类图进行自动提取，并进一步识别新的生物学实体。

5. 模型评估：对提取出的特征进行评估，例如使用深度学习模型对蛋白质二维聚类图进行自动提取，并进一步识别新的生物学实体。

《蛋白组学deep方法》篇2蛋白组学（proteomics）是蛋白质的定性（identification）和定量（quantitation）分析。

在质谱测序（MS）之后，需要进行蛋白质鉴定、序列信息获取、定量以及蛋白质亚细胞定位、翻译后修饰等的分析。

深度学习方法在许多领域得到了广泛的应用，包括蛋白质组学。

深度学习方法，例如卷积神经网络（CNN）和循环神经网络（RNN），已被用于蛋白质二级结构预测、蛋白质二级结构识别、蛋白质二级结构预测、蛋白质翻译后修饰识别和蛋白质相互作用识别等。

对于蛋白质组学的研究，深度学习方法具有以下优势：1. 自动特征选择：深度学习自动学习数据中的特征，无需手动选择特征。

2. 强大的非线性建模能力：深度学习可以处理复杂的非线性问题。

3. 强大的并行处理能力：深度学习可以同时处理多个样本，大大提高了处理速度。

定量蛋白质组学定量蛋白质组学hplc2-液色迷人蛋白质组学研究的核心内容是蛋白质的动态变化和动态行为，即蛋白质的动态表达、动态定位、动态修饰和动态相互作用等，最终的研究目的是以大规模的尺度研究细胞内蛋白质的功能，这种研究要走向成熟必然要脱离对蛋白质的简单鉴定，实现对蛋白质的表达水平及其存在形式变化的检测。

因此，定量技术应该说是整个蛋白质组学的精华部分。

而这种定量通常不必是检测蛋白质在细胞内的绝对含量，而只需对其相对含量进行定量即可。

目前，蛋白质组研究中应用的比较成熟和可信的定量策略和方法主要有两种。

一种是基于传统双向凝胶电泳及染色基础上的定量，另外一种是基于质谱检测技术的定量。

1、基于双向凝胶电泳及其染色的蛋白质组学定量技术建立在传统的双向凝胶电泳和染色基础上的定量方法，通过比较不同胶上蛋白质点的染色强度来进行相对定量。

现有的染色方法包括银染、考马斯亮蓝染色，还有最新的荧光燃料。

染色在显示蛋白质的存在的同时，还提供了其表达水平的信息。

传统的双向凝胶电泳（Two-dimensional electrophoresis，2-DE）技术由O’Farrell和Klose等人于1975年建立。

第一向为等电聚焦（Isoelectrofocusing，IEF），使蛋白质根据等电点不同进行分离，第二向为SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-polyacrylamide gel electrophoresis，SDS-PAGE），即将等电聚焦后的胶条放在SDS-PAGE上再根据蛋白质分子量不同进行电泳分离。

由于具有高分辨率的特点，双向凝胶电泳在蛋白质组学的研究当中始终占据着重要的地位。

现在的双向凝胶电泳技术第一向利用固相pH梯度（Immobilized pH Gradient，IPG）等电聚焦技术，具有上样量大、分辨率高、重复性好等优点，并且可以提供蛋白质的等电点（pI）和分子量（MW）数值信息，有助于蛋白质的鉴定，而且双向凝胶电泳胶上常见的isoform多是蛋白质翻译后修饰的结果，对于这些蛋白质点的分析有助于了解对蛋白质功能影响重大的翻译后修饰。

定量蛋白质组（quantitative proteomics）是把一个基因组所表达的全部蛋白或者是一个复杂体系所有的全部蛋白进行鉴定和定量的方法。

蛋白质组丰度的动态变化对各种生命过程都有重要影响。

例如在许多疾病的发生和发展进程中，常常伴随着某些蛋白质的表达异常。

发展至今，传统的基于双向电泳的2D和2D-DIGE技术正在逐渐被基于NanoLC-MS/MS的液质联用技术取代；后者需要的样品量更少（25ug蛋白），灵敏度更高（ng级），通量也更高（一次分析可以鉴定和定量超过5000种蛋白）。

定量蛋白质组学常见技术如iTRAQ/TMT、Label Free、三类定量方法，百泰派克均可为您提供服务。

在这里我们给大家简要介绍一下这三种定量蛋白质组学方法：iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技术分别由美国AB Sciex公司和Thermo Fisher公司研发的多肽体外标记定量技术。

该技术采用多个（2-10）稳定同位素标签，特异性标记多肽的氨基基团进行串联质谱分析，能够同时比较多达10种不同样本中蛋白质的相对含量，可用于研究不同病理条件下或者不同发育阶段的组织样品中蛋白质表达水平的差异。

分析原理iTRAQ/TMT标签包括三部分，如下图：1. 报告基团（reporter group）：指示蛋白样品丰度水平。

2. 平衡基团（balance group）：平衡报告基团的质量差，使等重标签重量一致，保证标记的同一肽段m/z相同。

3. 肽反应基团（amine-specific reactive group)：能与肽段N端及赖氨酸侧链氨基发生共价连接，从而标记上肽段。

来自不同样品的同一肽段经试剂标记后具有相同的质量数，并在一级质谱检测（MS1）中表现为同一个质谱峰。

当此质谱峰被选定进行碎裂后，在二级质谱检测（MS2）中，不同的报告基团被释放，它们各自的质谱峰的信号强弱，代表着来源于不同样品的该肽段及其所对应的蛋白的表达量的高低。

百泰派克生物科技
DIA定量蛋白质组实验步骤
DIA（Data independent acquisition）是基于静电场轨道阱Orbitrap质谱的一项全新的、全息式数据非依赖性采集定量技术。

DIA定量蛋白质组学分析即采用DIA
数据采集模式对特定质量区间内的所有肽段母离子进行二级质谱检测，并结合高质量肽谱图库对扫描的所有母离子的碎片信息进行蛋白质组学分析。

采用DIA进行蛋白质分析无需指定目标肽段，且其扫描点数均匀，利用谱图库即可实现定性确证和定量离子筛选，并可实现数据回溯。

因此，DIA技术更适合于大样
本量、复杂体系的蛋白检测。

DIA定量蛋白组技术大致流程为：样品蛋白抽提与纯化、目标蛋白酶解、肽段分离、质谱检测以及数据分析。

需对样品进行传统的较高深度的DDA数据采集，构建一个尽可能齐全的高质量肽段的谱图库（Spectral Library）。

然后根据谱图库进行
DIA数据采集，数据采集时需要确定一个合理的保留时间窗口，以避免选择错误的
色谱峰，采集过程中对窗口内的所有肽段都进行二级碎裂，并采集相应高分辨率的二级谱图。

百泰派克生物科技采用AB SCIEX Triple-TOF 5600 plus高分辨质谱系统提供DIA
定量蛋白质组学分析服务，其具有快速扫描速度和串联四极杆质谱系统的定量灵敏度能力，集质谱系统的高分辨、准确质量数稳定性、高灵敏度和高速度扫描特点于一身。

您只需要将样品寄出，我们将负责项目后续所有事宜，包括蛋白提取、蛋白酶切、肽段分离、质谱分析、质谱原始数据分析、生物信息学分析。