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常用生物医学数据库与分析软件介绍-Genedenovo

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UCSC
2011年8月 中国 · 哈尔滨
第二期生物信息学培训班
UCSC: Genome Browser
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序列比对（单机版） 序列比对（网络版）
三维结构可视化 NCBI编程接口
保守结构域搜索
NCBI序列提交工具
网页 图形 命令行
蛋白质同源家族基因组映射 序列浏览和分析工具
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常用生物医学数据库与分析软件介绍
宫滨生 生物信息科学与技术学院
生物医学数据库
核酸数据库
蛋白质数据库 表达谱数据库 遗传变异数据库
核酸序列数据库 非编码RNA数据库 核酸结构数据库 蛋白质序列数据库 蛋白质结构数据库 基因表达谱数据库 SNP与CNV数据库
功能和通路数据库
转录调控数据库 疾病和表型数据库
GenBank、dbEST、dbGSS、RefSeq、 GOLD、CCDS、UniGene miRBase NDB、BNASDB
Swiss-Prot、trEMBL、PIR、PRF PDB
dbSNP、HGMD、SCAN、DGV
HapMap
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第二期生物信息学培训班
生物医学数据库概览
功能注释数据库 通路数据库
蛋白质互作数据库 TF结合位点数据库 microRNA靶基因数据库
新一代测序数据库 DNA-seq、RNA-seq、ChIP-seq
整合数据库
其他数据库
文献数据库 实验相关数据库
同源数据库 小分子数据库
GenBank、dbEST、dbGSS、RefSeq、GOLD、CCDS、UniGene miRBase
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Ensembl: BioMart
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GEO、SMD、ArrayExpress SRA、GEO、hmChIP
Ensembl UCSC
PubMed、MeSH dbGaP
COG/KOG、CDD DrugBank、cMAP、PubChem
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SRA、GEO、hmChIP Ensembl UCSC
PubMed、MeSH dbGaP
COG/KOG、CDD DrugBank、cMAP、PubChem
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生物医学数据库概览
生物医学数据库
核酸数据库 蛋白质数据库 遗传变异数据库
核酸序列数据库 非编码RNA数据库 核酸结构数据库 蛋白质序列数据库 蛋白质结构数据库 SNP与CNV数据库
功能注释数据库
GO
功能和通路数据库
通路数据库
KEGG、BIGG、BioCarta、Reactome
蛋白质互作数据库
HPRD、DIP、BIND、I2D
转录调控数据库
TF结合位点数据库 microRNA靶基因数据库
TransFAC microCosm、TargetScan、Pictar、TarBase
疾病和表型数据库
第二期生物信息ห้องสมุดไป่ตู้培训班
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第二期生物信息学培训班
NDB、BNASDB Swiss-Prot、trEMBL、PIR、PRF
PDB GEO、SMD、ArrayExpress dbSNP、HGMD、SCAN、DGV
HapMap GO
KEGG、BIGG、BioCarta、Reactome HPRD、DIP、BIND、I2D TransFAC
microCosm、TargetScan、Pictar、TarBase OMIM、GAD、CGAP、DO、ICD
第二期生物信息学培训班
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第二期生物信息学培训班
复杂疾病数据库
• OMIM、GAD、CGAP等复杂疾病数据库主要 基于文献、关联分析及生物学实验的结果， 记录了疾病表型、相关的染色体区域、候 选基因等多方面的信息。
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OMIM、GAD、CGAP、DO、ICD
生物医学数据库
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第二期生物信息学培训班
生物医学数据库概览
生物医学数据库
表达谱数据库
新一代测序数据库
整合数据库
其他数据库
基因表达谱数据库 DNA-seq、RNA-seq、
ChIP-seq
文献数据库 实验相关数据库
同源数据库 小分子数据库
7k多疾病信
人类孟德尔遗传在线（OMIM）
• MIM (Mendelian Inheritance in Man)与OMIM
• OMIM的发展史
• 目前，OMIM的发布以及相关软件的开发由 National Center for Biotechnology Information (NCBI)负责。
PCR引物设计 蛋白质比对工具
化合物结构搜索 SNP提交
cDNA或剪切体向基因组比对工具 载体搜索工具
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