31个种源东部白松SRAP指纹图谱分析
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31种石斛属植物及金石斛遗传多样性SRAP 分析及DNA指纹图谱研究作者:张迎辉凡莉莉杜溶讫谢德金杨旺利陈礼光郑郁善来源:《热带作物学报》2022年第10期摘要:石斛屬(Dendrobium Sw.)为兰科(Orchidaceae)兰亚科(Subfam. Orchidoideae)植物,在我国有着广泛的分布与应用,多用于名贵中药材和观赏植物,具有较高的经济价值。
由于苛刻的生长条件加上过度的开发利用,导致野生石斛资源破坏严重,大部分种类已近枯竭,这也导致市场上出现的石斛种质混杂、真伪鉴定困难等问题亟待解决。
石斛属植物遗传多样性的研究和数字指纹图谱的建立,可以为石斛的品种鉴定与分类、良种选择与保护提供理论依据,对保护药用植物生物多样性也具有十分重要的意义。
以31种石斛属植物及金石斛(Flickingeria comata)为研究对象,应用SRAP-PCR分子标记技术对其开展遗传多样性分析并构建DNA指纹图谱。
结果表明:利用筛选出来的15对引物进行扩增,共扩增出264个位点,其中多态性位点为251个,平均每对引物扩增出16.73个多态性位点,多态比率达95.08%,其中Me2-Em5、Me4-Em3、Me4-Em5、Me7-Em3、Me7-Ee7等5对引物的多态百分率均为100%,这些引物组合对石斛种类的鉴别效率较高;经过计算31种石斛属植物与金石斛间的观测等位基因数(N a)为1.784,有效等位基因数(N e)为1.430,Nei’s基因多样性指数(H)为0.202,Shannon’s信息指数(I)为0.386,石斛种间存在较高的遗传变异度与丰富的遗传多样性水平;其遗传相似系数的变化范围为0.591~0.851,亲缘关系较近,当遗传相似性系数为0.660时,金石斛单独聚为一类,当遗传相似性系数为0.724时,可将31个石斛属植物进一步分为10组;构建DNA指纹图谱可单独鉴别出31种石斛属植物以及金石斛,为石斛遗传背景分析和快速鉴别石斛种类提供科学依据。
不同产地丹参药材HPLC指纹图谱分析及4种菲醌类成分含量的比较袁晓;高俊飞;袁萍【期刊名称】《植物资源与环境学报》【年(卷),期】2012(21)4【摘要】HPLC analysis on medicinal materials of Salvia miltiorrhizaBge.from seven locations was carried out and its common pattern of HPLC fingerprint was determined.On these bases, relative content of four phenanthraquinone compounds including dihydrotanshinone Ⅰ , tanshinone Ⅰ , cryptotanshinone and tanshinone H A in medicinal materials of tiorrhiza from seven locations were compared.The results show that HPLC chromatogram of medicinal materials from different locations all contain twenty-one peaks, in which there are eight common peaks.And the relative retention time of common peaks is almost same with the RSD value lower than 0.086% , but the difference in their relative peak area is obvious.Taking No.4 peak (dihydrotanshinone Ⅰ ) as the reference peak, the common pattern of HPLC fingerprint of medicinal materials of tiorrhiza is constructed initially.And the similarity of HPLC fingerprints of medicinal materials of tiorrhiza from seven locations to the common pattern is better with the similarity value of 0.916-0.973.There is obvious difference in relative content of four phenanthraquinone compounds in medicinal materials of tiorrhiza from different locations,in which, those from He' nan all are the highest, while those from Hebei all are the lowest.Otherwise, the proportion of the four compounds in medicinal materials from different location has obvious difference,too.According to the experimental results, it is suggested that the common pattern of the HPLC fingerprint can be used as one of standards for quality control and identify authenticity of medicinal materials of tiorrhiza.%对7个产地丹参(Salvia miltiorrhiza Bge.)药材进行了HPLC分析并确定了其指纹图谱的共有模式谱,在此基础上比较了7个产地丹参药材中4种菲醌类成分(二氢丹参酮Ⅰ、丹参酮Ⅰ、隐丹参酮和丹参酮ⅡA)的相对含量.结果表明:来源于不同产地的丹参药材的HPLC图谱均有21个峰,其中有8个共有峰;各共有峰的相对保留时间基本相同,RSD值均小于0.086%;但相对峰面积差异明显.以4号峰(二氢丹参酮Ⅰ)为参照峰,初步构建了丹参药材的HPLC指纹图谱的共有模式谱,7个产地丹参药材的HPLC指纹图谱与共有模式谱的相似性良好,相似度值为0.916 ~ 0.973.不同产地丹参药材中4种菲醌类成分的相对含量有明显差异,其中,河南产药材中4种菲醌类成分含量均最高,而河北产药材中均最低;此外,不同产地丹参药材中4种成分的组成比例也有明显差异.根据实验结果,建议将丹参药材的HPLC指纹图谱的共有模式谱作为丹参药材质量控制和真伪辨别的标准之一.【总页数】5页(P62-66)【作者】袁晓;高俊飞;袁萍【作者单位】中国科学院武汉植物园,湖北武汉430074;中国科学院武汉植物园,湖北武汉430074;中国科学院武汉植物园,湖北武汉430074【正文语种】中文【中图分类】Q946.8;R284.1【相关文献】1.不同产地丹参药材中丹参酮ⅡA含量比较 [J], 王东青;杨振翔;齐凤芹2.不同产地丹参药材中丹参酮ⅡA和丹酚酸B含量比较 [J], 陈彻;王勇;王晶;李海龙;杨雅丽;王芳;楚惠媛3.不同产地丹参药材的丹参酮ⅡA含量比较研究 [J], 周红艳;陈赛贞;李兆奎4.不同产地丹参药材中丹参酮ⅡA及丹参素的含量比较 [J], 严红;高扬;郭伟;程筠5.对不同品种、不同产地丹参药材中原儿茶醛及丹参素含量的比较分析 [J], 马家燕因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
202315基于SRAP分子标记的果桑种质资源遗传多样性分析孙秀秀1,2林夏1,2王景飞1,2翁春雨1,2张永豪1,2陈宣1,2*(1海南省农业科学院热带园艺研究所,海南海口571100;2海南省热带特种经济植物种质资源创新利用重点实验室,海南海口571100)摘要为探索果桑种质之间的亲缘关系,选取适宜海南地区生长的34份果桑资源,通过可靠的SRAP分子标记技术,进行果桑种质的遗传多样性分析研究。
结果表明:从100对SRAP引物组合中筛选获得16对扩增多态性高的引物组合,共扩增清晰的条带108条,其中多态性条带93条,平均多态性比率为84.96%,平均每对引物组合扩增6.75条。
平均观测等位基因数为1.8704,平均有效等位基因数为1.5200,平均Nei′s基因多样性指数为0.3022,平均Shannon′s信息指数为0.4510。
遗传相似系数为0.49~0.95,表明34份果桑种质之间遗传多样性比较高。
根据UPGMA聚类树状图,在遗传相似系数为0.32处,供试34份果桑种质可归属为五大类群,其中第Ⅰ类群27份,占79.41%,包括大部分果桑供试材料;第Ⅱ类群3份种质,占8.82%,分别为嘉陵30号、云桑2号、本地桑HNQZ01(采自海南琼中);第Ⅲ类群和第Ⅳ类群各1份种质,分别为红宝石和长果桑,均占到2.94%;第Ⅴ类群包括2份种质,分别为香金葚、长相思,占5.88%。
本研究结果可为果桑种质资源的鉴定、评价及优良品种选育提供科学依据。
关键词果桑;SRAP标记;种质资源;遗传多样性中图分类号S663.9文献标识码A文章编号1007-5739(2023)15-0073-06DOI:10.3969/j.issn.1007-5739.2023.15.020开放科学(资源服务)标识码(OSID):Genetic Diversity Analysis of Fruit Mulberry Germplasm Resources Based on SRAPMolecular MarkersSUN Xiuxiu1,2LIN Xia1,2WANG Jingfei1,2WENG Chunyu1,2ZHANG Yonghao1,2CHEN Xuan1,2*(1Institute of Tropical Horticulture,Hainan Academy of Agricultural Sciences,Haikou Hainan571100;2Hainan Key Laboratory for Innovative Development and Utilization of Tropical Special Economic Plants,Haikou Hainan571100)Abstract In order to explore the genetic relationships among fruit mulberry germplasms,34fruit mulberry germplasm resources suitable for growth in Hainan were selected to analyze the genetic diversity of fruit mulberry germplasm by using reliable SRAP molecular marker technology.The results showed that16pairs of highly polymorphic primers were selected from100pairs of SRAP primer combinations.A total of108clear bands were amplified,including 93polymorphic bands,with an average polymorphism rate of84.96%,and an average of6.75bands were amplified per pair of primer combinations.The average observed allele number was1.8704,the average effective number of alleles was1.5200,the average Nei′s genetic diversity index was0.3022,the average Shannon′s information index was0.4510. The genetic similarity coefficient was0.49-0.95,indicating that the genetic diversity of34fruit mulberry germplasm was relatively high.According to UPGMA clustering tree map,34fruit mulberry germplasm samples could be classified into five groups at the genetic similarity coefficient of0.32,among which,27samples were from GroupⅠ,accounting for79.41%,including most of the fruit mulberry materials.Three germplasm of GroupⅡ,which were Jialing No.30,基金项目海南省省属科研院所技术创新专项“技术创新科研”(jscx202011);农业基础性长期性科技工作观测监测专项(NAES078GR09);海南省农业科学院院本级科研项目(HAAS2022PT0206)。
利用SRAP标记分析日本落叶松2代优树的遗传多样性汪成成【摘要】为研究日本落叶松2代优树间的遗传多样性,该文利用SRAP分子标记的方法对选择的80个样本进行了遗传多样性分析.结果表明:筛选出的8对引物共扩增出235条DNA条带,其中多态性条带223条,多态性百分率为94.89%,每对引物可扩增出20~37条多态性条带,平均每对引物扩增的多态性条带数为29.4条.利用UPGMA法进行聚类,当相似系数为0.824时将80个日本落叶松种质材料划分为4个类群.聚类基本与子一代的亲缘关系符合,类群间遗传基础较狭窄,亲缘关系较近,为日后建立日本落叶松2代种子园的工作提供了理论依据.【期刊名称】《辽宁林业科技》【年(卷),期】2017(000)002【总页数】7页(P19-24,37)【关键词】日本落叶松;2代优树;遗传多样性;SRAP【作者】汪成成【作者单位】辽宁省林业科学研究院,辽宁沈阳 110032【正文语种】中文【中图分类】S791.223日本落叶松Larix kaempferi系松科落叶松属乔木,因其适应性强、生长快、材质好、用途广,生长量远远地超过了乡土树种长白落叶松和华北落叶松,已成为我国北方地区引种最成功的造林树种之一。
日本落叶松的苗木主要是靠种子园或母树林产种获得,日本落叶松优树选择和初级种子园营建工作早在1963年就开始了,但是初级种子园是按表型选择的优株建成的。
由于选优林地生态环境条件较复杂,造成表型选择误选率较高,不经子代测定就全部纳入种子园的构建,不可避免地影响了种子园的总体遗传水平。
以往主要是依靠子代测验来评估种子园遗传增益,由于组成种子园优树的不同,这种评价往往不能真实地体现种子园的总体遗传水平,对于种质资源保护和遗传改良都非常不利[1-2]。
本研究欲通过SRAP分子标记技术对日本落叶松2代优树的遗传多样性进行评价,力求在日本落叶松2代种子园的建成中,既获得较高的遗传增益,又具有较高的遗传多样性。
SRAP和SSR标记构建的甘蓝型油菜品种指纹图谱比较文雁成;王汉中;沈金雄;刘贵华【期刊名称】《中国油料作物学报》【年(卷),期】2006(28)3【摘要】利用SRAP(sequence-related amplified polymorphism)和SSR标记构建了甘蓝型油菜品种指纹图谱,并对两种标记方法进行了比较.结果表明:(1)每对SRAP引物扩增出20.36个条带,其中4.44个是清晰、易于辩认的多态性带;每对SSR引物扩增出3.88个条带,均为多态性条带.(2)采用25对SRAP和SSR引物分别构建40个和75个品种的特异指纹图谱,SRAP指纹中具有特异图谱的比例(82.5%和50.7%)高于SSR指纹图谱的结果(60.0%和44.4%).品种数越多具有特异指纹的品种越少.(3)运用引物组合法构建品种指纹图谱,大大地提高了指纹图谱的特异性.25对SSR引物组合扩增97个多态性谱带,两个不同的品种具有相同谱带的概率只有6.3108×10-30.组合指纹图谱比组合数码图谱更直观.与SRAP标记相比,SSR 标记以其扩增谱带少、易于识别和统计而更适合用于引物组合法构建品种指纹图谱.【总页数】7页(P233-239)【作者】文雁成;王汉中;沈金雄;刘贵华【作者单位】中国农业科学院油料作物研究所,湖北,武汉430062;河南省农业科学院棉花油料作物研究所,河南,郑州450002;中国农业科学院油料作物研究所,湖北,武汉430062;中国农业科学院油料作物研究所,湖北,武汉430062;中国农业科学院油料作物研究所,湖北,武汉430062【正文语种】中文【中图分类】S565.403【相关文献】1.利用SRAP、SSR和AFLP标记构建甘蓝型油菜遗传连锁图谱 [J], 李媛媛;沈金雄;王同华;傅廷栋;马朝芝2.基于EST-SSR及SRAP标记构建苦荬菜品种(系)DNA指纹图谱 [J], 班骞;谢彩云;范国华;黄琳凯;张新全3.SSR、SRAP、ISSR分子标记在茶树品种亲本鉴定上的比较分析 [J], 刘振;赵洋;杨培迪;成杨;宁静;杨阳4.利用ISSR和SRAP分子标记技术构建红优甜瓜指纹图谱 [J], 张永平;范红伟;张文献;顾海峰;陈幼源5.甘蓝型油菜SRAP、SSR、AFLP和TRAP标记遗传图谱构建 [J], 金梦阳;刘列钊;付福友;张正圣;张学昆;李加纳因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
利用ISSR和SRAP分子标记技术构建红优甜瓜指纹图谱张永平;范红伟;张文献;顾海峰;陈幼源【摘要】为构建红优甜瓜指纹图谱,采用ISSR和SRAP两种分子标记技术,对红优进行分析.试验结果表明,1对SRAP引物(Me15-Em8)和2个ISSR引物(I-8和I-19)可扩增出红优甜瓜双亲的互补特征带,1个ISSR引物(I-19)可以区分出与红优相同类型的5个甜瓜品种,从而建立了红优甜瓜的指纹图谱,为该品种的知识产权保护提供了重要手段.【期刊名称】《上海蔬菜》【年(卷),期】2018(000)002【总页数】4页(P68-71)【关键词】SRAP;ISSR;红优甜瓜;指纹图谱【作者】张永平;范红伟;张文献;顾海峰;陈幼源【作者单位】上海市农业科学院园艺研究所,上海市设施园艺技术重点实验室,上海奉贤201403;上海市农业技术推广服务中心,上海闵行201103;上海市农业技术推广服务中心,上海闵行201103;上海市嘉定区农业技术推广服务中心,上海嘉定201800;上海市农业科学院园艺研究所,上海市设施园艺技术重点实验室,上海奉贤201403【正文语种】中文【中图分类】S602.3甜瓜(Cucumis melo L.)为葫芦科甜瓜属中的1个栽培种,是重要的经济作物,国内外广泛栽培。
甜瓜在人工杂交制种过程中,因去雄不及时或不彻底,常混有母本自交系种子,同时甜瓜品种较为繁杂,且品种之间的植物形态非常接近,品种间的种子很难鉴别。
传统的甜瓜种子鉴别方法是通过表型特征来判断,该方法耗时耗力;通过同工酶和种子蛋白电泳技术进行鉴别也受环境或甜瓜发育阶段等影响,存在较大的缺点。
而分子标记技术检测的是在基因组DNA水平上的差异,不受外界环境的影响,因此检测结果非常稳定[1]。
在已建立的分子标记技术中,ISSR(简单序列重复区间)标记是1种基于微卫星序列发展起来的十分有效的分子标记,具有模版需要量少、无需试剂盒、结果记录方便、试验成本低、操作简单、试验稳定性较高等优点[2]。