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如何查找基因的序列(带图表)

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gi|125806|sp|P01658|KV3F_MOUSE IG KAPPA CHAIN V-III REGION ... 33
0.30
gi|125808|sp|P01659|KV3G_MOUSE IG KAPPA CHAIN V-III REGION ... 33
0.30
gi|1172451|sp|Q05793|PGBM_MOUSE Basement membrane-specific ... 33
Query: 181 Sbjct: 175
EYEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVGSLNIGDVQLEKP 226 +YEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVG+L+IGD QLEKP DYEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVGNLHIGDAQLEKP 220
如果想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击NM_001025366.1， 得到如下界面：
If the gene sequence is known, and you want to find the corresponding GenBank ID, use /BLAST/ Click on the type of nucleotide search you want and enter the sequence. Results will be displayed with the GenBank ID included. To view information about a gene sequence with a given GenBank ID, go to /entrez/query.fcgi? db=Nucleotide
35
0.095
gi|1730075|sp|P01625|KV4A_HUMAN IG KAPPA CHAIN V-IV REGION LEN 34 0.26
gi|1718188|sp|P52583|VGR2_COTJA Vascular endothelial growth... 33
0.28
gi|125833|sp|P06313|KV4B_HUMAN IG KAPPA CHAIN V-IV REGION J... 33 0.30
举例说明，例如：在2003年JBC的文章（Conditional Knock-out of Integrin-
linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation）中出现了“calreticulin (GenBank accession number gi 16151096)”， 那么把“16151096”输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到该基因了（当 然包括基因序列等相关信息）。
0.052
gi|114764|sp|P15530|C79B_MOUSE B-cell antigen receptor comp... 36
0.064
gi|1718161|sp|P53767|VGR1_RAT Vascular endothelial growth f...
35
0.080
gi|125735|sp|P01681|KV01_RAT Ig kappa chain V region S211
1
2 3
比对结果会在10秒左右后出现， 注意结果很多，一直下拉右侧工具条，会看到很多不同意义的比对结果。
• Search BLAST (/BLAST/) for P11912
Database: All non-redundant（非冗余） sequences 6,507,231 sequences; 2，219，987，828 total letters
如果你只想获得序列（例如去设计PCR引物的时候），那就可以选择FASTA，这样 就得到了FASTA格式的序列文件，没有其他数字和格式的干扰。
这就是FASTA格式的序列：
练习 1： 请在Entrez的蛋白质数据库中查找，gi (NCBI GenBank
ID)为13375618所登录的蛋白质的名称，并且回答该蛋白含
0.41
直接往下拉，会出现下面的画面—直接的每一组比对结果
>gi|126779|sp|P11911|C79A_MOUSE B-cell antigen receptor complex associated protein alpha-chain precursor (IG-alpha) (MB-1 membrane glycoprotein) (Surface-IGM-associated protein) (Membrane-bound immunoglobulin associated protein) (CD79A) Length = 220
e-133
gi|728993|sp|P40293|C79A_BOVIN B-cell antigen receptor comp...
312
3e-85
gi|126779|sp|P11911|C79A_MOUSE B-cell antigen receptor comp... 278
5e-75
gi|728994|sp|P40259|C79B_HUMAN B-cell antigen receptor comp... 55
Score = 278 bits (711), Expect = 5e-75 Identities = 150/226 (66%), Positives = 165/226 (73%), Gaps = 6/226 (2%)
Query: 1 Sbjct: 1
MPGGPGVLQALPATIFLLFLLSAVYLGPGCQALWMHKVPASLMVSLGEDAHFQCPHNSSN 60
1e-07
gi|125781|sp|P01618|KV1_CANFA IG KAPPA CHAIN V REGION GOM 38
0.019
gi|125361|sp|P17948|VGR1_HUMAN Vascular endothelial growth ... 37
0.042
gi|549319|sp|P35969|VGR1_MOUSE Vascular endothelial growth ... 36
Too much!!!
点击箭头所指的Limits,
出现了如下界面
Limits的意思其实就是高级检索，你可以在这里对检索词进行很多限制，这样能 大大精简查询结果。
在Limits这个界面，先选择查询的限定范围。人的VEGF基因，那就开始选择： 先选Gene name(基因名称)；然后再选择Limit by Taxonomy（生物分类限定） 中的Homo sapiens（人类），然后再点击“GO”
直接往下拉，会出现下面的画面
• Distribution of Hits:
ห้องสมุดไป่ตู้
直接往下拉，会出现下面的画面
• Score E Sequences producing significant alignments:
Score E-Value
gi|547896|sp|P11912|C79A_HUMAN B-cell antigen receptor comp... 473
How to use the BLAST?
Example: NCBI Blast
Step 1: Run the Blast
NCBI BLAST /BLAST/
Step 2:Choose the program to use
Step 3: Input the data， 可以直接输入登录号，或者是gi number
可以通过查找原始数据库获得登录号。
• Search SWISSPROT for Immunoglobulin:
SWISS_PROT:C79A_HUMAN P11912
如果不知道登录号或者gi number,则可以直接粘贴已知序列
Step 4: Choose search set and program selection， and put the BLAST to start the search
MPGG
+ LL LS LGPGCQAL + P SL V+LGE+A C N+
MPGG----LEALRALPLLLFLSYACLGPGCQALRVEGGPPSLTVNLGEEARLTC-ENNGR 55
Query: 61 Sbjct: 56
NANVTWWRVLHGNYTWPPEFLGPGEDPNGTLIIQNVNKSHGGIYVCRVQEGNESYQQSCG 120 N N+TWW L N TWPP LGPG+ G L VNK+ G C+V E N ++SCG NPNITWWFSLQSNITWPPVPLGPGQGTTGQLFFPEVNKNTGACTGCQVIE-NNILKRSCG 114
下面就是点击VEGFA后出现的界面：
再往下看，可以看到Genomic regions, transcripts, and products，这里显示 了该基因在基因组中的位置，以及转录本的生成情况
就看见了目的基因的mRNA的链接（如NM_001025366.1）和蛋白质的链接 （如NP_001020537.2）
如何查找基因序列？ ——在Genbank中寻找目的基因
1. 根据文献
搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而 且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开 ，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把 Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。

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应用NCBI查找连续的mRNA cDNA 蛋白序列

应用NCBI查找连续的mRNA cDNA 蛋白序列

应用NCBI查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列(多图) Time：2009-12-30 PM 14:27Author:bioer Hits: 1120timesPart two：如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列（以人类的IL6为例）(作者：urbest)一、进入NCBI主页：/在search后面选择Gene，在for后面填写需要查找的基因的名字。

如图所示：点击“Go”，出现以下界面：出现了很多基因序列，在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接，这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名（Other Aliases）与你的目的基因一致，根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。

上图中我需要的IL-6是标号为2的序列。

二、查找cDNA、mRNA和蛋白序列1. 查找cDNA序列①点击Order cDNA clone，出现目的页面如图所示：②点击Clone Sequence后面的链接即可得到cDNA序列。

点击后如图所示（只抓取其中一部分）：2. 查找mRNA、蛋白序列回到步骤1点击“Go”之后出现的页面，点击目的基因的名字，出现以下页面（只抓取相关部分）：页面的下半部分，即可以获取mRNA和蛋白序列的部分：找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”，它分为几个板块，第一个“mRNA and Protein”区可以让我们找到连续的编码mRNA序列和蛋白序列。

在mRNA and Protein下面有两个序列代码（中间划有一个箭头），这代表了mRNA序列和蛋白序列。

分别点击就可以得到相应的序列页面。

点击后如图所示，mRNA序列：蛋白序列如下：NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二个板块是Reference assembly，它下面显示的是Genomic ，点击Genomic下面Reference assembly对应的Genbank或FASTA即可出现编码的DNA序列（注意：只是编码序列，其中包括内含子，但一般没有5…非编码区）。

一步一步教你使用NCBI查找DNA

一步一步教你使用NCBI查找DNA

一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。

现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。

希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。

关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白

NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白

NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个全球顶级的生物医学数据库，提供了大量的基因序列和相关的生物信息。

在这个教程里，我们将介绍如何在NCBI中基因转录本序列以及相关编码蛋白。

第一步：访问NCBI网站首先，打开你的浏览器，并输入 "NCBI"，然后点击按钮。

在结果中，选择并点击进入 "NCBI - National Center for Biotechnology Information" 的官方网站。

第二步：选择数据库在NCBI的官方网站中，你可以看到很多不同的数据库。

对于本教程，我们将使用 "GenBank" 数据库来基因转录本序列以及相关编码蛋白。

点击页面左上角的 "Databases" 菜单，然后选择 "Nucleotide" 数据库，它是用于基因序列的数据库。

第三步：基因转录本序列在 "Nucleotide" 页面中，你会看到一个框，可以输入你感兴趣的基因的名称或相关关键词。

在框中输入基因的名称或相关关键词，然后点击按钮。

此时，你将看到与该基因相关的转录本序列的结果列表。

除了查找基因转录本序列，你还可以使用NCBI相关的编码蛋白质序列。

在 "Nucleotide" 页面中，选择 "Protein" 或 "Protein database" 选项卡。

在框中输入与你感兴趣的蛋白质相关的关键词，并点击按钮。

此时，你将看到与该蛋白质相关的转录本或基因的结果列表。

点击结果列表中感兴趣的蛋白质，你将进入蛋白质的详细页面。

在这个页面上，你可以找到该蛋白质的序列以及其他相关信息。

总结：在NCBI中基因转录本序列及相关编码蛋白可以通过以下步骤完成：1.访问NCBI官方网站；2.选择 "GenBank" 数据库；3.你感兴趣的基因的名称或相关关键词；4.点击结果中的转录本，查看序列和其他详细信息；5.如果你想相关编码蛋白质，选择 "Protein" 选项卡，并输入相关关键词；6.点击结果中的蛋白质，查看蛋白质序列和其他相关信息。

已知基因名称,获得基因序列的方法

已知基因名称,获得基因序列的方法

已知基因名称,获得基因序列的方法在现代基因科学中，获得基因序列以及进行基因组学研究已经成为一个重要的科学研究方向，这对于深入了解生物学以及可以开发出更好的生物医药技术来说具有重要的意义。

本文将重点介绍一些已知基因名称获得基因序列的方法。

第一步：基因名称查询在进行基因序列获得前，我们首先要获取基因名称。

基因名称通常由国际命名委员会命名，我们可以直接在该委员会的网站或其他数据库上查询。

在这些数据库中，有许多已知的基因名称可以查询，比如NCBI、Ensembl等等。

第二步：选择适当的工具在获得基因名称后，我们就需要选择适合的工具来获得这些基因序列。

目前，基因序列获得主要有两种方法：实验室基因克隆和生物信息学基因序列预测。

这两种方法都各自具有其优缺点。

而在实验室基因克隆方面，通常都是通过先获取基因文库，然后进行一系列的克隆、提取等操作，而在生物信息学基因序列预测方面则依靠一些软件如PERL、BLAST、GenBank等来预测 and 获取基因序列。

第三步：通过BLAST查询BLAST是基于哈希表的序列比较程序，其主要作用是为获得基因序列的完整性提供精确的信息。

通常情况下，BLAST会对已知的 DNA 序列库进行比对。

我们可以利用这些比对结果来帮助我们获得基因序列。

第四步：序列比对在根据比对结果获得基因序列数据后，我们需要使用序列比对软件来对这些序列进行比对。

比对方法通常分为全序列比对和局部序列比对两种，两种方法各自具有不同的应用场景。

全序列比对通常用于比对两个填满的序列，而局部序列比对则适用于比对一段序列和另一段序列的部分区域。

第五步：多序列比对多序列比对可以比对多个序列以及基因组的序列，其主要作用是确定各个基因识别的区域以及各种变异情况。

多序列比对通常使用MAFFT、Clustal等比对软件来进行。

总之，获得基因序列的方法可以分为基因名称查询、选择适当的工具、通过BLAST查询、序列比对以及多序列比对等步骤。