SOLiD 产品介绍(ABI 新一代高通量基因分析系统)
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ABI SOLid SequencingSolid技术Solid测序技术是ABI公司于2007年开始投入用于商业测序应用的仪器。
它基于连接酶法,即利用DNA连接酶在连接过程之中测序。
它的原理是:图a. Solid测序技术1.DNA文库构建片段打断并在片段两端加上测序接头,连接载体,构建单链DNA文库。
2.Emulsion PCRSolid的PCR过程也和454的方法类似,同样采用小水滴emulsion PCR,但这些微珠比起454系统来说则要小得多,只有1um。
在扩增的同时对扩增产物的3’端进行修饰,这是为下一步的测序过程作的准备。
3’修饰的微珠会被沉积在一块玻片上。
在微珠上样的过程中,沉积小室将每张玻片分成1个、4个或8个测序区域(图a)。
Solid系统最大的优点就是每张玻片能容纳比454更高密度的微珠,在同一系统中轻松实现更高的通量。
3.连接酶测序这一步是Solid测序的独特之处。
它并没有采用以前测序时所常用的DNA聚合酶,而是采用了连接酶。
Solid连接反应的底物是8碱基单链荧光探针混合物,这里将其简单表示为:3’-XXnnnzzz-5’。
连接反应中,这些探针按照碱基互补规则与单链DNA模板链配对。
探针的5’末端分别标记了CY5、Texas Red、CY3、6-FAM这4种颜色的荧光染料(图a)。
这个8碱基单链荧光探针中,第1和第2位碱基(XX)上的碱基是确定的,并根据种类的不同在6-8位(zzz)上加上了不同的荧光标记。
这是Solid的独特测序法,两个碱基确定一个荧光信号,相当于一次能决定两个碱基。
这种测序方法也称之为两碱基测序法。
当荧光探针能够与DNA模板链配对而连接上时,就会发出代表第1,2位碱基的荧光信号,图a和图b中的比色版所表示的是第1,2位碱基的不同组合与荧光颜色的关系。
在记录下荧光信号后,通过化学方法在第5和第6位碱基之间进行切割,这样就能移除荧光信号,以便进行下一个位置的测序。
Illumina 、454 、ABI 测序仪比较Illumina 测序仪Illumina 公司的新一代测序仪Genome Analyzer 最早由Solexa 公司研发,利用其专利核心技术“DNA 簇”和“可逆性末端终结(reversible terminator )”,实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。
Illumina 公司于2007年花费6亿美金的巨资收购了Solexa ,就是为了促成Genome Analyzer 的商品化。
Genome Analyzer 作为新一代测序技术平台,具有高准确性,高通量,高灵敏度,和低运行成本等突出优势,可以同时完成传统基因组学研究(测序和注释)以及功能基因组学以及功能基因组学 (基因表达及调控,基因功能,蛋白/核酸相互作用)研究。
Genome Analyzer 自上市以来,已经为千人基因组计划立下了赫赫战功。
今年早期,荷兰科学家利用它首次绘出女性的基因组图谱。
而就在前两周,家利用它首次绘出女性的基因组图谱。
而就在前两周,《《Nature 》杂志上一连出现三个人类基因组图谱:炎黄一号-第一个亚洲人图谱;第一个癌症病人图谱;第一个非洲人图谱。
它们全是依赖Genome Analyzer 完成的。
哗,一下就来仨!这和第一个人类基因组图谱的13年形成了多么鲜明的对照。
根据去年底的数据,Genome Analyzer 已售出约200台,估计是市场占有率最广的。
前不久,华大基因再添置了12台,准备放在香港和深圳的实验室,至此华大基因已经有29台Genome Analyzer 。
而著名的麻省理工学院和哈佛大学Broad 研究院拥有47台Illumina 测序仪。
众多实验室之所以选择Illumina ,看中的无疑是Genome Analyzer 的高性价比。
上个月,Illumina 将Genome Analyzer II 升级到Genome Analyzer IIx ,距年底实现单次运行获得95 GB 数据的宏伟目标又近了一步。
solid测序技术原理引言solid测序技术(Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection)是一种高通量测序技术,被广泛应用于基因组学、遗传学、癌症研究等领域。
本文将详细介绍solid测序技术的原理和应用。
solid测序技术概述solid测序技术是一种二代测序技术,首次由Applied Biosystems公司于2007年发布。
与其他二代测序技术相比,solid测序技术具有高准确性、高产出和高通量的优势。
solid测序技术流程solid测序技术主要包括DNA片段化、连接适配体、抗体依附、扩增和测序等步骤。
下面将对每个步骤进行详细介绍。
DNA片段化首先,需要将待测序的DNA样本进行片段化处理。
这可以通过机械切割、酶切或超声波破碎等方式实现。
连接适配体接下来,将DNA片段与适配体连接。
适配体是一种短的DNA序列,包含引物序列和特定的标识序列。
适配体的引物序列用于后续扩增和测序,标识序列用于将不同的DNA片段区分开来。
抗体依附连接适配体后,将DNA片段进行抗体依附。
抗体是一种特异性结合DNA的分子,可以用来捕获和固定DNA片段。
扩增抗体依附后,进行PCR扩增。
通过多轮PCR扩增,可以生成大量的DNA复制物。
每一轮PCR都会在适配体的引物上添加特定的标记序列,增加测序的准确性。
测序准备好扩增的DNA后,进行solid测序。
solid测序使用特殊的测序引物,通过多轮测序循环,在每一轮循环中,测序引物与DNA复制物首尾相连,然后通过荧光标记的碱基识别和离婺法确定DNA序列。
solid测序技术优势solid测序技术相比其他测序技术具有以下优势:1.高准确性:solid测序技术的错误率低于其他二代测序技术,可以达到0.1%以下。
2.高产出:solid测序技术可以同时测序数以亿计的DNA片段,产出高达几百Gb的测序数据。
3.高通量:solid测序技术的平台基于微阵列技术,可以并行测序大量的DNA片段,提高测序效率。