北京诺禾致源生物信息科技有限公司-招投标数据分析报告
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诺禾致源LncRNA信息分析内容LncRNA分析内容注:以下标红需要多样本数据支持一、标准信息分析内容:1.测序数据质量评估2.参考序列比对分析3.基因表达水平分析4.RNA--‐seq整体质量评估5.序列拼接组装(cufflinks + S cripture两种拼接方法 )6.LncRNA位点筛选(可选intergenic lncRNA, intronic LncRNA, antisense lncRNA分别计算费用)6.1长度筛选(>=200bp)6.2Exon个数筛选(>=2)6.3Reads覆盖度筛选(>=3)6.4位置筛选(对不同种类的lncRNA采用不同的位置筛选条件)6.5编码潜能筛选(四种方法取交集:pfam蛋白结构域筛选、CPC 筛选、CNCI筛选、PhyloCSF)7. 筛选得到的LncRNA描述性统计分析7.1 L ncRNA长度分布7.2 E xon个数分布7.3 已知和新预测lncRNA分类8. LncRNA保守性分析8.1 位点保守性分析8.2 序列保守性分析9. LncRNA表达水平分析9.1 差异表达水平分析*(>=2个样本)9.2 组织或表型特异性表达分析*(>=3个组织或者表型)10.LncRNA靶基因预测10.1 C is作用靶基因10.2 T rans作用靶基因*(>=2个样本)11. L ncRNA靶基因功能注释11.1 C is作用功能注释11.2 T rans作用功能注释*(>=5个样本)12. 差异表达或特异性表达的靶基因功能分析*(>=2个样本)12.1 G O富集分析12.2 K EGG富集分析12.3差异LincRNA与靶基因调控网络分析二、个性化分析内容:1. l ncRNA g ene与转录组coding g ene比较分析(需要转录组数据的分析结果)1.1 长度分布比较1.2 表达水平比较1.3 组织或表型特异性比较1.4 保守性比较2. L ncRNA浏览器辅助建立。
Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性陈泽斌;李冰;王定康;余磊;徐胜光;任禛;靳松;张永福;彭声静【摘要】In this study, the species abundance and alpha diversity of walnut endophytic bacteria were analyzed by Illumina MiSeq high-throughput sequencing of the 16S rDNA-V4 region. Softwares such as Uparse, Flash, and Qiime were employed to sort and calculate the number of sequences and operational taxonomic units ( OTUs) . The numbers of effective sequences and OTUs for each sample were 63183 and 103, respectively. The rarefaction curves showed that adequate sampling was achieved, and the number of OTUs was close to saturation. Majority of the endophytic bacteria belonged to Sphingomonas ( 27. 27%) , Halomonas ( 27. 27%) and Agrobacterium ( 45. 45%) which were therefore the dominant bacterial families in walnut. Illumi-na MiSeq high-throughput sequencing technology provided more accurate and scientific data resources for the study of endophytic bacteria.%应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定核桃内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,使用Uparse等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元( OTUs)数量,分析内生细菌的丰度和a-多样性。
诺禾致源生物信息科技有限公司2015校园招聘简章关于我们基因是一切生命现象的源头,决定了每一个细胞和生物体的运作。
同时,基因也是序列的,是数字的,解读基因密码始终是人类的终极梦想。
近年来,基因测序技术飞速发展。
一个人类基因组的测序成本由世纪初的30亿美金降低至现今的1000美金。
基因测序不但已经成为生命科学研究的常用技术,也正逐步应用到人类健康领域,深刻地改变着现行的临床诊断、药物研发和医疗健康模式,乃至人们的生活方式。
基因时代已经来临。
以推动基因组学研究与应用开发为使命,我们于2011年03月15日在北京中关村创立了北京诺禾致源生物信息科技有限公司,组建了一支高水平的团队。
企业专注于开拓前沿分子生物学技术和高性能计算技术在生命科学研究和人类健康领域的应用,致力于成为全球领先的基因组学产品和服务提供者。
企业总部位于北京市海淀区学清路38号金码大厦,办公面积4,500m2。
技术中心位于天津市武清区,办公面积11,200 m2,其中洁净实验室面积约5,000m2,实验室通过认证获批国家医疗机构执业许可证和医疗器械生产企业许可证。
业务网络遍布国内主要城市,并设立有香港、美国和英国等海外业务中心。
我们建立了目前国内通量规模最大的基因测序平台,包括4台MiSeq、1台NextSeq 500、5台Ion Proton、10台HiSeq2000/2500和10台HiSeq X 等最先进的基因测序仪。
高性能计算平台目前物理核数3,592个,计算峰值速度73T flops,总内存17TB,总存储3.2PB,有效地支撑了生命科学研究、农业育种、食品安全和医疗健康等领域对大数据分析和存储的需求。
四年的快速发展,诺禾致源已成长为国内基因行业的领先企业。
现为中关村国家自主创新示范区金种子企业、瞪羚企业、北京市科技研发机构、软件企业、北京市企事业专利试点单位、国家高新技术企业。
并建设有博士后(青年英才)创新实践基地和北京市工程实验室。
应用Illumina NovaSeq测序技术比较3 种杂粮对大鼠肠道菌群的影响王勇,宋歌,庞邵杰,綦文涛*(国家粮食和物资储备局科学研究院,北京 100037)摘 要:为探究燕麦、荞麦和小米对健康大鼠肠道结构、肠道菌群及肠道中短链脂肪酸(short-chain fatty acids,SCFAs)含量的影响,本实验将48 只SPF级雄性SD大鼠随机分为4 组(空白对照组(饲喂标准维持饲料)、燕麦组(饲喂含22%(质量分数,下同)燕麦的饲料)、荞麦组(饲喂含22%荞麦的饲料)和小米组(饲喂含22%小米的饲料)),每周测定大鼠体质量,12 周后处死大鼠,取肝脏、结肠组织及结肠内容物,对大鼠肝脏和结肠组织进行病理学检测;应用Illumina NovaSeq高通量测序技术检测大鼠肠道菌群变化;利用液相色谱-质谱联用仪检测大鼠结肠内容物SCFAs含量。
结果表明,燕麦可增加大鼠肠道菌群多样性,提高大鼠结肠乳杆菌属(Lactobacillus)和阿克曼氏菌属(Akkermansia)丰度;荞麦和小米可增加厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度,降低疣微菌门(Verrucomicrobia)和拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度;燕麦、荞麦和小米均可降低拟杆菌属(Bacteroides)丰度;燕麦和小米可显著提高大鼠结肠内乙酸和总SCFAs含量(P<0.05),小米可显著提高丙酸和异丁酸含量(P<0.05)。
综上,燕麦对大鼠肠道菌群具有一定的改善作用,荞麦和小米对肠道菌群的影响相似度较高,相关研究结果可为谷物功能食品的开发提供科学依据。
关键词:燕麦;荞麦;小米;肠道菌群;高通量测序;短链脂肪酸Effects of Three Kinds of Coarse Cereals on Gut Microbiota of Rats Explored by Illumina NovaSeq Sequencing TechnologyWANG Yong, SONG Ge, PANG Shaojie, QI Wentao*(Academy of National Food and Strategic Reserves Administration, Beijing 100037, China) Abstract: To investigate the effect of dietary supplementation with oats, tartary buckwheat and foxtail millet on the intestinal histology, microbiota and short-chain fatty acids (SCFAs) in normal rats, 48 male SD rats were randomly and equally divided into four groups: control (fed a standard maintenance diet), oat (fed the maintenance diet containing 22% oats), tartary buckwheat (fed the maintenance diet containing 22% tartary buckwheat) and foxtail millet groups (fed the diet containing 22% foxtail millet). Body mass was recorded weekly. After 12 weeks of feeding, the rats were sacrificed to collect liver tissue, colon tissue and colonic contents. Histopathological characteristics of liver and colon tissues were observed. The intestinal microbiota was analyzed by Illumina NovaSeq high-throughput sequencing technology. SCFAs in colonic contents were determined by liquid chromatography-mass spectrometry. Results indicated that administration of oats increased gut microbiota diversity and showed higher relative abundance of Lactobacillus and Akkermansia than the control group. Tartary buckwheat and foxtail millet increased the relative abundance of Firmicutes, but decreased the abundance of Verrucomicrobia and Bacteroidetes in the gut of normal rats. Oats, tartary buckwheat and foxtail millet decreased the relative abundance of Bacteroides. Oats and foxtail millet could significantly increase the concentrations of acetic acid and total SCFAs (P < 0.05), and foxtail millet could significantly increase the concentrations of propionic acid and isobutyric acid in colonic contents (P < 0.05). In conclusion, oat supplementation has regulatory effects on the gut microbiota in rats,收稿日期:2020-07-16基金项目:中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(ZX1908);国家自然科学基金青年科学基金项目(31901698);中国科协青年人才托举工程2019—2021年度项目(2019QNRC001)第一作者简介:王勇(1987—)(ORCID: 0000-0002-0123-228X),男,助理研究员,博士,研究方向为粮油营养与健康。
诺禾致源rna测序方法什么是诺禾致源RNA测序方法?诺禾致源(Nugen)是一家生物技术公司,专注于开发和提供先进的分子生物学工具和服务。
他们的RNA测序方法被称为诺禾致源RNA测序方法,它是一种能够高效、准确地分析RNA样本的技术。
RNA测序是一种重要的分子生物学工具,用于确定细胞中存在的RNA分子的类型和数量。
通过诺禾致源RNA测序方法,可以在高通量、高灵敏度和高特异性的条件下,对RNA样本进行全面的测序分析。
诺禾致源RNA测序方法的一大特点是其使用了单分子扩增技术。
这种方法能够从单个RNA分子开始扩增,避免了传统方法中的批量扩增带来的偏差和误差。
此外,诺禾致源RNA测序方法还采用了特殊的试剂和引物,使测序的覆盖度、准确性和重复性得到了很大的提高。
使用诺禾致源RNA测序方法进行RNA测序需要经过以下几个主要步骤:1. 样本准备:首先,需要从目标细胞或组织中提取RNA样本。
样本准备的质量和纯度对后续的测序分析非常重要。
2. RNA逆转录:接下来,将提取到的RNA样本逆转录为cDNA。
这涉及到使用逆转录酶和引物,将RNA转录为cDNA,以便后续的扩增和测序。
3. DNA扩增:在RNA逆转录的基础上,使用诺禾致源的单分子扩增技术,将cDNA进行扩增。
通过这种方法,每个cDNA分子都能够独立地进行扩增,从而避免了传统批量扩增中的偏差和误差。
4. 测序准备:将扩增后的DNA片段进行准备,包括对DNA进行片段化、链接适配体和固定到测序芯片上。
这些步骤能够为后续的测序提供必要的样品准备。
5. 测序分析:最后,通过高通量测序技术对固定在芯片上的DNA片段进行测序。
通过诺禾致源的RNA测序方法,可以获得高质量、高覆盖度的测序数据。
除了这些基本步骤外,诺禾致源RNA测序方法还可以与其他分析技术和工具相结合,以实现更全面的RNA分析。
例如,可以使用生物信息学工具对测序数据进行处理和分析,以获得RNA的表达水平、剪接变异等信息。
CCTV报道:诺禾致源--基因测序领航企业
2016年2月27 日诺禾致源生物信息科技有限公司荣登CCTV-2 财经频道的《中国财经报道》节目。
本期节目围绕肿瘤治疗展开,对近年来国内在该领域的最新进展进行了报道。
诺禾致源作为国内基因测序行业的领先企业,接受了栏目的采访,并介绍了在基因测序在精准医疗领域的应用。
2011年03月15日,诺禾致源在北京中关村成立,专注于开拓前沿分子生物学技术和高性能计算技术在生命科学研究和人类健康领域的应用,致力于成为全球领先的基因组学产品和服务提供者,使最前沿的科学技术真正惠及于民。
经过近5年的快速发展,诺禾致源建立了目前国内通量规模最大的基因测序平台和领先的高性能计算平台,已申请84项软件著作权,38余项发明专利。
诺禾致源业务范围包括科技服务和医学健康,业务网络遍布国内主要城市,并设立有香港、美国和英国等海外业务中心,每年有多项研究成果发表于Science、Nature系列等国际顶尖学术期刊,已成长为国内基因行业的领先企业。
诺禾致源在全球搭建营销和服务网络,先后在天津、香港、美国、英国等地成立了全资子公司,并在全国各地成立诺禾致源办事处。
为科学研究和医学健康的合作伙伴提供快速、专业的项目解决方案与售后服务。
在科学研究领域,诺禾致源已与国内外科学家达成广泛合作,参与国内科研究项目6,032个,国际科研项目152个,科研成果已发表100多篇文章,累计影响因子高达650;在临床研领域,诺禾致源已和北京协和医院、同济医院、北京大学肿瘤医院等多家三甲医院建立合作,致力于造福更多的肿瘤患者。
Enterprise Development专业品质权威Analysis Report企业发展分析报告北京诺禾致源生物科技有限公司免责声明:本报告通过对该企业公开数据进行分析生成,并不完全代表我方对该企业的意见,如有错误请及时联系;本报告出于对企业发展研究目的产生,仅供参考,在任何情况下,使用本报告所引起的一切后果,我方不承担任何责任:本报告不得用于一切商业用途,如需引用或合作,请与我方联系:北京诺禾致源生物科技有限公司1企业发展分析结果1.1 企业发展指数得分企业发展指数得分北京诺禾致源生物科技有限公司综合得分说明:企业发展指数根据企业规模、企业创新、企业风险、企业活力四个维度对企业发展情况进行评价。
该企业的综合评价得分需要您得到该公司授权后,我们将协助您分析给出。
1.2 企业画像类别内容行业科技推广和应用服务业-技术推广服务资质一般纳税人产品服务术咨询、技术转让、技术推广、技术服务;技1.3 发展历程2工商2.1工商信息2.2工商变更2.3股东结构2.4主要人员2.5分支机构2.6对外投资2.7企业年报2.8股权出质2.9动产抵押2.10司法协助2.11清算2.12注销3投融资3.1融资历史3.2投资事件3.3核心团队3.4企业业务4企业信用4.1企业信用4.2行政许可-工商局4.3行政处罚-信用中国4.4行政处罚-工商局4.5税务评级4.6税务处罚4.7经营异常4.8经营异常-工商局4.9采购不良行为4.10产品抽查4.11产品抽查-工商局4.12欠税公告4.13环保处罚4.14被执行人5司法文书5.1法律诉讼(当事人)5.2法律诉讼(相关人)5.3开庭公告5.4被执行人5.5法院公告5.6破产暂无破产数据6企业资质6.1资质许可6.2人员资质6.3产品许可6.4特殊许可7知识产权7.1商标7.2专利7.3软件著作权7.4作品著作权7.5网站备案7.6应用APP7.7微信公众号8招标中标8.1政府招标8.2政府中标8.3央企招标8.4央企中标9标准9.1国家标准9.2行业标准9.3团体标准9.4地方标准10成果奖励10.1国家奖励10.2省部奖励10.3社会奖励10.4科技成果11土地11.1大块土地出让11.2出让公告11.3土地抵押11.4地块公示11.5大企业购地11.6土地出租11.7土地结果11.8土地转让12基金12.1国家自然基金12.2国家自然基金成果12.3国家社科基金13招聘13.1招聘信息感谢阅读:感谢您耐心地阅读这份企业调查分析报告。
专利名称:高杂合基因组的组装方法
专利类型:发明专利
发明人:张锦波,江文恺,李季,孙小庆,张晓杰,唐新春申请号:CN201410342295.0
申请日:20140717
公开号:CN104091097A
公开日:
20141008
专利内容由知识产权出版社提供
摘要:本发明公开了一种高杂合基因组的组装方法。
该组装方法包括根据待测物种的体细胞基因组序列信息构建德布鲁因图的步骤和简化德布鲁因图的步骤,简化德布鲁因图的步骤包括以下步骤:对待测物种的生殖细胞的单细胞基因组进行测序;比对体细胞基因组的序列信息与生殖细胞的单细胞基因组的序列信息,找到体细胞基因组序列中的杂合位点的序列信息;以及根据杂合位点的序列信息,简化德布鲁因图。
本发明的组装方法通过利用生殖细胞单细胞的基因组序列信息找出高杂合基因组中的杂合位点,并在简化德布鲁因图的时候进行辅助组装,解决了现有技术在组装拼接中的杂合位点难以简化的问题,从而实现高杂合基因组的拼接组装。
申请人:北京诺禾致源生物信息科技有限公司
地址:100044 北京市昌平区回龙观镇生命园路29号创新大厦B258室
国籍:CN
代理机构:北京康信知识产权代理有限责任公司
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招标投标企业报告北京诺禾致源生物信息科技有限公司本报告于 2019年9月23日 生成您所看到的报告内容为截至该时间点该公司的数据快照目录1. 基本信息:工商信息2. 招投标情况:中标/投标数量、中标/投标情况、中标/投标行业分布、参与投标的甲方排名、合作甲方排名3. 股东及出资信息4. 风险信息:经营异常、股权出资、动产抵押、税务信息、行政处罚5. 企业信息:工程人员、企业资质* 敬启者:本报告内容是中国比地招标网接收您的委托,查询公开信息所得结果。
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一、基本信息1. 工商信息企业名称:北京诺禾致源生物信息科技有限公司统一社会信用代码:9111011457125686XY 工商注册号:110114013682041组织机构代码:57125686X法定代表人:李瑞强成立日期:2011-03-15企业类型:股份有限公司(非上市、自然人投资或控股)经营状态:在业注册资本:36000万人民币注册地址:北京市昌平区回龙观镇生命园路29号创新大厦B258室营业期限:2011-03-15 至 /营业范围:科技产品的技术开发、技术咨询、技术转让、技术推广;会议服务;计算机技术培训;维修计算机、电子产品;计算机系统集成;经济信息咨询(不含中介服务);销售计算机软硬件及外围设备、化工产品(不含危险化学品)、生物试剂(不含危险化学品、药品)、机械设备;技术进出口。
(企业依法自主选择经营项目,开展经营活动;依法须经批准的项目,经相关部门批准后依批准的内容开展经营活动;不得从事本市产业政策禁止和限制类项目的经营活动。
)联系电话:***********二、招投标分析2.1 中标/投标数量企业中标/投标数: 个 (数据统计时间:2017年至报告生成时间)162.2 中标/投标情况(近一年)截止2019年9月23日,根据国内相关网站检索以及中国比地招标网数据库分析,未查询到相关信息。
2022年01月【天津诺禾致源生物信息科技有限公司】中国中标统计分析根据中招查的统计,2022年01月中国天津诺禾致源生物信息科技有限公司中标事件量为4次,相对于2021年01月同比上升100.0%。
截至2022年01月月末,本年度中国天津诺禾致源生物信息科技有限公司中标事件总量为352次,相对于2021年01月累计同比上升100.0%。
2021年02月到2022年01月在天津诺禾致源生物信息科技有限公司中标事件信息中出现总次数排名前十的关键词为:生物、大学、货物、基地、学院、科学、医院、PC、PCR仪、医疗。
从地域角度看,2022年01月天津诺禾致源生物信息科技有限公司中国的中标事件主要集中在:重庆市、云南省、江西省。
2022年01月,天津诺禾致源生物信息科技有限公司中标事件信息中出现总次数相比上月上升幅度最高的十个关键词包括:生物、大学。
从金额角度来看以上数据统计:根据中招查的统计,2022年01月中国天津诺禾致源生物信息科技有限公司中标金额为79.2万元,相对于2021年01月同比下降97.0%。
2022.01 公开采购关键词热度上升排名(当月环比)关键词频次 环比增速1、生物156 -25.0%2、大学 52 -67.0%为4831.2万元,相对于2021年01月累计同比下降97.0%。
2021年02月到2022年01月天津诺禾致源生物信息科技有限公司中标事件信息中包含以下关键词的中标事件总金额排名前十:生物、货物、基地、医疗、医院、大学、学院、科学、研究所、科学院。
从地域角度看,2022年01月天津诺禾致源生物信息科技有限公司中国的中标金额主要集中在:云南省、重庆市。
2022年01月,天津诺禾致源生物信息科技有限公司中标事件信息中出现总金额相比上月出现总次数上升幅度最高的十个关键词包括:生物、大学。
相关标签:中招查;中标;公司分析;天津诺禾致源生物信息科技有限公司2022.01 公开中标金额关键词上升排名(当月环比)关键词中标金额(万元) 环比增速1、生物5385.6 -72.0%2、大学 2720.0 -83.0%。
地址:北京市海淀区学清路38号金码大厦B 座21层 网址: 电话:010-8283 7567Providing advanced genomic solutions.Long noncoding RNA 生物信息分析结题报告2013年9月 RNA 研究部 rl@北京诺禾致源生物信息科技有限公司lncRNA 生物信息分析结题报告一、建库测序流程1.Total RNA样品检测2.文库构建3.库检4.上机测序二、生物信息分析流程三、项目结果说明1.原始序列数据2. 测序数据质量评估2.1 测序错误率分布检查2.2 GC含量分布检查2.3 测序数据过滤2.4 数据产出情况汇总3.参考序列比对分析3.1 Reads与参考基因组比对情况统计3.2.Reads在参考基因组不同区域的分布情况3.3.Reads在染色体上的密度分布情况3.4.Reads比对结果IGV可视化浏览4.基因表达分析4.1 已知注释类型基因含量分布4.2 已知基因表达水平分析5.RNA-seq整体质量评估5.1 样品间相关性检查5.2 样品间聚类及PCA分析5.3 均一性分布检查6.转录本拼接6.1 cufflinks拼接6.2 scripture拼接7.候选lncRNA筛选7.1 基本筛选7.2 编码潜能筛选7.3 重现性筛选8.候选lncRNA描述性统计8.1 长度分布统计8.2 外显子数目统计8.3 已知和预测lncRNA统计9.lncRNA保守性分析9.1 序列保守性分析9.2 位点保守性分析10.lncRNA差异表达分析10.1 lncRNA表达水平分析10.2 lncRNA差异表达分析10.3 差异表达lncRNA筛选11.lncRNA组织或表型特异性分析11.1 lncRNA与mRNA表达聚类分析11.2 组织或表型特异性分析12.lncRNA靶基因预测12.1 cis作用靶基因预测12.2 trans作用靶基因预测13.特异lncRNA靶基因功能富集分析13.1 GO富集分析13.2 KEGG富集分析14.特异lncRNA与mRNA网络互作分析四、参考文献一、建库测序流程从RNA样品到最终数据获得,样品检测、建库、测序每一个环节都会对数据质量和数量产生影响,而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。