武汉大学 侯华 分子模拟实验报告 1分子优化
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一、优化常见分子
1.084
1.365
1.785
0.943
1.398
0.942
1.088
1.182 1.322
1.184 1.527
1.316
1.212
二、水的二聚体
HF/6-31 -95409.0
-95651.6
-95871.6
-110.4
三、收获与感想
1.实验结果
C-H键长约为1.08 Å,O-H键长约为0.94 Å,C=O键长约为1.18 Å,C-F键长约为1.37 Å,C-Cl键长约为1.79 Å,碳碳单键约为1.53 Å,碳碳双键约为1.32 Å,碳碳三键约为1.21 Å,等等。
水的二聚体实验结果为氢键长度O-O大约为 2.9~3.0Å;氢键强度D~5.0 kcal/mol。HF/6-31++G(d)方法的计算结果与实验数据最接近。
2.理论方法
在求解Hartree-Fock-Roothaan方程时,可以把分子轨道向某一基组(basis set)展开,从而把非线性的微积分方程转化为一组代数矩阵方程,简化计算过程。3.模拟技巧
建模要迅速采用最简便的方法,不要浪费太多时间。本次实验都是简单分子,都可以采用分子式输入直接建模法。水的二聚体建模,可以直接输入两个水分子,灵活运用shift键,调整好两个水分子之间的距离(1.8 Å左右)以及取向,右键勾选显示氢键,即可。
每次计算之前都要检查一遍设置选项,特别是五个重要选项,以免运行错误。
文件以及截图保存的文件名命名需要有序且注明内容。可采取数字编号+分子式的格式。以免需要再次打开时难以寻找。