合成路线书写原则
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合成路线书写原则
1、 路线整理过程总体要求
要求所画分子结构要整齐美观(每一横行必须左对齐,且每个横行之间的距离不能太大),如例1,所画结构不能带有CH、CH2以及CH3的书写形式。符合化学键的键角,键长,要用ACS document 1996为模板(打开chemdraw→File→Apply Document Settings from→ACS Document 1996)
例1
2、 各个路线Chemdraw文档
规定宽度为24格,打开chemdraw→view→show crosshair与show rulers帮助确认宽度。
3、 反应初始原料若有两个或多个且都画出结构时,采用A+B+C的形式。
如例2所示,后面步骤将所用试剂放在箭头上面。
例2
4、 同一目标化合物的所有路线,目标产品与中间体结构中原子与基团的空间排布顺序从头到尾一般要一致。
5、 同一横行的所有化合物结构中心与箭头要在一个水平线上,同样,化合物编号也要在同一水平线上。
排布方法:选择要对齐的结构、加号与箭头,右键→align→T/B centers。化合物编号用阿拉伯数字,加粗表示,从1开始依次编号,包括箭头上面画出结构的化合物。初始原料与反应产物的编号置于化合物下面居中位置,化合物与编号之间间隔不要太大。
化合物编号(或名称)以及ee或de值书写顺序为:编号(或名称)→ee或de值(均为斜体),居中,最终产品所得量不必合成路线书写原则
标出,如例3所示。
例3
产物名称包括路线后面缩略词的注释,每个单词的首字母都要大写
6、 有中间体需要单独合成,则在主路线后面单独列出,以虚线隔开(虚线宽度为文档宽度的一半,为12格),只涉及常规转化的中间体的合成路线若少于三步一般不必列出。
所合成的中间体的编号与主路线编号相同,其她化合物的编号接着主路线的编号依次往下排序,如例4中,主路线从1开始依次排序到12,辅路线涉及中间体8的合成,则辅路线编号为13开始依次后编,直至产物8终止。
例4
7、 关于产率及多步反应的总收率的计算
所有产率都放在箭头下方(与箭头的距离与条件相当),居中,数字与百分号之间无空格如70%。若为范围的产率则写为50-70%,中间用横杠隔开。多步反应收率合算,如三步合算,如例5,那么在第三步收率应写为80% over 3 steps,放在第三步箭头下面或箭头下条件后面,居中,不应放在第三步化合物编号下面,注意3字要用阿拉伯数字表示,而非英文合成路线书写原则
three。如可能,每步一般都要写出收率,文献已标明直接写明,若文献未直接标明,如给出所有原料与试剂的投料量,与该步中间体的产量,应由此计算出相应的收率。对于箭头上几步反应条件的情况,如果中间体经过猝灭初步提纯等后处理拿到产物后投入下步反应的,箭头下面的产率要写为XX% over x steps;若不经过后处理而直接投入下步反应,则直接写为XX%,如例4及5所示。
例5:
关于总收率算法:一条路线总收率为各步骤收率乘积,若一条路线中含有副路线,且辅路线终产物就是主路线箭头上所需的反应试剂,则总收率应全部算一起。若辅路线终产物就是主路线中间体另一合成方法,则路线总收率的计算不包括辅路线收率。
8、 关于手性化合物
对于含有手性中心的光学活性化合物,要用楔形键或表示,楔形键小端位于手性中心原子上,大端一般指向其她基团(如有杂原子则优先选择指向杂原子)。若为消旋化合物,则用表示,而非用表示,如存在环状结构,手性优先画在环上,糖环手性画在桥头氧上,甾体化合物遵循一般的书写规则,手性画在氢或取代基上,而非画在环上,如例6及例7所示。
例6
例7
合成路线书写原则
对映体ee值以及非对映体de值与比旋光度计算及写法:文中明确说明ee值或de值可直接标出,置于化合物编号下面,如98% ee,>95% ee,大于或小于号与数字之间无空格,居中。若指明产物或中间体对映体的光学纯度为97%,则需要计算出相应的ee值为(97%-3%)/100%=94% ee。若给出比旋光度,一般表示为[]D20 = +59、5 (c 2、06, MeOH),注意D为斜体,等号前后都要空一格。置于化合物编号下面,居中。
9、 关于反应条件书写
反应过程所用条件均衡分配(包括试剂,溶剂,温度以及压力等)写在箭头上下,箭头与反应条件的距离不能太大,反应时间不用写。条件文本与箭头的距离可参考例8,注意带有数字下角标与下行的字母(如q, y, p等),避免与箭头重合！
例8
箭头要比反应条件文本框稍微长一点,箭头两端都要留一些空间。
各个条件文本之间用逗号加空格隔开。若反应条件较长,需要分成两行或多行时每一横行条件末尾无逗号隔开,居中如例9。
例9
凡就是条件为全称时,首字母都要大写,如甲苯、二氧六环与微波以及结晶,柱层析等分别用Toluene、Dioxane、Microwave、Crystallized、Silica gel chromatography、Chiral chromatography (Chiral-HPLC)、1、6N n-BuLi in Hexane(参见例1~4),对于没有明确标明摩尔浓度或百分比浓度的试剂,例如BuLi in Hexane, in Hexane 不写;若以BuLi in
Hexane形式书写,则必须给出相应的浓度,浓度与试剂名称之间空一格,如例10,4N HCl in Dioxane,又如48% HBr in
HOAc。
例10 合成路线书写原则
化合物名称如具有定位原子或位置编号时,首字母无需大写,如N-methoxy-N-methylacet amide,2,3-dimethoxy-
butane,tert-isoamyl acohol。
对于不常见的缩略词要加注释全称置于整条路线下面;若画出结构式则必须放在箭头上方,居中。
如果一步箭头反应分几步加料、或几步反应串联反应、或一锅法时,对于多步反应条件,每行以编号为起始进行左对齐,以
i、
ii、
iii、
…、 表示,左对齐,序号与点标之间无空格,点标与文本之间空一格,如例11所示。
例11
反应条件中涉及气体或液体参与反应,如氯化氢气体,液氨等应标注在所用试剂的后面,表示为HCl(g)、NH3(l)形式,试剂名称与括号之间无空格。
若后处理加酸碱且搅拌时间较长的,应在条件中标出,如例12。
例12
10、 关于温度的书写
数字与摄氏度之间要空一格。对于非温度点,而就是温度范围的反应条件,温度区间用to连接。如表示60-70 oC用60 to 70 oC。对于程序升温或降温条件,则应写为60 to 70 oC, then reflux或60 to 70 oC, then r、t、,如例3中反应条件所示,如例13。
例13 合成路线书写原则
11、 关于斜体
1) 对于定位原子,N-, O-,如例10:N,N-XXXX;
2) 表明取代位置、区别同分异构体位置符号,如t-BuOK,i-PrOH,n-BuLi,o-,m-,p-;
3) 表明立体或顺反构型的R,S,Z,E,如1S,2R-XXXX,但S,R前数字无需斜体;
4) 表示缩写,如aq、,conc、,cat、,sat、,其中缩略词与后面的试剂中应有一个空格,如aq、 NaOH;当一个试剂的水溶液已经给出浓度那么aq、就不用表示,如3、75M NaOH,1M HCl,不应表示成3、75M aq、 NaOH等),如例14,放在箭头下面表示收率quant、(quantitative)则不用斜体。
例14
12、 关于结晶水、盐与络合物书写
化合物成结晶水、盐与络合物等要用圆点隔开,圆点用Times New Roman字体, 加粗, 上标。
反应条件中文本的圆点用12号字体,前后之间空两格,置于中间位置(一般与H中横杆在同一水平线),如.NH3H2O, Me2NHHCl., BF3Et2O.等,而非与反应条件置于同一文本框中。若就是结构中的圆点,则采取16号字体。当为多个水合物或盐时,若为整数直接用阿拉伯数字表示,若非整数则用分数形式表示。结构中表示盐个数的数字与文本之间要空一格。若为箭头上文本框反应条件,则不用空格 (如,如1/2H2O,3/2HCl等)。圆点与成盐分子进行居中处理,要保持分子平衡,如例15所示。 合成路线书写原则
例15
点与文本或结构的距离为当选择该点时,选择框的后端与分子前端持平,如例16所示。
例16
若形成离子化合物的金属盐,季铵盐等。负离子或正离子前不用圆点隔开,一般正负离子上下放置。如例17。
例17
若成盐分子结构用中括号框,盐的个数若就是放在中括号前面应居中,其与中括号的距离为一个空格,若就是放在中括号后面时,个数采用下标,下端与中括号下端持平,数字与中括号的距离为选择该数字,其选择框前端与中括号后端持平如例18。
例18
13、 关于硼氢化物
对于还原用硼氢化物,硼氢放在碱金属原子后面,其她基团放后,如NaBH3CN,NaBH(OAc)3。
14、 关于一些多配体钯或镍等金属催化剂
膦配体放中间位置如Pd(PPh3)2Cl2, ,此处CH2Cl2不应用DCM表示。
15、 关于一些试剂、溶剂写法,就是为了出版而统一化(并不表示写法唯一正确,只就是为了统一化需要)
Raney Ni,中间为空格,不应加斜杠或横杠;
Pd/C,中间为斜杠; 合成路线书写原则
MeOH, MeONa, MeCN中的CH3用Me表示,其中MeONa不应写成NaOMe,乙醇钠书写以此类似;
EtOAc(乙酸乙酯);
IPAc(乙酸异丙酯);
HOAc(醋酸,不应写成AcOH;乙酸钠为NaOAc,其她乙酸盐以此类推);
HOBt(t 为小写);
TEA(三乙胺, 不应表示成Et3N),MsCl, MsOH(甲磺酰基用Ms表示, 不能写成CH3SO2);
DMF-DMA(中间为横杠隔开),DMA(N,N-二甲基乙酰胺, 不要写成DMAc);
(Ac)2O(乙酸酐),DIPEA(二异丙基乙胺,不应写为DIPEA),Pyridine(吡啶,不应写成Py或py);
DGME(Diethylene glycol methyl ether)。
