1、核糖核酸调节子概述

  • 格式:pdf
  • 大小:1.83 MB
  • 文档页数:11

第1

噩噩黯黯噩咀嚼主踊迦

MaciejSzymanski,VolkerA.Erdmann和JanBarciszewski孙芳译郑晓飞技…….......................................

1.1引言

生物体重要的功能之一是基因表达的调节。研究特异基因转录物的调节机制是了解环境改变、发育及疾病所致的生物学现象改变的关键因素。基因表达的调节模式异常复杂且极其多样,然而对于每一个特定的基因都有各自特定的信号决定其表达的开启和关闭及表达产物量的多少。无论是为了适应新环境还是适应生物进化所需的基因调节都具有很强的灵活性。早期的观点认为生物系统都是遵循着1958年FrancisCrick提出的"分子生物学中心法则"(centraldogmaofmolecularbiology)川。中心法则讲述了储存在DNA中的遗传信息表达的一般性的通路,DNA转录生成瞬时的信使RNA并在核

糖体中在适体RNA(tRNA)的帮助下翻译生成细胞生命活动所需的酶蛋白和各种结构功能蛋白质。因此,核糖核酸被看作是执行基本附属功能的分子,而且许多蛋白质编码的基因定义了生物体的复杂性。基因作为DNA上的一段序列,编码蛋白质遵循着一个基因一种蛋白质(多肤)的原则。在后来的研究中发现除了编码蛋白质的序列(外显子)之外,基因还包括非翻译的部分(内含子),而内含子在剪接加工过程中被去除而不存在于初级转录物之中。许多例证都表明,可变剪接使得同一个基因转录物可以加工生成不同的蛋白质[2,3J。一个重要的突破点是研究发现一些小的RNA分子可以行使催化的功能。核糖核酸酶P的RNA和自我剪接内含子能够在蛋白质缺失的情况下介导复合体化学反应和RNA成熟[4,5J。此后,应运而生的SELEX技术就是体外选择具有催化功能结构域和配体结合特性的RNA分子的技术[6,7J。所有这些发现都有助于更好的识别RNA分子的化学特性及其所形成的复杂的三级结构,这也是行使不同功能的蛋白质之所以具有特殊结构域的基础。此外,早期研究进展表明rRNA并不只是核糖体蛋白的结构支架,在多肤的形成和核糖体其他许多功能方面还发挥着重要功能阳。

1.2核糖核酸的特性

RNA分子是蛋白质合成中最先被识别的关键性组分。在多肤结构形成中,信2I非编码RNA

使RNA分子作为中间体将遗传信息从DNA传递到核糖体。大约20年前,有证据表明细胞内的RNA分子除了具有负责蛋白质生物合成作用之外还有多种其他功能。在四膜虫中发现核糖体RNA前体中的内含子具有自我剪接的功能,显示了RNA具有催化功能[5J。具有修剪某些tRNA前体5'端功能的RNaseP的RNA组分被表明是有多种转化酶活性的催化组分[心。随后,又发现了几种具有RNA酶活性的其他RNA酶。它们包括参与mRNA前体加工成熟的剪接体U2和U6小核RNAsnRNA问。近来,对几种生物体的核糖体大亚基晶体结构的研究表明具有催化活性的肤基转移酶活性结构域存在于核糖体RNA大亚基上(23S/28SrRNA)凶。虽然,迄今为止识别的天然核酶只能催化3种类型反应(两种转醋反应和一种肤键形成反应),但显示了RNA分子的功能有很大的潜能[9J。除了催化活性的RNA,在细胞加工过程中又发现了几种新的RNA起着很关键的作用。它们包括,参与mRNA前体加工的snRNA,负责rRNA加工成熟和修饰的snoRNA,指导RNA编辑的指导RNA(gRNA)参与蛋白质转位信号识别颗粒(signalrecognitionparticle,SRPRNA)中的RNA组分。20多年来的深入研究表明,在生命活动中许多惊人的发现都伴随着新的RNA功能的发现,从而也更清晰的表明了核糖核酸在遗传信息表达方面起着关键的作用。RNA的功能很大程度上依赖于多核昔酸链形成高度有序结构的能力。RNA复杂的折叠构象为蛋白质结合提供了识别元件,也是核酶催化活性产生的原因。RNA的三级结构实质上可以形成数量不受限制的多个高特异性配体的结合位点。RNA无论从物理上还是化学上都可以与众多小分子化合物发生相互作用,最引人注意的是抗生素,因为大量靶向核糖体的抗生素结合核糖体RNA上的特定位点。组成RNA聚合体的构成部件的4种基本核昔酸(腺苦、鸟昔、胞背和尿昔)的所有组成成分可以通过碱基和糖基的修饰被扩展。尽管已经进行了多年的深入研究,但对于许多RNA的高度有序结构还不清楚,总体上对RNA催化的精确机制了解得还很少。

1.3编码和非编码转录物

来自基因组的所有转录物Ctranscript)大致可以分为两大类:编码蛋白质的mRNA和非编码RNACnoncodingRNA)。许多年来基因组中大部分非编码部分被认为是基因垃圾(geneticjunk),且通常被认为是没有功能的。然而研究发现,这些非编码序列具有与编码蛋白质的基因同样重要的功能,它们包含其他的信息或功能。虽然人类基因组序列还没有彻底完成,但现已清楚表明编码蛋白质的序列只占到基因组全长的2%。在其他的真核生物基因组中,我们发现生物体越复杂,不编码蛋白质的部分在基因组中所占比例越大。在酵母中大约有30%的基因组DNA不编码蛋白质,而果蝇基因组中的非编码DNA比例占到了75%[1月(表1.1)。第1章核糖核酸调节子概述I3

表1.1在选定的原核生物基因组中编码和非编码蛋白质区域的分布生物体基因组长度/kb

编码蛋白质非编码蛋白质基因数目部分/%部分/%

真细菌解豚支原体7518812577

大肠杆菌463984164000

麻风杆菌326873272584

古细菌P.horikoshii173987131636

詹氏甲统球菌166583171599

嗜热太古细菌299277232610

真核生物脑胞内原虫290090102000

酿酒酵母1200071295651

裂殖酵母1246357434824

拟南芥115410297125500

线虫97000277318424

黑腹果蝇180000138713600

人300000029830000-40000

另一方面,一些真核生物基因组的全部序列的确定结果也很令人失望。编码蛋白质的基因数量远远低于人们当初的预想。线虫和昆虫的基因组DNA的数量只是酵母或细菌基因组的两倍,哺乳动物的基因组数量是非脊椎动物的两倍[10.11J。在哺乳动物中基因组的数目是非常保守的。人类99%编码蛋白质的基因与鼠的基因是同源的。在不同个体中编码蛋白质的基因占整个基因组比例的可变性大约在0.3%。因此很清楚的是,单独的蛋白质序列不是造成物种间和物种内所观察到的差异的原因。所以,生命形式的多样性很可能由DNA基因组中非编码蛋白质和大量的未知部分所编码。在哺乳动物中,至少有50%的基因组DNA序列都包含重复序列,其中大部分是转座子起源的。间插序列(interveningsequence)增加了真核生物的基因组另一层次的复杂性。内含子构成了初级转录物的相当大一部分,在高等真核生物中多数编码蛋白质的基因中存在内含子(见第2章)。特定基因的内含子包含snoRNA的前体[12.13J。对真核生物基因组的编码序列和非编码序列的评估要比原核生物困难得多。与细菌相比真核生物转录物加工过程中通常只有一条DNA链作为模板参与转录,大量证据表明重叠基因被反向转录,通常产生ncRNA。非编码蛋白质的转录物可以分为两大类:持家RNA(housekeepingRNA)和调节RNA(regulatoryRNA)(图1.1)。持家转录物中组成型表达的RNA种类是细胞正常功能必不可少的。这部分包括参与初级转录物加工的所有种类RNA(snRNA、snoRNA、RNAasePRNA、gRNA),参与翻译(tRNA、rRNA)和翻译质控(tmRNA)的RNA。这里同样包括端粒酶相关RNA、穹窿RNA(vaultRNA)和SRPRNA。调节RNA(regulatoryRNA)或核糖核酸调节子"(riboregulator)或活传乳个

非编码RNA

转录物非编码蛋白质的转录物

X基色

持家RNAtRNArRNAsnRNAtmRNARNasePRNAvRNAgRNAMRPRNASRPRNA端粒酶末端转移酶RNA调控功能RNA转录调节/染色质结构调节翻译调节蛋白质功能的调节RNA!蛋白质定位的调节

其他?sese图1.1转录组

蛋白质编码的和非编码的RNA分子

ff:R丁

s主

王军

构成了更加多样的组群。从广义上说,它包括真核生物和原核细胞中涉及基因表达不同方面的特异调控的转录物。在调控RNA水平能影响从转录调控到翻译控制的细胞加工过程。其作用的机制也是多样化的。最明显的方式是RNA分子通过与mRNA的反义作用影响基因的表达。在调节RNA中,我们也发现转录因子的调节子和RNA参与了染色质结构的修饰,因而在很早期影响基因表达。核糖核酸调节子有不同的大小,小的如microRNA,长度大约为ZOnt;细菌的转录后调节子,长度约lOO~ZOOnt;在哺乳动物中有超过lokb的长转录物。迄今为止,大部分的ncRNA都是在实验中获得的。除了经典的持家RNA分子外,对于在基因组序列中如何寻找定位新的ncRNA分子还没有一个明确的标准。关于ncRNA数量问题仍未确定。存;

RNA调节子的功能1.4

适z的

达斗

D

现有的证据表明,在所有的生物体当中包括ncRNA在内的分子调控过程是非常普遍的。RNA如此适合这一目的的原因之一是在单细胞水平和分子系统的宏观进化上是高效的。与蛋白质比较而言,RNA分子合成和降解所需的能量更少。而且RNA分子较蛋白质更不稳定也是一个优点,因为用作瞬时信号的调节分子应当快速降解。在许多例子中核糖核酸调节子只需要与靶RNA中的互补序列通过碱基配对的方式行使功能,而蛋白质则需要更为复杂的RNA结合结构域。在真核生物中,基因表达的转录调控一般是在染色质结构水平上完成的。众所周知,有时RNA是染色质的丰富组成成分,但其存在被归因于参与新生的转录物