质粒图谱查询方法
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(转载)一.九种表达载体Pllp-OmpA, pllp-STII, pMBP-P, pMBP-C,pET-GST, pET-Trx, pET-His, pET-CKS, pET-DsbA二.克隆载体pTZ19RDNApUC57DNAPMD18TPQE30pUC18pUC19pTrcHisApTrxFuspRSET-ApRSET-BpVAX1PBR322pbv220pBluescriptIIKS( )L4440pCAMBIA-1301pMAL-p2XpGD926三.PET系列表达载体ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETDsbFusionSystems39band40b ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETExpressionSystem33b ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETExpressionSystems ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETExpressionSystemsplusCompetentCells ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETGSTFusionSystems41and42 ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETNusAFusionSystems43.1and44 ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETVectorDNAProteinPurification?PurificationSystems?Strep?TactinResinsandPurificationKits四.PGEX系列表达载体TEcoR?pGEX-1I/BAPpGEX-2TpGEX-2TKpGEX-3XpGEX-4T-1pGEX-4T-2pGEX-4T-3pGEX-5X-1pGEX-5X-2pGEX-5X-3pGEX-6P-1pGEX-6P-2pGEX-6P-3五.PTYBsystemPTYB1PTYB2PTYB11PTYB12六.真核表达载体pCDNA3.1(-)pCDNA3.1( )pPICZalphaApGAPZαAPYES2.0pBI121pEGFP-N1pEGFP-C1pPIC9KpPIC3.5K如何阅读分析质粒图谱载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。
如何阅读质粒图谱最近由于实验需要,需要查阅载体图谱,到园子里搜罗一番,发现虽然有人问载体图谱阅读的问题,也有前辈回答,但都不详细,借自己也在琢磨这个问题的机会,将我学到的东西整理一下,于大家分享。
载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。
一、一个合格质粒的组成要素#复制起始位点Oril 即控制复制起始的位点。
原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。
而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。
#抗生素抗性基因可以便于加以检测,如Amp+l ,Kan+#多克隆位点MCS 克隆携带外源基因片段l#P/E 启动子/增强子l#Termsl 终止信号#加poly(A)信号l 可以起到稳定mRNA作用二、如何阅读质粒图谱第一步:首先看Ori的位置,了解质粒的类型(原核/真核/穿梭质粒)第二步:再看筛选标记,如抗性,决定使用什么筛选标记。
(1)Ampr 水解β-内酰胺环,解除氨苄的毒性。
(2)tetr 可以阻止四环素进入细胞。
(3)camr 生成氯霉素羟乙酰基衍生物,使之失去毒性。
(4)neor(kanr)氨基糖苷磷酸转移酶使G418(卡那霉素衍生物)失活(5)hygr 使潮霉素β失活。
第三步:看多克隆位点(MCS)。
它具有多个限制酶的单一切点。
便于外源基因的插入。
如果在这些位点外有外源基因的插入,会导致某种标志基因的失活,而便于筛选。
决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
第四步:再看外源DNA插入片段大小。
质粒一般只能容纳小于10Kb的外源DNA片段。
一般来说,外源DNA片段越长,越难插入,越不稳定,转化效率越低。
第五步:是否含有表达系统元件,即启动子-核糖体结合位点-克隆位点-转录终止信号。
这是用来区别克隆载体与表达载体。
克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。
选用那种载体,还是要以实验目的为准绳。
启动子-核糖体结合位点-克隆位点-转录终止信号#启动子-促进DNA转录的DNA顺序,这个DNA区域常在基因或操纵子编码顺序的上游,是DNA分子上可以与RNApol特异性结合并使之开始转录的部位,但启动子本身不被转录。
经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱,很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了,刚开始帮忙查找了下,还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站,后来看得多了,很多时候,这样的帖子直接跳过了。
今天又看到几个求质粒图谱的帖子,因此决定就查找质粒图谱的方法,写个总结帖子,希望对虫子们有些帮助。
这些方法,大部分是自己学习的过程中积累的,也许总结得还不够全面,望其他虫友指正。
方法一:安装软件Vector NT做分子实验,经常和不同的质粒打交道,了解各种质粒的图谱信息是必需的,invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音,功能强大、界面美观,使用起来很人性化。
后面的很多方法都是基于在这款软件的使用之上,因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观,安装这款软件是非常必要的。
而且,一旦安装了这款软件,你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱(不是有虫子求pRS系列质粒吗?帖子链接/bbs/viewthread.php?tid=3103223&fpage=1,如下图,数据库中本身就有很多)。
这里就不一一细说,各位虫子可以自己体验下。
(这款软件的下载和使用说明书站内很多)方法二:查找质粒图谱的网站:这个之前有人求助质粒图谱时,我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址,估计不是专题,很多人没看到,现在在此重新总结下1.Vector Database地址:https:///g?a=vdb这个网站很页面很人性化,直入主题,也是我经常用到一个网站,比如同样这个帖子求pRS类质粒图谱(注意,是一类质粒图谱,没关系,照样能找到),直接在搜索框输入pRS,可以看到,之类质粒一共有三十多个。
找到自己需要的质粒名称,点击进入,就可以看到质粒图谱了拿第一个质粒pRS413举例,如上图,质粒图谱是不是很难看,对,我也觉得很难看,没关系,看见view sequence了吗?点击进入,我们就得到该质粒图谱的序列了。
如何查找质粒图谱编者小木虫论坛susizheng 经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱,很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了,刚开始帮忙查找了下,还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站,后来看得多了,很多时候,这样的帖子直接跳过了。
今天又看到几个求质粒图谱的帖子,突发奇想,就查找质粒图谱的方法,写个总结帖子吧,希望对虫子们有些帮助。
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方法一:安装软件Vector NT做分子实验,经常和不同的质粒打交道,了解各种质粒的图谱信息是必需的,invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音,功能强大、界面美观,使用起来很人性化。
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1.Vector Database地址:https:///g?a=vdb这个网站很页面很人性化,直入主题,也是我经常用到一个网站,比如这个帖子/bbs/viewthread.php?tid=3103223&fpage=1,这个虫友求pRS类质粒图谱(注意,是一类质粒图谱,没关系,照样能找到),直接在搜索框输入pRS,可以看到,之类质粒一共有三十多个。
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拿第一个质粒pRS413举例,如上图,质粒图谱是不是很难看,对,我也觉得很难看,没关系,看见view sequence了吗?点击进入,我们就得到该质粒图谱的序列了,如何得到比较好看的质粒图谱呢,看到GeneBank了吗?对,熟悉vector的筒子们肯定知道该如何做了,对,点击进入,如下图,复制所有的代码部分,新建txt 文件,粘贴上代码后,将文件扩展名由txt更改为gb格式,导入vector,你就可以在vector里面看到质粒图谱了。
如何查找质粒图谱
[转贴]如何查找质粒图谱。
最好的图谱就是NCBI和公司里提供的了,
第一步去NCBI查找,一般常用质粒都有了。
然后以.db格式下载,再用Invitrogen的VectorNTI打开,就能得到一张很好的质粒图。
如果找不到,就去google,(baidu上比较不准),最好加个pdf,找到公司的质粒介绍,那种图也不错。
如果还是找不到,就在google,baidu上查质粒的序列,把序列输入Invitrogen的VectorNTI,能够得到类似酶切的图谱,凑合着用吧,如果有序列信息,再自己添加也一样。
我就是这么查的,相信大家用的多数都是常用序列,查起来应该不难。
如何查找质粒图谱之我见——plasmid map, Vector Sequence方法汇总经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱,很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了,刚开始帮忙查找了下,还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站,后来看得多了,很多时候,这样的帖子直接跳过了。
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如何得到比较好看的质粒图谱呢,看到GeneBank了吗?对,熟悉vector的虫子们肯定知道该如何做了,对,点击进入,如下图,复制所有的代码部分,新建txt文件,粘贴上代码后,将文件扩展名由txt更改为gb格式,导入vector,你就可以在vector里面看到质粒图谱了。
实验新⼈必读(七):⼀⽂学会读懂和查找质粒图谱作者:解螺旋.⼦⾮鱼如需转载请注明来源:解螺旋·医⽣科研助⼿导语质粒图谱即为质粒DNA序列的物理图谱,包含了质粒⼤⼩、筛选标记、克隆位点、转录及翻译元件等信息。
尽管它为我们选择质粒、了解质粒特点及应⽤提供了重要依据,然⽽我们常常要为图谱中丰富信息所困扰。
那么,本⽂就为你拨云见⽇,让你快速掌握质粒图谱。
三步法看懂质粒图谱Step 1:先了解质粒的基本组成元素。
1)复制起始点Ori。
该位点决定了质粒的宿主及质粒的拷贝数,它是质粒中⼀段特定序列,富含AT和重复序列。
Tips:图谱上只有⼀个Ori,表⽰质粒是原核克隆表达质粒;有两个Ori,则表⽰该质粒是,穿梭质粒,即可在原核也可在真核中复制。
2)抗性筛选基因。
图谱中Kan/tet就是抗⽣素抗性基因,⽅便后续通过抗⽣素筛选阳性克隆。
特点就是单词最后会以⼤写R或上标r结束。
Tips:⼀般克隆载体只有⼀种抗性筛选标记,部分表达载体及穿梭质粒具有两种抗性筛选标记。
3)多克隆位点(MCS),即⼀系列限制性内切酶酶切位点,是外源DNA插⼊位点,⼀般可通过酶切/连接⽅式将外源DNA插⼊质粒,外源DNA⼀般⼩于10kb,⽽⽚段越长,转化效率越低。
Tips: ⼀般位于转录启动和转录终⽌信号之间;所包含的限制性内切酶位点数量和组成因载体不同会有所差异,且其中的酶切位点在质粒中为单⼀的酶切位点;同时在使⽤时需注意质粒载体与外源DNA酶切位点的兼容性问题4)荧光标记或蛋⽩标签序列。
蛋⽩纯化标签蛋⽩:His-Tag,GST-Tag等;蛋⽩检测标签蛋⽩:Myc-Tag,Flag-Tag,HA-Tag等;荧光蛋⽩表达标签:GFP,mCherry等。
Step 2:看质粒是否是表达载体,如果是,那就必定有这些原件:启动⼦-核糖体结合位点-克隆位点-转录终⽌信号。
1、启动⼦:促进DNA转录的DNA序列,可与RNApol特异性结合。
2、增强⼦/沉默⼦:前者是真核基因组中⼀种增强邻近基因转录过程的调控顺序,其作⽤与增强⼦所在位置或⽅向⽆关。
1)质粒图谱登记号:00012)质粒名称:pIRES3)来源:BD Co4)用途:真核双表达5)是否可以提供更详细资料:可以6)是否可以共享:7)联系方式:PM)质粒图谱登记号:00022)质粒名称:pECFP-C13)来源:BD Co4)用途:检测真核表达5)是否可以提供更详细资料:可以6)是否可以共享:7)联系方式:pm1)质粒图谱登记号:00032)质粒名称:pShuttle3)来源:4)用途:5)是否可以提供更详细资料:6)是否可以共享:7)联系方式:2)pShuttle MCS很多人用pEGFP-C1,我也来发一个)质粒图谱登记号:00042)质粒名称:pS BR322、pUC183)来源:4)用途:5)是否可以提供更详细资料:6)是否可以共享:7)联系方式:1)质粒图谱登记号:00052)质粒名称:pcDNA3.1(+)/CAT3)来源:invitrogen4)用途:真核表达5)是否可以提供更详细资料:可以6)是否可以共享:无偿7)联系方式:PM1)质粒图谱登记号:00062)质粒名称:pQEx3)来源:Qiagen4)用途:原核表达5)是否可以提供更详细资料:可以6)是否可以共享:交换7)联系方式:PM2)1)质粒图谱登记号:00072)质粒名称:pIVEX2.33)来源:Rocho4)用途:体外转录翻译5)是否可以提供更详细资料:可以6)是否可以共享:交换7)联系方式:PM质粒图谱登记号:0008质粒名称:pIRES-EGFP来源:用途:是否可以提供更详细资料:是否可以共享:否联系方式:1)质粒图谱登记号:00092)质粒名称:pET-28a(+)3)来源:Novagen4)用途:原核表达5)是否可以提供更详细资料:可以6)是否可以共享:交换7)联系方式:PM1)质粒图谱登记号:00112)质粒名称:pET-32a(+)3)来源:novagen4)用途:原核表达5)是否可以提供更详细资料:6)是否可以共享:7)联系方式:pm1)质粒图谱登记号:00132)质粒名称:pcDNA3.1/Zeo (+)3)来源:invitrogen4)用途:原核表达5)是否可以提供更详细资料:可以6)是否可以共享:交换7)联系方式:PM)质粒图谱登记号:00132)质粒名称:pEGFP-N33)来源:clontech4)用途:真核表达5)是否可以提供更详细资料:可以6)是否可以共享:交换7)联系方式:PM)质粒图谱登记号:00142)质粒名称:pcDNA33)来源:invitrogen4)用途:真核表达5)是否可以提供更详细资料:可以6)是否可以共享:交换7)联系方式:PM)质粒图谱登记号:00152)质粒名称:pfastbac13)来源:invitrogene4)用途:昆虫表达5)是否可以提供更详细资料:不可以6)是否可以共享:不可以7)联系方式:PM)质粒图谱登记号:00162)质粒名称:pEGFP-C33)来源:clontech4)用途:真核表达5)是否可以提供更详细资料:可以6)是否可以共享:交换7)联系方式:PMwangjun2002274 edited on 2004-06-22 00:041)质粒图谱登记号:00172)质粒名称:pSecTag23)来源:Invitrogen4)用途:真核表达5)是否可以提供更详细资料:可以6)是否可以共享:交换7)联系方式:PM)1质粒图谱登记号:00192)质粒名称:pET20b3)来源:NOVAGEN4)用途:原核表达5)是否可以提供更详细资料:可以6)是否可以共享:交换7)联系方式:PM1)质粒图谱登记号:00222)质粒名称:pThioHisA3)来源:invitrogen4)用途:原核表达5)是否可以提供更详细资料:4.365kb , HP-thioredoxin fusion proteinexpressionvector, trc promoter, Ampr, a EK cleavage site lies between HP-thioredoxin and MCS宿主菌TOP10(基因型为:F-mcrA △(mrr-hsd RMS-mcrBC)Ф80 lacZ M15 △lacX74 deoR recAl araD139 △(ara-leu)7697 galU galK rpsL endAl nupG6)是否可以共享:交换或其它7)联系方式:PM2)3)1)质粒图谱登记号:00242)质粒名称:pcDNA3.1-Myc-His-A-3)来源:invitrogen4)用途:真核核表达4))质粒图谱登记号:00252)质粒名称:pS UPER.neo3)来源:4)用途:siRNA5)是否可以提供更详细资料:可以6)是否可以共享:交换7)联系方式:PM)质粒图谱登记号:00312)质粒名称:pSilencer1.0-siRNA3)来源:Ambion4)用途:RNAi5)是否可以提供更详细资料:/techlib/Documents.html?fkResSxn=7&fkSub Sxn=236)是否可以共享:实验结束后,可提供含shRNA模板的质粒7)联系方式:pm5))质粒图谱登记号:00322)质粒名称:pSilencer2.0-U6siRNA3)来源:Ambion4)用途:RNAi,与1.0相比,可以建立稳转株5)更详细资料:/techlib/prot/fm_7209.pdf6)是否可以共享:交换7)联系方式:pm6)会员名:mlluoE-mail:*************可提供试验资源名称和简要介绍:pSilencer 3.1-H1 neo Vector,是Ambion公司目前最高版本的shRNA 载体,为扩增此载体我已插入目的片段,如有战友需要,将此片段双酶切再连上自己的片段即可。