(仅供参考)Icimapping 连锁图中文操作说明
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在Excel中输入,横向是用到的株系,纵向是marker,主题内容填A或B,保存为.csv(逗号分隔)格式。
然后打开写字板,在写字板中打开这个.csv格式文件,另存为.loc格式即可。
在我给你的例子中,name = demoF2popt = F2nloc =65nind = 104name表示名字(自己取),popt表示群体,如F2;nloc表示标记的数目,nind表示单株的数目。
下面是标记名称和单株的基因型,在F2中,对于共显性标记,采用ABH记录法。
即:亲本1的纯合带型记为“A”,亲本2的纯合带型记为“B”,杂合带型记为“H”,缺失数据记为“-”。
对于显性标记,若亲本1无带时,只有A和C,有带记为“C”,无带记为“A”。
若亲本2无带时,只有B和D,有带记为“D”,无带记为“B”。
在EXCEL中按以上格式整理后,考入文本文档,例如取名jiansheng安装好joinmap后,打开joinmap,点击file,再点击new project,然后取一个文件名,点击保存,这时进入一个新的joinmap界面,再点击file,点击load data,选择上面我们的文本文档jiansheng,点击打开,又进入一个新的界面,会出现name = demoF2popt = F2nloc =65nind = 104finial number indivals=104这时点击options,再点calution options,可以修改LOD lower 值,假定改为5.选择后,点击OK,又回到刚才的界面。
然后点击LOD grouping tree,然后点击calcuate,(或者计算器的那个图形)。
然后,会出现树状的图形。
如果你上面选的LOD值为5.0,则你用右键点击用5.0/1(56)、5.0/2(5),5.0/3(2)这里5.0表示LOD,1表示连锁群,56表示标记数。
这里共有3个连锁群。
如果你以前选择LOD=3,这里会出现1个连锁群,所以你自己可以选择LOD值,这样连锁上的标记数也不同。
【下载本文档,可以自由复制内容或自由编辑修改内容,更多精彩文章,期待你的好评和关注,我将一如既往为您服务】MapInfo常规使用方法MapInfo常规使用方法 (1)一、Mapinfo制作基站站点分布图 (2)1.软件版本 (2)2.软件安装 (2)3.常用功能 (2)3.1 主工具条 (2)3.2 绘图工具条 (2)4.使用方法及技巧 (2)4.1 由Excel表创建基站信息图层 (2)4.2 图层控制 (5)4.3 保存工作空间 (6)4.4 查找功能 (6)5.效果 (7)二、Cell tool/Cell Maker插件制作基站三扇区 (8)三、SiteSee插件制作基站三扇区 (12)四、Mapinfo其他用法 (16)一、Mapinfo制作基站站点分布图1.软件版本目前我们常用的是MapInfo Professional 8.0 SCP。
2.软件安装安装和解密两个过程。
1、安装:双击可执行文件:setup.exe;2、破解:将MapInfo Professional\Key\Mapinfo+2.9.Hero下面的文件:Mapinfo+.exe,mapx40.ocx两个文件拷贝到安装目录:C:\Program Files\MapInfo\Professional下面,然后点击:Mapinfo+.exe运行即可。
3.常用功能3.1 主工具条3.2 绘图工具条在某一图层被设为可编辑时,绘图工具条便可以使用,在其上面进行绘图。
4.使用方法及技巧4.1 由Excel表创建基站信息图层第一步,打开Excel表。
选择“文件”下拉菜单-选择“打开”,即出现下图所示对话框:找到Excel表所在文件夹-文件类型选择Microsoft Excel (*.xls)-打开Excel表。
第二步,指定工作表中要访问的部分。
打开Excel文件后,出现一个选择框,如下图:如果Excel表有标题行,需要在“以选中范围……”前打勾,如上图(右),并在“命名范围”栏内选择“其他…”,即出现然后江“Sheet1!A1:E9”中的A1改为A2(也就是说输入单元格的范围不包括标题行),确定再确定,即得到第三步,创建图层。
常用功能介绍1、网格操作平台提供了功能强大的数据展现控件——网格,在网格中您可以方便的进行数据查看、维护、统计以及简单的分析等操作。
平台中提供了三种基本的网格(一般网格、分页网格、树型网格)。
一般网格是最基础的一种数据展现和数据编辑网格。
分页网格是在一般网格的基础上增加了分页获取数据,分页显示数据的功能。
树型网格是种独立的网格,在树型网格中数据的展现可以按照数据的上下级关系进行分层展现,使得数据查看起来结构非常清晰。
2、设置网格样式网格为多样化的数据展现提供了样式管理器,用户可以根据日常工作的需要,将要查看的数据列拖拽到合适的位置,把不重要的数据列放到列定制中,调整好各列的最佳宽度,如果有分组的必要可以将分组列拖拽到网格顶部的分组面板中,甚至可以将某些列进行汇总统计等,操作完毕后点击鼠标右键,选择【网格样式…】,在弹出的如下管理器中保存设置好的样式在上面的网格显示样式管理器中,您还可以将某一样式设定为默认显示风格,方法是在样式名前的画勾,默认的显示风格是指第一次进入此网格所在的界面,网格就以您设定的默认风格显示数据。
在网格显示样式管理器中点击鼠标右键,还可以打开或删除选定的显示风格。
退出网格显示样式管理器,在网格中点击鼠标右键,选择【加载样式】,选择你所要加载的一种显示样式,可以灵活方便的切换数据显示,每个网格可以定义数个需要的样式。
3、网格数据获取针对不同的网格,数据的获取也不一样。
一般网格和树型网格数据的获取很简单,它展现的数据永远是满足条件的所有数据。
分页网格则不同于以上两种网格,分页网格提供了数据分页显示的机制,比较适宜于大量数据的展现上面是分页网格的工具条,从第三个按钮开始依次是刷新数据:保持当前数据查询的条件不变,直接向应用服务器发送数据请求,然后将满足条件的数据显示在网格中。
首页:如果当前网格数据不是首页数据,可以点击此按钮,重新获取首页数据。
前一页:如果当前网格数据不是首页数据,可以点击此按钮,重新当前页的前一页数据。
QTL IciMapping3.0 定位简单应用教程张茜中国农科院2012.6.14主要步骤•数据准备•新建project•导入数据•构建图谱•QTL定位准备数据•.map格式将txt格式后缀名改成.map即可(表头信息不能动),一个map文件中包括General Information、Marker Types 、Information for Chromosomes and Markers三部分信息主要更改数据:7为F2群体;1一般不动;Marker space type 选1或2均可,只要保持数据对应Maker Types带型统计方法这些数据是标记在第几条染色体(group)上,未构建图谱侧全为0点File 选New Project新建一个工作项命名保存路径点File 选*map导入构建准备好的map格式图谱的数据打开,完成数据导入点击分组,在此处出现group群点可以看到一个group下所含标记,右键点击一个标记可以对其位置调动或者删除完成分组后,点击ordering,转换成染色体组再点此按钮完成沟通准备工作,工具栏上的map图标变蓝可以点击构图了点击map 按钮出现图谱(右)点击即可出现下一个染色体图谱点击出现整体图谱Save 可以保存各种格式的图QTL定位数据准备将构图所得结果F2bip(在project-map-result文件下)先复制一份,再用txt打开方式打开所复制文件。
Bip文件中包含5部分General Information、Information for Chromosomes andMarkers、Linkage map (Marker namefollowed by position or the interval length)、 Marker Type 、Phenotypic Data更改数据:0改成1选File-open file-*bip打开更改保存好的bip格式文件选ICIM-ADD添加的下框(一般都默认),此时start按钮从灰色变黑色,单击即可进行定位Start 完了点ADD即出现下图加性效应图显性效应图总染色体添加lod值线下一个染色体在Graph 下可以选择连锁图和lod (上)或者连锁图和QTL(下)图谱结果信息在map目录下QTL结果信息在BIP目录下信息栏补充•QTL ICIMapping是在*map(oppen file子菜单下)下完成构件图谱,在*bip(oppen file子菜单下)下完成QTL定位。
QTL IciMapping3.0 定位简单应用教程张茜中国农科院2012.6.14主要步骤•数据准备•新建project•导入数据•构建图谱•QTL定位准备数据•.map格式将txt格式后缀名改成.map即可(表头信息不能动),一个map文件中包括General Information、Marker Types 、Information for Chromosomes and Markers三部分信息主要更改数据:7为F2群体;1一般不动;Marker space type 选1或2均可,只要保持数据对应Maker Types带型统计方法这些数据是标记在第几条染色体(group)上,未构建图谱侧全为0点File 选New Project新建一个工作项命名保存路径点File 选*map导入构建准备好的map格式图谱的数据打开,完成数据导入点击分组,在此处出现group群点可以看到一个group下所含标记,右键点击一个标记可以对其位置调动或者删除完成分组后,点击ordering,转换成染色体组再点此按钮完成沟通准备工作,工具栏上的map图标变蓝可以点击构图了点击map 按钮出现图谱(右)点击即可出现下一个染色体图谱点击出现整体图谱Save 可以保存各种格式的图QTL定位数据准备将构图所得结果F2bip(在project-map-result文件下)先复制一份,再用txt打开方式打开所复制文件。
Bip文件中包含5部分General Information、Information for Chromosomes andMarkers、Linkage map (Marker namefollowed by position or the interval length)、 Marker Type 、Phenotypic Data更改数据:0改成1选File-open file-*bip打开更改保存好的bip格式文件选ICIM-ADD添加的下框(一般都默认),此时start按钮从灰色变黑色,单击即可进行定位Start 完了点ADD即出现下图加性效应图显性效应图总染色体添加lod值线下一个染色体在Graph 下可以选择连锁图和lod (上)或者连锁图和QTL(下)图谱结果信息在map目录下QTL结果信息在BIP目录下信息栏补充•QTL ICIMapping是在*map(oppen file子菜单下)下完成构件图谱,在*bip(oppen file子菜单下)下完成QTL定位。
用户管理用户是互联网访问的标识主体(即谁在访问),是NS-ICG互联网访问管理的目标对象。
出身份认证信息外,一个完整的用户定义还包含其组织信息和访问策略。
每一个互联网访问都对应唯一的用户(或用户组),这是NS—ICG实现基于用户和用户组的访问控制的基础。
而建立完整和准确的用户信息更是保证NS-ICG进行有效互联网访问审计(监控、查询、报表等)的关键。
用户管理模块提供全面的用户管理功能,主要有如下几个功能模块:用户导入-——--—--—————-—可通过扫描当地局域网内的IP导入用户、导入LDAP用户或者自定义导入用户。
组织管理—-—-—-—--—--—--手动构建企业组织架构和用户信息.认证管理———--—-—-———-—-配置用户上网的识别和认证管理方式,可针对不同用户采用不同的识别认证方式,支持本地人证和多多种第三方认证;支持用户绑定设置。
用户导入用户导入主要支持三种方式:IP导入、LDAP导入和网康自定义导入。
IP 导入主要通过扫描设备IP来进行用户导入,LDAP导入时导入LDAP服务器上的用户,而网康自定义导入则是通过TXT或者CSV文件导入用户信息。
IP导入NS—ICG提供两种用户信息的建立方式.其一,可以通过已存在的用户信息数据源,导入到NS-ICG系统中,如依据IP地址导入用户、从已建立的LDAP 服务器中导入用户、根据网康自定义格式导入用户;其二,可以通过管理界面手工管理。
第1步:通过【用户管理】-—【用户导入】-—【IP导入】进入如下图所示页面:第2步:点击“扫描”或者“浏览"本地文件后点击“导入”,进入“导入用户列表"画面,如下图:用户名:手动输入用户名;导入选项:导入IP与MAC:保存用户名、IP地址和MAC地址导入MAC:保存用户名、MAC地址导入IP:保存用户名、IP地址填充用户名:如果选择该项,ICG 会将相应的IP 地址作为用户名进行自动填充;选择导入位置:根据选择,导入到组织管理的指定位置(注:需提前配置好组织架构)第 3 步:管理员根据需要选择导入的数据和填充画面各项信息后,点击右上角的“导入"按钮,进行导入.或者选择“返回”按钮,返回到前一画面。
质谱联用仪使用方法说明书使用前的准备:在开始使用质谱联用仪之前,请确保您已经仔细阅读并理解了本使用方法说明书,并且熟悉了质谱联用仪的基本原理和操作流程。
在使用之前,请确保质谱联用仪处于正常工作状态,并进行必要的校准和准备工作。
1. 仪器连接和设置1.1 连接电源:将质谱联用仪的电源线插入适配器的插座,并将适配器插入电源插座。
确保电源电压与质谱联用仪的额定电压相符。
1.2 连接气源:使用适当的连接器将气源管线连接到质谱联用仪上的气源接口。
1.3 连接数据线:根据需要,选择合适的数据连接线(如USB或LAN线),将质谱联用仪连接到计算机或数据采集系统上。
2. 仪器校准和准备2.1 校准质谱联用仪:按照质谱联用仪的校准操作流程,对仪器进行校准。
确保校准参数的准确性和稳定性。
2.2 准备进样样品:根据实验需求,准备好需要进行分析的样品。
注意样品的准备和保存应符合实验要求。
2.3 准备色谱柱:根据实验需求,选择适当的色谱柱,并进行预处理和准备。
3. 开机和初始化3.1 打开电源开关:轻按质谱联用仪上的电源开关,将仪器的电源打开。
确保仪器显示屏正常亮起。
3.2 初始化仪器:根据质谱联用仪的操作指南,进行仪器的初始化操作。
确保系统软件和硬件处于正常工作状态。
4. 设置实验参数4.1 打开仪器控制软件:根据实验要求,在计算机上打开质谱联用仪的控制软件,并确认与仪器连接的通讯正常。
4.2 设置离子源参数:根据实验需求,设置离子源的工作模式、离子化方式、离子源温度等参数。
4.3 设置色谱参数:根据实验需求,设置色谱流体的流速、温度、梯度程序等参数。
4.4 设置质谱参数:根据实验需求,设置质谱仪的离子扫描范围、离子选择器和离子检测器的参数等。
5. 运行实验5.1 进样样品:按照仪器操作指南,将准备好的样品通过进样系统输入到质谱联用仪中。
5.2 开始实时监测:在控制软件中点击“开始监测”按钮,开启实时监测模式,观察样品的质谱图和色谱图的生成情况。