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CADD实验手册

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CADD-12

CADD-12


R=芳香环（橙色）； H＝疏水基团（亮兰色）； P＝正电荷中心（红色）；L＝氢键受体（绿色）。 红色为化合物13，绿色为化合物3。
计算机辅助药物设计概论－实例介绍
13
A2A *模型与A2B拮抗剂的匹配
A2A *模型与A2B拮抗剂吻合情况
药效团组成 化合物 P R L H 40 － ＋ ＋ ＋ 2.76 打分
计算机辅助药物设计 概论
计算机辅助药物设计的方法学 实例1－－A2A&A2B型腺苷受体
拮抗剂药效团模建
1
大纲
腺苷受体拮抗剂的研究现状 腺苷受体拮抗剂选择性药效团模型 结论 CATALYST软件的一些界面

计算机辅助药物设计概论－实例介绍
2
腺苷受体
计算机辅助药物设计概论－实例介绍
3
腺苷受体拮抗剂研究现状
Cl O N S O Cl N N N
NH 2 N N N O
H 2N
O NH 2 N N O
74 Ki (nM) A 1/A 2A/A 2B/A 3 5297(h)/0.59(h)/>10000(h)/>10000(h) Eur. J. Med. Chem., 2003, 38: 367-382
75 Ki (nM) A1 /A2A/A2B/A3 576(h)/0.13(h)/>10000(h)/>10000(h) Eur. J. Med. Chem., 2003, 38: 367-382
41 MRS1754 Ki (nM) A1 /A2A/A2B/A3 403(h)/503(h)/1.97(h)/570(h) J. Med. Chem., 2000, 43: 1165~1172
42 MRE2029F20 Ki (nM) A 1/A 2A/A 2B/A 3 200(h)/>1000(h)/5.5(h)/>1000(h) J. Med. Chem., 2004, 47: 1434~1447 O N H O
药物设计学第四讲CADD理论与方法

药物设计学第四讲CADD理论与方法

药物设计学第四讲CADD理论与方法CADD的理论与方法主要涵盖了药物分子结构的预测与优化，药物-靶标相互作用的模拟与预测，以及药物分子的筛选与优化等内容。

其中，药物分子结构的预测与优化是CADD的核心内容之一、通过计算方法，我们可以预测药物分子的结构、物理性质和活性，进而优化药物分子的合适性和可行性。

常用的方法包括分子力学方法、量子力学方法、药物代谢物预测等。

CADD的另一个重要内容是药物-靶标相互作用的模拟与预测。

药物与靶标之间的相互作用是药物发现过程中的关键环节。

CADD的目标是通过计算模拟方法揭示药物与靶标之间的相互作用机制，以此为基础来进行药物设计和优化。

常用的方法包括分子对接、药物分子动力学模拟、药物物理化学性质预测等。

此外，CADD还涉及到药物分子的筛选与优化。

在药物研发过程中，为了筛选出具有潜在药物活性的化合物，需要进行大规模的化合物筛选。

CADD利用计算模拟方法，可以对化合物库进行高效、快速的筛选，并找出潜在的药物候选化合物。

此外，CADD还可对药物分子进行优化，提高药物分子的活性、选择性和药代动力学等性质。

CADD在药物设计与发现中有着广泛的应用。

首先，CADD能够加速药物发现过程，提高药物研发的效率。

通过计算方法，可以进行大规模的药物分子筛选和优化，加快了药物研发的步伐。

其次，CADD可以提供对药物分子和药物-靶标相互作用的深入理解。

通过计算模拟方法，可以揭示药物与靶标之间的相互作用机制，为药物设计和优化提供依据。

最后，CADD还可以降低药物研发过程中的成本和风险。

通过计算模拟方法，可以预测药物分子的性质和活性，从而减少了实验的次数和成本。

总的来说，CADD作为药物设计与发现过程中的重要理论与方法，对于加速药物研发、提高药物活性和选择性等方面均具有重要作用。

随着计算机技术和计算方法的进步，CADD的应用将会越来越广泛，为药物研发带来更多的机遇和挑战。

因此，对CADD的深入研究和探索具有重要意义。

EDA实验手册

EDA实验手册

EDA 实验手册实验一3-8线译码器的设计一、实验目的同3-8线译码器的设计，让同学们掌握组合逻辑电路的设计方法，熟悉Quartu s Ⅱ设计硬件电路的基本流程。

二、实验步骤1、新建一个工程，注意工程名、文件名还有实体名要一致。

2、新建一个VHDL文件，输入设计程序并保存。

3、对新建的VHDL文件进行语法编译。

4、进行仿真（也可以跳过这一步）。

5、进行引脚分配，并进行总编译。

6、将程序下载到实验箱，在实验箱上连线进行实验。

三、参考程序library ieee;use ieee.std_logic_1164.all;use ieee.std_logic_unsigned.all;entity decoder3to8 isport(input:in std_logic_vector(2 downto 0);output:out bit_vector(7 downto 0));end decoder3to8;architecture behave of decoder3to8 isbeginoutput<="00000001" sll conv_integer(input);--用输入值来控制左移的位数end behave;四、实验要求1、仿真出3-8线译码器的实际波形。

2、根据实验结果画出3-8线译码器的真值表。

实验二十进制计数器的设计一、实验目的设计一个带使能输入、同步清零和同步加载功能的加1/减1计数器。

二、功能分析（1）同步清零端低电平有效，当其为低电平时，在下一个时钟上升沿来临时计数值清零，即清零功能与时钟同步。

（2）同步加载端低电平有效，当其为低电平时，在下一个时钟周期来临时将要加载的计数值读入计数器，然后将其置为高电平后，在读入的数的基础上加1或减1计数。

（3）使能输入端高电平有效，当其为高电平时正常计数，当其为低电平时停止计数。

（4）当计数方向控制端为高电平时加1计数，当其为低电平时减1计数。

CADD实验手册

CADD实验手册


7
同源建模 By：刘源 一、 背景知识介绍 目前对于蛋白质的实验解析方法主要包括两大类：(1)基于 X 射线晶体衍射 图法 （X-ray crystallography） 和中子实验衍射法； (2)基于核磁共振法(nuclear magnetic resonance,NMR)、圆二色谱法、激光拉曼光谱法、荧光光谱法等的蛋 白质溶液结构测定方法。采用 X 射线晶体衍射法可以得到稳定态的蛋白质结构， 但是很难捕捉到过渡态的蛋白质结构。另外，很多大蛋白体系很难得到晶体，因 此采用实验法来测定蛋白质结构受到了极大的局限。所以，目前对于蛋白质结构 的预测仍然在很大程度上依赖于同源蛋白预测技术。 然而同源蛋白预测的准确性 依赖于跟模板蛋白序列的同源程度（sequence 6tity） 。如果序列同源性很低， 预测的结果可信度就低，反之则高。同源模建（homology modeling）是同源蛋 白预测技术中最重要的一门技术。 同源模建的基本假设是序列的同源性决定了三 维结构的同源性，一个未知结构的蛋白（target protein）可以通过与之序列同 源且结构已知的蛋白（template protein）来进行预测。一般来讲，若蛋白序列 （目标序列）与模板蛋白序列同源性在 50%以上时，所得到的目标蛋白结构具有 很高的准确性；若蛋白序列（目标序列）与模板蛋白序列同源性在 30%-50%之间 时，所得到的目标蛋白结构具有较高的准确性；若蛋白序列（目标序列）与模板 蛋白序列同源性在 30%以下时，所得到的目标蛋白结构的准确性往往可信度较 差。 同源模建的基本过程包括：同源蛋白的搜索、序列比对、模型构建、模型 优化与模型评价。下面逐一介绍。 二、操作步骤 1.目标序列的下载 在网站 /sprot/上输入想要下载的蛋白质名称， 可以找到相应蛋白质的序列 选中所有序列，点击右下方出现的 retrieve 键 下载 FASTA 格式的序列 2.序列准备 将 模 板 的 序 列 通 过 analysis→Sequence 另存导出 按照 N 端、TM1、IL1、TM2、EL1……对目标蛋白以及模板蛋白的序列进 行分类 在 /Tools/msa/clustalw2/网站上进行序列分段
EDA综合实验箱使用手册.

EDA综合实验箱使用手册.

EDA综合实验箱使用说明手册一．系统概述1. 系统结构及说明系统结构如图1.1所示：图1.1 系统结构框图2. 硬件资源 1.1单片机资源◆完全兼容51内核的SST89E516RD，管脚兼容AT89C51，带仿真监控程序◆时钟频率：0~40MHz ◆集成1KBy片内RAM◆64Kbyte + 8Kbyte Flash EEPROM ◆看门狗◆可编程计数器阵列（PCA）◆SPI接口◆I2C接口1.2可编程逻辑器件资源（EP3C10E144）◆10,320逻辑单元（LE）◆46个M9K◆423,936bit RAM◆23个18*18硬件乘法器◆2个锁相环（PLL）◆10个全局时钟网络◆最大94个用户IO口◆最大22组差分接口1.3常用外围设备资源◆4*4矩阵按键◆8*1独立按键◆8个发光二极管◆8位7段数码管◆字符液晶1602◆点阵液晶12864（带字库）◆蜂鸣器◆8K串口存储器（仅单片机模式可用）◆10位高精度AD转化器（仅单片机模式可用）◆12位高精度DA转换器二．操作说明1. 人机交互模块功能说明该模块是本EDA实验箱的人机对话界面，主要实现对本EDA实验箱的模式选择、电压测量、信号输出、频率测量以及系统复位等功能。

其主要部件及功能如表2.1所示：2. 实验箱上电或复位当实验箱初次上电或者按Reset（复位）键，都将进入初始化界面，该界面将显示重庆邮电大学徽标以及实验平台的名称、制作者等信息，随后即自动进入功能选择界面。

如图2.1所示：图2.1 功能选择界面功能1：电压测量能够完成对实验箱上+5V、+3.3V两路电源电压以及外接直流电压（VT）的测量。

功能2：信号输出能够同时产生多路不同频率的方波信号，频率调节范围（1Hz～1MHz）。

功能3：频率测量可以测量外接频率（FT）。

功能4：模式选择实现不同工作模式间的切换。

目前本实验箱共设计有9种不同的工作模式（模式0～模式8），不同模式对应有不同的电路结构，各模式下的电路结构图可参见模式介绍。

PSCAD使用手册(中文版)

PSCAD使用手册(中文版)

PSCAD简明使用手册Chapter 1: EMTDC/PSCAD简介 (1 1.1 功能 (11.2 技术背景 (11.3 主要的研究范围 (11.4 目前应用情况 (21.5 各版本限制 (31.6 目前最新版本:PSCAD 第四版 (3 Chapter 2: 安装及License设置 (42.1 安装 (42.2 License设置 (6Chapter 3: PSCAD工作环境 (93.1 术语和定义 (93.1.1 元件 (93.1.2 模块 (103.1.3 工程 (103.2 各工作区介绍 (103.2.1 工作空间窗口 (103.2.2 输出窗口 (143.2.3 设计编辑器 (163.3 工作区设置 (163.4 在线帮助系统 (18 Chapter 4: 基本操作 (194.1 工程 (194.2 元件和模块 (224.2.1 元件 (224.2.2 模块 (254.3 常用工具栏及快捷键 (25 4.3.1常用工具栏 (254.3.2快捷键 (27Chapter 5: 在线绘图和控制 (29 5.1 控制或显示数据的获取 (29 5.2 图形框 (305.3 图、曲线及轨迹 (315.4 在线控制器及仪表 (345.5 几种特殊表计 (365.5.1 XY绘图 (365.5.2多测计 (385.5.3相量计 (39参考文献 (41Chapter 1: EMTDC/PSCAD简介Dennis Woodford博士于1976年在加拿大曼尼托巴水电局开发完成了EMTDC 的初版,是一种世界各国广泛使用的电力系统仿真软件,PSCAD是其用户界面,PSCAD的开发成功,使得用户能更方便地使用EMTDC进行电力系统分析,使电力系统复杂部分可视化成为可能,而且软件可以作为实时数字仿真器的前置端。

可模拟任意大小的交直流系统。

操作环境为:UNIX OS, Windows95, 98,NT等;Fortran 编辑器;浏览器和TCP/IP协议。

计算机辅助设计实验指导手册

计算机辅助设计实验指导手册

计算机辅助设计（CAD/AUTOCAD）实验指导手册江辉仙编福建师范大学地理科学学院地球信息科学系目录第一部分实验课程的一般要求 (3)一、课前准备 (3)二．上课须知 (3)三、课后要求 (3)第二部分实验项目 (4)实验一 AUTOCAD基本平面绘图命令使用 (4)1.实验目的 (4)2.实验学时 (4)3.实验仪器与主要软件 (4)4.实验内容与步骤 (4)5.实验结果 (7)6.写出实验报告 (7)7.成绩评定 (7)实验二总体平面图设计 (8)1.实验目的 (8)2.实验学时 (8)3.实验仪器与主要软件 (8)4.设计内容 (8)5. 设计要求 (8)6.写出实验报告 (8)7.成绩评定 (8)实验三三维绘图 (9)1.实验目的 (9)2.实验学时 (9)3.实验仪器与主要软件 (9)4. 实验内容与步骤 (9)5.实验结果 (12)6.写出实验报告 (12)7.成绩评定 (12)第三部分学生实验报告 (13)实验一 AUTOCAD基本平面绘图命令使用 (13)实验二总体平面图设计 (15)实验三三维绘图 (17)附录：课程实验大纲 (19)第一部分实验课程的一般要求一、课前准备(1)上课前应阅读本指导手册中相应的实验课程部分，明确实验课程的内容和要求。

(2)根据实验内容阅读教材中的有关章节，弄清基本绘图命令，使实验能顺利完成。

(3)按本指导手册中的要求，在课前淮备好构建平面图的尺度与坐标。

二．上课须知(1)遵守课堂纪律，注意聆听指导教师的讲解。

(2) 实验过程中的具体操作应按指导手册的规定进行，如遇问题要及时向指导教师提出。

(3) 实验过程中的仪器故障必须及时向指导教师报告，不可随意自行处理。

(4)不得随意删除计算机中操作系统或安装软件。

(5)记录实验过程中出现异常现象和结果。

三、课后要求(1)实验完成后，要检查计算机是否正常关机。

(2)及时填写完实验报告并上交给指导教师方可离开实验室。

DICE-2D数字电路实验指导书16开20130908

DICE-2D数字电路实验指导书16开20130908

DICE系列数字电路
实 验 指 导 书
启东计算机总厂有限公司
1
实验注意事项
为了做好实验， 达到实验的预期目的， 并保证实验中的人身与设备安全， 特制定本实验注意事项，并请实验者严格遵照执行。 1、每次实验前必须做好充分的准备工作，进行认真地预习。预习要求 如下： （1）仔细阅读实验指导书和教材中的有关章节，掌握实验原理，读懂 实验线路，并进行必要的理论估算。 （2）明确实验目的、任务要求及注意事项。了解和熟悉实验步骤及操 作程序。 （3）了解和熟悉实验所用各仪器仪表的使用方法及注意事项。 （4）准备好记录实验数据的纸、笔、表格等。 2、开始做实验前，先认真检查实验所用仪器设备是否齐全？是否符合 要求？工作是否正常？若有问题，要立即向教师报告。 3、为确保人身和设备的安全，实验中，要严格遵守实验要求，执行操 作规程： （1）使用仪器设备前要了解、熟悉其性能、操作方法和使用注意事项， 按要求正确使用。不懂的地方应请教指导教师。 （2）要正确地选择测量仪器的档位和量程，并正确地进行连接。测量 时，电压表要并联，电流表要串联。严禁用万用表的欧姆档或电流档（或用 电流表）测量电压。 （3）严禁在带电的情况下进行接线或改接线操作。严禁随意触摸仪器 设备和实验电路的金属部分，以避免发生触电事故。 （4）实验时要根据线路图认真进行连接线，同组同学相互仔细检查， 确定无误后才能接通电源。 初次试验或没有把握的应经指导教师审查同意后 再接通电源。 （5）实验中若出现异常情况，应立即切断电源，保护现场，报告指导 教师，检查故障原因。排除故障后，经指导教师同意再继续实验。 （6）要爱护国家财产。使用仪器仪表要轻拿轻放。任何仪器仪表设备， 在不了解其性能与使用方法，未得到教师允许前，不准随便使用。除连接线 外，严禁对仪器仪表进行拆改。 4、实验完毕，应将电源关闭，整理好连接线和仪器设备，并请指导教 师检查验收后，方能离开。实验仪器设备等若有损坏，应立即报告教师，视 具体情况按规定处理。 5、实验后，要认真归纳整理实验数据，并对实验结果进行分析总结， 独立编写实验报告。
计算机辅助设计

计算机辅助设计


图4-b
滚筒式绘图机
4. 图形显示设备
图形显示器，它像一个窗口，使设计者能及时了解人机间的信 息交互情况。 图形显示器不但能显示字符信息，而且能随时显示所设计的图 形，并能让用户对这些图形进行增、删、改、移动等交互操作，因 此它不单纯是被动地显示图形，而且是一种交互式的图形显示。 目前，计算机图形显示器一般都是采用阴极射线管（CRT）作 为显示设备。
图2-a CAD系统的硬件
由上图可见，CAD系统所用的硬件一般包括：
计算机主机及外围设备 图形输入设备 绘图输出设备 图形显示设备
1. 计算机主机及外围设备
计算机主机及外围设备是CAD系统硬件的重要组成部分。 它包括：
● ●
计算机主机
外存储器 ● 计算机网络
●
计算机主机
中央处理器（CPU） 主存储器（或称内存）
随着CAD技术的发展，性能提高，价格降低， CAD开始在设计领域全面普及，成为必不可少的设计工具。
全面普及阶段
20世纪 90年代
1.3 CAD 的功能及CAD设计的特点
CAD技术的主要应用有以下几方面：
► 科学计算与分析
能进行各种复杂的设计计算、性能分析以及评价经 济；
► 工程分析
常见的分析有：有限元分析、优化设计、可靠性设 计、运动学及动力学分析等。此外，针对某个具体设计对 象还有它们自己的工程分析问题,如注塑模设计中要进行塑 流分析 、冷却分析 、变形分析等 。
► 数据处理
有完善的数据库系统，能对设计、分析、绘图等所使用的大量 数据进行存取、查找、比较、综合等处理；
► 编制设计文档或生成报表
能制订各种技术文件，如文档制作、编辑及文字处理等。
CAD设计具有如下主要特点：
CADD基本概况

CADD基本概况


3. 计算机辅助药物设计的特征

多学科交叉的前沿领域 大量化学信息的计算机计算处理 大量高技术软件产品的产生


计算机辅助药物设计A－绪论
29
左图：DOCK6.0 右图：Catalyst4.10
计算机辅助药物设计A－绪论 9
1.2 计算机辅助合成路线设计
提出化合物结构 搜索合成反应数据库 提供相关的反应路线 实例：

CISOC-RetroSyn软件
计算机辅助药物设计A－绪论
10
1.3 实验设计
应用领域：药化、药理、临床试验等 多因素，协同作用 实验设计：正交实验、平均实验设计等 意义：合理安排各因素、控制误差、获得丰 富而可靠的资料 相关软件：
1.4 临床（动物）试验数据分析
估算参数、建立模型、药物体内过程模拟、 用药方案设计 实例：


WinNonlin
计算机辅助药物设计A－绪论
13
1.5 计算机辅助谱图解析
NMR 谱图解析和模拟 红外波谱解析和模拟 结构解析

计算机辅助药物设计A－绪论
14
1.6 生物大分子的结构分析
4
考核形式

平时成绩占 30％
论文写作70％
计算机辅助药物设计A－绪论
5
绪论
计算机在药学相关学科中的应用 计算机辅助药物设计的意义 计算机辅助药物设计的特征
计算机辅助药物设计A－绪论
6
1 在药学相关学科中的应用
单一计算数据处理、自动控制、
专家系统 节省人力、物力、时间 涉及学科多：药化、药分、药理、 药剂等 应用领域广：教学、科研、生产11
计算机辅助药物设计A－绪论
PIDCAD用户手册

PIDCAD用户手册

P I D C A D用户手册work Information Technology Company.2020YEAR目录第一章PIDCAD软件特点第二章安装和卸载说明一.运行环境二.安装步骤三.启动四.卸载第三章PIDCAD软件功能第四章PIDCAD绘制的流程图图例一.应用PIDCAD完成的化工工艺管道及仪表流程图第五章PIDCAD工具条介绍一.打开工具条的方式二.各种工具条的功能1.管线工具条2.设备工具条3.阀门工具条4.管件工具条5.仪表工具条6.设备内件工具条7.编辑工具条8.工艺物料流程图绘制工具条9.轴测设备工具条10.电厂工具条11.电气图库12.特例图工具条第六章工具条使用说明一.打开工具条二.关闭工具条三.移动工具条第七章PIDCAD菜单介绍一.菜单项介绍第八章绘图一.设置图幅和标题栏二.填写标题栏三.画图顺序四.各种图形的画法1.设备2.管线3.阀门4.仪表5.管件6.设备内件7.箭头8.管线的断开9.管线拌热10.管线接续图箭头和界区接续图箭头11.接续图箭头字串替换12.管线坡度标识13.管线保温标识14.电气图库绘制15.统计16.导入五.物料流程图工具条使用1.操作数据框的绘制2.物流衔接框的绘制3.管线上物流号标注框的绘制4.物料表的绘制六.特例图工具条的使用1.特性图的标注2.隔离图的标注3.检验图的标注4.特例图标注的输出七.标注1.管线标注2.设备的标注3.阀门的标注4.仪表的标注5.管件标注对齐八.设备编辑1.设备删除2.设备移动九.管件替换1.全部替换2.阀门替换3.其它管件替换十.对齐1.垂直对齐2.水平对齐十一.查看/修改管线信息第九章用户自定义一.设备定义二.设备属性定义三.设备内件定义四.管线颜色定义五.标题栏定义六.工具条自定义第一章PIDCAD软件特点一．界面美观，功能强大，拥有1000多条指令。

二．操作简单、方便、易学，功能选择直接点击工具条按钮便可完成；图模参数带有指导性的默认值，用户可参照这些默认值绘图。

cadence 实验手册

Virtuoso Analog Design Environment中文实验手册Version 5.1.41虚拟机：操作平台：Linux AS5 软件版本：IC 5141 实验模块：ADE编译：06级-程涛目录实验一、熟悉Virtuoso Analog Design Environment (1)实验二、Schematic Entry (5)实验三、模拟仿真 (12)实验四、显示仿真结果 (21)实验五、仿真结果分析 (30)实验六、参数分析 (42)实验七、使用OCEAN 和SKILL语言（略） (45)实验八、使用Corner分析工具 (46)实验九、Monte Carlo 分析 (49)实验十、优化分析 (58)实验十一、Component Description Format（CDF）参数 (63)实验十二、Macromodels、Subcircuits和Inline Subcircuits (67)实验十三、例化设计 (73)实验十四、继承连接 (76)实验一、熟悉Virtuoso Analog Design Environment实验步骤：一、登录Linux操作系统，用安装软件的用户登录，最好不要用root用户。

二、打开Linux的终端，进入软件所在文件夹，比如我的是/home/chengtao/adelabic5，输入cd /home/chengtao/adelabic5，即可进入，注意在安装时有一个lnx86.cshrc的文件，在每次进入Cadence之前都应该先运行以下命令：source lnx86.cshrc ，然后再终端中输入icms & ，稍等片刻，即可进入Cadence 图形界面CIW，如下图所示（会弹出一个Cadence的介绍窗口，关闭即可）。

三、打开一个尖峰检测电路。

1、选择Tool下的Library Manager ，即可弹出Library Manager对话框，总共有三栏分别为：Library、Cell、View，只有在Library下有目录，另外两个是空的，点traning，在Cell下便会显示很多目录，我们选择点击peakTestv，在View下会出现一个schematic,双击便会弹出一个对话框，如下图所示：2、选中peakDetectv ，peakDetectv会被白色的正方形线包围，然后依次执行Design—Hierarchy—Descend Edit （可以使用快捷键E），会蹦出一个小对话框，在View Name中选择schematic，点击Ok，则会弹出一个电路图，如下图所示：3、用鼠标选中一个Ampv，按下E键，将ViewName设置为Veriloga，点击OK，即可弹出这个器件的Verilog-a语言描述，可以仔细参考一下，先不要关闭。

实验六 CADD实验

实验六CADD实验钾离子通道开放剂的三维定量构效关系计算[背景介绍]钾离子通道开放剂（KCO）是一种有效的平滑肌松弛剂，在体内有降低血压和支气管舒张作用。

目前依赖于ATP的KCO研究取得了很大进展，对其进行定量构效关系研究有助于设计新的KCO分子。

比较分子力场分析(CoMFA) 方法[1]是近年来兴起的一种研究药物--受体三维定量构效关系的新方法。

它的核心内容是在分子水平上, 药物分子与受体之间的相互作用是立体因素及静电相互作用而不是经典的共价键。

作用于同一受体的一系列药物分子与受体之间的这两种作用力应该有一定的相似性。

因此,在不了解受体三维结构的情况下, 研究药物分子周围两种作用力场的分布, 把它们与药物分子的生物活性定量联系起来, 既可以推测受体的某些性质, 又可以依此建立一个模型来设计新的化合物, 并定量地预测新分子的药效强度。

Tripos 公司的 SYBYL 6.4 分子模型化软件包将CoMFA作为其中一个重要模块，使得进行QSAR计算的工作更加简便。

[操作方法]（一）活性化合物的选取），并按照结构特征大检索文献[2-10]，收集已知的KCO结构及活性数据（EC50致分为3类：第一类：为具有苯并吡喃环结构的Cromacalim类第二类：为具有氰基胍的Pinacil类第三类：为Apricalim类结构式见下图：用Sckech模块初步建立每个化合物的三维结构，之后用Tripos力场初步优化分子的三维结构。

然后用系统搜索SEARCH模块寻找每个优化分子的低能构象，搜索时设定每个可旋转单键的旋转步长为10度。

将得到的低能构象用MOPAC模块进一步优化并计算每个原子的点电荷。

最后每个分子都有多个低能构象，保留其中能量与最低能量差值小于10kcals/mol的构象，组成构象集。

观察每个构象集里的构象，与文献[11]中提及的KCO药效团模型相比较，选出最接近的低能构象作为药效构象。

（二）分子的叠合以刚性螺环结构的高活性分子1为叠合模板，按以下规则进行叠合：第一类分子，骨架与模板分子相同，将其苯环与模板分子苯环相叠合；第二类分子，将与芳环相连的N原子和模板分子的苯并吡喃环上的O原子叠合，芳环与模板分子的苯环叠合；第三类分子，将与芳环相连的C 原子与模板分子的苯并吡喃环上的C4原子叠合，芳环和模板分子的芳环叠合； 苯并吡喃环上原子编号及叠合效果见下图：（三）计算1．带交叉验证的PLS 回归探针选取SP 3杂化的C +原子，其他采用CoMFA 模块的默认参数。

CADD-Solis Pump快速参考指南说明书

Filling 50ml and 100ml medication cassettesThis should be a clean/aseptic technique.1. Open and inspect the cassette to ensurethat it is intact and sterile.2. Attach a Luer lock syringe containing themedication to the end of the line.3. Tilt the cassette to approx 70° angle andfill. When 3/4 of the fluid is inserted,clamp the line. Gently tap the cassette toPrime the tubing when prompted (see Prime the tubing).Yes.Use Key or Code to Continue, you can unlock the keypad using the pump key, or enter the code, as above.PRODUCT(S) DESCRIBED MAY NOT BE LICENSED OR AVAILABLE FOR SALE IN CANADAAND OTHER COUNTRIESMPAUCA-1503 Smiths Medical International1500 Eureka Park, Lower PembertonAshford Kent, TN25 4BFTel: +44 (0)845 850 0445Find your local contact information at:/customer-support/contact-usSmiths Medical is part of the global technology business Smiths Group plc. Please seethe Instructions for Use/Operator’s Manual for a complete listing of the indications, contraindications, warnings and precautions. CADD and the Smiths Medical design mark are trademarks of Smiths Medical. The symbol ® indicates the trademark is registered in the U.S. Patent and Trademark Office and certain other countries. All other names and marks mentioned are the trademarks or service marks of their respective owners. ©2017 Smiths Medical.All rights reserved. IN193544GB-012017。

CADD-1

DOE SPSS SAS
计算机辅助药物设计概论－绪论 11
1.3 实验设计DOE
http://www.doeasy.de/ 第一步 确定目标：定义解决什么问题 第二步筛选因素：确认哪些因素的影响显著 第三步快速接近：主要因素的大致取值水平 第四步析因试验：确定主效应、交叉作用等 第五步回归试验：优化模型 第六步稳健设计
序列联配 同源建模 引物设计
计算机辅助药物设计概论－绪论
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1.7 计算化学
研究内容
化学数值计算 化学模拟 化学数据库检索 化学专家系统
优点
成本低 可研究极快速反应或变化 准确性较佳 增进对化学问题的了解
计算机辅助药物设计概论－绪论 16
1.8 虚拟组合化学库
组合化学库：在核心结构上连接不同的取代基团，达到 化合物结构多样性的目的。 采用一定的理论计算方法，提出设计可合成的所代表的 多样性空间，保证足够的化合物多样性。
药物设计 合成路线设计 实验设计 临床试验数据分析 谱图解析 生物大分子结构分析 计算化学 虚拟组合化学库 数据源共享
仪器分析智能化 计算机辅助教学 药品管理系统 化学制药过程
计算机辅助药物设计概论－绪论
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2. 计算机辅助药物设计的意义
理论思维形象化，强有力且方便直观的手段 节省新药开发工作的人力、物力、财力 加快研制新药的速度
计算机辅助药物设计概论－绪论 6
绪论
计算机在药学相关学科中的应用 计算机辅助药物设计的意义 计算机辅助药物设计的特征
计算机辅助药物设计概论－绪论
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1 在药学相关学科中的应用
单一计算 数据处理、自动控制、 专家系统 节省人力、物力、时间 涉及学科多：药化、药分、药理、 药剂等 应用领域广：教学、科研、生产

CADD论文

对于Ⅱ型糖尿病治疗靶点FFA1的活性选择性激动剂的发现研究背景众所周知，在当今社会，糖尿病已经成为困扰人类幸福生活的一大重大疾病，全球将近有6%的成年人罹患糖尿病，且其中85%—95%的患者为Ⅱ型糖尿病患者，研制开发出安全有效地用于治疗此病症的药物迫在眉睫。

研究指出，胰岛素抵抗和胰岛β细胞功能减退是引发2型糖尿病的两个重要因素。

Ⅱ型糖尿病早期以胰岛素抵抗为主,胰岛β细胞代偿性分泌胰岛素,使血糖维持在正常范围。

随病情进展,当胰岛β细胞不能分泌足够的胰岛素时,便出现高血糖，导致代谢紊乱，从而引发一系列并发症状例如尿糖，肥胖，高脂血症等。

游离脂肪酸，已经经科学家证实存在降低血糖的能力，其机制在于胰岛B 细胞上FFAR1受体（Free Fatty Acid Receptor ）的存在。

在高浓度血糖的存在情况下，FFAR1受体在B 细胞表面高度表达，并且被有效浓度的游离脂肪酸激活，进而增强GSIS 而促进B 细胞分泌胰岛素代偿性维持血糖平衡。

因此， FFAR1在胰岛素分泌过程中的作用已经引起越来越多专家的注意，他们期待这个新的靶点能够成为解救Ⅱ型糖尿病患者的福音。

然而，我们尚未得知FFAR1激动剂还是FFAR1拮抗剂能够达到我们预期的治疗效果。

尽管很多科学家对此做了相当大的努力来验证各自认为对的猜想，但至今未有定论。

研究内容鉴于针对FFAR1配体的药物设计，GSK 公司已经开发了一系列苯丙酸类受体激动剂，以目前正处于临床的GW9508为主要研究对象，但其药效药动学性质还有待进一步检测。

其他结构的FFAR1激动剂也在处于加紧研制阶段，由最新文献预告方向为长链，亲脂性羧酸。

在已知信息的基础上，我们设计了XROH 药物，并对其进行了结构衍生化处理，通过对两个活性部位端基芳环以及是苯丙酸亦或是乙酸苯酯结构进行了一系列改造，从而合成了21个化合物并对其活性进行了检测，除去无活性的化合物，我们对这18个化合物进行CADD,采用二维定量构效检测的方法，得出其二维定量构效方程，并以此设计更多的化合物，以期待能找出更好的药物结构式，以待接下来类药性评价以及列为候选药物以后的临床实验性的研究，期待能获得一个较好的治疗糖尿病新药。

qcad使用手册

qcad使用手册
QCAD使用手册
QCAD是一款优秀的二维CAD绘图软件，具备良好的用户界面和强大
的功能，广泛应用于建筑设计、机械制图等行业。

本手册将从菜单设置、绘图技巧、命令使用等方面进行详细介绍，帮助使用者更好地掌
握软件操作。

一、菜单设置
QCAD的菜单设置包括工具栏、状态栏、菜单栏等。

在工具栏上，我
们可以通过简单的拖拽将常用命令加入到工具栏中，方便平时的操作。

状态栏可以显示当前画布的信息，如缩放比例、鼠标位置等。

而菜单
栏则包含了软件的所有功能，可以通过菜单栏的快捷方式进行操作。

二、绘图技巧
QCAD的绘图技巧包括坐标系设置、图层设置、线型设置、填充效果
设置等。

在绘图时，我们需要先设置好坐标系，确定绘图的起点和终点，以便后续的操作。

同时，图层设置可以让我们将不同的图形分别
绘制在不同的图层上，便于后期的编辑和修改。

对于线型和填充效果
的设置，则可以让我们的图形更具美感和表现力。

三、命令使用
QCAD的命令使用包括基本命令、编辑命令、快捷指令等。

基本命令
包括线段、圆弧、多边形等绘图指令，而编辑命令包括移动、旋转、
缩放等操作。

同时，QCAD支持快捷指令，通过键盘输入命令和参数，可以快速完成操作，提高工作效率。

总之，QCAD是一款非常优秀的二维CAD软件，具备方便的用户界面
和强大的功能。

通过本手册的介绍，相信使用者已经掌握了一些基本
的绘图技巧和命令使用方法，可以更加顺利地完成各种绘图工作。

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models)” ，执行“File-Save PDB”操作，选择路径和文件名，保存文件，得到 天然配体的 pdb 文件。 随堂软件练习 1. 从 /pdb/home/home.do 上下载下面的蛋白质 其 ID 为 1BYQ 1UY8 1UYH 2BSM 2XDL 2.画出小分子的结构图，写出小分子 5 埃范围内的氨基酸 3.描述小分子与蛋白质的氢键相互作用，绘制氢键网络图 4 描述小分子与蛋白质的疏水相互作用，绘制疏水表面图。 格式可参照如下文献： GU Hui, et al. Chinese Sci Bull 8(2010) Vol.55 No.24: 2677−2683 Hsp90 抑制剂的研究进展，中国抗生素杂志 2011 年 4 月第 36 卷第 4 期 241-248
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同源建模 By：刘源 一、 背景知识介绍 目前对于蛋白质的实验解析方法主要包括两大类：(1)基于 X 射线晶体衍射 图法 （X-ray crystallography） 和中子实验衍射法； (2)基于核磁共振法(nuclear magnetic resonance,NMR)、圆二色谱法、激光拉曼光谱法、荧光光谱法等的蛋 白质溶液结构测定方法。采用 X 射线晶体衍射法可以得到稳定态的蛋白质结构， 但是很难捕捉到过渡态的蛋白质结构。另外，很多大蛋白体系很难得到晶体，因 此采用实验法来测定蛋白质结构受到了极大的局限。所以，目前对于蛋白质结构 的预测仍然在很大程度上依赖于同源蛋白预测技术。 然而同源蛋白预测的准确性 依赖于跟模板蛋白序列的同源程度（sequence 6tity） 。如果序列同源性很低， 预测的结果可信度就低，反之则高。同源模建（homology modeling）是同源蛋 白预测技术中最重要的一门技术。 同源模建的基本假设是序列的同源性决定了三 维结构的同源性，一个未知结构的蛋白（target protein）可以通过与之序列同 源且结构已知的蛋白（template protein）来进行预测。一般来讲，若蛋白序列 （目标序列）与模板蛋白序列同源性在 50%以上时，所得到的目标蛋白结构具有 很高的准确性；若蛋白序列（目标序列）与模板蛋白序列同源性在 30%-50%之间 时，所得到的目标蛋白结构具有较高的准确性；若蛋白序列（目标序列）与模板 蛋白序列同源性在 30%以下时，所得到的目标蛋白结构的准确性往往可信度较 差。 同源模建的基本过程包括：同源蛋白的搜索、序列比对、模型构建、模型 优化与模型评价。下面逐一介绍。 二、操作步骤 1.目标序列的下载 在网站 /sprot/上输入想要下载的蛋白质名称， 可以找到相应蛋白质的序列 选中所有序列，点击右下方出现的 retrieve 键 下载 FASTA 格式的序列 2.序列准备 将 模 板 的 序 列 通 过 analysis→Sequence 另存导出 按照 N 端、TM1、IL1、TM2、EL1……对目标蛋白以及模板蛋白的序列进 行分类 在 /Tools/msa/clustalw2/网站上进行序列分段
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子与其配体之间相互作用的分子对接软件，主要用于小分子与其受体的对接，但 也可用于小肽和其受体的对接。Autodock 是采用模拟退火和遗传算法来寻找受 体和配体最佳的结合位置， 用半经验的自由能计算方法来评价受体和配体之间的 匹配情况。最新的版本为 3．05(Goodselll996，Morrisl996，Morrisl998， Raol999，Osterberg2002)。 二、操作步骤 1、用 Autodock 打开 pdb 格式的受体，加极性氢加电荷，再保存为 pdb 格式文 件。 （具体操作过程：File→Read molecule Edit→Charges→Add kollman charges Edit→Hydrogens→Add File→Save→Write .pdb） 2、打开 pdb 格式的配体，观察可扭转的化学键个数，并导出为 pdbqt 格式文 件。 （具体操作过程：Ligand→Input→open Ligand→Torsion Tree→Choose Torsions→Done Ligand→Output→Save as .pdbqt） 3、选择受体并保存为 pdbqt 格式，再选定配体，以配体为中心画盒子，导出 为 gpf 格式的文件。 （具体操作过程：Grid→Macromolecule→choose→receptor→save as pdbqt Grid→Set map types→choose→ligand Grid→Grid box→center on ligand(此处可调节盒子 的大小) File→close saving current Grid→Output→save .gpf） 4、设置构象数并输出.dpf 格式文件。 （具体操作过程：Docking→Macromolecule→set rigid filename Docking→Ligand→choose Docking → Search parameter → genetic algorithm → (Number of GA Runs 50;Population Size 150)accept Docking→Docking parameters→accept Docking→Output→Lamarckian GA→.dpf）
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Autodock 的基本操作 一、背景介绍 分子对接计算是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、 能量互补以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用好坏， 并找到 两个分子之间最佳的结合模式。分子对接是从整体上考虑配体与受体结合的效 果，能比较好地避免其他方法中容易出现的局部作用较好而整体结合欠佳的情 况。分子对接在药物设计中具有十分重要的意义。在药物分子产生药效反应的过 程中，药物分子与靶酶相互结合，首先就需要两个分子充分接近，采取合适的取 向，使两者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整， 得到一个稳定的复合物构象。 分子对接的目的是找到底物分子和受体分子之间最 佳的结合位置。在药物设计中，分子对接方法主要用来从小分子数据库中搜寻与 受体生物大分子有较好亲和力的小分子，进行药理测试，从中发现新的先导化合 物。 分子对接的最初思想起源于“锁和钥匙模型” ，即“一把钥匙开一把锁” 。当 然， 分子对接如药物分子与靶酶分子之间的识别要比 “锁和钥匙” 模型复杂得多。 首先底物分子和靶酶分子的构象是变化的，而不是刚性的，底物分子和靶酶分子 在对接过程中互相适应对方，从而达到更完美的匹配。其次，分子对接不仅要满 足空间形状的匹配，还要满足能量的匹配，底物分子与靶酶分子能否结合以及结 合的强度最终是由形成此复合物过程的结合自由能变化决定的。互补性 (complementarity)和预组织(pre—organization)是决定分子对接过程的两个 重要原则，前者决定识别过程的选择性，后者决定识别过程的键合能力。其中互 补性包括空间结构的互补性和电学性质的互补性。 分子对接的种类主要包括： ①刚体对接：指在对接过程中，研究体系的构象不发生变化。适合考 察比较大的体系，如蛋白质和蛋白质间以及蛋白质和核酸之间的对接。 ②半柔性对接：指在对接过程中，研究体系尤其是配体的构象允许在 一定的范围内变化。适合处理大分子和小分子间的对接，对接过程中，小 分子的构象一般是可以变化的，但大分子是刚性的。 ③柔性对接：指在对接过程中，研究体系的构象基本上可以自由变化 的。一般用于精确考虑分子间的识别情况。由于计算过程中体系的构象可 以变化，所以计算耗费最大。 目前应用较为广泛的分子对接方法包 括 ： Dock ， Autodock ， Fiexx ， Affinity，Gold 等。 AutoDock 是由 Scripps Research Institute 开发的一款用于预测生物大分
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Tools-Structure Analysis-FindHBond（选择如下图所示）-OK 我们会看到浅蓝色的氢键。
பைடு நூலகம்
3. 蛋白质分子表示为 Ribbon 形式 Presets-Interactive1（ribbons） 4. 形成蛋白质分子的疏水表面，并观察其与小分子的疏水作用 Presets-Interactive1（hydrophobicity surface） Select-Chain-A-Actions-Surface-Transparency（可以选择透明度，透过疏 水表面能够看到小分子和带状的蛋白质） 补充说明： 通常受体蛋白 pdb 都是从 RCSB Protein Data Bank 中下载的，其晶体衍射 结构中通常含有水分子、Cl 原子等无关分子，此外蛋白质中可能含有金属元素 和天然配体，这些都会对疏水作用的分析产生影响。 ①保存蛋白质的 pdb 文件： 在 “ File-Open ” 中 打 开 下 载 的 pdb 文 件 ， 执 行 “ Select-Residue-all nonstandard ” 操 作 ， 即 选 中 所 有 无 关 原 子 ， 再 执 行 “Actions-Atoms/Bonds-delete”操作，这样就把原来的 pdb 文件删的只剩下蛋 白质氨基酸序列，执行“File-Save PDB”操作，选择路径和文件名，保存文件， 得到蛋白质的 pdb 文件。 ②保存天然配体的 pdb 文件： 在 “ Select-Residue ” 中 选 择 天 然 配 体 ， 再 执 行 “ Select-Invert(all
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Chimera 的基本操作 一、软件介绍 UCSF Chimera 是由美国加州大学圣迭亚哥分校 CGL 实验室（UCSF Computer Graphics Laboratory，CGL)开发的一个生物学软件。UCSF Chimera 是一个高度 可扩充的、交互式的分子结构显示、分析系统。Chimera 可以读取多种格式的分 子结构和相关数据，并用不同的方式显示出来，还能够生成高质量的图像、动画 以便于印刷、展示。Chimera 还可以：显示、分析电镜密度图；利用对称性来显 示高度有序的结构；显示多序列比对；允许做分子动力轨道和锚定（docking） 分析。 Chimera 对学术、政府、非盈利性和个人的使用是免费的，并有很多文 档 、 指 南 来 指 导 初 学 者 使 用 。 Chimera 可 以 在 各 种 平 台 上 使 用 ， 包 括 Windows,MacOSX,Linux,SGI,Unix 等平台。 Chimera 软件可打开 pdb，mol，mol2，py 等多种文件格式，其中 pdb 格式 是默认的打开和保存格式，蛋白质受体和小分子配体通常都用 pdb 格式保存。 Chimera 软件可以同时打开多个 pdb 文件。在魏老师课题组内，Chimera 软件主 要是用来观察小分子配体和受体蛋白质的疏水作用， 因此下面内容将主要介绍如 何观察小分子配体和受体蛋白质的疏水作用， 并简要介绍 Chimera 在其他方面的 应用。 二、基本操作 Chimera 是典型的“先选中，再执行操作”的软件，选中操作在操作界面的 “Select”一栏中，被选中的部分会呈绿色.本项操作以 1UY6（PU3）为例进行 讲解说。 1. 在 Chimera 中打开 pdb 文件，显示小分子 5 埃范围内的氨基酸，用球棍模型 标示，并显示氨基酸的名称和序列。 （具体操作步骤：File-Open-1UY6(PU3)打开想要的 PDB 文件。 Select-Residue-PU3 选中小分子 PU3 Select-Zone-OK 选中 5 埃范围内的氨基酸如下图：-↑(补全氨基酸残基) Select-Invert（all models）- Actions-Atoms/Bonds-hide（只保留了 5 埃范围内的氨基酸） Select-chain-A- Actions-Atoms/Bonds-show（显示出了全部的氨基酸） Actions-Label-Residue-Name+Specifier 显示了选中的氨基酸的名称和序 列。 Actions-Atoms/Bonds-Ball&Stick 选中区域的氨基酸用球棍模型标示。 2. 观察小分子与大分子之间的氢键作用 具体操作步骤：Select-Residue-PU3 选中小分子 PU3