用NCBI查找基因序列教程

NCBI 良心教程，寻找基因转录本序列及相
3.点击search 进入该界面关编码蛋白
提及NCBI 我们大家都不陌生，研究物种基因功能可都靠它呢。

在NCBI 的快速搜索下，基因转录本序列以及相关编码蛋白信息那也是手到擒来。

然而当我们查找某个基因的相关信息时，就会发现该基因有很多个转录本。

所以尽管基因查询很简单，但要精确定位到自己所需的转录本核酸序列及蛋白信息仍是一个问题，今天小编就手把手教大家如何通过经NCBI 搞定此难题，以栗子为主，包学包会。

步骤
1.打开pubmed：https:///pubmed
2.选择基因并输入你要查找的基因名称，这里以TP53 基因为例：
4.点击第一个TP53 进入以下界面
5.下拉到NCBI Reference Sequences (RefSeq)区域，mRNA and Protein(s)下显示的就是该基因的转录本及其编码的蛋白：
6.一直下拉会发现该基因共有15 个转录本
案例
以第一个转录本为例来告诉大家怎样查找转录本的核苷酸序列及其编码的蛋白质的氨基酸序列。

7.点击NM_000546.5 后会出现以下界面
8.下拉到ORIGIN 区域即为该转录本的核苷酸序列
9.返回到以下界面
10.点击NP_000537.3 后会看到以下界面
11.下拉到ORIGIN 区域即为该转录本编码的蛋白质的氨基酸序列
获得该转录本的ORF 序列12.返回到以下界面
13. 点击CCDS11118.1 后会出
现
14.下拉到Nucleotide Sequence 区域即为该转录本的ORF 序列，Translation 区域是该转录本编码的蛋白质的氨基酸序列。

ncbi使用指导导言：NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库。

NCBI提供了丰富的生物学资源，包括基因序列、蛋白质序列、科学文献等。

本文将为您介绍如何使用NCBI来获取和利用生物学信息。

一、注册NCBI账号在使用NCBI之前，首先需要注册一个账号。

在NCBI官方网站（）的主页上，点击右上角的“Sign In”按钮，并选择“Register for an NCBI account”。

根据提示提供相关信息，完成注册流程。

二、搜索和获取基因序列1. 打开NCBI网站后，点击主页上的“Search”按钮，进入搜索页面。

2. 在搜索框中输入您感兴趣的基因名称或者序列标识符，如“BRCA1”。

3. 点击“Search”按钮进行搜索。

4. 在搜索结果中，选择您需要的基因序列，点击链接进入该基因的详细信息页面。

5. 在详细信息页面中，您可以获取该基因的序列信息，可以下载或拷贝该序列以供后续分析使用。

三、检索科学文献1. 在NCBI主页上方的搜索框中，选择“PubMed”为搜索目标。

2. 输入您感兴趣的科学文献关键词，如“cancer treatment”。

3. 点击搜索按钮进行检索。

4. 在搜索结果中，选择您需要的文献，点击链接进入该文献的详细页面。

5. 在详细页面中，您可以阅读文章摘要，并根据需要下载全文或进行其他操作。

四、利用NCBI工具进行序列分析1. 在NCBI主页上方的菜单栏中，选择“Tools”进行工具选择。

2. 根据您的需求选择相应的工具，如“BLAST”进行序列比对分析。

3. 进入选择的工具页面后，按照提示上传或输入您的序列数据。

4. 设定参数并运行分析。

5. 分析完成后，您可以查看比对结果、序列保守性等信息，并进行进一步的分析和解释。

五、订阅NCBI数据库更新信息1. 在NCBI主页上方菜单栏中选择“NCBI Account”。

如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例1. 根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。

举例说明，例如：在2003年JBC的文章（Conditional Knock-out of Integrin-linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation）中出现了“calreticulin (GenBank accession number gi 16151096)”，那么把“16151096”输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到该基因了（当然包括基因序列等相关信息）。

见附图在出现了检索结果界面（下图）后，直接点击红箭头所指的AY047586就可以看到基因的相关信息了...这里需要指出一下，在显示基因的页面右侧有一个Link，点击后出现一个小菜单，里面是与该基因相关的链接，很有用的，值得一个一个地去看看，这里我就不多说了。

点击 AY047586后出现的界面如下：下面还有......如果你只想获得序列（例如去设计PCR引物的时候），那就可以选择FASTA，这样就得到了FASTA格式的序列文件，没有其他数字和格式的干扰。

这就是FASTA格式的序列：2. 根据已经获得的基因的相关信息进行查找（待续......）如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢？还是举例说明，比如我想做的基因名称是人的VEGF基因，那么怎么在Genbank中找到它呢？还是一步一步来...打开/在search后面的下拉框中选择Gene，然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF”，点击GO...搜索结果出来了，let me see... 啊，怎么这么多？689条，哪一条是我想要的基因呢？（作者注：这也许是大多数人对Genbank的第一印象，即东西太多了，不知道是哪个。

ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。

以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。

2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。

3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。

4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。

5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。

6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。

7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。

8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。

NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个全球顶级的生物医学数据库，提供了大量的基因序列和相关的生物信息。

在这个教程里，我们将介绍如何在NCBI中基因转录本序列以及相关编码蛋白。

第一步：访问NCBI网站首先，打开你的浏览器，并输入 "NCBI"，然后点击按钮。

在结果中，选择并点击进入 "NCBI - National Center for Biotechnology Information" 的官方网站。

第二步：选择数据库在NCBI的官方网站中，你可以看到很多不同的数据库。

对于本教程，我们将使用 "GenBank" 数据库来基因转录本序列以及相关编码蛋白。

点击页面左上角的 "Databases" 菜单，然后选择 "Nucleotide" 数据库，它是用于基因序列的数据库。

第三步：基因转录本序列在 "Nucleotide" 页面中，你会看到一个框，可以输入你感兴趣的基因的名称或相关关键词。

在框中输入基因的名称或相关关键词，然后点击按钮。

此时，你将看到与该基因相关的转录本序列的结果列表。

除了查找基因转录本序列，你还可以使用NCBI相关的编码蛋白质序列。

在 "Nucleotide" 页面中，选择 "Protein" 或 "Protein database" 选项卡。

在框中输入与你感兴趣的蛋白质相关的关键词，并点击按钮。

此时，你将看到与该蛋白质相关的转录本或基因的结果列表。

点击结果列表中感兴趣的蛋白质，你将进入蛋白质的详细页面。

在这个页面上，你可以找到该蛋白质的序列以及其他相关信息。

总结：在NCBI中基因转录本序列及相关编码蛋白可以通过以下步骤完成：1.访问NCBI官方网站；2.选择 "GenBank" 数据库；3.你感兴趣的基因的名称或相关关键词；4.点击结果中的转录本，查看序列和其他详细信息；5.如果你想相关编码蛋白质，选择 "Protein" 选项卡，并输入相关关键词；6.点击结果中的蛋白质，查看蛋白质序列和其他相关信息。

1下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。

现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。

我也推荐大家使用这个序列。

4．点击上述三条序列第一条序列（即 reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在 Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为 FASTA 格式，还有一个是 GenBank 格式。

我推荐大家选择 GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而 FASTA格式只有基因序列。

6．在 Sequence Format 后选择 GenBank，然后点击下面的 Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。

点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。

你会看到: mRNAjoin(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的 3598位开始就是转录区了，即我们常说的 mRNA 片断，由于内含子的存在，所以 mRNA 在DNA 序列上分成了几段。

一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在NCBI 上都可以方便的找到答案。

现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI 的使用。

希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。

关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

1下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。

现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。

我也推荐大家使用这个序列。

4．点击上述三条序列第一条序列（即 reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在 Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为 FASTA 格式，还有一个是 GenBank 格式。

我推荐大家选择 GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而 FASTA格式只有基因序列。

6．在 Sequence Format 后选择 GenBank，然后点击下面的 Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。

点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。

你会看到: mRNAjoin(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) 这代表了从基因的 3598位开始就是转录区了，即我们常说的 mRNA 片断，由于内含子的存在，所以 mRNA 在DNA 序列上分成了几段。

一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、...最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。

现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。

希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。

关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。

ncbi中查找基因序列的方法和三个号码
ncbi主页，search中选择“BioProject(GenomeProject)”，点击：“search”
新界面中选择：“genome”
新窗口中选择：“Prokaryotes”：
出现“genomeproject”选项，选择下拉框内的你要查找的菌的域名：例如：“Euryarchaeota（广古菌域）”
下拉滚动条，选择要下载基因组的菌株名，例如：MethanococcusvoltaeA3
点击对应的基因组号：
选择：NC_014222.1 进入MethanococcusvoltaeA3chromosome,completegenome
【注：若选择CP002057.1 可直接进入“MethanococcusvoltaeA3,completegenome”。

】
1.查找蛋白序列：
选择：Proteincoding: 1717 ，此界面上可以看到蛋白功能等方面的信息：
display选项中选择：“ProtienFASTA”，如果想下载序列，选择sendto 中的文件格式，保存即可。

2.查找核酸序列：
选择：GenBank: CP002057
然后选择页面右上角的sendto可以进行下载。

初步总结如上，NCBI的强大功能还要不断摸索！。