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植物基因组功能注释及应用前景随着基因测序技术的迅速发展，解读基因组序列已经成为生命科学研究不可或缺的一环。
植物基因组在这个领域也是一个颇具研究价值的对象。
但是，基因组的分析只是开始，还需要对基因组中的每一个基因进行功能注释，从而深入了解植物基因组的生物学意义。
本文就植物基因组的功能注释和应用前景进行探讨。
一、基因组注释的概念基因组注释是指将测序得到的基因组序列上的各个区域（如基因、非编码区域）与生物学功能进行对应的过程。
目的是揭示基因组的生物学意义和功能，为基因的研究提供有力的支持。
植物基因组注释中，最重要的是基因的注释，因为它是解析植物基因组生物学意义的起点。
基因注释除了要确定基因的位置、长度和序列外，还要明确其转录区域，即确定起始密码子和终止密码子，以及编码对应的蛋白质序列信息。
二、植物基因组注释的方法目前，植物基因组注释的方法主要有三种：比较基因组学注释；转录组学注释和蛋白质组学注释。
1.比较基因组学注释基于比较基因组学的方法是将已经完成注释的基因组与待注释的基因组进行比较，通过看相同或相似的基因在相似的区域中出现与否以及它们的关系，来预测待注释基因的功能。
这种方法可以减少注释过程中的错误，但是也有几个限制。
首先，不同物种之间基因序列的相似程度不同，这意味着通过比较基因组进行注释需要相对较高的序列相似度。
其次，一些共有基因与物种特异基因不容易被检测到，也就是注释不全。
2.转录组学注释转录组学注释侧重于从细胞中捕获到的转录组信息来注释基因组。
通过在特定组织、时期和条件下分析基因的表达谱序列，可以获取关于包括外显子、内含子和全长RNA的所有转录本和变异的信息，从而根据基因在细胞中的表现来推断其功能。
转录组学注释发挥了特异性和监测能力，对新发现的基因效果更好，但是，由于转录组和表达谱的复杂性，也可能受到误导。
3.蛋白质组学注释蛋白质组学注释使用质谱法分析靶物质的蛋白质组成，将质谱数据与已知的蛋白质数据库或转录本数据库相对应来注释基因。
植物分子遗传学及其应用研究植物分子遗传学是研究植物遗传变异及其调控机制的一门学科，具有广泛的应用前景。
本文将从植物分子遗传学的基础知识、其应用研究以及未来发展三方面展开。
一、植物分子遗传学基础知识植物分子遗传学的基础理论包括DNA与RNA的结构、功能及其相互作用，基因表达调控机制，遗传变异及其调控机制等。
为了深入理解植物分子遗传学，我们需要了解其中的基因和基因组结构。
植物基因是 DNA 编码蛋白质的基本单位，包含起始密码子、终止密码子和编码序列。
基因表达包括转录和翻译两个过程，其中转录是从 DNA 单链转录为RNA，翻译是将 RNA 转化为蛋白质。
基因表达过程受到许多调控机制的影响，包括底物浓度、激活剂和抑制剂等。
植物基因组是指植物细胞内所有 DNA 的总体，包括染色体和质粒 DNA。
植物基因组的研究有助于理解植物遗传变异以及环境对基因表达和基因组结构的影响。
植物基因组分析技术包括DNA序列技术、基因芯片技术、比较基因组学等。
二、植物分子遗传学的应用研究植物分子遗传学的应用研究广泛，包括植物发育与生长、抗性与逆境适应、生产力改良、药物开发等方面。
下面我们具体介绍几个应用领域。
（1）植物发育与生长植物发育与生长是植物分子遗传学的重要研究领域。
根据植物发育的特点，研究者可通过植物遗传变异及转录组学手段，探究植物发育过程中基因的调控及其生理机制。
此外，拟南芥（Arabidopsis thaliana）被广泛应用于植物分子遗传学的基础、应用研究。
拟南芥基因库的构建以及转录组谱分析技术的发展，为研究植物发育与生长中的基因调控机制提供了技术支撑。
（2）抗性与逆境适应植物分子遗传学在植物抗性与逆境适应研究中也具有广泛的应用前景。
例如在植物免疫调控研究中，利用植物天然免疫机制及其启动信号，可通过人工调节植物抗病性来为生产提供更多的途径和方案。
植物逆境适应性研究可以帮助我们探究环境对植物基因表达和基因组结构的影响及其适应机制，从而为植物生产提供更多保障。
植物分子遗传学研究植物的遗传物质及其遗传信息传递植物分子遗传学是研究植物遗传物质及其遗传信息传递的一门学科。
通过对植物的遗传物质DNA和RNA的研究，揭示植物遗传信息的传递过程以及遗传变异的机制。
本文将介绍植物分子遗传学的基本概念、研究方法及其在植物遗传育种中的应用。
一、植物分子遗传学的基本概念植物分子遗传学是遗传学的一个分支学科，研究植物的遗传物质以及遗传信息如何在植物个体及其后代中传递和表达。
植物的遗传物质主要是DNA和RNA，DNA包含了植物遗传信息的模板，而RNA则负责将遗传信息转化为蛋白质。
植物的遗传信息传递过程主要包括DNA复制、转录和翻译等步骤。
DNA复制是指DNA分子的复制过程，确保遗传信息准确无误地传递给下一代。
转录是指DNA转化为RNA的过程，通过RNA分子将DNA的遗传信息转运到细胞质中进行翻译。
翻译是指RNA分子通过核糖体将遗传信息转化为蛋白质的过程，蛋白质是植物细胞中构成酶、抗体和结构蛋白等重要物质的基础。
二、植物分子遗传学的研究方法植物分子遗传学的研究方法主要包括DNA测序、PCR、Southern印迹、Northern印迹和基因编辑等技术。
1. DNA测序：DNA测序是植物分子遗传学研究的基础技术，它能够确定DNA序列的顺序，揭示植物基因组的结构和功能。
根据DNA测序结果，可以进一步分析DNA序列中的基因、启动子和调节元件等功能区域。
2. PCR：PCR（聚合酶链式反应）是一种重要的分子生物学技术，它能够在体外扩增DNA片段，为植物基因的研究提供了便利。
通过PCR技术，可以扩增感兴趣的基因片段，进而深入研究植物基因的调控机制和功能。
3. Southern印迹：Southern印迹是一种检测DNA的技术，它可以确定DNA中特定基因的存在与否。
通过将DNA进行限制性酶切、电泳和转移，再用探针杂交的方法，可以检测出特定的DNA序列。
4. Northern印迹：Northern印迹是一种检测RNA的技术，它可以确定RNA中特定基因的表达量和时空分布。
植物功能基因组学的研究进展及应用前景随着生物技术的不断发展，植物基因组学逐渐成为了生物学研究的热门领域之一。
而其中，植物功能基因组学的研究内容和研究方法也在不断地更新和进化。
功能基因组学可以帮助我们更好地理解基因的功能，预测基因在其所处生境中的生物学性状，更深入地探索物种的生命本质。
本文将探讨植物功能基因组学的研究进展及其应用前景。
一、植物功能基因组学的研究内容植物功能基因组学，是通过基因组信息来研究植物的功能和调控机制。
早期研究人员主要使用基因芯片技术，但近年来，全基因组测序技术和交互组学、系统生物学等方法的不断发展，使得功能基因组学的研究从单个基因转化为了更高层次的研究。
近年来，研究人员在功能基因组学方面的研究中借助了许多工具和平台，从而推进了研究进程，比如Gene Ontology (GO)，KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) ，TAIR（The Arabidopsis Information Resource）等等。
这些工具和平台可以帮助研究人员理解基因在代谢途径、信号转导和生物特性调控方面的功能。
二、植物功能基因组学的研究进展随着全基因组测序技术和高通量测序技术的不断发展，植物功能基因组学也在不断进步。
经过多年细致的研究，许多植物物种的基因组已经测序完成，如拟南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)、红豆杉(Taxus chinensis)等。
这些研究成果为各领域的研究人员提供了更为丰富、详细的基因组信息，推动了研究的深入探究。
同时，代谢组学和蛋白组学的发展也为植物功能基因组学的研究提供了新的思路。
这些技术使得研究人员能够更加全面地评估植物基因组中的功能。
例如，基于蛋白质测序技术，研究人员可以鉴定出植物基因组中的特定蛋白质，并研究它们在不同条件下的表达模式及其功能；同时，通过代谢组学技术，可以定量分析植物细胞中的代谢产物变化，推断相关代谢通路的调控机制。
植物基因组的测序与分析植物是人类生活的重要组成部分，而对植物基因组的研究则可以大大推进人们对植物生长和发育的认识。
随着生物技术的不断发展，植物基因组的测序与分析已成为了现代生命科学研究的必要手段。
一、植物基因组测序技术的发展植物基因组测序技术的发展可以追溯到上世纪末期，20世纪90年代初，人们利用克隆图书馆的方法，对人类基因组进行了初步的测序。
而后，随着先进的测序技术、高通量分析平台的不断出现，人们对于植物基因组的深入研究也不断推进。
目前，基因组测序技术主要有三种方式：链延伸法、荧光探针法和金球扩增法。
其中，链延伸法是目前使用最广泛的一种技术，它常用于人类基因组、酵母菌、黑猩猩等物种的基因组测序。
而荧光探针法则主要用于细菌和病毒等微生物基因组的测序；金球扩增法则是一种较为新兴的基因组测序技术，它采用微反应器的方法，能够对上万个单分子同时进行测序，以达到高通量的分析。
二、基因组数据的分析与应用测序的结果会得到大量的基因组数据，其中包括了基因序列、非编码序列、重复序列、编码蛋白等重要信息。
这些信息可以被用于识别和研究植物基因组的功能、构成和进化。
在基因组数据的分析过程中，首先需要进行数据预处理，即数据压缩和去噪。
随后，需要对基因组数据进行组装和注释，以便快速准确地找出基因、基因启动子、区域增强、功能变异位点等信息。
这些信息对于解析植物的生长和发育机制，推进植物育种与改良都具有重要的意义。
除了植物的基础研究，植物基因组测序技术还可以应用于诱导优良基因的筛选、研发基因编辑技术、筛选对环境变化适应或胁迫响应的关键基因等。
这些应用为植物优化生态系统、养护人类健康作出了巨大的贡献。
三、测序技术面临的挑战与发展尽管植物基因组测序技术已经得到了长足的发展，但是仍然还存在很多挑战和限制。
首先，植物本身的基因组特点是多样性和复杂性。
各个物种之间基因组大小、结构和数量差异很大，因此在测序中会遇到很多困难。
其次，植物基因组信息量巨大，数据处理过程耗时间、耗能、耗人力，需要高速数据处理及存储设备和更为开放的共享平台支持。
植物基因功能研究的主要方法随着植物基因组计划的实施和完成，大量的基因组数据库和EST数据库得以建立和完成，因此产生的问题是成千上万新基因的功能有待分子生物学家鉴定。
研究植物基因功能主要有两种策略：正向遗传学和反向遗传学策略。
正向遗传学是传统的方法，策略是通过筛选天然或人工产生的突变体进而克隆相关目标基因，即从功能（表型）－突变体－基因，最后得到具有相关功能（如对干旱敏感或耐旱）的基因，常用手段是图位克隆并结合一些基因差异表达筛选技术（如差减杂交、差异显示PCR、差异显示分析等）。
反向遗传学的策略是从已知的基因序列入手鉴定其功能，研究手段包括基因的互补实验、超表达、反义抑制、基因敲除、基因激活等。
采用反向遗传学鉴定基因功能是基因组计划由结构基因组学过渡到功能基因组学的必然要求。
目前，植物抗逆性功能基因的研究策略主要集中在利用差减杂交、差异显示PCR、差异显示分析、cDNA微阵列（或基因芯片）等技术筛选与逆境胁迫相关的表达序列标签（EST）或转录因子，然后利用反向遗传学等技术对转录因子的功能进行研究。
正向遗传学手段主要集中在抗逆性状的遗传分析和QTL定位方面，然而目前尚无抗逆性状QTL基因克隆的报道；通过突变体抗逆筛选的途径主要是在模式植物拟南芥中，特别是克隆了一大批与ABA合成或ABA 敏感性有关的基因，例如ABA不敏感的abi8突变体(Brocard-Gifford et al., 2004)。
近年来许多国家（特别是我国）的水稻突变体数量剧增，为通过抗逆筛选克隆基因奠定了基础。
综合利用这些研究手段可以全面地了解植物对胁迫响应的复杂机制和相互作用以及相应的信号传导途径，从而为更加高效地利用基因工程技术来提高植物的抗逆性奠定基础。
下面就几种常见的研究抗逆基因功能的策略作简要介绍。
1. 超量表达（Over-expression）超量表达是指将目的基因全长序列与高活性的组成型或组织特异型启动子融合，通过转化获得该基因产物大量积累的植株，从而扩大该基因在生理生化过程中的效应，这部分扩大的效应带来的与正常植株在各种表型上的差异有助于帮助理解基因功能。
研究植物基因功能的策略和方法研究植物基因功能主要有两种策略：正向遗传学（forward genetics）和反向遗传学（reverse genetics）策略。
正向遗传学即通过生物个体或细胞基因组的自发突变或人工诱变，寻找相关表型或性状改变，然后通过图位克隆并结合一些基因差异表达筛选技术（如差减杂交、差异显示PCR、差异显示分析等）从这些特定性状变化的个体或细胞中找到对应的突变基因，并揭示其功能，例如遗传病基因的克隆。
反向遗传学的原理正好相反，人们首先是改变某个特定的基因或蛋白质，然后再去寻找与之有关的表型变化，例如基因剔除技术或转基因研究。
简单地说，正向遗传学是从表型变化研究基因变化，而反向遗传学则是从基因变化研究表型变化。
研究植物体内基因功能的方法主要有以下几种：（1）基因功能丧失或减少，即筛选目的基因功能部分丧失或全部丧失的突变体，比较其与野生型的表型差异来确定该基因功能；（2）基因功能增加或获得，即筛选目的基因高水平表达的植株，比较其与相应对照植株（野生型植株，功能丧失突变体或模式植物植株）差异，观察其表型性状变化来鉴定基因功能；（3）基因异位表达（Ectopic expression），通过定向调控靶基因的时空表达模式来研究基因功能；（4）微阵列（Microarray）是一种在全基因组水平对基因表达进行高通量检测的技术；（5）酵母双杂交技术（Yeast two-hybrid system）用于分析基因产物即蛋白质之间的互作。
1 基因功能丧失或减少以前，通常通过筛选自然突变体来获得基因功能部分或全部丧失的突变体，但概率较低；现在一般通过各种人工方法来获得合适突变体。
人工产生基因功能丧失的方法有插入突变、反义抑制（antisense suppression）、共抑制（cosuppression）、双链RNA干扰（double-stranded RNA interference, dsRNAi）。
植物基因组中的转座子研究及其应用转座子是一个有趣而又神秘的基因组元素。
虽然它们被视为“DNA垃圾”，但它们却在進化中扮演了很重要的角色。
转座子是自适应进化的“引擎”，可以改变基因组结构、创造多种基因功能以及促进基因组重塑。
同时，他们对基因的功能输出和基因的调控也有一定的影响。
在植物学中，植物基因组中的转座子一直是一个热门的研究课题。
在这篇文章中，我们将探讨植物基因组中的转座子研究及其应用。
一、什么是转座子？转座子是指一类可以在基因组中“跳跃” 的DNA序列。
与传统的基因不同，转座子不具有明确功能，不能编码或调控蛋白质的合成，也不能直接影响细胞的代谢过程。
然而，它们能够通过裂解、复制和负责他的转移，实现在基因组内的位置乱跳，并插入到新的基因组位点上。
这种行为对于染色体的稳定性和连续性产生很大的影响，也能够在基因组重塑时起到很重要的作用。
转座子由于其具有特殊的靶向和剪切机制，所以是几亿年来基因组重构的主要参与者之一。
与此同时，它们也是基因组进化的核心因素之一，促进了基因的适应性变化、灵活性增强和多样性生成。
因此，转座子一直都是基因组学和机理生物学领域的一个重要研究对象。
二、植物基因组中的转座子在植物的基因组中，转座子构成了大约50%的重复序列。
这些转座子的类型也非常繁多，可以分为四大类，分别是选择性反转录转座子（SINEs）、长转座子（LINEs）、短转座子（SINEs）和简单的转座子（Simple Transposons，STs）。
其中，SINEs和LINEs是两种较为常见的转座子，分别占据了基因组中35%和20%的比例。
SINEs由一个短的一级结构单元（core region）和一个可变长度的非一级结构单元（variable region）组成。
它们的由逆转录酶（reverse transcriptase）驱动插入到基因组内。
与SINEs不同，LINEs是一种长序列，长度一般从1kb到6kb不等。
植物功能基因组的主要研究方法及其应用作者：王丹杨宇来源：《现代农业科技》2009年第01期摘要概述了植物基因功能的主要研究方法，并论述了主要技术如cDNA微阵列与基因芯片技术、反向遗传学技术、表达序列标签(EST)、蛋白质组学、生物信息学等及其应用。
关键词植物功能基因组；方法；应用中图分类号Q943文献标识码B文章编号 1007-5739(2009)01-0277-02基因组学(genomics)指对所有基因进行基因组作图、核苷酸序列分析、基因定位和基因功能分析的一门科学[1，2]。
许多生物全基因组的破译，使基因组学的研究有了一次质的突破：从结构基因组学开始过渡到功能基因组学。
结构基因组学(structural genomics)是通过基因作图、核苷酸序列分析以确定基因组成、基因定位的一门科学。
功能基因组学(functional genomics)代表基因组分析的新阶段，被称为后基因组学(post genomics)，旨在利用结构基因组学丰富的信息资源，应用高通量、大规模的实验分析方法，结合统计和计算机分析来研究基因的表达、调控与功能，基因间、基因与蛋白质、蛋白质与底物、蛋白质与蛋白质之间的相互作用以及生物的生长、发育等规律[3]。
传统的遗传学的方法已不能适应现在基因组学的发展，cDNA微阵列(cDNA micro-array)和基因芯片(gene chip)法、反向遗传学、表达序列标签(expressed sequence Tag，EST)、蛋白质组学、生物信息学等方法相继诞生，为基因组学的研究奠定了坚实的基础。
1cDNA微阵列与基因芯片法cDNA微阵列和基因芯片都是基于Reverse Northern杂交以检测基因表达差异的技术。
二者的基本原理是利用光导化学合成、照相平板印刷以及固相表面化学合成等技术，在固相支持物上固定成千上万个cDNA、EST或基因特异的寡核苷酸探针，并与放射性同位素或荧光标记的靶DNA进行杂交，然后用相应的检测系统进行检测，根据杂交信号强弱及探针的位置和序列，即可确定靶DNA的表达情况以及突变和多态性的存在。
该技术优点在于可以同时对大量基因，甚至整个基因组基因的表达差异进行对比分析。
1.1基因表达水平的检测及表达图谱的构建基因芯片技术可以清楚地直接快速定量检测出细胞内几个拷贝到几个数量级拷贝的转录产物，而且还可以检测出外界因素诱导下基因表达水平变化[4]。
由于微阵列技术可以同时在同一水平下大规模地、定量地检测，因而可以检测出目的基因在不同器官中的表达差异，也能检测出同一器官在不同时期的表达差异，并在此基础上绘制相关的表达图谱，以找出基因型和表现型之间的关系，有助于全面了解基因的表达状况[5]。
1.2功能相关基因的检测及新基因的发现通过对受检样品表达图谱的成对比较，可以建立性状与基因的可能联系，鉴别目标性状基因；也可识别特定生理或代谢途径中相互作用的相关基因群。
构建cDNA文库，对野生型和突变体的植株进行杂交筛选，发现其差异表达序列后，从文库中找出相应的克隆，以判断它是否是新的基因[6]。
1.3转基因的检测采用基因芯片技术对转基因作物中常见的启动子、终止子和选择标记基因等多个外源基因进行检测，可以建立快速、准确的转基因作物筛选鉴定技术，可实现对DNA的准确、快速、大信息量的检测。
2反向遗传学(reverse genetics)传统的遗传学或称为正向遗传学(forward genetics)主要研究自发或诱变突变体中某一突变性状的遗传行为。
而反向遗传学(reverse genetics)是相对正向遗传学而言的，是在基因功能序列已知的基础上分析研究基因功能，一般通过创造功能丧失突变体来研究突变所造成的表型效应，并推测在生物体内基因的作用。
2.1基因陷阱(Gene trap)基因陷阱是新近发展起来的一种反向遗传学方法，它主要依靠报道基因的随机插入来产生融合转录物或融合蛋白，通过检测报道基因而推知基因及其功能。
目前已发展了3种不同的陷阱系统，即增强子陷阱、启动子陷阱和基因陷阱。
它们之间最大的不同体现在报道基因重组体的组成和所插入基因组的位置上。
基因陷阱的优势在于它只在表达水平上定位基因，细胞基因本身的转录和表达不受影响，所以可检测功能上多余的基因，也可检测在基因表达多个水平上都有作用的基因，或低水平表达的重要基因，而以前的功能基因组学的方法对这些基因都是无法确定的。
2.2TILLING技术TILLING(Targeting Induced Local Lesions In Genomes)即定向诱变基因组局部突变技术，其基本原理是：诱变实验对象并提取DNA，把多个待测样品的DNA混合在一起进行PCR，通过变性和复性过程得到异源双链。
如果样品发生突变，那么形成的异源双链中必定含有错配碱基。
利用特异性的内切核酸酶识别携带了错配碱基的异源双链，并在错配处切开双链，最后进行电泳检测试验结果。
TILLING作为一种全新的反向遗传学研究方法已经用于多种植物及作物中，如拟南芥、玉米、水稻等。
以美国为首的北美实验室借助TILLING技术，联合启动了拟南芥菜TILLING项目，直接推动了拟南芥功能基因组学项目的建立。
该项目在立项的第1年就为拟南芥研究者们提供了超过100个基因上的1 000多个突变位点。
随着各种生物基因组计划的深入研究，相信TILLING技术将会得到更加广泛的应用。
2.3RNA干涉技术(RNAi)RNA干涉是指细胞内的RNAi被内、外源双链RNA(dsRNA)激活，高度特异地抑制同源基因表达的现象，是真菌、动物、植物等大多数真核生物中普遍存在的一种防御反应。
RNAi 已成功地应用于单个基因和基因家族中的多个成员的沉默，植物中运用转基因所形成的RNAi 可以遗传到下一代，产生基因表达效应较低的转基因植物，导致植物表现出相应的缺失表型。
因此，RNAi技术具有高度的序列专一性和有效的干扰活力，可以特异地使特定基因沉默，获得功能丧失或降低的突变体，已成为功能基因组学的一种强有力的研究工具。
3表达序列标签(EST)表达序列标签(EST)是指从不同组织来源的cDNA文库中随机挑取克隆，对其进行大规模测序所获得的部分cDNA的5′或３′ 序列，一个EST对应于某一种mRNA的cDNA克隆的一段序列，长度一般为300～500bp。
近幾年来，EST已经成为分离与克隆新基因及基因功能研究的一个行之有效的手段。
然而只有少数模式植物测定了基因组序列，在大基因组的植物无法进行全序列测定的情况下，EST已经成为一种进行基因序列比较，发现和鉴定表达基因的最快的途径[7]。
由于EST代表着一段表达的基因序列，可与公共数据库中的基因进行“电子杂交”(electric hybridization)，进而可以从理论上推测其所代表的基因的功能，因此可部分替代基因组成为科学研究的资源或作为全基因组研究的补充[8，9]。
功能基因在进化过程中具有保守性，根据序列同源性可由数据库中大量已知EST的功能来推测未知EST的功能。
4蛋白质组学(Proteomics)蛋白质组学表示基因组编码的蛋白质的全部集合。
基因表达的产物是蛋白质，但基因和蛋白质之间也不是一一对应的关系，蛋白质翻译后还要经过修飾、加工、细胞定位或与其他蛋白质相互作用才具有生物功能，因而随着后基因组学时代的到来，对蛋白质功能的研究必将会从对特定蛋白质的研究上升到对生物体全部蛋白质的表达模式及功能模式的研究，即蛋白质组学的研究。
近几年来，蛋白质芯片技术(protein chip)的出现给蛋白质组学研究带来了新思路。
这种技术在体外条件下进行操作，并直接检测目标蛋白质，不需要酵母作为中介，突破了酵母双杂交系统技术的局限性，因此必将成为全新的研究蛋白质相互作用的理想工具。
5展望综上所述，植物功能基因组学已经取得了一定进展，上述研究方法也只是功能基因组学研究中的一部分，各种方法都各有侧重点也有各自的优缺点，可以相互辅助。
基因组研究的深入和国际合作的加强，现有的研究手段将会不断完善和加强，也将会不断研发出新的研究技术，数据库系统也将会更趋丰富和共享度会更高，最终研究清楚植物基因组的结构及功能。
目前利用功能基因组学的方法进行植物体发育过程中基因功能的研究，植物体内致病基因和程序性死亡有关基因的研究等还很少，这也为植物功能基因组的研究提供了更为广阔的应用空间。
相信植物功能基因组研究方法的应用将会大大促进疾病治疗的研究，植物抗病毒研究的发展，也相信植物功能基因组研究方法在各研究领域的广泛应用将为其转化成生产力打下坚实的基础，为农业发展做出更大的贡献。
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