怎样使用NCBI搜索并下载基因序列

ncbi使用指导导言：NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库。

NCBI提供了丰富的生物学资源，包括基因序列、蛋白质序列、科学文献等。

本文将为您介绍如何使用NCBI来获取和利用生物学信息。

一、注册NCBI账号在使用NCBI之前，首先需要注册一个账号。

在NCBI官方网站（）的主页上，点击右上角的“Sign In”按钮，并选择“Register for an NCBI account”。

根据提示提供相关信息，完成注册流程。

二、搜索和获取基因序列1. 打开NCBI网站后，点击主页上的“Search”按钮，进入搜索页面。

2. 在搜索框中输入您感兴趣的基因名称或者序列标识符，如“BRCA1”。

3. 点击“Search”按钮进行搜索。

4. 在搜索结果中，选择您需要的基因序列，点击链接进入该基因的详细信息页面。

5. 在详细信息页面中，您可以获取该基因的序列信息，可以下载或拷贝该序列以供后续分析使用。

三、检索科学文献1. 在NCBI主页上方的搜索框中，选择“PubMed”为搜索目标。

2. 输入您感兴趣的科学文献关键词，如“cancer treatment”。

3. 点击搜索按钮进行检索。

4. 在搜索结果中，选择您需要的文献，点击链接进入该文献的详细页面。

5. 在详细页面中，您可以阅读文章摘要，并根据需要下载全文或进行其他操作。

四、利用NCBI工具进行序列分析1. 在NCBI主页上方的菜单栏中，选择“Tools”进行工具选择。

2. 根据您的需求选择相应的工具，如“BLAST”进行序列比对分析。

3. 进入选择的工具页面后，按照提示上传或输入您的序列数据。

4. 设定参数并运行分析。

5. 分析完成后，您可以查看比对结果、序列保守性等信息，并进行进一步的分析和解释。

五、订阅NCBI数据库更新信息1. 在NCBI主页上方菜单栏中选择“NCBI Account”。

ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。

以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。

2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。

3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。

4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。

5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。

6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。

7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。

8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。

NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个全球顶级的生物医学数据库，提供了大量的基因序列和相关的生物信息。

在这个教程里，我们将介绍如何在NCBI中基因转录本序列以及相关编码蛋白。

第一步：访问NCBI网站首先，打开你的浏览器，并输入 "NCBI"，然后点击按钮。

在结果中，选择并点击进入 "NCBI - National Center for Biotechnology Information" 的官方网站。

第二步：选择数据库在NCBI的官方网站中，你可以看到很多不同的数据库。

对于本教程，我们将使用 "GenBank" 数据库来基因转录本序列以及相关编码蛋白。

点击页面左上角的 "Databases" 菜单，然后选择 "Nucleotide" 数据库，它是用于基因序列的数据库。

第三步：基因转录本序列在 "Nucleotide" 页面中，你会看到一个框，可以输入你感兴趣的基因的名称或相关关键词。

在框中输入基因的名称或相关关键词，然后点击按钮。

此时，你将看到与该基因相关的转录本序列的结果列表。

除了查找基因转录本序列，你还可以使用NCBI相关的编码蛋白质序列。

在 "Nucleotide" 页面中，选择 "Protein" 或 "Protein database" 选项卡。

在框中输入与你感兴趣的蛋白质相关的关键词，并点击按钮。

此时，你将看到与该蛋白质相关的转录本或基因的结果列表。

点击结果列表中感兴趣的蛋白质，你将进入蛋白质的详细页面。

在这个页面上，你可以找到该蛋白质的序列以及其他相关信息。

总结：在NCBI中基因转录本序列及相关编码蛋白可以通过以下步骤完成：1.访问NCBI官方网站；2.选择 "GenBank" 数据库；3.你感兴趣的基因的名称或相关关键词；4.点击结果中的转录本，查看序列和其他详细信息；5.如果你想相关编码蛋白质，选择 "Protein" 选项卡，并输入相关关键词；6.点击结果中的蛋白质，查看蛋白质序列和其他相关信息。

ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。

该网站由美国国家卫生研究院（NIH）建立，旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。

以下是 NCBI 的使用指导：一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具，包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。

这些资源对于生物学和医学研究非常重要。

二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站：https:///2.在主页上，你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。

你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。

3.在数据库或工具页面，你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。

例如，在基因序列数据库中，你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。

三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库（GenBank）：提供了全球各种生物的基因序列信息。

2.蛋白质序列数据库（Protein Database）：提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。

3.基因组数据库（Genome Database）：提供了全球各种生物的基因组信息。

4.生物学文献数据库（PubMed）：提供了全球生物学和医学领域的文献信息。

四、NCBI 的实用工具1.BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。

2.Entrez：用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。

3.Coffee Break：用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。

五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时，请遵守相关的知识产权和版权规定。

一、NCBI上下载基因序列、mRNA 、CDS序列的方法1.打开NCBI网站，第一个框选择Gene，第二个框输入基因名称，如ALK基因，点击Search。

2.进入第二页面后，会看到如下一系列跟ALK基因相关的信息，根据description 和location 的信息，找到自己需要的基因。

空色框中表示的是物种，我需要的是人类的基因，故选择第一个。

点击ALK,进入下一个页面。

3.进入后，会看到以下关于ALK基因的详细信息：这些信息可以略过，往下查看，点击下图红色框中的See ALK in Genome Data Viewer，进入下个页面。

4.进入后会看到如下页面，：将鼠标箭头放在图中红色框中的绿色线上2--5秒，不用点击。

会看到下面的界面：（有些基因会出现好几个，根据自己的要求选择）第一个红色框中：NP 004295.2 表示蛋白质序列，NP代表蛋白质，004295是编号，后面的.2 代表更新状态，数值越大，版本越新。

NM 004304.4 表示mRNA 序列，NM表示mRNA，004304是编号，后面的.4 代表更新状态，数值越大，版本越新。

第二个红色框中：CCDS33172.1 表示CDS序列，CCDS表示CDS，命名规则同上。

第三个红色框中：NC 000002.12(29,192,774...29,921,611) 表示完整的基因序列，NC表示基因组。

括号中的数字表示这个基因的碱基长度，从29,192,774bp到29,921,611bp。

要下载蛋白序列、mRNA 序列、CDS序列、基因序列，直接点击红色框中的链接即可。

5.这里下载基因序列，点击后出现如下界面：点击右边的Send complete record file format（有好几种格式）Create File。

常用的是FASTA 格式和GenBank 格式。

GenBank 格式保存的信息更全面。

至此就把ALK基因的序列下载了。

NCBI使用指导1. 什么是NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是一个提供生物信息学相关服务的综合性数据库和资源平台。

NCBI的目标是收集、存储和分析全球生命科学研究数据，并为科学家和研究人员提供免费的访问和使用。

2. 注册和登录要使用NCBI提供的服务，首先需要注册一个账号。

在NCBI的官方网站上找到注册页面，填写相应的信息并创建账号。

注册成功后，可以使用注册邮箱和密码登录。

3. 常用功能介绍3.1 数据库搜索NCBI提供了多个数据库，包括PubMed、GenBank、BLAST等。

在首页可以看到这些数据库的链接。

通过点击相应的链接，可以进入对应数据库进行搜索。

3.1.1 PubMedPubMed是一个包含生命科学和医学文献的数据库。

在PubMed上可以搜索相关文献，并获取摘要或全文。

使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。

- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。

- 点击文章标题可以查看详细信息。

- 可以通过邮箱将文章发送给自己或他人。

3.1.2 GenBankGenBank是一个包含DNA序列和相关注释信息的数据库。

研究人员可以在GenBank中搜索并下载DNA序列。

使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。

- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。

- 点击序列编号可以查看详细信息。

- 可以将序列下载到本地。

3.1.3 BLASTBLAST是一种用于比对DNA、RNA或蛋白质序列的工具，可以找到与输入序列相似的序列。

使用方法： - 在搜索框中输入待比对的序列。

- 选择相应的数据库和参数设置。

- 点击搜索按钮，等待比对结果。

3.2 数据上传与下载NCBI允许用户上传自己的数据，并提供了相应的工具和接口。

同时，用户也可以从NCBI下载他人共享的数据。

NCBI微生物基因组批量下载亲爱的科研同僚们，在曲折的探索道路上是否还在为找不到目标物种的基因组而抓耳挠腮？不要哭，今天小编就为大家提供几个批量下载某物种或特定物种基因组并获取基因组预测及注释信息的方法。

一、通过FTP微生物基因组下载1、ftp:///genomes/GENOME_REPORTS主要是在分类学水平上对物种基因组信息以文件夹的形式归类，最终基因组整理统计的基本信息展示在Browse网站(第二部分详述)(1) ftp:///genomes/all/(2) ftp:///genomes/genbank/(3) ftp:///genomes/refseq/2、通过软件Filezila批量获取：将FTP地址输入Filezila软件中，点击快速链接，即可批量将数据导入个人电脑。

二、Batch Entrez微生物基因组批量下载：1、根据登录号①将登录号整理成一个List文件②登陆网址Batch Entrez(/sites/batchentrez)，将准备好的登录号文件(如下左图)上传至该网站，点击“Retrive”获取目标格式文件。

③跳转到统计界面，共搜索到8327条序列，点击“UID”④点击“Send to”可选择批量下载核苷酸序列、氨基酸序列以及gbk文件等。

2、根据物种名①登陆Browse网站https:///genome/browse/#!/overview/②根据物种对网站筛选条件进行限定，点击“Download”下载筛选后的物种信息统计表③整理下载后表格，用Excel自带的“分列/替换”功能对下图高亮列处理，提取物种基因组登录号，重复上述根据登陆号下载基因组的步骤。

三、FTP与批量下载基因组的差别FTP中基因组是以文件夹层级的形式存储，有些是将某物种基因组序列及注释信息存放在一起，有些是对目前所有已发表基因组序列的合并储存。

Batch Entrez软件批量下载结果中将list中包含的所有物种的基因组序列(fatsa)、基因序列(ffn)、gbk文件(gb)等分别储存至一个文件，以txt或fasta的形式存储，这需要用用户后续对所需信息进行提取。

首先打开NCBI，在搜索框选择【Genome】，然后输入你要下载的物种拉丁名。

如果NCBI还没有收录到该物种的基因组信息，比如我输入芥菜拉丁名Brassica juncea，搜索结果就如下面这样。

现在我们以拟南芥为例，下载拟南芥的基因组信息，输入拉丁名搜索结果如下：
点击“Genome Assembly and Annotation report”就进入下面的这个界面：
因为拟南芥基因组已经研究得比较透彻了，NCBI上也收录了不同版本的基因组信息，这个时候我们可以把scaffold和contig前面的√去掉，系统会自动为我们筛选比较好的基因组，一般来说我们选择level这一列中，测序水平最高的一组。

就是黑色部分占据面积最多的哈~(比如下面)
然后点击Assenbly这一列中的基因组组装编号，
终于进入全基因组下载界面：
（红框表示两个版本，上面的的版本是在下面版本的基础上更新的~）
我们下载最新的版本，点击TAIR10，终于进入下载界面了，在界面的右侧红框所示的地方即是下载链接~
注意哈，Genbank FTP site与Refseq.FTP.site都可以下载物种的全基因组信息，但是Genbank FTP site会提供RNA、蛋白的一个gff格式文件，而Refseq上没有（gff.是一个基因注释的文件，分析会用到)，所以我们一般会下载Genbank FTP site的版本~
点击Genbank FTP site 后界面是下面这样的~（如果链接打不开，可能是浏览器的原因，建议用IE 浏览器打开）
OK，现在可以下载你想要的基因组信息了~。

ncbi使用指导NCBI是美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）的缩写，是一个提供生物医学和遗传学相关数据和信息的数据库。

NCBI提供了许多工具和资源，以帮助研究人员在基因组学、蛋白质学、遗传学和生物信息学等领域进行研究。

以下是使用NCBI的一些基本指南：1. 访问NCBI网站：使用任何现代网络浏览器，打开NCBI的主页（https://）即可开始使用。

2. 搜索文献：在NCBI主页上的搜索框中，输入你要搜索的关键词，如基因名、疾病名或其他相关的信息。

点击“搜索”按钮，即可看到与你的搜索关键词相关的论文和研究。

3. 搜索序列：如果你希望搜索某个特定基因或蛋白质的序列，可以使用“基因”或“蛋白质”选项卡下的搜索工具。

在搜索框中输入你要搜索的序列信息，点击“搜索”按钮，即可找到与该序列相关的信息和研究。

4. 访问数据库：NCBI提供了许多数据库，如GenBank（基因组数据库）、PubMed（文献数据库）和BLAST（序列比对工具）。

你可以使用NCBI的导航菜单，选择你感兴趣的数据库进行浏览和搜索。

5. 下载数据：在NCBI的数据库中，你可以找到大量的基因组序列、蛋白质序列和其他相关数据。

你可以通过点击数据记录的链接，进入详情页，然后选择下载你需要的数据文件或信息。

6. 利用NCBI工具：NCBI还提供了一些生物信息学工具，如BLAST（序列比对工具）、Primer-BLAST（引物设计工具）和Gene Expression Omnibus（基因表达数据库）。

你可以使用这些工具进行基因序列比对、引物设计和基因表达分析等。

7. 阅读文献：NCBI的PubMed数据库是一个广泛的生物医学文献数据库，你可以使用关键词搜索文献，并阅读或下载全文。

你还可以使用PubMed Central（PMC）访问免费的全文文章。

总之，NCBI是一个丰富的生物医学信息资源，提供了许多工具和数据库，以帮助研究人员进行基因组学和生物信息学研究。