基因结构分析的基本策略.ppt
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遗传学(全套课件752P)ppt课件目录•遗传学基本概念与原理•基因突变与修复•基因重组与染色体变异•遗传规律与遗传图谱分析•分子遗传学技术与应用•细胞遗传学技术与应用CONTENTSCHAPTER01遗传学基本概念与原理遗传学定义及研究领域遗传学定义研究生物遗传信息传递、表达和调控的科学。
研究领域包括基因结构、功能、表达调控,基因突变、重组、进化,以及遗传与发育、免疫、疾病等方面的关系。
遗传物质基础:DNA与RNADNA脱氧核糖核酸,是生物体主要的遗传物质,由碱基、磷酸和脱氧核糖组成。
RNA核糖核酸,在蛋白质合成过程中起重要作用,由碱基、磷酸和核糖组成。
遗传信息传递过程DNA复制在细胞分裂间期进行,以亲代DNA为模板合成子代DNA的过程。
转录以DNA为模板合成RNA的过程,发生在细胞核或细胞质中。
翻译以mRNA为模板合成蛋白质的过程,发生在细胞质中的核糖体上。
基因表达调控机制基因表达基因携带的遗传信息通过转录、翻译等过程转变为具有生物活性的蛋白质分子的过程。
调控机制包括转录水平调控(如转录因子、启动子等)、转录后水平调控(如RNA剪接、修饰等)和翻译水平调控(如蛋白质磷酸化、去磷酸化等)。
这些调控机制使得生物体能够适应不同的环境条件并维持正常的生理功能。
CHAPTER02基因突变与修复点突变包括碱基替换、插入和缺失。
染色体畸变包括染色体结构变异和数目变异。
03生物因素如某些病毒和细菌。
01物理因素如紫外线、X 射线等。
02化学因素如亚硝酸、碱基类似物等。
直接修复切除修复重组修复SOS 修复DNA 损伤修复机制01020304针对某些特定类型的DNA 损伤,通过特定的酶直接进行修复。
通过核酸内切酶将损伤部位切除,再利用DNA 聚合酶和连接酶进行修复。
在复制过程中,当遇到无法直接修复的DNA 损伤时,可通过重组机制进行修复。
当DNA 受到严重损伤时,细胞会启动SOS 修复机制,通过易错复制方式快速完成复制过程。
基因功能分析的基本策略一、利用转基因模型研究基因的功能1转基因动物:是指用人工方法将外源基因导入或整合到基因组内,并能稳定传代的一类动物。
2基本原理:将目的基因(或基因组片段)用显微注射等方法注入实验动物的受精卵或着床前的胚胎细胞中,使目的基因整合到基因组中,然后将此受精卵或着床前的胚胎细胞再植入受体动物园的输卵管(或子宫)中,使其发育成携带有外源基因的转基因动物。
导入基因的方法有显微注射法、胚胎干细胞法、逆转录病毒感染法、精子载体法。
二、利用基因敲除模型研究基因的功能1基因打靶:是指通过DNA定点同源重组,改变基因组中的某一特定基因,从而在生物活体内研究此基因的功能。
若定向敲除某个基因,称为基因敲除,若定向将一段基因序列替代另一段基因序列,称为基因敲入。
2同源重组:是指发生在同源序列间的重组,它通过链的断裂和再连接,在两个DNA分子同源序列之间进行单链或双链片段的交换。
又称基本重组。
3基因敲除:是目前在体内研究基因功能的最佳方法,是指通过DNA同源重组定向的将外源基因插入宿主细胞染色体DNA,从而使特定基因在细胞内或生物或体内失活的过程。
4基因打靶的必备条件:胚胎干细胞(ES)、打靶载体5打靶载体的筛选标志:neo(新霉素)阳性筛选标志;HSV-tk阴性筛选标志。
6基因敲除的基本程序:①打靶载体的构建②打靶载体导入ES细胞③基因敲除ES细胞注射入胚泡④胚泡植入假孕小鼠的子宫中⑤嵌合体的杂交育种7构建打靶载体的基本过程①获得目的基因的同源片段,将此DNA片段克隆到一般的质粒载体中;②从重组质粒中切除目的基因的大部分同源DNA序列,只留部分序列在线性质粒载体的两端;③将neo基因克隆到带有目的基因同源顺序的线性质粒中,使之位于残留目的基因同源顺序的中间;④在目的基因同源顺序的外侧线性化重组质粒载体,将HSV-tk基因克隆到此线性载体中。
三、通过抑制或沉默基因表达对基因的功能进行分析研究1利用反义RNA抑制基因表达水平2利用RNAi技术在细胞中沉默特定基因已研究其功能1。
近年来,测序价格的下降,导致越来越多的基因组完成了测序,在数据库中形成了大量的可用资源。
如何利用这些资源呢?今天小编带你认识一下不测序也能发文章的思路--全基因组基因家族成员鉴定与分析(现在这一领域可是很热奥);一、基本分析内容⏹数据库检索与成员鉴定⏹进化树构建⏹保守domain和motif分析.⏹基因结构分析.⏹转录组或荧光定量表达分析.二、数据库检索与成员鉴定1、数据库检索1)首先了解数据库用法,学会下载你要分析物种的基因组相关数据。
一般也就是下面这些数据库了⏹Brachypodiumdb:⏹⏹Rice Genome Annotation Project :.⏹⏹⏹2)已鉴定的家族成员获取。
如何获得其他物种已发表某个基因家族的所有成员呢,最简单的就是下载该物种蛋白序列文件(可以从上述数据库中下载),然后按照文章中的ID,找到对应成员。
对于没有全基因组鉴定的,可以下列数据库中找:a. NCBI: nucleotide and protein db.2、比对工具。
一般使用blast和hmmer,具体使用命令如下:⏹Local BLASTformatdb–i db.fas–p F/T;blastall–p blastp(orelse) –i known.fas–d db.fas–m 8 –b 2(or else) e 1e-5 –o alignresult .txt.-b:output two different members in subject sequences (db).⏹Hmmer (hidden Markov Model) search. Thesame as PSI-BLAST in function. It has a higher sensitivity, but the speed islower.Command:3、过滤。
⏹Identity: 至少50%.⏹Cover region: 也要超过50%或者蛋白结构域的长度.⏹⏹EST 支持⏹ Blast and Hmmer同时检测到4、通过上述操作获得某家族的所有成员基因家族分析套路(二)本次主要讲解在基因家族分析类文章中,进化部分分析的内容。