RT-PCR基础学习知识原理与实验操作技巧步骤
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一、实时荧光定量PCR原理(一)定义:在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号累积实时监测整个PCR 进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。
(二)实时原理1、常规PCR技术:对PCR扩增反应的终点产物进行定量和定性分析无法对起始模板准确定量,无法对扩增反应实时检测。
2、实时定量PCR技术:利用荧光信号的变化实时检测PCR扩增反应中每一个循环扩增产物量的变化,通过Ct 值和标准曲线的分析对起始模板进行定量分析3、如何对起始模板定量?通过Ct值和标准曲线对起始模板进行定量分析.4、几个概念:(1)扩增曲线:(2)荧光阈值:(3)Ct值:CT值的重现性:5、定量原理:理想的PCR反应:X=X0*2n非理想的PCR反应:X=X0 (1+Ex)n n:扩增反应的循环次数X:第n次循环后的产物量X0:初始模板量Ex:扩增效率5、标准曲线6、绝对定量1)确定未知样品的C(t)值2)通过标准曲线由未知样品的C(t)值推算出其初始量7、DNA的荧光标记:二、实时荧光定量PCR的几种方法介绍方法一:SYBR Green法(一)工作原理1、SYBR Green 能结合到双链DNA的小沟部位2、SYBR Green 只有和双链DNA结合后才发荧光3、变性时,DNA双链分开,无荧光4、复性和延伸时,形成双链DNA,SYBR Green 发荧光,在此阶段采集荧光信号。
PCR反应体系的建立及优化:1、SYBR Green 使用浓度:太高抑制Taq酶活性,太低,荧光信号太弱,不易检测2、Primer:引物的特异性高,否则扩增有杂带,定量不准3、MgCl2的浓度:可以降低到1.5mM,以减少非特异性产物4、反应Buffer 体系的优化5、反应温度和时间参数:由酶和引物决定6、其他与常规PCR相同(二)应用范围1、起始模板的测定;2、基因型的分析;3、融解曲线分析:可以优化PCR反应的条件,对常规PCR有指导意义,如对primer 的评价;可以区分单一引物、引物二聚体、变异产物、多种产物。
RT-PCR的步骤和注意事项RT-PCR(逆转录聚合酶链反应)是一种常用的分子生物学技术,用于检测和分析RNA的数量和表达水平。
下面是RT-PCR的基本步骤和一些需要注意的事项。
步骤1.提取RNA:RT-PCR的第一步是从样品中提取RNA。
常见的方法包括酚/氯仿提取法和商用RNA提取试剂盒。
2.逆转录:逆转录是将RNA转录成cDNA的过程。
逆转录反应需要逆转录酶和引物。
在逆转录反应中,RNA被逆转录酶逆转录为单链cDNA。
3.退火:将逆转录产生的单链cDNA进行退火,以得到双链cDNA。
退火的温度和时间应根据引物的特异性进行优化。
4.PCR扩增:将退火得到的双链cDNA作为模板进行PCR扩增。
PCR扩增需要DNA聚合酶和引物。
PCR扩增的温度和时间也应根据引物的特异性进行优化。
5.分析产物:将PCR扩增产物进行凝胶电泳分析或者实时荧光定量PCR分析,以检测和定量RNA的表达水平。
注意事项在进行RT-PCR实验时,有几个注意事项需要遵守:1.RNase污染:RNase是一种可以降解RNA的酶,极易污染实验室环境。
为了避免RNase污染,所有操作前都应使用RNase去除液对实验表面进行彻底清洁,并在操作过程中使用RNase-free的试剂和器具。
2.质控:在RT-PCR实验中应常规进行阴性对照和阳性对照。
阴性对照是用纯水代替RNA模板,而阳性对照是使用已知含有目标RNA的样品。
质控实验的结果应该符合预期,以确保实验的准确性和可靠性。
3.引物设计:引物是RT-PCR实验中非常重要的因素,合适的引物设计可以提高实验的特异性和灵敏度。
引物的选择应避免自身互补性,长度一般为18-24个碱基,GC含量在40-60%之间。
此外,引物的Tm值应相近,以确保PCR扩增的效果。
4.反应体系:RT-PCR反应体系的准备需要精确的计量。
反应的组分通常包括模板RNA,引物,逆转录酶,逆转录缓冲液,核苷酸混合液,PCR缓冲液,DNA聚合酶,dNTPs和MgCl2等。
RT-PCR实验原理与步骤【实验原理】RT-PCR 是以RNA 为模板经逆转录反应(Reverse Transcription,RT)产生cDNA第一链,再以cDNA 为模板进行PCR 扩增以检测目的基因的表达情况。
【实验仪器】1. 恒温金属浴2. PCR 扩增仪【试剂及配制】RNA PCR Kit (AMV) Ver 3.0试剂包括:1. AMV 反转录酶XL (5 U/ul)2. 10×反转录反应缓冲液3. RNAase 抑制剂(40 U/ul)4. 随机引物9 mers (50 pmol/ul)5. RNAase Free dH2O6. TaKaRa Ex TaqTM HS (5 U/ul)7. 5×PCR 反应缓冲液8. dNTP Mixture (各10 mM)【实验步骤】1. 反转录反应1)按下列组成配制反转录反应液MgCl2 2ul2. PCR 反应1)按下列组成配制PCR 反应液2)把此反应液加入到第一阶段反转录结束后的PCR 反应管中,轻轻混匀;3)按以下条件进行PCR 反应:94 ℃ 2 min,94℃ 30 sec、55 ℃ 30 sec、72℃ 4 min、30 cycles,72℃ 5 min。
4)琼脂糖凝胶电泳检测结果。
【注意事项】1. PCR 条件设定退火温度可根据实际情况适当地提高或降低(50℃~60℃)。
延伸时间因目的序列长度不同而不同。
cDNA 量较少时,循环次数可增加为40~50 次。
2. 当同时需要进行数次反应时,应先配制各种试剂的混合液(MasterMix),然后再分装到每个反应管中。
3. 使用酶类时,应轻轻混匀,避免起泡;分取前要小心地离心搜集到反应管底部;由于酶保存液中含有50%的甘油,粘度高,分取时应慢慢吸取。
4. 酶制品应在实验前才从-20℃中取出,使用后也应立即放回-20℃中保存。
5. 分装试剂时务必使用新的Tip 头,防止样品间污染。
rtpcr步骤及原理RTPCR步骤及原理摘要:反转录聚合酶链反应(RTPCR)是一种常用的分子生物学技术,用于定量检测RNA或DNA中特定序列的数量。
本文将介绍RTPCR的步骤和原理,包括反转录、PCR扩增和结果分析等方面。
同时也会讨论RTPCR的优点、限制和在科研和临床中的应用。
引言在生物医学研究和临床实践中,准确测定RNA或DNA中特定基因或序列的表达水平或存在数量是非常重要的。
反转录聚合酶链反应(RTPCR)是一种被广泛应用的技术,能够对目标序列进行定量和扩增。
一、反转录反转录是RTPCR的第一步,也是从RNA到cDNA的转录过程。
这一步骤利用反转录酶将RNA模板转录成互补的cDNA。
反转录的关键是一条RNA模板和逆转录酶的结合,逆转录酶能够将RNA依据其互补碱基配对的原则合成cDNA。
反转录需要一些关键的试剂,如RNA模板、逆转录酶、引物和dNTPs等。
RNA模板是目标序列的来源,逆转录酶则是反转录的关键酶。
引物是用于使逆转录酶能够开始合成cDNA运输链的小片段,而dNTPs则是逆转录酶用来合成cDNA的原料。
二、PCR扩增PCR扩增是RTPCR的第二步,也是从cDNA扩增目标序列的过程。
PCR扩增是利用聚合酶将靶DNA序列经过多次循环扩增成数量可检测的水平。
PCR扩增需要两个引物,一个用于标记出序列的起始点,一个用于标记出序列的终止点。
PCR扩增需要通过一系列的循环反应来不断扩增目标序列。
每个循环有三个关键步骤:变性、退火和延伸。
变性是通过高温来使DNA 的两个链分离,退火是通过低温使引物与靶序列结合,延伸则是通过温度合适的聚合酶来合成新的DNA链。
三、结果分析RTPCR的结果分析可以通过几种不同的方法进行,最常见的是凝胶电泳和实时定量PCR。
凝胶电泳是一种常见的分离DNA片段的方法,可以将PCR扩增的产物根据大小分离成不同的带状,在凝胶上的迁移速率还可以推测出片段的大小,并对扩增的特定基因进行定性和定量分析。
RT-PCR的步骤引言逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)是一种常用的分子生物学技术,用于从RNA样本中扩增特定的DNA片段。
该技术可以检测和定量特定基因的表达水平,并在疾病诊断、药物研究等领域发挥重要作用。
本文将介绍RT-PCR的步骤及其基本原理。
步骤1. 提取RNA在进行RT-PCR之前,首先需要从细胞或组织中提取RNA。
常用的RNA提取方法包括酚-氯仿法、硅胶酸盐柱法等。
通过这些方法,可以将总RNA或特定种类的RNA从样本中纯化出来,为后续的实验步骤提供RNA样本。
2. 逆转录(RT)逆转录是将RNA转录为相应的cDNA(互补DNA)的过程。
逆转录反应中使用逆转录酶,该酶具有转录RNA为cDNA的能力。
在逆转录反应中,逆转录酶合成一个与RNA模板互补的cDNA链。
常见的逆转录酶包括M-MLV逆转录酶和SuperScript逆转录酶等。
3. PCR扩增PCR扩增是通过引物(寡核苷酸序列)将需要扩增的目标DNA片段进行反复循环扩增的过程。
在PCR反应中,每轮反应包括三个步骤:解链、引物结合和延伸。
通过不断循环这三个步骤,DNA片段将被指数级扩增。
4. 凝胶电泳PCR扩增后,我们需要将扩增产物进行凝胶电泳,以确认是否扩增成功,并确定目标DNA片段的大小。
在凝胶电泳中,将PCR产物加载到琼脂糖凝胶孔中,并施加电场,1使DNA片段在凝胶中迁移。
通过与已知大小的DNA分子量标准进行比较,可以确定PCR扩增产物的大小。
结论RT-PCR技术已经成为分子生物学领域中不可或缺的工具。
通过逆转录和PCR扩增,可以快速、准确地扩增RNA样本中感兴趣的DNA片段,为疾病诊断和基因表达研究提供了重要的技术支持。
了解RT-PCR的步骤和基本原理,有助于更好地应用该技术进行实验和数据解读。
2。
RT-PCR步骤
一、总RNA提取
1. 取200mg组织,放到1.5mlEP管中,加入1mlTrizol剪碎。
2. 震荡30s。
3. 加0.2ml氯仿,剧烈摇动30s,室温3min。
4. 12000×g,4℃离心,15min。
5. 吸上层无色水相,移入另一EP管中(约0.5ml)。
6. 加等体积异丙醇,-20℃,30min。
7. 12000×g,4℃离心,10min。
在管底部可见微量RNA沉淀
8. 弃上清,加75%乙醇1ml,振荡。
9. 7500×g,4℃离心,10min。
10. 弃上清,用滤纸小心吸取残留液体,室温干燥5-10min。
11. 沉淀溶于20μlDEPC水,取1μl加入79μlDEPC水测OD260/OD280
12. 计算浓度与纯度,-70℃保存。
二、逆转录合成cDNA第一链反应体系如下
混匀快速离心一次
反应条件如下
-20℃冰箱冻存
三、PCR反应
混匀快速离心一次
反应条件如下
PCR产物-20℃冰箱保存
取PCR产物8μl加5×Loading Buffer 2μl 2%琼脂糖凝胶电泳120V。
100mA 30min 溴化乙锭染色,凝胶成象仪成象并保存结果。
RTPCR的原理实验步骤及应用概述逆转录聚合酶链式反应(Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction,简称RT-PCR),是一种常用的分子生物学实验技术,用于检测和定量分析RNA分子在细胞中的表达水平。
本文将介绍RT-PCR的原理、实验步骤及应用。
原理RTPCR利用逆转录酶(Reverse Transcriptase,简称RT)将RNA模板逆转录为cDNA(complementary DNA),然后通过聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,简称PCR)对cDNA进行扩增,最终得到大量的目标DNA片段。
RT-PCR的基本原理如下:1.逆转录:反转录酶RT利用RNA模板合成与之互补的cDNA。
在逆转录过程中,需要引入一条逆转录引物(反向互补RNA链)作为反转录的起始点。
2.PCR扩增:将逆转录合成的cDNA作为模板,引入一对特异性引物,通过PCR反应进行DNA扩增。
PCR反应分为三个步骤:变性、退火和扩增。
3.变性:将反应温度升高至95°C,使DNA双链变性为两条单链。
4.退火:将反应温度降低至特异性引物的退火温度,使引物与模板序列互相结合。
5.扩增:将反应温度升高至适合DNA聚合酶的活性温度,使DNA聚合酶逆反应合成DNA。
通过多轮的PCR反应,可以扩增出大量的目标DNA片段,其数量呈指数级增长。
实验步骤1. 样品处理首先需要从待检测的样品中提取总RNA,常用的提取方法有酚氯仿法和柱式纯化法。
提取得到的总RNA需要通过比色法或者用分光光度计进行测量,确保样品的质量和浓度。
2. 逆转录反应逆转录反应是将RNA模板转录为cDNA的过程。
需要准备逆转录试剂盒,主要包括逆转录酶、随机引物、dNTPs(脱氧核苷酸三磷酸盐)和逆转录缓冲液。
按照试剂盒说明书的配方,将总RNA与逆转录试剂混合,进行逆转录反应。
反应结束后,需要进行热灭活,以停止反应。
RT-PCR详细图文解析一、实时荧光定量PCR原理(一)定义:在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号累积实时监测整个PCR进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。
(二)实时原理1、常规PCR技术:对PCR扩增反应的终点产物进行定量和定性分析无法对起始模板准确定量,无法对扩增反应实时检测。
2、实时定量PCR技术:利用荧光信号的变化实时检测PCR扩增反应中每一个循环扩增产物量的变化,通过Ct值和标准曲线的分析对起始模板进行定量分析3、如何对起始模板定量?通过Ct值和标准曲线对起始模板进行定量分析.4、几个概念:(1)扩增曲线:(2)荧光阈值:(3)Ct值:CT值的重现性:5、定量原理:理想的PCR反应: X=X0*2n非理想的PCR反应: X=X0 (1+Ex)n n:扩增反应的循环次数X:第n次循环后的产物量X0:初始模板量Ex:扩增效率5、标准曲线6、绝对定量1)确定未知样品的 C(t)值2)通过标准曲线由未知样品的C(t)值推算出其初始量7、DNA的荧光标记:二、实时荧光定量PCR的几种方法介绍方法一:SYBR Green法(一)工作原理1、SYBR Green 能结合到双链DNA的小沟部位2、SYBR Green 只有和双链DNA结合后才发荧光3、变性时,DNA双链分开,无荧光4、复性和延伸时,形成双链DNA, SYBR Green 发荧光,在此阶段采集荧光信号。
PCR反应体系的建立及优化:1、SYBR Green 使用浓度:太高抑制Taq酶活性,太低,荧光信号太弱,不易检测2、Primer:引物的特异性高,否则扩增有杂带,定量不准3、MgCl2的浓度:可以降低到 1.5mM,以减少非特异性产物4、反应Buffer 体系的优化5、反应温度和时间参数:由酶和引物决定6、其他与常规PCR相同(二)应用范围1、起始模板的测定;2、基因型的分析;3、融解曲线分析:可以优化PCR反应的条件,对常规PCR有指导意义,如对primer的评价;可以区分单一引物、引物二聚体、变异产物、多种产物。
提取组织或细胞中的总RNA,以其中的mRNA作为模板,采用Oligo(dT)或随机引物利用逆转录酶反转录成cDNA。
再以cDNA为模板进行PCR 扩增,而获得目的基因或检测基因表达。
RT-PCR使测的灵敏性提高了几个数量级,使一些极为微量RNA样品分析成为可能。
该技术主要用于:分析基因的转录产物、获取目的基因、合成cDNA探针、构建RNA高效转录系统。
(一) 反转录酶的选择1. Moloney鼠白血病病毒(MMLV)反转录酶:有强的聚合酶活性,RNA酶H活性相对较弱。
最适作用温度为37℃。
2. 禽成髓细胞瘤病毒(AMV)反转录酶:有强的聚合酶活性和RNA酶H活性。
最适作用温度为42℃。
3. Thermus thermophilus、Thermus flavus等嗜热微生物的热稳定性反转录酶:在Mn2 存在下,允许高温反转录RNA,以消除RNA模板的二级结构。
4. MMLV反转录酶的RNase H-突变体:商品名为SuperScript 和SuperScriptⅡ。
此种酶较其它酶能多将更大部分的RNA转换成cDNA,这一特性允许从含二级结构的、低温反转录很困难的m模板合成较长cDNA。
(二) 合成cDNA引物的选择1. 随机六聚体引物:当特定mRNA由于含有使反转录酶终止的序列而难于拷贝其全长序列时,可采用随机六聚体引物这一不特异的引物来拷贝全长mRNA。
用此种方法时,体系中所有RNA分子全部充当了cDNA第一链模板,PCR引物在扩增过程中赋予所需要的特异性。
通常用此引物合成的cDNA中96%来源于 rRNA。
2. Oligo(dT):是一种对mRNA特异的方法。
因绝大多数真核细胞mRNA具有3’端Poly(A )尾,此引物与其配对,仅mRNA被转录。
由于Poly(A )RNA仅占总RNA 的1-4%,故此种引物合成的cDNA比随机六聚体作为引物和得到的cDNA在数量和复杂性方面均要小。
3. 特异性引物:最特异的引发方法是用含目标RNA的互补序列的寡核苷酸作为引物,若PCR反应用二种特异性引物,第一条链的合成可由与mRNA 3’端最靠近的配对引物起始。
RT-PCR原理与实验操作步骤关键词:RT-PCR 逆转录酶reversetranscriptase 聚合酶链式反应引物设计DNA 聚合酶一、知识背景:1、基因表达:DNA RNA Protein单拷贝基因表达存在逐步放大机制,如一个蚕丝心蛋白基因104个丝心蛋白mRNA(每个mRNA存活4d,可以合成105个丝心蛋白)共合成109个丝心蛋白。
因此单拷贝基因的mRNA表达水平对于其功能水平的调控是非常重要的。
2、PCR技术(olymerase chain reaction):即聚合酶链式反应。
在模板、引物和四种脱氧核苷酸存在的条件下依赖于DNA 聚合酶的酶促反应,其特异性由两个人工合成的引物序列决定。
反应分三步:A、变性:通过加热使DNA双螺旋的氢键断裂,形成单链DNA;B、退火:将反应混合液冷却至某一温度,使引物与模板结合。
C、延伸:在DNA聚合酶和dNTPs及Mg2+存在下,退火引物沿5' 3'方向延伸。
以上三步为一个循环,如此反复。
3、逆转录酶和RT-PCR逆转录酶(reverse transcriptase)是存在于RNA病毒体内的依赖RNA的DNA聚合酶,至少具有以下三种活性:1、依赖RNA的DNA聚合酶活性:以RNA为模板合成cDNA 第一条链;2、Rnase水解活性:水解RNANA杂合体中的RNA;3、依赖DNA的DNA聚合酶活性:以第一条DNA链为模板合成互补的双链cDNA.二、RT-PCR的准备:1、引物的设计及其原则:1)引物的特异性决定PCR反应特异性。
因此引物设计是否合理对于整个实验有着至关重要的影响。
在引物设计时要充分考虑到可能存在的同源序列,同种蛋白的不同亚型,不同的mRNA剪切方式以及可能存在的hnRNA对引物的特异性的影响。
尽量选择覆盖相连两个内含子的引物,或者在目的蛋白表达过程中特异存在而在其他亚型中不存在的内含子。
2)引物设计原则的把握:引物设计原则包括a、引物长度:一般为15~30bp ,引物太短会影响PCR的特异性,引物太长PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最适温度,也影响反应的特异性。
b、碱基分布:四种碱基最好应随机分布,避免嘌呤或嘧啶的聚集存在,特别是连续出现3个以上的单一碱基。
GC含量(Tm值):40%~60%,PCR扩增的复性温度一般是较低Tm值减去5~10度。
c、3'端要求:3'端必须与模板严格互补,不能进行任何修饰,也不能有形成任何二级结构的可能。
末位碱基是A时错配的引发效率最低,G、C居中间,因此引物的3'端最好选用A、G、C而尽可能避免连续出现两个以上的T。
d、引物自身二级结构:引物自身不应存在互补序列,否则会自身折叠成发夹状结构或引物自身复性。
e、引物之间的二级结构:两引物之间不应有多于4个连续碱基互补,3'端不应超过2个。
f、同源序列:引物与非特异扩增序列的同源性应小于连续8个的互补碱基存在。
g、5'端无严格限制:5'末端碱基可以游离,但最好是G或C,使PCR产物的末端结合稳定。
还可以进行特异修饰(标记、酶切位点等)等等。
根据实验目的选择适当的引物。
常用引物设计软件如Primer5.0,Oligo6.0等对于这些条件都可以自行设置。
2、耗材:实验所用的接触样品的耗材如冻存管、枪头、EP 管之类事先都需经过0.1%DEPC水浸泡处理,除去RNA酶,防止操作过程中RNA降解。
然后经高压灭活(灭菌和灭活DEPC)。
3、试剂准备:变性液、水饱和酚、乙酸钠、氯仿、异丙醇、75%酒精、经DEPC处理并高压的水。
三、RNA的提取方法:RT-PCR中从细胞分离的RNA的质量至关重要,包括RNA 的纯度和完整性。
RNA分离的最关键因素是尽量减少RNA 酶的污染。
但RNA酶活性非常稳定,分布广泛,除细胞内源性RNA酶外,环境中也存在大量RNA酶。
因此在提取RNA时,应尽量创造一个无RNA酶的环境,包括去除外源性RNA 酶污染和抑制内源性RNA酶活性,主要是采用焦碳酸二乙酯(DEPC)去除外源性RNA酶,通过RNA酶的阻抑蛋白Rnasin和强力的蛋白质变性剂如异硫氰酸胍抑制内源性RNA酶。
实验操作步骤一、实验器具与材料:1、移液枪:1ml、200μl、20μl、10μl、2μl2、吸头:1ml、200μl、20μl3、匀浆管:5ml4、吸头台:放置1ml吸头的一个,放置20μl吸头的一个5、EP管:1.5ml、0.2ml、100μl6、试剂瓶:2个60ml的棕色试剂瓶(广口,带盖)1个125ml的白色试剂瓶(放无水乙醇)7、量筒:50ml、250ml、500ml8、容量瓶:250ml、500ml、1000ml9、试管架:5ml、1.5ml、20μl10、盐水瓶:250ml、500ml各2个备用,一个装无水乙醇,另一个装DEPC水11、铝制饭盒:4个12、塑料小饭盒:1个13、大瓷缸:2个14、锡泊纸:一卷15、卷纸:2卷16、三角烧瓶:带盖,稍大二、实验器具的处理与准备1、塑料制品:(包括枪头、EP管、匀浆管等)先将DEPC水从容量瓶中倒入瓷缸中,将塑料制品逐个浸泡其中,其中小枪头需要吸管打入DEPC水,过夜,然后高压,再烤干备用,实验前将枪头等放入吸头台,再高压一次(EP 管)2、玻璃制品:泡酸过夜,冲洗干净,蒙锡纸烤干备用(DEPC 水泡)(洗净后先泡1‰DEPC过夜,再烤干)3、匀浆器:(包括剪刀、镊子)先洗净后,再高压(不需要泡DEPC)三、试剂配制:1、DEPC水:吸出1ml放在1000ml双蒸水中配成1‰DEPC 水,放在1000ml容量瓶中静置4小时备用。
2、75%乙醇:用无水乙醇DEPC水配,然后放-20℃保存(其中DEPC水需先高压)3、异丙醇:放入棕色瓶中4、氯仿:放入棕色瓶中5、琼脂糖四、几种缓冲液的配制:1、电泳缓冲液:Tris 54g硼酸27.5g0.5M EDTA 20ml?pH8.0蒸溜水1000ml5×TBE (贮存液)再将5×TBE稀释10倍成0.5TBE就可以在电泳时使用(即工作液浓度),如取50ml贮存液450ml水--→500ml工作缓冲液2、上样缓冲液:0.25%溴酚蓝0.25%二甲苯青FF30%甘油6×缓冲液,4℃保存五、琼脂糖凝胶的配制:1、1.0%:1.0g琼脂糖100ml电泳缓冲液,微波炉中火30秒至沸腾,熔化的琼脂物冷却至60℃时加入10mg/ml溴化乙锭2.5μl,充分混匀,将温热的凝胶倒入已置好梳子的胶膜中,在室温下放置30-45min后现进行电泳。
2、1.5%:同上,将琼脂糖的量改为1.5g六、需购置的RT-PCR材料:(生工. Tel. 2236106.)Taq酶(含MgCl2 Buffer)200u 70.00dNTP: 1支Oligo(dT)15: 1 OD 40.00 promegaM-MLV: 1支250.00 promega (Buffer)RNasin: 1支110-- -20℃DEPC 5g 110.00Trizol 100ml/1瓶Invitrogen Life technologies-- 4℃Marker: 10μg 0.2μg/ml 150.00科威(1543. 994. 697. 515. 377. 231)七、引物合成正义:5′-CACGATGGAGGGGCCGGACTCATC-3′反义:5′-TAAAGACCTCTATGCCAACACAGT-3′2、par-4:正义:5′-GGGACCTCGGAACTCAAC-3′反义:5′-TGTATCTGCCTGGGACTG-3′3、退火温度计算2(A T)4(G C)正反义平均数,再上下波动度(±4℃,或±5℃)4、引物各合成5 OD,每OD一瓶分装好5、引物稀释:加DEPC水量为(μl)= ? nmol / OD ×管上所标OD数×100是为10p mol / μl 浓度的引物溶液八、PCR产物电泳先将1-10μl左右PCR产物,加已点在纸上的溴酸兰,反复吸打混匀后进行电泳,一般电流为10mA,电源100V,电泳30分钟,紫外灯下观察,满意的结果扫描打印。
九、几个注意点:1、逆转录的关键步骤是立即冰水浴?2、Rt时,先打开PCR预热30分钟。
3、RNA抽提前,打开离心机预冷。
TRIzol法抽提总RNA细胞1×107组织100mg↓加1mlTRIzol细胞用1ml加样器吹至液体澄清且无细胞团块↓匀浆(要彻底,后转至EP管)(组织匀浆量>100mg时分装1ml/每EP管)↓颠倒混匀10下,室温5分钟加氯仿1/5体积(0.2ml)(必须按总体积的1/5)颠倒混匀10下,室温5分钟↓4℃,离心12000g,15分钟↓转上层水相(约400μl)于另一1.5mlEP管中↓加等体积异丙醇(约400μl),混匀室温10分钟↓4℃,离心12000g,10分钟↓弃上清↓加冰预冷的75%乙醇(用DEPC水配)1ml4℃离心7500g,5分钟↓弃上清,空气干燥5-10分钟(不能完全干燥)↓溶于DEPC水中至20μl(10μl-20μl)(可在55-60℃水中,<10分钟助溶)注:1、RNA若用于核酸转移应溶解于样本缓冲液中,否则DEPC 溶解2、细胞组织加TRIzol匀浆后,可在-60℃放置至少一个月(甚至可一年以上)3、RNA在75%乙醇中,2-8℃至少可保存一周,-20℃至少可保存一年两步法RT-PCR(第一步:逆转录反应)试剂浓度体积终浓度RNA 23μl(11.5μl)Oligo(dT)15 0.05μg/μl 4μl(2μl) 0.005μg/μl (稀释10倍后用)↓混匀,离心,70℃5min↓立即冰水浴,稍离心↓试剂浓度体积终浓度M-MLV Buffer 5× 8μl (4μl) 1×dNTP 10mM 2μl (1μl) 0.5mMRNasin 40U/μl 1μl (0.5μl) 20μM-MLV 200U/μl 2μl (1μl) 200U总体积40μl(20μl)↓混匀,离心,42℃60min↓95℃10min(破坏MLV)↓4℃保存两步法RT-PCR(第二步:PCR反应)总体积20μl(50μl)试剂浓度体积终浓度Taq Buffer 10× 2μl (5μl_) 1×MgCl2 25mM 1.2μl (3μl) 1.5mMdNTP 10mM 0.2μl (0.5μl) <200uM上游引物10pmol/μl 0.3μl (1μl) 10pmol下游引物10pmol/μl 0.3μl (1μl) 10p mol cDNA模板X (?) (1-10μl)DEPC水20μl-4.3μl-X。