基因重排检测技术的建立及其在淋巴瘤诊断中的应用(一)

Ｔ细胞淋巴瘤ＴＣＲＴ基Ｎ重排特征分析及检测方法的优化摘要研究背景与目的淋巴瘤在组织和细胞形态学方面与高度反应增生性淋巴组织的鉴别诊断十分困难，容易造成误诊。

淋巴瘤病理诊断是临床病理工作的难题之一。

目前国内主要依靠以形态学为主、免疫组化为辅的诊断手段。

随着分子生物学的发展，从基因水平研究和分析诊断疾病的技术不断出现并且日趋成熟，为淋巴瘤诊断提供了有效工具。

淋巴瘤是由单克隆淋巴细胞增生所致，而反应增生性淋巴组织则来自于多克隆淋巴细胞，这是二者的重要区别。

编码免疫球蛋白（Ｉｇ）或Ｔ细胞受体（ＴＣＲ）的基因经过重排以后，不同克隆之间的重排基因互不相同，因此，基因重排对淋巴瘤的诊断具有特异性价值。

以ＰＣＲ技术为基础的方法以其简便、高效、廉价及适用面广而在淋巴瘤基因重排研究方面越来越受重视。

但不同研究文献中所采用的引物、ＰＣＲ条件、ＰＣＲ产物检测方法等都不尽相同，结果也有差异。

因此，难以找到适于常规临床病理诊断之用的标准程序。

Ｊｕｒｋａｔ细胞是Ｔ细胞淋巴瘤基因重排研究中常用的阳性对照细胞，但有关Ｊｕｒｋａｔ细胞基因重排的详细情况也未见报道。

假基因是Ｉｇ和ＴＣＲ胚系ＤＮＡ中常见的基因，有关假基因参与重排的情况以及在设计引物方面是否应将假基因包括在内也未见有关研究报道。

本实验以ＴＣＲ基因重排为研究对象，通过优化引物选择、ＰＣＲ条件及ＰＣＲ产物的检测方法等，分析Ｔ细胞淋巴瘤基因重排检测的最佳方法。

同时，分析ＴＣＲ基因重排的特点，为进一步研究ＴＣＲ基因重排提供理论和技术支持。

方法１以ＴＣＲｙ基因重排为研究对象，选用通用引物ＴＶＧ、ＶｖＩ及ＴＣＲ７家族特异性引物为工具。

用正交设计实验优化ⅥＩ引物的ＰＣＲ条件。

另选一对ＴＣＲ［ｊ通用引物作为ＴＣＲｙ引物的补充和比较。

２利用ＰＣＲ和测序研究Ｊｕｒｋａｔ细胞基因重排情况，分析ＴＣＲ基因重排的基本特点。

３ＰＣＲ产物检测方法①利用ＴＣＲ通用引物检测淋巴瘤克隆性基因重排阳性率，分别用琼脂糖电泳和ＳＳＣＰ分析ＰＣＲ产物；②将ＰＣＲ产物分别进行直接测序和克隆后测序，分析ＴＣＲ基因重排的特点及探索测序方法在基因重排检测中的应用；⑧分析ＰＣＲ产物中ＤＮＡ的克隆数与ＳＳＣＰ中条带数目的关系。

TCR Gene Rearrangement in the Pathologic Diagnosisof T-cell LymphomaDissertation Submitted toNorth China University of Science and Technology in partial fulfillment of the requirementfor the degree ofMaster of MedicinebyJia Wen(Pathology and Pathophysiology)Supervisor:Ph.D Ma XiaobingJune,2015独创性说明本人郑重声明：所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。

尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写的研究成果，也不包含为获得华北理工大学以外其他教育机构的学位或证书所使用过的材料。

与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中做了明确的说明并表示了谢意。

论文作者签名：日期：2015年6月10日关于论文使用授权的说明本人完全了解华北理工大学有关保留、使用学位论文的规定，即：已获学位的研究生必须按学校规定提交学位论文，学校有权保留、送交论文的复印件，允许论文被查阅和借阅；学校可以将学位论文的全部或部分内容采用影印、缩印或编入有关数据库进行公开、检索和交流。

作者及导师同意论文公开及网上交流的时间：□自授予学位之日起；□自年月日起。

作者签名：导师签名：签字日期：2015年6月10日签字日期：2015年6月10日√摘要摘要目的探讨T细胞抗原受体（T cell receptor，TCR）基因重排在T细胞淋巴瘤中的特异性及其在病理诊断中的价值。

由于淋巴瘤在临床病理诊断中难度较大，仅凭HE和免疫组织化学特点得出的结论易造成误诊和漏诊。

在恶性淋巴瘤的分类中，T细胞淋巴瘤是一种临床上相对少见且异质性较高的肿瘤，准确做出诊断给病人的治疗和预后带来不可或缺的价值。

基因重排在淋巴瘤中的应用好啦，今天咱们来聊一聊“基因重排”在淋巴瘤中的应用。

别被这几个词吓着了，听起来像是高大上的医学术语，但其实也没那么复杂。

想象一下，你拿起一块拼图，突然发现里面的几片图案不对劲了。

是的，基因重排就像是拼图里的那几片被换了位置，它们原本应该在一起的部分，被打乱了。

说到淋巴瘤，大家可能听说过一些，但不一定知道它是怎么回事。

淋巴瘤其实是一种癌症，它影响的是我们的淋巴系统。

我们身体的淋巴就像是一个高速公路网，帮助我们清除垃圾，保持身体健康。

当这个系统出了问题，细胞就开始不听话，变得疯狂生长，进而导致癌症。

你可能会问，基因重排在其中有什么作用？好，我们来细细讲讲。

基因重排其实是淋巴细胞在发育过程中自然发生的一种现象。

就像你去做衣服的剪裁，裁剪一块布料时，常常需要把布料拼接在一起，搞得又快又精确，才能做出合身的衣服。

而这些基因重排，就是在细胞制作“抗体”的过程中，不小心把一些基因片段给弄错了。

通常，这些错误不会导致大问题，但在某些情况下，这些“错误”会导致细胞发生变异，甚至发展成癌症。

所以基因重排不仅仅是个小小的错误，它可能会“助长”淋巴瘤的生长。

我们怎么样才能利用这些“基因小错”来帮我们诊断和治疗淋巴瘤呢？科学家早就发现了，基因重排在淋巴瘤中的出现往往是“特定”的，它像是一个密码，能帮助医生识别淋巴瘤的种类。

就好像你解一个谜题，如果你能抓住那个关键线索，后面的一切都能迎刃而解。

通过对这些基因重排的分析，医生能更好地判断癌症的类型、分期，甚至对症下药。

就像是给病人量身定做一个治疗计划，精准治疗，比那种笼统的“按常规来”效果要好得多。

说到这里，可能有些人会觉得，咦，基因重排这么神奇，难道它就是治愈淋巴瘤的“秘密武器”吗？答案并没有那么简单。

虽然基因重排可以帮助医生进行精准诊断，但它本身并不能直接治愈淋巴瘤。

它就像是我们手中的一张地图，能够让医生找到问题的根源，指导后续的治疗方向。

治疗的方法，还是得靠那些经典的手段：化疗、放疗，或者免疫疗法。

T细胞性淋巴瘤诊断中TCR基因重排检测的应用潘鑫艳;杨长绍;黎贵芸;杨举伦;王丽【摘要】目的：探讨T细胞受体( T cell receptors, TCR)基因重排检测对T细胞性淋巴瘤诊断的价值。

方法收集T细胞性淋巴瘤30例和淋巴反应性增生组织30例,提取DNA,应用BIOMED-2引物系统中的56条引物进行PCR扩增,核酸分子异源双链凝胶电泳分析结果。

结果30例T细胞性淋巴瘤标本中TCRβ、TCRγ、TCRδ的检出率分别为83．3%(25/30)、93．3%(28/30)、13．3%(4/30),三者联合检测的检出率为96．7%(29/30),30例淋巴反应性增生组织中均未检测出TCR 基因重排。

结论利用BIOMED-2引物系统检测TCR 基因重排可作为T细胞性淋巴瘤的辅助诊断工具。

%Purpose To discuss the TCR gene rearrangements in the diagnosis of T-cell lymphomas. Methods Formalin-fixed and paraffin-embedded samples including 30 cases of T-cell lymphomas and 30 cases of reactive lymphoid hyperplasia were chosen for ex-tracting genomic DNA and PCR amplification using 56 BIOMED-2 primers. PCR products were analyzed by heteroduplex and polyacryl-amide gel electrophoresis. Results In all 30 cases of T-cell lymphomas, 25 cases (83. 3%) showed TCRβ gene monoclonal rear-ran gements, 28 cases (93. 3%) of TCRγ gene monoclonal rearrangements, 4 cases (13. 3%) of TCRδ gene monoclonal rearrange-ments. 29 cases (96. 7%) with TCRβ+TCRγ+TCRδ gene monoclonal rearrangements were detected. but no clonal TCR gene rear-rangements were found in 30 cases of reactive lymphoid hyperplasia. Conclusions The detection of TCR gene rearrangements using BIOMED-2 primers is a useful assistant method for the diagnosis of T-cell lymphomas.【期刊名称】《临床与实验病理学杂志》【年(卷),期】2015(000)004【总页数】4页(P400-403)【关键词】T细胞性淋巴瘤;基因重排;BIOMED-2;TCR基因【作者】潘鑫艳;杨长绍;黎贵芸;杨举伦;王丽【作者单位】成都军区昆明总医院病理科，昆明 650032;成都军区昆明总医院病理科，昆明 650032;成都军区昆明总医院病理科，昆明 650032;成都军区昆明总医院病理科，昆明 650032;成都军区昆明总医院病理科，昆明 650032【正文语种】中文【中图分类】R733.4非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgkin lymphoma，NHL)包括B细胞性淋巴瘤(B-cell lymphoma)和T细胞性淋巴瘤(T-cell lymphoma)，因T细胞性淋巴瘤种类繁多，分类复杂，病理诊断较难。

基因组重测序技术及其应用随着科技的快速发展，基因组重测序技术逐渐走进我们的生活，这项技术可以通过高通量方法获取DNA序列信息，对于基因组学研究、医学诊断和疾病防治等领域都具有重要价值。

本文将从技术原理、数据分析和应用领域等方面介绍基因组重测序技术及其应用。

一、基因组重测序技术的原理基因组重测序技术是一种将目标DNA样本分解为小片段、进行高通量测序的技术。

传统测序方法需要使用琼脂糖凝胶或者聚丙烯酰胺凝胶等凝胶材料对DNA进行分离和分析，而基因组重测序技术则可以同时处理数百万个小DNA片段。

该技术主要分为两种：全基因组重测序，即对整个基因组进行测序；和外显子组重测序，即只对外显子区域进行测序。

其中，外显子组重测序通常用于检测某些突变位点和基因变异，具有高度的实用性。

二、数据分析基因组重测序技术会产生大量的数据，其中包含了数百万条片段的序列信息。

因此，在进行数据分析时需要进行预处理、比对、拼接和注释等多个步骤。

在预处理中，需要去除低质量序列、提取有用的信息等。

比对步骤则是将测序数据与参考基因组相对比，找到测序数据中的对应片段。

拼接步骤就是将这些对应片段拼接成完整的DNA序列，并对其进行修复。

最后，注释工作则是将数据翻译成具有生物学意义的信息，如基因结构、编码和非编码序列等。

三、基因组重测序技术的应用领域基因组重测序技术可以广泛应用于医学研究、育种、环境污染监测等多个领域。

其中，在医学领域中，该技术通常用于寻找患病基因和识别病原微生物。

在育种领域，基因组重测序技术可以用于鉴定优良品种、筛选育种材料，以及深入分析某些种类的基因组结构和功能。

在环境污染监测方面，该技术则可以帮助研究人员监测水体、土壤、大气等环境中的污染物，对于环境保护和生态平衡的维护具有重要意义。

四、未来展望基因组重测序技术的发展趋势将从单样本到多样本，从低深度到高深度，从全基因组到全转录组、全基因组外显子和全基因组甲基化等多个方面不断拓展。

高通量测序分析B细胞非霍奇金淋巴瘤IGH基因克隆性重排特点及临床应用价值马强;邹东梅;郭轶先;赵弘;常晓丽;胡蓉华;孙婉玲【期刊名称】《肿瘤防治研究》【年(卷),期】2024(51)5【摘要】目的探讨B细胞非霍奇金淋巴瘤(B-NHL)IGH基因克隆性重排特点及临床应用价值。

方法收集接受NGS检测,且存在IGH基因存在克隆性重排的55例B-NHL患者的人口学资料、临床资料及IGH基因NGS检测结果,分析IGH基因克隆性重排特点、IGHV基因取用频率,以及NGS检测IGH基因重排在临床中的应用价值。

结果55例患者中,以单个优势克隆为主(85.45%,47/55),少数患者可检测到2个(12.73%,7/55)和3个优势克隆(1.82%,1/55);在IGHV基因取用偏好方面,IGHV3基因在B-NHL中取用频率最高,其次为IGHV4基因;在IGHV亚型中,IGHV3-23在慢性淋巴细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤(CLL/SLL)中出现频率最高,IGHV4-34在原发中枢神经系统弥漫大B细胞淋巴瘤(PCNSL-DLBCL)及弥漫大B细胞淋巴瘤非特指型(DLBCL-NOS)中出现频率最高。

结论不同病理类型的B-NHL患者IGH基因克隆性重排中IGHV基因片段取用频率存在偏好,使用NGS检测IGH重排可以识别亚克隆,鉴定克隆相关性,辅助疾病诊断。

【总页数】5页(P368-372)【作者】马强;邹东梅;郭轶先;赵弘;常晓丽;胡蓉华;孙婉玲【作者单位】首都医科大学宣武医院血液内科【正文语种】中文【中图分类】R551.2【相关文献】1.IgH基因单克隆重排检测及其在B细胞性非霍奇金淋巴瘤诊断中的应用2.血浆游离DNA IgH和TCRγ基因重排在非霍奇金淋巴瘤患者微小残留病中的应用及临床意义3.高通量测序结合捕获技术检测非霍奇金B细胞淋巴瘤中重链基因重排VDJ 区的临床研究4.血浆游离DNA IgH和TCRγ基因克隆性重排在非霍奇金淋巴瘤诊断中的意义5.实时定量PCR检测B细胞非霍奇金淋巴瘤患者外周血和骨髓IgH基因重排及临床意义因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

淋巴瘤的分子生物学诊断知识点淋巴瘤是一种以淋巴细胞增生异常为特征的恶性肿瘤，包括多种亚型，具有不同的生物学特征和临床表现。

分子生物学诊断技术在淋巴瘤的分类、预后评估和治疗选择等方面起到了重要的作用。

本文将介绍淋巴瘤分子生物学诊断的一些重要知识点。

一、免疫组织化学检测（IHC）免疫组织化学检测通过检测肿瘤细胞表面或细胞内的特定分子标志物，帮助确定淋巴瘤的亚型和对应的治疗策略。

例如，CD20和CD79a是B细胞标志物，CD3是T细胞标志物，CD30是霍奇金淋巴瘤的标志物等。

免疫组织化学检测可以通过染色的强度和分布情况来判断特定标志物的阳性率，并结合其他临床和病理学特征进行综合分析。

二、基因重排检测淋巴瘤的发生和发展与基因重排异常密切相关。

通过检测重排的免疫球蛋白（Ig）和T细胞受体（TCR）基因，可以帮助确定淋巴瘤的亚型和起源。

例如，典型的霍奇金淋巴瘤患者常存在免疫球蛋白基因的重排。

PCR和Southern blot是常用的基因重排检测方法，可以通过扩增和分析特定基因区域的DNA序列来判断重排情况。

三、染色体异常检测淋巴瘤中常伴随着染色体异常，如染色体重排、整倍体性改变和部分染色体缺失等。

通过检测染色体异常，可以帮助确定淋巴瘤的亚型、预后风险和治疗选择。

常用的染色体异常检测方法包括常规染色体核型分析、荧光原位杂交（FISH）和比较基因组杂交（CGH）等。

FISH 可以通过探针标记的染色体特定区域来检测染色体重排和缺失。

而CGH则可以全基因组范围内分析基因拷贝数变异。

四、新一代测序技术随着新一代测序技术的发展，淋巴瘤分子生物学诊断也得到了进一步的提升。

新一代测序技术可以高效地获得淋巴瘤患者的全基因组、外显子组、转录组和甲基化组等信息。

这些信息可以帮助识别新的突变驱动基因和疾病相关的生物学过程，为个体化治疗提供重要依据。

总结：以上介绍了淋巴瘤分子生物学诊断的一些重要知识点，包括免疫组织化学检测、基因重排检测、染色体异常检测和新一代测序技术。

IgH基因单克隆重排检测及其在B细胞性非霍奇金淋巴瘤诊断中的应用李银珍;王芳;邵琼;张旭;邓玲;汤涛;张晓;吴秋良【摘要】AIM: To establish a reliable and feasible protocol for detection of monoclonal immunoglobulin heavy chain (IgH) gene rearrangements for routine diagnosis of B - cell non - Hodgkin lymphoma ( B - NHL). METH-ODS : Using the primer combinations of FR2, FR3, LJH and VLJH, modetube A + tube B, and semi - nested PCR, the monoclonal IgH gene rearrangements in 121 cases of B - NHL, 58 cases of T - cell non - Hodgkin lymphoma ( T - NHL) and 19 cases of reactive lymphoid hyperplasia were detected. The differences of clonality detection rate between B - NHLgroup and T - NHL group, B - NHL group and reactive lymphoid hyperplasia group, and between the use of FR2, FR3 and FR2 + FR3primers were analyzed. RESULTS: The clonality detection rates of B - NHL, T - NHL and reactive lymphoid hyperplasia were 81% (96/118), 4% (2/54)and 0% (0/19). There were remarkable differences between B - NHL group and T - NHL group, B - NHL group and reactive lymphoid hyperplasiagroup in monoclonal IgH gene rearrangements ( P < 0. 05 ) . In B - NHL group, monoclonality was found in 58% of the cases using primer FR2, 55% using FR3 , andrn81% using the combination of both primers, with significant differences (P <0. 05) . CONCLUSION: Using the primer combinations of FR2, FR3 , LJH and VLJH, detection of paraffin - embedded tissues, the method of tube A + tube B mode and semi -nested PCR for determining monoclonal IgH gene rearrangements is feasible and reliable, and the clonality de-tection rate is high enough for clinical diagnosis of B - NHL.%目的:建立准确可靠、操作性强、适用于临床实际工作的免疫球蛋白重链(immunoglobulin heavy chain,IgH)基因单克隆重排检测方法,用于B细胞性非霍奇金淋巴瘤(B-cell non-Hodgkin lymphoma,B-NHL)的辅助诊断.方法:采用骨架区(framework region,FR)引物FR2、FR3和重链连接区(joining region of heavy chain,JH)引物LJH、VLJH组合、A管+B管模式、半巢式聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法对121例B-NHL、58例T细胞性非霍奇金淋巴瘤(T-cell non-Hodgkin lymphoma,T-NHL)和19例淋巴结反应性增生的石蜡组织进行IgH基因单克隆重排检测,分析IgH基因单克隆重排检出率在B-NHL组、T-NHL组和淋巴结反应性增生组中的差异,以及B-NHL中联合应用FR2和FR3与单独应用FR2、FR3之间IgH基因单克隆重排检出率的差异.结果:118例成功检测的B-NHL中,IgH基因单克隆重排检出率为81%(96/118);54例成功检测的T-NHL中,IgH基因单克隆重排检出率为4%(2/54);19例成功检测的淋巴结反应性增生中未检出IgH基因单克隆重排.B-NHL组与T-NHL组、淋巴结反应性增生组相比,IgH基因单克隆重排检出率差异具有显著性(P<0.05).B-NHL中,FR2基因单克隆重排检出率为58%(68/118),FR3基因单克隆重排检出率为55%(65/118),联合应用FR2和FR3,IgH基因单克隆重排检出率为81%(96/118),联合应用FR2和FR3与单独应用FR2、FR3的检出率有显著差异(P<0.05).结论:采用FR2、FR3、LJH及VLJH引物组合、A管+B管模式和半巢式PCR法进行石蜡组织IgH基因单克隆重排检测,简单易行,结果准确可靠,阳性率较高,可用于临床B-NHL的辅助诊断.【期刊名称】《中国病理生理杂志》【年(卷),期】2012(028)011【总页数】5页(P1994-1998)【关键词】淋巴瘤;免疫球蛋白;基因重排【作者】李银珍;王芳;邵琼;张旭;邓玲;汤涛;张晓;吴秋良【作者单位】华南肿瘤学国家重点实验室,中山大学肿瘤防治中心分子诊断科,广东,广州,510060;华南肿瘤学国家重点实验室,中山大学肿瘤防治中心分子诊断科,广东,广州,510060;华南肿瘤学国家重点实验室,中山大学肿瘤防治中心分子诊断科,广东,广州,510060;华南肿瘤学国家重点实验室,中山大学肿瘤防治中心分子诊断科,广东,广州,510060;华南肿瘤学国家重点实验室,中山大学肿瘤防治中心分子诊断科,广东,广州,510060;华南肿瘤学国家重点实验室,中山大学肿瘤防治中心分子诊断科,广东,广州,510060;华南肿瘤学国家重点实验室,中山大学肿瘤防治中心分子诊断科,广东,广州,510060;华南肿瘤学国家重点实验室,中山大学肿瘤防治中心病理科,广东,广州,510060【正文语种】中文【中图分类】R733.4免疫球蛋白重链(immunoglobulin heavy chain，IgH)基因单克隆重排是B细胞性非霍奇金淋巴瘤(B－cell non－Hodgkin lymphoma，B－NHL)的重要特征，国内外病理界已达成一致共识:应用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction，PCR)技术检测IgH基因单克隆重排可以辅助诊断BNHL[1－3]。

基因组学技术在肿瘤诊断和预后中的应用随着科技的不断进步和研究的深入，基因组学技术在肿瘤诊断和预后中扮演着越来越重要的角色。

本文将探讨基因组学技术在肿瘤学领域的应用，并分析其对肿瘤诊断和患者预后评估的重要性。

一、引言肿瘤诊断和预后评估是肿瘤学领域的核心问题，准确的诊断和及时的预后评估对于患者的治疗和生存率至关重要。

传统的肿瘤诊断方法主要依靠组织病理学分析和影像学检查，然而，它们在一些方面存在着局限性。

近年来，基因组学技术的迅速发展为肿瘤诊断和预后带来了新的机遇。

二、基因组学技术在肿瘤诊断中的应用1. 基因突变检测基因突变是肿瘤发生和发展的重要因素。

基因组学技术可以帮助鉴定与肿瘤相关的突变，并提供更准确的诊断依据。

例如，通过测序技术可以检测到肿瘤细胞中的基因突变情况，从而确定特定靶向治疗的可行性。

2. 基因表达分析基因表达的异常与肿瘤的产生相关联。

通过基因组学技术，可以测定肿瘤细胞中的基因表达模式，并与正常细胞进行比较。

这样可以发现异常基因表达，并据此诊断不同类型的肿瘤。

三、基因组学技术在肿瘤预后中的应用1. 个性化治疗选择基因组学技术可以帮助确定肿瘤的分子亚型，从而指导个体化治疗方案的选择。

通过对患者肿瘤样本的基因组分析，可以预测特定治疗方法的疗效，并避免对无效治疗的浪费。

2. 预测预后基因组学技术可以分析肿瘤细胞中的多种基因变化，并据此评估患者的预后情况。

通过对大量病例数据的统计分析，可以建立预后模型，预测患者的存活率和复发率等重要指标。

四、技术挑战和前景展望基因组学技术在肿瘤诊断和预后中的应用面临着一些技术挑战。

首先，高通量测序技术的精准性和可靠性仍然需要提高。

其次，大规模数据的分析和处理需要更加高效的算法和计算平台。

然而，尽管存在一些挑战，基因组学技术在肿瘤学领域的应用前景依然广阔。

随着技术的不断发展，基因组学技术将成为肿瘤诊断和预后评估的重要工具。

结论基因组学技术在肿瘤学领域的应用已经取得了显著的进展，并在肿瘤诊断和患者预后评估上发挥着重要作用。