《细菌分类与鉴定》PPT课件
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细菌的分类及命名 ppt课件
界 Kingdom (拉：Regnum)
门 Phylum (拉：Phylum))
纲 Class (拉：Classis)
目 Order (拉：Ordo)
科 Family (拉：Familia)
属 Genus（拉：Genus）
种 Species（拉：Species）
科及科以上的划分在细菌不太完善，且随
PPT课件
18
四、细菌分类鉴定的标准
1、长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是 其表型(phenotype)特征
形态 染色 培养 细胞壁结构 生理生化 抗原特性
这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的
作用，尤其是在临床微生物学的实中，至今仍有
应用价值。
PPT课件
19
2、目前微生物学界普遍考虑的分类依据 是 细 菌 的 种 系 发 生 关 系 (phylogenetic relationship)，即分析其基因特征从而 确定分类地位。
PPT课件
4
二、细菌的分类地位
1、过去属于植物界， 现在划为：原核生物
古菌 细菌
在兽医微生物中，古细菌不占重要 地位
PPT课件
5
2、细菌还包括
衣原体、立克次氏体、霉形体、 螺旋体、放线菌等→对动物和人 具有致病作用
蓝细菌、紫色光合细菌等
PPT课件
6
PPT课件
7
3、细菌的分类单元
细菌的分类单元与动植物一样，依次为
PPT课件
11
例如 大肠埃希菌的学名全名是：
Escherichia coli(Migula) Castellani et
Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为 Bacillu coli，Castellani及Chalmers 于1919年改为现名。
章十 微生物的分类和鉴定ppt(共71张PPT)
（2）细胞壁成分独特而多样有的以蛋白质为主，有的含杂多糖，有的类似于 肽聚糖（“假肽聚糖”），但不论是何种成分，它们都不含胞壁酸、D型氨基酸和二氨基庚二酸
。 （3）核糖体的16SrRNA其核苷酸顺序独特，既不同于真细菌，也不同于真核生物。 （4）tRNA成分其核苷酸顺序也很特殊，且不存在胸腺嘧啶。
（5）蛋白质合成的起始密码始于甲硫氨酸，与真核生物相同。 （6）对抗生素等的敏感性对那些作用于真细菌细胞壁的抗生素如青霉素、头 孢霉素和D-环丝氨酸等不敏感；对真细菌的转译有抑制作用的氯霉素不敏感；对真 核生物的转译有抑制作用的白喉毒素却十分敏感。 （7）生态条件独特有的是严格厌氧菌，如产甲烷菌（metnanogens）；有的 是极端嗜盐菌（extremehalophiles）；有的则是嗜热嗜酸菌
（用菌物代替以往的真菌）
目前广为接受Ainsworth第7版的分类系统及第八版
菌物界
Ainsworth等人的菌物分类系统纲要
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
第四节 微生物分类鉴定的方法
一、微生物分类鉴定的经典方法 二、微生物分类鉴定中的现代方法
微生物的鉴定
▪ 主要步骤：纯化、测定一系列必要的指标、查找权威性鉴 定手册
▪ 鉴定方法分四个水平：
▪ 菌株的确定：实验室可以自己命名。 1963年，Able等首次通过细胞脂肪酸的分析来对细菌进行分类，同时，Oyama等又提出了用裂解气相色谱法（Pyrolysisgaschromatography，
PGC，是一种热裂解法与色谱技术相结合的方法）来鉴定细菌。 Enterotube 系统
▪ Escherichia coli K12, O-157：H7
三域学说及其生物进化谱系树
促使人们提出三原界学说的最重要原因是具有一系列独特性状的曾称作“第三生物 ”的古细菌的发现。与真细菌相比，古细菌有以下几个特点：
。 （3）核糖体的16SrRNA其核苷酸顺序独特，既不同于真细菌，也不同于真核生物。 （4）tRNA成分其核苷酸顺序也很特殊，且不存在胸腺嘧啶。
（5）蛋白质合成的起始密码始于甲硫氨酸，与真核生物相同。 （6）对抗生素等的敏感性对那些作用于真细菌细胞壁的抗生素如青霉素、头 孢霉素和D-环丝氨酸等不敏感；对真细菌的转译有抑制作用的氯霉素不敏感；对真 核生物的转译有抑制作用的白喉毒素却十分敏感。 （7）生态条件独特有的是严格厌氧菌，如产甲烷菌（metnanogens）；有的 是极端嗜盐菌（extremehalophiles）；有的则是嗜热嗜酸菌
（用菌物代替以往的真菌）
目前广为接受Ainsworth第7版的分类系统及第八版
菌物界
Ainsworth等人的菌物分类系统纲要
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
第四节 微生物分类鉴定的方法
一、微生物分类鉴定的经典方法 二、微生物分类鉴定中的现代方法
微生物的鉴定
▪ 主要步骤：纯化、测定一系列必要的指标、查找权威性鉴 定手册
▪ 鉴定方法分四个水平：
▪ 菌株的确定：实验室可以自己命名。 1963年，Able等首次通过细胞脂肪酸的分析来对细菌进行分类，同时，Oyama等又提出了用裂解气相色谱法（Pyrolysisgaschromatography，
PGC，是一种热裂解法与色谱技术相结合的方法）来鉴定细菌。 Enterotube 系统
▪ Escherichia coli K12, O-157：H7
三域学说及其生物进化谱系树
促使人们提出三原界学说的最重要原因是具有一系列独特性状的曾称作“第三生物 ”的古细菌的发现。与真细菌相比，古细菌有以下几个特点：
细菌感染的病原学诊断、细菌分类与命名ppt课件
主要用于肠杆菌科细菌中属及种的鉴别
2019
-
67
明胶液化试验
明胶
胞外酶 分解
氨基酸
失去凝固力
液态明胶
主要用于肠杆菌科细菌的鉴别 2019 也用于鉴别- 炭疽杆菌（+）和类炭疽杆菌 68
苯丙氨酸
苯丙氨酸脱氨酶 脱氨基
苯丙酮酸 +
氯化铁
绿色
主要用于肠杆菌科细菌的鉴别
2019
-
69
氨基酸脱羧酶试验
2019
-
6
一、检查方法
（一）不染色标本检查法
主要用于观察生活状态下微生物某些形态 特点及运动性
٭常用的方法有压滴法和悬滴法
如:用压滴法观察霍乱弧菌的“鱼群样运动”
悬滴法观察霍乱弧菌的“穿梭样运动”
如在同一方法制作的另一标本中加入效价≥1:64
霍乱多价血清则穿梭样运动停止并发生凝集,则为制
2动019 试验(+)
2019
-
二氧化碳培养箱
46
2、烛缸法:
3、化学法： 按每升容积重碳酸钠
0.4g与1mol/L盐酸 0.35ml比例放入标本 缸,密封后倾斜容器使 两者接触产生CO2
2019
-
烛缸二氧化碳培养法
47
★厌氧培养法：厌氧罐培育法和厌氧袋法 1、厌氧罐培育法：用理化方法除去密
闭容器中的氧，造成无氧环境，以利于专 性厌氧菌生长。
2019
-
28
（7）鸡蛋和动物血清:虽然不是构成培养基 的基本成分,但却是某些细菌生长所必需的营养物 质,所以仅用于制备一些特殊的培养基。
（8）生长因子：是细菌生长所必需的，但需 要量很小。在制备培养基时，常加入维生素、氨 基酸、嘌呤、嘧啶等生长因子。
用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法PPT课件
第一，由于16 S rDNA具有高度保守性，且分子小、包含的信息量较少，对 于亲缘关系较近的细菌，其分辨率不高。
第二，16 S rDNA序列分析只能在属的水平上区分细菌，而在水平分类这个 环节上仍然需要借助其他手段加以辅助分析。
8
细菌核心基因（看家基因）
虽然说细菌的基因组的大小和基因段是千差万别，但是 无论多么小，它们必须包含有所有的信息去允许细菌 去执行多种必要的功能，给予细胞维持内部的代谢平 衡的能力，复制和进化，这三种主要的活细胞的功能 。细胞经常能够吸收代谢物但其不是功能蛋白，因此 ，它们必须去依赖它们自有的基因产物去执行不要的 功能。
9
1.信息的存储和加工 DNA的代谢：（1）基本的复制功能（2）DNA的修复、限制和 修饰 RNA的代谢 ： （1）基本的转运功能（2） 翻译 （3） RNA的降解 2 蛋白质的加工、折叠、分泌 3 细胞的结构和细胞壁的加工 4 活跃且处于中间的代谢
10
gyrB亚单位蛋白的基因 ，属于信息通路中与DNA复制、限制、修饰或修复有关的蛋白编码 基因。在大多数细菌中，以单拷贝的形式存在细菌基因组的rnpA— rmpH—dnaA—dnaN—recF—gyrB—rnpA基因簇中。编码的是唯一 一种能诱导DNA负超螺旋的拓扑异构酶一DNA促旋酶的B亚单位蛋白 GyrB。
常见的几种方法： （1）标记法 （2）吸光度法 （3）荧光强度法等
3
DNA-DNA杂交
核酸杂交目前常采用固相杂交法，将待测菌株双链核酸解成单链固定 在硝酸纤维素滤膜等固相支持物上，置入含有经标记的并解链的参照菌 株的单链核酸(探针)液中复性，形成新的双链核酸，测定杂合双链的相对 放射性强度来确定菌株问的同源性程度。
12
Kasai在对小单孢菌属(Micromonospora)15个有效描述的种和4个亚种的gyrB序 列的研究中，得到了与基于16 S rDNA序列相似的系统发育关系，但种内关系结 果不同。经过与DNA—DNA杂交的比较分析，结果表明：基于gyrB序列的分类 关系更符合DNA—DNA杂交结果。
第二，16 S rDNA序列分析只能在属的水平上区分细菌，而在水平分类这个 环节上仍然需要借助其他手段加以辅助分析。
8
细菌核心基因（看家基因）
虽然说细菌的基因组的大小和基因段是千差万别，但是 无论多么小，它们必须包含有所有的信息去允许细菌 去执行多种必要的功能，给予细胞维持内部的代谢平 衡的能力，复制和进化，这三种主要的活细胞的功能 。细胞经常能够吸收代谢物但其不是功能蛋白，因此 ，它们必须去依赖它们自有的基因产物去执行不要的 功能。
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1.信息的存储和加工 DNA的代谢：（1）基本的复制功能（2）DNA的修复、限制和 修饰 RNA的代谢 ： （1）基本的转运功能（2） 翻译 （3） RNA的降解 2 蛋白质的加工、折叠、分泌 3 细胞的结构和细胞壁的加工 4 活跃且处于中间的代谢
10
gyrB亚单位蛋白的基因 ，属于信息通路中与DNA复制、限制、修饰或修复有关的蛋白编码 基因。在大多数细菌中，以单拷贝的形式存在细菌基因组的rnpA— rmpH—dnaA—dnaN—recF—gyrB—rnpA基因簇中。编码的是唯一 一种能诱导DNA负超螺旋的拓扑异构酶一DNA促旋酶的B亚单位蛋白 GyrB。
常见的几种方法： （1）标记法 （2）吸光度法 （3）荧光强度法等
3
DNA-DNA杂交
核酸杂交目前常采用固相杂交法，将待测菌株双链核酸解成单链固定 在硝酸纤维素滤膜等固相支持物上，置入含有经标记的并解链的参照菌 株的单链核酸(探针)液中复性，形成新的双链核酸，测定杂合双链的相对 放射性强度来确定菌株问的同源性程度。
12
Kasai在对小单孢菌属(Micromonospora)15个有效描述的种和4个亚种的gyrB序 列的研究中，得到了与基于16 S rDNA序列相似的系统发育关系，但种内关系结 果不同。经过与DNA—DNA杂交的比较分析，结果表明：基于gyrB序列的分类 关系更符合DNA—DNA杂交结果。
细菌的分类及命名ppt课件
25
五、细菌的鉴定 ➢ 纯培养细菌才能进行鉴定。DNA分子水
平的鉴定主要限于专业实验室； ➢ 常规细菌鉴定沿用表型特征检测方法；
有成套检测指标的快速诊断试剂盒 商品化的细菌鉴定试剂盒有Enteotube
系统、API系统、Vitek系统等。 ➢ 有条件的单位可用PCR技术检测鉴定
26
1、分类方法 数值分类法：根据细菌的各种性状的数值
11
例如 大肠埃希菌的学名全名是： Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为 Bacillu coli，Castellani及Chalmers 于1919年改为现名。
12
金黄色葡萄球菌的学名为：
18
四、细菌分类鉴定的标准
1、长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是 其表型(phenotype)特征
形态 染色 培养 细胞壁结构 生理生化 抗原特性
这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的 作用，尤其是在临床微生物学的实中，至今仍有 应用价值。
19
2、目前微生物学界普遍考虑的分类依据 是 细 菌 的 种 系 发 生 关 系 (phylogenetic relationship)，即分析其基因特征从而 确定分类地位。
巴氏杆菌
拟杆菌
螺旋状菌
钩端螺旋体 蛇形螺旋体 密螺旋体 疏螺旋体
丝状菌
坏死杆菌
MZN染色阴性
布氏杆菌属 鹦鹉热衣原体
31
14
3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规 则读念
4、属名重复出现时，拉丁文可缩写，用 第一个字母，为避免混肴，也可用2个 字母。大肠杆菌(E.coli)
15
五、细菌的鉴定 ➢ 纯培养细菌才能进行鉴定。DNA分子水
平的鉴定主要限于专业实验室； ➢ 常规细菌鉴定沿用表型特征检测方法；
有成套检测指标的快速诊断试剂盒 商品化的细菌鉴定试剂盒有Enteotube
系统、API系统、Vitek系统等。 ➢ 有条件的单位可用PCR技术检测鉴定
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1、分类方法 数值分类法：根据细菌的各种性状的数值
11
例如 大肠埃希菌的学名全名是： Escherichia coli(Migula) Castellani et Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为 Bacillu coli，Castellani及Chalmers 于1919年改为现名。
12
金黄色葡萄球菌的学名为：
18
四、细菌分类鉴定的标准
1、长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是 其表型(phenotype)特征
形态 染色 培养 细胞壁结构 生理生化 抗原特性
这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的 作用，尤其是在临床微生物学的实中，至今仍有 应用价值。
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2、目前微生物学界普遍考虑的分类依据 是 细 菌 的 种 系 发 生 关 系 (phylogenetic relationship)，即分析其基因特征从而 确定分类地位。
巴氏杆菌
拟杆菌
螺旋状菌
钩端螺旋体 蛇形螺旋体 密螺旋体 疏螺旋体
丝状菌
坏死杆菌
MZN染色阴性
布氏杆菌属 鹦鹉热衣原体
31
14
3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规 则读念
4、属名重复出现时，拉丁文可缩写，用 第一个字母，为避免混肴，也可用2个 字母。大肠杆菌(E.coli)
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微生物第5章分类与鉴定PPT课件
18
19
2、常用分类方法 二分法 数值分类法（Numerical taxonomy）见书
3、 分子分类法： G + C 百分比的测定 核酸杂交 16 SrRNA 碱基测序
4、细菌鉴定的自动分析技术 API系统 Biolog系统
20
API细菌鉴定系统
21
适用于肠道厌氧细菌的 Enterotube鉴定系统
20世纪70年代，沃斯（Carl Woese）根据生物核糖体中 18SrRNA 和 16SrRNA 的 碱 基 序 列 将 生 物 划 分 为 3 个 “域（domain)“ 或称 “原界”：
古细菌原界（Archaea）： 甲烷菌，嗜盐菌，嗜热菌等 真细菌原界（Bacteria）： 除古细菌外的其它原核生物 真核生物原界(Eukarya)：原生生物、真菌、动物、植物
5
生物的三原界系统发育树
6
二、微生物的分类单元和命名：
1、种以上的微生物分类单元： 界（Kingdom）、门（Phylum）、 纲（Class）、目（Order）、 科（Family）、属（Genus）、 种（Species）
2、对于微生物来说，种的概念： 表型特征和包括16SrRNA在内的基因序列特征高度相
似的菌株群，而且这个菌株群和其它类群有明显差异。
3、种以下的分类概念： 菌株（strain）、模式菌株（typestrain） 亚种（subspecies） 型（form）：生物型、血清型、噬菌体型……
7
4．菌种学名
（1）按《国际细菌命名法规》命名的，国际公认， 通用的正式菌种名字。采用林奈的双名法： 学名：属名+种名加词 （字母均为斜体）
对分类意义不大
14
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19
2、常用分类方法 二分法 数值分类法（Numerical taxonomy）见书
3、 分子分类法： G + C 百分比的测定 核酸杂交 16 SrRNA 碱基测序
4、细菌鉴定的自动分析技术 API系统 Biolog系统
20
API细菌鉴定系统
21
适用于肠道厌氧细菌的 Enterotube鉴定系统
20世纪70年代，沃斯（Carl Woese）根据生物核糖体中 18SrRNA 和 16SrRNA 的 碱 基 序 列 将 生 物 划 分 为 3 个 “域（domain)“ 或称 “原界”：
古细菌原界（Archaea）： 甲烷菌，嗜盐菌，嗜热菌等 真细菌原界（Bacteria）： 除古细菌外的其它原核生物 真核生物原界(Eukarya)：原生生物、真菌、动物、植物
5
生物的三原界系统发育树
6
二、微生物的分类单元和命名：
1、种以上的微生物分类单元： 界（Kingdom）、门（Phylum）、 纲（Class）、目（Order）、 科（Family）、属（Genus）、 种（Species）
2、对于微生物来说，种的概念： 表型特征和包括16SrRNA在内的基因序列特征高度相
似的菌株群，而且这个菌株群和其它类群有明显差异。
3、种以下的分类概念： 菌株（strain）、模式菌株（typestrain） 亚种（subspecies） 型（form）：生物型、血清型、噬菌体型……
7
4．菌种学名
（1）按《国际细菌命名法规》命名的，国际公认， 通用的正式菌种名字。采用林奈的双名法： 学名：属名+种名加词 （字母均为斜体）
对分类意义不大
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最新微生物分类与鉴定分PPT课件
产生的某类特殊的生成物。例如在细菌鉴定时常测定被检
测菌是否产生H2S、吲哚、醇、有机酸，能否还原硝酸盐 能否使牛奶凝固、胨化等等。
由此产生的生化试验主要有：糖发酵实验、甲基红试验 (methyl red test,简称M．R试验）、乙酰甲基甲醇试验(V．P 试验）、靛基质试验（吲哚试验）、硫化氢试验、硝酸盐 还原试验、过氧化氢酶试验和氰化钾生化试验等。
2024/3/13
15
2. 现代分类依据： 进化的测量指征： 20世纪70年代以前，讨论进化主要
涉及高等生物，有关微生物进化很少提及。 进化指征的 选择: ① 形态学特征：
微生物可利用的形态特征少;形态特征在不同类群中进 化速度差异大，不准确。
② 分析和比较生物大分子的结构特征。
以 蛋白质、DNA、RNA作为主要指征。
2024/3/13
26
分类学上目前主要采用较为间接的比较方法——核酸 分子杂交，来比较不同微生物DNA碱基排列顺序的相似 性进行微生物的分类鉴定。核酸杂交的具体测定方法很 多，按杂交反应的环境可分为液相杂交和固相杂交两大 类。经典的方法是固相滤膜法，它需要放射性同位素。 目前最常用的方法则是复性速率法，它不需要放射性同 位素，操作简便，并有较好的重复性。
2024/3/13
18
核酸探针技术原理：两条不同来源的核酸链如果具有互补 的碱基序列，就能够特异性的结合而成为分子杂交链。据此， 将己知核苷酸序列DNA片段用同位素或其他方法标记，加入 己变性的被检DNA样品中，在一定条件下即可与该样品中有 同源序列的DNA区段形成杂交双链，从而达到鉴定样品中 DNA的目的，这种能认识到特异性核苷酸序列有标记的单链 叫DNA分子核酸探针或基因探针。制备核酸探针要注意两个 关键性的问题：要选择特异性强而又无交叉反应的核酸(DNA 或RNA)片段，可通过核酸重组和克隆以及人工合成、PCR扩 增等技术获得；其次是标记物，当前常用同位素(32P、125I、 35S等）、光生物素及地高辛(digoxigenin)标记。
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对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较；
测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多；
营养类型； 与氧的关系； 对温度的适应性； 对渗透压的适应性；对pH的适应性； 代谢产物等
伯杰氏细菌鉴定手册
1923年以来已出至第九版(1994)； 第九版伯杰氏细菌鉴定手册设立35个群，将古细菌部 改编为5个群，全书描写了约500个属。 划分为四大类：
第一类 具细胞壁的革兰氏阴性真细菌 第二类 具细胞壁的革兰氏阳性真细菌 第三类 无细胞壁的真细菌 第四类 古细菌
（二）伯杰氏系统细菌学手册 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
第一版 1984年问世，至1989年出齐，共4卷。 第二版 由George Garrity主编分为5卷，将从2000年起 陆续出版。这一版纳入了研究核糖体RNA测序所产生 的许发育)分类系统。
四、微生物分类鉴定的依据
根据微生物分类学中使用的技术和方法， 可把它们分成四个不同的水平： • ①细胞形态和行为水平； • ②细胞组分水平； • ③蛋白质水平； • ④基因组水平。 • 在微生物分类学发展的早期，主要的分类 鉴定指标是以在细胞形态和习性为主，可 称为经典的分类鉴定法
五、微生物分类鉴定的方法
生物分类的传统指标 分子生物学指标 微型、简便、快速或自动化鉴定技术 细菌特征 生理学特征 生态学特征
从不同层次，用不同学科的技术方法来研究和比较 不同微生物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现的 反映微生物类群特征的资料。
一、形态学特征
任何分离鉴定的新细菌的有关论文应在该杂志发表
二、 原核微生物分类系统
（一）《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937)
伯杰氏手册: 是目前进行细菌分类、鉴定的最重要参考书， 其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进行 鉴定所需做的实验的具体方法。
微生物的分类和鉴定
地球上的物种估计大约有150万， 其中微生物超过10万种，而且其数目还 在不断增加。
生物分类的二种基本原则：
a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种 表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标。
b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。
培养特征、 细胞形态及其染色特性、 特殊的细胞结构、 运动性、 等等
微生物分类和鉴定的重要依据：
a）易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特殊 形态结构的细菌；
b）许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相对 的稳定性；
二、生理生化特征
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关； 酶及蛋白质都是基因产物；
从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则
生物系统学(systematics)
一、分类单元及其等级
界 （Kingdom） (Regnum) 门 （Phylum） (Phylum) 纲（Class） (Classis) 目（Order） (Ordo) 科（Family） (Familia) 属（Genus） (Genus) 种（Species） (Species)
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同
亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以 细分为不同的型。（如不同血清型、噬菌型等）
菌株与型的区别： 菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分 类学依据，不同型的细菌之间存在鉴别性特征的差异，命名 或鉴定不同的型必需有分类学依据。
几种不同的书写情况：
• 属名重复出现，可缩写
如：E.coli （大肠杆菌）； S. pullorum（鸡白痢沙门氏菌）
• 只确定属名，未确定种名的某一株细菌
Salmonella sp.
• 只确定属名，未确定种名的若干菌株
Salmonella spp.
• 亚种用subsp.（正体）表示
Pasteurella multocida subsp. septica
模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。 美国典型培养物保藏中心（ATCC） 德国微生物及细胞保藏中心（DSM）
细菌分类命名权威杂志:国际系统与进化微生物学杂 志（International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,IJSEM）
4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元
微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其 他类群的菌株有很明显的区别。
二、细菌的命名
细菌的命名依据“国际细菌命名法规” 的规定， 学名用拉丁文，遵循“双名法”。所谓“双名法” 就是每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部 分构成，属名第一个字母必须大写，其余均应小 写（即使种名以人名或地名命名）。整个属名及 种名在出版物中应排成斜体。 如：Escherichia coli 属名+种名 Salmonella pullorum (S. pullorum)
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）；
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细 胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物 等。 2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微 生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；对不 同来源的同一种细菌称为该菌的不同菌株。同一种细 菌可有许多菌株，其主要性状应该完全相同，次要性 状可稍有差异，通常用地名或动物名的缩写加编号作 菌株名。
测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多；
营养类型； 与氧的关系； 对温度的适应性； 对渗透压的适应性；对pH的适应性； 代谢产物等
伯杰氏细菌鉴定手册
1923年以来已出至第九版(1994)； 第九版伯杰氏细菌鉴定手册设立35个群，将古细菌部 改编为5个群，全书描写了约500个属。 划分为四大类：
第一类 具细胞壁的革兰氏阴性真细菌 第二类 具细胞壁的革兰氏阳性真细菌 第三类 无细胞壁的真细菌 第四类 古细菌
（二）伯杰氏系统细菌学手册 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
第一版 1984年问世，至1989年出齐，共4卷。 第二版 由George Garrity主编分为5卷，将从2000年起 陆续出版。这一版纳入了研究核糖体RNA测序所产生 的许发育)分类系统。
四、微生物分类鉴定的依据
根据微生物分类学中使用的技术和方法， 可把它们分成四个不同的水平： • ①细胞形态和行为水平； • ②细胞组分水平； • ③蛋白质水平； • ④基因组水平。 • 在微生物分类学发展的早期，主要的分类 鉴定指标是以在细胞形态和习性为主，可 称为经典的分类鉴定法
五、微生物分类鉴定的方法
生物分类的传统指标 分子生物学指标 微型、简便、快速或自动化鉴定技术 细菌特征 生理学特征 生态学特征
从不同层次，用不同学科的技术方法来研究和比较 不同微生物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现的 反映微生物类群特征的资料。
一、形态学特征
任何分离鉴定的新细菌的有关论文应在该杂志发表
二、 原核微生物分类系统
（一）《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey)(1860-1937)
伯杰氏手册: 是目前进行细菌分类、鉴定的最重要参考书， 其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进行 鉴定所需做的实验的具体方法。
微生物的分类和鉴定
地球上的物种估计大约有150万， 其中微生物超过10万种，而且其数目还 在不断增加。
生物分类的二种基本原则：
a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种 表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标。
b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。
培养特征、 细胞形态及其染色特性、 特殊的细胞结构、 运动性、 等等
微生物分类和鉴定的重要依据：
a）易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特殊 形态结构的细菌；
b）许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相对 的稳定性；
二、生理生化特征
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关； 酶及蛋白质都是基因产物；
从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则
生物系统学(systematics)
一、分类单元及其等级
界 （Kingdom） (Regnum) 门 （Phylum） (Phylum) 纲（Class） (Classis) 目（Order） (Ordo) 科（Family） (Familia) 属（Genus） (Genus) 种（Species） (Species)
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同
亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以 细分为不同的型。（如不同血清型、噬菌型等）
菌株与型的区别： 菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分 类学依据，不同型的细菌之间存在鉴别性特征的差异，命名 或鉴定不同的型必需有分类学依据。
几种不同的书写情况：
• 属名重复出现，可缩写
如：E.coli （大肠杆菌）； S. pullorum（鸡白痢沙门氏菌）
• 只确定属名，未确定种名的某一株细菌
Salmonella sp.
• 只确定属名，未确定种名的若干菌株
Salmonella spp.
• 亚种用subsp.（正体）表示
Pasteurella multocida subsp. septica
模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。 美国典型培养物保藏中心（ATCC） 德国微生物及细胞保藏中心（DSM）
细菌分类命名权威杂志:国际系统与进化微生物学杂 志（International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,IJSEM）
4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元
微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其 他类群的菌株有很明显的区别。
二、细菌的命名
细菌的命名依据“国际细菌命名法规” 的规定， 学名用拉丁文，遵循“双名法”。所谓“双名法” 就是每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部 分构成，属名第一个字母必须大写，其余均应小 写（即使种名以人名或地名命名）。整个属名及 种名在出版物中应排成斜体。 如：Escherichia coli 属名+种名 Salmonella pullorum (S. pullorum)
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）；
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细 胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物 等。 2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微 生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；对不 同来源的同一种细菌称为该菌的不同菌株。同一种细 菌可有许多菌株，其主要性状应该完全相同，次要性 状可稍有差异，通常用地名或动物名的缩写加编号作 菌株名。