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载体构建实验方法及步骤载体构建（vectorconstruction）是分子生物学研究常用的手段之一。
依赖于限制性核酸内切酶、DNA连接酶和其它修饰酶的作用，分别对目的基因和载体DNA进行适当切割和修饰后，将二者连接在一起，再导入宿主细胞，实现目的基因在宿主细胞内的正确表达。
实验步骤1.载体选择：根据所要构建的质粒目的的差异以及载体和目标片段的酶切位点分析结果来选择载体。
以Nrf2基因序列：1794bp 为例；2.引物设计：引物设计的目的是将目标片段扩增出来以便与载体连接。
Nrf2pC1EcoR-F：CGGAATTCCGCCACCATGATGGACTTGGAGT TGCCACCNrf2pC1BamH-R：CGGGATCCCTAGTTTTTCTTTGTATCTGGCT TCTTGC3.PCR扩增：以小鼠光感受器细胞cDNA为模板，PCR扩增目的基因，在引物两端分别引入EcoRI和BamHI的酶切位点，1%琼脂糖凝胶回收目的基因DNA条带（1794bp）。
4.载体和目标片段的限制性酶切：质粒载体Plvx-DsRed-monomer-C1和目的基因PCR产物的Ec oRI和BamHI双酶切，酶切反应在37℃水浴反应2h；1%琼脂糖凝胶电泳分别回收质粒Plvx-DsRed-monomer-C1酶切大片段和目的基因酶切片段。
5.连接转化：质粒Plvx-DsRed-monomer-C1 EcoRI+BamHI酶切回收大片段与目的基因连接，连接反应在16℃反应12小时。
取10ul连接产物与100ul DH5a感受态细菌混匀后冰浴30min，42℃热激90s，立即置冰上放置5min,加入预热至室温的700ul LB培养基，37℃恒温摇床培养50min，吸取 200ul的菌液，用移液器混匀后均匀涂布于含100ug /ml Ampicillin抗性的LB平板上，37℃恒温培养箱倒置培养过夜。
6.挑取克隆提质粒验证：挑取5个单菌落接种于含5ml，100μg/ml Ampicillin抗性的LB 培养液中，300rpm，37℃恒温摇床培养过夜，对过夜的菌液进行扩增，选择阳性菌液，用质粒小量提取试剂盒提取质粒，再进行测序验证。
重组蛋白真核表达系统构建流程蛋白质是生物体内具有重要生物学功能的分子，它们由氨基酸组成，对细胞的结构和功能起着重要的调控作用。
在生物科学研究和生物制药工业中，重组蛋白质的生产和表达是一个重要的研究领域。
真核系统是重组蛋白质表达的一个重要平台，它具有许多优点，如能够实现复杂的蛋白修饰和折叠等。
因此，构建真核表达系统是生物科学研究和生物工程应用中的一个重要课题。
一、选取重组蛋白质的编码序列在构建真核表达系统之前，首先需要选取重组蛋白质的编码序列。
这一步骤通常是通过将目标蛋白质的编码基因进行克隆和序列分析来完成的。
在进行基因克隆过程中，需要选择适当的限制性内切酶和载体，构建一个含有目标基因的重组质粒。
同时，对目标基因的序列进行分析可以帮助确定转录和翻译起始位点、信号肽序列、保守结构域等信息，这些信息对于真核细胞的表达和翻译过程具有重要意义。
二、选择适当的真核表达宿主真核表达系统可以选择多种宿主来进行表达，包括哺乳动物细胞、昆虫细胞、酵母等。
在选择表达宿主时，需要考虑到宿主细胞的生长特性、表达能力、蛋白修饰能力等因素。
不同的宿主对于重组蛋白质的表达和折叠能力有所差异，因此需要根据目标蛋白质的性质和需求来选择合适的宿主。
通常来说，哺乳动物细胞系统是真核表达系统中最常用的宿主之一，它具有较高的蛋白修饰和折叠能力，适合用于表达复杂的蛋白质。
三、构建真核表达载体在选择了合适的宿主后，需要构建一个含有目标基因的真核表达载体。
真核表达载体通常包括启动子、转录终止子、筛选标记基因等功能元件。
通过将目标基因插入到表达载体中，可以实现对目标基因的调控和表达。
同时，表达载体还可以包括一些辅助元件，如信号肽、翻译起始位点、融合标签等，以提高重组蛋白质的表达水平和纯度。
四、转染或转化真核细胞在构建了真核表达载体后，需要将其转染或转化到真核细胞中。
转染是指将外源DNA通过化学方法导入到细胞内，而转化则是通过质粒介导的方式将外源DNA导入到细胞内。
基因过表达载体构建方法
基因过表达载体构建听起来很复杂，但其实就像是搭积木一样，有一些基本的“零件”和步骤哦。
咱得先有个载体，这个载体就像是一辆小货车，可以把我们想要过表达的基因运到细胞这个“目的地”。
常见的载体有质粒载体呢。
这质粒载体就像是那种多功能小货车，有很多不同的类型，像pCDNA系列的就很常用。
然后就是要把我们感兴趣的基因弄到手啦。
这基因从哪来呢？可以从细胞里提取出来，就像是从一个装满宝贝的盒子里把我们想要的那个小宝贝（基因）挑出来。
不过现在更多的是直接根据基因的序列合成它，就像按照设计图定制一个小零件一样。
拿到基因后，就要把这个基因连接到载体上啦。
这就需要一些特殊的“胶水”，也就是酶啦。
像限制性内切酶，它就像一把小剪刀，能在载体和基因上剪出特定的切口，这样就能让基因和载体像拼图一样严丝合缝地拼接在一起。
还有DNA连接酶，它就是把拼好的地方紧紧粘住的“胶水”，确保基因稳稳地待在载体上。
构建好之后呢，可不能就这么直接用啦。
得先检查检查，看看这个基因是不是真的好好地在载体上了。
这时候就可以用一些检测方法，比如酶切鉴定。
就像检查小货车上的货物有没有绑紧一样，如果酶切出来的片段大小和我们预期的一样，那说明构建成功的可能性就很大啦。
基因过表达载体构建虽然有点小复杂，但只要按照这些步骤一步一步来，就像搭小积木一样，总能把这个小工程完成的，而且这在基因研究里可是超级重要的一环呢。
载体构建
一、原理
依赖于限制性核酸内切酶，DNA连接酶和其他修饰酶的作用，分别对目的基因和载体DNA进行适当切割和修饰后，将二者连接在一起，再导入宿主细胞，实现目的基因在宿主细胞内的正确表达。
二、操作步骤
5、载体与目的基因连接
如果电泳检测酶切成功的话，则仔细将所需的片段切割下来，将胶体回收（依照胶回收试剂盒说明书操作）；之后将回收的片段和载体连接。
置于温箱，12-16℃，保温8-16h
6、转化（连接产物转化到感受态细胞中）
依照转化具体操作步骤做感受态，将上述连接产物进行转化实验，涂板培养，37℃，
12-16h。
7、单克隆检测
（1）挑单克隆
先将AMP从冰箱中取出，待融化后，在3ml装有LB液体培养基的试管中加入3μL的
AMP，用枪头混匀；取1.5mlEP管5支（依情况可以多挑几管），给每支管中加500μL上述培养液，然后用接种。
ClC—3荧光真核表达载体的构建及表达目的构建表达ClC-3的荧光真核表达载体，为研究其在肿瘤细胞中的作用提供分子工具。
方法将ClC-3的编码序列亚克隆到pEGFP-N1质粒，构建荧光真核表达载体pEGFP-N1/ClC-3，利用脂质体介导将ClC-3基因导入人乳腺癌细胞MCF-7内，通过绿色荧光观察检测基因的表达。
结果成功构建荧光真核表达载体pEGFP-N1/ClC-3，该载体转染MCF-7细胞后，可观察到绿色荧光。
结论表达ClC-3的荧光真核表达载体构建成功，并在乳腺癌细胞中得到正确表达，为进一步研究ClC-3在乳腺癌中的作用奠定了基础。
标签：ClC-3；MCF-7细胞；荧光真核表达载体；转染ClC-3是ClC氯离子通道家族成员之一，对维持细胞容积平衡、调节细胞电活动等多种生理功能发挥重要作用，是正常细胞生长和增殖必不可少的元件。
近年有文献报道，在宫颈癌、乳腺癌和恶性胶质瘤中ClC-3的表达都远高于正常组织[1]，ClC-3可以通过参与细胞体积减小即凋亡性容积减小（apoptotic volume decrease，A VD）的过程来参与肿瘤细胞的凋亡调控[2]，而且还可能参与了肿瘤细胞周期依赖性的细胞迁移过程[3]。
因此，ClC-3可能是与肿瘤的发生发展、转移和凋亡过程密切相关的关键分子之一。
本研究采用基因重组技术构建ClC-3与增强型绿色荧光蛋白（enhanced green fluorescent protein，EGFP）的融合蛋白ClC-3-EGFP，并检测其在人乳腺癌细胞MCF-7中的表达，为进一步探讨ClC-3在乳腺癌中的作用提供分子工具。
1 材料与方法1.1 主要试剂携带ClC-3全长cDNA的质粒pcDNA3.1/ClC-3由芝加哥大学Deborah J.Nelson教授惠赠；真核表达质粒pEGFP-N1、大肠埃希菌DH5α、乳腺癌细胞株MCF-7为本实验室保存；内切酶BamHⅠ、SacⅠ，T4 DNA连接酶均购自NEB 公司；LA Taq酶购自大连宝生物公司；质粒提取试剂盒和DNA凝胶回收试剂盒购自Omega公司；Lipofectamine 2000购自Invitrogen公司。
基因的克隆、表达载体构建及功能验证基因的克隆、表达载体构建及功能验证（⼀般性⽅法）⼀、基因克隆★事前三问a.克隆这个基因⼲什么？它有什么功能？b.这个基因在哪种材料中扩增？c.材料需要怎么处理？◎实验前准备⼯作a.设计引物，准备材料，b.购置试剂：Taq酶、反转录试剂盒、凝胶回收试剂盒、质粒提取试剂盒、连接试剂盒c.实验试剂及⽤具：枪头、离⼼管、培养⽫、滤纸灭菌；Amp+ 、Kan+等抗⽣素准备※基本流程提取和纯化RNA—cDNA第⼀条链合成—PCR—凝胶电泳—胶回收—连接—转化—涂平板—挑单菌落—摇菌—提质粒—测序1.总RNA的提取、纯化及cDNA第⼀链合成1.1叶⽚、根总RNA的提取Trizol是⼀种⾼效的总RNA抽提试剂，内含异硫氰酸胍等物质，能迅速裂解植物细胞，抑制细胞释放出的核酸酶，所提取的RNA完整性好且纯度⾼，以利于下⼀步的实验。
1）实验前准备O中含0.1%DEPC，V/V，37 ℃过夜处理12 h），⾼温预先配制0.1%的DEPC⽔（ddH2灭菌后，⽤DEPC⽔配制 75%⼄醇，研钵、量筒、试剂瓶等需200℃灭菌⾄少4 h，所⽤枪头和枪盒均去RNA酶处理(直接购买)。
2)Trizol 法（⼩麦）叶⽚或根的总RNA实验步骤如下：（1）提前在1.5 ml离⼼管中加⼊1 mlTrizol，然后将200 mg样品液氮中研磨成⽩⾊粉末，移⼊管内，⽤⼒摇15 s，在15-30℃温育5 min，使核酸蛋⽩复合物完全分离。
（2）4℃，12000g离⼼10min，取上清，离⼼得到的沉淀中包括细胞外膜、多糖、⾼分⼦量DNA，上清中含有RNA。
（3）吸取上清液加0.2 ml氯仿，盖好盖，⽤⼒摇15 s，15～30 ℃温育2～3 min。
（4）在≤12000g，4℃离⼼10 min，样品分为三层：底层为黄⾊有机相，上层为⽆⾊⽔相和⼀个中间层，RNA主要在⽔相中，⽔相体积约为所⽤TRIzol试剂的60%。
《基因表达载体的构建》教学设计
一、教学目标
阐明基因表达载体的组成和构建过程
二、教学重难点
基因表达载体的构建过程
三、教学过程
1.基因表达载体的构建目的
基因工程的核心是基因表达载体的构建，其目的是使目的基因在受体细胞中稳定存在，并且可以遗传给下一代。
同时使目的基因能够表达和发挥作用。
2.基因表达载体的组成
一个基因表达载体的组成，除了有目的基因外，还必须有启
动子、终止子、标记基因等。
①启动子：启动子是一段有特殊序列结构的DNA片
段，位于基因的上游，紧挨转录的起始位点，它是RNA聚合酶
识别和结合的部位，有了它才能够驱动基因转录出mRNA，最终表
达出人类所需的蛋白质。
②终止子：位于基因的下游，也是一段有特殊
序列结构的DNA片段，是转录过程终止的信号。
③标记基因的作用：用于鉴别受体细胞中是否含有目的基因，从而将含有目的基因的细胞筛选出来，如抗生素抗性基因就可以作为标记基因。
3.基因表达载体的构建程序
单酶切：先用同种限制酶或能产生相同末端的限制酶（同尾酶）切割载体和含有目的基因的片段，再用DNA连接酶将目的基因片段拼接到载体上，形成重组DNA分子。
双酶切：用酶a,酶b两种酶切割质粒和目的基因。
因为酶a,酶b产生的黏性末端不同，所以可以防止质粒重新环化，酶a切割目的基因和质粒产生的黏性末端相同，酶b切割目的基因和质粒产生的黏性末端相同，所以目的基因和质粒连接的时候只能正向连接，防止了质粒和目的基因反向连接，目的基因两端的切口的黏性末端不同，所以可以防止目的基因自身环化。
另外还可以防止质粒与质粒以及目的基因与目的基因的自身大量连接,大大提高正确连接的效率。
原核表达载体构建步骤一、前期准备1. 首先呢，咱们得把要用的材料都找齐喽。
像目的基因啦，原核表达载体还有各种酶，比如说限制性内切酶之类的。
这一步看起来简单，可千万别小瞧它哦！要是少了啥，后面就麻烦了。
我就有次忘记检查有没有足够的载体，结果做到一半才发现，那叫一个懊恼啊！2. 对了，关于目的基因，你得确定它的序列是正确的。
这一点真的很重要，真的！我通常会再检查一次，毕竟如果基因序列错了，后面做的可能都是白搭。
你是不是也担心这个问题呢？二、载体和目的基因的处理1. 接下来就要处理原核表达载体和目的基因了。
先用限制性内切酶去切割载体和目的基因。
这个过程得小心点儿哦！酶切的条件要设置好，像温度呀、反应时间啥的。
我一般会按照说明书上的推荐值来设置，不过有时候也会根据实际情况微调一下。
这一步其实还蛮关键的，如果酶切不完全，后面连接的时候就容易出岔子。
2. 酶切完之后呢，要对产物进行纯化。
这个纯化的步骤你可以根据自己实验室现有的设备和试剂来选择合适的方法。
我觉得只要能把想要的东西纯出来就行啦，不用太纠结具体用哪种方法。
三、连接反应2. 在这个连接反应进行的时候，要注意反应的环境。
温度要保持稳定，最好放在专门的恒温设备里。
不然的话，连接反应可能就不能很好地进行啦。
这一点大家一定要注意哦！四、转化1. 连接产物弄好之后，就可以进行转化了。
把连接产物导入到感受态细胞里面。
这个感受态细胞的制备也是个重要的事儿。
不过如果你不想自己制备的话，也可以买现成的。
导入的时候呢，要按照操作规程来，可不能马虎。
我记得我刚开始做的时候，就因为没严格按照步骤来，转化效率特别低，那个时候真是欲哭无泪啊。
2. 转化完了之后，要把细胞放到合适的培养基里面培养。
这个培养基的选择也要看你的细胞类型和实验需求哦。
在培养的过程中，要注意观察细胞的生长状态。
如果发现有什么异常，就得想想是不是前面哪个步骤出问题了。
五、筛选阳性克隆1. 等细胞长起来之后，就要开始筛选阳性克隆了。
构建目的基因的真核表达载体实战操作 最后更新：2010-5-16 阅读次数：451 【字体：小 中 大】 目的：构建目的基因的真核表达载体 一.PCR扩增得到目的片段 1.引物的设计与合成： 这里有很多血与泪的教训。我前后一共送过九个载体测序，其中居然有五个是引物出错。最后一次挑的两个克隆都是上游引物出错（此上游引物40个碱基） ，后来和这家引物公司交涉，他们拿走了我的板子，一次送了五个克隆测序，三个是上游引物出错，两个是正确的克隆，60％的出错率。 现在想想，有几点教训： (1)尽量避免长引物的合成。越长意味着出错的几率越大，哪家公司都这样 (2)选择一家质量可靠的公司，千万别在这省钱，引物再贵也花不了多少钱，可一轮构建下来，一测序发现引物错了，不知白扔了多少钱不说，那种心情实在是难以收拾 （3）一旦发现引物有问题，及时换公司，我就让他们拿回去又是纯化又是重新合成过，结果还是错，时间咱耽误不起 2.Pfu酶扩增： （1）扩增效率低的问题： 往往taq酶扩的很好，一换成pfu就是扩不出来。解决办法：a延长延伸时间(我1.2kb用3分15秒才扩出来)，并适当增加循环数;b多试几家的pfu，总有一家能扩出来;c多设计几对引物试试，总有一对能扩出来，因为pfu有外切活性，可否适当的延长引物的3’互补端；d构建中间载体：一旦用某一对引物能扩出来，把此目的片段连接t－easy中间载体，测序正确后，即可以此中间载体做pcr扩增的模板。实践证明以此中间载体为模板的pfu扩增效率远远高于以cDNA为模板。 （2）pfu保真性的问题： 即使是pfu，也会出错。现在各家公司都有号称高保真的pfu酶出售，价格不一。虽然都是pfu，但质量不不见得一样，在都能扩增出来的情况下，选择信誉好的公司的pfu。我用的是一家小公司的pfu，很便宜，100u才80块钱，但我1.2kb的片段却频频出错。所以万不可在酶上省那百十块钱，最后花了大钱不说，还浪费了时间精力。 3．cDNA模板的问题： 在pfu摸条件这一步往往要耗费大量cDNA模板，因此在开始要准备足够的cDNA。100ul，200ul都不为过。新提取的RNA证明很好的话，就再多逆转录几管，我的RNA在－80℃放了两个月再逆转录就扩增不出目的片段了。当然这其中可能有很多原因，酶的问题，RNA的降解等等，但是当你做PCR做到很烦的时候，发现cDNA模板不够了，又重新养细胞提RNA是一件非常痛苦的事情。 二．酶切的问题： 用于构建的酶切一定要非常充分！ 新买回来的酶要分装，用于“酶切后回收”和“酶切鉴定”的酶要分开。因为用于“酶切鉴定”时，只要能切出来就行了，而用于“酶切后回收再做连接”的酶一定要保证切的充分，才能提高连接效率，更重要的是减少筛选时的麻烦！我有一段时间连挑了三十多个克隆都是空载体，当然一方面怪我没有做载体自连的阴性对照，及时发现这一问题，另一方面酶反复从冰箱拿出来活性下降酶切效率降低，导致大量的载体自身连接。我觉得内切酶这东西还是挺娇气的，所以还是建议大家新酶分装，用于“酶切鉴定”的可稍放松，用于“酶切后回收”的酶一定要尽量减少冻融次数，并尽量减少在室温放置的时间。 三．PCR产物直接酶切： 我设计引物时保护碱基时随意的在酶切位点两侧加上了两三个g或者c的组合，做到后来才知道加保护碱基也是有说法的，不同的保护碱基会影响酶切的效率。以我随意加上的保护碱基，理论上酶切效率将极低。但做下来，前后酶切了四条不同的PCR产物，我并没有再这一步上遇到问题，我一般37℃切30到35个小时，酶切效率都不错。可见关于保护碱基的问题并不是那么绝对。 四．连接： 再这一步上我最深刻的教训就是关于做对照的问题。 第一次酶切的载体做载体自连的阴性对照，仅长出了几个克隆。为了省事，以后都省去了这一步。有两周，我连续做了两轮酶切连接筛选，总共挑了三十多个克隆，居然全是空载体！这时再补一个载体自连对照，满板子都是菌落。再换两支新酶重新切载体，回收后再自连，板子上仅有几个菌落。为了省一点小事费了大力气，后悔莫及。从此以后，认认真真做对照。 另外，关于连接，我是用电泳的方法大概确定载体和目的片段浓度，然后一1：5－8左右的比例配连接体系，感觉还不错。 五．粗筛： 有很多种方法，我主要用过两种：碱裂解粗提质粒后酶切，费时费力，但准确性高PCR，简单省事，但易出现假阳性。 相比之下，我更倾向于PCR。操作过程中小心一点，尽量避免各克隆之间的污染，我还习惯于加厚厚一层石蜡油，一般的我还没有遇到假阳性的情况。提示：本文构建目的基因的真核表达载体实战操作属于PCR技术文章，主要介绍真核表达载体、目的基因方面的知识，内容仅供学习交流与参考，不代表中生网的观点。
原文地址:http://www.seekbio.com/biotech/exp/PCR/2010/a81063667.html 引物假酶切位点 （转载）
bengua1985 收录于2010-04-13 阅读数： 公众公开 我也要收藏 把设计引物如何设计酶切位点这方面的帖子整理一下，因为昨天一下子看到三个相似问题。原帖如下：我想向你求教一个问题,假如说我想把胰岛素基因和腺病毒载体连接起来,如何确定设计目的基因PCR时的引物呢?和相应的限制性核酸内切酶呢?谢谢老师能给予讲解,谢谢 [整理]：最初的时候，由于害怕设计酶切位点最后且不开，所以经常采用最通用的方法，用T载体克隆解决问题，但后来发现她也有问题，就是浓度提不上去，你需要体大量的载体来酶切，所以感到还是直接扩增好一点。但这就需要你仔细设计引物。连入质粒中的重要目的就是进行酶切和连接，当然首先就是在想要合成或者是进行PCR扩增出靶基因的时候在核酸的两端接入酶切位点，酶切位点是与你的质粒的特点相关的，可以在质粒的图谱说明书上找取相应的位点，进行设计。 （一）设计引物前应做的准备工作： 准备载体图谱，大致准备把片断插在那个部分 对片断进行酶切分析，确定一下那些酶切位点不能用 准备一本所买公司的酶的商品目录，便于查酶的各种数据及两种酶是否可以配用 （二）设计引物所要考虑的问题 两个位点应是载体上的，，所连接片断上没有这两个位点，且距离不能太近，往往导致两个酶都切不好。因此，紧挨在一起，只能切一个，除非恰好是与上面两个酶在一起的酶切位点。我看promega的说明书上说，最好隔四个。还有一种情况是：不能有碱基的交叉，比如AGATCTTAAG，这样的位点比较难切。 两个酶切点最好不要是同尾酶（切下来的残基不要互补），否则效果相当于单酶切。 最好使用酶切效率高的。 最好使用双酶切有共同buffer的酶。 最好使用较常用的酶（如hind3，bamh1，ecor1等），最好使用自己实验室有的酶，这样可以省钱。 Tm的计算，关于Tm的问题，很多的战友都有疑惑。其实园子里有很多的解释了。 Tm叫溶解温度（melting temperature, Tm），即是DNA双链溶解所需的温度。大家可以理解，这个温度是由互补的DNA区域决定的，而不互补的区域对DNA的溶解是没有作用的。因此，对于引物的Tm，只有和模板互补的区域对Tm才有贡献。计算Tm时，只计算互补的区域（除非你的酶切位点也与模板互补）。不少战友设计的引物都Tm过低，是因为他们误把保护碱基和酶切位点都计算到Tm里了，最后的结果是导致了PCR反应的诸多困难。所以，设计引物的时候，先不管5'端的修饰序列，把互补区的Tm控制在55度以上（我喜欢控制在58以上，具体根据PCR的具体情况，对于困难的PCR，需要适当提高Tm），再加上酶切位点和保护碱基，这样的引物通常都是可用的，即使有小的问题，也可以挽回。Tm温度高的引物就比较容易克服3‘发卡、二聚体及3'非特异结合等问题。简单的计算公式可以用2+4的公式。若你计算的Tm值达到了快90 ，不包括酶切位点。引物公司给你发的单子是包括酶切位点的。自己可以再估计一下。如你设计了带酶切位点的引物，总长分别为29、33个碱基，去掉酶切位点和保护碱基，分别为17、21个碱基。引物公司给的单子是70多度，实际用的只有50度，用55度扩的结果也差不多。 其它关于Tm值的计算，有用PP5.0进行评价的，需要考虑的参数包括：base number、GC%、Tm、hairpin、dimer、false priming、cross dimer。退一般退火温度为Tm-5度，退火温度的计算可以不把加入的酶切位点及保护碱基考虑进去，如上所言，PCR几个循环后，引物外侧的序列已经参入了扩增片断中，所以你可以在预变性后多加几步，温度比你Tm值低些（这样可能会增加非特异性），Tm值是你包括酶切位点及保护碱基的Primer计算出来的。1.一般在5'端加保护碱基,如果你扩增后把目的条带做胶回收转入T-VECTOR或者其它的载体的话,酶切时可以不需加保护碱基2.有人的经验加入酶切位点的引物可以和未加入时使用相同的退火温度,结果也还是令人满意。 关于引物二聚体，最好用primer或是其他设计引物的软件进行计算一下，看看引物之间的△G（自由能）的绝对值，如果小于10，一般是问题的。如果稍大，PCR时可以提高一下退火温度，一般是没有问题的。如果3’端形成二聚体，并且自由能绝对值较大，如果PCR没有条带，建议重新设计引物。此外，所加的三个核苷酸的保护序列经过尽心设计有时也可以降低二聚体的△G。 在设计酶切位点时，最好能尽可能多的利用引物本身的碱基。这是因为，一个特异性引物一般都是20bp左右，再加上酶切位点序列和保护性碱基，大致就是28bp左右了。而我们在设计退火温度时，与引物的长度有关，比正常的引物(20bp) 的Tm肯定要高一些。如果我们能利用引物自身的部分序列，就可以有效地减少引物的长度。还有，有些酶是离不开末端序列的，因此，在设计一个酶位点时，最好把该酶的性质弄清楚 设计时限制性酶切位点是应该在5’端的顶端。在设计引物时，常在5‘端添加酶切位点，以利于PCR产物连接到载体。 设计引物时保证在最后5个核苷中含有3个A或T。先用软件设计出合适的引物，引物的3’端是引发延伸的起点，因此一定要与模板准确配对，应尽量避免在引物3’端的第一位碱基是A。（容易错配）引物3’端最佳碱基的选择是G和C，因为他们形成的碱基配对比较稳定。目的序列上
