肿瘤个体化治疗基因检测流程

从临床进入基因检测步骤是入口，检测结果结合临床信息进行合了解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、试验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个步骤。

其中第四部分临床解读部分即是依据检测结果、患者信息、医生共识综合判定，临床和遗传咨询有效衔接、充足沟通，最终出具临床解读汇报。

在做成临床解读汇报之前，首先需要将解读各个步骤进行明确，包含解读步骤步骤，解读技术细节。

这么才有可能真正做到解读规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好临床解读汇报，基因检测才能愈加好服务患者和临床医生。

从大框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库解读→和患者个体表征/临床病例结合解读。

1、读懂原始数据将测序原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard去除反复序列，使用GATK检测SNV和Indel变异，使用ANNOVAR 进行变异注释。

最终取得一份.vcf文件（图1）。

图1 从测序原始序列数据到vcf文件步骤一份vcf文件包含以下基础信息。

Chr：变异所在染色体Start：变异在染色体上起始位置End：变异在染色体上结束位置Ref：参考基因组序列Alt：检测样本基因组序列Func.refGene：变异所处参考基因功效区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处exonic特指外显子编码氨基酸区，不包含外显子UTR区）Gene.refGene：变异所处参考基因名称（假如是基因间，则是两侧基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中具体位置（假如是基因间，则是距离两侧基因距离）ExonicFunc.refGene：外显子区变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），假如这一栏是一个“.”话，就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸水平改变（同一个基因可能含有多个转录本，氨基酸改变位置在不一样转录本中有可能不一样）经注释后vcf文件还会包含以下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引发疾病名称CLINACC：该变异登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引发疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引发疾病所在数据库中IDPopFreqMax：该变异人群中最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所ESP6500数据库中人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所ESP6500数据库中非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所ESP6500数据库中欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中人群等位基因频率。

从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。

其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。

在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。

这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。

从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。

1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。

最后获得一份.vcf文件（图1）。

Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区）Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离）ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。

从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。

其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。

在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。

这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。

从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。

1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。

最后获得一份.vcf文件（图1）。

图1 从测序的原始序列数据到vcf文件的流程一份vcf文件包含如下基本信息。

Chr：变异所在的染色体Start：变异在染色体上的起始位置End：变异在染色体上的结束位置Ref：参考基因组的序列Alt：检测样本基因组的序列：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区）：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离）：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。

从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。

其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。

在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。

这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。

从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。

1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。

最后获得一份.vcf文件（图1）。

Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区）Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离）ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。

从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。

其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。

在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。

这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。

从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。

1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。

最后获得一份.vcf文件（图1）。

Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区）Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离）ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。

肿瘤个体化治疗检测技术指南(试行)-标准化文件发布号：（9456-EUATWK-MWUB-WUNN-INNUL-DDQTY-KII肿瘤个体化治疗检测技术指南（试行）前言肿瘤的个体化治疗基因检测已在临床广泛应用，实现肿瘤个体化用药基因检测标准化和规范化，是一项意义重大的紧迫任务。

本指南从诊断项目的科学性、医学实验室检测方法的准入、样本采集至检测报告发出的检测流程、实验室质量保证体系四个方面展开了相关论述，使临床医生能够了解所开展检测项目的临床目的、理解检测结果的临床意义及对治疗的作用；医学实验室为患者或临床医护人员提供及时、准确的检验报告，并为其提供与报告相关的咨询服务。

检测技术的标准化和实验室准入及质量保证对临床和医学实验室提出了具体的要求，以最大程度的保证检测结果的准确性。

本指南是参考现行相关的法规和标准以及当前认知水平下制定的，随着法规和标准的不断完善，以及肿瘤个体化治疗靶点基因的不断发现，本技术规范相关内容也将进行适时调整。

本指南起草单位：中国医学科学院肿瘤医院分子肿瘤学国家重点实验室、苏州生物医药创新中心，经国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会、中国抗癌协会相关专业委员会、中华医学会检验医学分会、中华医学会肿瘤学分会的专家修订。

本指南起草人：詹启敏、曾益新、王珏、姬云、钱海利、李晓燕、孙石磊目录1. 本指南使用范围 (1)2. 简介 (1)3. 标准术语和基因突变命名 (1)3.1标准术语 (1)3.2 基因突变命名 (2)3.3 参考序列 (2)3.4 各类变异 (3)4. 分析前质量保证 (6)4.1 样本类型及获取 (6)4.2 采样质量的评价 (7)4.3 样本采集中的防污染 (8)4.4 样本运送和保存 (8)5.分析中质量保证 (9)5.1 实验室设计要求 (9)5.2 检测方法 (9)5.3 DNA提取方法与质量控制 (17)5.4 RNA提取方法与质量控制 (18)5.5 试剂的选择、储存及使用注意事项 (18)5.6 核酸扩增质量控制 (19)5.7 设备维护和校准 (19)5.8 人员培训 (20)5.9 方法的性能验证 (20)6. 分析后质量保证 (22)6.1 检测结果的记录 (22)6.2 失控结果的记录与分析 (22)6.3 报告及解释 (22)6.4 记录保留 (23)6.5 检测后基因咨询 (23)6.6 样本（及核酸）保留与处理 (23)6.7 检测与临床数据收集与分析 (24)7. 肿瘤个体化医学检测的质量保证 (24)7.1 标准操作程序 (24)7.2 质控品 (24)7.3 室内质量控制 (25)7.4 室间质量评价 (26)7.5 PCR污染控制 (26)附录A：常见的检测项目 (28)A.1 基因突变检测项目 (28)A.2 基因表达检测项目 (39)A.3融合基因检测项目 (43)A.4 基因甲基化检测项目 (45)参考文献： (48)1. 本指南使用范围本指南由国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会制定，是国家卫生计生委个体化医学检测指南的重要内容，旨在为临床分子检测实验室进行肿瘤个体化用药基因的检测提供指导。

肿瘤的基因检测与个体化治疗在癌症治疗中，个体化医疗一直是一个重要的领域。

个性化医疗旨在根据病人个体特征和基因组信息，为其提供量身定制的治疗方案。

近年来，基因检测逐渐受到人们的关注，现在许多医院都提供基因检测服务。

本文将讨论基因检测在肿瘤治疗中的作用以及如何利用基因检测实现个性化治疗。

什么是基因检测？基因检测是一种使用生物技术和生物信息学技术对人类基因组进行分析和检测的方法。

基因检测是一种用来寻找人类基因与疾病之间的相关性的方法。

对于肿瘤来说，基因检测可以检测出与肿瘤相关的基因变异。

肿瘤的基因检测肿瘤的基因检测主要关注的是病人身上的肿瘤基因变异。

肿瘤基因变异是指肿瘤细胞与正常细胞基因不同的基因，肿瘤细胞基因的突变可能导致癌症的发生。

通过检测肿瘤基因变异，医生可以识别出哪些突变是有可能导致癌症的，从而为治疗提供更多的选择。

基因检测提供了一个非常有力的工具来研究肿瘤。

有了这个工具，医生们可以检测出患者肿瘤基因的突变，并帮助医生进行治疗选择。

同时，基因检测还可以指导患者进行预防和筛查。

例如，如果一个人携带了某种基因变异，那么医生将会建议他进行特定的筛查和预防措施。

个体化治疗在癌症治疗中，个体化治疗已经成为一个有力的工具。

个体化治疗根据病人的基因组信息和整体状况定制药物治疗方案。

个性化治疗方案的制定主要包括两个方面：一是基于患者的基因检测结果制定出符合患者基因特征的治疗方案，并将其称为“精准医学”；二是通过临床试验和细胞治疗等个性化方法，找到适合不同患者的治疗方法。

精准医学为个性化治疗提供了重要的前提条件。

通过基因检测，医生可以了解到患者的基因变异情况，从而制定出针对特定基因变异的治疗方案。

这种治疗可以针对特定的基因变异，更有针对性，因此更加高效。

同时，精准医学也为患者提供了更好的治疗结果，减少了药物的副作用。

结论肿瘤的基因检测和个性化治疗提供了新的治疗思路。

通过这些方法，医生可以更好地了解患者的基因特征和疾病情况，制定更为精确的治疗方案，从而改善治疗效果和生活质量。

从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进展合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询局部、实验室局部、信息分析局部、临床解读局部共四个环节。

其中的第四局部临床解读局部即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。

在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进展明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。

这样才有可能真正的做到解读的规化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的效劳患者和临床医生。

从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。

1、读懂原始数据将测序的原始序列数据〔FASTQ〕去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38〔NCBI版本〕或hg19/hg38〔UCSC版本〕人类基因组参考序列上，Picard去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进展变异注释。

最后获得一份.vcf文件〔图1〕。

图1 从测序的原始序列数据到vcf文件的流程一份vcf文件包含如下根本信息。

Chr：变异所在的染色体Start：变异在染色体上的起始位置End：变异在染色体上的完毕位置Ref：参考基因组的序列Alt：检测样本基因组的序列Func.refGene：变异所处参考基因的功能区〔exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic〕〔此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区〕Gene.refGene：变异所处参考基因名称〔如果是基因间，那么是两侧的基因〕GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置〔如果是基因间，那么是距离两侧的基因的距离〕ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型〔frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV〕，如果这一栏是一个“.〞的话，就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸水平的改变〔同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样〕经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义〔Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response〕CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号〔VariantAccession and Versions〕CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组方案数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组方案数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组方案数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组方案数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组方案数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组方案数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。

肿瘤基因检测流程
第一步：提取DNA
肿瘤基因检测需要提取个体DNA，因为基因变异是通过DNA序列来确定的。

提取DNA的方法有多种，但是最常用的是血液样本提取。

在提取之前，需要先进行身份确认和签署知情同意书，确保个体知晓检测内容和风险。

第二步：建立DNA文库
建立DNA文库是为了将提取的DNA进行整理和分组，以便于检测分析。

建立DNA文库需要进行样本质量检测、样本处理、DNA浓缩等步骤，确保样本质量稳定。

第三步：检测分析
检测分析是肿瘤基因检测的核心步骤，也是最为关键的一步。

检测分析需要采用高通量测序技术，对个体DNA进行测序，检测其中的基因变异情况。

这个过程需要高度的技术和经验，同时需要确保检测结果的准确性和可靠性。

第四步：结果解读
在完成检测分析后，需要对检测结果进行解读和分析。

结果解读可以帮助个体了解自己的基因变异情况，包括患病风险、遗传病等方面。

结果解读需要由专业的医生或遗传学家进行，确保结果的准确性和可靠性。

第五步：结果咨询
结果咨询是肿瘤基因检测的最后一步，也是最为重要的一步。

结果咨
询需要由专业的医生或遗传学家进行，向个体解释检测结果、提供相应的建议和指导，帮助个体了解自己的基因状态，从而采取相应的防护措施。

医学研究中肿瘤基因分析技术的使用教程肿瘤基因分析技术是现代医学研究领域中的重要工具，它能够帮助科学家深入了解肿瘤的发生机制，为肿瘤诊断和治疗提供有效的指导。

本文将为您介绍肿瘤基因分析技术的使用教程，帮助您了解如何使用这一技术开展医学研究。

一、基因测序技术基因测序是肿瘤基因分析的基础，通过对肿瘤细胞中的基因进行测序，能够帮助科学家了解肿瘤的遗传信息和突变情况。

目前常用的基因测序技术包括Sanger测序和下一代测序技术。

Sanger测序是一种传统的测序方法，其原理是通过DNA聚合酶合成DNA链，在反应中引入荧光标记的ddNTP，最终通过电泳分离得到DNA序列。

这种方法适用于对单个靶基因进行测序，但由于其工作效率低下且成本较高，目前已被下一代测序技术所取代。

下一代测序技术（Next Generation Sequencing，简称NGS）是一种高通量测序技术，具有更高的测序速度和更低的成本。

NGS 技术可以同时测序多个样品，并以高通量方式获取大量的DNA序列信息。

常用的NGS技术包括Illumina测序平台、Ion Torrent测序平台和PacBio测序平台等。

科学家可以根据实验需要选择适合的NGS平台进行基因测序。

二、基因变异分析基因变异是肿瘤发生和发展的重要驱动因素，通过对肿瘤样本进行基因变异分析，可以帮助科学家了解肿瘤的致病机制和个体化治疗策略。

1. 基因突变分析基因突变是肿瘤细胞中常见的遗传变异形式，可以是点突变、插入/缺失突变或基因重排等。

通过基因测序技术获取的DNA序列信息，可以利用相应的分析软件进行突变分析。

常用的突变分析软件包括GATK、VarScan和MuTect等。

2. 基因拷贝数变异分析基因拷贝数变异是指某个基因在肿瘤细胞中拷贝数的改变，常见的有基因扩增和基因缺失。

通过NGS技术，可以利用拷贝数分析软件（如CNVkit、Control-FREEC等）来评估肿瘤样本中基因的拷贝数变异情况。

髓系肿瘤128基因检测标准操作程序1. 前言髓系肿瘤是一类起源于血液或骨髓中的幼稚细胞的恶性肿瘤。

对于髓系肿瘤的治疗，基因检测变得尤为重要，而髓系肿瘤128基因检测则成为了当前的标准操作程序。

2. 什么是髓系肿瘤128基因检测髓系肿瘤128基因检测是一种通过检测特定基因突变来辅助诊断和治疗髓系肿瘤的方法。

它涵盖了包括FLT3、NPM1、DNMT3A等在内的128个基因，能够全面地了解患者的基因突变情况，有助于进行个体化治疗。

3. 检测流程进行髓系肿瘤128基因检测的流程包括样本采集、DNA提取、基因检测、数据解读和报告结果。

在样本采集时，需要患者提供骨髓或者外周血样本，确保样本的纯度和完整性。

接着是DNA提取，将样本中的DNA提取出来作为后续检测的材料。

随后进行基因检测，通过PCR 扩增、测序和分析，筛查128个基因的突变情况。

最后是数据解读和报告结果，对检测出的基因突变进行解读，并向临床医生提供详细的报告，用于个体化治疗的制定。

4. 检测的意义髓系肿瘤128基因检测的意义在于，它能够全面、深入地了解患者的基因特征，为个体化治疗提供重要依据。

通过检测不同基因的突变情况，可以选择更加精准的靶向药物，提高治疗的有效性。

还可以预测患者的预后和复发风险，为临床医生制定个性化的监测方案提供帮助。

5. 个人观点和理解作为一名医学科普写手，我深知基因检测在肿瘤治疗中的重要性。

髓系肿瘤128基因检测作为当前的标准操作程序，为髓系肿瘤患者带来了更多治疗选择的可能性。

基因检测的结果不仅能够指导临床治疗，还能够让患者更好地了解自己的病情和预后，增强治疗信心。

未来，我相信基因检测技术将会更加精准、高效，为肿瘤患者带来更多福音。

6. 总结在髓系肿瘤治疗中，髓系肿瘤128基因检测作为标准操作程序，为个体化治疗提供了重要的依据。

全面、深入地了解患者的基因特征，选择更加精准的治疗方案，是基因检测的重要意义。

我相信，随着科技的不断进步，基因检测技术将为更多患者带来希望和可能性。

肿瘤个体化治疗检测技术指南（试行）前言肿瘤的个体化治疗基因检测已在临床广泛应用，实现肿瘤个体化用药基因检测标准化和规范化，是一项意义重大的紧迫任务。

本指南从诊断项目的科学性、医学实验室检测方法的准入、样本采集至检测报告发出的检测流程、实验室质量保证体系四个方面展开了相关论述，使临床医生能够了解所开展检测项目的临床目的、理解检测结果的临床意义及对治疗的作用；医学实验室为患者或临床医护人员提供及时、准确的检验报告，并为其提供与报告相关的咨询服务。

检测技术的标准化和实验室准入及质量保证对临床和医学实验室提出了具体的要求，以最大程度的保证检测结果的准确性。

本指南是参考现行相关的法规和标准以及当前认知水平下制定的，随着法规和标准的不断完善，以及肿瘤个体化治疗靶点基因的不断发现，本技术规范相关内容也将进行适时调整。

本指南起草单位：中国医学科学院肿瘤医院分子肿瘤学国家重点实验室、苏州生物医药创新中心，经国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会、中国抗癌协会相关专业委员会、中华医学会检验医学分会、中华医学会肿瘤学分会的专家修订。

本指南起草人：詹启敏、曾益新、王珏、姬云、钱海利、李晓燕、孙石磊目录肿瘤个体化治疗检测技术指南 (1)（试行）前言 (1)1. 本指南使用范围 (3)2. 简介 (3)3. 标准术语和基因突变命名 (3)标准术语 (3)基因突变命名 (4)参考序列 (4)各类变异 (5)4. 分析前质量保证 (7)样本类型及获取 (7)采样质量的评价 (8)样本采集中的防污染 (9)样本运送和保存 (9)5.分析中质量保证 (9)实验室设计要求 (9)检测方法 (10)DNA提取方法与质量控制 (16)RNA提取方法与质量控制 (17)试剂的选择、储存及使用注意事项 (18)核酸扩增质量控制 (18)人员培训 (19)方法的性能验证 (19)6. 分析后质量保证 (21)检测结果的记录 (21)失控结果的记录与分析 (21)报告及解释 (21)记录保留 (22)检测后基因咨询 (22)样本（及核酸）保留与处理 (22)检测与临床数据收集与分析 (22)7. 肿瘤个体化治疗检测的质量保证 (23)标准操作程序 (23)质控品 (23)室内质量控制 (24)室间质量评价 (25)PCR污染控制 (25)附录A：常见的检测项目 (26)基因突变检测项目 (26)A.1.1 EGFR基因突变检测 (26)A.1.2 KRAS基因突变检测 (27)A.1.3 BRAF基因突变检测 (29)A.1.4 C-KIT基因突变检测 (31)A.1.5 PDGFRA基因 (34)基因表达检测项目 (35)融合基因检测项目 (38)A.3.1 EML4-ALK融合基因检测项目 (38)基因甲基化检测项目 (40)A.4.1 MGMT基因甲基化检测 (40)1. 本指南使用范围本指南由国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会制定，是国家卫生计生委个体化医学检测指南的重要内容，旨在为临床分子检测实验室进行肿瘤个体化用药基因的检测提供指导。

从临床进入基因检测流程是进口,检测成果联合临床信息进行合懂得读是出口,这一入一出之间需阅历检测前临床咨询部分.实验室部分.信息剖析部分.临床解读部分共四个环节.个中的第四部分临床解读部分等于根据检测成果.患者信息.大夫共鸣分解断定,临床和遗传咨询有用连接.充分沟通,最终出具临床解读陈述.在做成临床解读陈述之前,起首须要将解读的各个环节进行明白,包含解读的步调流程,解读的技巧细节.如许才有可能真正的做到解读的规范化,使解读进程有据可依,有章可循,才干出具一份好的临床解读陈述,基因检测才干更好的办事患者和临床大夫.从大的框架讲,基因检测数据解读可分为三个步调：原始数据→剖析数据.基于数据库的解读→与患者个别表征/临床病例联合的解读.1.读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列,经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上,Picard去除反复序列,运用GATK检测SNV 与Indel变异,运用ANNOVAR进行变异注释.最后获得一份.vcf文件（图1）.图1 从测序的原始序列数据到vcf文件的流程一份vcf文件包含如下根本信息.Chr：变异地点的染色体Start：变异在染色体上的肇端地位End：变异在染色体上的停止地位Ref：参考基因组的序列Alt：检测样本基因组的序列Func.refGene：变异所处参考基因的功效区（exonic,intronic,UTR3,UTR5,splicing,upstream,downstream, intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区,不包含外显子的UTR区）Gene.refGene：变异所处参考基因名称（假如是基因间,则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体地位（假如是基因间,则是距离两侧的基因的距离）ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion,frameshiftdeletion,stopgain,stoploss,nonframeshift insertion,nonframeshiftdeletion,synonymousSNV,nonsynonymous SNV）,假如这一栏是一个“.”的话,就解释该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸程度的转变（同一个基因可能具有多个转录本,氨基酸转变的地位在不合的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign,Likely benign,Uncertainsignificance,Likelypathogenic,Pathogenic,Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引起疾病地点数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病地点数据库中的ID PopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组筹划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组筹划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组筹划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组筹划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组筹划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组筹划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国度心肺血液研讨所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国度心肺血液研讨所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国度心肺血液研讨所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率.CG46是由CompleteGenomics（BGI）公司对46个样本的全基因组测序而树立的数据库,截止2017年,他们已经对超出20000个样本进行了全基因组测序和剖析.ICGC_Id：国际癌症基因协作组中各研讨的IDNci60：该变异在nci60数据库中的等位基因频率.Nci60是被普遍用于药物筛选的人类60种肿瘤细胞系组合,已经进行了全外测序.跟着研讨的提高,美国癌症研讨所NCI在2016年宣告NCI-60细胞系“退休”,PDX新模子“上任”.Interpro_domain：InterPro算法猜测的突变所处的保守构造域（/interpro/）dbscSNV_ADA_SCORE：基于adaptive boosting猜测变异对剪接位点转变的可能性dbscSNV_RF_SCORE：基于Random Forest猜测变异对剪接位点转变的可能性.得分代表剪接影响的可能性大小,假如dbscSNV_ADA_SCORE和dbscSNV_RF_SCORE得分均小于0.6,则对剪接位点没有影响（PMID: 28132688）.Omim_phenotype：在OMIM数据库中该基因（不是该变异）对应的表型QUAL：测序质量分数,盘算办法为Q = -10log10(e),可权衡碱基未准确检出的概率.FILTER：对变异位点做进一步的过滤.无论你用什么办法对变异位点进行过滤,过滤完了之后,在FILTER一栏都邑留下过滤记录,假如是经由过程了过滤尺度,那么这些经由过程尺度的好的变异位点的FILTER一栏就会注释一个PASS,假如没有经由过程过滤,就会在FILTER这一栏提醒除了PASS的其他信息（other FILTER flag）.假如这一栏是一个“.”的话,就解释没有进行过任何过滤INFO&FORMAT：该栏数据构造GT:AD:AF:ALT_F1R2:ALT_F2R1:FOXOG:QSS:REF_F1R2:REF_F2R1.GT ：基因型,对于一个二倍体生物,0暗示跟REF一样,1暗示暗示跟Alt一样;2暗示第二个Alt;AD：对应两个以逗号离隔的值,这两个值分离暗示笼罩到REF和Alt碱基的reads数,相当于支撑REF 和支撑Alt的测序深度;AF：支撑Alt的测序深度占总测序深度的比例,即等位基因品貌NORMAL：与肿瘤组织对应的正常组织中的信息,一般经由过程外周血测序获得TUMOR：肿瘤组织中的信息此外还可能包含各类算法对非同义突变保守性猜测值,这些算法包含SIFT prediction(T: tolerated; D:deleterious),PolyPhenHumanDiv prediction (D:Probably damaging, P: possibly damaging; B:benign).LTR.MutTaster.MutationAssessor.FATHMM.CADD.GERP++等等.2.剖析发掘数据对全外显子检测（或者属于较大pannel范畴的情形也可以）,可以进行肿瘤突变负荷（Tumor mutationburden）盘算.临床研讨标明,运用PD1/PD-L1克制剂等免疫治疗药物时,具有较高突变负荷的患者具有较好的客不雅缓解率(ORR).较长的无进展生计期(PFS),同时中断临床疗效(DCB)也更佳.然而,因为今朝没有同一的肿瘤突变负荷盘算办法,在做纵向比较时需谨严.该剖析运用的盘算办法为,肿瘤组织中突变品貌大于等于5%,正常组织中突变品貌小于等于1%,ExonicFunc.refGene一栏去除“.”.synonymousSNV.unknown标签的数据,PopFreqMax一栏去除人群等位基因频率大于0.1%的数据（留意保存“.”）.此外,免疫治疗相干的一些基因突变（如EGFR.干扰素旌旗灯号通路的JAK.B2M等）值得存眷.对全外显子检测,可以或许发明大量的体细胞突变.有的突变是致病性的称为为驱动突变或司机突变（与之对应的称为乘客突变或继发性突变）,这些突变或导致DNA修复缺点,或导致细胞不受调控的增殖发展,或导致细胞不克不及正常凋亡,或导致细胞侵袭性加强,或导致免疫逃逸.因而从大量的体细胞突变中剖断肿瘤的驱动基因突变既是基因检测的重要目标之一,同时也是一项艰苦的工作.一般来说一个肿瘤的产生其驱动基因突变的数量为0-8个,且他们不会散布于同一个症结的肿瘤相干旌旗灯号通路中（比方BRAF和KRAS,比方APC和CTNNB1）或并行的两个重要旌旗灯号通路中（比方PIK3CA和KRAS）.一般来说原癌具有较为显著突变热门集合偏向（比方KRAS和PIK3CA）,而抑癌基因的突变位点较为疏散（比方RB1和VHL）.对全外显子检测今朝已经在肿瘤中得到较为普遍的运用,若何高效查找驱动基因突变急需指点和规范化的文件,但因为肿瘤细胞突变多为体细胞突变,遗传性突变范畴的规范化文件（后面会具体讲）难以照搬运用.因为体细胞突变的意义和遗传性突变的意义比方致病性突变如许的描写有所不合,比方我们可以采取响应药物的突变（responsive）.耐药突变（resistant）.驱动性突变（driver）.继发性突变（passenger）来描写突变的意义.值得光荣的是,2017年伊始,分子病理协会（Association forMolecular Pathology, AMP）.美国临床肿瘤协会（American Societyof Clinical Oncology）和美国病理学家联盟（College ofAmerican Pathologists）对高通量测序在肿瘤诊疗范畴的运用从突变记录（HGVS）.注释解读.陈述进行了指点和规范（PMID: 27993330）.该指点规范中对参考序列数据库（如NCBI）.人群基因频率数据库（如1000G.ExAC）.肿瘤数据库（如COSMIC.ICGC）.疾病数据库（如HGMD.ClinVar）.猜测软件（如PolyPhen2.HumanSplicing Finder）的运用和留意事项给出了看法.该规范还推举对肿瘤细胞的体细胞变异划分为四个级别：具有肯定性临床意义的突变（variants withstrong clinical significance,Level A 和Level B）.可能具有临床意义的突变（variants with potential clinicalsignificance,Level C和Level D）.临床意义不明的突变（variants of unknown clinical significance）.良性或可能良性的突变（variants deemed benign or likely benign）,并具体阐述若何将检测到突变联合数据库以归类到这四个级别中.个中具有肯定性临床意义/可能具有临床意义的突变包含四个等级的证据：Level A：可作为猜测药物反响或耐药性的FDA同意的针对特定类型肿瘤（顺应症）的治疗的突变;或者已经被包含在专业指南中（如肿瘤的NCCN）作为特定类型肿瘤的治疗.诊断或预后的突变; Level B,可作为猜测药物反响或耐药性的基于充分研讨和专家共鸣的治疗的突变,或者是基于充分研讨和专家共鸣的具有特定疾病诊断.预后意义的突变;Level C,可作为猜测药物反响或耐药性的FDA或专业协会同意的跨顺应症的治疗的突变,或者是已经作为临床实验的入组参考尺度,或者是基于多项研讨的具有特定疾病诊断.预后意义的突变;Level D,基于临床前研讨.案例报导的可能具有临床意义的突变;或者有研讨标明该突变有助于疾病诊断和预后断定.今朝,查找肿瘤驱动基因突变的具体计谋可以说是多种多样（图2）.经由过程查找热门基因的热门突变（recurrent mutation）是一种较为肯定的计谋,相干的研讨证据较为充分.例如EGFR的突变重要产生在胞内酪氨酸激酶（TK）区域的前四个外显子上（18~21）,今朝发明的TK区域突变有30多种.缺掉突变重要产生在外显子19上,最罕有的是del E746-A750,替代突变最罕有的是产生在外显子21上的L858R,复制或拔出突变产生在外显子20上.产生在外显子20上的替代突变T790M为耐药突变,研讨还发明L858Q.D761Y.T854A等耐药突变.HER2基因在乳腺癌.膀胱癌.结直肠癌.胃癌中重要突变方法是扩增或者表达上调,鲜有突变,在20～30%的乳腺癌中消失HER2基因显著扩增或过表达,但是在肺癌中,其激活机制为扩增.过表达及点突变,点突变在肺癌中的产生概率约占2-4%,多产生在其激酶构造域中,罕有的激活性点突变包含p.S310, p.L755,p.G776L, p.V777L,p.S855I,p.N857S 等.BRAFV600E突变临床意义在Pubmed中有上百遍报导.BRAF突变消失于1%–3%的非小细胞肺癌中.V600E是最罕有的肿瘤驱动突变,在肺癌中也有多种其他类型的BRAF突变被报导,包含G466V.G469A和D594G.尽管性药物例如vemurafenib在包含BRAF V600E突变的黑色素瘤中高度有用,但这些药物对BRAF其他位点突变,或者V600E 突变肺癌中的肿瘤驱动活性还需评估.图2 剖断驱动基因突变计谋（PMID: 24479672）热门基因的热门突变在许多半据库中有不完整的收录,这些数据库有Civic数据库,OncoKB数据库,Personalized cancer therapy数据库,Clinical Knowledgebase数据库等等.猜测变异对蛋白质功效的影响,可以作为查找肿瘤驱动突变的一种有益填补办法.比较罕有的猜测对象如SIFT.PolyPhen2.MutationAssessor等等,这些算法的道理一般是基于氨基酸的进化保守性,有的斟酌到蛋白质构造域的功效（例如TP53蛋白的有害突变多位于DNA联合构造域）,还有的会斟酌蛋白的空间构造.对于检测到的变异各算法猜测值在上述的vcf文件中可查阅.对于SIFT,值越小变异有害性的可能性越大,推举阈值0.05;对于PolyPhen2,值越大变异有害性的可能性越大,推举阈值0.3;对于MutationAssessor,值越大变异有害性的可能性越大,推举阈值8,须要留意的是,不合的参考文献阈值可能不合（PMID: 23819521）.将基因放在旌旗灯号通路中剖析,这对于不是十分罕有的小众肿瘤驱动基因查找有很大帮忙.在美国,每年有大约18,000名患者被确诊为脑膜瘤.它们约占原发性脑肿瘤的三分之一,女性患病比率高一倍.但是一向以来对于脑膜瘤的遗传突变懂得甚少.在一项研讨中（PMID: 23334667）,科学家们对17个脑膜瘤样本进行了全基因组或是外显子组测序.在这些肿瘤中发明转变基因后,研讨人员随后又对别的两组肿瘤进行了测序.研讨人员发明,比拟大多半类型的肿瘤,脑膜瘤具有较少数量的遗传转变或毁伤.在一些肿瘤中,他们发明两个在已知致癌旌旗灯号通路中施展感化的基因消失突变.在3个肿瘤中发明的SMO,是Hedgehog旌旗灯号的成员.在5个肿瘤中发清楚明了AKT1,该基因介入了与乳腺癌.结直肠癌和肺癌相干的PI3K-AKT-mTOR旌旗灯号.第6个肿瘤具有一个从前已知的,与mTOR旌旗灯号通路相干的突变.总的来说,这些突变基因旌旗灯号通路组成了所研讨的15%脑膜瘤的重要驱动子.对于遗传性肿瘤,可以借助遗传病致病基因剖断的筹划,流程即1.懂得临床材料2.焦点表型转化为中文人类表型尺度用语(CHPO)3.基因检测及其质控4.生信剖析5.遗传学剖析,包含联系关系候选基因.遗传变异位点剖析解读和家系验证6.表型类似度剖析.2013年ACGM推举的与遗传性肿瘤/遗传病相干基因包含BRCA1.BRCA2.TP53.STK11.MLH1.MSH2.MSH6.PMS2.APC.MUTYH.VHL. MEN1.RET.PTEN.RB1.SDHC.SDHD.TSC1.TSC2.WT1.NF2等（PMID：23788249）.查找正常对比组织突变品貌（N_Freq）≥40%,比对遗传性肿瘤相干突变基因,是否有遗传性肿瘤相干胚系突变,检讨并按照下述步调进行确认.按照基因名+c.__或基因名+p.__进行谷歌搜刮或进入NCBI.HGMD.OMIM等网站查阅是否有相干致病性报导,按照ACMG指南进行位点致病性剖断或可借助InterVar在线帮助剖断（仅实用于exon规模内突变）.发明遗传性肿瘤相干的基因突变,还应推举家族其他直系血亲进行基因检测做进一步的确认.美国医学遗传学与基因组学学会（American Collegeof Medical Genetics and Genomics, ACMG）和分子病理协会（Association forMolecular Pathology, AMP）在2015年对临床实验室的基因检测进行了指点和规范（PMID: 25741868）.该指点规范重要就是实用于孟德尔遗传病相干基因变异或者是生殖系变异.指点规范推举记录突变遵守同一的规范——人类基因组变异协会（Human GenomeVariation Society, HGVS）,并将变异根据人群基因频率（population data）.软件猜测（computational data）和功效实验（functional data）等参数分为五个级别：致病性突变（pathogenic）.可能致病性突变（likelypathogenic）.意义不明突变（uncertain significance）.可能良性突变（likely benign）和良性多态性突变（benign）.这五个级别若何认定？该规范列出了致病性/可能致病的各类情形的支撑证据,证据强度依次包含超强证据（PVS1）.强证据（PS1-4,留意这里的数字不代表证据强度的差别,仅暗示同一证据强度的不合的证据情形,下同）.中度证据（PM1-6）.支撑性证据（PP1-5）,良性多态性/可能良性证据强度依次包含自力证据（BA1）.强证据（BS1-4）.支撑性证据（BP1-6）.须要特殊指出的是对于致病性突变和引起蛋白功效缺掉的突变差别开来,只有一种突变对某种疾病具有因果关系（causative）,才干够被认定为致病性突变.应当留意到致病性突变这个界说对于多基因遗传病其实不太合适.同时应当留意到当一个突变被报导为致病性的时刻,对于小我或者健康治理人员可能以为它是一个可干涉的突变（actionable）.此外,该规范还对数据库运用.文献运用.软件猜测运用给出了指点性的建议.最后也是最重要的是陈述的呈现情势,标注突变剖断根据,功效注释,文献出处,遗传纪律,及其他可能的相干疾病症状.在研讨进展更新后,特殊是以前被认定为意义不明突变时,最好可以或许对突变数据进行再剖析更新.将突变进行分类也是有帮忙的,比方该突变意义不明,但该突变地点的基因与已知疾病树立了明白的关系;比方突变属于有时性发明（Incidental Findings）.3.面向临床干涉的解读起首应充分收集患者个别表型数据.家族病史.临床病理和临床治疗的材料,这些信息对剖断驱动基因.懂得发病机制.指点用药和治疗筹划.耐药与预后剖析具有很大的价值.其次在进行临床干涉解读时应斟酌到FDA同意靶向治疗药物及其陪同检测.NCCN指南推举的治疗筹划.对于FDA和NCCN指南未涉及的,可参考文献（包含基于FDA/NCCN和文献编辑的二级数据库）,但是要斟酌到文献报导的证据强度,比方是什么机构的研讨,揭橥在什么期刊上;要斟酌到文献的证据级别比方是临床实验.照样案例报导.照样临床前的研讨.具体可参考AMP关于体细胞突变和遗传性突变的证据强度划分的指点看法.最后还应斟酌和制药公司/医疗机构/研讨机构的临床实验尽可能对接.凝聚数据剖析和临床注释于一张纸的陈述可以说其实不轻易,并且它决议了终端客户的最终体验.临床解读陈述应当做到简练清楚明了.重点突变的原则,表现严谨而周密的逻辑机构,达到便于浏览.懂得和指点临床干涉的目标.。

从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。

其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。

在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。

这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。

从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。

1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR 进行变异注释。

最后获得一份.vcf文件（图1）。

图1 从测序的原始序列数据到vcf文件的流程一份vcf文件包含如下基本信息。

Chr：变异所在的染色体Start：变异在染色体上的起始位置End：变异在染色体上的结束位置Ref：参考基因组的序列Alt：检测样本基因组的序列：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区）：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离）：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。