qPCR实验
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qPCR步骤及原理引言qPCR(quantitative polymerase chain reaction)是一种快速、敏感且特异性的检测DNA的方法。
它通过测量DNA模板的扩增过程中释放的荧光信号来定量检测目标DNA序列的数量。
本文将介绍qPCR的步骤及其原理。
步骤1. 样品准备在进行qPCR实验之前,需要准备样品。
通常情况下,样品可以是从生物体内提取的DNA,如细胞、组织、血液等。
样品的DNA含量应该在合适的浓度范围内,以确保qPCR的准确性和灵敏性。
2. 标准曲线标准曲线是进行定量PCR分析的关键。
它通过不同浓度的标准物质制备而成,通常是已知浓度的目标DNA序列。
标准曲线用于将实验测得的荧光信号与目标DNA的数量进行定量关联。
3. PCR反应体系准备PCR反应体系的准备十分重要,它包含了所有必要的试剂和反应物。
通常情况下,PCR反应体系包括DNA模板、引物、荧光探针(optional)、核酸酶、聚合酶和缓冲液。
荧光探针是一种具有荧光标记的DNA探针,用于增强PCR信号。
聚合酶是使PCR反应进行的关键酶。
4. qPCR循环程序qPCR的循环程序通常包括三个阶段:变性、退火和延伸。
在变性阶段,PCR管中的DNA双链被解链为两个单链。
然后,在退火阶段,引物结合到DNA模板的特定区域,并且荧光探针与目标DNA结合。
最后,在延伸阶段,聚合酶在引物的指导下合成新的DNA链。
5. 数据分析qPCR的荧光信号会随着PCR循环的进行而逐渐增加。
数据分析通常包括计算Ct值和绘制标准曲线。
Ct值是指荧光信号超过设定阈值所需的循环数,它与初始DNA模板的数量成正比。
原理qPCR基于传统的聚合酶链反应(PCR)技术,通过在DNA 扩增过程中测量荧光信号的释放来定量检测目标DNA序列的数量。
其主要原理可以概括为下列几个步骤:1.双链DNA解链:PCR反应体系中的DNA模板先经过高温变性处理,双链DNA解链为两个单链。
荧光定量pcr实验步骤荧光定量PCR实验步骤引言:荧光定量PCR(qPCR)是一种广泛应用于生物学研究和临床诊断的技术,可用于准确、快速地定量检测DNA的含量。
本文将介绍荧光定量PCR实验的步骤,以及注意事项和数据分析方法。
一、实验准备1. 准备所需试剂和仪器:包括PCR反应体系的各种试剂(如引物、探针、酶等)和实时荧光定量PCR仪。
2. 根据实验设计,制定合适的实验方案。
确定需要扩增的目标序列,设计引物和探针。
二、样品处理1. 提取待测样品中的DNA,确保提取得到高质量的DNA。
可以使用商业DNA提取试剂盒进行提取,按照厂家说明进行操作。
2. 测定DNA的纯度和浓度,确保测量到的DNA适用于PCR扩增反应。
使用比色法或分光光度计检测DNA的纯度和浓度。
3. 对提取得到的DNA进行稀释,以便在PCR反应中使用。
确保稀释后的DNA浓度恰当,以避免PCR反应的干扰。
三、荧光定量PCR反应体系的准备1. 根据实验设计和目标序列的长度,计算出所需的试剂和反应体系的配比。
2. 根据计算结果,将引物、探针和模板DNA按照适当的比例加入PCR反应管中。
注意保持反应管的清洁和无菌。
3. 加入合适的PCR反应缓冲液、酶和核酸酶抑制剂等试剂。
根据实验设计的需要,可以在反应体系中添加适当的试剂,如酶切酶、胶束等。
四、PCR扩增反应1. 将PCR反应管放入实时荧光定量PCR仪中,设置好PCR反应的程序和参数。
通常包括预热、变性、退火和延伸等步骤。
2. 启动PCR反应,开始扩增。
在反应过程中,实时监测PCR产物的荧光信号强度,并记录下来。
五、数据分析与结果解读1. 在实时荧光定量PCR仪中,可以实时获得PCR反应体系中荧光信号的强度和变化趋势。
根据实验设计的需要,可以选择合适的荧光信号通道进行监测。
2. 根据荧光信号和PCR反应的周期数,可以绘制荧光增幅曲线。
通过观察曲线的形态和特征,可以初步判断PCR反应的特异性和效果。
一、提取RNA1.动物组织:称取20-40mg动物组织,PBS充分漂洗后放入无酶的EP管中,每个样品加入1ml的Trizol,用剪刀将组织剪碎(大小约0.5mm3,或使用匀浆仪将组织充分匀浆),放入震荡仪中裂解1.5h(4℃,880rpm);随后4℃离心5min(12000rpm),吸取离心后的上清液(约1mL)至新的EP管中;细胞:用PBS漂洗3遍后,每孔加1ml的Trizol冰上静置10min,随后反复吹打数次,将裂解液吸入至无酶的EP管中,无需离心;3.每管中加入三氯甲烷200ul-300ul,漩涡震荡15s,室温静置10min(抽提RNA);随后4℃离心15min (12000rpm);4.取上清液(水相)400-500ul至新的EP管中,然后加入异丙醇500ul-750ul(水相体积的0.5-1倍,沉淀RNA),上下颠倒数次,充分混匀后室温静置10min(或冰浴30min);随后4℃离心15min(12000rpm);5. 离心后可见白色RNA沉淀,倒去上清液,用移液枪(200ul)小心吸出上清液,每管加入1ml75%乙醇(DEPC水与新开的无水乙醇配置),轻弹RNA沉淀,使其漂浮在乙醇中(充分清洗RNA,去除有机溶剂),随后4℃离心5min(12000rpm),上述步骤重复1次,倒去上清液后用移液枪(10ul)吸尽上清液,室温放置干燥10-30min;6.当RNA变得透明时,加入10-40ul的DEPC水,吹打混匀数次,室温静置10-20min(溶解RNA)。
二、检测RNA浓度1.打开核酸浓度测量仪,使用DEPC水调零,每次1-2ul,重复3次;2.加入1-2ul的RNA溶液,开始测量:260/230>2(提示有机溶剂、小分子、蛋白质、杂质含量较少),浓度>400ng/ul,260/280:1.8-2.3(提示DNA的含量较低),RNA质量/浓度较高,可用于后续实验。
三、逆转录反应1.准备RNA专用EP管(200ul),每孔加入1ugRNA(根据测得的RNA浓度计算);2.依次加入以下反应试剂:2ul 5*gDNA eraser buffer ②1ul gDNA eraser(去除DNA)①补充DEPC水至10ul,充分吹打、混匀3.将反应体系于室温下放置10-30min或者在热循环仪中以42℃放置2min(去除DNA)4.向反应体系中继续加入以下试剂:4ul DEPC水⑥4ul 5*Primescript buffer 2(逆转录酶稀释液)④1ul RT primer mix(寡聚核苷酸)⑤1ul primerscript RT enzyme mix(逆转录酶)③5.吹打数次使溶液充分混合,瞬时离心3s,将上述反应混合液放置于热循环仪中:37℃15min(开始逆转录)、85℃ 5s(使逆转录酶失活)、4℃保存,逆转录结束后可将样品放置-20℃中长期保存。
Q-PCR实验流程一、①实验前准备,每天早上到实验室后,先把超净工作台的紫外灯打开15-20分钟。
②超净台前做实验,需佩戴干净的橡胶手套/一次性薄膜手套,RNA抽提需带口罩。
③取EP管/枪头时需用镊子,不可以用使用过的手套直接取用。
取完EP管/枪头后,袋子及时封好。
④橡胶手套须放入超净台照射紫外,实验操作过程中不得带出超净台,移液器在一天工作结束后调至最大量程,并用75%乙醇清洁移液器,枪头盒及超净台面。
⑤实验进行的过程中或观看实验时,没有带口罩不要在超净台前讲话。
二、总RNA抽提1)细胞培养皿中细胞样品用1*PBS洗两次后,用1ml枪将PBS吸干净,加入1ml Trizol (Invitrogen)溶液,吹打混匀,并吸至RNase free EP 管中使细胞充分裂解,室温静置5min;组织样品用液氮充分研磨,加入1ml Trizol (Invitrogen)溶液,混匀,室温放置5min使其充分裂解;(管盖与管壁都需标记样品名称)2)加入200μl氯仿,剧烈振荡混匀30s,使水相和有机相充分接触,室温静置3-5min;(离心时离心管按顺序排放,离心完毕,离心管的顺序也按顺序排好,与第一步的顺序一致)3)4℃下,14,000g离心15min,可见分为三层,RNA在上层水相,移至另一个新的RNase free EP管;(用20-200ul的枪吸取上清,吸上清时,枪头应沿着液面上层吸取上清,枪头不可碰到、吸到中间层)4)沉淀RNA:加入等体积异丙醇,轻柔地充分混匀(颠倒6-8次)(不应用振荡器混匀),室温静置10min;5)4℃下,14,000g离心10min,收集RNA沉淀(如离心后仍不见EP管底部有沉淀,应将EP管放置在-80度冰箱过夜,继续在4℃下,14,000g 离心10min,收集RNA沉淀),去上清;6)用75%乙醇洗涤两次(12,000g离心5min)(加入乙醇后只需轻轻颠倒EP管即可,不用振荡器震荡或枪头吸打沉淀),超净台风干;沉淀不能过干或过湿,过干则不易溶解,过湿则乙醇残留。
qpcr的操作流程
实时荧光定量PCR(qPCR)是一种高效、准确的分子生物学技朧,广泛应用于基因表达分析、病原体检测、基因型鉴定等领域。
下面将介绍qPCR的操作流程。
1. 样品处理:首先需要从样品中提取RNA或DNA,并进行适当
的纯化处理。
确保提取的核酸质量和浓度符合实验要求。
2. 质控检测:对提取的核酸进行质控检测,包括测定纯度、浓
度和完整性。
确保核酸的质量符合实验要求。
3. 反转录:对RNA进行反转录反应,将RNA转录为cDNA。
反
转录反应需要使用逆转录酶和引物,确保反转录产物的质量和完整性。
4. 准备qPCR反应体系:根据实验设计和引物设计,准备qPCR
反应体系。
包括模板DNA或cDNA、引物、探针、核酸酶、缓冲液等。
确保反应体系的配比准确。
5. 进行qPCR反应:将准备好的反应体系加入到qPCR仪器中,
进行PCR扩增反应。
根据实验设计和引物特性,设置合适的PCR程
序和参数。
6. 数据分析:分析qPCR反应的数据,包括计算Ct值、绘制标
准曲线、计算目标基因的相对表达量等。
确保数据的准确性和可靠性。
7. 结果解读:根据数据分析结果,解读实验结果。
判断目标基因的表达水平、基因型等信息,为后续实验和研究提供参考。
总的来说,qPCR操作流程包括样品处理、质控检测、反转录、准备反应体系、进行PCR反应、数据分析和结果解读等步骤。
通过严格的实验设计和操作规范,可以获得准确、可靠的实验结果,为分子生物学研究提供重要的数据支持。
QPCR实验报告实验报告:QPCR技术在基因表达分析中的应用一、引言基因表达是指基因通过转录和翻译过程产生相应分子的过程,是维持生物体正常功能的关键步骤。
定量聚合酶链反应(Quantitative PCR,QPCR)是一种常用的检测和分析基因表达水平的方法。
该方法通过测量目标基因在不同时间点或条件下的转录水平,可以揭示基因调控机制、寻找新的治疗靶点以及评估药物治疗的效果。
本实验旨在熟悉和掌握QPCR技术的基本操作步骤,并通过示例实验,了解该技术在基因表达分析中的应用。
二、材料与方法2.1实验仪器-核酸提取仪-反转录仪-实时定量PCR仪2.2实验材料-被测样品:包括正常组织和疾病组织样本-细胞裂解缓冲液-细胞核酸提取试剂盒-反转录试剂盒-实时定量PCR试剂盒2.3实验步骤1.样品处理:将被测样品均匀切割后,加入细胞裂解缓冲液使细胞破裂,并离心去除细胞碎片。
2.核酸提取:使用核酸提取试剂盒从细胞裂解液中提取总RNA,按照试剂盒说明进行操作。
3.反转录:将提取的总RNA加入反转录试剂盒进行反转录反应,将RNA转录为cDNA。
4.实时定量PCR:根据目标基因和参比基因设计引物,并使用实时定量PCR试剂盒进行PCR反应,测量模板DNA的含量。
5.数据分析:根据实时定量PCR的结果,计算目标基因的相对表达量,并进行统计分析。
三、结果与讨论3.1实时定量PCR结果通过实时定量PCR测量得到各样品中目标基因的转录水平。
以CT值为指标,CT值越低代表目标基因的转录水平越高。
同时还可以通过计算相对定量,比较不同样品之间目标基因的表达变化。
3.2数据分析通过对实时定量PCR结果的数据分析,可以得到目标基因的相对表达量,并进行统计学分析。
通常可以通过t检验来判断不同样品之间目标基因的表达差异是否具有统计学意义。
3.3结果讨论根据实验结果,可以得出目标基因在不同样品之间的表达差异是否达到统计学意义,并进一步分析可能的原因。
Q-PCR实验流程1.确定进行Q-PCR的引物能够将目的基因扩增出唯一的目的条带,并且分子量应该保持在200bp左右;2.将之前反转录得到的cDNA样本按照需要进行稀释,然后每孔按照如下体系进行加样:cDNA 2ulF-primer 0.75ulR-primer 0.75ulSYBR 12.5ulddH2O 9ul———————————Total 25ul反应需要设置内参组,处理组和非处理组共三组,其中各组详细内容解释如下:每个反应组需要进行3个重复(生物学重复),已确保数据的可靠性并且需要明确加样顺序,Q-PCR使用8联排进行反应,加样后需要盖上透明盖子;3.选用 Bio-Rad CFX Q-PCR仪进行实时定量PCR,选用程序可参考文献报道的程序;4.反应结束后考取实验结果,并将反应后样品保留,需要进行凝胶电泳确保反应结果为单一条带并注意实验结果的Tm 值和Cycle数,以明确实验结果的真实性;5.实验数据由相关软件打开后导出为Excel2003格式进行处理,数据处理方案选取方案,其相关处理方法如下:1)计算内参组的平均值,即生物学重复的均值,();,2)用处理组和非处理组的Cq值分别减去对应的内参组均值,即;3)计算减去内参值后的非处理组的均值,即()4)计算处理组与非处理组之差,即,同时需要计算非处理组与非处理组之差,即;5)计算2的-次幂,即();6)运用Graph Pad进行数据图像绘制,即可得到直观的图像数据。
注意:A.尽量保证SYBR避光;B.尽量保证使用的Q-PCR 8联排的透明盖子的表面没有磨损,如有磨损可能会影响到仪器的读数;C.Cq的读数范围应当避免超过30,如超过30,我们可以判定该cDNA中无此基因的表达;D.Q-PCR之前务必需要进行常规PCR,确保设计的引物只能扩增出唯一正确的主带。
E.。
qpcr实验步骤及方法实时定量聚合酶链反应(qPCR)是一种常用于测定DNA或RNA的相对丰度或表达水平的方法。
下面是qPCR实验的步骤及方法。
步骤一:实验前准备1.收集实验所需的试剂和材料,包括DNA或RNA样品、引物、探针、逆转录酶、DNA聚合酶、引物/探针控制、PCR反应缓冲液等。
2.清洁实验平台,并在平台上设置防护措施如UV灯。
步骤二:RNA样品的逆转录1.准备RNA酶切酶,比例为每反应1μgRNA需要加入1μL的RNA酶切酶。
2.加入逆转录酶,比例为每反应1μgRNA需要加入1μL的逆转录酶。
3.需要注意的是,逆转录时可能需要将样品加热至65°C使RNA变性,然后冷却至42°C,以促使逆转录酶逆转录RNA为cDNA。
4.将逆转录反应混合液置于逆转录反应仪中,按照仪器上的指示进行逆转录反应。
步骤三:qPCR反应的设置1.准备qPCR反应液。
根据所使用的qPCR试剂盒的配方,配制相应的qPCR反应液,其中包括PCR缓冲液、dNTPs、酶、引物和探针等。
2.为每个样品和阴性对照设置反应管,每个反应管中加入适量的qPCR反应液和DNA模板。
3.使用qPCR仪器设置反应条件,包括反应温度和时间,以及测定所需的循环数目。
步骤四:进行qPCR反应1.将qPCR反应液加入PCR管中,确保每个反应管中的液体量相等。
2.将PCR管放入PCR仪器中,开始进行qPCR反应。
3.根据仪器上的程序进行PCR反应。
步骤五:分析实验结果1.在qPCR反应结束后,收集结果数据,包括荧光曲线的相对荧光单位(RFU)值和时间。
2.使用反应样本的Ct值和标准曲线,计算相对目标DNA或RNA的数量。
3.根据结果数据分析实验结果并解释实验结果。
需要注意的是,在进行qPCR实验时,要遵守实验室的操作流程和安全规定,并严格控制实验条件,以确保实验结果的准确性和可重复性。
QPCR详细实验过程和仪器操作说明QPCR(定量聚合酶链反应)是一种用于快速、准确测定DNA或RNA样品中特定序列的浓度的方法。
本文将详细介绍QPCR的实验过程和仪器操作步骤。
实验过程:1.样品准备:将待测DNA或RNA样品提取并纯化。
确保样品的质量和浓度适合QPCR分析。
2.引物设计:设计引物和探针,确保其在目标序列上具有特异性,并且没有多余的副产物。
3.校准曲线:准备一系列已知浓度的标准曲线样品,用于生成标准曲线。
标准曲线通常包含5-6个标准浓度点。
4.反应体系配制:根据实验需要,准备反应体系。
常见的反应体系包括引物、模板DNA或RNA、聚合酶、dNTPs(脱氧核苷酸三磷酸盐)和缓冲液。
仪器操作说明:1.准备反应管:在无菌条件下,将QPCR反应混合物分配到每个反应管中。
确保每个反应管中的混合物组成相同,并尽量避免气泡的产生。
2.反应管密封:使用盖板密封每个反应管,确保反应过程中的蒸发和污染最小化。
3.进入PCR机:将每个反应管放入热循环仪(PCR机)中,并按照下列程序设置反应条件:- 热活化(Hot start):将样品加热至95℃,通常持续2-10分钟,以破坏可能存在的非特异性扩增产物。
-反应循环:将样品依次加热至目标温度(通常为94-98℃)进行DNA的解离,然后降温至引物结合温度进行引物结合和扩增。
通常需要25-40个循环。
-结束延伸:在最后一个循环结束时,将样品加热至72℃进行延伸,以确保所有引物的扩增完成。
-终止反应:在所有反应循环结束后,通常会将样品保持在4℃,防止扩增产物的退化。
4.数据分析:使用专门的软件对QPCR数据进行分析,包括计算阈值周期数(Ct值)、计算目标序列的相对表达量等。
QPCR是一种非常精确和灵敏的方法,但在操作过程中应注意以下几点:-使用无菌操作,以避免样品污染。
-严格控制反应条件和时间,确保反应的重复性和准确性。
-正确安装和使用PCR机以确保温度的准确控制,并避免样品间的交叉污染。
QPCR实验过程一、细胞培养1.1 不同配比的SA-GG/TMP复合水凝胶支架的制备四种水凝胶的配比按照之前的实验方案操作,将制备的复合墨水用0.5M的氯化钙交联24h,然后利用模具将其切成直径15mm*5mm的圆柱凝胶盘。
1.2 凝胶样品的灭菌处理将制备好的凝胶样品放到无菌的50m离心管中,然后加入无菌的生理盐水至盖过样品。
然后密封,放入80℃烘箱中加热30分钟,然后在冷却30分钟,如此往复3-5次即可。
1.2水凝胶样品的接板将灭菌的样品放入6孔板中,每个样品三个平行样,然后加入3-5ml培养基,培养基为DMEM高糖培养基,10%FBS,1%双抗,培养12h,去除水凝胶中的水分和多余的钙离子。
然后去除旧的培养基,用生理盐水清洗3次,按每个孔5*104/cell细胞密度接板,接板时间分别为1、3、5、7d进行培养,每两天进行换液。
二、PCR操作过程2.1 M-RNA的提取2.1细胞裂解将培养到时间的细胞去除材料,然后用PBS清洗3-5遍,加入Trizol 1ml(实际可以加入500微升即可),轻轻吹打1min左右,然后将孔板直接放到-80 ℃的冰箱中至少冷冻12小时。
2.2 M-RNA提取2.2.1将冷冻的细胞裂解液解冻并且移到1.5mL的离心管中,然后按照Trizol与氯仿(三氯甲烷)比例为5:1的比例,即取0.2ml的氯仿,上下颠倒剧烈震荡15s,再冰上室温放置3分钟。
然后2-8 ℃,12000*g离心15min。
离心后样品分为三层:底层为红色有机相,上层为无色水相和一个中间层。
RNA主要在水相中,水相体积约为所用TRizol试剂的60%。
2.2.2 把水相转移到1.5 mL的离心管中,如要分离DNA和蛋白质可保留有机相。
此处尽量洗干净水相,以1mlTRizol为例,约为500 µl的水相,如果吸到红色无机相,此样品重新进行上部离心。
然后向离心管中加入每1ml TRzol加入0.5 ml的异丙醇,在冰上放置10min。
Q-PCR实验流程
一、①实验前准备,每天早上到实验室后,先把超净工作台的紫外灯打
开15-20分钟。
②超净台前做实验,需佩戴干净的橡胶手套/一次性薄膜手套,RNA抽提需带口罩。
③取EP管/枪头时需用镊子,不可以用使用过的手套直接取用。
取完EP管/枪头后,袋子及时封好。
④橡胶手套须放入超净台照射紫外,实验操作过程中不得带出超净台,移液器在一天工作结束后调至最大量程,并用75%乙醇清洁移液器,枪头盒及超净台面。
⑤实验进行的过程中或观看实验时,没有带口罩不要在超净台前讲话。
二、总RNA抽提
1)细胞培养皿中细胞样品用1*PBS洗两次后,用1ml枪将PBS吸干净,加入1ml Trizol (Invitrogen)溶液,吹打混匀,并吸至1.5ml RNase free EP管中使细胞充分裂解,室温静置5min;
组织样品用液氮充分研磨,加入1ml Trizol (Invitrogen)溶液,混匀,室温放置5min使其充分裂解;(管盖与管壁都需标记样品名称)
2)加入200μl氯仿,剧烈振荡混匀30s,使水相和有机相充分接触,室温静置3-5min;(离心时离心管按顺序排放,离心完毕,离心管的顺序也按顺序排好,与第一步的顺序一致)
3)4℃下,14,000g离心15min,可见分为三层,RNA在上层水相,移至另一个新的RNase free EP管;(用20-200ul的枪吸取上清,吸上清时,枪头应沿着液面上层吸取上清,枪头不可碰到、吸到中间层)
4)沉淀RNA:加入等体积异丙醇,轻柔地充分混匀(颠倒6-8次)(不应用振荡器混匀),室温静置10min;
5)4℃下,14,000g离心10min,收集RNA沉淀(如离心后仍不见EP管底部有沉淀,应将EP管放置在-80度冰箱过夜,继续在4℃下,14,000g 离心10min,收集RNA沉淀),去上清;
6)用75%乙醇洗涤两次(12,000g离心5min)(加入乙醇后只需轻轻颠倒EP管即可,不用振荡器震荡或枪头吸打沉淀),超净台风干;沉淀不
能过干或过湿,过干则不易溶解,过湿则乙醇残留。
7)视沉淀量加入适量DEPC水(至少15ul)溶解沉淀。
三、去基因组
使用RNase-free的DNase І(Promega),按以下体系配置反应液,37℃消化30min,65℃灭活10min。
RNA
DNase І
10 x buffer
H2O(RNase free) RNasin
30
20
10
39.5
0.5
µl
µl
µl
µl
µl
总体积100 µl
然后按以下步骤操作:
1) 加入等体积的苯酚/氯仿,上下颠倒混匀,室温放置5min,后14,000rpm,
离心15min,取上清。
2) 加入等体积的氯仿,上下颠倒混匀,静置分层后14,000rpm,离心15min,
取上清。
3)加入等体积异丙醇,轻柔地充分混匀(颠倒6-8次),-20℃静置15min;
4)4℃下,14,000g离心15min,收集RNA沉淀,去上清;
5)用75%乙醇洗涤两次(12,000g离心5min),超净台风干;
6)加入适量DEPC水(至少15ul)溶解沉淀。
四、总RNA纯度和完整性检测
1)纯度检测:取1μl RNA样品50倍稀释,在核酸蛋白检测仪上测定OD值,OD260/OD280的比值大于1.8,说明制备的RNA较纯,无蛋白质污染。
2)总RNA完整性检测:取RNA样品1μl,1%琼脂糖凝胶电泳80V×20min,EB 染色10min,用凝胶成像系统观察并拍照,总RNA的5s rRNA,18s rRNA 和28s rRNA条带,三条条带完整的话即可证明总RNA抽提比较完整。
五、逆转录
1. mRNA:
1)在RNase free的PCR管中配置下列溶液.
2) 将上述溶液吹打均匀,置85℃保温5min ,使RNA 变性。
随后立即冰上致冷,
以防止RNA 复性;
3) 在该PCR 管中加入下列试剂(Promega )
oligo (dT )
Random primer 10mM dNTP RNase inhibitor
5 x buffer M-MLV 0.5
0.5 2.0 0.5
4.0 0.5 µl µl µl µl µl µl 总体积
8.0
µl
4) 将上述20μl 反应溶液30℃保温10min ; 5) 42℃保温50min ; 6) 85℃保温10min ; 7) -20℃保存。
2. microRNA :
使用茎环逆转录法,原理如下图:
Total RNA H 2O 1.0 µg µl 总体积
12
µl
1) 在去RNase 的PCR 管中配置以下溶液.
2)将上述溶液混匀,85℃孵育5min ,以打开RNA 二级结构。
随后立即置于冰
上,以防止RNA 复性再次恢复二级结构; 3) 在另一去RNase 的PCR 管中配置以下溶液:
10mM dNTP (promega) RNase inhibitor (promega) U6逆转录引物
5x buffer M-MLV (promega) 2.0 0.5 0.5 4.0 0.5 µl µl µl µl µl 总体积
7.5
µl
4) 将3)溶液加入到1)溶液中,混匀后30℃保温10min ; 5) 42℃孵育50min ;
6) 85℃孵育10min 灭活逆转录酶。
四、定量PCR 检测 1.引物测试:
根据mRNA 设计的引物正式实验前需进行qPCR 测试其特异性和扩增效率,具体反应体系和反应条件如正式实验,每对引物需做模板水对照。
得到结果后,首先根据熔解曲线判断引物特异性,选择标准为:单峰且峰形偏窄、水对照无明显引物二聚体熔解曲线峰。
若设计的多对引物熔解曲线均显示特异性良好,则应对比各引物的扩增曲线,优先选择Ct 值小、扩增效率高的引物进行正式实验。
2.确定上机内容后,首先在记录本上编排好上机的样品排放顺序。
(1)一个样
total RNA
X 个miR 逆转录引物 H 2O 1.0 0.5*X µg µl
总体积
12.5
µl
5.5 点击Start键,开始运行程序。
5.6 程序运行完毕后,取出样品架上的八连管,按顺序关闭ABI PRISM 7500
SDS 软件、PCR仪电源开关。
5.7 在7500软件上标记好每个反应孔的样品名称及检测基因的名称,分类保存
好结果文件。
反应完成后,八连管应装到封口袋中,袋子上标记好文件名,客户的名字。
(同一个客户的三次重复实验,则只需保存其中一次重复的反应管即可,其余可丢弃)。