第五章DNAMAN 的使用方法DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示：第二栏为工具栏：如下所示：第三栏为浏览器栏：如下所示：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，如左所示：点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。
本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File|Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列默认装入的Channel。
（２）通过Sequence|Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
如果只想分析序列的一部分，或者给待分析的序列添加批注，点击激活该序列所在的Channel，通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination命令打开一个对话框，如下所示：对话框选项说明如下：Name 序列名称Circular DNA 环形DNAStart pos 待分析序列起点End pos 待分析序列终点根据需要，可以设定上述选项的内容，如果要分析整个序列，可以点击按钮，如果当前序列不是DNA，则可点击按钮，如果要添加或修改批注，可以使用（添加），（移除），和（清除全部）三个按钮进行操作。
如果要检查序列的正确性，可以点击按钮，则弹出如下对话框：设定阅读速度后，点击按钮，软件将按顺序语音读出序列，方便检查。
2．以不同形式显示序列通过Sequence|Display Sequence命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
对话框选项说明如下：Sequence &Composition 显示序列和成分Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA序列Annotations 批注Include 显示内容中包含批注Lowercase 显示内容中包含批注（小写字母形式）Only 显示内容中仅包含批注Exclude 显示内容中不包含批注3．DNA序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction|Analysis命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results 分析结果显示其中包括：Show summary（显示概要）Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than（忽略切点多于设定的切点个数的酶）Ignore enzymes with less than（忽略切点少于设定的切点个数的酶）Target DNA （目标DNA特性）circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。
选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列酶选择对话框：参数说明如下：Enzyme代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。
其中restrict.enz 数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。
选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。
要创建酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites），然后点击按钮出现下列对话框：输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。
自制酶列表可以方便分析一段序列是否含有特定的酶切位点群。
Cutter 酶切识别序列长度End 酶切产生的末端类型其中包括，Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合全部设定条件的酶。
最后，点击按钮执行操作。
4．DNA序列比对分析（Dot Matrix Comparision）要比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision（点矩阵比较）通过Sequense|Dot matrix comparision命令打开比对界面，如下图：点击对比界面左上角的按钮，出现下列对话框：参数说明如下：Sequence type 序列类型Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如果要比对的序列在Channel 中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File选择框上点击即可。
通过Length 选择参加比对的序列片段。
Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明同上Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；（此功能未见）Annotations 是否显示批注Comparision 比对参数，其中Window代表Window size（单位比对长度），Mismatch代表Mismatch size（单位比对长度中许可的错配值），如果在单位比对长度中，错配值小于Mismatch中设定的值，则划出一个点。
注意，Mismatch值必须小于Window size 值的1/2。
如果两个序列相同的区域较长，在结果中，则可显示为一条线。
要快速比对，需将Mismatch 值设为0。
Both stran代表Both strand（双链比对）选择此项，是指用Sequence 2中的序列的正链和负链分别和Sequence 1 比较。
Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
Plot box 点阵图表显示参数，可以分别对Position（坐标起点），Width（宽度值）Height（高度值）Frame size（边框线粗度值）Dot size（点粗度值）Gridline（网格线）这些参数进行设定。
设定好所有参数后，点击按钮执行操作。
结果如下：如果想对局部区域仔细观察，可以脱动鼠标左键，框住结果图中某一部分，松开鼠标即可看到局部放大的图像。
双击鼠标可恢复原来结果。
5．序列同源性分析（1）两序列同源性分析通过Sequence|Two Sequence Alignment命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Best alignment of dsDNA 当参与比对序列是DNA时，可以根据需要选中此项，则软件将用第一个序列同第二个序列的正负链分别进行比较，以得分较高的那条链作为比对的结果。
Alignment method 比对方法，有四种方法可以选择，当选择Quick比对方法时，有两个参数可以设置，K-tuple值和Gap(Gap penalty)值。
增加K-tuple值会降低比对灵敏度，但会稍微加快比对速度。
对于DNA序列，K-tuple值可选范围1—7，默认值是4；对于蛋白质序列，K-tuple值可选范围1—3，默认值为2。
当选择Smith&Waterman （Dynamic alignment）比对方法时，有两个参数Gap open(Gap open penalty缺口罚分)和Gap(gap extension penalty缺口延伸罚分)可以设定（2）多序列同源性分析通过打开Sequence|Multiple Sequence Alignment命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：File 从文件中选择参加比对的序列Folder 从文件夹中选择参加比对的序列Channel 从channel中选择参加比对的序列Dbase 从数据库中选择参加比对的序列Remove 清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的序列名选择）Clear 清除全部序列点击按钮，出现方法选择对话框：选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框：如果在前一对话框选择的是Fast alignment,则在此对话框中选择Quick alignment,否则选择Dynamic alignment 即可。
其它参数不必改变，点击对话框中间的使其它参数取原始默认值。
点击按钮，出现下列对话框：点击对话框中间的，然后点击执行操作。
结果如下所示：点击左上角按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。
点击按钮下的按钮，出现下列选择项：可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如Tree|homology tree命令）。
显示蛋白质二级结构（Protein Secondary Structure命令），绘制限制性酶切图（Restriction Analysis命令）等。
同源关系图举例如下：（Tree|Homology Tree命令）6.PCR引物设计首先，将目标DNA片段装入Channel,并激活Channel。
