《宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识》(2021)要点汇总

2023高通量测序技术在分枝杆菌病诊断中的应用专家共识(完整版)摘要高通量测序技术在分枝杆菌病领域中的应用日益普及，而在实际应用过程中，临床医师对技术本身及如何合理应用检测结果仍存在很多疑问。

本共识针对高通量测序技术临床应用中存在的突出问题，依据公开发表的研究数据和参与专家的应用经验，经众多专家讨论形成，为在分枝杆菌病诊断过程中合理使用高通量测序技术提供参考。

高通量测序(high-throughputsequencing)技术在感染性疾病病原学诊断及常见病原微生物的耐药诊断中优势明显，在分枝杆菌病领域也得到越来越广泛的应用，为疑难分枝杆菌病的诊断、鉴别诊断和耐药诊断提供了循证医学证据。

然而在实际应用过程中，临床医师存在诸多困惑。

鉴于此，高通量测序共识专家组针对高通量测序技术临床使用过程中存在的突出问题，撰写了本共识，以期提高该技术的临床应用水平，去伪存真，使这项先进的检验技术得到科学合理的应用。

一、高通量测序技术概况高通量测序技术泛指二代测序技术和第三代测序技术，目前已有多种用于临床感染性疾病的病原微生物鉴定，尤其是当缺乏诊断线索时，鉴定病原微生物具有显著优势。

依据检测策略的不同，其主要分为靶向测序、宏基因组学测序（mNGS）和全基因组测序（WGS\分枝杆菌靶向测序技术是先通过靶向捕获分枝杆菌特异基因后再进行高通量测序，主要适用于临床怀疑分枝杆菌感染的患者，既有助于诊断结核病/非结核分枝杆菌（NTM）病，又可以检测耐药基因突变,从而精准指导临床医师用药。

2018年，WHO发布的《应用高通量测序技术检测耐药结核病相关基因突变的技术指导原则》重点关注了靶向测序技术用于结核病耐药诊断的功能。

mNGS技术则是直接对标本中所有的核酸进行无偏倚检测和序列分析，相比分枝杆菌靶向测序，mNGS可检测出种类繁多的微生物，但无法实现对结核分枝杆菌耐药基因的全面检测。

二、高通量测序技术的特点二代测序技术近年来发展迅猛，具有通量高、速度快的优点，但存在读长较短，不利于后续生物信息学分析的缺点，且PCR扩增过程中DNA序列碱基的G-C偏好性会影响检测的准确性。

2024年医疗卫生行业继续教育-临床内科学-感染病学（含传染病学）-脓毒症诊治进展探讨课后练习答案目录一、拯救脓毒症运动（上） (1)二、拯救脓毒症运动（下） (3)三、中国脓毒症早期预防与阻断（上） (5)四、中国脓毒症早期预防与阻断（下） (7)五、脓毒症脓毒性休克急诊治疗（上） (9)六、脓毒症脓毒性休克急诊治疗（下） (11)七、脓毒症中西医结合诊治（上） (13)八、脓毒症中西医结合诊治（下） (15)九、宏基因检测在肺部感染中的临床应用（上） (16)十、宏基因检测在肺部感染中的临床应用（下） (18)十一、脓毒症的诊疗进展（一） (20)十二、脓毒症的诊疗进展（二） (22)十三、脓毒症性AKI早期诊断进展（一） (25)十四、脓毒症性AKI早期诊断进展（二） (27)十五、脓毒症与中医智能辨证 (28)十六、血液净化与脓毒症 (30)一、拯救脓毒症运动（上）1.对于成人（理想体重）脓毒症导致的急性呼吸窘迫综合征，使用（）的潮气量A.6ml/kgB.7ml/kgC.8ml/kgD.10ml/kgE.12ml/kg参考答案：A2.脓毒症初始复苏尽可能使用（）指标来预测液体反应性A.动态指标B.静态指标C.乳酸水平D.血流动力学指标E.体格检查参考答案：A3.对脓毒症所致的低灌注患者进行液体复苏，需要起始（）的晶体液A.1小时内输注至少20mg/kgB.1小时内输注至少30mg/kgC.2小时内输注至少30mg/kgD.3小时内输注至少20mg/kgE.3小时内输注至少30mg/kg参考答案：E4.对于成人脓毒症/脓毒性休克患者，建议早期（）内确定治疗目标，而不是延期A.6小时B.12小时C.24小时D.48小时E.72小时参考答案：E5.对于脓毒症导致的中度到重度的ARDS，建议设置平台压的上限为（）cmH20A.20B.30C.35D.40E.45参考答案：B二、拯救脓毒症运动（下）1.建议检测（）水平，有助于缩短脓毒症患者抗生素使用的疗程A.降钙素原 PCTB.白细胞C.中性粒细胞比例D.超敏C反应蛋白E.淋巴细胞参考答案：A2.脓毒症和脓毒性休克是紧急医疗事件A.应立即检测血乳酸B.将qSOFA 作为脓毒症/脓毒性休克的单一筛查工具C.应立即进行治疗和复苏D.应立即抗真菌治疗E.建议使用生理盐水进行复苏参考答案：C3.对于脓毒症所致的低灌注/脓毒性休克的患者，建议在复苏的前（）内至少静脉输注30mL/kg的晶体液A.3小时B.6小时C.12小时D.24小时E.48小时参考答案：A4.对于脓毒症所致ARDS的成人患者，推荐使用（）而不是（）A.小潮气量通气策略（6 mL/kg），大潮气量策略（＞10 mL/kg）B.大潮气量通气策略（＞10 mL/kg），小潮气量通气策略（6 mL/kg）C.小潮气量通气策略（10 mL/kg），大潮气量策略（＞6 mL/kg）D.大潮气量策略（＞6 mL/kg），小潮气量通气策略（10 mL/kg）E.较低的 PEEP，较高的PEEP参考答案：A5.对于成人脓毒性休克患者，推荐使用（）作为一线升压药物A.多巴胺B.血管加压素C.肾上腺素D.去甲肾上腺素E.血管紧张素Ⅱ参考答案：D三、中国脓毒症早期预防与阻断（上）1.PCT在感染（）后达到峰值A.1-2hB.2-4hC.4-8hD.12-48hE.24-72h参考答案：D2.（）可作为反映机体感染和炎症控制的敏感指标A.IL-6B.PCTC.CRPD.血清淀粉样蛋白AE.白细胞参考答案：D3.CRP通常于感染后（）开始升高，（）达高峰A.1h，6-12hB.1h，12-24hC.2h，6-12hD.2h，12-24hE.2h，24-48h参考答案：E4.急性感染患者发生脓毒症的高危因素不包括A.高龄、营养不良B.趾骨骨折C.肺部感染D.恶性肿瘤病史E.有心血管功能障碍基础疾病参考答案：B5.多数专家建议将PCT为（）作为脓毒症的诊断界值A.1 ug / LB.0.75 ug / LC.0.50 ug / LD.0.25 ug / LE.以上都不正确参考答案：C四、中国脓毒症早期预防与阻断（下）1.及时发现“细胞因子风暴”并适时适量地调控炎症反应是A.预防脓毒症的核心B.有可能引起？SIRS？并导致脓毒症的发生C.病原学诊断的有力手段D.去除引起感染病因的核心要素E.降低脓毒症的病死率参考答案：A2.“复苏”的前提是A.大循环稳定B.多器官衰竭C.出现明确的有效循环血容量下降或休克D.qSOFA评分≥2分E.毛细血管内皮损伤参考答案：C3.目前医院普遍检测的细胞因子是A.IL-1B.IL-6C.IL-10D.IL-12E.IL-22参考答案：B4.（）可以诊断脓毒症A.感染+SOFA评分≥2分B.qSOFA评分≥2分C.NEWS评分4-6分D.感染+NEWS评分4-6分E.qSOFA评分≥2分+NEWS评分4-6分参考答案：A5.对于有明确感染灶的创伤感染，单纯抗菌药物治疗A.至关重要B.可有效防止脓毒症发生C.需明确病原微生物种类后再治疗D.难以奏效E.以上都不正确参考答案：D五、脓毒症脓毒性休克急诊治疗（上）1.脓毒症的急诊治疗不包括A.姑息治疗B.急诊早期处置C.病因治疗D.支持治疗E.免疫调节治疗参考答案：A2.关于脓毒症临床表现说法错误的是A.发热是脓毒症最常见的临床表现B.大约40%的脓毒症患者会出现低血压的情况C.轻度的神志淡漠或兴奋可能是老年人脓毒症的唯一表现D.长期酗酒或者尿毒症的脓毒症患者发热程度较一般患者高E.免疫系统抑制以及中性粒细胞减少症患者经常没有明显的感染灶存在参考答案：D3.脓毒症和脓毒性休克患者早期目标治疗是A.吸氧B.对器官灌注进行评估C.在六小时之内对疑似脓毒症或脓毒性休克进行目标导向治疗的战略性治疗D.机械通气E.规范化诊疗参考答案：C4.脓毒症患者血培养50%-65%是A.阴性B.阳性C.不同人群结果不一样D.无法判断E.以上都不正确参考答案：A5.对年龄大于65岁的人来说（）感染引起脓毒症最常见A.泌尿系统B.生殖系统C.呼吸系统D.消化系统E.以上都是参考答案：A六、脓毒症脓毒性休克急诊治疗（下）1.对于脓毒症所致的低灌注或脓毒性休克的患者（）A.在复苏的前6小时内至少静脉输注60毫升/公斤的（IV）晶状液B.在复苏的前3小时内至少静脉输注30毫升/公斤的（IV）晶状液C.在复苏的前3小时内至少静脉输注60毫升/公斤的（IV）晶状液D.在复苏的前6小时内至少静脉输注30毫升/公斤的（IV）晶状液E.以上都不是参考答案：B2.充分液体复苏后仍然存在低心排量，应使用（）增加心排量A.血管紧张素ⅡB.肾上腺素C.血管加压素D.多巴胺E.多巴酚丁胺参考答案：E3.推荐缩血管药物治疗脓毒症/脓毒性休克的初始目标是A.MAP＞=30mmHgB.MAP＞=40mmHgC.MAP＞=60mmHgD.MAP＞=65mmHgE.MAP＞=105mmHg参考答案：D4.对于应用去甲肾上腺素后MAP水平仍不达标的成人脓毒性休克患者，推荐联合使用（）而不是增加去甲肾上腺素的剂量A.血管紧张素ⅡB.肾上腺素C.血管加压素D.多巴胺E.多巴酚丁胺参考答案：C5.对于成人脓毒性休克患者推荐使用（）作为一线升压药物A.血管紧张素ⅡB.肾上腺素C.血管加压素D.多巴胺E.去甲肾上腺素参考答案：E七、脓毒症中西医结合诊治（上）1.PIRO系统不包括A.液体复苏B.素因C.感染D.反应E.器官功能障碍参考答案：A2.下列关于脓毒症的说法错误的是A.Sepsis占美国危重病人死因中的第一位B.脓毒症的病死率约80%C.全世界每天约有1400人死于脓毒症D.2001年12月华盛顿会议提出国际脓毒症分段诊断的PIRO系统E.2002年巴塞罗那宣言呼吁重视对脓毒症的研究和治疗，争取在5年内把脓毒症的病死率降低25％参考答案：B3.脓毒症治疗的“三证三法”说法错误的是A.毒热证使用清热解毒法B.由王今达教授、王宝恩教授最早提出C.寒症使用祛风散寒法D.瘀血证使用活血化瘀法E.急性虚证使用扶正固本法参考答案：C4.脓毒症根据病情轻重可分为为A.脓毒症、严重脓毒症、脓毒性休克B.非特异性免疫型脓毒症、特异性免疫型脓毒症C.原发性脓毒症、继发性脓毒症D.急性脓毒症、慢性脓毒症E.烧伤型脓毒症、急性胰腺炎型脓毒症、肺炎型脓毒症参考答案：A5.脓毒症病变初期以（）为主，表现为（）A.虚证，虚实夹杂B.实证，正盛邪亦盛C.实证，正衰邪盛D.虚症，正虚邪恋E.虚症，正衰邪衰参考答案：B八、脓毒症中西医结合诊治（下）1.脓毒症病机的核心是A.外感风寒，内伤湿滞B.正气虚弱，外邪入侵C.瘀毒互结，络脉受损D.毒损络脉，络脉瘀滞E.正气欲脱，瘀毒内盛参考答案：D2.脓毒症有阳脱之象者建议使用A.生脉注射液B.独参汤C.参附汤D.血必净注射液E.生脉饮参考答案：C3.脓毒症早期集束治疗更强调A.机械通气重要性B.时间紧迫性C.早期诊断、早期的中西医结合治疗重要性D.抗感染治疗重要性E.液体复苏重要性参考答案：B4.（）是降低脓毒症病死率的关键A.早期诊断、早期的中西医结合治疗B.早期液体复苏治疗C.尽快机械通气D.尽快抗感染治疗E.以上都不正确参考答案：A5.脓毒症高热的病机是A.外感风寒，内伤湿滞B.正气虚弱，外邪入侵C.瘀毒互结，络脉受损D.毒损络脉，络脉瘀滞E.正气欲脱，瘀毒内盛参考答案：C九、宏基因检测在肺部感染中的临床应用（上）1.mNGS技术优势不包括A.检测能力较培养弱B.覆盖度广C.灵敏度高D.检测阳性率显著提高E.可获得耐药基因/毒力因子分析参考答案：A2.关于传统微生物检测方法，下列说法错误的是A.阳性率高B.价格优惠C.费时费力D.痰标本合格率较低E.培养阳性率易受标本采集、运输、快速处理等多种因素的影响参考答案：A3.全球首篇针对所有感染性疾病的mNGS临床应用专家共识是A.高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识B.宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识C.中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识D.宏基因组测序病原微生物检测生物信息学分析规范化管理专家共识E.宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识参考答案：C4.mNGS检测的应用前景不包括A.不明原因发热B.人源细胞干扰C.新发/罕见病原D.脓毒症E.免疫缺陷/低下人群参考答案：B5.（）检测特异性强、灵敏度高、简便快捷A.荧光原位杂交B.PCRC.基因测序D.基因芯片E.培养法参考答案：B十、宏基因检测在肺部感染中的临床应用（下）1.mNGS对SCAP常见致病细菌的检出敏感度较高，除外A.结核分枝杆菌B.肺炎链球菌C.金黄色葡萄球菌D.铜绿假单胞菌E.大肠埃希菌参考答案：A2.呼吸系统感染mNGS结果解读遵循的原则不包括A.无菌部位来源的临床标本（尤其脓肿）中检出微生物种群（包括不同类别或同类不同种属）应立即确认污染B.结合临床、实验室检查、胸部影像学综合判断C.结合微生物种类，判定是定植、感染菌、还是背景菌D.结合其他传统微生物报告、交叉验证E.结合相对丰度、序列数判断可能性大小参考答案：A3.（）毒力很强并有高度传染性，即使mNGS检出1个序列数也需要高度重视A.结核分枝杆菌B.铜绿假单胞菌C.鼠疫耶尔森菌D.布鲁氏菌E.诺卡菌参考答案：C4.不属于条件致病病原体的是A.铜绿假单胞菌B.鲍曼不动杆菌C.EBVD.CMVE.诺卡菌参考答案：E5.（）指在属/种水平上检测到的该微生物的严格比对的序列数目A.序列数B.检出序列数C.基因组测序D.未检出序列数E.相对丰度参考答案：B十一、脓毒症的诊疗进展（一）1.脓毒症患者感染主要来源于（）等A.肺部B.泌尿系统C.皮肤软组织D.腹腔E.以上均包括参考答案：E2.恰当的抗生素治疗（脓毒症）方案必须考虑的因素包括（）A.感染的解剖学位置、病原谱和某个抗菌药物渗透能力B.社区甚至医院病房的流行病原体；流行病原体的耐药谱C.存在特殊免疫缺陷D.年龄和患者合并症、存在侵入性装置E.以上均包括参考答案：E3.对脓毒症可能性高或可能有脓毒性休克的成人患者，建议立即使用抗菌药物，最好在识别后（）小时内使用A.3B.1C.6D.12E.24参考答案：B4.在临床实践中，去甲肾上腺素剂量在（）范围内时，通常可以考虑使用血管加压素A.0.25–0.5μg/kg/minB.25–50μg/kg/minC.0.2–0.3μg/kg/minD.0.35–0.55μg/kg/minE.以上说法均不正确参考答案：A5.脓毒症引发的ARDS患者目标潮气量为（）A.1ml/kgB.3ml/kgC.6ml/kgD.10ml/kgE.16ml/kg参考答案：C十二、脓毒症的诊疗进展（二）1.对于脓毒症患者的营养供给方面，说法正确的是（）A.建议在确诊严重脓毒症/脓毒性休克最初的48h内，可以耐受的情况下给予经口饮食或肠内营养（如果需要），而不是完全禁食或仅给予静脉输注葡萄糖B.建议在第1周内避免强制给予全热量营养，建议低剂量喂养[如每日最高2092kJ（500 kcal）]，仅在可以耐受的情况下加量C.建议在确诊严重脓毒症/脓毒性休克的最初7d内，使用静脉输注葡萄糖和肠内营养，而非单独使用全胃肠外营养（TPN）或肠外营养联合肠内营养D.对严重脓毒症患者，不建议使用含特殊免疫调节添加剂的营养制剂E.以上说法均正确参考答案：E2.急性肾衰的病人，先保证容量负荷，随后用速尿每次5-10mg/kg，每6到8h1次，如（）h无尿量增多，应考虑透析疗法或床边连续血液滤过A.12-24B.6-12C.3-6D.10-12E.24-36参考答案：A3.在脓毒症和脓毒性休克国际指南中，有关血管升压药使用的说法，错误的是（）A.推荐血管升压药首选去甲肾上腺素B.建议需要额外增加药物以维持足够血压时，应用肾上腺素C.推荐不采用低剂量多巴胺进行肾脏保护治疗D.推荐初始应用血管升压药使MAP达55mmHgE.为将MAP提升至目标值或减少去甲肾上腺素的使用剂量，可在去甲肾上腺素基础上加用血管加压素参考答案：D4.推荐对ICU的严重脓毒症患者采取程序化的血糖管理，当连续（）次血糖水平>10.0mmol/L（180ml/dl）时，开始使用胰岛素定量治疗A.3B.5C.6D.2E.1参考答案：D5.细菌为脓毒症最常见的病原体，（）为最常见的感染途径A.血液B.呼吸道C.体液D.手术感染E.以上说法均不正确参考答案：B十三、脓毒症性AKI早期诊断进展（一）1.关于AKIN标准说法错误的是（）A.2007年发布B.由急性肾脏损伤网络提出C.对应RIFLE标准的风险期、损伤期、终末期D.分为3期E.较RIFLE简化参考答案：C2.关于血浆置换的说法错误的是（）A.有发生过敏反应的风险B.只能清除小分子代谢毒素和致病因子C.有发生容量过负荷的风险D.最常见于肝衰竭患者的救治参考答案：B3.下列只可被血液透析清除的是（）A.IL-6B.TNF-аC.IL-10D.钾离子E.蛋白复合物参考答案：D4.关于RIFLE标准说法错误的是（）A.2004年发布B.由急性透析质量倡议小组提出C.依据肌酐、肾小球滤过率、尿量进行分析D.分为风险期、损伤期、衰竭期、肾功能丢失期、终末期E.肾小球滤过率在ICU中容易准确获得参考答案：E5.关于KDIGO标准说法错误的是（）A.依据肌酐、肾小球滤过率、尿量进行分析B.2012年发布C.由改善全球肾脏病预后组织发布D.是目前最主流的诊断标准E.在RIFLE和AKIN基础上，综合循证医学依据完善参考答案：A十四、脓毒症性AKI早期诊断进展（二）1.下列哪项是关于HP的描述（）A.清除中小分子水溶性毒素B.对脂溶性毒素/物质有良好的清除作用C.调节水电解质平衡，保持内环境稳定D.不能解决大分子毒素、脂溶性毒素的蓄积参考答案：B2.下列说法错误的是（）A.TLR4可以识别细菌的CpG-DNA，也可激活TLR4B.TLR2的配体较TLR4的广泛，包括脂蛋白，脂多肽，脂壁酸（LTA）阿拉伯甘聚糖（LAM）及酵母多糖等C.TLR5可以识别鞭毛蛋白， TLR3特异识别病毒复制的中间产物ds-RNAD.TLR9识别细菌的CpG-DNA，激活B细胞和APC的免疫刺激特性参考答案：A3.关于AKI诊断的说法错误的是（）A.AKI诊断缺乏早期、可靠的生物学指标B.对于肾功能评估主要依靠血清肌酐或血肌酐值为基础的计算公式C.肌酐清除率计算公式适合所有患者D.AKI诊断需要精确和敏感的的指标E.AKI的分级需要“多维”的评价体系参考答案：C4.下列哪项属前炎症因子，缺血时受损近端小管释放入尿（）A.cystatin CB.KIM-1C.NGALD.IL-18E.L-FABP参考答案：D5.关于血浆置换的说法错误的是（）A.只能清除小分子代谢毒素和致病因子B.有发生过敏反应的风险C.将患者的血液引出体外，经过膜式血浆分离方法将患者的血浆从全血中分离出来弃去，然后补充等量的新鲜冷冻血浆或人血白蛋白等置换液D.有发生容量过负荷的风险E.最常见于肝衰竭患者的救治参考答案：A十五、脓毒症与中医智能辨证1.脓毒症涉及全身炎性反应网络效应以及（）甚至基因多态性等多个方面A.免疫功能障碍B.内皮功能受损C.凝血异常D.代谢紊乱E.以上都是参考答案：E2.和中医辩证不同，人工智能需要对相应的（）数据输入，智能整合后得出最后的辨证结果A.证型B.四诊C.大脑知识库D.逻辑推理E.中医智能辨证参考答案：B3.中医智能通过深度拟合传统人脑辨证过程，能高度还原（）中医特色A.辨证论治B.整体观C.异病同治，同病异治D.病症结合、四诊合参E.以上都是参考答案：E4.脓毒症在中医学中隶属于（）和“温病”范畴A.阴虚阳亢B.外感热病C.肝火上炎D.痰浊阻滞E.气滞血瘀参考答案：B5.（）是疾病发生的原因，是辨证的结果，是中医诊疗的核心A.病机B.辨证C.病因D.证型E.四诊参考答案：A十六、血液净化与脓毒症1.IgG的分子量为（）A.200000B.160000C.130000D.66458E.13000参考答案：B2.下列不属于抗炎细胞因子的是（）A.IL-4B.TGF-βC.PGE2D.NOE.IL-1参考答案：E3.关于液体复苏的说法错误的是（）A.在需要液体治疗的ICU患者中，白蛋白比0.9%生理盐水更安全有效B.因原发病、基础疾病、开始复苏时间不同，需要重新考虑“大量液体复苏是脓毒症复苏的基石”的正确性C.液体反应性是指导液体复苏的有效方法D.个体化复苏是我们的目标E.反向液体复苏是液体复苏的某个时期参考答案：A4.下列只可被血液透析清除的是（）A.钾离子B.IL-6C.TNF-аD.IL-10E.蛋白复合物参考答案：A5.下列关于连续血液净化的说法错误的是（）A.连续血液净化是20世纪重症医学发展的里程碑B.是一组采用特殊设备用于维持机体内稳态的技术C.原理包括弥散、对流、吸附D.包括滤过、滤过透析、吸附、血浆置换E.与肾内科的“常规血液净化：透析”适应症完全相同参考答案：E。

宏基因组测序在感染性疾病病原学诊断中的应用感染性疾病一直是世界范围内疾病主要致死原因之一。

WHO监测统计数据显示，在2016年全球约5690万例死亡患者中，有3项感染性疾病（下呼吸道感染、腹泻病、结核病）位列前10大死因，共造成的死亡数约占总死亡数的10%，其中下呼吸道感染造成约300万例患者死亡，腹泻病造成约140万例患者死亡，结核病造成约130万例患者死亡。

感染性疾病的病原体十分复杂，包括细菌、病毒、真菌及寄生虫等，而在目前的临床微生物检测工作中，微生物实验室对病原体的诊断主要还是依赖自19世纪即开展的培养、染色镜检等传统检测方法，以及后续发展的核酸扩增检测（例如PCR）、分子免疫学检查（例如ELISA）等检测手段，这使得临床医生对感染性疾病的病原学诊断、病情评估及治疗方案制定等存在许多困难。

目前仍有约60%的感染性疾病病例的病原体是诊断不明的。

由于宏基因组测序（mNGS）对病原学诊断具有无偏移、全覆盖、高效率等优势，越来越多的学者尝试将其应用于临床病原学诊断之中。

在此，我们回顾了近些年宏基因组测序在病原学诊断中的临床应用进展情况。

１．临床宏基因组学宏基因组的概念最早在1998年被学者提出，指在一份独立的土壤标本中，所有微生物的基因组信息的总和，包括那些无法培养的生物体的基因组信息。

后来，宏基因组的概念不仅仅局限于描述环境来源的标本，还被逐渐沿用于描述临床来源标本中的生物遗传信息特征。

临床宏基因组学指为获取临床相关的微生物信息而对临床来源的标本中所有的核酸序列进行测序分析的一门学科间。

宏基因组测序主要是通过以新一代测序为代表的高通量测序技术，对临床来源的标本进行宏基因组学分析，以获取病原体的物种分类、血清型、耐药性、毒力等一系列生物信息。

由于宏基因组测序不依赖病原体培养结果且可以不对可疑病原体的标志核酸序列进行靶向扩增，这使得检测结果更具客观性和全面性，且更迅捷，这是对传统实验室检测手段的有效补充。

宏基因二代测序技术对感染性疾病患者的诊断价值及临床应用摘要感染性疾病在全球范围内仍然是重要的公共卫生问题，对其高效、准确的诊断和治疗具有重要的意义。

随着宏基因二代测序技术的快速发展，其在感染性疾病的诊断中展现出巨大的潜力。

本文主要介绍了宏基因二代测序技术的原理、应用和在感染性疾病患者中的诊断价值，以及其在临床应用中的现状和未来发展方向。

1. 引言感染性疾病是由病原微生物感染引起的一类疾病，包括细菌、病毒、真菌和寄生虫等各种病原体引起的感染。

传统诊断方法主要依赖于培养和传统PCR等技术，但这些方法存在着诊断速度慢、特异性不高以及无法同时检测多个病原体等缺点。

而宏基因二代测序技术的出现，为感染性疾病的诊断提供了新的思路和方法。

2. 宏基因二代测序技术的原理宏基因二代测序技术是基于高通量测序平台（如Illumina MiSeq、Hiseq等）的一种高通量测序技术。

其主要基于核酸片段的测序和多重复测序的原理，通过将样本中的核酸片段随机断裂和连接到测序芯片上，利用DNA聚合酶合成的原理，通过多轮的测序反应得到大量的测序数据。

3. 宏基因二代测序技术在感染性疾病的诊断中的应用宏基因二代测序技术在感染性疾病的诊断中具有以下优势：•高通量：宏基因二代测序技术能够同时检测多种病原体，包括细菌、病毒、真菌和寄生虫等，提供了全面而准确的诊断信息。

•高灵敏度：宏基因二代测序技术可以检测到低剂量的病原体，即使是在病原体数量较低的样本中也能够进行检测。

•高精确度：宏基因二代测序技术能够提供详细的病原体成分信息，对于复杂的混合感染也能够进行准确的诊断。

4. 宏基因二代测序技术在感染性疾病患者的诊断中的价值宏基因二代测序技术在感染性疾病患者的诊断中具有很高的价值，主要体现在以下几个方面：4.1 病原体诊断宏基因二代测序技术能够通过对样本中的核酸进行测序，准确地鉴定和定量病原体的存在和数量。

这对于病原体的快速诊断和选择合适的治疗方案非常重要。

《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识》主要内容推荐理由：11月出版的《中华传染病杂志》发布了《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识》。

病原学诊断始终是感染性疾病诊断中最重要的一环。

传统的病原学诊断是临床医师根据患者的临床表现做出一系列鉴别诊断，然后针对这些进行检测，通常一个检测只能对应一种病原体，而宏基因组学第二代测序技术（二代测序）能覆盖更广范围的病原体。

本专家共识就二代测序的临床应用范围、样本采集、分析解读和诊断效能等进行了证据总结和意见推荐。

内容要点若怀疑细菌、真菌、DNA病毒、寄生虫、不典型病原体感染且需进行二代测序检测时，建议采用DNA检测；若怀疑RNA病毒感染时，则建议采用RNA法检测。

对于怀疑中枢神经系统急性感染的患者，如有条件，推荐在抽取脑脊液时同步留取2 ml脑脊液标本保存于-16～20℃冰箱。

在完成常规生物化学检查和培养之后，若3 d内未获得明确的病原学依据且经验性抗感染治疗无效，推荐对留存脑脊液标本进行二代测序检测。

若未留存标本，可重新采集标本。

对于疑似中枢神经系统病毒感染的患者，如有条件，推荐在抽取脑脊液时同步留取2 ml脑脊液标本保存于-16～20℃冰箱。

在传统PCR分子检测（包括多重探针分子PCR方法）后若未能获得明确的病原学依据，推荐对留存脑脊液标本进行二代测序检测。

若未留存标本，可重新采集标本。

对于慢性中枢神经系统感染及需要随访病原学证据的患者，可首选二代测序进行检测。

对于怀疑血流感染的患者，如有条件，推荐在抽取血培养标本时同步留取2 ml血标本，分离血浆后保存于-16～20℃冰箱，血培养3 d未报阳且经验性抗感染治疗无效时，推荐对留存血标本进行二代测序检测。

若未留存标本，可重新采集标本。

对于呼吸道感染患者，若3 d内未通过传统实验室检查获得明确的病原学依据且经验性抗感染治疗无效，推荐留取呼吸道标本进行二代测序检测。

2021高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识（全文）快速准确的微生物鉴定技术始终是临床微生物关注的焦点。

传统微生物检验，诸如形态学、培养、抗原抗体及靶向核酸检测等方法在解决疑难及未知病原微生物上存在局限性［1, 2］。

新型宏基因组下一代测序（metagenomics next－generation sequencing，mNGS）技术直接针对样本中所有核酸进行无偏性测序，结合病原微生物数据库及特定算法，检测样本中含有的可能病原微生物序列。

随着该技术的社会经济成本不断降低和技术的不断完善，已逐渐从科研走向临床应用，成为临床疑难和未知病原微生物检验的重要手段［3］。

利用mNGS技术进行病原微生物检测需经样本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序并满足测试的质量控制要求后，采用特定算法软件与专用的病原微生物数据库进行比对，实现对病毒、细菌、真菌、寄生虫及非经典微生物等的检测［1，4, 5］。

mNGS技术不依赖培养，对常见病原微生物检验阴性、经验治疗失败、不明原因的危急重感染的病原学诊断以及新发突发传染病的病原体发现具有独特价值［6, 7］。

为进一步规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提高危急重症和疑难感染性疾病的诊疗水平，在多项国家科技专项的支持下，参考国内外相关文献、共识与规范［8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15］，特别借鉴了《高通量测序技术临床检测规范化应用北京专家共识（第一版通用部分）》［16］，组织本领域有关专家起草了本共识，以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。

本共识中声明的内容为专家讨论并推荐的要点。

一、临床应用的基本要求（一）适应证基于医学决策的mNGS病原微生物检测申请，一般用于传统检验方法未能给出明确病原学结果从而影响患者准确诊疗的感染性疾病、新发突发传染病、验证常规检验结果或排除其他发热疾病。

推荐临床通过拟诊先行传统微生物检验及聚合酶链反应（polymerase chain reaction，PCR）检测拟诊疑似常见病原微生物，不盲目使用mNGS技术。

《高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用
规范化专家共识》要点
1.术语标准化：为了避免混淆和误解，专家共识明确了一些术语的定义，包括“高通量宏基因组测序”、“病原微生物”、“DNA序列中的细菌”等。

这有助于各个实验室在交流和报告结果时使用一致的术语。

2.样本采集和存储：专家共识提供了关于病原微生物检测样本采集和
存储的指导，包括不同类型样本（如血液、尿液、呼吸道标本等）的采集
方法、存储条件和保存时限。

这有助于确保样本的质量和可靠性。

3.样本前处理：在进行高通量宏基因组测序之前，样本需要经过一系
列前处理步骤来减少污染和提取纯净的DNA。

专家共识对样本前处理方法
进行了评估，并提供了一些建议和技巧。

4.数据分析：高通量宏基因组测序技术产生大量的DNA序列数据，而
正确且准确的数据分析是关键。

专家共识探讨了不同的数据分析方法，包
括序列质量控制、去除宿主DNA序列、去除污染序列、序列比对和分类等。

此外，针对不同的病原微生物，还提供了相应的数据分析策略。

5.结果解释和报告：高通量宏基因组测序技术可以提供详细的病原微
生物信息，包括物种鉴定、抗药性基因检测等。

专家共识指导了如何正确
解读和报告这些结果，包括确定阈值、结果解释的限制、结果比对和报告
格式等。

6.质控和规范化：为了确保高通量宏基因组测序技术的可靠性和准确性，质控和规范化非常重要。

专家共识列出了一系列质控措施和规范要求，包括样本质量评估、实验室设施要求、实验人员培训等。

最新：宏基因组二代测序技术在血液病患者感染病原诊断中的应用中国专家共识01.血液病患者感染临床送检mNGS适应证注,特殊样本包括组织.竹的、穿刺液.支气管肺泡液洗液等无菌来源或不易小夏获取的样本图1血液病患者病原宏基因组二代测序（mNGS）送检流程图1 .中性粒细胞缺乏（粒缺）伴发热【共识2］低危且无明显感染灶的患者，如经抗菌药物治疗≥7d未明显好转可考虑在送检血培养的同时送检外周血标本mNGS;高危患者初始经验性治疗72~96h无效时，推荐送检传统微生物学检测的同时送检血液mNGS o2 .血流感染(BSI)【共识3］疑似BS1患者，在留取血培养标本的同时留取血浆样本，于-80。

C暂存;如72h内血培养阴性且抗感染治疗无改善的患者，推荐将留存样本进行mNGS o疑似脓毒症的重症患者，建议送检血培养同时送检血mNGS o3 .下呼吸道感染【共识4］下呼吸道感染患者首选支气管肺泡灌洗液(BA1F)送检传统微生物学检测，难以进行支气管肺泡灌洗的患者，可以选择深部痰进行检测，并同时留取标本冻存。

如抗感染治疗≥72h感染症状无好转或影像学表现持续加重的患者，建议送检留存标本行mNGS检测。

如为重症下呼吸道感染或有快速进展为重症的危险因素患者，建议同时送检传统微生物学检测及mNGS o鉴于血液病患者肺部感染病原谱广，部分病原难以培养或传统检测不能覆盖，且混合感染常见，推荐对于经验性抗感染治疗无效及重症下呼吸道感染患者在完善传统微生物学检测的同时，采用BA1FmNGS进行病原诊断。

血液mNGS对于下呼吸道感染病原诊断效果局限。

4 .中枢神经系统感染(CNSI)【共识5］疑似CNSI,推荐脑脊液在送检传统微生物学检测的同时送检mNGS,在流程上建议选择DNA检测，仅在考虑RNA病毒感染时完善RNA 检测流程。

CNS1时外周血与脑脊液病原分离现象(脑脊液存在感染病原，而外周血不能检出)并不少见。

因此，对于疑似CNS1患者，不推荐外周血作为替代样本进行mNGS检测。

高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识引言高通量宏基因组测序技术是一种快速、灵敏、高通量的新一代测序技术，它能够同时检测多个样本中的病原微生物，并提供详细的遗传信息。

随着相关技术的不断创新和发展，高通量宏基因组测序技术已经在临床微生物学的研究和诊断中取得了显著的突破。

为了规范和促进该技术在临床应用中的使用，研究人员、临床医生和相关专家共同制定了本文档，旨在提供高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识。

背景病原微生物的检测对于诊断和治疗临床感染疾病非常重要。

传统的微生物学检测方法存在一定的局限性，如无法同时检测多个病原微生物，检测结果需要较长时间等。

而高通量宏基因组测序技术可以通过同时测定多个DNA或RNA样本中的微生物基因组序列，快速、准确地鉴定和定量病原微生物，并提供详细的遗传信息。

技术原理高通量宏基因组测序技术主要包括DNA或RNA的提取、文库构建、测序和数据分析等步骤。

首先，从临床样本中提取DNA或RNA，并使用特定的引物扩增目标基因组或全基因组序列。

然后，将扩增的DNA或RNA文库构建成测序文库，经过高通量测序仪进行测序。

最后，通过数据分析得到鉴定和定量病原微生物的结果。

临床应用1. 临床诊断高通量宏基因组测序技术可以快速鉴定病原微生物，并提供详细的遗传信息，对于临床感染疾病的诊断非常有价值。

通过该技术，可以检测多种微生物，包括细菌、真菌和病毒等，为临床医生提供准确的诊断依据。

2. 菌群分析高通量宏基因组测序技术可以对人体菌群进行深入研究。

通过测序分析，可以了解人体内各种微生物的组成和数量，对于研究肠道菌群与人体健康之间的关系非常重要。

3. 药物耐药性检测高通量宏基因组测序技术可以用于检测病原微生物对药物的耐药性。

通过测序分析，可以对病原微生物的基因组进行全面检测，并鉴定其中的耐药基因。

这对于合理选择抗生素和制定个体化的治疗方案非常有意义。

4. 疫情监测高通量宏基因组测序技术在疫情监测中也发挥着重要作用。

宏基因二代测序技术在感染性疾病诊断中的临床应用价值随着人口增长和生活方式的改变，感染性疾病对人类健康和社会经济造成越来越大的威胁。

传统的病原体检测方法存在着检测范围有限、检测时间长、灵敏度不高等缺点。

近年来，宏基因二代测序技术的出现为感染性疾病的诊断和治疗提供了新的方法和思路。

宏基因二代测序技术是一种高通量的测序技术，能够同时对复杂微生物群体中的DNA或RNA进行快速、准确的鉴定和定量分析。

与传统的基因测序方法相比，宏基因测序技术具有高通量、高分辨率、高灵敏度、多样性测定等优点。

在感染性疾病的诊断中，它可以用来对病原体的多样性及组成结构进行全面而深入的分析，为临床医生提供更好的病原学信息，从而有助于更准确地指导治疗方案的选择和调整。

首先，宏基因二代测序技术能够发现新的病原体。

感染性疾病的病原体种类非常多样，而且不断有新的病原体产生。

传统的病原体检测方法往往只能检测到已知的病原体，而对于未知的病原体往往无法进行准确的诊断，这给临床带来了很大的挑战。

而宏基因测序技术通过对样本中的DNA或RNA进行高通量测序，可以无偏差地发现未知的病原体，为感染性疾病的诊断提供了更全面的信息，有助于更准确地确定治疗方案。

其次，宏基因二代测序技术能够进行病原体的定量分析。

在感染性疾病的治疗过程中，病原体的定量信息对于评估疾病的严重程度和监测治疗效果非常重要。

传统的病原体检测方法往往只能提供病原体的阳性或阴性结果，无法提供具体的定量信息。

而宏基因测序技术可以通过对样本中的病原体DNA或RNA进行定量分析，计算出病原体的相对丰度，从而更准确地评估感染的严重程度和监测治疗效果。

此外，宏基因二代测序技术可以帮助鉴定病原体的耐药性。

感染性疾病的治疗中，病原体的耐药性是一个非常重要的因素。

传统的病原体检测方法往往只能确定病原体的种类，而无法判断其耐药性。

而宏基因测序技术可以通过对病原体的全基因组进行测序分析，可以准确地鉴定病原体的耐药基因、耐药突变位点等信息，为个体化治疗提供指导，从而在治疗中更加精准地选择合适的抗生素。