三维分子类RASMOL 2.7.2.1 观看生物分子3D微观立体结构的软件。
非常有名，巨棒！RasTop 2.03 为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME 2.6 SP5 直接在浏览器中观看3D分子。
MolMol 2k.2 将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件。
CrystInfo 1.0 用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3d结构。
PDViewer PDB格式文件的查看程序。
DS ViewerPro 5.0 trail 3维分子浏览工具。
ICMLite 2.8 3维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能。
VMD 1.82 3维分子浏览工具，可以进行动态显示。
CN3D 4.1 3D分子结构观察软件。
WPDB 2.2 PDB文件检索显示分析软件。
DTMM 4.1 Demo 3维分子模型显示、编辑与构建程序。
gopenmol2.32 显示并分析分子结构及其特性的软件。
POV-Ray 3.6b3 生成三维图像工具软件。
WinMegaPov 1.0 3D渲染软件POV-Ray非官方编译软件。
MolPOV 2.0.8 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Mol2Mol 5.2.1Demo 分子文件格式转换软件。
PovChem 2.1.1 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Ortep-3 for Windows 1.076 生成分子的热椭圆形点图软件。
PLATON1.07 通用结晶学软件工具。
Mage 6.35 读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。
Prekin 6.35 将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件的软件。
Swiss-PdbViewer 3.7 sp5 PDB文件显示与分析软件。
DINAMO 蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具软件。
PCMolecule2 Lite 查看PDB格式文件的免费软件。
StrukEd Demo 化学分子编辑与三维模型生成软件。
