密度泛函理论与从头计算分子动力学
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收稿日期:2004-12-21基金项目:山东省自然科学基金资助项目(Y2003A01)和石油科技中青年创新基金(04E7038)作者简介:蓝建慧(1979-),女(汉族),山东即墨人,硕士研究生,专业方向为计算物理。
文章编号:100025870(2005)0420143204综述从头计算分子动力学方法及其应用蓝建慧,卢贵武,黄乔松,李英峰,朱 阁(中国石油大学物理科学与技术学院,山东东营257061)摘要:从头计算分子动力学方法把密度泛函理论和分子动力学方法有机地结合起来,使电子的极化效应及化学键的本质均可用计算机分子模拟方法进行研究,是目前计算机模拟实验中最先进、最重要的方法之一。
文章简述了从头计算分子动力学方法的基本原理,介绍了该方法在水、水溶液及其他氢键液体的结构与动力学研究中的应用。
关键词:从头计算;密度泛函理论;分子动力学;计算机分子模拟中图分类号:O 35 文献标识码:AMethod of ab initio molecular dynamics and its applicationsLAN Jian 2hui ,L U Gui 2wu ,HUAN G Qiao 2song ,L I Y ing 2feng ,ZHU G e(College of Physics Science and Technology in China U niversity of Pet roleum ,Dongying 257061,China )Abstract :The ab initio molecular dynamics method ,which combines the density functional theory with the molecular dy 2namics methodology ,made it convenient to study the electronic polarization effects and the nature of the chemical bonds in term of the computer molecular simulation.The method is one of the most im portant and advanced com puter simulation ex 2periment methods.The basic principle of the ab initio molecular dynamics method and its applications in structure and dy 2namics research of liquid water ,aqueous solutions and other hydrogen 2bond liquids were introduced.K ey w ords :ab initio ;density functional theory ;molecular dynamics ;computer molecular simulation 现代凝聚态理论研究应用最普遍的方法之一是分子动力学(MD )方法。
双分子反应全维从头算势能面和微观动力学的开题报告双分子反应是化学反应中的一种基本类型,其涉及到两种分子中的原子之间的相互作用。
为了更好地理解这类反应的本质和它们发生的微观过程,我们需要进行全维从头算的势能面计算和微观动力学模拟。
本项目的研究目的是用量子力学方法计算双分子反应的势能面,并使用分子动力学方法对反应的微观动力学进行模拟。
具体来说,我们将采用从头算方法,通过密度泛函理论(DFT)在分子结构水平上计算势能面。
核心部分的程序包括VASP、Gaussian 等。
这里我们将研究以下双分子反应:单甲醛和氢分子的加成反应H2 + HCHO →H3CO。
我们的研究将涉及到以下方面:1. DFT计算体系结构:在计算硅墨烯的能带结构之前,我们将基于DFT实现单甲醛、氢分子和H3CO体系的几何构型优化,并提取所需的结构参数(如键长和键角),用于势能面的计算。
2. 势能面计算:我们将使用TURBOMOLE、Gaussian和VASP等从头算软件包,在分子结构水平上计算H2+HCHO->H3CO反应的势能面。
计算过程将在不同的几何构型下进行,并且考虑不同的解离分子之间的相互作用。
3. 分子动力学模拟:通过使用GROMACS软件,我们将对反应过程进行分子动力学模拟,研究反应的微观动力学,包括反应轨迹、反应速率、能量散射和动量散射。
我们希望通过这种方式更好地理解反应的中间状态和转化。
本项目的结论将涵盖双分子反应H2+HCHO->H3CO的势能面,以及反应的微观动力学过程。
这将有助于我们更深入地理解反应机理和反应控制,为相关材料的研究提供基础。
低维体系的计算材料学低维体系的计算材料学是一门研究利用计算方法研究低维材料特性的学科。
低维体系指的是材料在其中一维度上具有较小的尺寸,比如二维材料(如石墨烯、磷化硼等)和一维材料(如纳米线、纳米管等)。
由于低维体系的尺寸效应和表面效应等特殊性质,使得其在材料科学和纳米技术领域具有广泛应用和重要价值。
在低维体系的计算材料学中,各种计算方法被广泛应用于研究材料的结构、力学性质、电子结构、光学性质、热学性质等方面。
下面将重点介绍几种重要的计算方法及其应用。
第一种是从头算密度泛函理论方法。
这是一种基于密度泛函理论(DFT)的计算方法,可以准确地计算出低维体系的电子结构和能带结构等性质。
它可以通过求解Kohn-Sham方程来得到材料的基态电子密度分布,进而可以计算出材料的能带结构、电子结构、密度分布和电荷转移等重要性质。
通过密度泛函理论,低维体系的电子性质与实验结果可以进行对比,提供了理论计算与实验研究的重要依据。
第二种是分子动力学(MD)方法。
这是一种计算方法,利用牛顿运动定律和相互作用力场对材料的原子运动进行模拟。
分子动力学方法可以研究材料的力学性质、热学性质和动力学行为等。
在低维体系的计算材料学中,分子动力学方法可以用来研究材料的相变行为、热膨胀、热导率等性质。
通过模拟与实验方法的对比分析,可以得到低维体系的稳定性、相变行为和热特性等方面的信息。
第三种是第一性原理分子动力学(FPMD)方法。
这是一种基于量子力学原理的分子动力学方法。
相对于传统的分子动力学方法,第一性原理分子动力学方法可以更准确地模拟材料的原子结构和动力学行为。
它可以通过求解薛定谔方程来模拟材料的原子运动,并得到材料的动力学行为、电子结构和热力学性质等。
第一性原理分子动力学方法可以用来研究低维体系的结构稳定性、相互作用行为和热化学反应等重要性质。
除了上述三种方法外,低维体系的计算材料学还可以应用一些其他的计算方法,如偏差函数理论(DFT),量子蒙特卡洛方法(QMC),紧束缚模型(Tight-Binding Model)等,用于研究低维体系的结构、电子结构和传输性质等。
密度泛函理论与从头计算分子动力学
从头计算分子动力学(FCMD)是密度泛函理论的一种拓展,它可以以一
种特定的数学方法来模拟分子运动过程,从而计算其物理属性。
这一方法
利用受时间的局域密度和具有一定格式的等离子体格构形成分子规范性和
电子结构,用于分子的活性,模拟自由能,前瞻,对比,反应,转换,并
计算材料的热力学性质和其他属性。
FCMD的优势在于可以计算出准确的分子性质,因此能够以一种相对
比较低成本的方式提供密度泛函理论的解决方案。
另外,基于FCMD的计
算可以更好地控制反应动力学,从而更准确地模拟复杂的分子动力学系统。
由于FCMD的计算使用经典方法,其计算效率比量子化学方法更高,并且
可以很容易地模拟微观或宏观尺度的分子系统。