蛋白酶抑制剂筛选模型22页PPT

Shi-Kun MA等人使用计算机虚拟筛选对HIV-1整 合酶的抑制剂进行了筛选。HIV-1整合酶（IN） 是一个用于HIV感染治疗和艾滋病预防的重要靶 酶。筛选流程如下：
酶的三维 结构测定 构建四聚体模型 和毒蛋白质的DNA 复合体模型 构建药效 基团模型 数据库中 筛选化合物
实验结果
分子动力 学模拟
4.为了更好的抑制合成产物的生成。可以用 两种或两种以上的抑制剂作用于一条酶反 应途径的不同环节。通过协同作用，使两 种抑制剂均在较低的浓度下得到更好的抑 制效果和临床疗效。 5.作用于体内与药物代谢有关的酶系。药物 代谢酶的作用是催化药物或外源性物质进 行生物转化并使其排泄出体外。为防止药 物被代谢失活，延长药物的作用时间，可 使用药物代谢酶的抑制剂来延长药物的半 衰期或减少给药次数。
活性化合物
Quality Leads
高通量药物筛选一般过程
复 深入筛选
先导化合物
Lead compounds
筛
活性样品
Hits
初
筛
活性化合物
Active Compounds
确证筛选
候选药物
酶抑制剂的分类
四，按与酶作用机制分类 1.不可逆抑制作用 这类抑制剂与酶的某些基团以共价的方式结合，一经结合后就很 难自发分解，不能用透析或超滤等物理方法解除抑制而使酶恢复 活性，它的抑制程度随着抑制剂的浓度以及抑制时间的增强而增 强。 2.可逆抑制作用 这类抑制剂与酶的结合是可逆的，结合后可以用透析，超滤等简 单的物理学方法去除抑制剂使酶全部恢复活性。这种结合往往是 非共价键的结合，这类抑制剂与酶分子的结合部位可以是酶的活 性中心，又可以是酶的非活性中心。由于这类抑制剂与游离态酶 之间存在着平衡关系，因此它的抑制程度是由酶和抑制剂之间的 亲和力的大小，抑制剂的浓度以及底物浓度所决定的，与作用时 间无关。

•libraries are available for immediate purchase from established chemical companies, which facilitates rapid validation of highscoring
hits from virtual screening experiments.
通过managefiles界面上传靶标蛋白酶的坐标文档的tacc的磁盘服务器并在submitjob界面选择计算机中的数据库tacc代管的超级计算机的处理中心将对靶标蛋白和小分子配体进行对接计算一个对接计算需要13分钟的处理时间大部分的操作能在812小时完成对接计算的状态可以通过网站查看对denv蛋白酶进行虚拟筛选时将产生一系列通过对接得分排序的匹配记录得的负分越小被认为是配体和靶标蛋白反应越积极

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第四步:命中化合物的后处理
最后一步是命中化合物的后处理 通过计算分子的类药性质ADME/T (吸 收、器官分布、体内代谢、排泄 和毒性)性质的估算，排除那些不具有类 药性质的分子。可以利用一些经验规则如“五规则” 等，快速排除那些 不适合进一步药物开发的分子。
通过以上四步处理，大部分分子从化合物库中剔除，形成一个合理 大小的化合物库，仅对这些适合成药的化合物或购买、或合成、或分离 得到，然后再进行实际的生物测试。
化关系。例如：蛋白质的一级、二级、三级、四级结构
.
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1.2 虚拟筛选技术的定义
虚拟筛选（virtual screening, VS)是计算机辅助药物设计方法的延伸 和推广，针对重要疾病特定靶标生物大分子的三维结构或定量构效关 系(QSAR)模型，从现有小分子数据库中，搜寻与靶标生物大分子结 合或符合QSAR 模型的化合物，进行实验筛选研究。

拓扑距离（两原子之间连接的键的个数）
（3）键矩阵：矩阵元素为相连接的两个原子之间的键级。
双键：2，三键：3。
（4）关联矩阵：是一个n×m的矩阵。
顶点（原子）作为列（n），边（化学键）作为行（m），
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如果边在顶点内，则相应的元素置为1。
3、连接表
20世纪80年代开始，成为化合物在计算机中表示的最主要方法。 首先对每个原子进行编号并列表 然后在另一表格中列出键的信息， 键级用整数表示，1表示单键，2表示双键。
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➢基本存储 分子的元素组成、原子坐标、原子连接关系 ➢其他存储 分子子结构信息，适用于生物大分子 原子电荷信息，调用时不必再计算 确定特定原子化学环境的原子类型信息
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二、化合物数据库的生产和管理
➢ 目前有很多商业化合物数据库可以利用 ➢ MDL药物数据报告（MDDR）含有115000个类药性
一个简单的图由顶点（V）和边（E）组成，因此图被定义为一个三元组<V,E,φ>, φ为映射 函数。在下面一个简单的无向图中， V={1，2，3，4}， E={e1，e2，e3，e4， e5， e6}。
e2
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e1
1
4
e3
e4 e6
2
e5
3
图也可用矩阵表示：设G=<V,E>为无向图，令mij等于顶点vi与边ej的关联 次数，则称（mij）n*m为G的关联矩阵，记为M(G)。
化合物。 ➢ 美国国家癌症研究所（NCI）数据库含有250000个
化合物。
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MDL ISIS化学数据库管理系统
ISIS系统提供了基于Oracle 数据库系统的各类化学信息系统的管理和开发工 具，可以同时管理化学结构、化学反应、生物活性及谱图等多种化学信息。

31、只有永远躺在泥坑里的人，才不会再掉进坑里。——黑格尔 32、希望的灯一旦熄灭，生活刹那间变成了一片黑暗。——普列姆昌德 33、希望是人生的乳母。——科策布 34、形成天才的决定因素应该是勤奋。——郭沫若 35、学到很多东西的诀窍，就是一下子不要学很多。——洛克
药理学蛋白抑制剂_药学_医药卫生_ 专业资料
6、法律的基础有两个，而且只有两个……公平和实用。——伯克 7、有两种和平的暴力，那就是法律和礼节。——歌德
8、法律就是秩序，有好的法律才有好的秩序。——亚里士多德 9、上帝把法律和公平凑合在一起，可是人类却把它拆开。——查·科尔顿 Байду номын сангаас0、一切法律都是无用的，因为好人用不着它们，而坏人又不会因为它们而变得规矩起来。——德谟耶克斯

中国抗生素杂志２００７年５月第３２卷第５期　２７３　文章编号：１００１　８６８９（２００７）０５—０２７３—０４　白细胞弹性蛋白酶抑制剂筛选模型的建立及抑制剂Ｆ０２ＺＡ一２５５４Ａ的研究　

郑智慧ｈ　任晓　司书毅ｈ　穆栋　路新华　崔晓兰。　董悦生　张华　贺建功　（１中国医学科学院　中国协和医科大学　医药生物技术研究所，　北京１０００５０；　２华北制药集团新药研究开发中心微生物药物国家工程研究中心，　石家庄０５００１５）　

摘要：　利用人源的白细胞弹性蛋白酶建立了一种快速、微量、灵敏的高通量体外筛选方法。利用该模型从微生物菌种库菌株　的次生代谢产物中筛选得到一阳性真菌Ｆ０２ＺＡ一２５５４。该菌株发酵液经有机溶剂提取、硅胶柱层析、及ＨＰＬＣ　ＯＤＳ反相柱层析等　活性跟踪下的分离纯化，得到活性化合物Ｆ０２ＺＡ一２５５４　Ａ，该化合物对白细胞弹性蛋白酶有中等强度的抑制活性，其ＩＣｓｏ为３２．４　／￣ｍｏｌ／Ｌ。通过对该化合物的紫外、质谱、核磁等理化分析，确定该化合物为葸醌类化合物中的大黄素甲醚（ｐｈｙｓｃｉｏｎ），该化合物的抗　炎活性属首次报道。　关键词：　人白细胞弹性蛋白酶抑制剂；　大黄素甲醚；　抗炎作用　

中图分类号：Ｒ９７９．１　文献标识码：Ａ　

Ｓｔｕｄｉｅｓ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｈｉｇｈ　ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ　ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ　ａｓｓａｙ　ｆｏｒ　ＨＬＥ　ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ　ａｎｄ　ａｎ　ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ　Ｆ０２ＺＡ一２５５４Ａ　

Ｚｈｅｎｇ　Ｚｈｉ—ｈｕｉ　‘　。，Ｒｅｎ　Ｘｉａｏ　，Ｓｉ　Ｓｈｕ—ｙｉ　，Ｍｕ　Ｄｏｎｇ　，Ｌｕ　Ｘｉｎ—Ｈｕａ　，　Ｃｕｉ　Ｘｉａｏ—ｌａｎ　，Ｄｏｎｇ　Ｙｕｅ—ｓｈｅｎｇ　，Ｚｈａｎｇ　Ｈｕａ　ａｎｄ　Ｈｅ　Ｊｉａｎ－ｇｏｎｇ　（１　Ｉｎｓｉｔｕｔｅ　ｏｆ　Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｐｅｋｉｎｇ　Ｕｎｉｏｎ　Ｍｅｄｉｃａｌ　Ｃｏｌｌｅｇｅ　ａｎｄ　Ｃｈｉｎｅｓｅ　Ａｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　Ｍｅｄｉｃａｌ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，　Ｂｅｉｊｉｎｇ　１　０００５０；　２　Ｎｅｗ　Ｄｒｕｇｓ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ　ａｎｄ　Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　Ｃｅｎｔｅｒ　ｏｆ　Ｎｏｒｔｈ　Ｃｈｉｎａ　Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ　Ｇｒｏｕｐ　Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，　Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ　Ｍｅｄｉｃｉｎｅ　Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ　ａｎｄ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ　Ｃｅｎｔｅｒ．Ｓｈｉｊｉａｚｈｕａｎｇ　０５００１５）　

生长因子、胰岛素样生长因子、以及细胞因子白介素-6.
白介素-8等.这些因子能够诱导刺激肿瘤增殖和迁移.而且, 肿瘤细胞与毛细血管形成结构上的密切关系.此外,肿瘤细 胞和血管细胞具有相互作用.一方面血管内皮细胞产生的 各种生长因子和细胞因子对肿瘤生长起到生长刺激作用; 17
★抑制血管生成药物的筛选方法
子靶点.利用多种多样的分子靶点,将可能发现具有
各种分子作用机制的药物.
• 3.研制靶向性药物. 包括抗体药物和针对特定分
子靶点的小分子抑制剂.
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动物实验疗效评价
• 动物实验疗效评价是发现新药的依据.不管
采用何种分子靶点和相应的检测方法进行 初筛,都必须经过动物实验疗效评价.动物体 内实验反映药物疗效与毒性的综合结果,是 体外方法与模型不能取代的决定性环节.
是B型精原细胞,其次是A型精原细胞,然后依次为
精子细胞、
精母细胞、精子.
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• 精原细胞法阳性和抗肿瘤作用的相关性尤
以在抗生素和植物药中较为明显.
• 用精原细胞法检测72种抗生素,精原细胞法
阳性的13种抗生素,据已报道资料均属抗肿 瘤抗生素,其中9种在临床上有一定疗效.
• 精原细胞法阴性的59种抗生素中,除又霉素、
抗肿瘤药物筛选
1Leabharlann 抗肿瘤药物筛选• 是新药发现与开发的重要环节.通常是指从
样品到活性检测至动物实验疗效各个
阶段的工作.
。
• 一般常用以下几种方法:
• 1. 肿瘤细胞组织培养筛选方法
• 2. 微生物学筛选方法
• Antitumor durg screening
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1. 肿瘤组织细胞培养筛选方法
• 细胞培养法是筛选抗肿瘤药物比较常用的