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宏基因二代测序技术在感染性疾病患者病原微生物鉴定中的临床应用感染性疾病是临床常见的病症，及时准确地鉴定感染源对于制定合理的治疗方案和预防传播至关重要。
传统的微生物学方法在病原微生物的鉴定上存在一些局限性，例如需要耗时较长、对于非培养微生物无法检测等问题。
宏基因二代测序技术的出现为感染性疾病患者病原微生物鉴定带来了更多可能性。
本文将介绍宏基因二代测序技术在感染性疾病患者病原微生物鉴定中的临床应用。
首先，宏基因二代测序技术具有快速高通量的特点，能够在较短的时间内获得大量的DNA序列信息。
这项技术不受细菌的培养与生长的限制，可以直接对样本中的DNA进行测序，大大缩短了传统方法中需要培养细菌的时间。
这对于急性感染病例的诊断与治疗具有重要意义，能够在更短的时间内获得鉴定结果，为医生提供更及时的决策依据。
其次，宏基因二代测序技术能够对多样本进行高通量测序，从而获得更加全面的病原微生物信息。
在传统微生物学方法中，通常只能根据症状和临床表现选择少数几种可能的病原微生物进行检测。
而宏基因测序技术不仅可以对病原微生物进行全面的筛查，还能够鉴定出潜在的未知病原微生物。
这有助于更全面地了解感染源，为临床提供更准确的治疗建议。
第三，基因序列分析技术还能够对病原微生物进行定量分析，为感染疾病患者的治疗和预后提供帮助。
通过宏基因测序技术，可以分析病原微生物的相对数量和进化情况，进而了解感染的程度以及微生物的耐药性情况等。
这有助于医生选择合适的抗生素治疗方案，并及时调整治疗以提高疗效。
此外，宏基因二代测序技术还可以用于病原微生物的全基因组测序，从而深入了解病原微生物的遗传特征和致病机理。
这将有助于对病原微生物的进化和抗药性的研究，为新的抗菌药物的开发提供技术支持，并为感染性疾病的防控提供更多可能性。
然而，目前宏基因二代测序技术在临床应用中还存在一些挑战。
首先，技术门槛较高，需要专业的实验室和设备支持，以及有经验的技术人员进行数据分析和解读；其次，数据分析和解读也面临一定的困难，如大规模数据处理、数据的准确性和结果的可靠性等；此外，宏基因测序技术的成本较高，需要进一步降低检测费用才能在临床中广泛应用。
宏基因组测序在感染性疾病病原学诊断中的应用感染性疾病一直是世界范围内疾病主要致死原因之一。
WHO监测统计数据显示，在2016年全球约5690万例死亡患者中，有3项感染性疾病（下呼吸道感染、腹泻病、结核病）位列前10大死因，共造成的死亡数约占总死亡数的10%，其中下呼吸道感染造成约300万例患者死亡，腹泻病造成约140万例患者死亡，结核病造成约130万例患者死亡。
感染性疾病的病原体十分复杂，包括细菌、病毒、真菌及寄生虫等，而在目前的临床微生物检测工作中，微生物实验室对病原体的诊断主要还是依赖自19世纪即开展的培养、染色镜检等传统检测方法，以及后续发展的核酸扩增检测（例如PCR）、分子免疫学检查（例如ELISA）等检测手段，这使得临床医生对感染性疾病的病原学诊断、病情评估及治疗方案制定等存在许多困难。
目前仍有约60%的感染性疾病病例的病原体是诊断不明的。
由于宏基因组测序（mNGS）对病原学诊断具有无偏移、全覆盖、高效率等优势，越来越多的学者尝试将其应用于临床病原学诊断之中。
在此，我们回顾了近些年宏基因组测序在病原学诊断中的临床应用进展情况。
１．临床宏基因组学宏基因组的概念最早在1998年被学者提出，指在一份独立的土壤标本中，所有微生物的基因组信息的总和，包括那些无法培养的生物体的基因组信息。
后来，宏基因组的概念不仅仅局限于描述环境来源的标本，还被逐渐沿用于描述临床来源标本中的生物遗传信息特征。
临床宏基因组学指为获取临床相关的微生物信息而对临床来源的标本中所有的核酸序列进行测序分析的一门学科间。
宏基因组测序主要是通过以新一代测序为代表的高通量测序技术，对临床来源的标本进行宏基因组学分析，以获取病原体的物种分类、血清型、耐药性、毒力等一系列生物信息。
由于宏基因组测序不依赖病原体培养结果且可以不对可疑病原体的标志核酸序列进行靶向扩增，这使得检测结果更具客观性和全面性，且更迅捷，这是对传统实验室检测手段的有效补充。
宏基因二代测序技术在感染性疾病患者中的临床应用可能问题及挑战随着宏基因二代测序技术（Metagenomic Next-Generation Sequencing，mNGS）的发展，其在感染性疾病患者中的临床应用逐渐展露出巨大的潜力。
通过对患者样本中的微生物组进行全面、高通量的测序分析，mNGS可以提供全面、高灵敏度的病原体检测和拓展了病原体谱的可能性。
然而，mNGS技术在感染性疾病临床应用中仍然面临着一些挑战和问题。
本文将重点探讨这些问题和挑战。
首先，mNGS技术在感染性疾病患者中的临床应用中可能面临的问题之一是样本处理和质量控制。
样本的提取和处理过程中的污染、损伤或杂质有可能对最终的测序结果产生重大影响。
此外，样本的特殊性（如体液类型或样品来源）也可能对mNGS技术的可行性造成限制。
其次，mNGS技术在感染性疾病患者中的临床应用中存在着数据分析和解释的挑战。
mNGS技术产生的数据庞大、复杂，需要高度专业的数据处理和分析能力。
准确地识别和鉴定病原体序列，并从大量的宿主和环境序列中准确分离，需要面临着巨大挑战。
此外，mNGS技术的高通量测序特点使其成为一种昂贵的技术，这对其在临床实践中的普及和应用可能构成挑战。
高昂的成本可能导致该技术的普及受限，使得它无法被广大医疗机构和个人广泛应用。
此外，mNGS技术在感染性疾病患者中的临床应用中还面临着对结果解读和临床意义的理解。
由于mNGS技术所获得数据的复杂性，解读数据并将其转化为具有临床意义的信息是一个具有挑战的过程。
因此，进一步发展相关的数据分析和解读算法，促进临床实践中对mNGS技术结果的解释变得尤为关键。
最后，伴随着mNGS技术的迅速发展，其在感染性疾病患者中的临床应用还需要建立相关的技术标准和规范。
确保实验的可重复性和结果的可比较性，以及统一数据分析和解读的标准对于推动该技术的临床应用至关重要。
总而言之，宏基因二代测序技术在感染性疾病患者中的临床应用具有重要的意义，但也面临着一些挑战和问题。
宏基因二代测序技术在感染性疾病早期诊断中的潜在优势感染性疾病是一类由病原微生物引起的疾病，如细菌、病毒、真菌等。
早期诊断对于感染性疾病的治疗和预防具有重要意义。
近年来，宏基因二代测序技术在感染疾病早期诊断中显示出巨大的潜在优势。
本文将重点探讨宏基因二代测序技术在感染性疾病早期诊断中的优势。
首先，宏基因二代测序技术具有高通量的优势。
相比于传统的Sanger测序技术，宏基因二代测序技术能够同时测序多个样本，而且每个样本可以得到数百万到数十亿个读取序列，大大提高了基因组的覆盖度和检测灵敏度。
这种高通量特性使得宏基因二代测序技术能够检测极低浓度的病原微生物，同时还能够对样本中存在的多个致病微生物进行全面检测。
其次，宏基因二代测序技术能够揭示微生物的多样性和组成。
微生物群落的多样性和组成对于感染性疾病的早期诊断至关重要。
通过宏基因二代测序技术，可以通过分析样本中的16S rRNA基因序列或ITS基因序列，了解不同微生物的相对丰度和组成。
这不仅可以帮助确定感染性疾病的病原微生物，还可以揭示微生物群落的演变过程，为疾病早期预防和治疗提供重要参考。
此外，宏基因二代测序技术还具有高时效性和高精度性。
传统的微生物分离和培养方法需要较长时间来获得结果，而宏基因二代测序技术可以在较短的时间内完成检测和分析。
这对于感染性疾病的早期诊断非常重要，可以帮助医生更早地制定治疗方案，从而提高治疗效果。
而且，宏基因二代测序技术的高精度性也使得其结果更加可靠，有助于避免误诊和漏诊的情况。
另外，宏基因二代测序技术还具有良好的可扩展性和广泛的应用领域。
宏基因二代测序技术可以应用于不同种类和来源的样本中，包括血液、尿液、呼吸道样本等。
同时，由于它能够检测到微生物群落的整体组成，宏基因二代测序技术也可以应用于监测环境中的病原微生物，如水源、土壤等。
这些特点使得宏基因二代测序技术在感染性疾病早期诊断以及环境监测方面具有广泛的应用前景。
综上所述，宏基因二代测序技术在感染性疾病早期诊断中具有潜在优势。
《宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识》（2021）要点感染性疾病一直备受临床关注。
新型冠状病毒肺炎全球大流行，给世界经济和人类健康带来严峻挑战，更让病原的精准快速检测成为关注的热点。
近年来，因物价、政策等方面的灵活性，独立实验室已广泛开展基于高通量测序（也称新一代测序技术，NGS）的病原学检测实验。
NGS技术应用的成功案例，对部分感染性疾病的病原学诊断起到决定性作用。
然而目前，临床对NGS应用的适应证认识不足，送检存在较大的盲目性和随意性；操作过程复杂，缺乏规范；提供检验的主体多元而检测质量良莠不齐；结果解释缺乏可信的标准，误导临床的案例屡见不鲜，限制了该技术的临床应用和普及。
一、共识制定过程二、分类和术语（一）分类宏基因组高通量测序技术（mNGS）通过对临床样本的DNA或RNA 进行鸟枪法测序，可以无偏倚地检测多种病原微生物（包括病毒、细菌、真菌和寄生虫）。
二代和三代测序平台均可用于该项技术。
按从临床样本中提取的核酸类型可以分为宏基因组测序和宏转录组测序。
按照测序模式可以分为单端测序和双端测序。
（二）术语和定义NGS：也称高通量测序，是一种可以同时对数十万到数百万条DNA分子序列进行读取的测序技术。
mNGS：m指宏基因组，也称元基因组，是标本中全部生物（人、微生物）基因组的总称。
诊断宏基因组学：指用于临床诊断目的的宏基因组学。
临床宏基因组学：含义与诊断宏基因组学类似，但应用场景更为广泛。
微生物组：指某一个系统、生态环境或特定区域中全部微生物的总和。
试剂盒基因组：游离脱氧核糖核酸（cfDNA）：读长：文库：比对：深度：覆盖率：相对丰度：Q值：标定对照：无模板对照：检出限（LOD）：正常无菌部位：三、mNGS技术应用于感染性疾病的适应证（一）临床适应证共识1对常规微生物学检查容易明确病原体的感染，如尿路感染通过尿培养手段，不建议mNGS。
共识2患者表现为发热或发热症候群，病因未明确（符合不明原因发热定义），考虑感染或不除外感染，但规范性经验抗感染治疗无效，考虑应用常规技术检测的同时，或在其基础上，开展mNGS。
宏基因二代测序技术在感染性疾病诊断中的临床应用价值随着人口增长和生活方式的改变，感染性疾病对人类健康和社会经济造成越来越大的威胁。
传统的病原体检测方法存在着检测范围有限、检测时间长、灵敏度不高等缺点。
近年来，宏基因二代测序技术的出现为感染性疾病的诊断和治疗提供了新的方法和思路。
宏基因二代测序技术是一种高通量的测序技术，能够同时对复杂微生物群体中的DNA或RNA进行快速、准确的鉴定和定量分析。
与传统的基因测序方法相比，宏基因测序技术具有高通量、高分辨率、高灵敏度、多样性测定等优点。
在感染性疾病的诊断中，它可以用来对病原体的多样性及组成结构进行全面而深入的分析，为临床医生提供更好的病原学信息，从而有助于更准确地指导治疗方案的选择和调整。
首先，宏基因二代测序技术能够发现新的病原体。
感染性疾病的病原体种类非常多样，而且不断有新的病原体产生。
传统的病原体检测方法往往只能检测到已知的病原体，而对于未知的病原体往往无法进行准确的诊断，这给临床带来了很大的挑战。
而宏基因测序技术通过对样本中的DNA或RNA进行高通量测序，可以无偏差地发现未知的病原体，为感染性疾病的诊断提供了更全面的信息，有助于更准确地确定治疗方案。
其次，宏基因二代测序技术能够进行病原体的定量分析。
在感染性疾病的治疗过程中，病原体的定量信息对于评估疾病的严重程度和监测治疗效果非常重要。
传统的病原体检测方法往往只能提供病原体的阳性或阴性结果，无法提供具体的定量信息。
而宏基因测序技术可以通过对样本中的病原体DNA或RNA进行定量分析，计算出病原体的相对丰度，从而更准确地评估感染的严重程度和监测治疗效果。
此外，宏基因二代测序技术可以帮助鉴定病原体的耐药性。
感染性疾病的治疗中，病原体的耐药性是一个非常重要的因素。
传统的病原体检测方法往往只能确定病原体的种类，而无法判断其耐药性。
而宏基因测序技术可以通过对病原体的全基因组进行测序分析，可以准确地鉴定病原体的耐药基因、耐药突变位点等信息，为个体化治疗提供指导，从而在治疗中更加精准地选择合适的抗生素。
微循环学杂志,2021,31(2):70-73,78©2021CHINESE JOURNAL OF MICROCIRCULATIONdoi:10.3969/j.issn.1005—1740.2021.02.015宏基因组二代测序在感染性疾病中的应用进展兴胡晓熠综述王惠明#审校［中图分类号］R446［文献标识码］A［文章编号］1005—1740(2021)02—0070—05【摘要】感染性疾病的病原体种类很多，临床表现复杂多样。
快速、准确、全面地检测感染病原体，有利于临床个体化、针对性治疗。
传统检测方法存在目标单一、耗时长等局限，很难满足临床诊治感染性疾病的要求。
宏基因组二代测序(mNGS)作为一项新的测序技术，对细菌、真菌、病毒、寄生虫等病原体引起的新发传染病、疑难感染性疾病等，可提高诊断效率、敏感性及准确性，具有一定的先进性和良好的应用基础。
【关键词】宏基因组测序；感染性疾病；病原体Application and Progress of Metagenomic Sequencing in Detecting the Pathogens of Infectious Diseases HU Xiao-yi,Wang Hu-ming井Department of Nephrology,Renmin Hospital of Wuhan University,Wuhan430060,China；井Corresponding author【Abstract】There is a wide variety of pathogens in infectious diseases with complex and diversified clinical manifestations.A rapid,a ccurate and comprehensive detection of infectious agents is beneficial to clinical individualization and targeted treatment.Traditional detection methods have limitations including singular aim and time-consuming,making it very hard to meet the demands of clinical diagnosis and management of infectious diseases.A s a new sequencing technology,macrogenomic second-generation sequencing(mNGS)has a certain advanced and good application basis to improve the diagnostic efficiency,sensitivity and accuracy in the diagnosis and treatment of pathogens like bacteria,fungi,viruses and parasites,emerging infectious diseases and difficult infectious diseases.【Keywords】Metagenomic sequencing；Infectious diseases；Pathogen感染性疾病为临床常见疾病，其防治重要性日益凸显，而相关病原体常规检测方法存在周期长,阳性率低等缺点，难以满足临床需求。
中国人工关节感染诊断与治疗指南中华医学会骨科学分会关节外科学组《中国PJI诊断和治疗指南》编写委员会人工关节感染（prosthetic joint infection，PJI）是人工关节置换术后的严重并发症，会给患者带来沉重的生理、心理及经济负担。
随着我国人工关节置换手术量迅速增加，PJI病例数量也日益增多，关节外科医师面临着巨大挑战。
近年来，PJI的预防、诊断及治疗等诸多方面受到越来越多的关注。
一方面，随着 PJI的相关基础和临床研究愈加深入，一些新的辅助诊断方法已常规应用于临床诊疗，也有新的诊断标准被提出并接受更大范围的验证，还有新的治疗方案正在接受更高循证医学证据等级的临床研究检验，我们对 PJI有了更全面、正确的认识。
而另一方面，PJI的诊治仍存在许多问题尚未得到很好的理解与阐释，许多方面存在较大的意见分歧与争议，给临床医师的诊疗工作带来诸多困惑。
准确的诊断与合理规范的治疗是提高PJI治愈率、降低复发率与致残率、恢复肢体功能的关键，目前基层医师对于有较高可操作性的临床实践指南的需求十分迫切。
在上述背景下，中华医学会骨科学分会关节外科学组组织国内PJI领域专家，组成《中国人工关节感染诊断与治疗指南》编写委员会，充分征询各方意见，列出临床实践工作中最受关注和最迫切需要指导的一系列问题，检索国内外文献资料，尤其关注国内学者的相关研究成果，整合专家经验，总结编写成《中国人工关节感染诊断与治疗指南》，希望能为广大国内同道在PJI的诊治方面提供有价值的参考信息和意见。
PJI的诊断一、PJI的定义PJI是指发生在人工关节植入部位并累及人工关节假体及其临近组织的感染。
PJI由微生物侵入关节部位引起，通过微生物、植入材料和宿主之间复杂的相互作用，表现出一系列病理生理学改变和临床症状。
PJI 的诊断需结合临床表现、血清及关节液化验结果、微生物培养、假体周围组织组织学检查及术中表现进行综合评价。
临床诊疗中，很难根据单一辅助检查指标做出明确诊断。
［收稿日期］ ２０２０－０４－１６［基金项目］ 福建省自然科学基金会资助（２０１８Ｉ０００６，２０１８Ｙ４００３）［作者简介］ 蔡渊卿（１９９３－），男（汉族），福建省泉州市人，硕士研究生，主要从事骨与关节感染研究。
［通信作者］ 张文明 Ｅ ｍａｉｌ：ｚｈａｎｇｗｍ０５９１＠ｆｊｍｕ．ｅｄｕ．ｃｎ犇犗犐：１０．１２１３８／犼．犻狊狊狀．１６７１－９６３８．２０２１６０７５·论著·全髋关节置换术后罕见嗜沫凝聚杆菌感染———个案报告并文献复习蔡渊卿１，方心俞１，黄子达１，张超凡１，李文波１，杨 滨２，张文明１（福建医科大学附属第一医院 １．骨科；２．检验科，福建福州 ３５０００５）［摘 要］ 人工关节感染是关节置换术后严重的并发症。
嗜沫凝聚杆菌为苛养菌，某院收治的一例全髋关节置换术后髋关节穿刺液宏基因组二代测序及１６Ｓ聚合酶链反应（ＰＣＲ）检测均检出该菌，根据其检测结果对术中标本进行优化培养，最终培养出该菌并进行药敏检测。
经人工髋关节二期翻修术及敏感抗菌药物治疗后，该患者成功治愈。
此文就该例全髋关节置换术后罕见嗜沫凝聚杆菌感染病例进行报告及文献复习。
［关 键 词］ 全髋关节置换；人工关节感染；嗜沫凝聚杆菌；宏基因组二代测序［中图分类号］ Ｒ６１９＋．３犚犪狉犲狆狉狅狊狋犺犲狋犻犮犺犻狆犼狅犻狀狋犻狀犳犲犮狋犻狅狀犮犪狌狊犲犱犫狔犃犵犵狉犲犵犪狋犻犫犪犮狋犲狉犪狆犺狉狅狆犺犻犾狌狊犪犳狋犲狉狋狅狋犪犾犺犻狆犪狉狋犺狉狅狆犾犪狊狋狔：犪犮犪狊犲狉犲狆狅狉狋犪狀犱犾犻狋犲狉犪狋狌狉犲狉犲狏犻犲狑犆犃犐犢狌犪狀 狇犻狀犵１，犉犃犖犌犡犻狀 狔狌１，犎犝犃犖犌犣犻 犱犪１，犣犎犃犖犌犆犺犪狅 犳犪狀１，犔犐犠犲狀 犫狅１，犢犃犖犌犅犻狀２，犣犎犃犖犌犠犲狀 犿犻狀犵１（１．犇犲狆犪狉狋犿犲狀狋狅犳犗狉狋犺狅狆犲犱犻犮犛狌狉犵犲狉狔；２．犇犲狆犪狉狋犿犲狀狋狅犳犔犪犫狅狉犪狋狅 狉狔犕犲犱犻犮犻狀犲，犜犺犲犉犻狉狊狋犃犳犳犻犾犻犪狋犲犱犎狅狊狆犻狋犪犾狅犳犉狌犼犻犪狀犕犲犱犻犮犪犾犝狀犻狏犲狉狊犻狋狔，犉狌狕犺狅狌３５０００５，犆犺犻狀犪）［犃犫狊狋狉犪犮狋］ Ｐｒｏｓｔｈｅｔｉｃｊｏｉｎｔｉｎｆｅｃｔｉｏｎ（ＰＪＩ）ｉｓａｓｅｒｉｏｕｓｃｏｍｐｌｉｃａｔｉｏｎａｆｔｅｒｊｏｉｎｔａｒｔｈｒｏｐｌａｓｔｙ．犃犵犵狉犲犵犪狋犻犫犪犮狋犲狉犪狆犺狉狅狆犺犻犾狌狊（犃．犪狆犺狉狅狆犺犻犾狌狊）ｉｓａｆａｓｔｉｄｉｏｕｓｂａｃｔｅｒｉａ，ｗｈｉｃｈｗａｓｄｅｔｅｃｔｅｄｆｒｏｍｈｉｐｊｏｉｎｔｐｕｎｃｔｕｒｅｆｌｕｉｄａｆｔｅｒｔｏｔａｌｈｉｐａｒｔｈｒｏｐｌａｓｔｙｏｆａｐａｔｉｅｎｔｉｎａｈｏｓｐｉｔａｌｂｙｂｏｔｈｍｅｔａｇｅｎｏｍｉｃｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（ｍＮＧＳ）ａｎｄ１６Ｓｐｏｌｙ ｍｅｒａｓｅｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎ（１６ＳＰＣＲ）ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ，ｔｈｅｏｐｔｉｍａｌｃｕｌｔｕｒｅｏｆｉｎｔｒａｏｐｅｒａｔｉｖｅｓｐｅｃｉｍｅｎｗａｓｐｅｒｆｏｒｍｅｄａｃｃｏｒｄｉｎｇｔｏｔｈｅｄｅｔｅｃｔｉｏｎｒｅｓｕｌｔｓ，犃．犪狆犺狉狅狆犺犻犾狌狊ｗａｓｃｕｌｔｕｒｅｄｆｉｎａｌｌｙａｎｄａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙｔｅｓｔｉｎｇｗａｓｐｅｒｆｏｒｍｅｄ．Ａｆｔｅｒｔｗｏ ｓｔａｇｅｒｅｖｉｓｉｏｎｏｆｈｉｐａｒｔｈｒｏｐｌａｓｔｙａｎｄｓｕｓｃｅｐｔｉｂｌｅａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌｔｒｅａｔｍｅｎｔ，ｔｈｅｐａｔｉｅｎｔｗａｓｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌｌｙｃｕｒｅｄ．Ｔｈｉｓｐａｐｅｒｒｅｐｏｒｔｓａｎｄｃｏｎｄｕｃｔｓｌｉｔｅｒａｔｕｒｅｒｅｖｉｅｗｏｎａｒａｒｅｃａｓｅｏｆ犃．犪狆犺狉狅狆犺犻犾狌狊ｉｎｆｅｃｔｉｏｎａｆｔｅｒｔｏｔａｌｈｉｐａｒｔｈｒｏｐｌａｓｔｙ．［犓犲狔狑狅狉犱狊］ ｔｏｔａｌｈｉｐａｒｔｈｒｏｐｌａｓｔｙ；ｐｒｏｓｔｈｅｔｉｃｊｏｉｎｔｉｎｆｅｃｔｉｏｎ；犃犵犵狉犲犵犪狋犻犫犪犮狋犲狉犪狆犺狉狅狆犺犻犾狌狊；ｍｅｔａｇｅｎｏｍｉｃｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ 人工关节感染（ｐｒｏｓｔｈｅｔｉｃｊｏｉｎｔｉｎｆｅｃｔｉｏｎ，ＰＪＩ）是关节置换术后严重并发症［１］，常需要多次清创手术及长疗程的抗菌药物治疗。
送检mNGS宏基因组二代测序报告情况、标本类型、送检保存要求、标本运输要求、测序情况、内容解释、微生物致病概率分级及解读宏基因组二代测序(mNGS) 是基于核酸检测的微生物鉴定技术其非预设性、高通量等优点而得到广泛应用。
下呼吸道感染主要包括社区获得性肺炎、医院获得性肺炎、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等类型，临床表现多样，感染微生物种类复杂，感染和定植鉴别困难，加之mNGS 技术本身存在的局限性，mNGS 诊断效力的发挥有赖于选择恰当患者、采用适宜标本以及进行合理解读。
需送检mNGS情况(1) 免疫抑制宿主疑似发生LRTI 且临床表现提示非CAP 常见病原微生物所致者；(2) LRTI 患者发病初期即出现需要使用血管活性药物的感染性休克、需要有创机械通气的呼吸衰竭、多脏器功能不全等危及生命的状况时；LRTI 经规范经验性抗感染治疗48—72 h 后，感染症状仍持续加重或影像学快速进展者；(3) 聚集性发病疑似具有传染性、但无法明确病原体的LRTI；有特殊病史且经验性治疗无效，病情较为严重的LRTI；临床考虑特殊病原体(感染且病势迅疾或迁延者，常规培养困难或所在医疗机构无法提供可靠的传统检测方案时；(4) 患者有LRTI 症状或影像表现，经规范抗感染治疗后病灶吸收延迟、病程迁延，需鉴别是否由非感染性疾病所致，可以在常规病原微生物检测、感染生物标志物、病理等相关检查同时送检mNGS 以帮助鉴别诊断。
不建议送检 mNGS情况(1) 免疫功能健全宿主罹患LRTI（包括重症肺炎)，经过规范的经验性抗感染治疗病情已好转；(2) LRTI 已通过其他方法获得病原学结果，与临床特点相符，或针对性治疗有效；(3) 无法获取优质标本。
mNGS 标本类型在LRTI 的病原微生物诊断中，可用于mNGS 检测的标本包括痰(含诱导痰)、气管吸引物、支气管肺泡灌洗液（BALF）、经支气管肺活检（TBLB）标本、经支气管内超声（EBUS）活检标本、经皮肺穿刺活检标本、血液等。
