新分子检测技术在肺癌精准治疗中的应用NGS vs ddPCR
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DOI:10.13602/j.cnki.jcls.2021.03.14·综述·液体活检在肿瘤转移早期诊断中的应用
王梦妍,娄加陶(上海胸科医院,上海交通大学附属胸科医院检验科,上海200030)
摘要:液体活检作为一种新技术,具有方便、快捷、非侵入性、可重复性强等优点,其可以对体液中肿瘤相关DNA、RNA、外泌体及细胞进行检测,对早期检测肿瘤转移、复发具有重要意义。尽管各种肿瘤分子相关标志物的研究不断深入,近年来对于液体活检技术的探索不断取得新的突破,然而,目前临床医生判断肿瘤患者是否发生转移依然停留在通过原位肿瘤大小和区域淋巴结状态等标准大体估测肿瘤发生转移的风险。限制液体活检应用于临床的主要因素包括:液体活检的研究进展和临床数据的结合应用非常有限;各种分子标志物的检测和参考区间尚未建立统一标准;缺乏足够状态良好、数据完整、长期随访的样品进行原发和转移肿瘤的比较等。近年来,随着检测技术的不断更新,对液体活检的研究逐渐深入,对其各项指标的生物学特征及临床意义的研究均取得了较大进展。关键词:液体活检;肿瘤转移;循环肿瘤细胞;循环肿瘤DNA;微小RNA中图分类号:R446 文献标志码:A
肿瘤转移是影响患者预后最直接的危险因素[1]。传统的肿瘤转移检测金标准———组织活检作为一种侵入性的检查手段,对于年龄较大、病情较重的患者适用性差。而目前临床应用的许多影像学方法也存在不同程度的缺陷,如18FNaF(一种带有药代动力学性能的PET成像的示踪剂)结合正电子发射计算机断层显像(positronemissiontomographyPET)/电子计算机断层扫描(computedtomograhy,CT)对监测肿瘤骨转移非常敏感,但18FNaF会极大地影响患者的治疗效果[2]。PET试剂———氟化葡萄糖也常用于转移性前列腺癌,且具有较高的预后价值,但其主要用于晚期且很难评估其是否具有足够的敏感性。近年来,液体活检作为一种新型的诊断手段逐渐受到关注,其可以通过多种体液对肿瘤的转移进行非侵入性实时监测[3]。本文着重介绍不同液体活检指标在肿瘤转移中的应用进展及检测方法。
循环游离DNA在消化系统肿瘤中的临床应用
摘要
肿瘤细胞通过坏死、凋亡、分泌向血液中释放的游离DNA即为循环肿瘤DNA(Circulation tumor DNA, ctDNA)。ctDNA保留了肿瘤特异性基因特征和表观遗传学特征,如癌基因和抑癌基因的点突变、拷贝数变异、DNA甲基化和染色体重排,这一特点促使ctDNA成为潜在的生物标记物。ctDNA作为液体活检的一种方法,因其操作简便、侵害性小、易于动态监测的优势在消化系统肿瘤应用方面得到了广泛研究。它可以在疾病不同时期发挥作用,协助筛查或早期诊断、术后检测残余病灶及预测复发、晚期患者指导靶向用药、动态监测治疗反应、判断预后,从而实现个体化治疗。
中国发病率前十的恶性肿瘤中, 消化道肿瘤占据五席,且部分瘤种发病率呈上升趋势。因此消化系统肿瘤的早期诊断、疗效预测及改善预后是临床科研工作者的研究重点。传统活检技术在同一病人身上无法反复多次进行,并且不同肿瘤病灶的基因状态和生物学行为存在着明显的异质性。因此,液体活检技术这一新兴的病理检测手段应运而生。液体活检主要包括循环肿瘤细胞 (Circulation tumor cells, CTC) 、循环肿瘤DNA (Circulation tumor DNA, ctDNA) 、外泌体
(Exosomes) 、微小RNA(microRNA,miRNA)等,主要检测包含血液、唾液、尿液、腹水、胸水、脑脊液在内的体液。本文着重对ctDNA在消化道肿瘤方面的临床应用现状和前景进行阐述。
一、ctDNA的简述
早在1948年,Mandel和Métais首先报道血液中存在片段化的DNA,即血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)。1977年,Leon等人观察到肿瘤患者的cfDNA水平要明显高于健康人群,而在化疗后cfDNA水平会降低。1994年,科学家第一次在cfDNA检测到KRAS突变,从而证实这种携带了突变信息的循环DNA是来源于肿瘤细胞。ctDNA是原发肿瘤组织、循环肿瘤细胞、其他器官组织中转移灶通过坏死、凋亡或直接分泌的方式释放到外周血的cfDNA。其携带了肿瘤的基因变异特征,如突变、插入、缺失、重排、拷贝数异常和甲基化等,这一特点使其成为潜在的生物标志物。ctDNA片段大小不等,在70~200 bp的小片段至21000 bp的大分子内波动,并且比非肿瘤性cfDNA大。其数量和性质受到多种因素影响,比如肿瘤负荷大小、肿瘤状态、DNA的清除及降解机制等。cfDNA的半衰期从16分钟至2.5小时不等,其检测技术类型繁多,每种分析方法均有其各自的适用范围,各有利弊。其中主要的是以聚合酶链式反应(polymerase
中国非小细胞肺癌患者EGFR T790M基因突变检测专家共识
本文来源:中华医学杂志, 2018,98(32) : 2544-2551.
表皮生长因子受体(EGFR)基因突变是东亚人群中非小细胞肺癌(NSCLC)最常见的驱动基因突变,发生率为30%~40%。既往多项研究支持EGFR-酪氨酸激酶抑制剂(TKI)单药治疗是EGFR基因突变局部晚期或转移NSCLC患者的标准治疗方案,但大多数患者会在用药后9~14个月发生耐药,其中EGFR基因第20号外显子发生错义突变(即T790M突变)是耐药突变中最主要的类型。目前已报道的EGFR-TKI耐药后组织样本的T790M突变阳性率基本在60%左右,不同技术方法检测结果较为相似,但是血浆样本T790M突变阳性率基于不同方法差别较大,在23%~63%。
奥希替尼是一种口服、强效、不可逆,具有中枢神经系统活性,选择性抑制EGFR敏感突变和T790M突变的三代EGFR-TKI,同时对EGFR野生型细胞作用较弱,减少了相关不良事件的发生。一项随机Ⅲ期临床研究AURA3对比了奥希替尼和含铂双药化疗治疗一线EGFR-TKI耐药后组织T790M阳性的晚期NSCLC患者,结果显示,对比标准化疗,奥希替尼可显著延长中位无进展生存期(PFS)。Ⅱ期、开放性、单臂、中国注册临床研究AURA17显示了奥希替尼在EGFR-TKI耐药后组织T790M突变阳性亚太及中国人群中的疗效,客观缓解率(ORR)达63%,中位PFS 9.7个月。基于上述研究,奥希替尼于2017年3月22日被中国国家食品药品监督管理总局(CFDA)批准用于既往经EGFR-TKI治疗时或治疗后出现疾病进展,并且经检测确认存在EGFR T790M突变阳性的局部晚期或转移性NSCLC成人患者的治疗。目前,美国国立综合癌症网络(NCCN)、欧洲临床肿瘤协会(ESMO)指南、中国临床肿瘤学会(CSCO)原发性肺癌诊疗指南均推荐奥希替尼为局部晚期或转移NSCLC EGFR-TKI耐药后T790M突变阳性患者的标准治疗。
数字PCR技术在临床诊断中的应用进展
杨德平;刘维薇
【摘 要】数字PCR(dPCR)作为核酸检测和定量的新方法,在病原微生物检测、肿瘤相关基因检测、产前诊断等方面应用日益广泛.该文就其在HBV DNA、HIV DNA、表皮生长因子受体(EGFR)突变、异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变、胎儿游离DNA等检测中的研究进展作一综述.
【期刊名称】《临床检验杂志》
【年(卷),期】2016(034)010
【总页数】3页(P785-787)
【关键词】数字PCR;病原微生物;肿瘤相关基因;产前诊断
【作 者】杨德平;刘维薇
【作者单位】上海市第十人民医院检验科,上海200072;上海市浦东新区周浦医院检验科,上海201318;上海市第十人民医院检验科,上海200072;上海市皮肤病医院检验科,上海200070
【正文语种】中 文
【中图分类】R446
随着分子生物学技术的不断发展,核酸定量技术更新换代,从传统的定量PCR(quantitative PCR, qPCR)逐渐发展到数字PCR(digital PCR, dPCR)。dPCR通过稀释使大多数反应中不含或只含有1个靶分子,再通过传统的PCR扩增,探测到荧光信号则记为阳性反应;没有探测到荧光信号的视为阴性反应,再进行泊松(Poisson)分布分析得到结果,该系统能定量估算出起始模板浓度[1]。dPCR比qPCR具有明显的优势,其能够不依赖标准曲线而实现绝对核酸定量[2],通过更多的PCR扩增产物提高精确度,对抑制剂具有较高耐受性,能够分析复杂混合物,能实现极微量核酸样本检测、复杂背景下稀有突变检测和表达量微小差异鉴定等。
数字PCR的类型包括列阵数字PCR、BEAMing数字PCR和微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)等,其中ddPCR应用最广泛,该系统要求在传统PCR扩增前把测试样本分割成成千上万的水包油微滴,分割后每个微滴成为1个独自的PCR反应,而代替了传统的多孔板。通过使用高度均匀的微滴,大大提高了该系统的动态范围,从而使浓度的精确计算超过了有限稀释。随着dPCR的不断发展,其在临床应用方面也日趋广泛,本文就其在临床诊断中的应用进展作一综述。