基于数字PCR绝对定量检测技术的研究进展
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实时荧光定量PCR的研究进展及其应用一、本文概述实时荧光定量PCR(Real-Time Quantitative PCR,简称qPCR)是一种在分子生物学领域广泛应用的分子生物学技术,它能够在PCR 扩增过程中实时监测反应产物的积累,从而精确地定量目标DNA或RNA的初始浓度。
自20世纪90年代诞生以来,qPCR技术以其高灵敏度、高特异性、快速性和定量准确等优点,在基因表达分析、病原体检测、基因型鉴定、基因突变分析、药物研发等多个领域发挥了重要作用。
随着技术的不断发展和完善,实时荧光定量PCR已成为现代生物学研究中不可或缺的工具。
本文旨在全面综述实时荧光定量PCR技术的最新研究进展,包括其原理、方法、技术优化、应用领域的拓展以及面临的挑战等。
文章首先简要介绍qPCR技术的基本原理和常用方法,然后重点论述近年来在技术优化、多重PCR、数字化PCR等方向上的进展。
接着,本文详细探讨实时荧光定量PCR在基因表达分析、病原体检测、基因型鉴定、基因突变分析、药物研发等领域的应用案例和前景。
文章还将讨论实时荧光定量PCR面临的挑战,如引物设计、数据分析等问题,并提出相应的解决方案。
通过本文的综述,读者可以对实时荧光定量PCR技术的最新进展和应用有一个全面的了解,为相关研究提供参考和借鉴。
二、实时荧光定量PCR的基本原理与技术特点实时荧光定量PCR(Real-time Fluorescent Quantitative PCR,简称qPCR)是一种在PCR扩增过程中,通过对荧光信号的实时检测,对特定DNA片段进行定量分析的技术。
其基本原理是利用荧光染料或荧光标记的特异性探针,在PCR反应过程中实时检测PCR产物量的变化,从而得到DNA模板的初始浓度。
实时性:通过荧光信号的实时检测,可以实时了解PCR产物的生成情况,无需PCR结束后进行电泳等后续操作,大大缩短了实验时间。
定量性:通过标准曲线的建立,可以准确地计算出DNA模板的初始浓度,实现了PCR的定量分析。
实时荧光定量PCR技术的研究进展与应用实时荧光定量PCR技术的研究进展与应用引言实时荧光定量PCR技术(Real-time quantitative polymerase chain reaction)是一种基于PCR技术的分子生物学方法,可用于精确测量目标DNA或RNA的数量。
该技术在许多领域得到了广泛的应用,如医学诊断、基因表达分析、病原体检测以及环境监测等。
一、实时荧光定量PCR技术的原理实时荧光定量PCR技术基于PCR反应过程中,目标DNA(或RNA)序列的指数级扩增特性。
该方法需要引物与目标序列相互结合,合成适量的荧光探针用于监测PCR过程中目标序列的扩增程度。
其中,引物是起始特异性扩增的核酸片段,荧光探针含有荧光染料和荧光阻断剂。
当探针结合至目标序列时,就会被5'→3'外切酶降解,并释放荧光信号,实时监测PCR反应进程。
二、实时荧光定量PCR技术的优势1. 高灵敏度和高精确度:实时荧光定量PCR技术通过荧光信号的动态监测,可准确测量目标序列的扩增数量。
其灵敏度能够达到单个拷贝级别,且可靠性高,消除了传统PCR中间断性的'瓶颈'效应。
2. 快速和高通量:相比传统PCR技术,实时荧光定量PCR所需的时间更短,反应速度快。
通过多重PCR反应孔,可以同时测定多个样品,提高了检测效率。
3. 广泛的应用范围:实时荧光定量PCR技术不仅适用于基因表达、基因突变和SNP(单核苷酸多态性)的检测,还可用于病原体的检测和定量,如病毒感染、细菌感染等。
4. 可靠的检测结果验证:通过内参基因和集成阳性对照,可以消除检测结果偏差,确保检测结果的准确性和可靠性。
三、实时荧光定量PCR技术的应用1. 医学诊断:实时荧光定量PCR技术在临床医学诊断中具有很大的潜力,可用于早期肿瘤标志物、病原体和遗传疾病的检测与定量。
例如,可通过检测突变基因来判断特定癌症患者对某些药物的敏感性,从而为精准化治疗提供依据。
实时荧光定量PCR技术及其应用研究进展实时荧光定量PCR(Real-time fluorescent quantitative PCR,Real-time qPCR)是一种通过荧光信号实时测量PCR产物累积量的技术,可以在PCR反应过程中实时监测PCR 产物的数量。
这种技术结合了常规PCR技术的放大特异性和荧光标记探针的特异性探测,使得PCR分析更加准确、精确。
实时荧光定量PCR技术广泛应用于基因表达分析、病原体检测、细胞检测、突变分析等领域。
下面将分别介绍该技术在不同领域的应用研究进展。
在基因表达分析中,实时荧光定量PCR可用于测量特定基因在不同组织或不同发育阶段中的表达量。
该技术的灵敏度高、动态范围广,并可同时分析多个基因。
通过实时监测PCR产物的累积,可以获得准确的基因表达水平。
实时荧光定量PCR还可以用于研究非编码RNA的表达,如长非编码RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA)。
在病原体检测中,实时荧光定量PCR可用于快速、准确地鉴定和定量各类病原体。
各类病毒、细菌、真菌等的快速检测和定量分析。
由于实时荧光定量PCR具有高灵敏度和高特异性,能够在短时间内完成大量样本的分析,广泛应用于临床诊断和食品安全领域。
在细胞检测中,实时荧光定量PCR被用于检测细胞中的特定基因表达水平,并研究基因在细胞中的调控机制。
通过测量细胞内转录因子基因的表达变化,可以了解基因调控网络的变化情况。
在突变分析中,实时荧光定量PCR可用于检测某一基因的突变频率,如药物抗性相关基因的突变频率。
通过实时监测突变型和野生型基因的相对数量,可以计算出突变频率,为个性化药物治疗提供参考。
实时荧光定量PCR技术具有高灵敏度、高特异性、高准确度和高通量性等优点,在生命科学研究和临床应用中发挥着重要作用。
随着技术的不断进步和应用领域的不断拓展,实时荧光定量PCR技术在分子生物学领域的应用前景将更加广阔。
2024年数字PCR(DPCR)市场调查报告简介数字PCR(Digital PCR,DPCR)作为一种新型的聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)技术,近年来在生物医学领域引起了广泛关注。
本文将对数字PCR市场进行调查,并介绍其市场规模、应用领域以及发展趋势等方面的信息。
市场规模数字PCR市场正快速增长,预计在未来几年内将保持强劲的增势。
据市场调研公司的数据显示,2019年全球数字PCR市场规模达到X亿美元,并预计2025年将增长到X亿美元。
这一增长主要受益于数字PCR技术的不断发展,以及在疾病诊断、基因表达分析等领域中的广泛应用。
应用领域1.生物医学研究:数字PCR技术在生物医学研究中具有广泛的应用前景,可用于基因表达分析、SNP检测、病原体检测等领域。
数字PCR技术的高灵敏度和精确性使其成为研究人员在基因和疾病研究中的重要工具。
2.临床诊断:数字PCR技术在临床诊断中的应用也越来越广泛。
它能够检测和定量病理标记物,如癌细胞DNA、循环肿瘤细胞等,对于癌症早期筛查、监测疗效等方面具有重要作用。
3.食品安全检测:数字PCR技术在食品安全检测中也有应用潜力。
通过检测食品样本中的病原体、转基因成分等,可以有效提高食品安全监管的准确性和速度。
发展趋势数字PCR技术在未来将继续快速发展,并出现更多的应用领域。
以下是数字PCR 市场的几个发展趋势:1.技术不断升级:随着技术的进步,数字PCR技术将不断升级,提高其灵敏度、准确性和多样化的应用能力。
2.自动化和高通量:数字PCR仪器的自动化程度将进一步提高,使其适应高通量样本检测的需求。
3.云计算和大数据分析:数字PCR技术产生的庞大数据量需要进行云计算和大数据分析,以提取有价值的信息。
4.应用领域的拓展:数字PCR技术将进一步应用于新的领域,如环境监测、药物研发等,为相关领域的研究和发展提供有力支撑。
结论数字PCR市场正以强劲的势头发展,预计将在未来几年保持稳定增长。
数字PCR 技术及其在微生物检测中的应用作者:吴冰,蔡先全,郑传发,邱霞,萧绮倩来源:《现代食品》 2018年第22期摘要:数字PCR 是继实时定量PCR 之后新兴的一种绝对定量分析技术。
近年来,世界各国都非常重视数字PCR 检测技术的研究和应用。
因此,有必要建立快速简单、高灵敏度、高精确度的微生物检测方法。
本文介绍了数字PCR 技术的基本原理,概述了其在微生物检测领域的应用进展。
关键词:数字PCR;微滴式数字PCR;微生物检测1999 年,Kenneth Kinzler 与Vogelstein B 提出了“数字PCR(Digital PCR,dPCR)”的概念[1],该技术将DNA 或RNA 样品分散成大量的微反应单元,然后对众多微反应单元内的靶序列进行单分子模板PCR扩增、荧光检测和统计学分析,实现绝对定量。
该技术不依赖标准曲线和标准品,直接检测样品中核酸的原始浓度,比传统荧光定量PCR 的灵敏度和精确性更高。
1 数字PCR 技术的基本原理目前数字PCR 主要分为3 种:微孔式数字PCR、微滴式数字PCR 和微腔式数字PCR。
微孔式数字PCR是最早出现的数字PCR 技术,在96 或384 孔聚丙烯板上完成;后来出现了微腔式数字PCR,采用了由多层软刻蚀技术及聚二甲基硅材料制作成的系统;由于传统的数字PCR 技术取样、操作复杂,成本较高;便衍生了微滴式数字PCR 技术,微滴式数字PCR 是目前相对成熟的数字PCR 平台,利用油包水乳化微滴颗粒作为反应器进行检测。
目前,数字PCR 仪主要有Bio-rad 公司的QX100/QX200 微滴式dPCR 系统和RainDance 公司的RainDropTM dPCR 系统。
目前,应用最广泛的是微滴数字PCR,该技术具有灵敏度高、成本低的特点,可实现DNA的绝对定量。
其工作原理是把DNA 分子稀释到一定浓度,生成一定数目的微滴,然后进行PCR 扩增,读取阳性微滴数目。
数字PCR技术在感染性疾病中的应用进展
王国飞;王雪亮(综述);周靖(审校)
【期刊名称】《国际检验医学杂志》
【年(卷),期】2024(45)8
【摘要】数字PCR是一种具有广泛应用前景的、可绝对定量的核酸检测新技术,与实时荧光PCR相比具有高灵敏度和精确度上的优势。
近年来,数字PCR已广泛应
用于临床检测领域,特别是病原微生物的检测中,为相关疾病的早期诊断、监测预警、疗效评估等提供了量化指标依据。
基于此,该文对数字PCR的技术原理、优势及其在感染性疾病中的应用进行综述,以期为数字PCR更好地用于感染性疾病提供参考借鉴。
【总页数】5页(P1006-1010)
【作者】王国飞;王雪亮(综述);周靖(审校)
【作者单位】上海市临床检验中心/上海市实验医学研究院
【正文语种】中文
【中图分类】R446.5
【相关文献】
1.数字PCR技术在临床诊断中的应用进展
2.数字PCR技术在动物疫病诊断中的应用进展
3.数字PCR技术在食品检测中的应用研究进展
4.实时荧光定量及数字PCR 技术在病毒检测中的应用及研究进展
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数字化PCR技术在基因表达研究中的应用及优势分析随着分子生物学的发展,数字化PCR技术(Digital PCR)因其高精度、高灵敏度等特点,成为了研究基因表达的重要工具。
数字化PCR 技术通过对样本DNA分子的数目进行精确计数,可以更加准确地研究基因表达水平的定量变化,为基因表达研究带来了革命性的变化。
本文将分析数字化PCR技术在基因表达研究中的应用及优势,以期更好地理解数字化PCR技术的优越性。
数字化PCR技术的应用1.基因表达定量数字化PCR技术可以对样本中的DNA分子进行精确计数,进而实现基因表达定量。
通过将RNA转录成cDNA,再进行扩增后,使用数字化PCR技术计数,就能够获得各个组分的具体数目,从而获得准确的定量结果。
2.突变检测数字化PCR技术可以应用于单个细胞或DNA分子的突变检测。
可以通过扫描突变位点,分析分子符号和突变频率,实现针对某种疾病的检测和诊断。
3.外显子检测数字化PCR技术还可以用于外显子检测,属于目前最先进的实验技术之一。
通过数字化PCR技术,可以准确地检测基因外显子的变异,从而为研究基因外显子变化与疾病之间的关系提供了支持。
数字化PCR技术优势的分析1.高精度数字化PCR技术可以实现样品中微小的变化,因此其精度要比传统的PCR分析方法更高。
数字化PCR技术的精确性可达到实验室分析中的金标准,使得测量结果更为准确、实用和可重复。
2.高灵敏度数字化PCR技术的灵敏度要比传统PCR方法更高。
数字化PCR技术能够通过非常小的样本量,检测到非常低的分子数目。
因此,数字化PCR技术可以在,样本量和灵敏度之间进行平衡,同时维持准确性。
3.可重复性数字化PCR技术可以保证每一次实验的结果都是可以重复的。
相互独立的多组实验能够证实结果的准确性,更好地保证了实验结果的可靠性。
4.高效性数字化PCR技术可同时进行多重检测,可以在单个PCR反应中,同时检测多种DNA序列。
这样,在检查突变序列和基因引物序列时很方便,并避免了扩增失败导致的误判。
数字PCR技术复杂生物样本(含PCR抑制剂)中DNA/RNA绝对定量的解决方案数字PCR技术:dPCR和qPCR(Real-time PCR)技术定量检测DNA/RNA时抑制剂的影响对比众所周知,数以千种的化学物质会抑制PCR反应有作用,而生物样本往往都会含有类似的化合物,在DNA/RNA纯化时,这类化合物很难去除,所以会存在DNA/RNA样本中。
数字PCR技术:qPCR和Crystal dPCR进行DNA/RNA定量的比较qPCR (Real-time PCR)进行DNA/RNA定量时,基于Ct值,且依赖于分析的样品和标准品之间的标准曲线,通过未知样品与含有已知量核酸标准品之间的Ct值得到未知样品的浓度。
但当样品中存在抑制剂时,标准品和样品之间由于背景不同,所以PCR反应效率可能不同,因此定量结果将会有偏差(图1A)。
Naica crystal dPCR进行DNA/RNA定量时,结果判读在于通过荧光值区分微滴的阳性或阴性。
即使有因抑制剂存在而导致PCR反应效率降低,仍然可以实现准确定量(图1B)。
图1.腐殖酸在qPCR(A)和Crystal dPCR(B)系统分析中的影响比较在qPCR和Crystal dPCR平台检测中PCR反应均包含1X PerfeCta Multiplex qPCR Tough-mix,100 nM荧光素,500 nM ALB基因正向和反向引物,250 nM Cy5标记TaqMan探针和5.4 ng / uL人类基因组DNA。
分别掺入0, 50和100ug / mL的腐殖酸。
还有很重要的一点我们需要注意,抑制剂对于同一DNA/RNA样品中不同靶标基因绝对定量的影响也可能不同(图2)。
Naica Crystal dPCR 系统有3个荧光通道,检测您感兴趣的基因上不同区域或基因组上不同的靶标基因,以检查这种偏差。
图2.腐殖酸的存在对于Crystal dPCR中对不同靶标的影响检测多重Crystal dPCR反应中含有PerfeCta Multiplex qPCR Toughmix,ALB基因的引物和探针(Cy-5标记),EGFR基因的引物和探针(HEX 标记)和BRAF的引物和探针(FAM标记),并且使用相同量的人类基因组DNA掺入不同浓度的腐殖酸(利用Sigmoid即S型函数拟合)。
实时荧光定量PCR技术研究进展及其应用实时荧光定量PCR技术研究进展及其应用随着分子生物学和遗传学的发展,实时荧光定量PCR技术(quantitative real-time PCR)在生物医学研究和医学检测中得到了广泛的应用。
实时荧光定量PCR技术是PCR技术的一种改良版,能够实时监测PCR反应的进程,实现对DNA或RNA的定量分析。
本文将综述实时荧光定量PCR技术的研究进展以及其在医学领域中的应用。
一、实时荧光定量PCR技术的原理及方法实时荧光定量PCR技术利用特定荧光探针以及相应的荧光探测系统,通过测量荧光信号的增加来定量分析PCR反应中基因的拷贝数。
具体步骤如下:首先,通过DNA提取或RNA提取获得待检测物质的样本。
接着,将获得的DNA或RNA经过逆转录反应合成cDNA,以备进行PCR扩增。
然后,在PCR反应混合液中加入特定引物和荧光探针。
引物是用于扩增待检基因的片段,而荧光探针则是用于实时监测扩增过程中产生的DNA量。
荧光探针通常由一个碱基特异的标记染料和一个荧光供体相连,当探针与待检基因的DNA结合时,标记染料和荧光供体的空间关系发生改变,导致荧光强度的变化。
接下来,在实时荧光定量PCR仪中进行PCR扩增。
仪器通过加热、冷却等步骤循环进行,同时测量荧光信号的强度。
实时荧光定量PCR技术能够在PCR反应过程中记录和监测荧光信号的增加,从而实现对样本中待检基因的定量分析。
最后,根据荧光信号的强度变化,通过标准曲线法或绝对定量法计算出待检基因在样本中的拷贝数。
标准曲线法通过制备一系列浓度已知的标准品,绘制标准曲线并求出待检样品中的基因拷贝数。
绝对定量法则是通过计算PCR反应的阈值周期数(Ct值)并结合样品的稀释倍数得出基因拷贝数。
二、实时荧光定量PCR技术的应用实时荧光定量PCR技术在医学领域中的应用广泛且多样,以下列举了其中几个典型应用:1. 疾病诊断实时荧光定量PCR技术能够定量检测体内的病原体,如病毒、细菌等,并帮助医生进行疾病的早期诊断。
图1 微滴式数字PCR工作原理示意图
基于此项技术在其他相关领域的成功使用,我们初步设想,在检测领域可以将该技术用于解决目前荧光定量PCR技术无法解决的问题。
比如,核酸样本的绝对定量,尤其针对没有标准品的检测;复杂样品的高灵敏度核酸检测;核酸标准物质的标定;点突变(SNP)研究;微生物的高灵敏度分析和定量检测;低丰度及稀有因子的精确定量等等。
作为一种绝对定量的PCR检测技术,这项技术具有高精确性、高灵敏度和高分辨率,其必将在检测各领域工作中广泛应用。
基金项目:质检公益项目(2014IK003)。