ACMG遗传变异分类标准与指南

【⼩⼯具】ACMG评级指南简介2015年，美国权威机构——美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）编写和发布了《ACMG 遗传变异分类标准与指南》。

该指南将变异位点的致病、良性证据列为具体的28条评判标准。

⾸先将证据按类型分类（如⼈群数据、计算预测数据、功能数据等），并将证据的⽀持度分为⼏类（⽀持，中等，强，⾮常强以及独⽴）；然后使⽤“标准组合”的形式来评估致病性。

不同组合将产⽣五个类别的致病性分类：致病，可能致病，临床意义不明，可能良性，良性。

该指南是多学科专家基于⼤量临床案例和丰富经验建⽴的，主要⽤处在于⼤体思路指导，具体案例还需具体分析,新的证据出现时，其评级可上下调整。

变异的命名HGVS命名为标准命名，临床报告应该包含参考序列以确保该变异在DNA⽔平上的明确命名，并提供编码和蛋⽩质命名法来协助功能注释(如“g”为基因组序列，“c”为编码DNA序列，“p”为蛋⽩质，“m”为线粒体)。

编码命名应该使⽤翻译起始密码⼦ATG中的“A”作为位置编号1来描述。

基因组坐标应根据标准基因组版本(如hg19)或覆盖整个基因(包括5'和3'⾮翻译区以及启动⼦)的基因组参考序列来界定。

当描述编码变异时，应该在报告中使⽤和提供每个基因的⼀个参考转录本。

该转录本应该是最长的已知转录本或者是最具临床相关性的转录本。

展开剩余95%ACMG⽀持HGVS命名规则之外的三种特殊例外:►除了当今HGVS推荐的“*”和“Ter”，“X”仍然被认为⽤于报告⽆义变异;►建议根据指定变异选择的参考转录本对外显⼦进⾏编号;►通常因为临床解释直接评估致病性，所以推荐使⽤术语“致病性”⽽不是“影响功能”。

数据库的使⽤基因组数据库收录不断被发现的变异，当我们需要对某⼀变异分类并报告，可在已有的数据库中找到有价值的信息。

⼈群数据库适⽤于获取某变异在⼤规模⼈群中发⽣频率的相关信息。

需要注意的是，⼈群数据库中的信息不仅来源于健康个体，也包含致病性的变异。

acmg遗传变异分类标准是一种用于分类人类基因组变异的系统。

它将遗传变异分为五类：致病性、可能致病性、不确定性临床意义、有限临床意义和良性。

每种分类都有相应的标准和证据，以帮助临床医生和遗传学家对遗传变异进行评估和解释。

具体而言，ACMG遗传变异分类标准的五个分类如下：
1.致病性（Pathogenic）：具有高度可能性导致疾病或致命后果的
变异。

这些变异通常在临床实践中已经被证实与特定病症相关。

2.可能致病性（Likely Pathogenic）：具有较高可能性导致疾病
的变异，但尚未有足够的证据证明其与特定疾病的相关性。

3.不确定性临床意义（Uncertain Significance）：变异在目前尚
未有足够的证据证明其与疾病或健康的关系。

这类变异需要进
一步的研究和评估。

4.有限临床意义（Limited/Reduced Penetrance, Protective,
Risk Factor, Benign）：这些变异与疾病或健康有一定的关系，但对其影响的理解仍有限。

5.良性（Benign）：这些变异已被证实与健康相关，不会导致疾病
或其他不利后果。

ACMG遗传变异分类标准可以帮助遗传学家和临床医生评估遗传变异的临床意义，帮助他们做出更准确的诊断和治疗决策。

acmg意义未明变异的解释ACMG（美国医学遗传学协会）意义未明变异的解释是指在遗传检测过程中，检测到的基因变异对个体表型的影响不明确，需要进一步研究以便更好地了解其临床意义。

随着遗传检测技术的不断发展，越来越多的患者和家庭受益于遗传检测，然而，对于检测结果中出现的意义未明变异，如何正确地解释和处理成为一个重要问题。

ACMG指南为意义未明变异的解释提供了可靠的框架。

该指南提出了五个关键方面来评估变异的临床意义：变异的致病性、可能致病性、不确定致病性、可能良性以及良性。

评估过程中，遗传学家和临床医生需结合现有证据，如基因型-表型关联、家系分析、生物学功能、数据库信息等，对变异进行综合分析。

在实际临床实践中，变异检测和解释仍面临诸多挑战。

首先，遗传检测技术的不断更新和多样化，使得检测结果中出现的新变异越来越多，给临床医生和遗传学家带来了更大的解释压力。

其次，部分变异的致病性评估依赖于罕见病例报道和实验室研究，这使得评估过程更具不确定性。

此外，患者和家庭对检测结果的担忧和误解也可能导致心理负担加重。

为了应对这些挑战，未来方向应集中在以下几个方面：1.加大力度开展遗传病研究，尤其是罕见病的研究，以积累更多具有临床意义的变异案例。

2.建立和完善基因变异数据库，为临床实践提供更为全面和准确的遗传信息。

3.加强遗传检测技术的研究与开发，提高检测准确性和灵敏度，降低假阳性结果的风险。

4.强化遗传咨询培训，提高临床医生和遗传学家对意义未明变异的解释能力和水平。

5.加强患者教育，提高患者对遗传检测结果的认识，降低心理负担。

总之，ACMG意义未明变异的解释在遗传检测领域具有重要意义。

遵循ACMG指南，结合不断发展的遗传检测技术，有望为临床实践提供更为准确和可靠的变异解释，从而更好地服务于患者和家庭。

acmg指南中英文对照English:The ACMG guidelines serve as a comprehensive, evidence-based framework for the interpretation and reporting of genetic variants in clinical practice. They embody rigorous, multidimensional standards to ensure accurate diagnosis, risk assessment, and informed medical decision-making.1. **Classification System:** The guidelines establish a standardized classification system for variants, categorizing them into five distinct classes (pathogenic, likely pathogenic, uncertain significance, likely benign, and benign), based on specific criteria such as population frequency, functional studies, computational predictions, and co-segregation data. This systematic approach promotes consistency and reliability in variant interpretation across laboratories and healthcare providers.2. **Clinical Utility:** ACMG guidelines emphasize the importance of assessing variant clinical utility, considering the potential impact on disease prevention,diagnosis, treatment, or prognosis. This focus ensures that reported findings have clear relevance to patient care, guiding appropriate interventions and management strategies.3. **Ethical Considerations:** Recognizing the ethical complexities surrounding genetic testing, the guidelines address issues such as informed consent, privacy, and return of results. They advocate for transparent communication with patients regarding the implications, limitations, and potential emotional consequences of genetic information, fostering autonomy and trust in the healthcare relationship.4. **Interdisciplinary Collaboration:** The guidelines stress the necessity of interdisciplinary collaboration involving clinicians, genetic counselors, laboratory scientists, and bioinformaticians. Such teamwork ensures comprehensive evaluation of genetic data, effective translation of complex findings into clinically meaningful information, and optimal patient care.5. **Continuous Updating:** Reflecting the rapidly evolving field of genetics, the ACMG guidelines undergo regular review and updating to incorporate new scientificdiscoveries, technological advancements, and emerging best practices. This commitment to staying current ensures that the guidelines remain at the forefront of precision medicine, providing clinicians with the most up-to-date guidance for genetic testing and interpretation.In summary, the ACMG guidelines represent a multifaceted, high-quality standard in genetic testing and interpretation. They encompass a rigorous classification system, prioritize clinical utility, address ethical considerations, promote interdisciplinary collaboration, and embrace continuous updating – all crucial elements that collectively contribute to accurate diagnoses, informed decision-making, and improved patient outcomes in the realm of medical genetics.Chinese:ACMG 指南作为临床实践中遗传变异解读和报告的综合性、循证框架，体现了确保精准诊断、风险评估及明智医疗决策的严格、多维度标准。

遗传变异分类标准与指南1. 引言1.1 概述：遗传变异是指个体基因组中的各种形式的改变，它们可以以不同的方式影响人类的生物学特征和疾病发展。

随着技术和研究方法的迅速发展，我们对遗传变异的认识也在不断深化。

遗传变异分类标准起到了对不同类型遗传变异进行系统化整理与归纳的作用，为科学家们提供了一个共识框架，以更好地理解遗传变异及其潜在效应。

1.2 文章结构：本文将首先介绍遗传变异分类标准的定义与背景，包括为何需要对遗传变异进行分类及其意义。

接下来会探讨常见的遗传变异分类方法，并重点关注其优缺点及适用场景。

随后，我们会探讨当前遗传变异分类领域面临的发展趋势与挑战。

此外，本文还将重点介绍制定遗传变异指南的目的和意义，并详细阐述指南制定时需要考虑的原则和步骤。

最后，我们将回顾已有的指南，并评估其针对实际应用场景和需求的有效性。

1.3 目的：本文的目的是为读者提供一个全面且系统化的关于遗传变异分类标准与指南的概述。

通过阐述遗传变异分类标准及其意义，读者可以更好地理解不同类型遗传变异对个体特征和疾病发展的影响。

同时，我们希望通过探讨现有分类方法和指南制定原则，为科学家们提供一些建议，并鼓励对该领域进行更多深入研究。

最终，我们希望能够为未来遗传变异研究和应用方向的发展提供有益的展望与启示。

2. 遗传变异分类标准：2.1 定义与背景：遗传变异是指生物个体基因组中的一种或多种改变，可以包括基因突变、染色体结构异常等。

遗传变异是导致物种多样性和个体差异的重要原因之一，也是许多疾病的发生和发展的关键因素。

为了对遗传变异进行有效的研究和理解，需要建立一个系统化、规范化的遗传变异分类标准。

2.2 常见分类方法：目前，主要有以下几种常见的遗传变异分类方法：2.2.1 基于分子水平：这种分类方法将遗传变异根据其在分子水平上发生的改变类型进行划分，例如单核苷酸多态性（SNP）、插入/缺失、倒位等。

2.2.2 基于功能作用：这种分类方法将遗传变异根据其在基因功能和调控等方面所扮演的作用进行划分，例如非编码区域功能元件突变、蛋白质编码序列突变等。

A卷 2020年临床检验中心考试（产前诊断组）一、单选1.高血压是________。

A.单基因病B.多基因病C.染色体病D.线粒体病E.体细胞病2.地中海贫血属于孟德尔遗传规律中的________。

Ａ.显性常染色体遗传； Ｂ.隐性常染色体遗传；Ｃ.显性性染色体连锁遗传；　Ｄ.隐性性染色体连锁遗传.3.PCR方法检测病原微生物所扩增的区段，一般为________。

A 整个病原体基因组B 病原体基因组内的保守区域C 病原体基因组内的任一区域D 以上都不是4.性状分离的准确描述是________。

A.杂交亲本具有同一性状的相对差异B.杂交后代个体间遗传表现的相对差异C.杂交后代出现同一性状的不同表现型D.杂交后代出现不同的相对性状5.下面关于同源染色体概念的叙述中，不正确的是______。

A．一条染色体经复制而形成的两条染色体B．一条来自父方、一条来自母方的两条染色体C．在减数分裂过程中能联会的两条染色体D．形状和大小一般都相同的两条染色体6.13三体综合症的临床表现有________。

A. 智力低下伴头皮缺损、多指、严重唇裂及腭裂B. 智力低下伴肌张力亢进、特殊握拳姿势、摇椅足C. 智力低下伴长脸、大耳朵、大下巴、大睾丸D. 智力正常、身材矮小、肘外翻、乳腺发育差、乳间距宽7.常因形成半合子而引起疾病的遗传病有________。

A.ARB.ADC.XRD.XDE.Y连锁遗传病8.不改变氨基酸编码的基因突变为________。

A.同义突变B.错义突变C. 无义突变D. 终止密码突变E. 移码突变9.基因表达时，遗传信息的基本流动方向是________。

A.RNA→DNA→蛋白质B.hnRNA→mRNA→蛋白质C.DNA→mRNA→蛋白质D.DNA→tRNA→蛋白质E.DNA→rRNA→蛋白质10.在人类染色体显带技术中，最简便且常用的是________。

A. G显带B. Q显带C. R显带D. C显带E. 高分辨显带11.DNA的3个终止密码子分别是________。

acmg遗传变异分类标准与指南ACMG（American College of Medical Genetics and Genomics）制定了遗传变异分类标准与指南，用于评估与解释人类遗传变异的致病性。

ACMG的遗传变异分类标准与指南主要包括以下几个方面：1. APS（Analytical validity, Pathogenicity, Clinical validity, Clinical utility, Ethical, legal, and social implications）框架：该框架是评估遗传变异致病性的主要指导原则。

分别考虑了分子诊断技术的可靠性、遗传变异致病性的证据、与临床表型之间的关联、对个体治疗或管理的帮助、伦理、法律和社会影响等因素。

2. 五个证据类别：为了评估遗传变异的致病性，ACMG提出了五个证据类别（PSI，PVS1，PM，PP，BA1），根据不同证据的权重来评估变异的致病性。

- PS（Pathogenic/Pathological）：表示变异与致病性相关的强有力证据。

- PM（Pathogenic/Moderate）：表示变异与致病性相关的有力证据。

- PP（Pathogenic/Supporting）：表示变异与致病性相关的一般证据。

- BA（Benign/Associated）：表示变异与良性状态相关的一般证据。

- BS（Benign/Strong）：表示变异与良性状态相关的强有力证据。

3. 遗传变异致病性评估的标准：ACMG提供了具体的评估标准和指导，包括每个证据类别的定义、权重以及怎样根据不同证据类别的组合来判断变异的致病性。

4. 遗传变异分类报告：ACMG建议在遗传变异分类报告中详细描述遗传变异的证据及等级、相关文献支持、与临床表型的关联等信息，以及提供相应的临床建议。

（例如，建议遗传咨询、进一步的家庭研究、保险覆盖等）ACMG的遗传变异分类标准与指南为遗传专业人员和临床医生提供了一个统一的评估和解释遗传变异致病性的框架，有助于准确诊断遗传疾病和指导相关临床决策。

ACMG全外显子测序指南摘要：美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）以前为序列突变的解释提供了指导.1在过去十年中，随着高通量测序的出现，测序技术迅速发展。

通过采用和利用下一代测序，临床实验室正在进行基因分型，单基因，基因组，外显子，基因组，转录组和遗传疾病表观遗传学检测的不断增加的遗传检测目录。

由于复杂性增加，基因检测的这种转变伴随着序列解释的新挑战。

在这方面，ACMG于2013年召集了一个由ACMG，分子病理学协会（AMP）和美国病理学家学会的代表组成的工作组，重新审视和修订了序列突变解释的标准和准则。

该组由临床实验室主任和临床医生组成。

本报告代表ACMG，AMP和美国病理学家利益相关者联盟组成的工作组的专家意见。

这些建议主要适用于临床实验室使用的遗传检测的范围，包括基因分型，单基因，panel，外显子和基因组。

本报告建议使用具体的标准术语- “致病性”，“可能致病性”，“不确定性意义”，“可能良性”和“良性”来描述在导致孟德尔病症的基因中鉴定的突变。

此外，该建议描述了基于使用典型类型的突变证据（例如，群体数据，计算数据，功能数据，分离数据）的标准将突变分类为这五个类别的过程。

由于本报告中描述的临床基因检测的分析和解释的复杂性增加，ACMG强烈建议临床分子遗传学检测应在经过临床实验室改进修订批准的实验室进行，结果由相关职业认证的临床分子遗传学家或分子遗传病理学家或同等学科专家进行解释。

关键词：ACMG实验室指导; 临床遗传检测; 解释；报告; 序列变异术语；突变报告前言临床分子实验室正在不断增加检测的新的序列突变，因为在检测患者标本时不断发现大量与基因疾病相关的基因。

虽然一些表型与单个基因相关，但许多与多个基因相关。

我们对任何给定序列突变的临床意义的理解是循序渐进的，其范围从那些几乎肯定是疾病致病性突变到几乎肯定是良性的突变。

虽然以前的美国医学遗传学和基因组学会（ACMG）的建议提供了序列突变的解释类别和解释算法，但是这些建议没有提供定义的术语或详细的突变分类指南.1。

《acmg变异位点致病等级分类案例解读》随着基因组学的迅速发展，人们对遗传变异的识别和解释变得越来越复杂和深入。

在这一过程中，ACMG(美国人类遗传学和基因组医学学会)提出了一套标准化的遗传变异分类系统，以帮助医生和研究人员对遗传变异进行准确、客观的评估。

本文将针对ACMG变异位点致病等级分类进行案例解读，深入探讨其意义和应用。

1. 了解ACMG变异位点致病等级分类的背景和意义ACMG变异位点致病等级分类系统是基于一系列标准化的证据和证据等级，将遗传变异分为五个等级：致病(P)、可能致病(LP)、变通(VUS)、可能无害(BP)和无害(B)。

这一系统的提出，标志着遗传变异评估的标准化和规范化，有助于医生和研究人员更好地理解遗传变异的致病性和临床意义。

2. 案例解读：利用ACMG变异位点致病等级分类系统进行遗传变异评估举例说明一个患者进行基因检测，发现一处未知的遗传变异。

在这种情况下，医生可以根据ACMG标准对这一遗传变异进行评估。

医生需要收集临床资料、分析遗传变异的频率、功能和已知致病变异的相关信息。

根据不同的证据等级，将这一遗传变异分类到不同的致病等级中。

医生可以根据这一分类结果，为患者提供更精准的诊断和治疗建议。

3. 总结和回顾通过对ACMG变异位点致病等级分类系统的案例解读，我们不仅更清晰地理解了这一评估系统的运作机制，也意识到了它在临床和研究中的重要性。

ACMG变异分类系统的出现，为遗传变异的解释和评估提供了科学、客观的方法，有助于提高遗传病的诊断准确性和治疗效果。

我们也应该认识到，这一系统的发展和应用是一个不断演进的过程，我们需要在实践中不断验证和完善其准确性和适用性。

4. 个人观点和理解作为一名基因组学研究人员，我对ACMG变异位点致病等级分类系统充满信心。

这一系统的出现，为基因检测和遗传病研究提供了更为客观和标准的准则，有助于推动遗传病的精准诊断和治疗。

然而，我们也需要明白，这一系统只是一个工具，其准确性和适用性还需要在实践中不断验证和完善。

ACMG遗传变异分类标准与指南1. 术语在描述孟德尔疾病相关的基因变异时，建议使用如下五级术语：①致病性，②可能致病性，③意义不明确，④可能良性，⑤良性建议所有致病性(包括可能致病)的结论需要注明疾病及相应的遗传模式(如c.1521_1523delCTT (p.Phe508del)，致病性，囊性纤维化，常染色体隐性遗传)。

2. 命名基因变异命名依据人类基因组变异协会（the Human GenomeVariation Society, HGVS (https:///mutnomen)制定的命名规则，可利用工具提供正确的HGVS命名来描述变异(http://mutalyzer.nl)。

参考序列应该是完整的，并来源于具有版本号的美国生物技术信息参考序列数据库(/Refseq/)或LRG数据库()。

基因组坐标应根据标准基因组版本(如hg19)或覆盖整个基因(包括5'和3'非翻译区以及启动子)的基因组参考序列来界定。

当描述编码变异时，应该在报告中使用和提供每个基因的一个参考转录本。

该转录本应该是最长的已知转录本或者是最具临床相关性的转录本。

协会支持的参考转录本通常可以通过LRG数据库()、CDS共识数据库(https:///CCDS/CcdsBrowse.cgi)、人类基因突变数据库()、ClinVar (/clinvar)或特异基因座数据库来确定。

3. 文献及数据库使用当临床实验室需要对某一变异进行分类并出具报告时，可在已有的数据库及发表的文献中寻找到有价值的参考信息。

数据库主要包括两大类：（1）人群数据库，适用于获取某变异在大规模人群中发生频率的相关信息；（2）疾病数据库，主要包含病患中发现的变异以及对其致病性的评估。

4. 生物信息学计算预测程序可以辅助解读序列变异工具主要分为两类：一类可以预测错义改变是否会毁坏其所产生的蛋白质的功能或结构；另一种可以预测是否影响剪接。

在序列解读中，不同软件工具组合的预测结果被视为单一证据而不是相互独立的证据，软件分析结果只是预测，他们在序列变异解读中的应该慎用，不建议仅使用这些预测结果作为唯一证据来源去做临床判断。

acmg变异位点致病等级分类案例解读标题：ACMG变异位点致病等级分类案例解读一、引言最近，我们在遗传病领域中经常听到ACMG变异位点致病等级分类的概念。

这个概念到底是什么？它在临床实践中有什么意义？本文将以深度和广度兼具的方式，对ACMG变异位点致病等级进行全面评估，并以一些实际案例来解读，帮助我们更好地理解这一主题。

二、ACMG变异位点致病等级分类的概念解析ACMG变异位点致病等级分类（American College of Medical Genetics and Genomics variant pathogenicity classification）是遗传学领域中对基因变异（variant）进行分类和评估的标准之一。

它的主要目的是为了帮助临床医生和遗传学家更好地理解基因变异的致病程度，从而指导临床诊断和治疗决策。

在ACMG标准中，基因变异被分为五个等级：致病（pathogenic）、可能致病（likely pathogenic）、变异（variant）、可能良性（likely benign）、良性（benign）。

这些分类是根据多种证据来进行评估的，包括基因组学数据库的信息、突变频率、功能预测、临床表型等。

通过综合这些证据，可以对基因变异进行更准确的分类，为临床医生提供更准确的诊断和治疗建议。

三、实际案例解读以下我们将以几个具体的案例来解读ACMG变异位点致病等级分类的意义和应用。

1. 案例一：BRCA1基因突变患者A在进行遗传学检测时发现BRCA1基因的一个突变。

通过ACMG标准的评估，这个突变被分类为致病（pathogenic）。

这意味着患者A携带的这个突变与乳腺癌和卵巢癌相关的风险非常高。

基于这一结论，患者A可以选择进行更密切的筛查和预防措施，从而降低患病的风险。

2. 案例二：CFTR基因变异患者B在进行遗传学检测时发现CFTR基因的一个变异，经过ACMG 标准的评估，被分类为变异（variant）。

组成性细胞基因组微阵列分析ACMG 标准和指南，包括产前与产后应用：2013年版Sarah T. South, PhD 1,2, Charles Lee, PhD 3, Allen N. Lamb, PhD 1,2, Anne W. Higgins, PhD 4Hutton M.Kearney, PhD 5;总则细胞基因组微阵列的目的组成性细胞基因组异常包括非整倍体（额外和缺失染色体）和结构畸变（染色体扩增和缺失，易位，倒位，插入和标记染色体）。

本指南论述的细胞基因组微阵列（CNA ）平台适用于检测不平衡染色体畸变所伴随的D NA 拷贝数目扩增或缺失。

杂合性缺失（AOH ）的区域也可由采用单核苷酸多态性（SNP ）检测探针的平台检出。

AOH 也被称为杂合性缺失、纯合片段/区域、或纯合性长期连续拉伸。

某些AOH 可表示单亲源二体，或同源基因组区域。

文献记述了此技术检测智障、自闭症和/或先天畸形患者染色体扩增和缺失的详情。

研究人员建议将CMA 作为该适应征的一线检测。

1,2CMA 的优点CMA 检测基因组DNA 扩增和缺失的优点有：1. 几乎可用任何组织分析DNA ，包括保存或不能培养的组织。

2. 可用标准G 带染色体分析检出细胞遗传学隐秘的畸形。

3. 可定制平台，使探针仅关注感兴趣区域。

4. 更好地定义和描述标准染色体研究检出的畸形。

5. 以客观数据取代对谱带强度的主观观察。

6. 可用带SNP 的平台检测拷贝数平衡的AOH 。

7.为基因组浏览器和数据库准备好数据接口。

1美国犹他州盐湖城市ARUP 实验室；2美国犹他州盐湖城市犹他州大学病理学系；3美国马萨诸塞州波士顿市哈佛医学院布莱根妇女医院；4美国马萨诸塞州伍斯特市UMass 纪念医学中心与马萨诸塞州医科大学病理学系；5 美国北卡罗来纳州阿什维尔市健康计划，Fullerton 遗传学中心。

通信地址：Sa rah T. South (Sarah.South@)2013年7月17日交稿；2013年7月17日批准；2013年9月25日在线发表。

中国遗传学会遗传咨询分会《ACMG遗传变异分类标准中文版专家共识》+目录遗传变异分类标准与指南免责声明摘要Key Words 关键词1.引言2.方法3.总论3.1 术语3.2 命名3.3 文献及数据库使用3.4 生物信息学计算预测程序4. 序列变异解读的拟定标准4.1 PVS1 无功能变异4.2 PS1 突变为同一氨基酸4.3 PS2 PM6 新发变异4.4 PS3 BS3 功能研究4.5 PS4 PM2 BA1 BS1 BS2 变异频率及对照人群的使用4.6 PM1 热点突变和/或关键的、得到确认的功能域4.7 PM3 BP2 顺式/反式检测4.8 PM4 BP3 由于框内缺失/插入和终止密码子丧失导致的蛋白长度改变4.9 PM5 同一位置新的错义变异4.10 PP1 BS4 共分离分析4.11 PP2 BP1 变异谱4.12 PP3 BP4 生物信息分析数据4.13 PP4 表型支持4.14 PP5 BP6 可靠的来源4.15 BP5 可替代基因座观察4.16 BP7 同义变异5. 序列变异报导5.1 结果5.2 解读5.3 方法学5.4 患者维权团体、临床实验和研究的获取5.5 变异再分析5.6 变异的验证6. 特殊变异6.1 基于检测结果对GUS变异的评估和报告6.2 在健康个体中评估变异或作为偶然发现6.3 线粒体变异6.4 药物基因组学6.5 常见复杂疾病6.6 体细胞变异7. 医疗工作者如何使用这些指南和建议8 参考文献（略）图1表1 人群数据库，疾病特异性数据库和序列数据库表2 生物信息分析工具表3 致病变异分级标准表4 良性变异分类标准表5 遗传变异分类联合标准规则表6 评估人群中变异频率来策划变异分类遗传变异分类标准与指南免责声明These ACMG Standards and Guidelines were developed primarily as an educational resource for clinical laboratory geneticists to help them provide quality clinical laboratory services. Adherence to these standards and guidelines is voluntary and does not necessarily assure a successful medical outcome. These Standards and Guidelines should not be considered inclusive of all proper procedures and tests or exclusive of other procedures and tests that are reasonablydirected to obtaining the same results. In determining the propriety of any specific procedure or test, the clinical laboratory geneticist should apply his or her own professional judgment to the specific circumstances presented by the individual patient or specimen. Clinical laboratory geneticists are encouraged to document in the patient’s record the rationale for the use of a particular procedure or test, whether or not it is in conformance with these Standards and Guidelines. They also are advised to take notice of the date any particular guideline was adopted and to consider other relevant medical and scientific information that becomes available after that date. It also would be prudent to consider whether intellectual property interests may restrict the performance of certain tests and other procedures.ACMG制定的标准与指南作为教育资源旨在帮助临床遗传学家提供优质的临床检验服务。

ACMG遗传变异分类标准与指南1000字
ACMG遗传变异分类标准与指南是美国遗传学与基因组医学委员会（ACMG）于2015年推出的一个标准化分类系统，用于对各种类型的
遗传变异（突变）进行分类和解释，使其更容易阐明对人类健康和
疾病的影响。

这一标准分为5类，分别是致病变异（pathogenic）、可能致病变
异（likely pathogenic）、有争议的变异（variant of uncertain significance）、可能良性变异（likely benign）和良性变异（benign）。

并且标准还基于以下14个准则来评估变异的临床意义：
1. 种群频率
2. 突变的遗传学证据
3. 该基因与特定遗传疾病或表型相关的文献证据
4. 该基因有无已知的损害突变
5. 突变的功能影响
6. 突变的多样性和复杂性
7. 突变位点的一致性与生物学功能的一致性
8. 突变对谷物三联吸附位点结构（确定剪切/酶活性产物）
9. 遗传标记的连锁分析
10. 对生命周期的已知效应
11. 专家共识
12. 同父母同样突变证据
13. 同一疾病或表型的累计多种变异证据
14. 突变在异源培养细胞或动物模型中的功能性实验
ACMG遗传变异分类标准为临床实践工作提供了科学、系统且标准化
的方法，为医学慢性病发生的研究提供了一个基础框架。

但需要注
意的是，该标准并不是完全准确的，还需要基于具体情况和临床证
据进行专业判断和辨别。

ACMG遗传变异分类标准与指南1.术语在描述孟德尔疾病相关的基因变异时,建议使用如下五级术语：①致病性,②可能致病性,③意义不明确,④可能良性,⑤良性建议所有致病性包括可能致病的结论需要注明疾病及相应的遗传模式如c.1521_1523delCTTp.Phe508del,致病性,囊性纤维化,常染色体隐性遗传;2.命名基因变异命名依据人类基因组变异协会theHumanGenomeVariationSociety,HGVS;参考序列应该是完整的,并来源于具有版本号的美国生物技术信息参考序列数据库或LRG数据库;基因组坐标应根据标准基因组版本如hg19或覆盖整个基因包括5'和3'非翻译区以及启动子的基因组参考序列来界定;当描述编码变异时,应该在报告中使用和提供每个基因的一个参考转录本;该转录本应该是最长的已知转录本或者是最具临床相关性的转录本;协会支持的参考转录本通常可以通过LRG数据库、CDS共识数据库、人类基因突变数据库、ClinVar或特异基因座数据库来确定; 3.文献及数据库使用当临床实验室需要对某一变异进行分类并出具报告时,可在已有的数据库及发表的文献中寻找到有价值的参考信息;数据库主要包括两大类：1人群数据库,适用于获取某变异在大规模人群中发生频率的相关信息；2疾病数据库,主要包含病患中发现的变异以及对其致病性的评估;4.生物信息学计算预测程序可以辅助解读序列变异工具主要分为两类：一类可以预测错义改变是否会毁坏其所产生的蛋白质的功能或结构；另一种可以预测是否影响剪接;在序列解读中,不同软件工具组合的预测结果被视为单一证据而不是相互独立的证据,软件分析结果只是预测,他们在序列变异解读中的应该慎用,不建议仅使用这些预测结果作为唯一证据来源去做临床判断;5.序列变异解读的拟定标准本指南提供了两套标准:一是用于对致病或可能致病的变异进行分类表3,另一是用于对良性或可能良性的变异进行分类表4;致病变异标准可分为非常强verystrong,PVS1,强strong,PS1~4;中等moderate,PM1~6,或辅助证据supporting,PP1~5;良性变异证据可分为独立stand-alone,BA1,强strong,BS1~4,或辅助证据BP1~6;6.线粒体变异线粒体变异的命名法与核基因的标准命名法不同,使用基因名和m.编号如m.8993T>C和p.编号,而不是标准的c.编号见命名法;目前公认的参考序列是人类线粒体DNA修订版剑桥参考序列:基因库序列NC_012920gi:;7.药物基因组学相关基因的汇总及其有临床意义的变异可查询药物基因组学知识库网站;有关细胞色素P450基因家族等位基因及其命名可查询网站表1人群数据库,疾病特异性数据库和序列数据库人群数据库ExomeAggregationConsortium本数据库中的变异信息是通过对61486个独立个体进行全外显子测序获得;同时也是多种特殊疾病和群体遗传学研究中的一部分;库中不包括儿科疾病患者及其相关人群;表3致病变异分级标准。

ACMG（American College of Medical Genetics and Genomics）是一个专业组织，致力于推动临床遗传学和基因组学的发展，提高医生和遗传学家对遗传疾病的诊断和治疗水平。

在临床遗传学实验室技术标准方面，ACMG发布了一系列标准和指南，以确保实验室的质量和准确性，保障患者的利益。

本文将根据ACMG的标准和指南，详细介绍临床遗传学实验室技术标准的相关内容。

一、实验室建设与设备标准在建设临床遗传学实验室时，需严格遵循ACMG关于实验室布局和设备标准的规定。

实验室应具备良好的通风设备和电力系统，并配置符合安全标准的实验室家具和器材。

还需要建立完善的温湿度控制系统，以保证实验室里的试剂和设备处于稳定的工作环境中。

二、技术人员标准1. 资质要求ACMG要求临床遗传学实验室的技术人员必须具备相关专业的学位等级背景和工作经验，熟悉并遵守实验室技术标准和操作规程。

并且，实验室应制定培训和考核机制，定期对技术人员进行培训和考核，确保其技能和知识的更新和提升。

2. 岗位设置实验室应明确划分技术人员的岗位设置，包括实验室经理、技术主管、实验室技术人员等。

每个岗位的职责和权限都应该有明确的规定，以便在实验室内部进行管理和协作。

三、质量控制与质量保证标准1. 样本收集与处理对于临床遗传学实验室而言，样本的质量和准确性对检测结果有着至关重要的影响。

ACMG要求实验室建立严格的标本收集和处理流程，并采用合适的方法进行样本存储和运输，以保证样本的完整性和稳定性。

2. 质量控制实验室应建立完善的质量控制体系，包括对实验室环境、设备、试剂等各个环节进行定期的质量检测和验证。

还需要建立内部质量控制和外部质量评估机制，确保实验室检测结果的可靠性和准确性。

3. 质量保证为了保证检测结果的准确性和可靠性，实验室应建立质量保证体系，包括对实验室流程和文件的管理和控制，确保实验室技术标准的严格执行和落实。

ACMG全外显子测序指南摘要：美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）以前为序列突变的解释提供了指导.1在过去十年中，随着高通量测序的出现，测序技术迅速发展。

通过采用和利用下一代测序，临床实验室正在进行基因分型，单基因，基因组，外显子，基因组，转录组和遗传疾病表观遗传学检测的不断增加的遗传检测目录。

由于复杂性增加，基因检测的这种转变伴随着序列解释的新挑战。

在这方面，ACMG于2013年召集了一个由ACMG，分子病理学协会（AMP）和美国病理学家学会的代表组成的工作组，重新审视和修订了序列突变解释的标准和准则。

该组由临床实验室主任和临床医生组成。

本报告代表ACMG，AMP和美国病理学家利益相关者联盟组成的工作组的专家意见。

这些建议主要适用于临床实验室使用的遗传检测的范围，包括基因分型，单基因，panel，外显子和基因组。

本报告建议使用具体的标准术语- “致病性”，“可能致病性”，“不确定性意义”，“可能良性”和“良性”来描述在导致孟德尔病症的基因中鉴定的突变。

此外，该建议描述了基于使用典型类型的突变证据（例如，群体数据，计算数据，功能数据，分离数据）的标准将突变分类为这五个类别的过程。

由于本报告中描述的临床基因检测的分析和解释的复杂性增加，ACMG强烈建议临床分子遗传学检测应在经过临床实验室改进修订批准的实验室进行，结果由相关职业认证的临床分子遗传学家或分子遗传病理学家或同等学科专家进行解释。

关键词：ACMG实验室指导; 临床遗传检测; 解释；报告; 序列变异术语；突变报告前言临床分子实验室正在不断增加检测的新的序列突变，因为在检测患者标本时不断发现大量与基因疾病相关的基因。

虽然一些表型与单个基因相关，但许多与多个基因相关。

我们对任何给定序列突变的临床意义的理解是循序渐进的，其范围从那些几乎肯定是疾病致病性突变到几乎肯定是良性的突变。

虽然以前的美国医学遗传学和基因组学会（ACMG）的建议提供了序列突变的解释类别和解释算法，但是这些建议没有提供定义的术语或详细的突变分类指南.1。

指南｜ACMG致病性证据PM3标准更新ClinGen 序列变异解读（SequenceVariant Interpretation）工作小组于今年5月2号更新了PM3适用标准。

PM3：对于隐性遗传基因，在患者中反式位置（in trans）检测到致病或可能致病变异。

（游侠补充，通俗点说就是在待评估位点的另一条同源染色体上检测到致病或可能致病变异，两个变异位点分别来自父母）为了准确地评估与累加每个变异的致病性强度，工作小组制定了下面的打分表格：举个例子：在评估PAH基因NM_000277.3:c.1208C>T(p.Ala403Val)这个位点时，在一个患者的该位点的反式位置上检测到一个可能致病性变异c.1301C>A(p.Ala434Asp)，那么根据表1得1分，在另一个患者中的反式位置上检测到一个致病性变异c.331C>T (p.Arg111Ter)，那么根据表1再得1分，合计2分，根据下面的表2，可以由中等证据升级到强致病性证据（PM3_Strong）。

注意事项：1.人群频率：待评估位点和反式位置位点使用PM3时都需要符合PM2标准，关于PM2请参考昨天的文章讨论｜ACMG致病性证据PM2阈值取多少为好。

2.单体型（Phasing）：如果不能确定两个位点是顺式还是反式，那么至少有两个P/LP位点的证据级别才等于一个确定反式位置的P/LP；这里特别强调，如果先证者为两个位点，只检测了父母一方，父/母只携带了一个位点，而不是0个或2个位点，那么可以认为两个位点为反式；（这很好地解决了之前我们讨论的问题：不能获得父母样本时如何判断两个位点trans还是cis）3.分类：如果反式位置为意义不明变异（人群频率需符合PM2），则可以得0.25分，如果不能确定两个位点是顺式还是反式，另一个位点如果是致病性变异得0.5分，如果是可能致病变异得0.25分；为了避免循环计算证据，在各种情况下反式位置的致病性评估不能使用待分析位点的证据。