里白科植物的系统发育和分歧时间估计——基于叶绿体三个基因序列的证据古生物,49(1):64—72(2010年3月)ActaPaiaeont010gicaSinica,49(1):64—72(March,2010)里白科植物的系统发育和分歧时间估计基于叶绿体三个基因序列的证据李春香D陆树月4马俊业u杨群"1)现代古生物学和地层学国家重点实验室,中国科学院南京地质古生物研究所,南京210008,**************.ell2)云南大学生态学与地植物学研究所,昆明650091提要里白科(Gleicheniaceae)是古老的真蕨类植物,最早的化石记录可追溯到石炭纪.现存类群的属级分类和系统演化关系一直存在很大的分歧,为了进一步探讨该类群的起源演化,文中运用最大简约法和贝叶斯演绎方法对18种代表现存里白科植物全部6属(包括新测的12种)的叶绿体3个编码基因序列(atpB,rbcL和rps4)进行分析,探讨其主要分类群(属级)的系统演化关系.结果显示,里白科植物为一个单系群,由3个分支构成:里白属(DiplopterygiumNakai)和Gleicheniajaponica构成一个分支;芒萁属(DicranopterisBernh.)和Gleichenellapec—tinata构成另一个分支;假芒萁属(SticherusC.Pres1)与单种属StromatopterisMettenius及Gleicheniadicarpa构成第三个分支.用宽松分子钟方法推测里白科主要类群的起源时间为:现代里白科植物起源于早白垩世(111--140Ma),其主要分支类群随后发生多样性分化,里白属和芒萁属的快速辐射演化均发生在古近纪(4O一64Ma,36—50Ma).起源时间的估算结果暗示化石种三叠里白Dz0声fPrg","triassica不应归入现代里白属,其归属需要重新考虑.关键词里自科叶绿体基因系统发育起源时间化石记录现代里白科(Gleicheniaceae)主要分布于热带及亚热带地区,多数种类为多年生的藤本植物.该科植物的系统演化关系一直存在很大的分歧.首先,关于新卡里多尼亚(NewCaledonia)的单种属StromatopterisMettenius的系统位置存在争议, PichiSermolli(1977),Tryon和Tryon(1982)将其单独列立一科,而Nakai(1950),Holttum(1959), Bierhorst(1968),Kramer和Gteen(1990)都将其置于里白科内.植物化学(Wallaceeta1.,1983)和分子系统学研究(Pryereta1.,2004;Schiettpelz andPryer,2007)支持将其置于里白科内.其次,该科在属级分类上一直存在很大分歧,在很长的一段历史内曾经被认为是单属科,即全部种类都置于GleicheniaJ.E.Simth下(吴兆洪,秦仁昌,1991);后来不同的学者才将其划为不同的属,但属的划分却存在很大分歧(见表I).目前,PIatyzomaR.Brown已经被置于凤尾蕨科Pteridaceae(Tryon andTryon,1982;KramerandGreen,1990);Hic—riopterisC.Presl(Chin,1940;秦仁昌,1959)应为DiplopterygiumNakai(Holttum,1959;Zhang,2004),这里采用Diplopterygium(SmithetZ.,2006);而CalymellaPresl—Gleichenia; GleicheniastrumPresl=Gleichenia(Kramerand Green,199O).目前,多数学者承认Dicranopteris Bernh.,DiplopterygiumNakai,GleicheniaJ.E.Simth,SticherusC.Presl和StromatopterisMettenius,但对GleichenellaChing还存在争议.Gleichenella由秦仁昌(1940)建立,后来被置于芒萁属(Holttum,1973;TryonandTryon,1982;KramerandGreen,1990).近来的研究又将其作为单独的属对待(Pryereta1.,2004;Smitheta1.,2006;SchiettpelzandPryer,2007).本文受采样的限制主要考虑中国的里白科植物(吴兆洪,秦仁昌,1991),同时参照Kramer和Green(1990)及最收稿日期:2009—06—05中国科学院知识创新工程重要方向项目(KZCX2一YwJClO4,KZCX2一Yw一155),国家自然科学基金(40972001),现代古生物学与地层学国家重点实验室项目和中国科学院国家外专局国际伙伴合作计划联合资助.第1期李春香等:里白科植物的系统发育和分歧时间估计~—基于叶绿体三个基因序列的证据65新分类系统(Smitheta1.,2006)中的里白科概念(表I),并结合现有Gleichenellapectinata和Gleic'henia的序列资料(Pryereta1.,2004)进行分子系统学分析.Pryer等(2004),Schiettpelz和Pryer(2007)的研究为进一步探讨里白科的系统发育提供了重要线索和基础,他们的研究已经包括最新分类系统们所分析的每一属只有一种(后者包括两种假芒萁Sticherus),因此对属级的系统演化问题难以回答.由此有必要通过增加分类群的方法来研究这一类群的系统演化问题.另外,由于化石种三叠里白(Hi—criopteristriassicaDuanPfChen,这里采用Di一lopterygiumtriassica)的系统位置存在争议(杨小菊,2002),我们尝试用分子钟估测方法对其起源时(Smithet.,2006)中里白科的所有6属,但是他问进行推测,为其归属提供参考.表I里白科的属级分类GenericClassificationofGIeicheniaceae1材料与方法1.1实验材料材料为新鲜叶片,采集后迅速在硅胶中干燥,带回实验室进行DNA提取及序列分析.凭证标本保存在云南大学标本馆(PYU)和在实验室.标本信息详见表Ⅱ.1.2序列测定总DNA提取总DNA提取采用改进CTAB方法(Doyleand Doyle,1987;施苏华等,1996).引物的设计依据Pryer等(2004)的研究,我们选取叶绿体基因组的3段基因序列(atpB,rbcL和rps4):扩增rbcL基因所用引物根据Iittle和Barrington(2003) 设计,但其序列略作修改,具体序列见Li等(2004) 的文章;扩增rps4基因序列的引物参照Hennequin 等(2003)设计,但其序列改为F:5'ATGTCCCGT TATCGAGGACC3';R:5'GGAA TGA TA CTCGACGACTAG3';扩增atpB基因序列的引物参照Pryer等(2004)设计,但其序列调整为F:5' AGCTTCATCGA TGI2rACC3;R:5'GTT GGTGAAACTACTCTTGG3'.PCR扩增扩增反应在PerkinElmerGeneAmpPCRSys—tern9600上进行.反应体积为50ffl,成分为:2ffl DNA模板(约2ng,由GelDoc图像分析仪测得), 2.5mmol/LMgCl2,0.2mmol/LdNTPs,1Xbuff—er,0.25ffmol/L引物,1ffg/fflBSA,5%DMSO.3个基因片段扩增程序中的预变性和最后延伸步骤均为94℃,5min和72.C,7rain.扩增3个DNA片段均进行4O次循环,其中变性温度及时间均为94℃, 0.5min,但退火和延伸的温度及时间各不相同,分别为42|c,1rain;72.C,1.5min(rbcL片段);56.C,1min;72℃,0.5min(rps4片段);52C,lmin;72℃,1.2min(atpB片段).扩增产物经0.8%琼脂糖电泳后用GelDoc图像分析仪观察.对于PCR反应特异性高,无明显非特异反应条带的扩增产物,用WizardPCRDNAPurificationSystem(Promega)直接纯化;对于有明显非特异反应的PCR产物,先以低熔点琼脂糖凝胶电泳分离并割取目标片段,再用上述纯化系统进行纯化,均按照其说明书上的步骤进行操作.序列测定66古生物第49卷序列用ABI377DNA自动测序仪(AppliedBi—osystems,USA)测定,分别用扩增引物从3'一5和5'一3'进行测序,对于rbcL片段,除了扩增引物外, 内部引物424F和940R(LittleandBarrington, 2003)也用于测序.序列数据已输入美国生物信息中心(NCBI)的基因库中(GenBank),序号见表Ⅱ. 1.3序列分析用CLUSTALX软件(Thompsonet口.,1997)进行对位排列.对位排列后的序列分别用PAUP4.0bl0(Swofford,2003)中的最大简约法(MaximumParsimony,MP)和MrBayesv3.1.2 (RonquistandHuelsenbeck,2003)中的贝叶斯演绎法(BayesianInference,BI)构建系统树.MP采用启发式搜索方法(Heuristicsearch),1000次随机序列加入,TBR(TreeBisectionReconnection)枝长交换,MULPARES和ACCTRAN优化,所有核苷酸等权,空位(gap)作为缺失(missing)状态分析.采用500次抽样自展(bootstrap)分析评估系统树各分支的支持率.在用BI构建系统树之前,先用MrModeltest2.0(Nylander,2004)软件获得最适合本研究序列矩阵的核苷酸替代模型及相关参数. BI采用MCMCMC(Metropolis—coupledMarkov ChainMonteCarlo)算法,以随机树为起始树,运行1000000代,每100代取样1次,开始的5000个样本作为老化样本(burn—insamples)舍弃.采用分划同质性检验(partitionhomogeneitytest)(Farriset az.,1995)评价序列联合分析的可靠性.在构建系统树时,根据Pryer等(2004)和Hasebe等(1994, 1995)构建的系统树,以Matoniapectinata,Chei—ropleuriabicuspis和Dipterisconjugata作为外类群.1.4分歧时间的估算首先采用PAUP4.0bl0对各基因序列进行独立和联合的似然值比率检验(LikelihoodRatio Test,LRT,Felsenstein,1988),即用MrModehest2.0(Nylander,2004)软件获得最适合各个序列矩阵的核苷酸替代模型及相关参数,将使用和不使用分子钟假设所得到的最大似然值(Loglikelihood)之差乘以2,用方差分析检验其显着性(y检验).由于数据不符合分子钟假设,用MuLTIDIVTIME中的宽松分子钟(Relaxedclockmolecular)方法进行分歧时间估算(ThorneandKishino,2002).用MULTIDIVTIME方法进行分歧时间的估测包括3 个步骤.首先,用PAML3.15中的baseml程序(Y ang,1997)对数据进行替代模型的检验,获得替代模型系数(F84+G,5个速率分布模型).其次,根据每个数据所获得的系统树拓扑结构,用MUL- TIDIVTIME中的estbranches程序估测数据的分支长度以及它们的方差一协方差矩阵.最后,我们利用MULTIDIVTIME程序进行各个类群分歧时间估算.MULTIDIVTIME需要用化石记录作为限制点或控制点(constraint),我们以Stromatop—teris作为控制点(插图1,R节点,化石记录为89 MA)(Pryereta1.,2004).MULTIDIVTIME中的Markov链运行10代,每100代取样一次,产生总共10000个树,Markov链第一次取样前的1000 个树为老化(burn—in)样品舍弃.2结果2.1系统发育关系新测定的12种里白科植物的叶绿体atpB,rbcI和rps4基因序列的GenBank收录号见表Ⅱ.结合已经发表的里白科植物及其近缘类群的相应基因序列(表Ⅲ)进行分析.在对位排列矩阵中,3个基因片段的序列长度,可变位点及所占比例,信息位点及所占比例的情况见表Ⅳ.分别以Matoniapectinata或者DipterisCOn—ugata+Cheiropleuriabicuspis为外类群构建系统树,显示MP和BI系统树的拓扑结构完全一致,只在分支支持率上存在差异.本文只显示以Matonia pectinata为外类群所构建的系统树.其中用MP方法所获得系统树的数目(Numberoftrees),树长(Treelength),一致性指数(Consistencyindex,CI)和存留指数(Retentionindex,RI)见表Ⅳ.系统发育分析支持里白科为一个单系群,无论是MP的抽样白展值(Bootstrapvalue,BS值),还是贝叶斯分析的后验概率(PosteriorProbabilityvalues,PP值)均为100.这里所分析的里自科所有种类构成3个支系:较早分化出来的支系由假芒萁(Sticherus),单种属Stromatopteris和一种Gleichenia(G.di—carpa)构成(这里称SSClade,插图1);所有的里白种类(Diplopterygiurn)和另一种Gleichenia(G.japonica)聚成一支系(这里称DiplopterygiumClade,插图1);所有芒萁种类(Dicranopteris)和Gleichenelliapectinata聚成另一支系(这里为Di-第1期李春香等:里白科植物的系统发育和分歧时间估计——基于叶绿体三个基因序列的证据67cranopterisClade,插图1).其中后两个支系的支持率(无论BS值,还是PP值)均较高,达到9O%以上.对于SSClade而言,用联合序列数据构建的系统树的BS值和PP值均为100,但单独的序列分析中除了r6cL和rps4贝叶斯分析的PP值较高(100%)外,其他单独的序列分析的统计支持率均较低.表Ⅱ本文用于序列测定的样品及相关信息Sampletaxausedinsequenceanalysisandtheirinformation2.2速率检验和分歧时间推测LRT结果显示里白科植物的atpB,rbcL,rps4和3个基因片段联合序列的演化速率均拒绝分子假设(表Ⅳ).因此.我们用宽松条件下的分子钟估测分歧时间.结果显示:现代里白科植物起源于早白垩世(表,1和插图1,Gleicheniaceae.节点E1,111140Ma).其主要分支类群随后发生多样性分化(表,1和插图1,节点E2,84—113Ma);里白属(表,和插图1,Diplopterygium,节点E3,40—64Ma)和芒萁属(表Y和插图1,Dfr&Prs,节点E4,36—5OMa)的快速辐射演化均发生在古近纪.3讨论3.1里白科植物的系统演化关系系统发育分析结果显示里白科为一自然类群,里白科应包括产于新卡里多尼亚的单种属Stroma-68古生物第49卷表Ⅲ从基因库下载用于本文系统发育分析的分类群及其DNA序列信息GenBankaccessionnumbersofdownloadedDNAsequencesusedinthisstudy基因库序列号基因库序列号物种GenBankAccessi.nN..物种GenBankAccessionN..SpeciesSpeciesrbcLatpBrps4rbcLatpBrps4c^.p£"6"户uO5607AY612692AY61264GleicheniadicarpaAF313584AF313550AF313559(BI.)C.PreslR.Br.DploYg"聊".ft赶一AY612695AY612657Gf^".,.P.uO5624一一(Hook.)A.R.Sm.Spreng.DicranopterislinearisMatoniapectinataU18626AY612694——UO5634AY6l2704AY612666(Burm.)Underw.R.Br.SticheFHSpalmatusDipterisconjugataReinw.U05620AY612696AY612658AY612684AY216711AY61267 1(Underw.)Cope1.GleichenellapectinataStromatopterisAY612677AY612697AY612659AY612685AY216712AY612674(Willd.)Chingmonili,0rmisMett.E1atoBE29957lOOI.........一100R62■一1O01O0-DipIopterygiumchinensis'DipIopteo'giumsimulans.D.pIopterygiuntblotianq.,JieIopteo'giumglaucum-Dlopteryglumlaevissima.DIopterygiumglaucoides.DfpIopterygiumrH-DipIopterygiumbarteroj?if.Dictattopterisg喈atttea-Diclattopteri,spedataDicranopterisampla.DicranopterislinearisQ7Dicranoptelislinearis~31eichenellapeetinata"SoomatoptetismoniliforntisGleicheniadjcnrPn'SticheruspahnatusSticheru~laevlatusCheiropleuriabicuspisDipterisConiugataMntaniape~'tittata插图1分别基于atpB,rbcL,rps4和3个基因片段联合数据构建的里白科植物系统发育树.分支上方数字为贝叶斯演绎法的后验概率值(×ioo),分支下方数字为简约法1000次重抽样分析自展值,El5,R为分歧时间估算时的估算点和参照点. ThephylogenetictreesofGleicheniaceaeconstructedbasedonatpB,rbcL,rps4,andcombine ddata.Posteriorprobabilityva1ues(×100) ofBayesianinferenceanalysisareshownabovebranches,bootstrapvaluesof1000maximu mparsimonyahalysisreplicatesareshownbelowbranches,El一5,Rarethenodesofmolecularageestimatesandfossilageconstraint.基'I一'''.r一盎∞rr.薯ku一0口一一U∞∞k鱼譬≈kQBlU∞∞第1期李春香等:里白科植物的系统发育和分歧时间估计——基于叶绿体三个基因序列的证据69分子钟假设的似然值比率检验(LRT) LikelihoodratiotestofrateCOnstancytopteris在内.但是系统发育分析结果和传统的属级分类间存在明显的分歧.虽然里白属(Dop£Prg",")的种类形成统计支持率很高的支系,但是其范围需要重新界定.由于Gleicheniajaponica落入Diplopterygium支系内,因此里白属应包含Gleichenia的部分种类;Gleic'henelliapectinata与芒萁属构成一个支系,与芒萁属具有较近的亲缘关系,可以将其置于芒萁属(Holttum.1973;TryonandTryon,1982;KramerandGreen,1990).Gleichenia是多系发生的,所分析的两种Gleichenia并没有聚在一起,而是分别落在两个不同的支系中,这一结果暗示Gleichenia可能不是一个自然的类群,但这只是根据现有资料进行的初步分析,还需要尽量将归入Gleichenia种类进行分析,才能得出结论.另外,假芒萁属(Sticherus)在其形体及分枝图式上与芒萁属(Dieranopteris)极其相似,而系统发生分析的结果显示假芒萁与芒其的关系较远,而与单种属Strom—atopteris和部分Gleichenia种类具有一定的亲缘关系,但是单个基因序列分析的统计支持率并不是很高,还需要进一步研究.系统发育分析和分歧时间估算的结果也暗示里白科生态地理分布上的演化意义.假芒萁,单种属Stromatopteris和Gleicheniadicarpa构成的SS支系均属旧大陆热带分布的种类,属典型的热带属种; 而芒萁(这里包括部分的Gleic'henella)和里白属主要分布于亚热带及热带山地,其起源时间明显晚于SS支系;芒萁属分布的最高海拔达2250in,而里白属的分布的最高海拔达3400m,其起源时间又明显早于芒萁属,由此我们可以推测里白科植物是旧大陆热带起源的一个古老类群.有可能从热带地区扩散到亚热带地区,从高海拔地区扩散到低海拔地区.3.2里白科植物主要分支类群起源时间与化石记录相比较古植物学资料显示里白科是非常古老的植物类群,具有悠久的演化历史,最早的化石记录追溯到石炭纪,在北半球石炭纪和二叠纪地层中常被发现的稀囊蕨(Oligocarpia),我国二叠纪特有的晋囊蕨(C伽s厶ca),根据孢子囊结构及其组成囊群的特点,一般认为是里白科在古生代的代表植物(Tryon andTryon,1982;TaylorandTaylor,1993;Tid—wellandAsh,1994;Wangeta1.,2009).中生代的里白科植物,除了孢子囊及囊群与现代里白科植物一致外,连叶轴那种独具一格的假二歧式分枝的70古生物第49卷特点也都具备,其中最具代表性的为似里白(Gleichenites)(TaylorandTaylor,l993).Wang等(2009)详细地描述了中国从石炭纪到白垩纪和第三纪的里白科植物(27种),但是目前在里白科植物化石中,只有三叠里白(Diplopterygiumtriassica)被归入现代里白属,其化石见于四川的晚三叠世地层(陈哗等,1979,1987),囊群圆形,无柄,无囊群盖,具有4—6个孢子囊,与Gleichenites的囊群构造一致.作者将其归人现代属Dpz0r.yg"m,主要依据羽叶形态,脉序及孢子囊形态特征.由于缺乏更有说服力的解剖学和生殖构造及原位孢子证据, 故对其准确的归属尚有疑问(杨小菊,2002).本文的分歧时间显示,现存里白科的起源时问为1l1 140Ma,即早白垩世晚期,因此可以从分子系统学方面对Diplopterygiumtriassica的归属提供旁证,即分子系统学的证据不支持将该化石种归人现生属, 因为分歧时间的估计显示,现代里白科的起源时间不早于早白垩世晚期,而该化石种的地层记录为晚三叠世.化石纪录表明里白科植物在白垩纪达到繁盛高峰,特别是似里白植物非常发育,在南北半球均有广泛分布(Skog,2001),但是除了有存疑的化石种(Diplopterygiumtriassica)外,未见现代里白属在白垩纪之前出现.本文的分歧时间估计显示现代里白科植物的主要分支的多样性分化繁盛均发生于白垩纪以后,或更晚(里白属和芒萁属的快速辐射演化发生在中新世和渐新世),这与化石记录基本相吻合.致谢中山大学施苏华教授,黄椰林和周仁超博士提供诸多技术和学术意见,中国科学院南京地质古生物研究所王永栋研究员和杨小菊博士提供部分参考文献资料,谨表谢忱.参考文献(References)BierhorstDW,1968.OntheStromatopteridaceae(Faro.nov.)and onthePsilotaeeae.Phytomorphology,18(2):232—268.ChenY e(陈晔),DuanShu—ying(段淑英),ZhangYucheng(张玉成),1979.NewSpeciesoftheLateTriassicPlantsfromY anbian,Siehuan,I.JournalofIntegrativePlantBiology(植物),21(1):57—62(inChinesewithEnglishabstract).ChenY e(陈晔),DuanShu—ying(段淑英),ZhangYucheng(张玉成),teTriassicQinghefloraofSichuan.Botanical Researeh(植物学集刊),2:83158(inChinesewithEnglish abstract).ChingRen-chang,1940.OnthegenusGleicheniaSmith.Sunyatse nia,5(4):269288.ChingRen—chang(秦仁昌),1959.Gleieheniaceae.In:ChienSung—shu(钱崇澍),ChunWoon—yong(陈焕镛)(eds),FloraReipu—blicaePopularisSinicae,2.Beijing:SciencePress.116一l32 (inChinese).ChingRen—chang(秦仁昌),1978.TheChinesefernfamiliesand genera:systematicarrangementandhistoricalorigin.ActaPhy—totaxonomicaSinica(植物分类),16:1—19,16—37(in ChinesewithEnglishabstract).ChristensenC,l938.Filicinae.In:V erdoornF(ed.),Manualof Pteridology.Hague:NijhoffPublishers.522—55O. 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