诺禾致源高分文章集锦-动物基因组

图1 10X Genomic linked-reads辅助基因组组装流程图表1 不同组装策略组装人的基因组大小和ScaffoldN50长度[1]随着技术的发展，越来越多的物种完成了基因组的测序工作。

但基于二代测序短读长的限制，制约了参考基因组的组装质量，从而影响了后续研究工作的开展。

如今，我们可以利用更多的新技术，如10X Genomics，BioNano，ChiCago等，将基因组组装结果进行完善，进一步构建出高质量的参考基因组。

10X Genomics linked-reads10X Genomics公司通过在序列中引入barcode序列，能够得到跨度在50-100Kb的linked reads信息，与二代测序数据相结合，在Scaffold 的组装上能够得到媲美三代测序的组装结果（表1）。

展开阅读10X Genomic linked-reads辅助基因组组装流程如下图所示：图2 光学图谱工作流程图表3 利用Chicago技术提升相应的指标图3 Chicago文库构建流程图[6]Chicago文库构建流程如下：基因组 de novo 组装新技术助力文章冲刺新高度[1] Mostovoy Y, Levy-Sakin M, Lam J, et al. A hybrid approach for de novo human genome sequence assembly and phasing[J]. Nature methods, 2016. 阅读原文>>/nmeth/journal/v13/n7/abs/nmeth.3865.html[2] Pendleton M, Sebra R, Pang A W C, et al. Assembly and diploid architecture of an individual human genome via single-molecule tech-nologies[J]. Nature methods, 2015. 阅读原文>>/s?wd=paperuri:(ac8d0768*******de9b67e959e5d924b)&filter=sc_long_sign&sc_ks_para=q%3DAssembly+and+diploid+architecture+of+an+individual +human+genome+via+single-molecule+technologies.&tn=SE_baiduxueshu_c1gjeupa&ie=utf-8&sc_us=14004045691020250024[3] VanBuren R, Bryant D, Edger P P , et al. Single-molecule sequencing of the desiccation-tolerant grass Oropetium thomaeum[J]. Nature, 2015. 阅读原文>>/s?wd=paperuri:(4f4baa5f458c3598ebfa32b1017a4569)&filter=sc_long_sign&sc_ks_para=q%3DSingle-molecule+sequencing+of+the+desiccation-tolera nt+grass+Oropetium+thomaeum.&tn=SE_baiduxueshu_c1gjeupa&ie=utf-8&sc_us=3671601047694710580[4] Dong Y, Xie M, Jiang Y, et al.Sequencing and automated whole-genome optical mapping of the genome of adomestic goat (Capra hircus). Nature biotechnology, 2013, 31(2): 135-141. 阅读原文>>/nbt/journal/v31/n2/full/nbt.2478.html [5] Zhang Q, Chen W, Sun L, et al. The genome of Prunus mume. Nature communications, 2012, 3: 1318. 阅读原文>>http://pubmedcentralcanada.ca/pmcc/articles/PMC3535359/[6] Bredeson J V, Lyons J B, Prochnik S E, et al. Sequencing wild and cultivated cassava and related species reveals extensive interspecific hybridization and genetic diversity[J]. Nature biotechnology, 2016, 34(5): 562-570. 阅读原文>>/s?wd=paperuri:(030555bb483ea9f72bf308bf22787f02)&filter=sc_long_sign&sc_ks_para=q%3DSequencing+wild+and+cultivated+cassava+and+related +species+reveals+extensive+interspecific+hybridization+and+genetic+diversity.&tn=SE_baiduxueshu_c1gjeupa&ie=utf-8&sc_us=13838504648880517513[7] Putnam N H, O'Connell B L, Stites J C,et al. Chromosome-scale shotgun assembly using an in vitro method forlong-range linkage[J]. Genome research, 2016, 26(3): 342-350. 阅读原文>>/s?wd=paperuri:(4c8ec46542c7e21bfa15ae10f7a9f8bf)&filter=sc_long_sign&sc_ks_para=q%3DChromosome-scale+shotgun+assembly+using+an+in+vit ro+method+for+long-range+linkage.&tn=SE_baiduxueshu_c1gjeupa&ie=utf-8&sc_us=36575566455777547参考文献Chicago技术（体外Hi-C 技术）作为提供长距离连接数据的组装提升方法，Chicago技术不仅能够获得长序列连接信息，还能帮助组装提升到染色体水平，该技术使用效率高、操作简便、经济性强，并且产生的高质量文库能够更好地应用于后期组装或研究。

肉苁蓉及其有效成分调节抗生素所致小鼠肠道菌群失调韩天雨，杨　栋，周树青，乔亚梅，尹　静，金　敏，李君文△（军事科学院军事医学研究院环境医学与作业医学研究所，天津３０００５０）【摘要】　目的：研究肉苁蓉及其有效成分肉苁蓉多糖和松果菊苷对抗生素相关性腹泻（ＡＡＤ）小鼠肠道菌群的影响。

方法：４８只Ｂａｌｂ／ｃ小鼠随机分为对照（ＣＯＮ）组、ＡＡＤ组、菊粉（ＩＮＵ）组、肉苁蓉（ＲＣＲ）组、肉苁蓉多糖（ＲＣＲＤＴ）组和松果菊苷（ＥＣＨ）组，每组８只，连续７ｄ灌胃盐酸林可霉（３ｇ／ｋｇ）造小鼠腹泻模型，随后灌胃ＩＮＵ（５ｇ／ｋｇ）、ＲＣＲ（５ｇ／ｋｇ）、ＲＣＲＤＴ（２００ｍｇ／ｋｇ）和ＥＣＨ（６０ｍｇ／ｋｇ）各０．２ｍｌ，１次／日，治疗７ｄ，ＣＯＮ组和ＡＡＤ组小鼠灌胃同体积的生理盐水。

通过观察小鼠一般体征、结肠ＨＥ染色、６ＳｒＤＮＡ高通量测序分析，综合评价肉苁蓉及其有效成分肉苁蓉多糖和松果菊苷对抗生素所致小鼠肠道菌群失调的作用。

结果：与ＣＯＮ组相比，ＡＡＤ组小鼠体重减轻，出现明显腹泻症状，结肠组织出现炎性改变，肠道菌群多样性降低（Ｐ＜０．０５），说明造模成功。

与ＡＡＤ组相比，ＩＮＵ组、ＲＣＲ组、ＲＣＲＤＴ组和ＥＣＨ组小鼠体重恢复，腹泻症状明显改善；ＥＣＨ组小鼠结肠病理恢复至正常水平；与ＡＡＤ组相比，ＲＣＲ组、ＲＣＲＤＴ组和ＥＣＨ组小鼠肠道厚壁菌门含量明显减少，Ｂｌａｕｔｉａ和Ｌａｃｈｎｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ含量增加，Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ＿１含量减少（Ｐ＜０．０５），此外，ＥＣＨ组小鼠肠道菌群丰度和多样性恢复至正常水平，肠道菌群结构得到良性调整，拟杆菌属、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ、Ａｇａｔｈｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｈｎｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ９等含量增加（Ｐ＜０．０１）。

结论：肉苁蓉及其有效成分肉苁蓉多糖和松果菊苷均可以调节抗生素所致肠道菌群失调，改善ＡＡＤ症状，其中松果菊苷的作用更明显。

江苏农业学报(ＪｉａｎｇｓｕＪ.ｏｆＡｇｒ.Ｓｃｉ.)ꎬ２０２３ꎬ３９(２):４４４￣４５２ｈｔｔｐ://ｊｓｎｙｘｂ.ｊａａｓ.ａｃ.ｃｎ魏清宇ꎬ吴鹏飞ꎬ叶红心ꎬ等.边鸡快长型与慢长型品系胚胎骨骼肌发育中差异可变剪切[Ｊ].江苏农业学报ꎬ２０２３ꎬ３９(２):４４４￣４５２.ｄｏｉ:１０.３９６９/ｊ.ｉｓｓｎ.１０００￣４４４０.２０２３.０２.０１７边鸡快长型与慢长型品系胚胎骨骼肌发育中差异可变剪切魏清宇１ꎬ㊀吴鹏飞２ꎬ㊀叶红心１ꎬ㊀李培峰１ꎬ㊀崔少华１ꎬ㊀张㊀旗１ꎬ㊀张㊀丽１ꎬ㊀张跟喜２(１.山西农业大学动物科学学院ꎬ山西太原０３００３２ꎻ２.扬州大学动物科学与技术学院ꎬ江苏扬州２２５００９)收稿日期:２０２２￣０６￣０４基金项目:山西省重点研发项目(２０１７０３Ｄ２２１０２２￣３)ꎻ生物育种工程项目(ｙｚｇｃ１２９)ꎻ国家肉鸡产业技术体系项目(ＣＡＲＳ￣４１)ꎻ江苏高校优势学科建设工程项目(ＰＡＰＤ)ꎻ山西省现代农业产业技术体系建设专项资金资助项目(２０２２￣０７)作者简介:魏清宇(１９７３－)ꎬ男ꎬ山西太谷人ꎬ硕士ꎬ副研究员ꎬ主要从事家禽育种研究工作ꎮ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｘｍｓｚｊｃ＠１２６.ｃｏｍꎮ吴鹏飞为共同第一作者ꎮ通讯作者:张跟喜ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｇｘｚｈａｎｇ＠ｙｚｕ.ｅｄｕ.ｃｎ㊀㊀摘要:㊀骨骼肌生长发育对肉鸡产业至关重要ꎬ可变剪切(ＡＳ)作为生物体内一种普遍存在的调控机制ꎬ在骨骼肌发育过程中发挥着重要作用ꎮ本研究以快长型㊁慢长型边鸡品系为试验材料ꎬ收集受精蛋后孵化至１４胚龄和２０胚龄ꎬ然后采集鸡胚腿肌进行转录组测序ꎬ用于分析骨骼肌发育过程中的差异可变剪切事件ꎮ在１４胚龄慢长型(Ｓ１４)与１４胚龄快长型(Ｆ１４)比较组中共发生２３０个差异可变剪切事件ꎬ其对应了２００个基因ꎬ在２０胚龄慢长型(Ｓ２０)与２０胚龄快长型(Ｆ２０)比较组中共发生３７３个差异可变剪切事件ꎬ其对应了３２４个基因ꎬ且２个比较组中存在４７个相同的基因ꎮＧＯ富集分析结果表明ꎬ前２０个富集条目中包括丝氨酸家族氨基酸分解代谢过程㊁肌球蛋白ＩＩ细丝组装和肌动球蛋白结构组织等与骨骼肌发育相关的生物学过程ꎮＫＥＧＧ通路富集分析结果表明ꎬ前２０条通路中有多条通路与骨骼肌发育相关ꎬ包括黏附连接㊁肌动蛋白细胞骨架调节和黏着斑等ꎮ基于ＳＴＲＩＮＧ数据库对所有差异可变剪切事件的来源基因进行蛋白质互作网络分析ꎬ然后利用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ(３.８.２)软件中的插件ＣｙｔｏＨｕｂｂａ筛选核心基因ꎬ结合富集分析结果在Ｓ１４与Ｆ１４比较组中发现ＴＬＮ２㊁ＰＡＲＶＢ和ＩＴＧＡ６等多个关键候选基因ꎬ在Ｓ２０与Ｆ２０比较组中发现ＬＤＢ３㊁ＰＤＬＩＭ３㊁ＩＴＧＢ５㊁ＤＭＤ㊁ＴＮＳ３和ＲＡＣ１等多个关键候选基因ꎬ同时ꎬ筛选到的ＰＤＬＩＭ５和ＧＩＴ１候选基因在１４胚龄㊁２０胚龄边鸡骨骼肌发育中均发挥重要作用ꎮ本研究结果为进一步解析骨骼肌发育调控机理奠定了基础ꎬ也为黄羽肉鸡的选育工作提供一定参考ꎮ关键词:㊀骨骼肌ꎻ可变剪切ꎻ鸡中图分类号:㊀Ｓ８３１.２㊀㊀㊀文献标识码:㊀Ａ㊀㊀㊀文章编号:㊀１０００￣４４４０(２０２３)０２￣０４４４￣０９Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｄｕｒｉｎｇｅｍｂｒｙｏｎｉｃｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅｄｅｖｅｌｏｐ￣ｍｅｎｔｉｎｆａｓｔ￣ｇｒｏｗｉｎｇａｎｄｓｌｏｗ￣ｇｒｏｗｉｎｇｓｔｒａｉｎｓｏｆＢｉａｎｃｈｉｃｋｅｎＷＥＩＱｉｎｇ￣ｙｕ１ꎬ㊀ＷＵＰｅｎｇ￣ｆｅｉ２ꎬ㊀ＹＥＨｏｎｇ￣ｘｉｎ１ꎬ㊀ＬＩＰｅｉ￣ｆｅｎｇ１ꎬ㊀ＣＵＩＳｈａｏ￣ｈｕａ１ꎬ㊀ＺＨＡＮＧＱｉ１ꎬ㊀ＺＨＡＮＧＬｉ１ꎬ㊀ＺＨＡＮＧＧｅｎ￣ｘｉ２(１.ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＡｎｉｍａｌＳｃｉｅｎｃｅꎬＳｈａｎｘｉＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＴａｉｙｕａｎ０３００３２ꎬＣｈｉｎａꎻ２.ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＡｎｉｍａｌＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙꎬＹａｎｇｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉ￣ｔｙꎬＹａｎｇｚｈｏｕ２２５００９ꎬＣｈｉｎａ)㊀㊀Ａｂｓｔｒａｃｔ:㊀Ｔｈｅｇｒｏｗｔｈａｎｄｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅｉｓｖｉｔａｌｔｏｔｈｅｂｒｏｉｌｅｒｉｎｄｕｓｔｒｙ.Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇ(ＡＳ)ｉｓａｕｎｉｖｅｒｓａｌｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｍｅｃｈａｎｉｓｍｉｎｏｒｇａｎｉｓｍｓａｎｄｐｌａｙｓａｎｉｍｐｏｒｔａｎｔｒｏｌｅｉｎｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅ.Ｔｈｅｆａｓｔ￣ｇｒｏｗｉｎｇａｎｄｓｌｏｗ￣ｇｒｏｗｉｎｇｇｒｏｕｐｓｏｆＢｉａｎｃｈｉｃｋｅｎｗｅｒｅｕｓｅｄａｓｔｒｉａｌｍａｔｅｒｉａｌｓ.Ａｆｔｅｒｔｈｅｆｅｒｔｉｌｉｚｅｄｅｇｇｓｗｅｒｅｃｏｌｌｅｃｔｅｄａｎｄｉｎｃｕｂａｔｅｄｔｏ１４ａｎｄ２０ｄａｙｓꎬｔｈｅｌｅｇｍｕｓｃｌｅｓｏｆＢｉａｎｃｈｉｃｋｅｎｓｗｅｒｅｃｏｌｌｅｃｔｅｄｆｏｒＲＮＡ￣ｓｅｑ.Ｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔ２３０ａｎｄ３７３ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙｅｘｐｒｅｓｓｅｄａｌｔｅｒｎａ￣ｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｅｖｅｎｔｓ(ＤＥＡＳ)ｗｅｒｅｆｏｕｎｄｉｎＳ１４(１４￣ｄａｙｅｍｂｒｙｏｓｏｆｓｌｏｗ￣ｇｒｏｗｉｎｇｃｈｉｃｋｅｎ)ｖｓＦ１４(１４￣ｄａｙｅｍｂｒｙ￣４４４ｏｓｏｆｆａｓｔ￣ｇｒｏｗｉｎｇｃｈｉｃｋｅｎ)ａｎｄＳ２０(２０￣ｄａｙｅｍｂｒｙｏｓｏｆｓｌｏｗ￣ｇｒｏｗｉｎｇｃｈｉｃｋｅｎ)ｖｓＦ２０(２０￣ｄａｙｅｍｂｒｙｏｓｏｆｆａｓｔ￣ｇｒｏｗｉｎｇｃｈｉｃｋｅｎ)ｇｒｏｕｐｓꎬｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇｔｏ２００ａｎｄ３２４ｈｏｓｔｇｅｎｅｓｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ.Ｔｈｅｒｅｗｅｒｅ４７ｓａｍｅｈｏｓｔｇｅｎｅｓｉｎｔｈｅｔｗｏｃｏｍｐａｒｉ￣ｓｏｎｇｒｏｕｐｓ.ＧＯａｎａｌｙｓｉｓｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｐｒｏｃｅｓｓｅｓ(ＢＰ)ｔｅｒｍｓｒｅｌａｔｅｄｔｏｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｉｎｔｈｅｔｏｐ２０ꎬｓｕｃｈａｓｓｅｒｉｎｅｆａｍｉｌｙａｍｉｎｏａｃｉｄｃａｔａｂｏｌｉｃｐｒｏｃｅｓｓꎬｍｙｏｓｉｎＩＩｆｉｌａｍｅｎｔａｓｓｅｍｂｌｙａｎｄａｃｔｏｍｙｏｓｉｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｒｇａｎｉｚａ￣ｔｉｏｎꎬｗｅｒｅｏｂｔａｉｎｅｄ.ＫＥＧＧｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔａｎａｌｙｓｉｓｆｏｕｎｄｔｈａｔｓｏｍｅｏｆｔｈｅｔｏｐ２０ｐａｔｈｗａｙｓｗｅｒｅａｌｓｏｒｅｌａｔｅｄｔｏｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔꎬｉｎｃｌｕｄｉｎｇａｄｈｅｒｅｎｓｊｕｎｃｔｉｏｎꎬｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆａｃｔｉｎｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔｏｎａｎｄｆｏｃａｌａｄｈｅｓｉｏｎ.Ｐｒｏｔｅｉｎ￣ｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｎｅｔｗｏｒｋ(ＰＰＩ)ａｎａｌｙｓｉｓｗａｓｐｅｒｆｏｒｍｅｄｆｏｒｔｈｅｈｏｓｔｇｅｎｅｓｏｆａｌｌｔｈｅＤＥＡＳ.Ｋｅｙｃａｎｄｉｄａｔｅｈｏｓｔｇｅｎｅｓｗｅｒｅｆｕｒｔｈｅｒｓｃｒｅｅｎｅｄｕｓｉｎｇｔｈｅｐｌｕｇ￣ｉｎＣｙｔｏＨｕｂｂａｃｏｍｂｉｎｅｄｗｉｔｈｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔｒｅｓｕｌｔｓ.ＫｅｙｃａｎｄｉｄａｔｅｈｏｓｔｇｅｎｅｓＴＬＮ２ꎬＰＡＲＶＢａｎｄＩＴ￣ＧＡ６ｗｅｒｅｆｏｕｎｄｉｎＳ１４ｖｓＦ１４ｇｒｏｕｐꎬａｎｄＬＤＢ３ꎬＰＤＬＩＭ３ꎬＩＴＧＢ５ꎬＤＭＤꎬＴＮＳ３ａｎｄＲＡＣ１ｗｅｒｅｆｏｕｎｄｉｎＳ２０ｖｓＦ２０ｇｒｏｕｐ.ＴｈｅｒｅｓｕｌｔｓａｌｓｏｓｈｏｗｅｄｔｈａｔＰＤＬＩＭ５ａｎｄＧＩＴ１ｗｅｒｅｂｏｔｈｉｍｐｏｒｔａｎｔｉｎｔｈｅｔｗｏｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｇｒｏｕｐｓ.Ｔｈｅｓｅｒｅｓｕｌｔｓｃａｎｌａｙａｆｏｕｎｄａｔｉｏｎｆｏｒｆｕｒｔｈｅｒｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇａｎｄａｎａｌｙｚｉｎｇｔｈｅｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｍｅｃｈａｎｉｓｍｏｆｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔꎬａｎｄａｌｓｏｐｒｏｖｉｄｅａｒｅｆｅｒｅｎｃｅｆｏｒｔｈｅｂｒｅｅｄｉｎｇｏｆｙｅｌｌｏｗ￣ｆｅａｔｈｅｒｅｄｂｒｏｉｌｅｒｓ.Ｋｅｙｗｏｒｄｓ:㊀ｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅꎻａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇꎻｃｈｉｃｋｅｎ㊀㊀可变剪切(ＡＳ)是指前体ｍＲＮＡ在剪切体作用下选择性去除或保留外显子和内含子ꎬ最终形成成熟ｍＲＮＡ的过程[１￣２]ꎬ该过程普遍存在于高等真核生物中ꎬ它是真核生物体内基因表达调控的一种重要机制ꎬ是导致真核生物体中转录本差异和蛋白质组多样化的重要原因[３￣６]ꎮ人类基因组中发生可变剪切的基因达９０％以上[３￣４]ꎬ可变剪切主要包含以下７种(图１)[３ꎬ７]ꎮ近年来ꎬ可变剪切调控在人类疾病中的作用逐渐被重视并揭示[８￣９]ꎬ此外ꎬ广泛存在的各种形式的可变剪切还参与多种正常生命活动和生物学调控过程ꎬ包括骨骼肌的发育[１０]ꎮ骨骼肌是保持人㊁动物身体健康并维持运动能力的基础ꎮ在畜禽行业ꎬ骨骼肌的生长发育情况决定了畜禽的屠宰性能ꎬ直接影响经济效益ꎮ心肌细胞增强因子２Ｄ(ＭＥＦ２Ｄ)是转录因子ＭＥＦ２家族成员ꎬ在肌生成调控过程中发挥着重要作用[１１]ꎬＭＥＦ２Ｄ基因通过可变剪切形成互斥型外显子(ＭＸＥ)剪切体亚型ＭＥＦ２Ｄα１㊁ＭＥＦ２Ｄα２[１２]ꎬＭＥＦ２Ｄα１在肌肉分化过程中发挥抑制作用ꎬ而ＭＥＦ２Ｄα２却发挥着促进作用ꎮ在骨骼肌中ꎬ胰岛素和胰岛素生长素１(ＩＧＦ１)均能通过与胰岛素受体(ＩＮＳＲ)结合激活ＰＩ３Ｋ/ＡＫＴ/ｍＴＯＲ通路ꎬ调控肌肉肥大[１３]ꎬ然而ꎬ在转录过程中ꎬＩＮＳＲ基因通过可变剪切能形成２种亚型ＩＮＳＲ￣Ａ和ＩＮＳＲ￣Ｂꎬ其中ꎬＩＮＳＲ￣Ａ亚型缺乏第１１外显子ꎬ其编码的蛋白质与胰岛素㊁ＩＧＦ１均不结合ꎬ反而与胰岛素生长素２(ＩＧＦ２)结合ꎬ而ＩＮＳＲ￣Ｂ亚型包含第１１外显子ꎬ其编码的蛋白质对胰岛素更加敏感ꎬ可调控肌肉肥大[１４]ꎮ不同可变剪切对骨骼肌发育影响差异较大ꎬ甚至造成相反的功效ꎬ因此ꎬ对可变剪切的研究具有重要意义ꎮａ:外显子跳跃型可变剪切或盒式可变剪切ꎻｂ:５ᶄ端可变剪切ꎻｃ:３ᶄ端可变剪切ꎻｄ:内含子滞留型可变剪切ꎻｅ:互斥外显子型可变剪切ꎻｆ:选择性启动子型可变剪切ꎻｇ:选择性多聚核苷酸化型可变剪切ꎮ图１㊀７种可变剪切事件Ｆｉｇ.１㊀Ｓｅｖｅｎｋｉｎｄｓｏｆａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｅｖｅｎｔｓ㊀㊀胚胎期是骨骼肌发育的关键时期ꎬ直接影响肌纤维的数量ꎮ本研究拟以慢长型㊁快长型边鸡品系为试验材料ꎬ分别在１４胚龄和２０胚龄运用转录组测序技术(ＲＮＡ￣ｓｅｑ)筛选胚胎期慢长型㊁快长型边鸡品系骨骼肌发育中的差异可变剪切事件ꎬ寻找影响骨骼肌发育的关键可变剪切事件及其来源基因ꎬ以期为进一步解析并完善骨骼肌发育中可变剪切的作用机理奠定基础ꎮ５４４魏清宇等:边鸡快长型与慢长型品系胚胎骨骼肌发育中差异可变剪切１㊀材料与方法１.１㊀试验材料边鸡是山西省的优良地方鸡品种ꎬ具有耐严寒㊁耐粗饲料等特点ꎮ３００日龄时ꎬ收集慢长型㊁快长型边鸡品系中具有半同胞关系的种蛋进行统一孵化ꎬ孵化至１４胚龄㊁２０胚龄时破除蛋壳ꎬ对胚胎进行质量称量ꎬ同时ꎬ在１４胚龄时采集尿囊液㊁２０胚龄时采集微量全血用于性别鉴定ꎬ最后ꎬ统一采集右侧腿肌置于液氮中保存ꎮ母鸡发育过程中右侧性腺退化ꎬ通过解剖雏鸡初步判断其性别ꎮ然后利用鸡尿囊液或微量全血进行ＣＨＤ１基因ＰＣＲ扩增ꎬ快速准确鉴定其性别[１５]ꎮ本研究中使用的ＣＨＤ１基因引物为Ｆ:５ᶄ￣ＧＴＴＡＣＴ￣ＧＡＴＴＣＧＴＣＴＡＣＧＡＧＡ￣３ᶄꎬＲ:５ᶄ￣ＡＴＴＧＡＡＡＴＧＡＴＣ￣ＣＡＧＴＧＣＴＴＧ￣３ᶄꎬ使用的ＰＣＲ试剂为２ˑＴａｑＰｌｕｓＭａｓｔｅｒＭｉｘ(Ｄｙｅ)ꎮＰＣＲ反应体系为:尿囊液２ ０μｌ或血液０ ５μｌꎬ正㊁反向引物各２ ０μｌ(１０ ０μｍｏｌ/Ｌ)㊁２ˑＴａｑＰｌｕｓＭａｓｔｅｒＭｉｘ(Ｄｙｅ)２５ ０μｌꎬ用灭菌双蒸水补足至５０ ０μｌꎮＰＣＲ反应条件为:９４ħ预变性２ｍｉｎꎻ９４ħ３０ｓꎬ５５ħ３０ｓꎬ７２ħ３０ｓꎬ进行３５个循环ꎬ７２ħ延伸５ｍｉｎꎬ４ħ保温１０ｍｉｎꎮ最后ꎬ在１４胚龄快长型(Ｆ１４)㊁１４胚龄慢长型(Ｓ１４)㊁２０胚龄快长型(Ｆ２０)和２０胚龄慢长型(Ｓ２０)中分别选择体质量最接近的４只母鸡的腿肌ꎬ提取ＲＮＡ用于转录组测序ꎮ１.２㊀总ＲＮＡ提取及文库构建采用传统ＴＲＩｚｏｌ法提取鸡胚腿部组织ＲＮＡꎬ样品质检合格后委托北京诺禾致源科技股份有限公司构建测序文库[１６]ꎬ测序文库质检合格后利用测序仪器ＮｏｖａＳｅｑ６０００(Ｉｌｌｕｍｉｎａ公司产品)进行双端测序ꎬ测序原理是边合成边测序ꎬ最后生成１５０ｂｐ长度的原始测序序列ꎬ用于后续生物信息学分析ꎮ１.３㊀测序数据质控原始数据中包含少量带有测序接头或测序质量较低的测序序列ꎬ需对其进行过滤:(１)去除带接头的测序序列ꎻ(２)去除Ｎ(Ｎ表示无法确定的碱基)占比大于０ ００２的测序序列ꎻ(３)去除低质量测序序列ꎮ１.４㊀测序数据比对分析将过滤得到的有效测序数据比对到基因组后用于后续分析ꎬ比对软件采用Ｈｉｓａｔ２(ｈｔｔｐ://ｃｃｂ.ｊｈｕ.ｅｄｕ/ｓｏｆｔｗａｒｅ/ｈｉｓａｔ２)[１７]ꎬ参考基因组为ＧＲＣｇ６ａ(ｆｔｐ://ｆｔｐ.ｅｎｓｅｍｂｌ.ｏｒｇ/ｐｕｂ/ｒｅｌｅａｓｅ￣９７/ｆａｓｔａ/ｇａｌｌｕｓ＿ｇａｌｌｕｓ/ｄｎａ/)ꎮ１.５㊀可变剪切事件差异分析及其功能富集基于比对结果ꎬ利用ｒＭＡＴＳ软件[１８]对可变剪切事件进行统计分析㊁定量分析和差异分析ꎮｒＭＡＴＳ软件可分析５种可变剪切事件ꎬ分别为外显子跳跃型可变剪切(ＳＥ)㊁内含子滞留型可变剪切(ＲＩ)㊁互斥外显子型可变剪切(ＭＸＥ)㊁５ᶄ端可变剪切(Ａ５ＳＳ)和３ᶄ端可变剪切(Ａ３ＳＳ)ꎮ差异可变剪切事件来源基因的功能富集分析涉及ＧＯ和ＫＥＧＧꎮＧＯ是描述基因功能的综合性数据库ꎬ包括分子功能(ＭＦ)㊁生物过程(ＢＰ)和细胞组成(ＣＣ)３个部分ꎮＫＥＧＧ[１９]是整合了基因组和系统功能信息的综合性数据库ꎬ在生物体内ꎬ不同基因相互协调行使其生物学功能ꎬ通过ＫＥＧＧ通路富集分析可以探寻差异表达可变剪切事件来源基因参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径ꎮ本研究利用ＧＯｓ￣ｅｑ[２０]软件进行ＧＯ富集分析ꎬ用ＫＯＢＡＳ(３ ０)[２１]软件进行ＫＥＧＧ通路富集分析ꎮ１.６㊀基于蛋白质互作网络筛选关键核心基因利用ＳＴＲＩＮＧ数据库进一步对２个比较组中所有差异可变剪切事件来源基因进行蛋白质互作网络分析(ＰＰＩ)ꎬ用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ(３.８.２)软件中的插件Ｃｙｔｏ￣Ｈｕｂｂａ采用最大集团中心性(ＭＣＣ)算法筛选核心基因ꎬ筛选标准为ＭＣＣ值>５０ꎮ１.７㊀统计分析方法本研究利用ＳＰＳＳ１３.０软件对体质量进行显著性分析ꎬ采用的方法为独立样本ｔ检验ꎬ最终数据以平均值ʃ标准差的形式进行表示ꎮ２㊀结果与分析２.１㊀个体体质量统计对送样个体体质量进行统计ꎬＳ１４:(９.２６ʃ０ ５５)ｇꎻＦ１４:(１１.２４ʃ０ ５４)ｇꎻＳ２０:(３２.６０ʃ１ ４７)ｇꎻＦ２０:(３９.２６ʃ２ ０７)ｇꎮ独立样本ｔ检验结果显示ꎬ快长型个体１４胚龄时的平均体质量极显著高于慢长型个体(Ｐ＝０ ００５)ꎬ２０胚龄时快长型个体平均体质量也极显著高于慢长型个体(Ｐ＝０ ００４)ꎮ说明快长型个体与慢长型个体的体质量在胚胎期具有较大的表型差异ꎮ６４４江苏农业学报㊀２０２３年第３９卷第２期２.２㊀测序数据质控及比对结果分析对原始数据进行质控分析ꎬ发现每个个体有效测序序列正确识别率>９９ ９０％(Ｑ３０)的碱基数占９３ ９９％以上ꎬ正确识别率>９９ ００％(Ｑ２０)的碱基数占９８ ００％以上ꎮ同时ꎬ每个个体有效测序序列中(Ｇ＋Ｃ)含量为４５ ２６％~４８ ４９％ꎬ无碱基分离现象ꎬ以上结果表明测序数据良好ꎮ与参考基因组进行比对ꎬ发现测序序列可比对到外显子㊁内含子和基因间区３个部分ꎬ且比对到外显子的比例最高ꎬ符合预期ꎬ可用于后续分析ꎮ２.３㊀差异可变剪切事件统计结果以错误发现率(ＦＤＲ)ɤ０ ０１为筛选标准ꎬ对可变剪切事件进行统计(图２)ꎬ在１４胚龄快长型个体与１４胚龄慢长型个体之间发生了２３０个差异可变剪切事件ꎬ其中外显子跳跃型可变剪切事件有１９２个ꎬ内含子滞留型可变剪切事件有７个ꎬ互斥外显子型可变剪切事件有２１个ꎬ５ᶄ端可变剪切事件只有１个ꎬ３ᶄ端可变剪切事件有９个ꎮ对２０胚龄快长型个体与２０胚龄慢长型个体之间发生的可变剪切事件进行统计分析ꎬ共发现３７３个差异可变剪切事件ꎬ其中ꎬ外显子跳跃型可变剪切事件有２８５个ꎬ互斥外显子型可变剪切事件有４９个ꎮ外显子跳跃型可变剪切事件在１４胚龄快长型与慢长型比较组和２０胚龄快长型与慢长型比较组中所占比例均为最高ꎬ且远高于其他类型ꎬ推测该种可变剪切在生物体内普遍存在并发挥着重要作用ꎮＦ１４:１４胚龄快长组ꎻＳ１４:１４胚龄慢长组ꎮ图２㊀可变剪切事件统计结果Ｆｉｇ.２㊀Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓｏｆｄｉｆｆｅｒｅｎｔａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｅｖｅｎｔｓ２.４㊀差异可变剪切事件来源基因功能富集分析对差异结果进行深入分析ꎬ发现Ｓ１４与Ｆ１４比较组中得到的２３０个差异可变剪切事件对应了２００个来源基因ꎬＳ２０与Ｆ２０比较组中得到的３７３个差异可变剪切事件对应了３２４个来源基因ꎬ２个比较组中相同的来源基因共４７个ꎮ分别对Ｓ１４与Ｆ１４㊁Ｓ２０与Ｆ２０比较组中得到的可变剪切事件来源基因进行ＧＯ富集分析和ＫＥＧＧ通路富集分析ꎮＧＯ富集分析结果(图３)表明ꎬ在Ｓ１４与Ｆ１４比较组中显著富集的前２０个条目中有１３个生物学过程(ＢＰ)条目ꎬ包含丝氨酸家族氨基酸分解代谢过程和肌球蛋白ＩＩ细丝组装等与骨骼肌发育相关的条目ꎻ在Ｓ２０与Ｆ２０比较组中显著富集的前２０个条目中只有３个ＢＰ条目ꎬ其中线粒体钙离子转运和肌动球蛋白结构组织与骨骼肌发育相关ꎮ此外ꎬ骨骼肌收缩的调节㊁肌原纤维组装和肌细胞内稳态等显著富集的前２０个条目之外的其他ＢＰ条目也与骨骼肌发育相关ꎮ㊀㊀ＫＥＧＧ通路富集分析结果(图４)表明ꎬ在Ｓ１４与Ｆ１４比较组中前２０条富集通路中有４条达到显著水平ꎬ分别为细胞外基质(ＥＣＭ)受体相互作用㊁２￣氧羰基酸代谢㊁氨基酸的生物合成和黏附连接ꎬ它们均在动物骨骼肌发育过程中发挥重要作用ꎻ在Ｓ２０与Ｆ２０比较组中前２０条ＫＥＧＧ通路中筛选到８条显著富集的通路ꎬ其中ｍＴＯＲ信号通路㊁肌动蛋白细胞骨架调节和黏附连接等对骨骼肌的生长发育具有重要调节作用ꎮ在２个比较组的前２０条ＫＥＧＧ通路中发现４条共同富集的通路ꎬ分别为黏附连接㊁肌动蛋白细胞骨架调节㊁黏着斑和真核生物核糖体生物发生ꎬ其中黏附连接是唯一共同显著富集的通路ꎬ说明这４条通路及其基因以及发生的可变剪切事件可能在鸡胚１４胚龄㊁２０胚龄骨骼肌发育时均发挥着重要作用ꎮ７４４魏清宇等:边鸡快长型与慢长型品系胚胎骨骼肌发育中差异可变剪切Ｓ１４㊁Ｆ１４㊁Ｓ２０㊁Ｆ２０见图２注ꎮ图３㊀ＧＯ功能富集分析结果Ｆｉｇ.３㊀ＲｅｓｕｌｔｓｏｆＧＯｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔａｎａｌｙｓｉｓ２.５㊀蛋白质互作网络筛选关键核心基因利用ＳＴＲＩＮＧ数据库进一步对２个比较组中差异可变剪切事件来源基因进行蛋白质互作网络分析ꎬ图５为前１００个蛋白质的互作网络图ꎬ颜色越深表示其所处位置越核心ꎮ以ＭＣＣ值>５０为条件ꎬ同时结合ＫＥＧＧ分析结果ꎬ在Ｓ１４与Ｆ１４比较组中我们发现多个具有调控作用的核心蛋白质ꎬ包括ＴＬＮ２㊁ＰＡＲＶＢ和ＩＴＧＡ６ꎮ同时ꎬＫＥＧＧ结果显示ꎬ在前２０条通路中ꎬＴＬＮ２㊁ＰＡＲＶＢ和ＩＴＧＡ６基因均富集在黏着斑通路中ꎬＩＴＧＡ６也富集在细胞外基质受体相互作用和肌动蛋白细胞骨架调节通路中ꎻ在Ｓ２０与Ｆ２０比较组中发现多个调控生长发育的核心蛋白质ꎬ包括ＬＤＢ３㊁ＰＤＬＩＭ３㊁ＩＴＧＢ５㊁ＤＭＤ㊁ＴＮＳ３和ＲＡＣ１等ꎬ其中ꎬＬＤＢ３的ＭＣＣ值最高ꎮＫＥＧＧ结果显示ꎬ在前２０条通路中ꎬＲＡＣ１基因富集的通路高达５条ꎬ包括肌动蛋白细胞骨架调节㊁黏附连接㊁黏着斑等骨骼肌发育重要信号通路ꎬＩＴＧＢ５基因富集在肌动蛋白细胞骨架调节和黏着斑２条骨骼肌发育相８４４江苏农业学报㊀２０２３年第３９卷第２期Ｓ１４㊁Ｆ１４㊁Ｓ２０㊁Ｆ２０见图２注ꎮ图４㊀ＫＥＧＧ通路富集分析结果Ｆｉｇ.４㊀ＫＥＧＧｐａｔｈｗａｙｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔａｎａｌｙｓｉｓ关通路中ꎮ此外ꎬ我们发现ＰＤＬＩＭ５和ＧＩＴ１在１４胚龄和２０胚龄快长型㊁慢长型边鸡骨骼肌发育过程中均具有调控作用ꎬ结合可变剪切事件发生类型进行分析ꎬ发现在１４胚龄快长型与慢长型比较组中ＰＤＬＩＭ５基因发生了ＳＥ型和ＭＸＥ型２种差异的可变剪切事件ꎬ而在２０胚龄快长型与慢长型比较组中只发生ＳＥ型差异可变剪切事件ꎬＧＩＴ１基因在２个不同胚龄快长型与慢长型比较组中均发生了ＳＥ型差异可变剪切事件ꎮ３㊀讨论可变剪切是真核生物体内一种重要的调控机制ꎬ它能使同一基因产生多种蛋白质ꎬ极大丰富了生物体内蛋白质的多样性[２２]ꎮ目前ꎬ关于可变剪切的研究涉及癌症[２３]㊁衰老[７]以及脂肪肝[２４]等ꎮ同样ꎬ骨骼肌的发育也离不开可变剪切ꎮＺｈａｎｇ等[２５]通过Ｒｂｍ２４基因敲除的小鼠活体试验结果证明了Ｒｂｍ２４能通过调控ＭＥＦ２Ｄ㊁Ｎａｃａ㊁Ｒｏｃｋ２和Ｌｒｒｆｉｐ１等肌源性基因的可变剪切进而调节成年小鼠的骨骼肌再生ꎻＬｉ等[２６]采集兔子的肥胖模型和对照个体腿肌后进行转录组测序和ＤＮＡ甲基化测序联合分析ꎬ结果发现１５个基因可通过可变剪切和ＤＮＡ甲基化这２种类型的遗传修饰共同调控骨骼肌生长发育ꎻＳｈｕ等[２７]采集肌内脂肪含量不同的２种猪背最长肌用于转录组测序分析ꎬ结果发现ＭＲＰＬ２７㊁ＡＡＲ２㊁ＰＹＧＭ㊁ＰＳＭＤ㊁ＭＹＬ１㊁ＴＮＮＴ３和ＴＮＮＴ１等基因的可变剪切亚型可调控肌内９４４魏清宇等:边鸡快长型与慢长型品系胚胎骨骼肌发育中差异可变剪切三角形表示Ｓ２０与Ｆ２０比较组蛋白质ꎻ菱形表示Ｓ１４与Ｆ１４比较组蛋白质ꎻ圆形表示Ｓ２０与Ｆ２０比较组和Ｓ１４与Ｆ１４比较组中共有的蛋白质ꎮ颜色越深表示蛋白质处于越核心位置ꎮＳ１４㊁Ｆ１４㊁Ｓ２０㊁Ｆ２０见图２注ꎮ图５㊀差异可变剪切事件来源基因编码的蛋白质网络互作图Ｆｉｇ.５㊀Ｐｒｏｔｅｉｎ￣ｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｎｅｔｗｏｒｋｏｆｈｏｓｔｇｅｎｅｓｆｏｒｔｈｅｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙｅｘｐｒｅｓｓｅｄａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇ脂肪沉积ꎮ鸡肉是人类获取动物蛋白质的重要来源ꎬ它具有 一高两低 (高蛋白质㊁低脂肪和低热量)的特点ꎬ同时利于人体吸收ꎬ在市场上广受欢迎ꎮ黄羽肉鸡作为中国地方品种种质资源ꎬ具有抗病力强ꎬ肉质鲜美等特点ꎬ满足了市场对优质肉鸡的需求ꎬ但黄羽肉鸡生长速度较慢ꎬ屠宰性能低ꎬ严重制约了产业化进程ꎬ因此ꎬ提升黄羽肉鸡生长速度迫在眉睫ꎮ腿肌是骨骼肌的重要组成部分ꎬ腿肌率是肉鸡屠宰性能测定中的一项重要指标ꎬ直接影响了鸡肉的产量ꎬ因此ꎬ研究腿肌生长发育的分子调控机理ꎬ对于提高黄羽肉鸡的生长速度具有重要指导作用ꎮ邹小利[２８]的研究结果表明ꎬ１４胚龄是地方鸡品种肌纤维形成的关键时期ꎬ１７胚龄之后形成完整的肌纤维轮廓ꎬ肌纤维数量也基本确定ꎬ出生后主要通过肌纤维肥大促进骨骼肌发育[２９]ꎬ因此ꎬ胚胎期肌纤维的形成对骨骼肌发育至关重要ꎮ可变剪切在生物体内普遍存在ꎬ并且在多种生物学过程中发挥着重要作用ꎬ鸡的骨骼肌生长发育同样受可变剪切调控[１０]ꎬ然而对于可变剪切在鸡骨骼肌发育中所起作用的研究较少ꎮ本研究分别收集慢长型㊁快长型边鸡群体的受精蛋ꎬ孵化过程中采集１４胚龄(肌纤维形成关键时期)㊁２０胚龄(肌纤维数量已固定且未出壳)母鸡腿肌用于转录组测序研究ꎬ对筛选得到的差异可变剪切事件来源基因进行ＧＯ功能富集和ＫＥＧＧ通路富集分析ꎬ同时结合ＳＴＲＩＮＧ数据库预测得到蛋白质互作网络ꎬ进行关键候选基因分析ꎮ在Ｓ１４与Ｆ１４比较组中发现的关键候选来源基因包括ＴＬＮ２㊁ＰＡＲＶＢ和ＩＴＧＡ６ꎬ在Ｓ２０与Ｆ２０比较组中发现的关键基因包括ＬＤＢ３㊁ＰＤＬＩＭ３㊁ＩＴＧＢ５㊁ＤＭＤ㊁ＴＮＳ３㊁ＲＡＣ１等ꎬ同时ꎬ发现ＰＤＬＩＭ５和ＧＩＴ１对１４胚龄㊁２０胚龄边鸡的生长发育均具有调控作用ꎮ在Ｓ１４与Ｆ１４比较组的前２０条通路中ꎬ我们发现ＴＬＮ２㊁ＰＡＲＶＢ和ＩＴＧＡ６均富集在黏着斑通路中ꎬ此外ꎬＩＴＧＡ６也富集在细胞外基质受体相互作用和肌动蛋白细胞骨架调节通路中ꎮ黏着斑是细胞中的０５４江苏农业学报㊀２０２３年第３９卷第２期一种特殊结构ꎬ这种结构中的整合素受体可以与细胞外基质和肌动蛋白细胞骨架相连ꎬ黏着斑在细胞中起着机械连接和信号传递的作用ꎬ与生长发育密切相关[３０￣３１]ꎮ细胞外基质由不同的胶原蛋白㊁蛋白多糖和糖蛋白组成[３２]ꎬ与细胞表面受体相结合形成复杂的网络ꎬ可以进行信号传导ꎬ调控细胞生长㊁迁移和分化等[３３]ꎮ肌动蛋白细胞骨架是细胞骨架的重要组成部分ꎬ它在骨骼肌的收缩过程中起着关键作用[３４]ꎮ在Ｓ２０与Ｆ２０比较组的前２０条通路中ꎬＲＡＣ１富集的通路高达５条ꎬ包括肌动蛋白细胞骨架调节㊁黏附连接㊁黏着斑等骨骼肌发育重要信号通路ꎮ有研究发现ꎬＲＡＣ１可在骨骼肌分化后期发挥重要作用ꎬ在成肌细胞融合过程中必不可少[３５]ꎻ其次为ＩＴ￣ＧＢ５ꎬ本研究发现该基因主要富集在肌动蛋白细胞骨架调节和黏着斑２条骨骼肌发育相关通路中ꎮ通过蛋白质互作网络筛选关键核心基因ꎬ发现ＬＤＢ３的ＭＣＣ值最高ꎮＹａｍａｓｈｉｔａ等[３６]汇总了６种ＬＤＢ３的可变剪切亚型ꎬ发现肌强直性营养不良Ⅰ型患者体内包含外显子１１的ＬＤＢ３可变剪切亚型极显著升高ꎬ该亚型可能对骨骼肌发育造成不良影响ꎮ肌营养不良蛋白基因(ＤＭＤ)突变可导致杜氏肌营养不良症ꎬ主要引起骨骼肌㊁心肌退化[３７]ꎮ在Ｓ１４与Ｆ１４㊁Ｓ２０与Ｆ２０比较组中我们同时发现了多条与骨骼肌发育相关的可变剪切事件ꎬ其来源基因包括ＰＤＬＩＭ５和ＧＩＴ１ꎮＨｅ等[３８]研究发现ꎬＰＤＬＩＭ５可以通过激活ｐ３８丝裂原活化蛋白激酶(ＭＡＰＫ)信号通路进而调控鸡骨骼肌卫星细胞(ＳＭＳＣｓ)的增殖和分化ꎮＢａｈｒｉ等[３９]证实了ＧＩＴ１基因在果蝇胚胎肌肉发育中必不可少ꎬ对其发育具有引导作用ꎮ在１４胚龄快长型与慢长型比较组中发现了ＰＤＬＩＭ５基因ＳＥ型和ＭＸＥ型２种差异的可变剪切事件ꎬ而在２０胚龄快长型与慢长型比较组中只发现了ＳＥ型差异可变剪切事件ꎻＧＩＴ１基因在２个不同胚龄快长型与慢长型比较组中均发生了ＳＥ型差异可变剪切事件ꎬ提示不同可变剪切在骨骼肌发育中作用不同ꎬ不同胚龄骨骼肌发育过程可能由相同或不同可变剪切调控ꎮ４㊀结论本研究利用转录组测序技术在快长型㊁慢长型边鸡品系胚胎期鉴定出多个与生长发育相关且存在差异的可变剪切事件ꎬ对其来源基因进行ＧＯ富集分析ꎬ结果发现前２０个条目中肌球蛋白ＩＩ细丝组装和肌动球蛋白结构组织等与骨骼肌发育相关ꎮＫＥＧＧ通路富集分析结果表明ꎬ前２０条通路中包含了黏附连接和黏着斑等与骨骼肌发育相关的通路ꎮ对差异可变剪切事件来源基因进行蛋白质互作网络分析ꎬ鉴定出多个与骨骼肌发育相关的关键来源基因ꎬ包括ＴＬＮ２㊁ＰＡＲＶＢ㊁ＬＤＢ３㊁ＰＤＬＩＭ３㊁ＲＡＣ１㊁ＰＤ￣ＬＩＭ５和ＧＩＴ１等ꎮ以上研究结果对进一步理解和解析骨骼肌生长发育中可变剪切的调控机理具有重要意义ꎬ同时ꎬ本研究结果对边鸡及中国其他黄羽肉鸡的育种工作具有一定的参考作用ꎮ参考文献:[１]㊀ＢＵＳＨＳＪꎬＣＨＥＮＬꎬＴＯＶＡＲ￣ＣＯＲＯＮＡＪＭꎬｅｔａｌ.Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇａｎｄｔｈｅｅｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃｎｏｖｅｌｔｙ[Ｊ].ＰｈｉｌｏｓｏｐｈｉｃａｌＴｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓｏｆｔｈｅＲｏｙａｌＳｏｃｉｅｔｙＢ￣ＢｉｏｌｏｇｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅｓꎬ２０１７ꎬ３７２(１７１３):２０１５０４７４.[２]㊀ＣＯＯＭＥＲＡＯꎬＢＬＡＣＫＦꎬＧＲＥＹＳＴＯＫＥＡꎬｅｔａｌ.Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｉｎｌｕｎｇｃａｎｃｅｒ[Ｊ].ＢｉｏｃｈｉｍｉｃａｅｔＢｉｏｐｈｙｓｉｃａＡｃｔａ(ＢＢＡ)ＧｅｎｅＲｅｇｕｌａｔｏｒｙＭｅｃｈａｎｉｓｍｓꎬ２０１９ꎬ１８６２(１１/１２):１９４３８８. [３]㊀ＷＡＮＧＥＴꎬＳＡＮＤＢＥＲＧＲꎬＬＵＯＳꎬｅｔａｌ.Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｉｓｏｆｏｒｍｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｉｎｈｕｍａｎｔｉｓｓｕｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｓ[Ｊ].Ｎａｔｕｒｅꎬ２００８ꎬ４５６(７２２１):４７０￣４７６.[４]㊀ＰＡＮＱꎬＳＨＡＩＯꎬＬＥＥＬＪꎬｅｔａｌ.Ｄｅｅｐｓｕｒｖｅｙｉｎｇｏｆａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙｉｎｔｈｅｈｕｍａｎｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｂｙｈｉｇｈ￣ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ[Ｊ].ＮａｔｕｒｅＧｅｎｅｔｉｃｓꎬ２００８ꎬ４０(１２):１４１３￣１４１５. [５]㊀ＮＩＬＳＥＮＴＷꎬＧＲＡＶＥＬＥＹＢＲ.Ｅｘｐａｎｓｉｏｎｏｆｔｈｅｅｕｋａｒｙｏｔｉｃｐｒｏ￣ｔｅｏｍｅｂｙａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇ[Ｊ].Ｎａｔｕｒｅꎬ２０１０ꎬ４６３(７２８０):４５７￣４６３.[６]㊀ＫＥＲＥＮＨꎬＬＥＶ￣ＭＡＯＲＧꎬＡＳＴＧ.Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇａｎｄｅｖｏ￣ｌｕｔｉｏｎ:ｄｉｖｅｒｓｉｆｉｃａｔｉｏｎꎬｅｘｏｎｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎ[Ｊ].ＮａｔｕｒｅＲｅｖｉｅｗｓＧｅｎｅｔｉｃｓꎬ２０１０ꎬ１１(５):３４５￣３５５.[７]㊀ＢＨＡＤＲＡＭꎬＨＯＷＥＬＬＰꎬＤＵＴＴＡＳꎬｅｔａｌ.Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｉｎａｇｉｎｇａｎｄｌｏｎｇｅｖｉｔｙ[Ｊ].ＨｕｍａｎＧｅｎｅｔｉｃｓꎬ２０２０ꎬ１３９(３):３５７￣３６９.[８]㊀ＪＡＫＵＢＡＵＳＫＩＥＮＥＥꎬＫＡＮＯＰＫＡＡ.Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇａｎｄｈｙ￣ｐｏｘｉａｐｕｚｚｌｅｉｎＡｌｚｈｅｉｍｅｒ ｓａｎｄＰａｒｋｉｎｓｏｎ ｓｄｉｓｅａｓｅｓ[Ｊ].Ｇｅｎｅｓꎬ２０２１ꎬ１２(８):１２７２.[９]㊀ＳＣＯＴＴＩＭＭꎬＳＷＡＮＳＯＮＭＳ.ＲＮＡｍｉｓ￣ｓｐｌｉｃｉｎｇｉｎｄｉｓｅａｓｅ[Ｊ].ＮａｔｕｒｅＲｅｖｉｅｗｓＧｅｎｅｔｉｃｓꎬ２０１６ꎬ１７(１):１９￣３２.[１０]ＮＩＫＯＮＯＶＡＥꎬＫＡＯＳＹꎬＳＰＬＥＴＴＥＲＭＬ.Ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎｓｏｆａｌ￣ｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｔｏｍｕｓｃｌｅｔｙｐｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎ[Ｊ].ＳｅｍｉｎａｒｓｉｎＣｅｌｌ＆ＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌＢｉｏｌｏｇｙꎬ２０２０ꎬ１０４:６５￣８０. [１１]ＮＡＫＫＡＫꎬＧＨＩＧＮＡＣꎬＧＡＢＥＬＬＩＮＩＤꎬｅｔａｌ.Ｄｉｖｅｒｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｔｈｅｍｕｓｃｌｅｐｒｏｔｅｏｍｅｔｈｒｏｕｇｈａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇ[Ｊ].ＳｋｅｌｅｔａｌＭｕｓ￣ｃｌｅꎬ２０１８ꎬ８(１):８.１５４魏清宇等:边鸡快长型与慢长型品系胚胎骨骼肌发育中差异可变剪切[１２]ＳＥＢＡＳＴＩＡＮＳꎬＦＡＲＡＬＬＩＨꎬＹＡＯＺꎬｅｔａｌ.Ｔｉｓｓｕｅ￣ｓｐｅｃｉｆｉｃｓｐｌｉ￣ｃｉｎｇｏｆａｕｂｉｑｕｉｔｏｕｓｌｙｅｘｐｒｅｓｓｅｄｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｉｓｅｓｓｅｎｔｉａｌｆｏｒｍｕｓｃｌｅｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ[Ｊ].Ｇｅｎｅｓ＆Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔꎬ２０１３ꎬ２７(１１):１２４７￣１２５９.[１３]ＢＯＤＩＮＥＳＣꎬＳＴＩＴＴＴＮꎬＧＯＮＺＡＬＥＺＭꎬｅｔａｌ.Ａｋｔ/ｍＴＯＲｐａｔｈｗａｙｉｓａｃｒｕｃｉａｌｒｅｇｕｌａｔｏｒｏｆｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅｈｙｐｅｒｔｒｏｐｈｙａｎｄｃａｎｐｒｅｖｅｎｔｍｕｓｃｌｅａｔｒｏｐｈｙｉｎｖｉｖｏ[Ｊ].ＮａｔｕｒｅＣｅｌｌＢｉｏｌｏｇｙꎬ２００１ꎬ３(１１):１０１４￣１０１９.[１４]ＨＩＮＫＬＥＥＲꎬＷＩＥＤＮＥＲＨＪꎬＢＬＡＣＫＡＪꎬｅｔａｌ.ＲＮＡｐｒｏｃｅｓｓ￣ｉｎｇｉｎｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅｂｉｏｌｏｇｙａｎｄｄｉｓｅａｓｅ[Ｊ].Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ￣Ａｕｓ￣ｔｉｎꎬ２０１９ꎬ１０(１):１￣２０.[１５]王嘉力ꎬ贾存灵ꎬ苏利红ꎬ等.家鸡ＣＨＤ１基因ＰＣＲ快速性别鉴定方法的建立及其在早期鸡胚中的应用[Ｊ].家禽科学ꎬ２００９(１２):３￣７.[１６]ＰＡＲＫＨＯＭＣＨＵＫＤꎬＢＯＲＯＤＩＮＡＴꎬＡＭＳＴＩＳＬＡＶＳＫＩＹＶꎬｅｔａｌ.Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅａｎａｌｙｓｉｓｂｙｓｔｒａｎｄ￣ｓｐｅｃｉｆｉｃｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｏｆｃｏｍｐｌｅ￣ｍｅｎｔａｒｙＤＮＡ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２００９ꎬ３７(１８):ｅ１２３.[１７]ＫＩＭＤꎬＬＡＮＧＭＥＡＤＢꎬＳＡＬＺＢＥＲＧＳＬ.ＨＩＳＡＴ:ａｆａｓｔｓｐｌｉｃｅｄａｌｉｇｎｅｒｗｉｔｈｌｏｗｍｅｍｏｒｙｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔｓ[Ｊ].ＮａｔｕｒｅＭｅｔｈｏｄｓꎬ２０１５ꎬ１２(４):３５７￣３６０.[１８]ＳＨＥＮＳꎬＰＡＲＫＪＷꎬＬＵＺＸꎬｅｔａｌ.ｒＭＡＴＳ:ｒｏｂｕｓｔａｎｄｆｌｅｘｉｂｌｅｄｅｔｅｃｔｉｏｎｏｆｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｆｒｏｍｒｅｐｌｉｃａｔｅＲＮＡ￣ｓｅｑｄａｔａ[Ｊ].ＰｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓｏｆｔｈｅＮａｔｉｏｎａｌＡｃａｄｅｍｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅｓｏｆｔｈｅＵｎｉｔｅｄＳｔａｔｅｓｏｆＡｍｅｒｉｃａꎬ２０１４ꎬ１１１(５１):Ｅ５５９３￣Ｅ５６０１. [１９]ＫＡＮＥＨＩＳＡＭꎬＡＲＡＫＩＭꎬＧＯＴＯＳꎬｅｔａｌ.ＫＥＧＧｆｏｒｌｉｎｋｉｎｇｇｅ￣ｎｏｍｅｓｔｏｌｉｆｅａｎｄｔｈｅｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２００８ꎬ３６:Ｄ４８０￣Ｄ４８４.[２０]ＹＯＵＮＧＭＤꎬＷＡＫＥＦＩＥＬＤＭＪꎬＳＭＹＴＨＧＫꎬｅｔａｌ.Ｇｅｎｅｏｎ￣ｔｏｌｏｇｙａｎａｌｙｓｉｓｆｏｒＲＮＡ￣ｓｅｑ:ａｃｃｏｕｎｔｉｎｇｆｏｒｓｅｌｅｃｔｉｏｎｂｉａｓ[Ｊ].Ｇｅ￣ｎｏｍｅＢｉｏｌｏｇｙꎬ２０１０ꎬ１１:Ｒ１４.[２１]ＢＵＤꎬＬＵＯＨꎬＨＵＯＰꎬｅｔａｌ.ＫＯＢＡＳ￣ｉ:ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｔｐｒｉｏｒｉｔｉｚａｔｉｏｎａｎｄｅｘｐｌｏｒａｔｏｒｙｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎｏｆｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｆｕｎｃｔｉｏｎｓｆｏｒｇｅｎｅｅｎｒｉｃｈ￣ｍｅｎｔａｎａｌｙｓｉｓ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２０２１ꎬ４９(Ｗ１):Ｗ３１７￣Ｗ３２５.[２２]ＢＡＲＡＬＬＥＦＥꎬＧＩＵＤＩＣＥＪ.Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇａｓａｒｅｇｕｌａｔｏｒｏｆｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｎｄｔｉｓｓｕｅｉｄｅｎｔｉｔｙ[Ｊ].ＮａｔｕｒｅＲｅｖｉｅｗｓＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｅｌｌＢｉｏｌｏｇｙꎬ２０１７ꎬ１８(７):４３７￣４５１.[２３]ＹＡＮＧＱꎬＺＨＡＯＪꎬＺＨＡＮＧＷꎬｅｔａｌ.Ａｂｅｒｒａｎｔａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉ￣ｃｉｎｇｉｎｂｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒ[Ｊ].ＪｏｕｒｎａｌｏｆＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｅｌｌＢｉｏｌｏｇｙꎬ２０１９ꎬ１１(１０):９２０￣９２９.[２４]ＷＵＰꎬＺＨＡＮＧＭꎬＷＥＢＳＴＥＲＮＪＧ.ＡｌｔｅｒｎａｔｉｖｅＲＮＡｓｐｌｉｃｉｎｇｉｎｆａｔｔｙｌｉｖｅｒｄｉｓｅａｓｅ[Ｊ].ＦｒｏｎｔｉｅｒｓｉｎＥｎｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙꎬ２０２１ꎬ１２:６１３２１３.[２５]ＺＨＡＮＧＭꎬＨＡＮＹꎬＬＩＵＪꎬｅｔａｌ.Ｒｂｍ２４ｍｏｄｕｌａｔｅｓａｄｕｌｔｓｋｅｌｅ￣ｔａｌｍｕｓｃｌｅｒｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｖｉａｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇ[Ｊ].Ｔｈｅｒａｎｏｓｔｉｃｓꎬ２０２０ꎬ１０(２４):１１１５９￣１１１７７.[２６]ＬＩＹꎬＷＡＮＧＪꎬＥＬＺＯＭＡꎬｅｔａｌ.ＭｏｌｅｃｕｌａｒｐｒｏｆｉｌｉｎｇｏｆＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎａｎｄａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｏｆｇｅｎｅｓｉｎｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅｏｆｏｂｅｓｅｒａｂｂｉｔｓ[Ｊ].ＣｕｒｒｅｎｔＩｓｓｕｅｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙꎬ２０２１ꎬ４３(３):１５５８￣１５７５.[２７]ＳＨＵＺꎬＷＡＮＧＬꎬＷＡＮＧＪꎬｅｔａｌ.Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｎａｎｏ￣ｐｏｒｅａｎｄＩｌｌｕｍｉｎａｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｒｅｖｅａｌｓａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓｐｌｉｃｉｎｇｃｏｍｐｌｅｘｉ￣ｔｙｉｎｐｉｇｌｏｎｇｉｓｓｉｍｕｓｄｏｒｓｉｍｕｓｃｌｅ[Ｊ].ＦｒｏｎｔｉｅｒｓｉｎＧｅｎｅｔｉｃｓꎬ２０２２ꎬ１３:８７７６４６.[２８]邹小利.不同品种鸡胚胎期腿肌与胸肌发育的形态学对比研究[Ｄ].广州:华南农业大学.[２９]李伯江ꎬ李平华ꎬ吴望军ꎬ等.骨骼肌肌纤维形成机制的研究进展[Ｊ].中国农业科学ꎬ２０１４ꎬ４７(６):１２００￣１２０７.[３０]ＢＵＲＲＩＤＧＥＫ.Ｆｏｃａｌａｄｈｅｓｉｏｎｓ:ａｐｅｒｓｏｎａｌｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｏｎａｈａｌｆｃｅｎｔｕｒｙｏｆｐｒｏｇｒｅｓｓ[Ｊ].ＦＥＢＳＪｏｕｒｎａｌꎬ２０１７ꎬ２８４(２０):３３５５￣３３６１.[３１]ＣＨＥＮＢꎬＸＵＪꎬＨＥＸꎬｅｔａｌ.Ａｇｅｎｏｍｅ￣ｗｉｄｅｍＲＮＡｓｃｒｅｅｎａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎａｌａｎａｌｙｓｉｓｒｅｖｅａｌＦＯＸＯ３ａｓａｃａｎｄｉｄａｔｅｇｅｎｅｆｏｒｃｈｉｃｋｅｎｇｒｏｗｔｈ[Ｊ].ＰＬｏＳＯｎｅꎬ２０１５ꎬ１０(９):ｅ０１３７０８７.[３２]ＪＯＮＥＳＦＳꎬＪＯＮＥＳＰＬ.ＴｈｅｔｅｎａｓｃｉｎｆａｍｉｌｙｏｆＥＣＭｇｌｙｃｏｐｒｏ￣ｔｅｉｎｓ:ｓｔｒｕｃｔｕｒｅꎬｆｕｎｃｔｉｏｎꎬａｎｄｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｄｕｒｉｎｇｅｍｂｒｙｏｎｉｃｄｅｖｅｌ￣ｏｐｍｅｎｔａｎｄｔｉｓｓｕｅｒｅｍｏｄｅｌｉｎｇ[Ｊ].ＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌＤｙｎａｍｉｃｓꎬ２０００ꎬ２１８(２):２３５￣２５９.[３３]ＴＨＥＯＣＨＡＲＩＳＡＤꎬＳＫＡＮＤＡＬＩＳＳＳꎬＧＩＡＬＥＬＩＣꎬｅｔａｌ.Ｅｘｔｒａ￣ｃｅｌｌｕｌａｒｍａｔｒｉｘｓｔｒｕｃｔｕｒｅ[Ｊ].ＡｄｖａｎｃｅｄＤｒｕｇＤｅｌｉｖｅｒｙＲｅｖｉｅｗｓꎬ２０１６ꎬ９７:４￣２７.[３４]ＨＥＮＤＥＲＳＯＮＣＡꎬＧＯＭＥＺＣＧꎬＮＯＶＡＫＳＭꎬｅｔａｌ.Ｏｖｅｒｖｉｅｗｏｆｔｈｅｍｕｓｃｌｅｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔｏｎ[Ｊ].ＣｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅＰｈｙｓｉｏｌｏｇｙꎬ２０１７ꎬ７(３):８９１￣９４４.[３５]ＲＯＤＲＩＧＵＥＺ￣ＦＤＥＺＳꎬＢＵＳＴＥＬＯＸＲ.ＲｈｏＧＴＰａｓｅｓｉｎｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｎｄｈｏｍｅｏｓｔａｓｉｓ[Ｊ].Ｃｅｌｌｓꎬ２０２１ꎬ１０(１１):２９８４.[３６]ＹＡＭＡＳＨＩＴＡＹꎬＭＡＴＳＵＵＲＡＴꎬＫＵＲＯＳＡＫＩＴꎬｅｔａｌ.ＬＤＢ３ｓｐｌｉｃｉｎｇａｂｎｏｒｍａｌｉｔｉｅｓａｒｅｓｐｅｃｉｆｉｃｔｏｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅｓｏｆｐａｔｉｅｎｔｓｗｉｔｈｍｙｏｔｏｎｉｃｄｙｓｔｒｏｐｈｙｔｙｐｅ１ａｎｄａｌｔｅｒｉｔｓＰＫＣｂｉｎｄｉｎｇａｆｆｉｎｉｔｙ[Ｊ].ＮｅｕｒｏｂｉｏｌｏｇｙｏｆＤｉｓｅａｓｅꎬ２０１４ꎬ６９:２００￣２０５.[３７]ＷＡＮＧＪＺꎬＷＵＰꎬＳＨＩＺＭꎬｅｔａｌ.ＴｈｅＡＡＶ￣ｍｅｄｉａｔｅｄａｎｄＲＮＡ￣ｇｕｉｄｅｄＣＲＩＳＰＲ/Ｃａｓ９ｓｙｓｔｅｍｆｏｒｇｅｎｅｔｈｅｒａｐｙｏｆＤＭＤａｎｄＢＭＤ[Ｊ].Ｂｒａｉｎ＆Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔꎬ２０１７ꎬ３９(７):５４７￣５５６. [３８]ＨＥＨꎬＹＩＮＨꎬＹＵＸꎬｅｔａｌ.ＰＤＬＩＭ５ａｆｆｅｃｔｓｃｈｉｃｋｅｎｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅｓａｔｅｌｌｉｔｅｃｅｌｌｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎａｎｄｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎｖｉａｔｈｅｐ３８￣ＭＡＰＫｐａｔｈｗａｙ[Ｊ].Ａｎｉｍａｌｓꎬ２０２１ꎬ１１(４):１０１６.[３９]ＢＡＨＲＩＳＭꎬＣＨＯＹＪＭꎬＭＡＮＳＥＲＥꎬｅｔａｌ.ＴｈｅＤｒｏｓｏｐｈｉｌａｈｏｍｏｌｏｇｕｅｏｆＡｒｆ￣ＧＡＰＧＩＴ１ꎬｄＧＩＴꎬｉｓｒｅｑｕｉｒｅｄｆｏｒｐｒｏｐｅｒｍｕｓｃｌｅｍｏｒｐｈｏｇｅｎｅｓｉｓａｎｄｇｕｉｄａｎｃｅｄｕｒｉｎｇｅｍｂｒｙｏｇｅｎｅｓｉｓ[Ｊ].Ｄｅｖｅｌｏｐ￣ｍｅｎｔａｌＢｉｏｌｏｇｙꎬ２００９ꎬ３２５(１):１５￣２３.(责任编辑:王㊀妮)２５４江苏农业学报㊀２０２３年第３９卷第２期。

植物科学学报　2024，42（2）：191～200Plant Science Journal DOI：10.11913/PSJ. 2095-0837. 23203张艺，宋立志，刘胜军，阮林，王霞，宋剑锋，汪丽霞，徐强. 常山柚橙不同树龄和繁殖方式的遗传变异分析[J]. 植物科学学报，2024，42（2）：191−200Zhang Y，Song LZ，Liu SJ，Ruan L，Wang X，Song JF，Wang LX，Xu Q. Genetic identification of ‘Changshanhuyou’ (Citrus × auran-tium L.) of different ages and propagation types[J]. Plant Science Journal，2024，42（2）：191−200常山柚橙不同树龄和繁殖方式的遗传变异分析张艺1，宋立志1，刘胜军1，阮林1，王霞1，宋剑锋2，汪丽霞3 *，徐强1（1. 华中农业大学，果蔬园艺作物种质创新与利用全国重点实验室，武汉 430070； 2. 衢州市食品药品检验研究院，浙江衢州 324000；3. 常山县农业特色产业发展中心，浙江衢州 324000）摘　要：本研究以20~100年实生和嫁接的常山柚橙（Citrus × aurantium L. ‘Changshanhuyou’）为材料，进行全基因组背景分析、体细胞变异检测和果实品质评价。

结果显示，常山柚橙与药用枳壳基原品种黄皮酸橙（C.aurantium L. ‘Huangpi’）、代代花（C.aurantium L. ‘Daidai’）、朱栾（C.aurantium L. ‘Chuluan’）和塘橙（C.aurantium L. ‘Tangcheng’）聚类在一起，两者与酸橙（C.aurantium L.）的遗传相似度在76.99%~91.06%。

首页 科技服务 医学检测 科学与技术 市场与支持 加入我们 关于我们提供领先的基因组学解决方案Providing Advanced Genomic Solutions参考文献图1 结构变异研究趋势（图片来源于 DGV 数据库）图2 有害性 CNV/SV 筛选流程图图4 De novo SV 判断依据流程图（适用 WGS）图3 De novo CNV 判断依据流程图（适用 WGS/WES）方兴未艾的 CNV/SV 研究，意义非比寻常[1] Kloosterman W P, Francioli L C, Hormozdiari F, et al. Characteristics of de novo structural changes in the human genome.[J]. Genome Research, 2015, 25(6). 前往阅读 >>[2] Conrad DF, Pinto D, Redon R, et al. Origins and functional impact of copy number variation in the human genome.[J]. Nature, 2010, 466(7304):: 368–372. 前往阅读 >>[3] Sudmant P H, Rausch T, Gardner E J, et al. An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes.[J]. Nature, 2015,526(7571):75-81. 前往阅读 >>[4] Stankiewicz P, Lupski J R. Structural variation in the human genome and its role in disease.[J]. New England Journal of Medi cine, 2007, 356(11):85-97. 前往阅读 >>[5] Birney E, Soranzo N. Human genomics: The end of the start for population sequencing.[J]. Nature, 2015, 526(7571):52-3. 前往阅读 >>[6] Handsaker R E, Van D V, Berman J R, et al. Large multiallelic copy number variations in humans.[J]. Nature Genetics, 2015, 47(3):296-303. 前往阅读 >>[7] Sudmant P H, Mallick S, Nelson B J, et al. Global diversity, population stratification, and selection of human copy-number variation.[J]. Science, 2015, 349(6253). 前往阅读 >>人类单体型（Haplotype）及单核苷酸多态性位点（Single Nucleotide Polymorphism, SNP），能够揭示对药物和环境因子的个体反应差异，是将健康和疾病研究深入到分子水平的重要遗传信息。

PolyI:C 刺激豚鹿(Axis porcinus )外周血淋巴细胞转录组分析隋维恺1#，高艳2#，杨茜茜1，冷思竹1，严慧娟2，屈羽2，陈维刚2*，杜小刚1*（1.四川农业大学生命科学学院，四川雅安625014；2.成都动物园成都市野生动物研究所，成都610081）摘要:【目的】初步探究豚鹿的抗病毒免疫机制，为野生动物保护提供新的思路。

【方法】利用转录组测序技术对聚肌胞苷酸（PolyI ：C ）刺激后的豚鹿外周血淋巴细胞进行测序分析并使用qPCR 方法对数据的准确性进行验证。

【结果】拼接得到121204条unigene ，平均长度1121bp 。

共有97.12%的unigene 得到成功注释。

经过差异表达分析，获得402个差异表达基因（DEGs ）。

GO 和KEGG 富集分析显示差异基因在免疫反应方面出现富集，进而筛选出28个免疫相关基因。

随机选取9个基因进行实时荧光定量分析，验证结果与测序结果变化趋势一致。

【结论】获得了Poly I:C 刺激后豚鹿外周血淋巴细胞的基因表达谱，为豚鹿抗病毒免疫应答机制的研究奠定了基础，为疫苗佐剂的开发及应用提供了理论基础。

关键词:Poly I ：C ；豚鹿；外周血淋巴细胞（PBL ）；转录组；qPCR 中图分类号:Q952文献标志码:Ａ文章编号:1000-2650（2021）01-0114-07Transcriptome Analysis of Hog Deer (Axis Porcinus )Peripheral BloodLymphocyte after PolyI:C ChallengeSUI Weikai 1#，GAO Yanfeng 2#，YANG Xixi 1，LENG Sizhu 1，YAN Huijuan 2，QU Yu 2，CHEN Weigang 2*，DU Xiaogang 1*（1.College of Life Sciences ，Sichuan Agricultural University ，Ya 'an 625014,Sichuan,China ；2.Chengdu WildlifeResearch Institute ，Chengdu Zoo ，Chengdu 610081，China ）Abstract:【Objective 】The purpose of this study is to initially explore the antiviral immune mechanism of hog deer and provide new ideas for wildlife protection.【Method 】RNA-seq was used to analyze the peripheral blood lymphocytes of hog deer after poly I:C stimulation and the accuracy of the data was ver -ified by qPCR.【Result 】121204unigenes were spliced ，with an average length was 1121bp.After functional annotations ，97.12%unigenes were successfully annotated.Through DEG-seq analysis ，402DEGs were obtained.The DEGs were subjected to enrichment analysis of GO and KEGG ，and then 28immune-related genes were screened out.9immune-related genes were selected for qPCR verification ，and the results were consistent with the trend of sequencing.【Conclusion 】This study obtained the gene expression profile after Poly I:C stimulation ，which laid the basic data for the study of the immune re -sponse mechanism in the antiviral defense of hog deer ，and provided a theoretical basis for the develop -ment and application of vaccine adjuvants.Keywords:PolyI:C ；hog deer ；peripheral blood lymphocytes (PBL)；transcriptome ；qPCR第39卷第1期2021年2月收稿日期:2020-07-26基金项目:成都动物园项目基金（2019072）。

一起鼠伤寒沙门菌单相变异株引起的食源性疾病事件病原学分析李　涛，张　玺，张晓妮（临沂市疾病预防控制中心细菌检验科，山东临沂 276000）摘　要：目的：对一起食源性疾病事件进行溯源调查和病原学分析。

方法：结合流行病学调查结果共采集24份可疑食品及器具涂抹样本和17份患者粪便样本。

对粪便样本采用Realtime PCR方法筛查病原，并开展流调样本的分离培养。

对分离株进行血清学鉴定、PFGE分子分型、药敏试验和全基因组测序，根据全基因组测序数据预测分离株血清型、ST型别、耐药基因及毒力基因携带情况。

结果：Realtime PCR结果提示粪便样本沙门菌基因检测阳性，流调样本分离培养得到7株沙门菌，均来源于患者粪便，经多种血清分型试验证实为鼠伤寒沙门菌单相变异株I4,[5],12:i:-。

PFGE分子分型试验显示7株沙门菌带型完全一致。

基于WGS测序数据预测引起该事件的致病菌为ST34型鼠伤寒沙门菌单相变异株；该分离株对氨苄西林、四环素、链霉素、多西环素及米诺环素耐药，携带aac（6’）-Iaa、aph（6）-Id、aph（3’’）-Ib、blaTEM-1B、sul2及tet（B）6个耐药基因；共注释110个毒力基因，其中101个毒力基因与沙门菌属致病阶段中的附着、侵袭和巨噬细胞内存活相关，未比对出与系统传播有关毒力基因。

结论：本次食源性疾病事件是由鼠伤寒沙门菌单相变异株I4,[5],12:i:-感染引起，全基因组测序技术为食源性疾病事件的处理提供了更多的病原学信息。

关键词：鼠伤寒沙门菌单相变异株；脉冲场凝胶电泳；食源性疾病；全基因组测序Pathogen Analysis of a Food-Borne Disease Event Caused by Salmonella typhimurium Monophasic VariantLI Tao, ZHANG Xi, ZHANG Xiaoni(The Center for Disease Control and Prevention of Linyi, Linyi 276000, China) Abstract: Objective: To investigate the source of a food-borne disease and analyze its etiology. Method: A total of 24 smeared samples of suspicious food and utensils, 17 stool samples were collected. Realtime PCR was used to screen the pathogens in stool samples, and isolation and culture of flow cytometry samples were carried out. Serological identification of the isolates, PFGE molecular typing, susceptibility testing and whole genome sequencing, the whole genome sequencing data were used to predict serotypes, ST types, resistance genes and virulence genes of the isolates. Result: The results of Realtime PCR indicated that the gene of salmonella was positive in fecal samples, and 7 strains of salmonella were isolated from flow sample, all of which came from patients’ feces. By a variety of serotyping tests, it was confirmed to be a Salmonella typhimurium Monophasic Variant strain I4,[5],12:I:-. PFGE molecular typing test showed that 7 strains of salmonella had the same pattern. Based on WGS sequencing data, a single-phase variant of ST34 Salmonella typhimurium Monophasic Variant strain. resistant to ampicillin, tetracycline, streptomycin, doxycycline and Minocycline was identified. The isolate was resistant to ampicillin, tetracycline, streptomycin, doxycycline and minocycline. It carried six resistant genes, aac(6’)-Iaa、aph(6)-Id、aph(3’’)-Ib、blaTEM-1B、sul2 and tet(B);A total of 110 virulence genes were annotated, of which 101 were associated with attachment, invasion and macrophage survival in the pathogenic stage of salmonella. No virulence genes related to systemic transmission were identified. Conclusion: This food-borne disease event was caused by a Salmonella typhimurium作者简介：李涛（1982—），男，山东临沂人，硕士，主管技师。

Hi-C多组学研究意义Hi-C多组学技术路线Hi-C多组学代表文献Hi-C多组学案例解析图1 癌细胞与正常细胞的TAD比较图2 特有的TAD边界与CNV的联合分析物 种人[1]人[2]哺乳动物[3]果蝇[4]发表时间2016.042014.082014.042013.05期 刊Genome ResearchGenes & DevelopmentNat Rev GenetMolecular CellIF11.35110.04236.97814.018linklinklinklink应用Hi-C和转录组联合分析揭示正常细胞与前列腺癌细胞之间的差异。

Hi-C和转录组联合分析揭示激素处理前后的乳腺癌细胞的差异。

Hi-C和转录组联合分析揭示蛋白CTCF对转录调控的影响。

Hi-C和转录组联合分析揭示绝缘子在空间上的作用。

Hi-C技术与转录组联合分析，可以扩宽研究的角度和深度，探索细胞中三维染色质结构变化与基因表达调控之间的关系。

Hi-C技术与全基因组重测序联合分析，可以探究三维染色质结构变化与基因组大结构变异之间的联系，更好的解析疾病产生的原因等生物学问题。

Hi-C技术与全基因组重测序、转录组联合分析能够在DNA、RNA以及三维空间结构上，以多视角的层面揭示各类生物学问题。

研究背景癌细胞中产生CNVs和染色体易位等基因组结构改变是非常常见的，这些改变伴随着基因表达的调控异常。

表观遗传的改变在癌细胞中也是非常普遍的，并且包含DNA甲基化调控的改变、核小体位置以及组蛋白修饰的改变。

但是，癌细胞基因组、表观组和转录组之间的关系还处在研究初期。

研究结论本研究通过Hi-C技术与全基因组重测序、转录组测序等联合分析，采用多组学研究策略提供了研究癌细胞中CNV变异、基因组调控异常以及高阶的染色质互作之间关系的新视角，为研究其他生物学现象奠定了基础。

研究结果方法流程材料选择正常前列腺上皮细胞PrEC和2个前列腺癌细胞系（PC3和LNCaP）。

63 X二代数据 de novo 组装技术策略组装63 X46 X二代数据 de novo 三代数据进行补洞和 Scaffold 测序平台IlluminaIllumina +PacBio三代真菌精细图诺禾致源采用PacBi de novo 组装，结合二代带给您全新的真菌基因组精细图体验。

三代数据组装结合二代数据校正的方法，高杂合对测序和组装的影响更小，序列更加完整和均匀其组装效果较二代更优，并且更适用于复杂真菌，还可获得甲基化修饰位点信息。

注：以上指标要求样本为无外源污染的单倍体 或是纯化后的二倍体。

首页 科技服务 医学检测 科学与技术 市场与支持 加入我们 关于我们提供领先的基因组学解决方案Providing Advanced Genomic Solutions带给您全新的精细体验基因组大小 & 承诺指标10-20 Mb 20-100 Mb100 MbN50>1 Mb 染色体级别N50 >1 Mb N50 >500 Kb75个自然日项目周期真菌精细图三代案例解析以丝状真菌Verticillium dahliae （基因组大小约36 Mb）研究为例，多种测序平台比较如下：我们承诺1. 三代数据至少70X，最新P6-C4试剂，以三代数据为de novo组装基础，提高组装完整性和降低错误率；2. 从确认建库到交付报告，全程仅需75天；3. 免费添加20X 的二代数据，同时用作三代测序前的基因组 survey 和三代数据的校正，预知样本风险、进一步确保序列 的高度准确性；4. 凡于2015年签订合同并支付首款，可享受9.5折优惠。

送样要求DNA 总量≥20μg，浓度≥50ng/μl，无降解，无粘稠/颜色异常，无RNA /蛋白质污染；使用无DNase 管，标记清晰，干冰寄送。

参考文献[1] Faino L, Seidl M F, Datema E, et al. Single-molecule real-time sequencing combined with optical mapping yields completely finished fungal genome [J]. MBio, 2015, 6(4): e00936-15.[2] Tsuji M, Kudoh S, Hoshino T. Draft genome sequence of cryophilic basidiomycetous yeast Mrakia blollopis SK-4, isolated from an algal mat of Naga-ike Lake in the Skarvsnes ice-free area, East Antarctica [J]. Genome announcements, 2015, 3(1): e01454-14.[3] Badouin H, Hood M E, Gouzy J, et al. Chaos of rearrangements in the mating-type chromosomes of the anther-smut fungus Microbotryum lychnidis-dioicae [J]. Genetics, 2015, 200(4): 1275-1284.阅读原文 >>< 测序深度大于70X 时，Contigs N50明显加长。