PD-Anammox快速启动过程中氮代谢功能基因的表达特征

甘氨酸氮甲基转移酶一、甘氨酸氮甲基转移酶的结构与功能1.结构特点甘氨酸氮甲基转移酶是一种单亚单位酶，其分子量约为32kDa，由110个氨基酸残基组成。

其结构特点为含有一个辅酶结合位点和一个催化中心。

该酶的辅酶结合位点包括AdoMet结合域和亚甲基结合域，而催化中心则包括甘氨酸结合位点和星型亚甲基基团结合位点。

2.催化机制甘氨酸氮甲基转移酶的催化作用主要是通过转移AdoMet中的亚甲基基团给甘氨酸，从而生成N-甲基甘氨酸和S-腺苷-L-甲硫氨酸（AdoHcy）。

在甘氨酸氮甲基转移反应中，亚甲基基团首先被AdoMet胺基结合到酶的甘氨酸结合位点上，然后该基团被转移给产物，形成甲基化产物和AdoHcy。

3.功能甘氨酸氮甲基转移酶在细胞中有多种功能，主要包括：（1）参与甘氨酸的代谢：甘氨酸氮甲基转移酶通过将甘氨酸转化为N-甲基甘氨酸，从而调节体内的甘氨酸水平。

（2）提供甲基供体：甘氨酸氮甲基转移酶通过将AdoMet中的亚甲基基团转移给甘氨酸，参与甲基供体的传递，从而调节DNA、RNA和蛋白质的甲基化修饰。

二、甘氨酸氮甲基转移酶的调控机制甘氨酸氮甲基转移酶的活性和表达水平受到多种因素的调控，主要包括基因转录调控、翻译后修饰调控以及亚基变体和功能突变。

以下将对这些调控机制进行详细介绍：1.基因转录调控甘氨酸氮甲基转移酶的基因GNMT受到多种转录因子的调控，如P53、CREB和HNF1等。

P53是一种重要的肿瘤抑制基因，其通过结合GNMT基因的启动子区域，促进GNMT基因的转录，从而增加甘氨酸氮甲基转移酶的表达水平。

而CREB和HNF1则分别通过结合GNMT基因的CRE和HNF1激活元件，调控GNMT基因的转录。

2.翻译后修饰调控甘氨酸氮甲基转移酶的活性和稳定性受到多种翻译后修饰的调控，如磷酸化、乙酰化和泛素化等。

磷酸化是指磷酸基团通过激酶和磷酸酶的作用在蛋白质上的加入和去除，从而调节蛋白质的结构和功能。

乙酰化是指乙酰基团通过乙酰化酶在蛋白质上的加入，从而调节蛋白质的稳定性和活性。

mapk 通路巨噬细胞极化靶基因-概述说明以及解释1.引言1.1 概述巨噬细胞是一类重要的免疫细胞，它在机体的免疫反应中起到至关重要的作用。

当机体遭受到外部的病原微生物入侵或者组织发生损伤时，巨噬细胞会被激活并参与炎症反应和免疫应答过程。

巨噬细胞的活化状态或者称为巨噬细胞极化状态是决定巨噬细胞生物学功能和效应的一个关键因素。

MAPK（Mitogen-Activated Protein Kinase）通路作为一条重要的信号转导通路，能够参与许多生物学过程的调节。

在巨噬细胞中，MAPK 通路的活化和调控对巨噬细胞极化以及其所参与的免疫反应至关重要。

巨噬细胞的极化状态可以分为经典型（M1型）和替代型（M2型）两种。

经典型巨噬细胞具有较强的细菌杀伤能力和炎症介导作用，而替代型巨噬细胞则主要参与组织修复和抗炎反应。

巨噬细胞极化状态的调节和维持涉及到众多的靶基因。

这些靶基因在不同类型的巨噬细胞中表达水平和功能有所差异，在巨噬细胞极化过程中发挥着重要的调控作用。

因此，对巨噬细胞极化靶基因的深入研究能够帮助我们更好地理解巨噬细胞功能的调控机制，并有望为免疫相关疾病的治疗提供新的策略和思路。

本文将重点介绍MAPK通路在巨噬细胞极化中的作用以及巨噬细胞极化靶基因的重要性。

通过对相关文献的综述和整理，希望能够全面系统地呈现出MAPK通路与巨噬细胞极化的关系，为进一步的研究提供理论依据和启示。

同时，也希望本文能够为深入理解巨噬细胞的功能和免疫调控机制提供有益的参考。

1.2文章结构【1.2 文章结构】本文分为引言、正文和结论三部分，结构如下：1. 引言该部分首先对文章的研究主题进行概述，简要介绍MAPK通路和巨噬细胞极化的背景和重要性。

接着，详细说明文章的目的，即探讨MAPK 通路在巨噬细胞极化中的作用以及巨噬细胞极化靶基因的重要性。

2. 正文正文部分分为两个子部分：MAPK通路的概念和作用，以及巨噬细胞极化的概念和机制。

·254·· 综述 ·烟酰胺N-甲基转移酶的研究进展徐晚枫，厉平，李玲 （中国医科大学附属盛京医院内分泌科，沈阳 110004）摘要 烟酰胺N-甲基转移酶 （NNMT） 是一种甲基化酶，在体内能使烟酰胺 （NAM） 甲基化，生成N1-甲基烟酰胺 （MNAM） 从体内排出。

近来的研究表明NNMT除了能够清除NAM外，还可以通过消耗甲基供体及生成活性代谢产物参与脂肪及肝脏等组织的多种代谢途径调节。

本文对近年来研究发现的NNMT在生理和病理状态下的作用以及治疗干预新途径进行综述。

关键词 烟酰胺N-甲基转移酶； 烟酰胺腺嘌呤二核苷酸； 烟酰胺； 甲基化酶中图分类号 R58 文献标志码 A 文章编号 0258-4646 （2021） 03-0254-04网络出版地址 https:///kcms/detail/21.1227.R.20210317.1352.034.htmlDOI：10.12007/j.issn.0258‐4646.2021.03.013Research progress on nicotinamide N-methyltransferaseXU Wanfeng，LI Ping，LI Ling （Department of Endocrinology，Shengjing Hospital of China Medical University，Shenyang 110004，China）Abstract The enzyme，nicotinamide N-methyltransferase （NNMT），methylates nicotinamide （NAM） to form N1-methylated NAM. Recent studies have shown that NNMT not only clears NAM but also participates in the regulation of various metabolic pathways，such as those in adipose and liver tissues，by consuming methyl donors and producing active metabolites. Herein，the roles of NNMT under physiological and pathological conditions and new therapeutic interventions are reviewed.Keywords nicotinamide N-methyltransferase； nicotinamide adenine dinucleotide； nicotinamide； methylase肥胖常并发严重的代谢紊乱如胰岛素抵抗、2型糖尿病和动脉粥样硬化，引起高死亡率和生活质量下降。

甜菜酪氨酸代谢途径关键酶的生物信息学研究
杨家琪;韩广源;刘乃新;周芹
【期刊名称】《中国农学通报》
【年(卷),期】2024(40)9
【摘要】为了了解甜菜中酪氨酸代谢途径关键酶的特性和进化关系,以甜菜、菠菜、大豆等植物为试验材料,利用NCBI数据库收集了酪氨酸代谢途径5种关键酶(PPO、TAT、TYDC、HPPD、HPPR)的序列信息。

使用ExPASy-ProtParam软件和MEGA-7软件分析了关键酶的理化性质,同时将它们序列间的相似性及演化距离进
行对比,并且构建系统发育树。

理化性质分析结果显示,甜菜酪氨酸代谢途径中5种关键酶均为不稳定的亲水性蛋白质,甜菜PPO的氨基酸数量最高;系统发育树分析
结果显示,甜菜与菠菜的PPO和HPPD相似性高;甜菜分别与大豆的TAT、马铃薯
的TYDC、大麦的HPPR相似性高。

该研究为参考其他作物探索甜菜酪氨酸代谢
途径关键酶功能研究提供参考,为进一步研究甜菜基因组学奠定基础。

【总页数】8页(P124-131)
【作者】杨家琪;韩广源;刘乃新;周芹
【作者单位】黑龙江大学现代农业与生态环境学院;哈尔滨海关技术中心
【正文语种】中文
【中图分类】S-3
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第34卷第4期西南师范大学学报(自然科学版)2009年8月Vol134N o14Journal of Southwest China Normal University(Natural Science Edition)A ug12009文章编号:1000-5471(2009)04-0051-05分子生物学测定Anammox菌研究进展¹祖波1,2,魏世强2,祖建3,龙明梅111重庆交通大学河海学院资源与环境科学系,重庆400074;21西南大学资源与环境科学学院,重庆400715;31西南石油大学理学院,南充610500摘要:目前,已经发现了4种厌氧氨氧化菌属:Candidatus/Br ocadia0(Candidatus/Br ocadia f ulg ida0,anaer obic ammonium-ox id iz ing p lanctomy cete和Cand idatus/Br ocad ia anammox ida0),Candidatus/K uenenia0(Candidatus /K uenenia stuttgar ti0),Cand idatus/Scalindua0(Candid atus/Scalindua w agner i0,Candid atus/Scal indua br odae0和Candidatus/Scalindua so rok inii0)和异养厌氧氨氧化菌属(Candidatus/A nammox og lobus p rop ionicus0、anaer obic ammonium-ox id iz ing p lanctomy cete Cquenv iron-1和Candidatus/J ettenia as iatica0).采用分子生物学方法测定厌氧氨氧化菌包括:P CR扩增(D GGE,末端标记限制性片段长度多态性(T RF LP)和定量PCR)、FISH、F ISH-M AR 和ISR-FI SH等方法.结合传统方法和分子生物学方法对各种系统中的厌氧氨氧化菌进行测定,这对于全面认识厌氧氨氧化菌的性质、开发新的废水脱氮技术都具有重要意义.关键词:A nammox菌;分子生物学;测定中图分类号:X703文献标识码:A在无分子氧环境中,同时存在NH+4和NO-2时,NH4+作为反硝化的无机电子供体,NO2-作为电子受体,生成氮气,这一过程称为厌氧氨氧化[1].对于厌氧氨氧化菌的测定可以采用传统方法[2]和分子生物学方法[2-3]进行检测.由于传统方法无法获取厌氧氨氧化菌的微生物学特性及其代谢活性,近年来,较多学者[2-3]采用分子生物学方法对厌氧氨氧化菌进行测定,并取得了一些新进展.全面认识厌氧氨氧化菌的微生物学特性,以及详细了解其代谢活性,结合传统方法和分子生物学方法对各种系统中的厌氧氨氧化菌进行测定,这对于全面认识厌氧氨氧化菌的性质、开发新的废水脱氮技术都具有重要意义.本文综述了分子生物学方法测定各种系统中的厌氧氨氧化菌.1Anammox菌16S-rRNA序列1999年,发现了第一个Anamm ox菌的16S rRNA序列,Ca.Br ocadia anammox idans位于浮霉菌门(Planctom y cetes门)[4].目前,已经发现了4种厌氧氨氧化菌属:Candidatus/Br ocadia0(Cand idatus /Br ocadia f ulgida0,anaer obic ammonium-ox idiz ing p lanctomy cete和Candid atus/B rocadia anammox i-da0),Candidatus/K uenenia0(Cand idatus/K uenenia stuttgar ti0)Candid atus/S calindua0(Cand idatus /Scalindua w agner i0,Candid atus/S calindua brodae0和Candidatus/S calindua sorokinii0)和异养厌氧氨氧化菌属(Candidatus/Anammox oglobus p rop ionicus0、anaerobic ammonium-ox id iz ing p lanctomy cete Cquenviron-1和Cand idatus/J ettenia asiatica0)菌属[2,5-6].16S rRNA序列分析发现他们都是浮霉菌门(Planctom y cetes门)的单个分支[7].但是他们与浮霉菌门(P lanctomy cetes门)的其他属如出芽菌属(Gem-mata),I sosp haer a,浮霉菌属(P lanctomy ces),或者小梨形菌属(P irellula)的相似性低,小于80%,说明Anamm ox菌是浮霉菌门(Planctomy cetes门)二级系列.Planctomy cetes和Anam mox菌能够适应rRN A操纵子结构、碱基的插入和删除rRNA基因引起的突变.A namm ox菌拥有连接16S rRNA和23S rRNA的¹收稿日期:2009-01-06基金项目:中国博士后科学基金资助项目(20080440690);水利水运工程教育部重点实验室开放基金项目(SLK2008A01);山区道路建设与维护技术重庆市高校重点实验室及山区道路结构与材料重庆市重点实验室开放基金项目(CQMRCM-09-3);重庆市教委科学技术研究项目.作者简介:祖波(1980-),男,重庆市人,副教授,西南大学博士后,主要从事废水处理理论与技术、环境生态技术的研究.基因[8].因此,16S rRNA 和23S rRNA 与他们的ISR 一起转录,转录后可以作为FISH 的靶位点./Ca.Kuenenia 0和/Ca.Bro cadia 0的16S rRNA 含有一个插入体(从Escher ichia coli 158开始),此插入体是螺旋9里面的20核苷;分析16S rRNA 的二级结构,估计他们含有2个新的亚螺旋9a 和9b;分别用S -S -Kst -0157-a -A -18探针和S -S -Ban -0162-a -A -18探针进行FISH 分析表明16S rRNA 中存在9a 和9b 螺旋[9].在ARB 数据库中,这些插入体在所有其他16S rRNA 中都不存在,唯一例外来自于文献[10]报道的工业废水处理厂中发现的一个16S rRNA 序列含有一个14bp 插入体[10].基因库中细菌的基因序列号(GBBCT ):GBBCT :5689605厌氧氨氧化浮霉菌16S rRNA 基因.图中刻度代表每100个核苷有5个核苷被置换.方框支架上的数字表示自举值.图1 厌氧氨氧化细菌的系统发育树[6]2 PCR 扩增检测Anammox 微生物用S -P -Planc -0046-a -a -18引物(Pla46F,一种p lanctomy cete 特异性上游引物)(表1)和任一个反向引物1390R(E.coli 位于1390至1407;5.-GACGGGCGGT GT GTACAA -3.)或者630R (E.coli 位于1529至1545;5.-CAKAAAGGA GGT GAT CC -3.)增加了p lanctomy cete 16S rRNA 基因序列相对量[2,11].这些引物对和随后的克隆过程不能定量描述Anam mox 菌.需要专门用于扩增Anammox 微生物的16S rRNA 基因的引物(表1).最有效的方法是混合S -P -Planc -0046-a -a -18(上游引物)引物和任一个反向引物(如Broca -dia 细菌的反向引物S -*--Am x -0820-a -A -22,如Scalindua 细菌的反向引物S -*-BS -820-a -A -22和反向引物S -*-Scabr -1114-a -A -22,或者其他Anam mox 菌的反向引物S -*-Am x -0368-a -A -18)[2,12];退火温度是56-58e (PCR 程序)[2-3].用混合的S -P -Planc -0046-a -a -18上游引物和Amx -0368-a -A 的反向引物测试了10个不同的废水处理厂的样品,其中5个产生了Anammo x 16S rRNA 基因扩增产物[2],系统进化分析发现只有Anammo x 16S rRNA 基因被扩增.采用上述的不同引物,可以区分不同的Anam mox 微生物.运用PCR 方法(DGGE,末端标记限制性片段长度多态性(T RFLP)和定量PCR)进行扩增[2].但是,自从越来越多的Anammo x 微生物的种和属被发现,强烈推荐进行直接测序或者采用专门的16S r RNA 探针印迹分析来证明他们的种属关系[2].3 FISH 检测Anammox 菌运用各种不同的FISH 探针进行了Anam mox 菌的定性和定量的研究[13],S -P -Planc -0046-a -A -18探针(表1)和Anammo x 菌的16S r RNA 基因进行杂交,此探针为初步实验效果较好的探针.但是,S -P -Planc -0886-a -A -19探针专门用于与小梨形菌属(P ir ellula),出芽菌属(Gemm ata),浮霉菌属(Planctomy ces)和I sosp haer a 属杂交,不能与Anam mox 菌的16S rRNA 进行杂交.另外,S -D -Bact -0338-a -A-18探针,是所有细菌的16S rRNA 的靶位点,与浮霉菌门(Planctomy cetes 门)各成员的靶位点不匹配.在1999年,在最初的S -D -Bact -0338-a -A -18探针序列上用2个核甘来代替,构建了S -D -Bact -0338-b -A -18替代探针[2,14].但是,I sosp haer a 和Anammo x 微生物的16S r RNAs 对于S -D -Bact -0338-a -A -18探针只有一个不匹配;用这个探针时,I sosp haera 和A namm ox 微生物的杂交信号较弱[15].建议用S -D -Bact -0338-d -A-18探针作为通用的探针(表1),它对于I sosp haer a 和A nam -52西南师范大学学报(自然科学版) 投稿网址http://xbgjx t 1sw u 1cn 第34卷mox 微生物的16S rRNA s 都匹配[2].表1 厌氧氨氧化细菌的寡核苷酸探针和它们的PCR 引物[2,5]寡核苷酸探针特异性序列5.-3.甲酰胺在杂交缓冲体系的比例/%/NaCl 在淋洗缓冲体系的浓度/(mm ol #L -1)S -P -Planc -0046-a -A -18(Pla46)PlanctomycetalesGACTTGCA TGCCTAATCC 25/159S -P -Planc -0886-a -A -19(Pla 886)Isosp haera,Gemmata,Pirellula,Pla -ntomycesGCCTTGCGACCA TACTCCC 30/112S -D -Bac -t 0338-b -A -18(Eub338II)Bacterial lineages not covered by probes EUB338and EUB338IIGCAGCCACCCGTAGGTGT 0/900S -D -Bac -t 0338-d -A -18(Eub338IV)Bacterial lineages not covered by probes EUB338,EUB338II,and EUBIII GCAGCCTCCCGTAGGAGT 0/900S -*-Amx -0368-a -A -18All Anammox organisms CCTTTCGGGCA TTGCGAA 15/338L -*-Amx -1900-a -A -21Genera /Ca.Brocadia 0and /Ca.Kuenenia 0CAT CT CCGGCT T GAACAA 30/112S -*-Apr -0820-a -A -21(Apr 820)Ca.-Anammoxoglobus propioni cus .AAACCCCTCTACCGAGTGCCC 40/56S -*-Amx -0820-a -A -22(AM X 820)Genera /Ca.Broc adi a 0and /Ca.Kue nenia 0AAAACCCCTCTACTTAGTGCCC40/56S -G -Sca -1309-a -A -21Genus /Ca.Sc ali ndua 0TGGAGGCGAATTTCAGCCTCC 5/675S -*-Scabr -1114-a -A -22/Ca.Scalindua brodae 0CCCGCTGGTAACTAAAAACAAG 20/225S -*-BS -820-a -A -22/Ca.Scalindua w agneri 0,/Ca.Scali nd -ua sorokini i 0TAA T TCCCTCTACTTAGTGCCC 40/56S -S -Ks-t 0157-a -A -18/Ca.Kuenenia stuttgartiensis 0GTTCCGATTGCTCGAAAC 25/159S -*-Ks-t 1275-a -A -20/Ca.Kuenenia stuttgartiensis 0TCGGCTTTA TAGGTTTCGCA 25/159S -S -Ban -0162(B.anam.)-a -A -18/Ca.Brocadi a anammoxidans 0CGGTAGCCCCAA T TGCTT 40/56S -*-Amx -0156-a -A -18/Ca.Brocadi a anammoxidans 0CGGTAGCCCCAA T TGCTT 40/56S -*-Amx -0223-a -A -18/Ca.Brocadi a anammoxidans 0GACA TTGACCCCTCTCTG 40/56S -*-Amx -0432-a -A -18/Ca.Brocadi a anammoxidans 0CTTAACTCCCGACAGTGG 40/56S -*-Amx -0613-a -A -22/Ca.Brocadi a anammoxidans 0CCGCCA TTCTTCCGTTAAGCGG 40/56S -*-Amx -0997-a -A -21/Ca.Brocadi a anammoxidans 0T TTCAGGT TTCTACTTCTACC 20/225S -*-Amx -1015-a -A -18/Ca.Brocadi a anammoxidans 0GA TACCGTTCGTCGCCCT 60/14S -*-Amx -1154-a -A -18/Ca.Brocadi a anammoxidans 0TCTTGACGACAGCAGTCT 20/225S -*-Amx -1240-a -A -23/Ca.Brocadi a anammoxidans 0T TTAGCA T CCCTT TGTACCAACC 60/14-I *-Ban -0071(B.anam.)-a -A -18/Ca.Brocadi a anammoxidans 0CCCTACCACAAACCTCGT 10/450-I *-Ban -0108(B.anam.)-a -A -18/Ca.Brocadi a anammoxidans 0T TTGGGCCCGCAA TCTCA 10/450-I *-Ban -0222(B.anam.)-a -A -19/Ca.Brocadi a anammoxidans 0GCTTAGAA TCTTCTGAGGG 10/450-I *-Ban -0389(B.anam.)-a -A -18/Ca.Brocadi a anammoxidans 0GGA TCAAA T TGCTACCCG 10/450-I *-Ks -t 0031(K.stutt.)-a -A -18/Ca.Kuenenia stuttgartiensis 0ATAGAAGCCTTTT GCGCG 10/450-I *-Ks -t 0077(K.stutt.)-a -A -18/Ca.Kuenenia stuttgartiensis 0T TTGGGCCACACTCTGTT 10/450-I *-Ks -t 0193(K.stutt.)-a -A -19/Ca.Kuenenia stuttgartiensis 0CAGACCGGACGTATAAAAG 10/450-I *-Ks -t 0288(K.stutt.)-a -A -20/Ca.Kuenenia stuttgartiensis 0GCGCAAAGAAA TCAAACTGG10/450最初测定Anam mox 微生物的探针是针对/Ca.Br ocadia 0或/Ca.K uenenia 0而设计(表1).S -*-Amx -0820-a -A -22对于/Ca.B rocadia 0和/Ca.K uenenia 0都能与它们的16S rRNA 进行杂交[2].为了区分两种属,靶标于螺旋9a 和9b 的探针对于/Ca.B rocadia 0和/Ca.K uenenia 0都是唯一的(表1,S -S -Kst -0157-a -A -18探针和S -S -Ban --0162-a -A -18探针)[2].S -*-Kst -1275-a -A -20探针(表1)对于/Ca.K ueneniastuttgar tiensis 0的16S rRNA 是特效的[2].23S rRNA 靶标探针L -*-Am x -1900-a -A -21用于专门测定/Ca.Brocadia 0和/Ca.K uenenia 0的23S rRNA[16].目前已经发现Anam mox 菌种/Ca.S calindua 0,并且发现用于测定/Ca.K uenenia 0和/Ca.Br o -cadia 0的探针不足以测定所有的A namm ox 菌.因此,S -G -Sca -1309-a -A -21探针、S -*-Scabr -1114-a -A -22探针和S -*-BS -820-a -A -22探针(表1)用于测定/Ca.Scalindua 0不同的16S r RNAs [2].尽管在53第4期 祖 波,等:分子生物学测定Anammo x 菌研究进展54西南师范大学学报(自然科学版)投稿网址http://xbgjx t1sw u1cn第34卷一般意义上说,S-*-Amx-0820-a-A-22探针不是/Ca.Scalindua0的16S rRNAs的靶标;如果S-*-BS-0820-a-A-22探针被竞争时,它能和/Ca.S calindua0细胞中的16S rRNAs进行杂交[2].Candidatus0A na-mmox og lobus p r op ionicus0可以用S-*-Apr-0820-a-A-21探针进行杂交(表1)[5].探针的详细资料在探针库网站中可以查找(w w w.microbia-l ecolo /probebase).在全球氮循环中,用FISH探针测定海洋环境中的/Ca.Scalindua0对于Anam mox菌是非常重要的[2].4高级的FISH方法测定Anammox菌的活性用FISH标记16S和23S rRNA之间的ISR是其中的一种高级的FISH方法[17].对于很多生长迅速的微生物,在细胞中FISH的信号强度与核糖体的浓度和rRNA前体分子成正比.但是,对于好氧氨氧化菌和Anamm ox微生物,在饥饿和抑制期间,核糖体的成分没有明显的减少.这些特性可能与它们严格和专一的化能生长途径,以及极端的抗饥饿的有关.因此,这些细胞的rRNA成分不反映这些微生物的生理学活性[2].对于生长缓慢细菌,rRNA前体浓度通过测定细胞内核糖体翻转率(生长速率)来直接测定微生物的活性.为了了解Anamm ox菌的原位活性,16S rRNA和23S rRNA之间的ISR与荧光标记低(聚)核苷酸探针一起靶标[2].这些序列的延伸只存在于rRNA前体中,不存在于成熟的核糖体中.但是,单个的低(聚)核苷酸探针在Anammo x微生物中检测ISR不够明亮.只有在同时应用4个探针标记ISR才能获得足够的信号扩增.当Anamm ox微生物暴露在氧中,ISR靶标探针立即捕获它们的代谢信息.通过应用ISR 靶标探针(ISR-FISH)进行其他样品的实验,表明了ISR靶标探针(ISR-FISH)在监测生态系统中和富集培养基中的Anammo x菌活性的变化方面具有巨大的潜力.因此,这种方法对于在反应器启动期间有效监测Anamm ox菌活性非常适合.两套ISR探针分别用于/Ca.Br ocadia anam mox idans0和/Ca.K uenenia stuttgar tiensis0,但不能广泛推广,这就意味着在每个专门的生态系统都要用新的探针[2].混合FISH-MAR是测定Anamm ox微生物代谢活性的另一种方法,因为Anam mox菌是化能自养微生物且以CO2为主要的碳源,FISH-MA R实验能测定Anam mox菌.通过物料平衡测定这些培养中的CO2呼吸量,FISH-M AR能有效的排除其他细菌的干扰.在批试验中,混合培养厌氧和好氧氨氧化菌,接种这些培养物在好氧测定硝化菌的呼吸CO2量和厌氧测定Anam mox菌呼吸CO2量.FISH-MAR能成功用于测定Anammo x菌[2].但是,由于接种时间太长,测定结果可能不是反应样品当时的微生物生理状态,这个问题可以通过ISR-FISH来克服[2].5结语由于每一种测试方法都有自身的局限性,因此复合基于rRNA的方法和非基于rRNA的方法对于广泛了解生态系统中的Anammo x菌非常必要.活性厌氧氨氧化微生物的测定和鉴别有利于接种厌氧氨氧化菌于实验室、中试和污水处理厂进行深入研究,有利于进一步了解Anam mox微生物微环境的差别.为新型生物脱氮工艺的开发以及废水生物脱氮技术的应用提供了微生物学的理论基础,对于利用分子生物学的最新技术于废水处理领域提供一些前期资料.参考文献:[1]祖波,张代钧,白玉华.厌氧氨氧化菌特性及其在生物脱氮中的应用[J].微生物学通报,2006,33(1):149-153.[2]Schmid M C,M aas B,Dapena A.Biomar ker s fo r in Situ Detectio n of A naerobic A mmonium-Ox idizing(A nammox)Bac-teria[J].Applied and Envir onment al M icr obio log y,2005(71):1677-1684.[3]L ee N,Nielsen P H,A ndreasen K H,et bination of Fluorescent in Situ Hybridization and M icroauto radiography-a NewTool for Structure-function Analyses in M icrobial Ecolo gy[J].A ppl Environ M 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Situ Detectio n [J].Environ M icr o -bio l,2001(3):450-459.[10]Jetten M S M ,Str ous M ,V an de P as -Schoo nen K T ,et al.T he A naerobic Ox idatio n o f Ammo nium [J].FEM S M icr o -biol Rev,1998(22):421-437.[11]Kuenen J G,Jetten M S M.Ex tr aordinar y A naer obic Ammo nium O xidising Bacteria [J].A SM N ews,2001(67):456-463.[12]L apara T M ,N akatsu C H ,Pantea L ,et al.Phylog enetic A nalysis of Bacterial Co mmunit ies in M esophilic and T her -mophilic Bio reactor s T reating Pharmaceutical W astewater [J].A ppl Environ M icrobio l,2000(66):3951-3959.[13]L o y L A,H o rn M ,Wangner M.P ro beBase:an Online Resource for rRN A -targ eted O lig onucleotide Pr obes [J].N ucleicA cids Res,2003(31):514-516.[14]M or genro th E,O bermayer A,Ar no ld E,et al.Effect o f L o ng -term Idle Per iods o n the Perfo rmance o f Sequencing BatchReactor s [J].Water Sci T echnol,2000(41):105-113.[15]M ulder A ,V an de Gr aaf A A,Ro ber tson L A,et al.A naerobic A mmo nium O xidatio n Discov ered in a Denitr ify ing Fluid -ized Bed Reactor [J].FEM S M icrobio l Ecol,1995(16):177-184.[16]Neef A ,A mann R I ,Schlesner H ,et a l.M o nitor ing a W idespread Bacterial G roup:In Situ Detection of Plancto mycetesw ith 16S rRN A -targ eted Pro bes [J].M icrobio lo gy ,1998(144):3257-3266.[17]Poulsen L K,Ballard G ,Stahl D A.U se of rR N A Fluo rescence in Situ H y br idization f or M easur ing the A ctiv ity of SingleCells in Y oung and Established Bio films [J].Appl Envir on M icr obiol,1993(59):1354-1360.Review for Molecular Biological Determination of Anammox BacteriaZU Bo 1,2, WEI Sh-i qiang 2, ZU Jian 3, L ON G M ing -m ei111Dep artment o f Reso urces and Env ironmental Science,Schoo l of River and Ocean Engineering of Chongqing Jiaotong University ,Chongqing 400074,C hina;21School of Resources and Envi ronmental Sci ence,Southwest University ,Chongqi ng 400715,Chi na;31School of Sciences,Southwest Petrol eum Uni versi ty ,N anchong 610500,Chi naAbstract:Four Anammo x bacteria g enera -Candid atus /Brocadia 0(Candid atus /Br ocadia f ulgida 0,an -aer obic ammonium -ox idiz ing p lanctomy cete and Candidatus /Br ocadia anammox ida 0),Cand idatus /K uenenia 0(Candid atus /K uenenia stuttgarti 0),Cand idatus /Scalindua 0(Cand idatus /Scalindua w agne -ri 0,Candidatus /Scalindua brodae 0and Candidatus /S calindua sor okinii 0)and heterotrophic Anam mox bacteria genera (Candidatus /A nammox oglobus p rop ionicus 0,anaer obic ammonium -ox id iz ing p lanctomy ce -te Cq uenviron -1and Candidatus /J ettenia asiatica 0)..Anam mox bacteria w ere determined by m olecular biolo gy metho d w hich included PCR -based methods such as denaturing g radient gel electrophoresis,term-i nal r estr iction fr ag ment leng th polym orphisms,and quantitativ e PCR;FISH ;FISH -MAR;ISR -FISH and so bination of m olecular biolog y and traditional methods is necessary to allow a comprehensive study of Anamm ox bacteria.It had m ag nitude sig nificance fo r under standing the character of Anam mox bacteria and ex plo iting the new bio logical nitro gen remov al technique.Key words:anam mox bacteria;molecular biolo gy;determ inatio n责任编辑 陈绍兰55第4期 祖 波,等:分子生物学测定Anammo x 菌研究进展。

靶向谷氨酰胺代谢治疗肿瘤及改善肿瘤微环境研究进展
辛映烨;范瑄;袁昊;倪良伟;李博;许炜
【期刊名称】《中国临床医学》
【年(卷),期】2024(31)2
【摘要】谷氨酰胺作为人体中最丰富的自由氨基酸,对多种生理过程起至关重要的作用,包括提供细胞能量、支持免疫系统功能、维持肠道健康以及辅助氮运输。

正常生理条件下,肌肉组织是谷氨酰胺的主要合成和释放场所。

谷氨酰胺被释放入血液中后,转运到肠道和免疫器官等发挥相应作用。

然而,在疾病状态,尤其是肿瘤存在的情况下,谷氨酰胺的代谢和功能发生显著变化。

谷氨酰胺的代谢产物可以作为信号分子,参与调节肿瘤细胞内多种信号传导途径,包括影响细胞生长、存活的mTOR 和AMPK代谢途径等。

本文对肿瘤细胞中谷氨酰胺参与的代谢步骤及谷氨酰胺阻断在肿瘤微环境中的作用进行综述。

【总页数】12页(P262-273)
【作者】辛映烨;范瑄;袁昊;倪良伟;李博;许炜
【作者单位】上海理工大学健康科学与工程学院;海军军医大学第二附属医院骨肿瘤科
【正文语种】中文
【中图分类】R73
【相关文献】
1.肿瘤相关成纤维细胞对肿瘤微环境及肿瘤免疫代谢影响的研究进展
2.纳米载体传递抗肿瘤药物在肿瘤微环境的靶向性及应用研究进展
3.基于外泌体精准靶向调控肿瘤微环境的中药抗肿瘤作用研究进展
4.靶向免疫代谢改善肿瘤微环境
5.靶向谷氨酰胺代谢增强抗肿瘤免疫和免疫治疗的研究进展
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1ANAMMOX工艺厌氧氨氧化(ANaerobic AMMonia OXidation)是在严格的缺氧条件下以NO2-作为电子受体，利用自养菌将氨直接氧化为氮气而实现脱氮的工艺[2～6]。

研究表明，氨厌氧氧化产生的一分子氮气中一个氮原子来自NO2-，而另一氮原子则来自于氨，对氨的最大去除速率可达1.2mmol/(Lh)，氧化1mol氨需要消耗0.6mol的NO2-，并由此产生0.8mol的氮气。

羟胺(NH2OH)和联氨(N2H4)是厌氧氨氧化过程的中间产物，其中羟胺为最可能的电子受体，而羟胺本身则是由HNO2产生的[4]。

当反应系统中有过量的羟胺和氨时将发生暂时的N2H4积累。

联氨向氮气的转化被认为是通过将NO2-还原为羟胺同时产生等量的电子而实现的，但该反应是在同种酶的不同部位发生NO2-的还原和羟胺的氧化还是通过由电子转移链相连接的不同酶系统的催化反应实现的尚待进一步研究。

研究表明，ANAMMOX过程是由自养菌(Candidatus Brocadia anammoxidans)完成的[7、8]，它被认为同时具有将NO2-氧化为NO3-的功能，但生长缓慢(pH=8、温度为40℃时的生长世代期为11d[2])。

Egli等人采用生物转盘处理含高浓度氨的垃圾填埋场渗滤液的研究表明，污泥中的Candidatus Brocadia anammoxidans占90.9%，且对PO43-和NO2-均具有很高的抗性(最大耐受浓度分别达20mmol/L和13mmol/L，在低浓度时具有较高的活性)，对pH值的适应范围为6.5～9，最适pH值和温度分别为8和37℃[5]。

目前，尚未完全了解此类微生物的特性，但已发现其具有不规则的细胞结构和外形[5、7、8]。

在ANAMMOX过程中，自养反硝化菌的电子受体是NO2-而不是NO2-，氨则是电子供体。

Strous等人采用20个不同型式的流化床反应器对合成基质的研究表明[3]，反应器系统的基质转化速率可达3.0kgNH4+-N/(m3d)，NO2-和氨的平均去除率分别达99.5%和84.6%，流化床中生物量的最大比活性约为25 nmolNH4+/(minmg-1)，同化1molCO2需要氧化24mol 的氨，增长速率为0.001h-1，相当于世代时间为29d。

ANAMMOX生物膜反应器脱氮性能研究的开题报告一、研究背景与意义随着城市化进程的加快和人口增长的不断挤压，城市环境问题越来越受到人们的关注。

其中，尤以水污染问题引发的社会关注最为广泛。

由于生活排水中存在大量的氮和磷等有机营养物质，如果不进行科学的处理就会对河道水质造成严重影响，并对水生态系统产生不良影响。

因此，研究低成本、高效率的废水处理技术已经成为当今社会面临的一项严峻的挑战。

传统的污水处理工艺中，通常采用的是生化处理和化学沉淀等方法对污水中的氮进行处理，但这些方法存在着能耗高、处理效率低、处理周期长、废水处理后生成的污泥数量大等问题。

相比之下，ANAMMOX （Anaerobic Ammonium Oxidation，厌氧氨氧化）生物膜反应器技术克服了传统方法的缺陷，成为目前研究的热点。

它基于厌氧氨氧化微生物反应原理，通过将污水中的氨氮和亚硝酸根离子反应产生氮气和水，起到了脱氮的目的。

ANAMMOX生物膜反应器技术具有体积小、处理能力强、污泥产生量少、能源消耗低等优点，对于缓解水污染问题具有重要的意义。

二、研究内容及方法本文研究的是一种ANAMMOX生物膜反应器，通过建立一个具有良好生物膜的反应器来提高ANAMMOX的脱氮效果。

具体研究内容如下：1. ANAMMOX生物膜反应器的设计与制造本部分主要是通过对反应器设计的分析，选择适合的材料进行制造，保证反应器的稳定性和高效性。

2. 对ANAMMOX生物膜反应器中各运行参数的优化因为ANAMMOX生物膜反应器是一种新型技术，目前一些相关参数如反应器的pH、反应器温度、填料的选择、进、出水量等都需要经过实验的研究来优化。

因此，在本文中，我们将对这些参数进行研究和探究，以改善反应器的运转状态。

3. ANAMMOX生物膜反应器的脱氮效果本文还将对ANAMMOX生物膜反应器的脱氮效果进行研究。

主要通过测试进出水中的NH4+-N、NO2--N、NO3--N等参数数据变化来反映ANAMMOX生物膜反应器的脱氮效果。

16s氮代谢功能注释600字
16S 氮代谢功能注释是一种在微生物学领域常用的技术，通过对细菌16S rRNA基因的测序和比较，可以对不同种类的细菌进行分类和鉴定。

同时，通过分析16S rRNA基因序列的差异，还可以推测出不同细菌在氮代谢方面的功能差异。

在氮代谢方面，细菌可以分为自养型和异养型两类。

自养型细菌可以利用无机氮源，如氨气或硝酸盐，进行化能合成作用，合成有机物供自身生长和代谢所需。

而异养型细菌则必须利用有机氮源，如氨基酸或蛋白质，进行合成代谢。

在16S氮代谢功能注释中，可以根据细菌的16S rRNA基因序列的差异，推测出不同细菌在氮代谢方面的功能特征。

例如，某些细菌具有固氮酶基因，可以将大气中的氮气转化为氨气，为植物提供氮肥；而另一些细菌则具有硝化酶基因，可以将硝酸盐转化为亚硝酸盐，供植物吸收利用。

此外，通过对16S rRNA基因序列的比较和分析，还可以发现不同细菌之间的共生关系和生态学特征。

例如，在肠道微生物群中，一些自养型细菌可以与宿主共存，并利用宿主体内的尿素为氮源进行合成代谢。

而另一些异养型细菌则可以利用宿主体内的氨基酸或蛋白质进行分解代谢，产生能量供宿主利用。

总之，16S氮代谢功能注释是一种重要的微生物学技术，可以帮助我们深入了解不同细菌在氮代谢方面的功能特征和生态学特征。

通过对该技术的分析和应用，我们可以更好地理解微生物与环境之间的关系，并为环境保护、农业生产和医疗健康等领域提供有益的参考和指导。

anme氧化甲烷的功能基因
氧化甲烷是一种重要的生物地球化学过程，涉及多种微生物群
落和酶系统。

在这一过程中，参与氧化甲烷的微生物通常具有特定
的功能基因。

其中最为重要的功能基因包括甲烷单加氧酶基因（pmoA）、甲烷单加氢酶基因（mxaF）、甲烷氧化蛋白基因（moxA）等。

甲烷单加氧酶基因（pmoA）编码甲烷单加氧酶，这是一种关键
的酶，能够催化甲烷的氧化反应。

甲烷单加氢酶基因（mxaF）编码
甲烷单加氢酶，这是另一种重要的酶，也参与了甲烷的氧化代谢。

甲烷氧化蛋白基因（moxA）编码甲烷氧化蛋白，同样在氧化甲烷的
过程中发挥重要作用。

除了上述基因外，还有一些其他的功能基因在氧化甲烷的过程
中扮演着重要角色，比如甲烷单加氧酶辅基因（pmoB、pmoC）、甲
烷氧化蛋白辅基因（moxB、moxC）等。

这些基因共同构成了微生物
体内复杂的甲烷氧化代谢途径，参与调控甲烷的氧化反应。

此外，不同类型的甲烷氧化微生物可能具有不同的功能基因组成，因为它们适应了不同的生态环境和代谢途径。

因此，研究人员
通过对这些功能基因的研究，可以更好地理解甲烷氧化微生物的代谢途径和生态功能，为环境保护和资源利用提供理论支持和实践指导。

16s氮代谢功能注释概述及解释说明1. 引言1.1 概述本文旨在对16s氮代谢功能注释进行概述和解释说明。

20世纪50年代以来，随着分子生物学的发展，16s rRNA基因序列被广泛应用于细菌分类和系统发育研究中，并成为微生物遗传学的重要工具。

近年来，随着高通量测序技术的迅速发展，16s rRNA基因测序数据大幅增加，这为深入理解微生物群落及其功能提供了重要支持。

其中，氮代谢功能注释是对16s rRNA基因序列中与氮循环相关的功能基因进行识别和注释。

1.2 文章结构本文的结构如下所示：第一部分：引言- 第1.1节：概述- 第1.2节：文章结构- 第1.3节：目的第二部分：16s氮代谢功能注释- 第2.1节：理论背景- 第2.2节：实验方法- 第2.3节：结果与讨论第三部分：解释说明- 第3.1节：解释概念和术语- 第3.2节：功能注释的重要性- 第3.3节：应用领域和前景展望第四部分：总结与展望- 第4.1节：主要发现总结- 第4.2节：存在问题与局限性- 第4.3节：未来研究方向第五部分：结论1.3 目的本文的目的是系统梳理和阐述16s氮代谢功能注释的相关知识。

首先，我们将简述该领域的概述，包括16s rRNA基因序列在微生物遗传学中的重要性以及氮代谢功能注释的作用。

然后，我们将介绍该领域的理论背景和实验方法，以帮助读者对其有一个全面的了解。

接下来，我们将详细讨论相关结果，并对其进行深入解读和探讨。

随后，我们将解释一些相关概念和术语，并强调功能注释在微生物研究中的重要性。

最后，我们将探讨16s氮代谢功能注释在不同应用领域中的前景，并提出进一步研究的方向。

通过本文的阐述，旨在为读者提供一个全面了解16s氮代谢功能注释领域并促进相关研究发展的基础。

2. 16s氮代谢功能注释：2.1 理论背景：在生物学中，氮是构成蛋白质等重要有机化合物的必需元素之一。

16s（甲基化二硫原型柔性酸盐）是一种常见的代谢产物，对于氮代谢起着重要作用。

肝脏靶向药物递送系统研究新进展药物递送系统是指将药物通过载体或者递送方式，将药物定向地递送到靶标细胞或组织，并能够释放药物，提高药效，减少不良反应。

肝脏是一个非常重要的器官，因其参与人体许多代谢活动，而药物在体内的代谢也往往依赖于肝脏功能。

然而，肝脏容易受到各种因素的伤害，如病毒感染、炎症等，影响了药物的代谢过程，给治疗带来各种困扰。

因此，肝脏靶向药物递送系统的研究就具有非常重要的意义。

当前，人们对于肝脏靶向药物递送系统的研究，主要有以下几个发展方向：一、基于纳米技术的药物递送系统纳米技术的引入，为药物递送系统的发展带来了新思路。

通过利用纳米材料的特殊性质，制备出具有多种功能的肝脏靶向药物递送系统，例如，吸附特定基因的Cationic lipid纳米粒子（CLNPs）可以被肝脏细胞特异性递送到肝脏，用于基因治疗；又如，近年来，蛋白调控相变纳米材料在靶向性递送肝脏药物方面，也取得了不俗的研究进展。

二、基于细胞膜材料的肝脏靶向药物递送系统近年来，生物技术水平的提高，使得生物材料的研究更加成熟，并成为药物递送系统研究的另一个热点。

细胞膜材料是应用细胞外膜技术，从细胞外膜去除固有细胞原质量，然后将细胞膜与药物载体相结合而形成的一种新型递送载体。

目前，许多研究集中在利用细胞膜材料递送药物到靶向肝脏。

例如，从红细胞膜制备的红细胞囊泡，可以被肝细胞特异性内吞并释放药物。

三、基于肝细胞自噬机制的药物递送系统肝细胞是人体内负责代谢和解毒的重要细胞。

肝内自噬是维持细胞代谢平衡的重要调节机制，因此，肝细胞自噬治疗肝病具有重要的临床应用价值。

近年来，科学家发现，肝细胞自噬过程中，存在可以内吞药物的囊泡结构，这为肝细胞自噬靶向药物递送提供了可能性。

例如，利用多功能药物复合体（DOX-RGD NPs），直接靶向肝细胞癌并刺激自噬信号通路，可以实现抑制肝细胞癌增殖的治疗效果。

总之，肝脏靶向药物递送系统的研究，没有一个绝对优越的方法，需要科学家们利用各种物质的特性，再依据药物的物理化学特性，利用分子生物学等技术研发出更高效、更靶向的肝脏药物递送系统。

Anammox反应器的启动运行及Mn(Ⅱ)的作用特性研究的开题报告题目： Anammox反应器的启动运行及Mn(Ⅱ)的作用特性研究一、研究背景和意义Anammox技术是一项近年来发展起来的一种新型的高效脱氮技术，其通过Anammox菌将NH4+和NO2-直接转化为N2。

相对于传统的硝化反硝化技术，Anammox技术具有能源消耗低、反应器空间占用率小等优点，因此越来越多的人开始关注Anammox技术的应用前景。

然而，Anammox反应器的启动运行一直是研究人员关注的热点问题。

此外，在 Anammox 反应器中加入 Mn (Ⅱ) 可以抑制 NO 2 −氧化而减少 NO 3 −生成，从而提高 Anammox 反应器的脱氮效率。

因此，各类研究人员一直在探索如何更好地启动 Anammox 反应器以及 Mn (Ⅱ) 对反应器的影响。

本研究旨在探索 Anammox 反应器的启动运行过程，并研究 Mn (Ⅱ) 对反应器脱氮性能的影响，为 Anammox 技术的应用提供理论基础和实践指导。

二、研究内容和方法1. Anammox 反应器的启动运行通过探究实验条件的影响，确定Anammox 反应器的启动运行方案。

具体操作包括：（1）选择适当的培养基和菌液进行初始接种；（2）协调不同微生物群落之间的关系，控制 Anammox 反应器中的关键环境参数，如 pH、温度、DO、COD、NH4+、NO2-等；（3）使用 PCR-DGGE 法分析反应器中不同微生物群落的变化。

2. Mn (Ⅱ) 对 Anammox 反应器的影响通过加入 Mn (Ⅱ) 的方式，探究其对 Anammox 反应器脱氮性能的影响。

具体操作包括：（1）采用滴定法或电极法控制 Mn (Ⅱ) 浓度；（2）测试 Anammox 反应器的脱氮性能，如 pH 值、NH4+ 和NO2- 的转化速率、液体中 N2 浓度等；（3）使用荧光探针法（如DAPI）或分子生物学方法（如PCR-DGGE、qPCR）等对反应器中不同微生物群落的变化进行分析。

NewPhytol：中科院植物孟征实验室揭示OsMADS14和NF-YB1协同直接激活胚乳。

淀粉合成对谷类作物的产量和营养价值做出了巨大的贡献。

虽然已经报道了几种淀粉合成酶和相关的调控因子，但淀粉合成的潜在调控机制仍不清楚。

OsMADS14是水稻(Oryza sativa)中一个FRUIT FULL (FUL)的MADS-box基因。

在这里，我们发现OsMADS14的两个无义突变具有皱缩、多垩白表型。

其原因是复合淀粉颗粒明显缺陷，胚乳中总淀粉和直链淀粉含量均显著降低。

转录组分析显示，OsMADS14的功能缺失导致许多核心淀粉合成基因的表达显著下调，包括OsAGPL2和Waxy。

体外和体内试验都表明，OsMADS14蛋白直接结合在OsAGPL2和Waxy的假设调控区域的CArG-box共识的DNA片段上。

蛋白-蛋白相互作用实验也表明，OsMADS14与核因子NF-YB1相互作用，促进OsAGPL2和Waxy的转录。

因此，我们的研究表明OsMADS14在水稻储藏淀粉的合成中发挥了重要作用，并为分子育种改良水稻提供了新的分子机制。

关注公众号：PaperRSS 植物进展 Starch synthesis makes a dramatic contribution to the yield and nutritional value ofcereal crops. Although several starch synthesis enzymes and related regulators have beenreported, the underlying regulatory mechanisms of starch synthesis remain largely unknown. OsMADS14 is a FRUIT FULL （FUL）-like MADS-box gene in rice （Oryza sativa）。