大肠杆菌基因型说明

大肠杆菌基因型及遗传符号说明系列一点击次数：982 作者：佚名发表于：2009-09-27 00:00转载请注明来自丁香园来源：丁香园实验室的一般大肠杆菌拥有4288条基因，每条基因的长度约为950bp,基因间的平均间隔为118bp （基因Ⅷ）。

E.coli基因组中还包含有许多插入序列，如λ-噬菌体片段和一些其他特殊组份的片段，这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的，由此表明了基因组具有它的可塑造性。

利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造，使其中的某些基因发生突变或缺失，从而给大肠杆菌带来可以观察到的变化，这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型（Phenotype），把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型（Genotype）。

具有不同基因型的菌株表现出不同的特性。

分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按Demerec等1966年提出的命名原则，采用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态，除非在基因型上另外注明。

大肠杆菌基因型的表示方法（Demerec, et, al. 1966）：一、一般规则：1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成3个小写斜体字母来表示。

例如：D NA Adenine Methylase→dam。

2、不同的基因座，其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同，其表示方法是在3个小写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。

例如：Recombination→recA、recB、recC。

3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。

如supE44（sup基因座E的44位突变）。

如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变，则用连字符“ -”代替大写字母，如trp-31。

4、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。

这些符号包括菌株携带的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。

其基因符号应与基因座的表示符号明显区别，符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内；质粒或附加体上的突变基因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。

bl21de3基因型-回复BL21(DE3)基因型是一种被广泛应用于分子生物学研究中的大肠杆菌基因型。

BL21(DE3)是指一株大肠杆菌菌株，DE3则表示其内含有一个重组T7 RNA聚合酶基因。

在本文中，我将逐步解释BL21(DE3)基因型的含义、应用以及工作原理。

首先，我们来介绍一下BL21(DE3)基因型的含义。

BL21(DE3)基因型是指大肠杆菌一株具有特定基因组合的菌株。

其中BL21表示该菌株的基本型号，DE3则表示该菌株具有一个重组T7 RNA聚合酶基因。

T7 RNA聚合酶是一种能够特异性地识别T7启动子的聚合酶，因此在融合了该基因的大肠杆菌中，T7启动子能够高效地驱动外源基因的转录和表达。

BL21(DE3)基因型在分子生物学研究中得到了广泛应用。

这主要归功于其高效的外源基因表达能力。

BL21(DE3)菌株中的T7 RNA聚合酶能够识别T7启动子，在转录过程中高效地驱动外源基因的转录和表达。

这种高效的表达系统可以大大提高外源蛋白的产量，便于后续的纯化和功能研究。

在利用BL21(DE3)基因型进行外源基因表达时，通常需要构建一个含有目标基因的质粒，并利用化学方法或电穿孔法将质粒导入到大肠杆菌中。

接着，将转化后的菌株进行筛选，选择包含目标质粒的细菌克隆。

最后，通过T7 RNA聚合酶的识别和驱动，使转录和表达目标基因。

BL21(DE3)基因型还可以与其他辅助的工具和系统一起使用，以进一步提高外源基因的表达效率。

例如，可以利用大肠杆菌中的分泌系统来帮助将产生的蛋白在菌体内向外分泌，从而便于纯化和功能研究。

此外，还可以通过调控T7 RNA聚合酶基因的表达，实现目标基因的适时和高效表达。

总结起来，BL21(DE3)基因型是一种被广泛应用于分子生物学研究中的大肠杆菌基因型。

其具有高效的外源基因表达能力，能够提高外源蛋白的产量，并便于后续的纯化和功能研究。

通过将目标质粒转化到BL21(DE3)菌株中，并利用T7 RNA聚合酶的驱动，可以实现目标基因的高效转录和表达。

1、大肠杆菌DH5a菌株DH5a是世界上最常用的基因工程菌株之一。

由于DH5α是DNA酶缺陷型菌株，有利于基因克隆，保存质粒，但该菌株的蛋白酶没有缺陷，表达的蛋白容易被降解，因此通常不作为表达菌株。

E.coli DH5a在使用pUC系列质粒载体转化时，可与载体编码的β-半乳糖苷酶氨基端实现α-互补。

可用于蓝白斑筛选鉴别重组菌株。

基因型：F-，φ80dlacZΔM15，Δ(lacZYA-argF)U169，deoR，recA1，endA1，hsdR17(rk-，mk+)，phoA，supE44，λ-，thi-1，gyrA96，relA12、大肠杆菌BL21(DE3) 菌株该菌株用于高效表达克隆于含有噬菌体T7启动子的表达载体（如pET系列）的基因。

T7噬菌体RNA聚合酶位于λ噬菌体DE3区，该区整合于BL21的染色体上。

该菌适合表达非毒性蛋白。

基因型：F-，ompT，hsdS（rBB-mB－），gal，dcm（DE3）3、大肠杆菌BL21(DE3) pLysS菌株该菌株含有质粒pLysS，因此具有氯霉素抗性。

PLysS含有表达T7溶菌酶的基因，能够降低目的基因的背景表达水平，但不干扰目的蛋白的表达。

该菌适合表达毒性蛋白和非毒性蛋白。

基因型：F-，ompT hsdS（rBB-mB－），gal，dcm（DE3，pLysS ，Camr4、大肠杆菌JM109菌株该菌株在使用pUC系列质粒载体进行DNA转化或用M13 phage载体进行转染时，由于载体DNA产生的LacZa多肽和JM09编码的LacZΔM15进行α-互补，从而显示β-半乳糖苷酶活性，由此很容易鉴别重组体菌株。

基因型：recA1，endA1，gyrA96，thi－1，hsdR17，supE44，relA1，Δ（lac－proAB）/F’[traD36，proAB+，lacIq，lacZΔM15]5、大肠杆菌TOP10菌株该菌株适用于高效的DNA克隆和质粒扩增，能保证高拷贝质粒的稳定遗传。

大肠杆菌基因型及遗传符号说明前言：实验室的一般大肠杆菌拥有4288条基因，每条基因的长度约为950bp，基因间的平均间隔为118bp（基因Ⅷ）。

E.coli基因组中还包含有许多插入序列，如λ-噬菌体片段和一些其他特殊组份的片段，这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的，由此表明了基因组具有它的可塑造性。

利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造，使其中的某些基因发生突变或缺失，从而给大肠杆菌带来可以观察到的变化，这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型(Phenotype)，把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型（Genotype）。

具有不同基因型的菌株表现出不同的特性。

分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按Demerec等1966年提出的命名原则，采用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态，除非在基因型上另外注明。

大肠杆菌基因型的表示方法（Demerec, et, al. 1966）：一、一般规则：1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成3个小写斜体字母来表示。

例如：DNA Adenine Methylase→dam。

2、不同的基因座，其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同，其表示方法是在3个小写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。

例如：Recombination→recA、recB、recC。

3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。

如supE44（sup基因座E的44位突变）。

如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变，则用连字符“-”代替大写字母，如trp-31。

4、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。

这些符号包括菌株携带的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。

其基因符号应与基因座的表示符号明显区别，符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内；质粒或附加体上的突变基因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。

DH5a是一种常用于质粒克隆的菌株。

E.coli DH5a在使用pUC系列质粒载体转化时，可与载体编码的β－半乳糖苷酶氨基端实现α－互补。

可用于蓝白斑筛选鉴别重组菌株。

基因型：F-，φ80dlacZΔM15，Δ(lacZYA-argF)U169，deoR，recA1，endA1，hsdR17(rk-，mk+)，phoA，supE44，λ-，thi-1，gyrA96，relA1
BL21(DE3) 菌株
该菌株用于高效表达克隆于含有噬菌体T7启动子的表达载体（如pET 系列）的基因。

T7噬菌体RNA聚合酶位于λ噬菌体DE3区，该区整合于BL21的染色体上。

该菌适合表达非毒性蛋白。

基因型：F-，ompT， hsdS（rBB-mB－），gal， dcm（DE3）
BL21(DE3) pLysS菌株
该菌株含有质粒pLysS，因此具有氯霉素抗性。

PLysS含有表达T7溶菌酶的基因，能够降低目的基因的背景表达水平，但不干扰目的蛋白的表达。

该菌适合表达毒性蛋白和非毒性蛋白。

基因型：F-，ompT hsdS（rBB-mB－），gal， dcm（DE3，pLysS ，Camr 最直接的区分就是克隆菌株和表达菌株的区别
大肠杆菌DH5α做克隆或保存质粒用，BL21用来做原核表达用。

当然也有人用DH5α做表达也能表达出来。

也有人用BL21保存质粒的，但时间久了，质粒容易丢失。

你要是做原核表达的话，应该会现用前者克隆得到重组质粒，转化入后者进行表达
（学习的目的是增长知识，提高能力，相信一分耕耘一分收获，努力
就一定可以获得应有的回报）。

大肠杆菌dh5a菌株特征
大肠杆菌DH5α（Escherichia coli DH5α）是一种广泛应用的
实验室菌株，具有许多特殊的特征和优势。

这种菌株最初是由Messing 在1975年从K12菌株中构建而成，并被广泛应用于分子生物学、生物
工程和基因工程领域中。

下面将介绍DH5α菌株的主要特征。

1. 基因型
DH5α菌株基因型为F-Φ80lacZΔM15Δ(lacZYA-argF)U169, recA1, endA1, hsdR17(r_K-, m_K+), supE44, thi-1, gyrA96, relA1。

其中，F-表示此菌株没有细菌质粒F，邻苯二酚酶基因lacZ为突变型，可以
实现蓝白斑点筛选，endA1表示此菌株缺失限制酶endonuclease I的
基因，可以有效防止质粒DNA的降解等等。

2. 生长特性
DH5α菌株可以在常规的LB（Luria-Bertani）平板和液体培养基上正
常生长，并且生长速度较快。

此外，DH5α菌株的细胞形态规则、菌落外观整齐，易于操作，比其他大肠杆菌菌株更加稳定。

3. 转化效率
DH5α菌株的常规转化效率较高，通常可达到10的6到10的8次方CFU/μgDNA，因此非常适合质粒转化、基因克隆以及DNA测序等实验
操作。

4. 可重复性
DH5α菌株经过多次冻存和复苏，仍然能够保持其稳定性和表型特征，并且不会出现不同批次之间表型差异较大的情况。

综上所述，大肠杆菌DH5α菌株具有较好的稳定性和易于操作的
特点，被广泛应用于各种实验室研究中。

然而，在使用DH5α菌株时，也需要严格遵守实验室安全操作规程，确保实验室安全和健康。

【引用】常用大肠杆菌感受态JM109，DH5a，BL21等的区别生命科学2011-03-31 14:48:42 阅读80 评论0 字号：大中小订阅本文引用自xxrrzq《常用大肠杆菌感受态JM109，DH5a，BL21等的区别》1：DH5a菌株DH5a是一种常用于质粒克隆的菌株。

E.coli DH5a在使用pUC系列质粒载体转化时，可与载体编码的β－半乳糖苷酶氨基端实现α－互补。

可用于蓝白斑筛选鉴别重组菌株。

基因型：F-，φ80dlacZΔM15，Δ(lacZYA-argF)U169，deoR，recA1，endA1，hsdR17(rk-，mk+)，phoA，supE44，λ-，thi-1，gyrA96，relA12：BL21(DE3) 菌株该菌株用于高效表达克隆于含有噬菌体T7启动子的表达载体（如pET系列）的基因。

T7噬菌体RNA聚合酶位于λ噬菌体DE3区，该区整合于BL21的染色体上。

该菌适合表达非毒性蛋白。

基因型：F-，ompT，hsdS（rBB-mB－），gal，dcm（DE3）3：BL21(DE3) pLysS菌株该菌株含有质粒pLysS，因此具有氯霉素抗性。

PLysS含有表达T7溶菌酶的基因，能够降低目的基因的背景表达水平，但不干扰目的蛋白的表达。

该菌适合表达毒性蛋白和非毒性蛋白。

基因型：F-，ompT hsdS（rBB-mB－），gal，dcm（DE3，pLysS ，Camr4：JM109菌株该菌株在使用pUC系列质粒载体进行DNA转化或用M13 phage载体进行转染时，由于载体DNA产生的LacZa多肽和JM09编码的LacZΔM15进行α－互补，从而显示β－半乳糖苷酶活性，由此很容易鉴别重组体菌株基因型：recA1，endA1，gyrA96，thi－1，hsdR17，supE44，relA1，Δ（lac－proAB）/F’[traD36，proAB+，lacIq，lacZΔM15]5：TOP10菌株该菌株适用于高效的DNA克隆和质粒扩增，能保证高拷贝质粒的稳定遗传。

大肠杆菌的基因型-概述说明以及解释1.引言1.1 概述大肠杆菌是一种常见的革兰氏阴性杆菌，属于肠道菌群中的重要成员。

它在自然界和人体内广泛存在，并且具有广泛的基因型多样性。

这使得大肠杆菌成为了微生物遗传学和进化生物学领域的研究模型。

在大肠杆菌中，基因型是指该菌株拥有的基因组合和基因的分布情况。

大肠杆菌的基因型可以通过不同的方法进行分类和鉴定。

目前主要的分类方法包括单核苷酸多态性分析、基因片段分析和全基因组测序等。

通过这些方法，我们可以更全面地了解大肠杆菌的基因型组成和种群结构。

大肠杆菌的基因型在其功能和特点方面具有重要意义。

大肠杆菌是一种典型的益生菌，它在人体内具有多种有益作用，包括帮助消化吸收、维持肠道稳定性和参与免疫调节等。

不同基因型的大肠杆菌可能具有不同的功能特点，比如某些基因型可能携带耐药基因或致病因子，导致感染和疾病的发生。

因此，对大肠杆菌基因型的研究有助于我们深入了解其功能机制和生态适应能力。

总之，大肠杆菌作为一种常见的菌株，其基因型具有多样性和重要性。

通过研究大肠杆菌的基因型，我们可以深入探索其功能特点和生态适应能力，进一步促进微生物遗传学和进化生物学的研究。

未来，我们可以通过结合多样的研究方法和技术，进一步挖掘和解析大肠杆菌基因型的奥秘，并探索其在人体健康和疾病中的作用。

文章结构是指文章部分之间的逻辑关系和组织，它有助于读者理解文章的内容和思路。

本文的结构如下：1. 引言1.1 概述1.2 文章结构1.3 目的2. 正文2.1 大肠杆菌的基因型分类2.2 大肠杆菌基因型的功能和特点3. 结论3.1 大肠杆菌基因型的重要性3.2 未来研究的方向文章结构部分是为了描述本文的组织结构，它有助于读者了解文章的内容安排和逻辑关系。

在本文中，我们首先介绍引言部分，包括概述、文章结构和目的。

在概述中，我们简要介绍了大肠杆菌的基因型。

在文章结构中，我们明确了本文的结构和章节安排，帮助读者理解文章的整体框架。

常见大肠杆菌菌株的基因型1：DH5a菌株常用于质粒克隆的菌株。

使用pUC系列质粒载体转化时，可与载体编码的β－半乳糖苷酶氨基端实现α－互补。

可用于蓝白斑筛选鉴别重组菌株。

基因型：F-，φ80dlacZΔM15，Δ(lacZYA-argF)U169，deoR，recA1，endA1，hsdR17(rk-，mk )，phoA，supE44，λ-，thi-1，gyrA96，relA12：BL21(DE3) 菌株用于高效表达克隆于含有噬菌体T7启动子的表达载体（如pET系列）的基因。

T7噬菌体RNA聚合酶位于λ噬菌体DE3区，该区整合于BL21的染色体上。

该菌适合表达非毒性蛋白。

基因型：F-，ompT，hsdS（rBB-mB－），gal，dcm（DE3）3：BL21(DE3) pLysS菌株该菌株含有质粒pLysS，因此具有氯霉素抗性。

PLysS含有表达T7溶菌酶的基因，能够降低目的基因的背景表达水平，但不干扰目的蛋白的表达。

该菌适合表达毒性蛋白和非毒性蛋白。

基因型：F-，ompT hsdS（rBB-mB－），gal，dcm（DE3，pLysS ，Camr4：JM109菌株该菌株在使用pUC系列质粒载体进行DNA转化或用M13 phage载体进行转染时，由于载体DNA产生的LacZa多肽和JM09编码的LacZΔM15进行α－互补，从而显示β－半乳糖苷酶活性，由此很容易鉴别重组体菌株基因型：recA1，endA1，gyrA96，thi－1，hsdR17，supE44，relA1，Δ（lac－proAB）/F’[traD36，proAB ，lacIq，lacZΔM15]5：TOP10菌株该菌株适用于高效的DNA克隆和质粒扩增，能保证高拷贝质粒的稳定遗传。

基因型：F- ，mcrAΔ(mrr-hsd RMS-mcrBC)，φ80 ，lacZΔM15，△lacⅩ74，recA1 ，araΔ139Δ(ara-leu)7697，galU ，galK ，rps，(Strr) endA1，nupG6：HB101菌株该菌株遗传性能稳定，使用方便，适用于各种基因重组实验基因型：supE44，hsdS20（rB-mB－），recA13，ara－14，proA2，lacY1，galK2，rpsL20，xyl-5，mtl-1，leuB6，thi-17：Top10F'菌株带lacIq，需加IPTG诱导表达克隆于lac启动子后的外源基因，用于蓝白斑筛选时，需加入IPTG和X-Gal。

大肠杆菌基因型及遗传符号说明前言：实验室的一般大肠杆菌拥有4288条基因，每条基因的长度约为950bp，基因间的平均间隔为118bp（基因Ⅷ）。

E.coli基因组中还包含有许多插入序列，如λ-噬菌体片段和一些其他特殊组份的片段，这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的，由此表明了基因组具有它的可塑造性。

利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造，使其中的某些基因发生突变或缺失，从而给大肠杆菌带来可以观察到的变化，这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型(Phenotype)，把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型（Genotype）。

具有不同基因型的菌株表现出不同的特性。

分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按Demerec等1966年提出的命名原则，采用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态，除非在基因型上另外注明。

大肠杆菌基因型的表示方法（Demerec, et, al. 1966）：一、一般规则：1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成3个小写斜体字母来表示。

例如：DNA Adenine Methylase→dam。

2、不同的基因座，其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同，其表示方法是在3个小写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。

例如：Recombination→recA、recB、recC。

3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。

如supE44（sup基因座E的44位突变）。

如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变，则用连字符“-”代替大写字母，如trp-31。

4、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。

这些符号包括菌株携带的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。

其基因符号应与基因座的表示符号明显区别，符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内；质粒或附加体上的突变基因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。

bl21菌株基因型BL21菌株基因型BL21菌株是一种常用的大肠杆菌（Escherichia coli）菌株，具有许多重要的基因型特征。

本文将对BL21菌株的基因型进行详细介绍，并探讨其在科研和工业应用中的重要性。

BL21菌株的基因型特征主要包括：F-、ompT、hsdS、rB-、mB-、dcm、TetR。

其中，F-表示BL21菌株缺乏F因子，不具有浓度依赖性转化能力；ompT指的是该菌株缺乏OmpT蛋白酶，使得BL21菌株对外界的抵抗能力较差；hsdS代表BL21菌株具有一种特殊的限制修饰系统，能够识别并限制感染外源DNA；rB-和mB-分别表示BL21菌株的重组和改变基因型特征；dcm则代表该菌株中的DNA甲基化酶缺陷，使得BL21菌株在体外培养时能更容易进行DNA修饰；最后，TetR表示该菌株对四环素具有耐受性。

BL21菌株的基因型特征决定了其在科研和工业应用中的重要性。

首先，由于BL21菌株缺乏F因子，因此在进行重组DNA的克隆实验时能够有效地避免外源DNA的传播。

其次，BL21菌株缺乏OmpT蛋白酶，使得其对外界的抵抗力较弱，能够更容易地进行蛋白表达，从而方便进行蛋白的纯化和研究。

此外，BL21菌株具有限制修饰系统，避免了外源DNA的限制修饰，使其在进行重组DNA的表达时更加高效。

此外，BL21菌株中的DNA甲基化酶缺陷使得其在体外培养时更容易进行DNA修饰，进一步提高了蛋白表达的效率。

最后，BL21菌株对四环素具有耐受性，可用于进行耐药基因的筛选和研究。

除了上述基因型特征外，BL21菌株还具有一些其他的特点。

例如，BL21菌株是一种非常常见的大肠杆菌菌株，易于培养和扩增。

此外，BL21菌株具有较高的生长速度和较高的蛋白表达能力，可以用于大规模蛋白表达和产业生产。

此外，BL21菌株还具有较高的遗传稳定性，适合进行长期保存和传代。

BL21菌株的基因型特征使其在科研和工业应用中具有重要的地位。

常用大肠杆‎菌感受态J‎M109，DH5a，BL21等‎的区别1：DH5a菌‎株DH5a是‎一种常用于‎质粒克隆的‎菌株。

E.coli DH5a在‎使用pUC‎系列质粒载‎体转化时，可与载体编‎码的β－半乳糖苷酶‎氨基端实现‎α－互补。

可用于蓝白‎斑筛选鉴别‎重组菌株。

基因型：F-，φ80dl‎a cZΔM‎15，Δ(lacZY‎A-argF)U169，deoR，recA1‎，endA1‎，hsdR1‎7(rk-，mk+)，phoA，supE4‎4，λ-，thi-1，gyrA9‎6，relA1‎2：BL21(DE3) 菌株该菌株用于‎高效表达克‎隆于含有噬‎菌体T7启‎动子的表达‎载体（如pET系‎列）的基因。

T7噬菌体‎R NA聚合‎酶位于λ‎噬菌体DE‎3区，该区整合于‎B L21的‎染色体上。

该菌适合表‎达非毒性蛋‎白。

基因型：F-，ompT，hsdS（rBB-mB－），gal，dcm（DE3）3：BL21(DE3) pLysS‎菌株该菌株含有‎质粒pLy‎s S，因此具有氯‎霉素抗性。

PLysS‎含有表达T‎7溶菌酶的‎基因，能够降低目‎的基因的背‎景表达水平‎，但不干扰目‎的蛋白的表‎达。

该菌适合表‎达毒性蛋白‎和非毒性蛋‎白。

基因型：F-，ompT hsdS（rBB-mB－），gal，dcm（DE3，pLysS‎，Camr4：JM109‎菌株该菌株在使‎用pUC系‎列质粒载体‎进行DNA‎转化或用M‎13 phage‎载体进行转‎染时，由于载体D‎N A产生的‎L acZa‎多肽和JM‎09编码的‎L acZΔ‎M15进行‎α－互补，从而显示β‎－半乳糖苷酶‎活性，由此很容易‎鉴别重组体‎菌株基因型：recA1‎，endA1‎，gyrA9‎6，thi－1，hsdR1‎7，supE4‎4，relA1‎，Δ（lac－proAB‎）/F’[traD3‎6，proAB‎+，lacIq‎，lacZΔ‎M15]5：TOP10‎菌株该菌株适用‎于高效的D‎N A克隆和‎质粒扩增，能保证高拷‎贝质粒的稳‎定遗传。

大肠杆菌克隆菌株TOP10和DH5α的比较大肠杆菌克隆菌株是一种经过基因工程改造的细菌，可以用于转化和扩增外源DNA，如质粒、文库或表达载体。

不同的克隆菌株具有不同的特性，如转化效率、抗性、突变、表达水平等。

本文将比较两种常见的大肠杆菌克隆菌株：TOP10和DH5α，分析它们的优缺点和价格。

TOP10的优缺点TOP10是一种来源于大肠杆菌K12的菌株，具有mcr/mrr突变，可以克隆甲基化的DNA，如真核基因组DNA。

它的基因型如下：•Top10：F- mcrA Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC) φ80lacZΔM15 ΔlacX74 recA1 araD139 Δ(ara-leu)7697 galU galK rpsL (StrR) endA1 nupGTOP10的优点主要有以下几个方面：•高转化效率：TOP10具有高达10^9 cfu/µg DNA的转化效率，这意味着它可以获得更多的重组菌株，提高克隆的成功率。

•低突变率：TOP10具有recA1突变，可以抑制同源重组，保持质粒的序列完整性。

•高稳定性：TOP10具有endA1突变，可以阻断内切核酸酶的表达，减少质粒DNA的降解。

它还可以在不含抗生素的培养基中维持质粒的复制。

•广泛的耐药性：TOP10具有多种抗性基因，如rpsL (StrR)、nupG等，可以使用多种抗生素进行筛选。

•高数据一致性：TOP10具有高度的基因组稳定性和质粒保留性，可以保证实验的可重复性和可靠性。

TOP10的缺点主要有以下几个方面：•高成本：TOP10的价格相对较高，可能超出一些实验室的预算。

•低表达水平：TOP10不适合用于蛋白表达，因为它缺乏一些必要的表达因子，如DE3溶原菌、T7 RNA聚合酶等。

•低兼容性：TOP10不适合用于一些特殊的载体，如含有重复序列的慢病毒载体和其它逆转录病毒载体，因为它可能会发生质粒的重组或缺失。

DH5α的优缺点DH5α是一种由Messing在1975年从大肠杆菌K12菌株中构建而成的菌株，具有mcr/mrr突变，可以克隆甲基化的DNA，如真核基因组DNA。

1：DH5a菌株DH5a是一种常用于质粒克隆的菌株。

E.coli DH5a在使用pUC系列质粒载体转化时，可与载体编码的β－半乳糖苷酶氨基端实现α－互补。

可用于蓝白斑筛选鉴别重组菌株。

基因型：F-，φ80dlacZΔM15，Δ(lacZYA-argF)U169，deoR，recA1，endA1，hsdR17(rk-，mk+)，phoA，supE44，λ-，thi-1，gyrA96，relA12：BL21(DE3) 菌株该菌株用于高效表达克隆于含有噬菌体T7启动子的表达载体（如pET系列）的基因。

T7噬菌体RNA聚合酶位于λ 噬菌体DE3区，该区整合于BL21的染色体上。

该菌适合表达非毒性蛋白。

基因型：F-，ompT，hsdS（rBB-mB－），gal，dcm（DE3）3：BL21(DE3) pLysS菌株该菌株含有质粒pLysS，因此具有氯霉素抗性。

PLysS含有表达T7溶菌酶的基因，能够降低目的基因的背景表达水平，但不干扰目的蛋白的表达。

该菌适合表达毒性蛋白和非毒性蛋白。

基因型：F-，ompThsdS（rBB-mB－），gal，dcm（DE3，pLysS，Camr4：JM109菌株该菌株在使用pUC系列质粒载体进行DNA转化或用M13 phage载体进行转染时，由于载体DNA产生的LacZa多肽和JM09编码的LacZΔM15进行α－互补，从而显示β－半乳糖苷酶活性，由此很容易鉴别重组体菌株基因型：recA1，endA1，gyrA96，thi－1，hsdR17，supE44，relA1，Δ（lac－proAB）/F’[traD36，proAB+，lacIq，lacZΔM15]5：TOP10菌株该菌株适用于高效的DNA克隆和质粒扩增，能保证高拷贝质粒的稳定遗传。

基因型：F- ，m crAΔ(mrr-hsd RMS-mcrBC)，φ80 ，lacZΔM15，△lacⅩ74，recA1 ，araΔ139Δ(ara-leu)7697，galU，galK，rps，(Strr) endA1，nupG6：HB101菌株该菌株遗传性能稳定，使用方便，适用于各种基因重组实验基因型：supE44，hsdS20（rB-mB－），recA13，ara－14，proA2，lacY1，galK2，rpsL20，xyl-5，mtl-1，leuB6，thi-17：M110或SCS110大多数大肠杆菌菌株中含有Dam甲基化酶和Dcm甲基化酶，前者可以在GATC序列中腺嘌呤N-6位上引入甲基，后者在CCA/TGC序列的第一个胞嘧啶C-5位置上引入甲基。

大肠杆菌基因型及遗传符号说明前言：实验室的一般大肠杆菌拥有4288条基因，每条基因的长度约为950bp，基因间的平均间隔为118bp（基因Ⅷ）。

E.coli基因组中还包含有许多插入序列，如λ-噬菌体片段和一些其他特殊组份的片段，这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的，由此表明了基因组具有它的可塑造性。

利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造，使其中的某些基因发生突变或缺失，从而给大肠杆菌带来可以观察到的变化，这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型(Phenotype)，把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型（Genotype）。

具有不同基因型的菌株表现出不同的特性。

分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按Demerec等1966年提出的命名原则，采用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态，除非在基因型上另外注明。

大肠杆菌基因型的表示方法（Demerec, et, al. 1966）：一、一般规则：1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成3个小写斜体字母来表示。

例如：DNA Adenine Methylase→dam。

2、不同的基因座，其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同，其表示方法是在3个小写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。

例如：Recombination→recA、recB、recC。

3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。

如supE44（sup基因座E的44位突变）。

如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变，则用连字符“-”代替大写字母，如trp-31。

4、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。

这些符号包括菌株携带的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。

其基因符号应与基因座的表示符号明显区别，符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内；质粒或附加体上的突变基因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。

JM109，DH5a，BL21感受态有何区别1、DH5a菌株DH5a是一种常用于质粒克隆的菌株。

E.coli DH5a在使用pUC系列质粒载体转化时，可与载体编码的β-半乳糖苷酶氨基端实现α-互补。

可用于蓝白斑筛选鉴别重组菌株。

基因型：F-，φ80dlacZΔM15，Δ(lacZYA-argF)U169，deoR，recA1，endA1，hsdR17(rk-，mk+)，phoA，supE44，λ-，thi-1，gyrA96，relA1。

2、BL21(DE3) 菌株该菌株用于高效表达克隆于含有噬菌体T7启动子的表达载体（如pET系列）的基因。

T7噬菌体RNA聚合酶位于λ噬菌体DE3区，该区整合于BL21的染色体上。

该菌适合表达非毒性蛋白。

基因型：F-，ompT，hsdS（rBB-mB－），gal，dcm（DE3）3、BL21(DE3) pLysS菌株该菌株含有质粒pLysS，因此具有氯霉素抗性。

PLysS含有表达T7溶菌酶的基因，能够降低目的基因的背景表达水平，但不干扰目的蛋白的表达。

该菌适合表达毒性蛋白和非毒性蛋白。

基因型：F-，ompT hsdS（rBB-mB－），gal，dcm（DE3，pLysS ，Camr。

4：JM109菌株该菌株在使用pUC系列质粒载体进行DNA转化或用M13 phage载体进行转染时，由于载体DNA产生的LacZa多肽和JM09编码的LacZΔM15进行α-互补，从而显示β-半乳糖苷酶活性，由此很容易鉴别重组体菌株。

基因型：recA1，endA1，gyrA96，thi－1，hsdR17，supE44，relA1，Δ（lac－proAB）/F’[traD36，proAB+，lacIq，lacZΔM15]5：TOP10菌株该菌株适用于高效的DNA克隆和质粒扩增，能保证高拷贝质粒的稳定遗传。

基因型：F- ，mcrAΔ(mrr-hsd RMS-mcrBC)，φ80 ，lacZΔM15，△lacⅩ74，recA1 ，ara Δ139Δ(ara-leu)7697，galU ，galK ，rps，(Strr) endA1，nupG6、TOP10F'菌株带lacIq，需加IPTG诱导表达克隆于lac启动子后的外源基因，用于蓝白斑筛选时，需加入IPTG和X-Gal。

大肠杆菌基因型及遗传符号说明前言：实验室的一般大肠杆菌拥有4288条基因，每条基因的长度约为950bp，基因间的平均间隔为118bp（基因Ⅷ）。

E.coli基因组中还包含有许多插入序列，如λ-噬菌体片段和一些其他特殊组份的片段，这些插入的片段都是由基因的水平转移和基因重组而形成的，由此表明了基因组具有它的可塑造性。

利用大肠杆菌基因组的这种特性对其进行改造，使其中的某些基因发生突变或缺失，从而给大肠杆菌带来可以观察到的变化，这种能观察到的特征叫做大肠杆菌的表现型(Phenotype)，把引起这种变化的基因构成叫做大肠杆菌的基因型（Genotype）。

具有不同基因型的菌株表现出不同的特性。

分子克隆中常用的大肠杆菌及其遗传标记按Demerec等1966年提出的命名原则，采用的菌株所有的基因都假定处于野生型状态，除非在基因型上另外注明。

大肠杆菌基因型的表示方法（Demerec, et, al. 1966）：一、一般规则：1、根据基因产物或其作用产物的英文名称的第一个字母缩写成3个小写斜体字母来表示。

例如：DNA Adenine Methylase→dam。

2、不同的基因座，其中任何一个突变所产生的表型变化可能相同，其表示方法是在3个小写斜体字母后加上一个斜体大写字母来表示区别。

例如：Recombination→recA、recB、recC。

3、突变位点应通过在突变基因符号后加不同数字表示。

如supE44（sup基因座E的44位突变）。

如果不知道几个等位基因中哪一/几个发生了功能性突变，则用连字符“-”代替大写字母，如trp-31。

4、细菌的基因型中应该包含关于其携带的质粒或附加体的的信息。

这些符号包括菌株携带的质粒或附加体、质粒或附加体上的突变基因座和突变位点。

其基因符号应与基因座的表示符号明显区别，符号的第一个字母大写、不斜体并位于括号内；质粒或附加体上的突变基因座和突变位点的基因符号的表示方法与染色体上突变基因座、突变位点的符号相同。

1:DH5a 菌株DH5a 是一种常用于质粒克隆的菌株。

E.coli DH5a在使用 pUC 系列质粒载体转化时,可与载体编码的β-半乳糖苷酶氨基端实现α-互补。

可用于蓝白斑筛选鉴别重组菌株。

基因型:F-, φ80dlacZΔM15, Δ(lacZYA-argFU169, deoR , recA1, endA1,hsdR17(rk-, mk+, phoA , supE44, λ-, thi-1, gyrA96, relA12:BL21(DE3 菌株该菌株用于高效表达克隆于含有噬菌体 T7启动子的表达载体(如 pET 系列的基因。

T7噬菌体 RNA 聚合酶位于λ 噬菌体 DE3区,该区整合于 BL21的染色体上。

该菌适合表达非毒性蛋白。

基因型:F-, ompT , hsdS (rBB-mB -, gal , dcm (DE33:BL21(DE3 pLysS菌株该菌株含有质粒 pLysS ,因此具有氯霉素抗性。

PLysS 含有表达 T7溶菌酶的基因,能够降低目的基因的背景表达水平,但不干扰目的蛋白的表达。

该菌适合表达毒性蛋白和非毒性蛋白。

基因型:F-, ompThsdS (rBB-mB -, gal , dcm (DE3, pLysS , Camr4:JM109菌株该菌株在使用 pUC 系列质粒载体进行 DNA 转化或用 M13 phage载体进行转染时,由于载体 DNA 产生的 LacZa 多肽和 JM09编码的LacZΔM15进行α-互补 ,从而显示β-半乳糖苷酶活性,由此很容易鉴别重组体菌株基因型 :recA1, endA1, gyrA96, thi -1, hsdR17, supE44, relA1, Δ(lac -proAB/F’[traD36, proAB+, lacIq , lacZΔM15]5:TOP10菌株该菌株适用于高效的 DNA 克隆和质粒扩增 ,能保证高拷贝质粒的稳定遗传。

⼤肠杆菌基因型解读E. coli genotypesContents[hide]1 Nomenclature & Abbreviations2 Methylation Issues in E. coli3 Commonly used strains3.1 AG13.2 AB11573.3 BL213.4 BL21(AI)3.5 BL21(DE3)3.6 BL21 (DE3) pLysS3.7 BNN933.8 BNN973.9 BW26434, CGSC Strain # 76583.10 C6003.11 C600 hflA150 (Y1073, BNN102)3.12 CSH503.13 D12103.14 DB3.13.15 DH13.16 DH5α3.17 DH10B (Invitrogen)3.18 DH12S (Invitrogen)3.19 DM1 (Invitrogen)3.20 E. cloni(r) 5alpha (Lucigen)3.21 E. cloni(r) 10G (Lucigen)3.22 E. cloni(r) 10GF' (Lucigen)3.23 E. coli K12 ER2738 (NEB)3.24 ER2566 (NEB)3.25 ER2267 (NEB)3.26 HB1013.27 HMS174(DE3)3.28 High-Control(tm) BL21(DE3) (Lucigen) 3.29 High-Control(tm) 10G (Lucigen)3.30 IJ11263.31 IJ11273.32 JM833.33 JM1013.34 JM1033.35 JM1053.36 JM1063.37 JM1073.38 JM1083.39 JM1093.40 JM109(DE3)3.41 JM1103.42 JM2.3003.43 LE3923.44 Mach13.45 MC10613.46 MC41003.47 MG16553.48 OmniMAX23.49 OverExpress(tm)C41(DE3) (Lucigen)3.50 OverExpress(tm)C41(DE3)pLysS (Lucigen) 3.51 OverExpress(tm)C43(DE3) (Lucigen)3.52 OverExpress(tm)C43(DE3)pLysS (Lucigen) 3.53 Rosetta(DE3)pLysS3.54 Rosetta-gami(DE3)pLysS3.55 RR13.56 RV3083.57 SOLR (Stratagene)3.58 SS320 (Lucigen)3.59 STBL2 (Invitrogen)3.60 STBL3 (Invitrogen)3.61 STBL43.62 SURE (Stratagene)3.63 SURE2 (Stratagene)3.64 TG1 (Lucigen)3.65 TOP10 (Invitrogen)3.66 Top10F' (Invitrogen)3.67 W31103.68 XL1-Blue (Stratagene)3.69 XL1-Blue MRF' (Stratagene)3.70 XL2-Blue (Stratagene)3.71 XL2-Blue MRF' (Stratagene)3.72 XL1-Red (Stratagene)3.73 XL10-Gold (Stratagene)3.74 XL10-Gold KanR (Stratagene)4 Other genotype information sources5 ReferencesNomenclature & AbbreviationsA listed gene name means that gene carries a loss of function mutation, a Δ preceding a gene name means the gene is deleted. If a gene is not listed, it is not known to be mutated. Prophages present in wt K-12 strains (F, λ, e14, rac) are listed only if absent. E. coliB strains are naturally lon- and dcm-.F- = Does not carry the F plasmidF+ = Carries the F plasmid. The cell is able to mate with F- through conjugation.F'[ ] = Carries an F plasmid that has host chromosomal genes on it from a previous recombination event. This cell can also mate with F- through conjugation. Chromosomal genes carried in the F plasmid are listed in brackets.r B/K+/- = The (B/K) defines the strain lineage. The +/- indicates whether the strain has or hasn't got the restriction system. m B/K+/- = The (B/K) defines the strain lineage. The +/- indicates whether the strain has or hasn't got the modification (methylation) system.hsdS = Both restriction and methylation of certain sequences is deleted from the strain. If you transform DNA from such a strain into a wild type strain, it will be degraded.hsdR = For efficient transformation of cloned unmethylated DNA from PCR amplificationsINV( ) = chromosomal inversion between locations indicatedahpC = mutation to alkyl hydroperoxide reductase conferring disulfide reductase activityara-14 = cannot metabolize arabinosearaD = mutation in L-ribulose-phosphate 4-epimerase blocks arabinose metabolismcycA = mutation in alanine transporter; cannot use alanine as a carbon sourcedapD = mutation in succinyl diaminopimelate aminotransferase leads to succinate or (lysine + methionine) requirementΔ( ) = chromosomal deletion of genes between the listed genes (may include unlisted genes!)dam = adenine methylation at GATC sequences exist; high recombination efficiency; DNA repair turned ondcm = cytosine methylation at second C of CCWGG sites exist. dam & dcm are the default properties and always elided, while dam- or dcm- should be declare explicitlydeoR = regulatory gene that allows constitutive expression of deoxyribose synthesis genes; permits uptake of largeplasmids. See Hanahan D, US Patent 4,851,348. ***This has been called intoquestion, as the DH10B genome sequence revealed that it is deoR+. See Durfee08, PMID 18245285.dnaJ = one of the chaparonins inactivated; stabilizes some mutant proteinsdut1 = dUTPase activity abolished, leading to increased dUTP concentrations, allowing uracil instead of thymine incorporation in DNA. Stable U incorporation requires ung gene mutation as well. endA1 = For cleaner preparations of DNA and better results in downstream applications due to the elimination of non-specific digestion by Endonuclease I(e14) = excisable prophage like element containing mcrA gene; present in K-12 but missing in many other strainsgalE = mutations are associated with high competence, increased resistance to phage P1 infection, and 2-deoxygalactose resistance. galE mutations block the production of UDP-galactose, resulting in truncation of LPS glycans to the minimal, "inner core". The exceptional competence ofDH10B/TOP10 is thought to be a result of a reduced interference from LPS in the binding and/or uptake of transforming DNA. galE15 is a point mutation resulting in a Ser123 -> Phe conversion near the enzyme's active site. See van Die, et al. PMID 6373734, Hanahan, et al. PMID 1943786, and EcoSal ISBN 1555811647. --Dcekiert 16:56, 23 January 2008 (CST)galk = mutants cannot metabolize galactose and are resistant to 2-deoxygalactose. galK16 is anIS2 insertion ~170bp downstream of the galK start codon. See EcoSal ISBN 1555811647. --Dcekiert 16:56, 23 January 2008 (CST)galU = mutants cannot metabolize galactosegor = mutation in glutathione reductase; enhances disulphide bond formationglnV = suppression of amber (UAG) stop codons by insertion of glutamine; required for some phage growthgyrA96 = mutation in DNA gyrase; conveys nalidixic acid resistancegyrA462 = mutation in DNA gyrase; conveys resistance to ccdB colicin gene producthflA150 = protease mutation stabilizing phage cII protein; high frequency of lysogenization by λΔ(lac)X74 = Deletion of the entire lac operon as well as some flanking DNA (complete deletion is Δcod-mhpF; seeMol.Micro., 6:1335, and J.Bact., 179:2573)lacI q or lacI Q = overproduction of the lac repressor protein; -35 site in promoter upstream of lacI is mutated from GCGCAA to GTGCAAlacI Q1 = overproduction of the lac repressor protein; contains a 15 bp deletion to create optimal -35site in promoter upstream of lacIlacY = deficient in lactose transport; deletion of lactose permease (M protein)lacZΔM15 = partial deletion of the lacZ gene that allows α complementation of the β-galactosidase gene; required forblue/white selection on XGal plates. Deletes the amino portion of lacZ (aa 11-41). leuB = requires leucineΔlon = deletion of the lon proteasemalA = cannot metabolize maltosemcrA = Mutation eliminating restriction of DNA methylated at the sequence C m CGG (possiblym CG). Carried on the e14 prophage (q.v.)mcrB = Mutation eliminating restriction of DNA methylated at the sequence R m CmetB = requires methioninemetC = requires methioninemrr = Mutation eliminating restriction of DNA methylated at the sequence C m AG or G m ACmtlA = cannot metabilize mannitol(Mu) = Mu prophage present. Muδ means the phage is defective.mutS - mutation inhibits DNA repair of mismatches in unmethylated newly synthesized strands nupG = same as deoR ompT = mutation in outer membrane protein protease VII, reducing proteolysis of expressed proteins(P1) = Cell carries a P1 prophage. Cells express the P1 restriction system.(P2) = Cell carries a P2 prophage. Allows selection against Red+ Gam+ λ(φ80) = Cell carries the lambdoid prophage φ80. A defective version of this phage carryinglacZM15 deletion (as well as wild-type lacI, lacYA, and flanking sequences) is present in some strains. The φ80 attachment site is just adjacent to tonB.pLysS = contains pLysS plasmid carrying chloramphenicol resistance and phage T7 lysozyme, effective at attenuating activity of T7 RNA polymerase, for better inhibition of expression under non-induced conditions. The sequence can be found here.proA/B = requires prolinerecA1 = For reduced occurrence of unwanted recombination in cloned DNA; cells UV sensitive, deficient in DNA repair recA13 = as for recA1, but inserts less stable.recBCD = Exonuclease V; mutation in RecB or RecC reduces general recombination by a factor of 100; impaired DNA repair; UV sensitive, easier propagation of inverted repeatsrecJ Exonuclease involved in alternate recombinationrelA = relaxed phenotype; permits RNA synthesis in absence of protein synthesisrha = blocked rhamose metabolismrnc = encodes RnaseIII (rnc-14 is a common null mutant)rne = encodes RnaseE (rne-3071 is a common temperature sensitive mutant)rpsL = mutation in ribosomal protein S12 conveying streptomycin resistance; also called strA sbcBC = ExoI activity abolished; usually present in recBC strains; recombination proficient, stable inverted repeatssr1 = cannot metabolize sorbitolsupE = glnVsupF = tyrTthi = requires thiaminethyA = requires thymidineTn10 = transposon normally carrying Tetracycline resistanceTn5 = transposon normally carrying Kanamycin resistancetonA = Mutation in outer membrane protein conveying resistance to phage T1 and phage T5 traD = Mutation eliminating transfer factor; prevents transfer of F plasmidtrxB = mutation in thioredoxin reductase; enhances disulphide bond formation in the cytoplasm tsx = outer membrane protein mutation conveying resistance to phage T6 and colicin KtyrT = suppression of amber (UAG) stop codons by insertion of tyrosine; needed for some phage infection such as λgt11. ung1 = allows uracil to exist in plasmid DNAxyl-5 = blocked xylose metabolismSm R = Streptomycin resistanceMethylation Issues in E. coliType I methylation systems:E. coli K-12 restricts DNA which is not protected by adenine methylation at sitesAA*C[N6]GTGC or GCA*C[N6]GTT, encoded by the hsdRMS genes(EcoKI). Deletions in these genes removes either the restriction or methylation or both of these functions.E. coli B derivative strains contain an hsdRMS system (EcoBI) restricting and protectiing thesequence TGA*[N8]TGCT or AGCA*[N8]TCA.The mcrA gene (carried on the e14 prophage) restricts DNA which is methylated in C m CWGG or m CG sequences (methylation by the dcm gene product).The mcrBC genes restrict R m C sequences.The mrr gene product restricts adenine methylated sequences at CAG or GAC sites.E. coli methylates the adenine in GATC (and the corresponding A on the opposite strand) with thedam gene product.M.EcoKII methylates the first A at the palindromic site ATGCAT (as well as the corresponding A on the opposite strand), see (Kossykh VG (2004) J. Bact 186: 2061-2067 PMID 15028690) Note that this article has been retracted; the retraction appears to center on textual plagarism, notexperimental results. The homology to AvaIII is real. I think I believe it. tk 20:28, 9 December 2005 (EST). Rich Roberts reports: "We have tried ourselves to detect activity with this gene product and cannot detect any methyltransferase activity. In our case we used antibodies able to detect N6-methyladenine or N4 methylcytosine in DNA. The ones we have are very sensitive and should have been able to detect 5 methyl groups in the whole E. coli chromosome. Nothing was detected in an over expressing strain."For additional information see E. coli restriction-modification system and the NEB technicalinformation on methylation.Commonly used strainsAG1endA1 recA1 gyrA96 thi-1 relA1 glnV44 hsdR17(r K- m K+)AB1157thr-1, araC14, leuB6(Am), Δ(gpt-proA)62, lacY1, tsx-33, qsr'-0, glnV44(AS), galK2(Oc), LAM-, Rac-0, hisG4(Oc), rfbC1, mgl-51, rpoS396(Am), rpsL31(strR), kdgK51, xylA5, mtl-1, argE3(Oc), thi-1Bachmann BJ: Derivation and genotypes of some mutant derivatives of Escherichia coli K-12.Escherichia coli and Salmonella typhimurium. Cellular and Molecular Biology (Edited by: F C Neidhardt J L Ingraham KB Low B Magasanik M Schaechter H E Umbarger). Washington, D.C., American Society for Microbiology 1987, 2:1190-1219. See CGSC#1157BL21E. coli B F- dcm ompT hsdS(r B- m B-) gal [malB+]K-12(λS)The "malB region" was transduced in from the K-12 strain W3110 to make the strain Mal+λS. See Studier et al. (2009) J. Mol. Biol. 394(4), 653 for a discussion of the extent of the transfer.Stratagene E. coli Genotype StrainsBL21(AI)F– ompT gal dcm lon hsdS B(r B- m B-) araB::T7RNAP-tetAan E. coli B strain carrying the T7 RNA polymerase gene in the araB locus of the araBAD operon q.Transformed plasmids containing T7 promoter driven expression are repressed until L-arabinose induction of T7 RNA polymerase.Derived from BL21.See the product page for more information.Brian Caliendo (Voigt lab) reported trouble getting the Datsenko and Wanner (2000) plasmid pCP20 to transform into this strain, when other strains transformed fine. Cause is unknown.BL21(DE3)F– ompT gal dcm lon hsdS B(r B- m B-) λ(DE3 [lacI lacUV5-T7 gene 1 ind1 sam7 nin5])an E. coli B strain with DE3, a λ prophage carrying the T7 RNA polymerase gene and lacI qTransformed plasmids containing T7 promoter driven expression are repressed until IPTG induction of T7 RNA polymerase from a lac promoter.Derived from B834 (Wood, 1966) by transducing to Met+.See the original Studier paper or the summary in Methods in Enzymology for more details.Whole genome sequence available [1]BL21 (DE3) pLysSF- ompT gal dcm lon hsdS B(r B- m B-) λ(DE3) pLysS(cm R)pLysS plasmid chloramphenicol resistant; grow with chloramphenicol to retain plasmidChloramphenicol resistantThe pLysS plasmid encodes T7 phage lysozyme, an inhibitor for T7 polymerase which reduces and almost eliminates expression from transformed T7 promoter containing plasmids when not induced.see Moffatt87 for details of pLysS and pLysE plasmidsBNN93F- tonA21 thi-1 thr-1 leuB6 lacY1 glnV44 rfbC1 fhuA1 mcrB e14-(mcrA-) hsdR(r K-m K+) λ-Some C600 strains are really BNN93BNN97BNN93 (λgt11)A λgt11 lysogen producing phage at 42CBW26434, CGSC Strain # 7658Δ(araD-araB)567, Δ(lacA-lacZ)514(::kan), lacIp-4000(lacI q), λ-, rpoS396(Am)?, rph-1, Δ(rhaD-rhaB)568, hsdR514This information is from a printout sent by the E. coli Genetic Stock Center with the strain.B.L. Wanner strainrph-1 is a 1bp deletion that results in a frameshift over last 15 codons and has a polar effect on pyrE leading to suboptimal pyrimidine levels on minimal medium. (Jensen 1993 J Bact. 175:3401)Δ(araD-araB)567 was formerly called ΔaraBAD AH33 by Datsenko and WannerAm = amber(UAG) mutationReference: Datsenko and Wanner, 2000, PNAS, 97:6640NOTE:This promoter driving the expression of lacI was sequenced in this strain using a primer in mhpR (upstream of lacI) and a primer in the opposite orientation in lacI. The lac promoter was found to be identical to wildtype. Thus, the -35 sequence was GCGCAA not GTGCAA as expected with lacI q.Therefore this strain (or at least the version obtained from the E. coli Genetic Stock Center) does NOT appear to be lacI q. According to Barry Wanner, this is an unexpected result. -Reshma 13:19, 5 May 2005 (EDT)"We have now confirmed that BW25113, BW25141, and BW26434 are all lacI+, and not lacI q. We thank you for alerting us to the error with respect to BW26434. Apparently, the lacI region was restored to wild-type in a predecessor of BW25113." (from Barry Wanner November 18, 2005) The genotype has been corrected at the CGSCC600F- tonA21 thi-1 thr-1 leuB6 lacY1 glnV44 rfbC1 fhuA1 λ-There are strains circulating with both e14+(mcrA+) and e14-(mcrA-)General purpose hostSee CGSC#3004References: Appleyard, R.K. (1954) Genetics 39, 440; Hanahan, D. (1983) J. Mol. Biol. 166, 577.C600 hflA150 (Y1073, BNN102)F- thi-1 thr-1 leuB6 lacY1 tonA21 glnV44 λ- hflA150(chr::Tn10)host for repressing plaques of λgt10 when establishing cDNA librariesReference Young R.A. and Davis, R. (1983) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80, 1194.Tetracycline resistance from the Tn10 insertionCSH50F- λ- ara Δ(lac-pro) rpsL thi fimE::IS1See CGSC#8085References: Miller, J.H. 1972. Expts.in Molec.Genetics, CSH 0:14-0; Blomfeld et al., J.Bact. 173: 5298-5307, 1991.D1210HB101 lacI q lacY+DB3.1F- gyrA462 endA1 glnV44 Δ(sr1-recA) mcrB mrr hsdS20(r B-, m B-) ara14 galK2 lacY1 proA2rpsL20(Sm r) xyl5 Δleu mtl1useful for propagating plasmids containing the ccdB operon.gyrA462 enables ccdB containing plasmid propagationstreptomycin resistantappears to NOT contain lacI (based on a colony PCR) --Austin Che 16:16, 18 June 2007 (EDT)1. Bernard-JMolBiol-1992 pmid=13243242. Miki-JMolBiol-1992 pmid=1316444。