徐玲-乳腺癌与基因检测
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《中国癌症杂志》2009年第19卷第12期 CHINA ONCOLOGY 2009 Vol.19 No.1295321基因Oncotype Dx对乳腺癌预后研究的进展 [摘要] 目前最为有效的乳腺癌治疗模式是多学科综合标准化治疗。
然而长期以来缺乏有效的预后预测手段来指导患者的个体化治疗,以至于相当一部分化疗获益甚少的低风险患者也不得不接受化疗。
随着基因组学的发展,已有数个基因系列的检测结果被证实可以用于乳腺癌预后的预测,进而判断测患者从化疗中的获益,避免过度治疗。
21基因Oncotype Dx检测正是其中之一,其有效性及准确性已在各种临床研究中得到了证实。
本文就21基因Oncotype Dx对乳腺癌预后研究的进展进行综述。
[关键词] 乳腺癌; 21基因Oncotype Dx; 预后; 预测 中图分类号:R737.9 文献标识码:A 文章编号:1007-3639(2009)12-0953-06Progress in the research on 21-gene Oncotype Dx in breast cancer prognosis LIAO Ning,ZHANG Xu-chao (Department of Breast Cancer, Cancer Center, Guangdong General Hospital, Guangzhou Guangdong 510080,China)Correspondence to:LIAO Ning E-mail:drliao_ning@ [Abstract ] Currently the most effective treatment strategy for breast cancer is standardized multi-discipline comprehensive treatment. However, there are no effective models that can accurately predict prognosis, so that no guidance of individualized treatment has yet been set up, resulting in a proportion of patients with low risk who received chemotherapy with little benefit . With the development of genomics, several gene sets have been demonstrated to be helpful in predicting of breast cancer prognosis and grading the patients’ benefit from chemotherapy, thus avoid overtreatment. 21-gene Oncotype Dx was reported as one of them and has been demonstrated to be effective and accurate in various clinical studies. This paper summarizes researches on 21-gene Oncotype Dx in breast cancer. [Key words ] breast cancer; 21-gene Oncotype Dx; prognosis; prediction通讯作者:廖宁 E-mail:drliao_ning@ 乳腺癌是威胁女性的恶性肿瘤之一,近20年来,以手术为中心,化疗、放疗、内分泌治疗为辅助的多学科综合治疗模式�到长足的发展,使乳腺癌的复发和死亡率显著降低,但仍然缺乏有效的方法能够较为准确地预测患者的复发风险并给予相应的治疗。
SISH在乳腺癌HER-2基因检测中的应用价值周冬梅;陈刚;师怡;何银珠;郑雄伟【期刊名称】《现代肿瘤医学》【年(卷),期】2016(024)014【摘要】目的:探讨全自动银染原位杂交(SISH)方法在乳腺浸润性导管癌组织HER -2基因检测中的应用价值。
方法:分别采用免疫组化(IHC)、荧光原位杂交(FISH)、银染原位杂交(SISH)方法对105例乳腺浸润性导管癌组织中的HER -2基因进行检测。
结果:HER -2的 IHC 检测(-)、(1+)、(2+)、(3+)者与 FISH检测扩增的符合率分为100%、12.5%、46.5%、89.5%;SISH 和 FISH 检测结果的符合率为100%。
结论:SISH是一种快速、准确且重复性高的 HER -2基因检测方法,可作为 FISH 的替代技术。
%Objective:To evaluate HER - 2 gene expression of invasive breast carcinoma tissues determined by silver enhanced in situ hybridization(SISH)technique.Methods:Immunohistochemistry(IHC)and fluorescence in situ hybridization(FISH)and SISH was used for HER - 2 gene detection of 105 cases. Results:The coincidence rates of IHC( - ),(1 + ),(2 + ),(3 + )with FISH detection about HER - 2 gene were 100% ,12. 5% ,46. 9% , 89.5% ,respectively. The coincidence rate of SISH with FISH about HER - 2 gene amplification were 100% . Conclu-sion:SISH is a rapid,accurate and reproducible detection methods for HER - 2 gene. It is a potenial alternative meth-od of FISH.【总页数】4页(P2247-2250)【作者】周冬梅;陈刚;师怡;何银珠;郑雄伟【作者单位】福建医科大学附属医院福建省肿瘤医院病理科,福建省肿瘤转化医学重点实验室,福建福州350014;福建医科大学附属医院福建省肿瘤医院病理科,福建省肿瘤转化医学重点实验室,福建福州 350014;福建医科大学附属医院福建省肿瘤医院病理科,福建省肿瘤转化医学重点实验室,福建福州 350014;福建医科大学附属医院福建省肿瘤医院病理科,福建省肿瘤转化医学重点实验室,福建福州 350014;福建医科大学附属医院福建省肿瘤医院病理科,福建省肿瘤转化医学重点实验室,福建福州 350014【正文语种】中文【中图分类】R737.9【相关文献】1.CISH技术在乳腺癌Her-2基因检测中的应用 [J], 张伟;赵军;陈晓东;彭大云;陈敬文;周永梅2.FISH技术在乳腺癌HER-2基因检测中的应用价值评估 [J], 鞠薇薇3.HER-2基因检测在乳腺癌检测中的意义分析 [J], 黄创新;胡鹏4.血清HER-2、CA153及HE4联合检测在诊断乳腺癌中的应用价值 [J], 徐晨;沈利民;周小蕙5.乳腺癌组织中HER-2蛋白表达和HER-2基因检测及临床意义 [J], 要建超因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
21个基因检测评分在乳腺癌复发中的应用效果及影响因素研究安丽颖; 王鹏; 冯瑞刚; 李小静; 卜烨; 张晨洁; 李凯敏【期刊名称】《《临床输血与检验》》【年(卷),期】2019(021)006【总页数】5页(P626-630)【关键词】21基因检测复发评分; 乳腺癌; 应用效果; 多因素Logistic回归分析【作者】安丽颖; 王鹏; 冯瑞刚; 李小静; 卜烨; 张晨洁; 李凯敏【作者单位】072750 河北省保定市第二中心医院【正文语种】中文【中图分类】R392.11; R737.9乳腺癌是临床上常见的恶性肿瘤,是发生在乳腺腺上皮组织的恶性肿瘤,且99.0%发生在女性人群中,男性人群仅占1%,严重影响我国女性健康[1]。
目前,临床上对于乳腺癌以化疗、放疗、新辅助治疗及靶向综合治疗为主,虽然能降低患者治疗后复发率、死亡率,提高患者生活质量。
但是,乳腺癌异质性相对较强[2]。
根据基因表达谱不同将乳腺癌分为luminalA型、luminalB型、人类表皮生长因子受体2型、基底细胞型及normal-like型,不同类型乳腺癌具有不同的生物学特性,导致临床鉴别诊断难度较大[3]。
因此,加强乳腺癌患者的早期诊断、治疗对改善患者预后具有重要的意义。
21基因检测属于一种微创检测方法,多用于ER阳性、腋窝淋巴结阴性的早期乳腺癌复发风险评估中,包括:16个肿瘤相关基因与5个参考基因,从而计算出复发分数(RS)[4]。
国内学者研究表明[5]:RS<18分为低复发风险;RS在18~31分为中复发;RS≥31分为高复发风险。
研究表明[6]:将21基因检测复发评分用于乳腺癌患者中效果理想,能帮助患者确诊,为临床治疗提供依据和参考,但是不同学者的研究结果存在争议。
因此,本课题以2014年6月~2017年8月科室收治的乳腺癌患者90例为对象,探讨21基因检测复发评分在乳腺癌患者中的应用效果及其影响因素,现报道如下。
资料与方法1 临床资料选择2014年6月~2017年8月科室收治的乳腺癌患者90例,根据21基因复发风险评分将患者分为低危组、中危组和高危组。
1PART 什么是乳腺癌易感基因这是两种直接与乳腺癌有关的基因,分别命名为乳腺癌基因1号和乳腺癌基因2号,英文简称BRCA l和BRCA2。
它们都是抑癌基因,正常情况下能够抑制肿瘤,特别是乳腺癌的发生。
2PART 为什么要做乳腺癌易感基因检测人体的BRCA 基因发生突变,其抑制肿瘤的功能就丧失了。
这部分高危人群一生之中患乳腺癌的风险远高于常人。
据调查统计 显示女性BRCA1突变携带者一生中发生乳腺癌的风险达50-85%,并且突变携带者平均乳腺癌诊断年龄比一般人群要提早20多年。
有BRCA2基因突变者,患乳腺癌的风险达50%-85%。
在女性乳腺癌患者中,有33%-86%的患者被检测出有BRCA2基因突变。
乳腺癌已经成为女性最常见的恶性肿瘤之一。
全国肿瘤登记地区乳腺癌发病率位居女性恶性肿瘤的第1位。
女性乳腺癌发病率(粗率)全国合计为42.55/10万城市为51.91/10万农村为23.12/10万通过检测,我们能够做到:·明确自身患癌风险·对高危人群采取针对性体检和干预措施·在日常生活中有效预防·阻止病情发展于萌芽阶段地址:安徽省合肥市环湖东路107号安徽省肿瘤医院未携带BRCA1/2突变的女性人群,其风险约为10%普瑞迈德医学检验所,提供专业的乳腺癌易感基因检测服务,实现乳腺癌易感基因的精准检测。
3PART 血液检测服务4PART哪些人有必要做乳腺癌易感基因检测5PART 检测的流程6PART 如何看待检测结果·全面 覆盖绝大部分与乳腺癌和卵巢癌相关的BRCA1/2异常位点·准确 PCR检测技术是目前最先进的基因检测技术·可靠 经国内外多个临床试验证实·权威 BRCA1/2检测获NCCN、FDA、ASCO等美国权威机构批准和推荐检测优势血缘亲属中已有易感基因突变者或有乳腺癌家族史的女性月经初潮过早(12岁以前)闭经过迟(52岁以后)40岁以上未孕或第一胎足月产在35岁以后曾患有乳腺增生、卵巢囊肿或功能性子宫出血的女性有过多的X线胸透或胸片检查史者肥胖患者、糖尿病者、长期大量使用外源性雌激素者有烟酒不良嗜好、生活不规律、心理压力巨大、有巨大精神创伤者在体检中心/门诊开单检测血液BRCA1/2基因检测3400元/次采血5ml 检测报告将会在10个工作日内完成申请登记1检测 出报告33专家解读4样本采集2·检测结果应该由专业医生结合受检者个人健康状况和其家族史综合分析,并为受检者进行解读。
人类乳腺癌研究的最新进展乳腺癌是一种常见的恶性肿瘤,它的发生率一直在增长。
近年来,人类乳腺癌的研究取得了很多进展,包括疾病的基因、信号通路以及治疗手段等方面都有所突破。
本文就人类乳腺癌研究的最新进展进行介绍。
1. 基因与人类乳腺癌研究表明,乳腺癌是一种具有很高的遗传性的肿瘤。
科学家们发现,一些基因的改变会导致乳腺癌的发生。
据悉,BRCA1和BRCA2基因是人类乳腺癌中最重要的基因之一。
这两个基因的突变与乳腺癌的发生风险密切相关,可达到80%以上。
因此,基因检测已经成为乳腺癌治疗中的重要环节。
另外,在人类乳腺癌中,还有其他一些潜在的关键基因,如PIK3CA、TP53和ERBB2等。
这些基因的突变也与乳腺癌的发生和预后密切相关。
2. 信号通路与人类乳腺癌除了基因突变外,人类乳腺癌的发生还受到多种信号通路的调节。
P13K/AKT/mTOR信号通路在人类乳腺癌发生和发展中扮演了至关重要的角色。
这个信号通路能够调节肿瘤细胞的生存、增殖和转移等过程。
与此同时,ER(雌激素受体)信号通路也是乳腺癌发生和发展的重要驱动因素。
它被认为是针对ER阳性的乳腺癌的治疗靶点。
还有其他很多信号通路,如Wn t/β-catenin、Notch等,都参与了人类乳腺癌的发生和进展。
这些信号通路的研究与治疗策略制定密切相关。
3. 治疗手段与人类乳腺癌近年来,治疗人类乳腺癌的手段也得到了很大的发展。
化疗、内分泌治疗、放疗、靶向治疗等都是目前的主要手段。
其中,靶向治疗的进展最为显著。
靶向治疗通过针对肿瘤细胞的特异标记分子或关键信号通路,抑制肿瘤细胞的生长和增殖。
如HER2阴性的乳腺癌患者可采用靶向HER2的药物治疗,这种治疗手段已经成为HER2阳性乳腺癌患者的标准治疗之一。
此外,免疫治疗也是目前人类乳腺癌治疗的前沿领域之一。
在某些患者中,通过刺激患者的免疫系统,可以产生远期致死的抗肿瘤免疫效应。
总之,人类乳腺癌研究的最新进展涉及了基因、信号通路以及治疗手段等多个方面。
乳腺癌化放疗精准治疗指南乳腺癌化放疗精准治疗指南中日友好医院精准医学中心首都医科大学附属北京妇产医院精准医学中心2021年3月8日本指南,结合《NCCN 2021乳腺癌治疗指南》、PharmGKB及其他资料制定。
综合考虑了如何精准地增加辅助内分泌治疗、辅助化疗和辅助放疗的疗效,及如何尽量避免和干预治疗中的毒副作用。
乳腺癌精准治疗基因检测内容,分为:辅助内分泌治疗基因检测组套、辅助化疗基因检测、辅助放疗基因组套。
在实际应用中,尚可从这些组套中,选测拟用药物对应的基因,以降低患者费用负担。
一、乳腺癌辅助内分泌治疗,基因检测组套:6、8、10、33、243、244、245 药物基因 06CYP2D6(2850C>T) 基因中文名细胞色素氧化酶2D6 细胞色素氧化酶2D6 编码 6 8 10 乳腺癌,AA基因型的患者,代谢药物活性只有GG型的15%,药物易蓄积,代33 谢活性成分4-OH-他莫西芬的活性下降,患者总体生存率较GG型高。
GA基因型也比GG型高。
GG 基因型者总体生存率最低。
244 245 243 绝经后乳腺癌患者,使用来曲唑和阿那曲唑时,出现疼痛(including joint pain, muscle pain, bone pain, arthritis, diminished joint function, or other musculoskeletal problems),244位点的CC和245位点的AA为风险基因型。
当244/245为(TT/AA, CT/AA, CC/GG, CC/AG and CC/AA)时,OR为3.151 ER或PR阳性的乳腺癌患者,243的T碱基者、242的T碱基者,,使用芳香化乳腺癌,PM者,抗雌激素效果最差,预后差;IM者,抗雌激素效果较差,预后也较差。
EM者,抗雌激素效果好,预后好。
临床意义他莫昔芬 08CYP2D6(100C>T) 10CYP2D6(1758G>A) 细胞色素氧化酶2D6 33SULT1A1(638G>A) 磺基转移酶1A1的638位点,代谢酶244ESR1(454-397T > 阿那曲唑、来曲唑 C) 245ESR1(453-351A > G) 阿那曲唑243MAP4K4 (T>C) 雌激素受体基因雌激素受体基因有丝分裂原激活蛋白依西美坦激酶4 酶抑制剂阿那曲唑或依西美坦,骨质疏松和骨折风险增加。
癌基因检测及临床意义
魏海明;张笑人
【期刊名称】《国外医学:肿瘤学分册》
【年(卷),期】1995(022)001
【摘要】随着癌基因研究的不断深入,陆续建立了各种检测癌基因及癌基因产物的方法,包括Southern印迹、PCR、原位杂交、ELISA和免疫组化技术等,并已在临床诊断中得到应用,其中c-abl,c-erbB-2,myc,ras,p53等数种基因及其产物,已显示出明确的肿瘤诊断价值。
【总页数】4页(P3-6)
【作者】魏海明;张笑人
【作者单位】不详;不详
【正文语种】中文
【中图分类】R730.43
【相关文献】
1.卵巢癌患者血清CA125与癌基因表达检测的临床意义 [J], 杨德仁;周振英;彭素蓉
2.乳腺癌抑癌基因蛋白P16的检测及其临床意义 [J], 高鹤立;孙哲;纪卫华;李墨林
3.FISH在乳腺癌组织HER2/neu原癌基因检测上的应用及其临床意义的研究 [J], 王晓兰;姚凡;刘楠;吴云飞;郑新宇;李继光;邱雪杉;金锋
4.乳腺癌C-erbB-2癌基因产物与雌、孕激素受体检测的临床意义 [J], 徐正顺;张
小莉;张朝晖;刘岳文;张利红;周琪;徐川;吉巧红
5.胃癌患者血清中抑癌基因超甲基化检测的临床意义分析 [J], 肖凤祥;杨南胜因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
乳腺癌细胞中转移相关基因的筛选和分析乳腺癌是一种常见的恶性肿瘤,其转移能力是造成该疾病高度危险和复杂性的主要原因之一。
通过筛选和分析乳腺癌细胞中与转移相关的基因,可以有助于我们进一步了解乳腺癌转移机制,并为治疗和预防提供新的靶点。
一、筛选转移相关基因乳腺癌细胞中的转移相关基因可以通过多种方法进行筛选。
其中最常用且有效的方法是基因芯片技术和基因组学分析。
1. 基因芯片技术基因芯片技术是一种高通量的分子生物学工具,可在同一芯片上同时检测数万个基因。
通过对不同转移能力的乳腺癌细胞系进行基因表达谱分析,可以发现与转移密切相关的差异表达基因。
这些差异表达基因可能参与多种途径和生物过程,如增殖、凋亡、上皮-间质转化等。
2. 基因组学分析随着测序技术的不断发展,全球科学家合作完成了大规模癌症基因组学项目,包括乳腺癌。
通过对乳腺癌样本的基因组学分析,可以鉴定出与转移相关的基因突变、拷贝数变异等。
这些变异可能导致关键信号通路异常激活或抑制,并进一步促进或阻滞乳腺癌细胞的转移能力。
二、分析转移相关基因的功能筛选出的转移相关基因需要进行功能研究,以揭示其在乳腺癌转移过程中的作用机制。
1. 基于体内和体外实验采用体内模型和体外细胞实验是最常见且有效的方法之一。
通过改变转移相关基因的表达水平或功能,观察其对肿瘤生长、侵袭和迁移能力的影响,可以初步了解该基因在乳腺癌细胞转移中所起到的作用。
2. 功能通路网络分析利用生物信息学工具对筛选得到的转移相关基因进行功能通路网络分析,可以了解这些基因参与的关键信号通路以及它们在调控乳腺癌细胞转移中是否存在相互作用。
这种分析还有助于发现潜在药物靶点和治疗策略。
三、转移相关基因的临床意义乳腺癌细胞中转移相关基因的筛选和分析对于诊断和治疗具有重要临床意义。
1. 预后评估和预测某些特定的转移相关基因表达水平可作为乳腺癌患者预后评估和预测的标志物。
通过检测这些标志物在患者肿瘤组织中的表达水平,可以判断疾病进展的风险或预测某种治疗方法对患者的响应程度。
BCRA1基因突变对遗传乳腺癌发病风险影响分析探究BCRA1是BRCA1蛋白编码基因的简称,它是乳腺癌中最常见的致病突变基因之一。
乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤,而遗传因素在其中扮演着重要角色。
近年来,研究人员发现了BCRA1基因突变与遗传乳腺癌的密切关联,这一发现对于了解乳腺癌发病机制、预测个体乳腺癌风险和制定个体化治疗方案具有重要的临床意义。
BCRA1基因突变是指BCRA1基因中的某种序列发生了改变,从而导致蛋白质的结构或功能发生异常。
这些突变可以是错义突变、无义突变、移码突变等,它们对于BCRA1蛋白的正常功能产生了不同程度的影响。
因此,BCRA1基因突变会引起蛋白质在体内的异常积累,进而影响细胞的生长调控、DNA修复和基因表达等过程,最终导致细胞癌变和肿瘤发生。
研究表明,BCRA1基因突变与乳腺癌的发生风险密切相关。
大规模流行病学研究发现,BCRA1基因突变携带者的乳腺癌发病风险明显升高。
一项针对乳腺癌高风险家族的研究表明,BCRA1基因突变携带者患乳腺癌的风险比一般女性高出10倍以上。
另外,有研究发现,BCRA1突变不仅与乳腺癌的发病风险相关,还与患乳房、卵巢、子宫等其他恶性肿瘤的风险增加相关。
然而,并非所有的BCRA1基因突变携带者都会发展为乳腺癌。
这提示了其他潜在因素在BCRA1突变与乳腺癌发病之间的相互作用中起到了重要的调节作用。
环境因素、生活方式、遗传背景以及BCRA1突变的具体类型和位置等因素,都可能会影响突变携带者的乳腺癌风险。
因此,了解BCRA1基因突变对乳腺癌发病风险的影响是一个复杂的过程,需要进一步的研究来完善我们的认识。
为了更好地阐明BCRA1基因突变对遗传乳腺癌发病风险的影响,目前的研究正在不断深入。
一方面,科学家们正在寻找更多与BCRA1基因突变相关的突变位点,并研究这些位点的功能和表达变化。
另一方面,研究人员还在探究BCRA1突变与其他遗传因素的相互作用,以及突变携带者的个体差异和疾病预后等方面的关系。
高通量基因检测系统MammaPrint与乳腺癌预后预测王波【摘要】化疗是乳腺癌患者术后最重要的辅助治疗手段.由于传统的临床病理指标不能准确预测患者复发风险,因此不能准确筛选出哪些患者需要化疗、哪些患者不需要化疗.高通量基因检测系统MammaPrint已被证实可较准确预测相当一部分乳腺癌患者复发风险,因而可用于指导个体化治疗.本文就MammaPrint的临床应用及研究现状作一综述.%Chemotherapy is the most important postsurgery adjuvant therapy in the treatment of breast cancer. A major challenge is the selection of patients to determine who do require chemotherapy and who do not. The clinicopathological criteria is far from accurate for prediction of prognosis, causing a proportion of overtreatment. Using high throughput microarray analysis. MammaPrint which was identified can accurately divide patients into good and bad outcomes. The aim of this paper was to elaborate the research progress and its clinical utility for better understanding it.【期刊名称】《中国癌症杂志》【年(卷),期】2012(022)001【总页数】5页(P69-73)【关键词】MammaPrint;70-基因;基因表达谱;预后预测;乳腺癌【作者】王波【作者单位】广州医学院附属肿瘤医院乳腺肿瘤外科,广东广州510095【正文语种】中文【中图分类】R737.9乳腺癌是高度异质性疾病,临床分期及病理分级相同的患者对治疗的反应和预后大不相同。
泉州地区女性基因多态性与乳腺癌相关性研究陈紫萱;王青兰;蒋燕成;陈德波;张志珊【期刊名称】《中国卫生标准管理》【年(卷),期】2022(13)22【摘要】目的探讨趋化因子CXCL12(SDF-1)、CCL2(MCP-1)、CXCL8(IL-8)基因多态性与乳腺癌患者易感性及临床病理学意义。
方法选取2019年1—12月泉州地区乳腺癌患者和正常女性各150例作为研究对象,采用DNA测序方法检测CXCL12、CCL2、CXCL8的基因多态性,分析三个位点基因型分布与乳腺癌发病风险的相关性,并探讨其与临床病理的关系。
结果CXCL12基因GA型基因频率在两组间差异有统计学意义(P<0.05)。
在超显性模型下,GA型女性患乳腺癌的风险低于GG和AA型(OR=0.589,95%CI:0.369~0.938,P=0.026),其基因多态性与乳腺癌淋巴结转移、肿瘤大小相关(P=0.009、P=0.008)。
CXCL8等位基因A和T的频率在两组间有统计学差异(P=0.000),T基因患乳腺癌的危险度相对较高,但与临床病理特征无相关。
CCL2基因在两组间比较,差异无统计学意义(P> 0.05)。
结论CXCL12、CXCL8基因多态性与泉州地区乳腺癌女性有一定的相关性。
【总页数】6页(P37-42)【作者】陈紫萱;王青兰;蒋燕成;陈德波;张志珊【作者单位】福建医科大学附属泉州第一医院检验科【正文语种】中文【中图分类】R737【相关文献】1.青海地区汉、回族女性FGFR2基因多态性与乳腺癌相关性的初步研究2.全基因组相关研究SNP多态性阳性位点与黑龙江省女性乳腺癌发病相关性研究3.福建省泉州地区汉族人群TCF7L2 rs11196205基因多态性与T2DM的相关性研究4.FGFR2基因多态性与黑龙江地区女性乳腺癌相关性的研究5.泉州地区汉族人群Klotho G395A C370S F352V基因多态性与高血压的相关性研究因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
doi:10.3969/j.issn.1006-9852.2022.03.004乳腺癌和肺腺癌表达数据筛选骨癌痛潜在致痛基因刘小旦(北京大学基础医学院病理学系北京大学第三医院病理科,北京100191)摘要目的:通过乳腺癌和肺腺癌表达数据分析,筛选出骨癌痛潜在的致痛基因。
方法:采用生物信息学技术分析TCGA数据库中乳腺癌和肺腺癌的基因表达数据,并通过与人类分泌组蛋白基因比对,获得乳腺癌和肺腺癌中表达趋势一致的分泌组蛋白差异基因。
随后通过KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 通路富集分析这些差异基因的所在通路。
结果:和正常样本相比,乳腺癌样本中有1422个基因表达上调,2124个基因表达下调;肺腺癌中1106个基因表达上调,3133个基因表达下调。
其中,86个分泌组蛋白对应基因在乳腺癌和肺腺癌中一致上调,而244个分泌组蛋白对应基因在乳腺癌和肺腺癌中一致下调。
对这330个差异基因进行KEGG富集分析,发现了细胞因子-细胞因子受体相互作用等20条通路具有显著差异。
随后,通过文献回顾发现细胞因子CXCL、IL-6及TNF-α等与骨癌痛的发生有直接的关系。
本研究中发现的基质金属蛋白酶家族多个成员表达明显上调,这些蛋白对于肿瘤的骨转移以及骨质破坏和重塑发挥着重要作用,间接参与了骨癌痛的发生。
结论:通过肿瘤表达数据挖掘,本研究筛选出了数百个差异表达基因,其中多个基因已有报道参与了骨癌痛的发生和维持,其余可能是潜在的致痛基因。
关键词骨癌痛;乳腺癌;肺腺癌;生物信息学Screening for potential pain genes in breast cancer and lung adenocarcinoma using bioinformatics LIU Xiaodan( Department of Pathology, School of Basic Medical Sciences, Peking University Third Hospital, Peking Uni-versity Health Science Center, Beijing 100191, China)Abstract Objective: To screen for potential pain causing genes by analyzing the gene expression data of breast cancer and lung adenocarcinoma using bioinformatics. Methods: By analyzing the gene expression data of breast cancer and lung adenocarcinoma in the TCGA database using bioinformatics, and then comparing with human secretome genes, we obtained the secretome genes that were consistent between breast cancer and lung adenocarcinoma. Then, the pathways of these differentially expressed genes were analyzed by Kyoto En-cyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment. Results: Compared with normal samples, 1422 genes in breast cancer samples were up-regulated and 2124 genes were down-regulated. In lung adeno-carcinoma, 1106 genes were up-regulated and 3133 genes were down-regulated. Among them, 86 secretome genes were both up-regulated in breast cancer and lung adenocarcinoma, while 244 secretome genes were both down-regulated. By KEGG pathway enrichment analysis of these 330 differentially expressed genes, there were20 pathways such as cytokine-cytokine receptor interaction pathway that had changed significantly. Amongthem, CXCL, IL-6 and TNF-α et al. had been reported to contribute to the development of cancer-induced bone pain directly. What's more, increased expression of matrix metal proteinase family members found in our study had important roles in the metastasis of cancer and the remodeling of bone, which could contribute to the de-velopment of cancer-induced bone pain indirectly. Conclusion: By analyzing tumor gene expression data, we have screened out dozens of differentially expressed genes, in which many of them have been reported to be involved in the occurrence and maintenance of cancer induced bone pain, while the rest could be potential pain causing genes.Keywords cancer induced bone pain; breast cancer; lung adenocarcinoma; bioinformatics△通信作者刘小旦liuxiaodan@临床上很多常见的晚期肿瘤(乳腺癌、前列腺癌以及肺癌等)都会发生骨转移,并且75%骨转移病人经历着严重的疼痛(cancer-induced bone pain, 骨癌痛)[1]。