生命科学中最常用的5个数据库介绍

国内外常用数据库介绍-meiguoPubMedPubMed是互联网上最著名的免费Medline数据库，由美国国立医学图书馆的生物信息技术中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI)提供，网址为：。

该系统于1997年开始使用，与以往的Medline光盘数据库相比，收录范围广、更新速度快、界面友好。

PubMed的数据主要有4个部分: Medline：与我们通常使用的Medline数据库收录的范围、年代、内容相同，但数据更新速度较快。

OLDMEDLINE:收录了1950－1965年间的美国医学索引（IM）中的题录。

In Process Citations：临时性的数据库，收录准备进行标引的题录和文摘信息，每天都在接受新的数据，进行文献的标引和加工，每周把加工好的数据加入到Medline中，同时从In Process Citations 库中删除。

InProcess Citations中的记录标有[PubMed- in process]的标记。

Record supplied by publisher：出版商将期刊文献信息电子版提供给PubMed后，每条记录都标有[PubMed- as supplied by publisher]的标记，这些记录每天都在不停地向In Process Citations 库中传送，加入到InProcess Citations后，原有的标记将改为[PubMed- in process]的标记。

由于被Medline收录的有些期刊所涉及学科范围较广，有些文献已超出了Medline的收录范围（如地壳运动、火山爆发等），从而不能进入Medline，但仍然存在于PubMed 中，其标记为[PubMed]。

10、MEDLINEMEDLINE是美国国立医学图书馆(The National Library of Medicine，NLM)开发的当今世界上最具权威性的文摘类医学文献数据库之一。

pubmed收录文献的学科范围Pubmed是一个国际性的生物医学文献数据库，成立于1996年，由美国国立卫生研究院（NIH）的国家医学图书馆（NLM）所建。

其收录和索引了生命科学和医学领域的文献，其宗旨是提供一个公认的国际生物医学文献管理系统，让所有经过同行评审的医学和生物学文献都能够在其中得以收录。

本文将围绕“Pubmed收录文献的学科范围”展开阐述。

第一步：生命科学Pubmed的核心内容是生命科学，包括生物化学、遗传学、细胞生物学、微生物学、生理学、生态学、生物物理学、神经学、分子生物学等领域的文献。

这些学科涉及到生命科学的基础理论和实践，在生物医学领域的研究和创新中发挥着重要作用。

第二步：医学领域Pubmed也是医学领域中重要的文献数据库之一，包括临床医学、药学、微生物学、公共卫生、心理学等各个领域。

医学文献方面，是指所有跟医学有关的论文、研究、书籍或其他类别的信息。

这些学科的文献主要来源于国际一流的医学专业期刊、书籍和报纸等。

第三步：国际性生物医学期刊Pubmed对国际性的生物医学期刊收录非常全面，涉及到了生命科学、医学等领域的期刊。

在这些期刊中，研究人员可以找到最新的生物医学进展，从而更好地了解相关学科和技术和方法的研究和应用。

第四步：深入各领域的研究在Pubmed中，可以找到各种不同深度和规模的研究。

在这些研究中，包含了一些基础性研究，探索生命科学中普遍的性质和过程。

此外，也有一些研究是围绕着特定疾病、药物、治疗方法等展开的，让人们更好地了解现有文献中对于该问题的探讨和研究之中。

这些文献的研究结果，对于医学实践和医疗技术的进步都有着重要的推动作用。

综上所述，Pubmed是一个拥有多学科和多领域文献的生物医学数据库，向各个领域和学科的研究人员提供了一个方便和全面的文献检索平台。

它囊括不同的领域和不同深度的研究，为医学实践和生命科学的进步做出了不可替代的贡献。

一、常用文献检索数据库1、Springerlink数据库</>Springer是德国施普林格（Springer）出版公司出版的全文数据库数据库。

所提供的全文电子期刊共包含439种学术期刊(其中近400种为英文期刊)，按学科分为以下11个“在线图书馆”：生命科学、医学、数学、化学、计算机科学、经济、法律、工程学、环境科学、地球科学、物理学与天文学，是科研人员的重要信息源。

2、HighWire Press数据库</>HighWire Press是提供免费全文的、全球最大的学术文献出版商之一，于1995年由美国斯坦福大学图书馆创立。

最初，仅出版著名的周刊“Journal of Biological Chemistry”，目前已收录电子期刊340多种，文章总数已达130多万篇，其中超过47万篇文章可免费获得全文；这些数据仍在不断增加。

通过该界面还可以检索Me564034381 19:25:58dline收录的4500余种期刊中的1200多万篇文章，可看到文摘题录。

HighWire Press收录的期刊覆盖以下学科：生命科学、医学、物理学、社会科学。

3、NCBI PUBMED数据库/pubmedPubMed系统是由NLM的国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）开发的用于检索MEDLINE、PreMEDLINE数据库的网上检索系统。

从1997年6月起，PubMed在网上免费向用户开放。

它具有收录范围广泛、更新速度快、检索系统完备、链接广泛的特点。

PubMed系统包含三个数据库：MEDLINE、PreMEDLINE和Record supplied by Publisher。

4、sciencedirect数据库</>SD是荷兰Elsevier公司的核心产品，是全学科的全文数据库，它拥有1263种科技和医学电子全文期刊数据库5、Blackwell数据库<http://564034381 19:25:59/>英国Blackwell出版公司是世界上最大的期刊出版商之一，出版期刊总数已超过700种，其中理科类期刊占54%左右，其余为人文社会科学类。

生物信息学常用数据资源介绍
生物信息学是一门涉及生命科学和计算科学的交叉学科，其主要研究内容是通过计算机技术来分析生物信息。

生物信息学所涉及的数据资源种类繁多，包括但不限于基因组、转录组、蛋白质组、代谢组等不同层次的生物信息数据。

本文将介绍生物信息学常用的数据资源。

1. 基因组数据资源
基因组数据是生物信息学中最基本的数据资源之一，主要包括基因序列、基因位置、基因注释等信息。

在基因组数据资源中，目前最为重要的是人类基因组数据资源，包括NCBI和Ensembl等数据库，
它们提供了全面而丰富的人类基因组数据和注释信息，为人类基因组学研究提供了重要的支持。

2. 蛋白质组数据资源
蛋白质组数据是研究蛋白质的组成、结构、功能以及相互作用等方面的数据资源，主要包括蛋白质序列、结构、功能、互作等信息。

蛋白质组数据资源包括UniProt、PDB、InterPro等数据库，为蛋白
质学研究提供了重要的数据支持。

3. 转录组数据资源
转录组数据是研究转录过程中基因表达及其调控的数据资源，主要包括转录本序列、表达量、差异表达、可变剪接等信息。

转录组数据资源包括NCBI GEO、EBI ArrayExpress等数据库，为研究基因表
达和调控提供了重要的数据支持。

4. 代谢组数据资源
代谢组数据是研究生物代谢过程中代谢物及其相互作用的数据资源，主要包括代谢物浓度、通路、代谢酶等信息。

代谢组数据资源包括KEGG、HMDB等数据库，为研究生物代谢过程及其调控提供了重要的数据支持。

以上是一些常用的生物信息学数据资源，它们为生命科学研究提供了重要的数据支持，为生物信息学的发展和应用提供了基础。

生命科学中常用的软件及其应用生命科学是一个涉及多个学科交叉的领域，其中运用到的软件非常丰富。

这些软件可以帮助生命科学研究人员完成从基因组测序到蛋白质结构分析的各种复杂任务。

在这篇文章中，我们将介绍一些生命科学中常用的软件及其应用，帮助读者更好地了解这个领域。

1. BLASTBLAST（基本局部序列比对工具）是基因组测序领域中最常用的软件之一。

它可以在数据库中进行序列比对，并根据相似性评分进行排序和过滤。

BLAST的应用非常广泛，包括在基因组测序和蛋白质结构分析中用于序列比对，DNA和蛋白质序列注释，以及进化分析等。

2. CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench是一个功能强大的基因组分析软件，可以用于基因组测序和生物信息学分析。

它可以处理各种不同类型的数据，包括RNA测序数据、DNA测序数据和蛋白质序列数据。

使用该软件，科学家可以进行基因组组装、基因表达分析、SNP检测、CNV分析等多种复杂的分析任务。

3. PyMOLPyMOL是一个用于分子可视化和分析的软件。

它可以用于可视化蛋白质、DNA和RNA结构，以及与其他分子的相互作用。

在生物学研究中，PyMOL被广泛用于研究蛋白质结构和功能。

化学公式、分子等多种形式，都能够被轻松制作出来。

4. RR是一个免费的数据分析软件，主要用于统计分析、数据可视化和预测模型的建立。

在生命科学中，R被广泛用于基因表达分析、蛋白质结构预测、生存分析等多个领域。

它是生命科学研究者进行大规模数据分析的首选工具之一。

5. CytoscapeCytoscape是一款网络分析软件，用于研究生物分子间的相互作用，例如蛋白质-蛋白质相互作用，基因调控网络等。

Cytoscape具有丰富的图形界面，可以使用各种插件来进行网络建模、可视化和分析。

6. HMMERHMMER是用于进行隐马尔可夫模型（HMM）建模和分析的工具软件。

在生命科学领域，HMMER被用于进行蛋白质序列比对和蛋白质家族分类。

生物专业这些数据库怎么能不知道呢？大数据的研究都离不开数据库，相对于大家熟悉的基因组、转录组研究数据库，蛋白质组常用的数据库又有哪些呢？它们之间又有何不同之处呢？下面就由小编带领大家走进蛋白质组学数据库。

蛋白数据库分为搜库、功能注释、蛋白互作三大模块。

搜库用于蛋白定性，确定蛋白种类；蛋白功能注释，将单个蛋白、功能、生物表征变化有机结合起来；蛋白互作，统筹分析蛋白质之间的直接物理互作和间接功能互作。

搜库数据库搜库是蛋白质组研究的基石，可以将实验得到的质谱数据转化为蛋白信息，用于蛋白定性。

因此搜库数据库的选择直接关乎到鉴定出的蛋白质个数和质量。

一般来说都会选用来源于Uniprot 或者NCBI 的所研究物种对应的数据库。

01Uniprot 数据库Uniprot 数据库(/) 全称Universal Protein，主要来源于物种全基因组测序结果预测出的蛋白质序列，包含了大量来自文献的蛋白质的生物功能的信息，因此是收录最广泛、注释信息最全面的蛋白质数据库。

它由Swiss-Prot、TrEMBL 和PIR-PSD 三部分组成。

其中Swiss-Prot 数据库是注释精炼的蛋白序列库，它的所有序列都经过科学家查阅文献的核实。

一般情况下，如果蛋白质组所研究的物种是已被测序的生物，推荐使用Uniprot 数据库作为搜库的数据库。

02NCBI 的蛋白数据库NCBI 的蛋白数据库(https://www. ncbi. nlm. nih. gov/protein/) 容量较Uniprot 更大，但一些注释信息有缺失，相对于Uniprot 不够严谨，如果想追求更多鉴定的可能性，也可以作为搜库数据库使用。

功能注释数据库无论是蛋白质组学研究还是基因组学、转录组学研究最终的目的都是通过研究生物个体内在机理变化去解释生物个体外在表征变化。

因此在搜库鉴定出蛋白种类之后，蛋白与生物个体外在表征之间还缺一个桥梁，这便是蛋白功能注释。

常用的生物数据库（一）引言概述：本文将介绍一些常用的生物数据库，这些数据库在生命科学研究中起到了重要的作用。

生物数据库是存储和管理生物学数据的平台，为科学家们提供了丰富的数据资源，便于他们进行进一步的研究和分析。

在本文中，我们将介绍五个常用的生物数据库，分别是A数据库、B数据库、C数据库、D数据库和E数据库。

正文：一、A数据库1. A数据库是一个广泛应用于基因组学研究的生物数据库。

2. A数据库提供了大量的基因序列和蛋白质序列，以及与这些序列相关的注释信息。

3. A数据库还提供了丰富的基因组数据和表达数据，可以帮助研究人员了解基因的功能和调控机制。

4. A数据库还提供了工具和资源，用于基因组比较和功能注释分析。

5. A数据库不仅仅适用于基础研究，也为生物技术和药物开发提供了重要的数据支持。

二、B数据库1. B数据库是一个专门用于蛋白质相关研究的生物数据库。

2. B数据库提供了大量的蛋白质序列和结构信息，以及与这些蛋白质相关的功能和互作信息。

3. B数据库还提供了工具和资源，用于预测蛋白质结构和功能，并对蛋白质相互作用网络进行分析。

4. B数据库不仅仅适用于基础研究，也为药物设计和生物工程提供了重要的数据支持。

5. B数据库的数据来源于多个实验室的研究成果，经过严格的质量控制和标准化处理。

三、C数据库1. C数据库是一个应用于植物研究的生物数据库。

2. C数据库提供了大量的植物基因组数据和表达数据，以及与这些数据相关的注释信息和功能注释分析结果。

3. C数据库还提供了工具和资源，用于植物基因功能分析和代谢途径研究。

4. C数据库不仅仅适用于基础研究，还为农业和生物能源领域的研究提供了重要的数据支持。

5. C数据库的数据来源于多个研究机构和实验室的合作项目，经过严格的数据收集和整理。

四、D数据库1. D数据库是一个广泛应用于微生物研究的生物数据库。

2. D数据库提供了大量的微生物基因组数据和表达数据，以及与这些数据相关的功能注释信息和分类信息。

常用十大学术数据库介绍一、美国(1)Wiley InterScience(英文文献期刊) Wiley InterScience是John Wiely & Sons公司创建的动态在线内容服务，1997年开始在网上开通。

通过InterScience，Wiley公司以许可协议形式向用户提供在线访问全文内容的服务。

WileyInterScience收录了360多种科学、工程技术、医疗领域及相关专业期刊、30多种大型专业参考书、13种实验室手册的全文和500多个题目的Wiley学术图书的全文。

其中被SCI收录的核心期刊近200种。

期刊具体学科划分为：Business,Finance & Management (商业、金融和管理)、Chemistry (化学)、Computer Science（计算机科学）、Earth Science （地球科学）、Education （教育学）、Engineering （工程学）、Law（法律）、Life and Medical Sciences （生命科学与医学）、Mathematics and Statistics（数学统计学）、Physics （物理）、Psychology （心理学）。

(2)美国IEEE (英文文献期刊)IEEE（Institute of Electrical & ElectronicsEngineers）是电子信息领域最著名的跨国性学术团体，其会员分布在世界150多个国家和地区。

据IEEE统计，IEEE会员总数2001年比2000年增加3.1%，达到377342人，其中学生会员为65669人，增长12.6%。

随着人们的信息越来越多地来自Internet，IEEE需要为会员提供更加完善和全面的电子信息产品和服务。

IEEE应成为IEEE会员获得信息的首选之地。

IEEE必须识别正确的信息，并提供对它们的访问方法。

实现这个目标的重要一步是通过IEEEXplore与IEEE/IEE Electronic Library(IEL)连接。

常用的生物数据库（二）引言概述：生物数据库是生物信息学领域的重要工具，可以帮助研究人员存储、管理和共享生物数据。

本文将介绍常用的生物数据库（二），以便研究人员更好地利用这些资源进行生物学研究。

正文内容：一、蛋白质相互作用数据库1. STRING数据库：提供蛋白质相互作用预测和注释功能。

2. IntAct数据库：收集整理蛋白质相互作用数据，提供数据检索和分析工具。

3. BioGRID数据库：整合多种物种的蛋白质相互作用数据，并提供丰富的功能注释。

二、基因组数据库1. GenBank数据库：包含大量的序列数据，包括基因组、转录本和蛋白质序列等。

2. ENSEMBL数据库：集成了各种生物信息学工具，提供全面的基因组注释信息。

3. UCSC数据库：基于人类基因组构建的浏览器，提供详细的基因组注释和可视化功能。

三、表达谱数据库1. GEO数据库：收集了大量的基因表达谱数据，可进行数据检索和分析。

2. ArrayExpress数据库：包含了来自各种高通量技术的表达谱数据，提供数据下载和分析工具。

3. TCGA数据库：整合了多种癌症的基因表达数据，可进行差异表达和生存分析等研究。

四、突变数据库1. dbSNP数据库：记录了常见的单核苷酸多态性（SNP）数据，是研究遗传变异的重要资源。

2. COSMIC数据库：专注于癌症相关的突变数据，包含了大量的突变谱系和功能注释信息。

3. ClinVar数据库：整合了与人类疾病相关的遗传变异数据，提供临床相关的注释信息。

五、药物数据库1. DrugBank数据库：收录了大量的药物信息，包括结构、作用机制和药理学数据等。

2. PubChem数据库：提供了大量的小分子化合物数据，可进行化学结构搜索和药物筛选等研究。

3. ChEMBL数据库：整合了化合物活性数据和药物靶点信息，可用于药物发现和优化。

总结：生物数据库为生物学研究提供了丰富的数据资源和分析工具。

蛋白质相互作用数据库、基因组数据库、表达谱数据库、突变数据库和药物数据库是常用的生物数据库之一。