环境生物技术
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环境生物技术概论
第二章
酶的功能和结构
酶的活性中心:酶分子中直接与底物结合,并和酶催化作用直接有关的区域叫酶的活性中心。
活性中心两部分:底物结合部位,催化部位。
活性中心特点:1.占比小2.三维实体3.非严格互补4.活性部位位于分子表面缝隙内5.通过次级键连接6.具有柔性
酶的催化特点:1.催化效率高2.高度专一性3.反应条件温和4.活性调节机制复杂
酶作用高效性机理:1.临近定向效应2.底物的形变与诱导契合3.酸碱催化4.共价催化
5.活性中心金属离子6.活性部位微环境的影响
影响酶活性因素:(1)酶的浓度:一定温度和pH条件下,底物浓度远远大于酶浓度时,酶浓度与反应速度城正相关,酶浓度很高时,曲线趋于平缓。
(2)底物浓度:酶浓度和其他条件恒定时
米-门公式SVVKmSmax
米氏常数意义:酶促反应速度达到最大速度一半时的底物浓度;只与酶的性质有关,与浓度无关;同一种酶对不同底物Km值不同;Km值受温度与pH值影响;对同一种酶而言,Km值小的底物是其最适底物
(3)反应温度(4)pH值(5)激活剂(6)抑制剂
酶活力概念:在一指定条件下,酶所催化的反应速度。
活力单位:在特定条件下(酶最适反应条件)每1min催化1μmol底物转化成产物的酶量即为一酶活力单位(U)。
酶的分离纯化主要方法:
物质间性质差异 设计的分离纯化方法
溶解度 盐析法;PEG沉淀法;有机溶剂沉淀法;等电点沉淀法
热稳定性 热处理法
电荷性质 离子交换层析法;电泳法
分子大小和形状 凝胶过滤法;超滤法;透析法;离心法
亲和作用 亲和层析法
疏水作用 疏水差异层析法 分配系数 双水相系统萃取法
亲和层析:利用被提取物质的生化功能来提取蛋白质(功能性提纯)。
原理:在生物分子中某些特定结构部位能够同其他分子相互识别并结合,这种结合既是特异的又是可逆的,改变条件可以使这种结合解除。生物分子间这种结合能力称为亲和力。
SDS-PAGE原理(SDS聚丙烯酰胺凝胶)
SDS:1%-2%十二烷基磺酸钠和强还原剂(巯基乙醇)
SDS-PAGE根据蛋白质亚基分子量不同来区分蛋白质(小分子,电荷高移动距离远)。
酶的固定化:
定义:将酶与水不溶性载体结合,制备固定化酶的过程。
酶固定化后性质变化:活性降低;对环境(pH,温度)等适应性提高;Km增大;Vmax不变。
第三章
基因工程基本程序:
切:带有目的基因的DNA片段获取。
连:在体外,将带有目的基因的DNA片段连接到载体上,形成重组DNA分子。
转:重组DNA分子导入受体细胞(亦称宿主细胞或寄主细胞)。
增:带有重组体的细胞扩增,获得大量细胞繁殖群体。
筛:重组体筛选。
基因工程载体:携带外源DNA片段,并将其带入受体细胞的,具有复制能力的DNA片段。
基本功能:1.运送外源基因高效转入受体细胞
2.为外源基因提供复制能力或整合能力
3.为外源基因的扩增或表达提供条件
目的基因获取
1.分离法-DNA文库和cDNA文库
基因组DNA文库:指将某生物体的全部基因组DNA用限制性内切酶或机械力量切割成一定长度范围的DNA片段,与合适的载体体外重组并转化相应的宿主细胞获得的所有阳性群落
cDNA文库:以mRNA为模板,在逆转录酶作用下反转录成cDNA;再以cDNA为模板,在DNA聚合酶I作用下,最终合成双链DNA。
cDNA文库与基因组文库比较;
(1)基因组文库克隆的是任何基因,包括未知功能的DNA序列;cDNA文库克隆的是具有蛋白质产物的结构基因包括调节基因。
(2)基因组文库克隆的是全部遗传信息,不受时空影响:cDNA文库克隆的是不完全编码的DNA序列,因此它受发育和调控因子的影响。
2. 化学合成法
合成较小分子基因
人工合成目的基因的先决条件是基因的核苷酸序列是已知的
缺点:
不能合成太大基因
合成基因时遗传密码兼并现象会为选择密码带来很大困难
费用较高
3. PCR扩增获得目的基因
PCR技术原理:在微量离心管中加入适量缓冲液,微量模板DNA,四种脱氧核苷酸,耐热性DNA聚合酶,一对合成DNA的引物,通过高温变性,低温退火,中温延伸三个阶段的循环合成DNA。每一次循环使特异区段的基因拷贝数扩大一倍。一般样品经过30次循环,可使基因的拷贝数达到百万。
第四章
细胞培养技术
细胞培养是指动物,植物和微生物在体外无菌条件的保存和生长
1. 配制培养基,对培养基进行灭菌
2. 取材和除菌
3. 接种,培养和传代
细胞融合(cell fusion)
外力(诱导剂或促融剂)作用下,两个或两个以上异源(种,属间)细胞或原生质体相互接触,从而发生膜融合,胞质融合和核融合并形成杂种细胞的现象。
植物组织培养
植物体根、芽愈伤组织外植体或细胞离体的植物器官、组织再分化脱分化植物组织培养条件
含有全部营养成分的培养基、一定的温度、空气、无菌环境、适合的pH值、适时光照等。
动物组织培养
动物细胞培养(组织培养)是将取自动物体的某些器官或组织的细胞,在模拟的体内生理条件下进行离体培养,使之存活和生长。
原代培养:以动物胚胎或出生不久的幼龄动物的器官或组织为材料,先用胰蛋白酶等使组织分散成单个细胞,然后配制成一定浓度的细胞悬浮液,放入培养瓶中,在培养箱中培养。
传代培养:随着细胞的生长和繁殖,培养瓶中的细胞越来越多,需要定期地使用胰蛋白酶使细胞从瓶壁上脱离下来,配制成细胞悬浮液,分装到两个或两个以上的培养瓶中培养。
植物细胞杂交
...组织培养再生壁去壁去壁杂种细胞融合原生质体植物细胞原生质体植物细胞BBAA
植物组织培养与动物组织培养比较
比较项目 植物组织培养 动物组织培养
原理 细胞全能性 细胞的增殖
培养基性质 固体培养基 液体培养基
培养基特有成分 蔗糖 植物激素 葡萄糖 动物血清
培养结果 植物体 细胞株、细胞系
培养目的 快速繁殖、培养无病毒植株 获得细胞或细胞分泌蛋白
植物体细胞杂交和动物细胞融合比较
比较项目 植物体细胞杂交 动物细胞融合
原理 植物细胞全能性 细胞膜流动性
融合前处理 用纤维素酶、果胶酶去壁 用胰蛋白酶使细胞分解
诱导方法 物理、化学方法 物理、化学、生物方法
用途 获得完整或部分植株 主要用于制备单克隆抗体 单克隆抗体:单个B细胞克隆产生的化学性质单一、特异性强的抗体(动物细胞融合最重要途径)
制备流程:
第五章
发酵工程三部分:
上游技术:优良种株的选育和保藏(包括菌种筛选、改造、菌种代谢路径改造等)
中游技术:发酵过程控制。主要包括发酵条件调控,无菌环境控制,过程分析和控制等。
下游技术:分离和纯化产品。包括固液分离技术、细胞破壁技术、产物纯化技术以及产品检验和包装技术等。
微生物代谢类型
1. 初级代谢产物:对数生长期的产物,如氨基酸、核苷酸、蛋白质、核酸 、糖类等,是菌体生长繁殖必需的。
2. 次级代谢产物:在菌体生长静止期,某些菌体能合成在生长期中不能合成的、具有一些特定功能的产物,如抗生素、生物碱、细菌毒素、植物生长因子等。这些产物与菌体生长无明显关系。
优良菌种选育
选育的目的:改善菌种的特性,使产量提高,改进质量、降低成本、改革工艺、方便管理及综合应用等。
菌种选育的方法:自然选育、诱变选育、杂交育种、基因定向育种、原生质体融合。
工业上常用的微生物 青霉素、葡糖糖氧化酶青霉菌酿酒根霉)蛋白酶(豆腐乳、豆豉毛霉酶、葡萄糖氧化酶有机酸、淀粉酶、果胶曲霉霉菌脱蜡酒精、啤酒、石油发酵酵母菌素、链霉素、红霉素)抗生素(土霉素、四环放线菌奶乳酸、干酪、泡菜、酸乳酸杆菌生产淀粉酶、蛋白酶枯草芽孢杆菌生产苏氨酸、天冬氨酸大肠杆菌细菌---------
微生物发酵方式
分批发酵(batch)、补料分批发酵(fed-batch)、连续发酵(continuous fermentation)
发酵过程参数
物理、化学、生物、间接(通过其他参数计算得到,如氧利用速率、呼吸强度)
第六章
生物监测
定义:利用生物的组分、个体、种群或群落对环境污染或环境变化所产生的反应,从生物学的角度,为环境质量的监测和评价提高依据,称为生物监测。
方法:
1. 生态(种群生态和个体生态)监测
2. 生物测试(毒性测试、致突变测定)
3. 生物的生理、生化指标监测
4. 生物体内污染物残留量测定