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植物基因组测序及功能解析技术研究及其在育种中的应用随着高通量测序技术的飞速发展，植物基因组测序技术已经成为了近年来广泛关注的研究领域之一。
通过测序和功能解析技术，可以更加深入地了解植物基因组的构成和功能，为探索植物优良性状的遗传机制提供了重要手段。
在植物育种中，这些技术的应用也越来越广泛，为加速植物品种改良提供了有力支撑。
一、植物基因组测序技术的发展和应用1.1 随着高通量测序技术的发展，植物基因组测序技术的效率和精度得到了大幅提升。
现在已经可以对多种植物进行全基因组测序，得到了高质量的基因组序列。
1.2 植物基因组测序技术已经广泛应用于遗传变异分析、基因功能解析、基因家族研究等领域。
这些应用不仅可以帮助我们了解植物基因组的构成和特征，也可以为人们深入探索植物生长发育、适应环境等问题提供依据。
二、植物基因功能解析技术的发展和应用2.1 随着功能基因组学技术的不断发展，越来越多的植物基因的功能得以被解析。
这些功能关联到植物的多种性状，如花期、产量、品质等，使得我们可以通过调节特定的基因来改良植物的性状。
2.2 CRISPR/Cas9、siRNA和miRNA是当前常用的三种植物基因编辑技术，可以实现对目标基因的精准编辑、调节或剪切，为研究基因功能和领域应用提供广阔的前景。
三、植物基因功能解析技术在植物育种中的应用3.1 植物基因功能解析技术可以帮助人们了解植物性状的遗传起源和形成机制。
例如，通过分析植物基因组中的产量相关基因，可以为育种工作提供依据。
3.2 利用技术手段对植物基因进行编辑，可以通过调节特定的基因来改良植物品种的质量、抗病能力、产量等性状。
CRISPR/Cas9技术已经广泛应用于多种植物品种的育种工作中。
3.3 除了直接编辑基因外，植物基因功能解析技术还可以利用组学技术、转录组学技术、代谢组学技术等手段分析生长发育过程中的转录水平、代谢途径、信号通路等关键因素，为育种提供更广阔的应用前景。
植物基因组学中的基因功能研究植物基因组学是一门关于植物基因组结构、组成和功能的学科，它的发展不仅为植物遗传学、生理学、生态学等领域提供了新的研究思路和方法，也为人们了解植物基因的功能及其调控机制提供了重要的途径。
而其中的一个重要研究方向便是基因功能研究。
基因是指植物细胞中能够编码蛋白质或RNA分子的DNA序列，是植物生命活动的基础单元。
在植物基因组学中，基因功能研究就是研究这些基因如何协同工作，调控植物的生长发育、适应环境、抵御病害等生物学过程的。
其研究方法主要有靶向基因编辑技术、基因表达谱分析、蛋白质组学等。
靶向基因编辑技术是目前植物基因功能研究中最受关注的技术之一。
它能够通过人工设计并导入DNA序列，精准地对植物基因组进行修改，进而验证基因的生物学功能和调控机制。
其原理是通过RNA导向的核酸水平控制技术(CRISPR-Cas)实现。
例如，科学家们可以利用CRISPR-Cas技术针对植物中的一些关键基因进行剔除或修饰，以此来研究基因的功能和作用途径。
除了基因编辑技术外，基因表达谱分析也是植物基因功能研究中的关键技术之一。
由于基因表达是蛋白质合成的前提和基础，因此运用基因表达谱分析技术来探究不同环境下植物基因的表达模式，可以为探究基因调控机制、寻找植物分子标记和激素生物合成提供帮助。
同时，在植物对外在环境的响应中，这一技术也被广泛使用。
比如，科学家们可以利用基因表达谱分析技术研究植物在缺水和寒冷等环境中的应答机制，为实现植物的高效生长提供参考依据。
除了上述两种技术之外，还有一种重要技术是蛋白质组学。
其原理是通过分离、纯化、鉴定和定量植物中的蛋白质，并研究蛋白质的功能、特性和相互作用，来探究植物生产中的蛋白质互作网络及调控机制，进而研究复杂的生命过程。
近年来，随着蛋白质组学技术的逐步完善，其在植物基因功能研究中的应用也越来越广泛。
例如，在研究植物对特定病原体的抗性机制时，科学家们可以通过利用蛋白质组学技术来鉴定并研究植物中参与抗菌的蛋白质，进而为植物抗病育种提供技术支持。
植物功能基因组学的研究现状随着基因组学和转录组学技术的不断发展与进步，植物学研究正不断进入一个新的时代。
植物功能基因组学作为植物学研究中的一个重要方面，在研究植物基因功能与调控机制、挖掘特异的基因与代谢途径等方面发挥着越来越重要的作用。
一、植物功能基因组学的基本概念植物功能基因组学是在植物物种的基因组水平、转录水平以及蛋白质互作网络水平上进行的全面系统分析。
通过研究不同植物基因组的序列、结构、功能、表达及调控机制，探究植物基因、基因组及其相互作用的结构和功能，以及它们参与生长发育、逆境响应等生命活动的机制，是植物学研究的一个重要分支。
二、植物功能基因组学的研究方法随着基因组学、转录组学技术的发展，植物功能基因组学的研究方法也不断丰富和完善。
目前，主要的研究方法有基因组测序、转录组测序和代表基因表达分析等。
1. 基因组测序基因组测序是整个功能基因组学研究的基础。
通过对植物基因组序列的分析，可以探究植物基因组的结构、功能和演化。
与此同时，植物基因组的比较和进化分析也是当前研究的重点。
比如，研究植物基因组的大小、纯合性、基因家族、可变序列、卫星DNA等。
2. 转录组测序转录组测序是研究植物基因表达的有效手段，可以帮助研究人员快速全面地了解植物基因表达的特征和规律。
通过转录组测序，可以探究植物基因组中高度表达和特异性表达的基因功能。
此外，还可以研究基因的转录本、可变剪接、信号通路、调控因子作用等。
3. 代表基因表达分析对于重要基因和代表性基因进行表达分析，可以帮助研究者快速筛选出更加关键的基因调控因子。
此外，研究特定基因的表达，也可以揭示植物逆境响应机制和其他适应性途径。
三、植物功能基因组学的研究进展随着研究的深入，植物功能基因组学的应用范围也逐渐扩展。
以下是几个热点研究方向的探讨。
1. 植物基因组结构和功能首字母缩写词LRR-RLK(LRR-RLKs)是植物基因组和蛋白质互作背景下的新颖受体激酶。
这些关键蛋白质在植物生长与发育，病原物抵抗和逆境应答等方面扮演着非常重要的角色。
植物功能基因组研究中的基因敲除技术植物基因敲除技术是近年来植物功能基因组研究中的一项重要技术。
通过该技术可以精准地删去植物基因组中的某个基因，从而研究该基因在植物生长、发育和代谢等方面的功能。
下面我们将详细介绍植物基因敲除技术的原理和应用。
一、植物基因敲除技术的原理植物基因敲除技术是通过基因编辑技术实现的。
目前主要有CRISPR/Cas9和TALEN两种技术用于植物基因编辑。
这两种技术都是利用人工合成的核酸序列，精准地识别和切割目标基因的DNA 序列，从而实现基因敲除。
先来介绍一下CRISPR/Cas9技术。
CRISPR是一种天然存在于细菌中的免疫系统。
通过CRISPR系统，细菌可以识别并摧毁侵入其体内的病毒DNA。
科学家们发现，CRISPR系统中有一种酶叫做Cas9，可以切割DNA序列。
利用人工合成的RNA序列，可以将Cas9定位到需要切割的基因上，并切割掉该基因。
这样就实现了精准的基因敲除。
TALEN技术原理类似于CRISPR/Cas9，也是通过人工合成的核酸序列，精准地识别和切割目标基因的DNA序列。
TALEN技术主要是利用一种叫做TALEN（转录激活样核酸酶）的酶来实现基因敲除。
二、植物基因敲除技术的应用植物基因敲除技术已经成为植物功能基因组研究中的一项重要技术。
它可以用于研究植物生长、发育和代谢等方面的功能。
以下是该技术的一些具体应用：1.研究基因功能植物基因敲除技术可以用于研究基因在植物生长、发育和代谢等方面的功能。
通过敲除某个基因，可以观察其对植物生长、发育和代谢等方面的影响。
这种方法可以帮助科学家们更好地了解植物基因的功能。
2.筛选基因植物基因敲除技术可以用于筛选植物基因。
在研究植物新陈代谢方面，需要筛选大量的植物基因，以了解这些基因在植物代谢中的作用。
植物基因敲除技术可以快速地筛选出与目标代谢过程相关的基因，从而加速研究进程。
3.改良植物品种植物基因敲除技术可以用于改良植物品种。
基因组学技术在植物研究中的应用在采取各种植物育种方法之前，对植物基因组的深入了解是至关重要的。
这正是基因组学技术发挥作用的地方。
基因组学是对生命体系中的基因组进行全面研究、分析和解释的科学技术，它已成为许多生命科学领域中重要的研究工具。
基因组学技术已经被广泛应用于植物研究领域。
它在植物研究和农业生产中的应用正在迅速发展。
基因组学技术可以帮助植物研究者了解植物基因组的复杂性和功能，提高植物生产的质量和产量，促进植物基因工程的研究进展。
首先，基因组学技术可以帮助农民和植物研究者提高植物的产量。
这可以通过对植物基因组中的关键基因进行研究和筛选来实现。
例如，研究人员可以通过分析植物基因组中的遗传信息，确定一些影响植物生长的关键基因，并使用这些关键基因来改善植物的抗性、适用性、适应性和生长速度等方面，从而提高植物的产量。
其次，基因组学技术可以帮助植物研究者更好地了解植物的遗传特质。
植物基因组的研究可以帮助研究者识别植物基因组中的有用信息，这些信息可以用来更好地理解植物基因组的结构和功能，从而更好地了解植物品种之间遗传差异的本质。
此外，基因组学技术还可以帮助植物研究者更好地了解植物胁迫承受能力的原理。
研究人员可以分析植物基因组中的基因互作关系和表达模式，以确定植物的生长和发育、代谢、胁迫反应及其机制，从而提高植物的耐性和抗性，有效应对各种环境条件下的胁迫。
总之，基因组学技术已经成为植物基因研究领域的重要工具。
借助这一先进的技术，植物研究者可以更好地理解植物基因组的结构和功能，开发新的植物品种，提高植物累计性和育种效率，最终为人类的食品生产带来更大的贡献。
植物基因组学和功能基因组学随着科技的发展和基因科学的应用，植物基因组学和功能基因组学正在成为研究植物生物学和植物生态学的重要工具。
植物基因组学和功能基因组学是研究植物基因组结构、功能和多样性的学科，旨在深入了解植物的生物学特性和生态系统功能。
一、植物基因组学植物基因组学是研究植物所有基因的结构、功能和相互关系的学科。
通过对植物基因组的测序和分析，人们可以了解植物在生物学上的特性，比如植物的基因组大小、基因数量、基因结构和基因分布。
植物基因组学的研究方法主要是通过测序技术来确定植物基因组的DNA序列，并通过计算机分析来确定每个基因的位置和特征。
通过比对已知的植物基因组序列，可以鉴定新的基因，从而了解植物在基因水平上的多样性和变异性。
植物基因组学的应用范围非常广泛，它可以用于研究植物的起源和进化、植物的适应性和环境响应、植物种间的亲缘关系、植物与其他生物的相互作用等等。
此外，植物基因组学还可以为植物育种、产业发展和环境保护等领域提供支持和指导。
二、功能基因组学功能基因组学是在基因组水平上研究基因功能的学科。
通过分析基因的表达模式、调控网络和相互作用，功能基因组学可以揭示基因之间的相互关系和细胞内转录和代谢调控的机制。
在植物学中，功能基因组学被广泛应用于揭示植物的生物学过程和生态系统功能。
在功能基因组学领域，高通量测序技术成为一种有效的研究手段。
通过对不同组织、环境和生长阶段的植物进行基因表达谱测定，可以鉴定出与特定生物学过程相关的基因，进而研究这些基因在转录调控和信号通路中的作用。
功能基因组学可以用于研究植物的生长发育、适应性和环境响应、植物的代谢途径和产物合成、植物的相互关系和群落生态学等等。
此外，功能基因组学还可以为植物育种、生物能源和环境保护等领域提供支持和指导。
三、两者之间的联系植物基因组学和功能基因组学是两个彼此紧密联系的学科，二者之间相互促进、相互支持。
首先，植物基因组学为功能基因组学提供了重要的基础，只有了解植物的基本遗传信息，才能深入研究植物基因表达、代谢调控和功能发育等方面的生物学过程。
植物基因组学研究植物基因组和基因组学知识植物基因组学是研究植物基因组结构、功能和演化的学科。
它通过应用基因组学技术和分子遗传学方法，揭示并解析植物基因组中的基因组成以及基因之间的相互作用关系，从而深入了解植物的发育、适应性和进化机制。
本文将介绍植物基因组学的基本概念、重要技术和研究进展。
一、植物基因组学的基本概念植物基因组学是研究植物遗传信息在基因组层面上的表达和功能的学科。
植物基因组由DNA构成，包含了植物个体的全部遗传信息。
通过深入了解基因组的结构、功能和演化过程，可以揭示植物的形态特征形成和发展，以及对环境变化的适应过程。
二、植物基因组学的重要技术1. 基因组测序技术：基因组测序是植物基因组学研究的重要手段之一。
随着新一代测序技术的不断发展，如高通量测序和单分子测序等，揭示植物基因组的序列信息变得更加高效和准确。
2. 基因组比较分析：基因组比较分析是通过比较不同物种或个体间的基因组序列，发现其间的差异和相似性，从而推断出植物基因的功能和进化过程。
3. 转录组学研究：转录组学是通过测定植物基因组中的RNA转录产物，了解基因在不同发育阶段和环境条件下的表达差异。
这种技术能够揭示植物基因的功能和调控机制。
4. 蛋白质组学研究：蛋白质组学是研究植物基因组中编码的蛋白质在不同生理状态下的表达和功能的研究领域。
通过分析植物蛋白质组的变化，可以了解植物对于外界环境的适应性和应答机制。
三、植物基因组学的研究进展植物基因组学的研究已经取得了重要的突破和进展。
例如，通过对拟南芥的基因组测序和比较分析，揭示了拟南芥基因组中的基因家族、染色体结构和基因间的功能关联。
另外，植物基因组学研究还推动了粮食作物和果树的基因组测序和分析，为提高作物的产量和品质提供了重要的基础。
此外，植物基因组学还涉及到基因工程技术的应用。
通过基因编辑和转基因技术，可以改良植物的性状，提高植物的抗病性和抗逆性，以及增加植物的产量和品质。
总结：植物基因组学的研究对于理解植物的形态特征、发展规律和适应机制非常重要。
植物学中的基因组学研究及其应用植物学是生物学的一个重要分支，研究的对象是植物的解剖、形态、生理、生态等方面。
而基因组学则是近年来兴起的一个新兴学科，它研究的是DNA序列，可以更好地了解生命的基础。
如果将二者结合起来，就能够更深入地了解植物的基本特征，从而为以后的培育、种植及食品安全等领域提供更加准确的科学依据。
一、基因组学的基本概念基因组学是指对生物体所有基因组的信息进行记录、研究和分析，以期了解生物基因组的基本特征和生物物种的演化规律。
生物的基因组是指由DNA序列组成的整个基因集合，其中包括编码区、非编码区和控制区。
通过基因组学研究，可以详细了解基因的组成、结构和功能，分析基因和DNA序列之间的关系，以及探索基因活动及其调控机制等。
二、植物基因组的研究随着基因组技术的发展，植物基因组的研究也日渐深入。
通过基因组学手段，可以对植物的遗传属性、演化规律、适应性等进行研究。
同时，基因组学还为植物学提供了新的研究手段和范式，极大地促进了植物学的发展。
先进的基因组测序技术，使植物的基因组测序时间缩短至几天，费用也大大降低，这进一步促进了植物基因组学的发展。
现在，人们已经能够对植物基因组进行系统、深入的研究，为植物育种和生产提供了更大的科学基础。
三、植物基因组学的应用由于植物基因组学的研究，可以为植物栽培、繁殖、种植和生产等领域提供更加敏锐的科学依据。
它可以用来解决传统植物育种中困难的问题，如性状复杂、品种组合较多、遗传过程耗时等问题。
特别是，它还可以为目前面临的食品安全带来更多的确切证据和依据，保障人们食品的品质和安全。
例如，在现代种植业中，可以通过研究植物基因组来改善作物的品质。
比如，一些改良品种需要提高产量，可以通过基因组学研究挖掘作物潜在的产量相关基因，加速单一品种的产量提高，从而提高整个种植业的综合效益。
同时，基因组学还可以帮助特定品种生长在多样的极端环境条件下，因为对于环境适应的植物基因可能相对稳定，这也使得基因组学在环境适应性研究和繁殖中起着重要作用。
植物功能基因组学的研究进展及应用前景随着生物技术的不断发展，植物基因组学逐渐成为了生物学研究的热门领域之一。
而其中，植物功能基因组学的研究内容和研究方法也在不断地更新和进化。
功能基因组学可以帮助我们更好地理解基因的功能，预测基因在其所处生境中的生物学性状，更深入地探索物种的生命本质。
本文将探讨植物功能基因组学的研究进展及其应用前景。
一、植物功能基因组学的研究内容植物功能基因组学，是通过基因组信息来研究植物的功能和调控机制。
早期研究人员主要使用基因芯片技术，但近年来，全基因组测序技术和交互组学、系统生物学等方法的不断发展，使得功能基因组学的研究从单个基因转化为了更高层次的研究。
近年来，研究人员在功能基因组学方面的研究中借助了许多工具和平台，从而推进了研究进程，比如Gene Ontology (GO)，KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) ，TAIR（The Arabidopsis Information Resource）等等。
这些工具和平台可以帮助研究人员理解基因在代谢途径、信号转导和生物特性调控方面的功能。
二、植物功能基因组学的研究进展随着全基因组测序技术和高通量测序技术的不断发展，植物功能基因组学也在不断进步。
经过多年细致的研究，许多植物物种的基因组已经测序完成，如拟南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)、红豆杉(Taxus chinensis)等。
这些研究成果为各领域的研究人员提供了更为丰富、详细的基因组信息，推动了研究的深入探究。
同时，代谢组学和蛋白组学的发展也为植物功能基因组学的研究提供了新的思路。
这些技术使得研究人员能够更加全面地评估植物基因组中的功能。
例如，基于蛋白质测序技术，研究人员可以鉴定出植物基因组中的特定蛋白质，并研究它们在不同条件下的表达模式及其功能；同时，通过代谢组学技术，可以定量分析植物细胞中的代谢产物变化，推断相关代谢通路的调控机制。
植物基因组学研究植物基因组的组成和功能植物基因组学是研究植物基因组的组成和功能的学科。
通过对植物基因组的深入了解，我们可以揭示植物的进化历程、适应环境的机制以及其背后的遗传调控网络。
同时，植物基因组学的研究也为植物育种和遗传改良提供了重要的理论基础。
一、植物基因组的组成植物基因组通常由核基因组和质体基因组组成。
核基因组是位于细胞核内的DNA分子，而质体基因组则存在于植物细胞质体中。
植物的核基因组是双倍体的，即含有两套染色体。
这些染色体上携带着编码功能的基因，这些基因控制着植物的形态、生理和生化特性。
植物基因组的大小和复杂性因植物的种类而异。
一些简单的植物如拟南芥的基因组非常小，而一些复杂的植物如水稻和小麦的基因组则非常大。
不同植物的基因组大小差异主要是由基因数量和基因间的重复序列所致。
二、植物基因组的功能植物基因组内的基因负责编码蛋白质，并通过蛋白质的功能实现植物的各种生命活动。
植物基因组的功能研究主要集中在以下几个方面：1. 基因表达调控：研究基因在时空上的表达模式以及其受调控的机制。
这些研究有助于揭示植物发育、代谢、响应逆境等过程中基因表达的特点和调控机制。
2. 基因家族和基因组重复：探讨植物基因组中基因家族和基因组重复的形成机制以及其对植物进化和功能的影响。
基因家族和基因组重复是植物基因组中的重要组成部分，它们对植物的生物学多样性和适应性起着重要作用。
3. 基因功能研究：通过基因敲除、基因过表达等技术手段，对植物基因进行功能验证。
这些研究有助于识别和理解基因功能，为植物育种和遗传改良提供理论指导。
4. 基因组进化：通过比较不同植物基因组的相似性和差异性，研究植物基因组的进化历程和机制。
这些研究对解析植物物种间的亲缘关系和演化过程具有重要意义。
三、植物基因组学的意义和应用植物基因组学的研究对于理解植物的生命过程和改良植物具有重要意义。
具体而言，它在以下几个方面起到了关键作用：1. 育种与遗传改良：通过研究植物基因组，可以为植物育种和遗传改良提供理论依据。
植物功能基因组学研究技术的发展摘要：随着植物基因组学的发展，植物研究的热点转向了功能基因组学。
如何确定大量的基因序列的功能，并进而了解基因与基因之间通过其代谢产物而形成的控制生物体代谢和发育的调控网络是功能基因组学研究的核心问题。
在植物功能基因组学研究中，多摒弃原来传统的技术而采用新发展的方法，既省力又节源的研究基因的功能。
关键词：功能基因组学；表达序列标签技术；代谢组学；RNA干扰二十一世纪以来，基因组学在各种模式生物基因组测序的完成的基础上发展迅速。
基因组学已经产生很多个分支，比如结构基因组学，功能基因组学，比较基因组学等。
其中，结构基因组学是基因组学发展的初级阶段，以建立生物的高分辨率遗传图和物理图为主。
功能基因组学则代表基因组学发展的新阶段，是利用结构基因组学所提供的信息，发展和应用新的研究方法，从单一基因或蛋白质的研究转向多基因和多蛋白质的综合研究的一门学科，又被称为“后基因组学”。
植物功能基因组学是植物后基因时代研究的核心内容，它强调发展和应用整体的实验方法分析基因组序列信息、阐明基因功能，其特点是采用高通量的实验方法结合大规模的数据统计计算方法进行研究。
在植物功能基因组学的研究中，拟南芥和水稻是两种最常用的模式生物，近年来小麦的功能基因组学研究也在进行，主要集中于基因组中转录表达的部分。
1 植物功能基因组学中的分子标记如何快速高效的从基因组中获取生物信息，是一个急迫并且有挑战性的课题。
然而，表达序列标签（Express Sequence Tags，EST）的出现成为结构基因组学和功能基因组学连接重要依据。
EST是从cDNA序列中获得的有特异性特征，能特指某个基因，它的发展成为功能基因组学发展的基础，Genbank中积累的大量EST序列不仅为新基因的发现提供帮助，而且为开发基于PCR的各种分子标记提供资源，如EST-SSR，CAPS，SNP，SRAP和TRAP等。
截止2000年数据库dbEST中的主要信息统计如表1所示。
表1 公共数据库dbEST中植物方面的EST主要信息（截止2000年）1.1 EST-SSR（simple sequence repeat，简单序列重复）标记SSR标记又称为微卫星标记，是1-6个核苷酸序列的简单重复，广泛存在于真核生物中。
随着功能基因组学的发展，公共数据库中大量的EST序列为SSR的开发提供了巨大的支持。
首先，避免了传统SSR标记开发所需要的构建基因组文库的繁琐步骤，并且从EST中挖掘出的SSR只是附属物，节省了大量的人力物力。
其次，EST-SSR标记具有天然与功能基因表达相关的重要作用，且这种联系具有普遍性，因此利用这种标记做遗传图更快捷更准确。
1.2 CAPS（cleaved amplified polymorphism sequences，酶切扩增多态性序列）标记酶切扩增多态性序列又称为PCR-RELP，它是根据EST或是已经发表的基因序列等设计特异性引物，将特异PCR与限制性酶切性相结合而检测多态性的一种技术。
与传统RFLP技术一样，CAPS技术检测的多样性也是酶切片段大小的差异，结果较为稳定可靠，且表现共显性。
与以杂交为基础的RFLP相比，它具有如下优点：（1）引物与限制酶组合非常多，增加了揭示多态性的机会，而且操作简便，可用琼脂糖凝胶电泳分析；（2）在真核生物中，CAPS标记呈共显性，可以区分纯合基因型和杂合基因型；（3）所需用的DNA量少；（4）结果稳定可靠，且操作快捷自动化程度高。
1.3 SNP（single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性）标记单核苷酸多态性是指染色体基因组水平上某个特定位置单碱基的置换或插入缺失引起的DNA序列多态性。
其中置换是最常见的类型。
SNP被认为是继RFLP和SSR之后出现的第三代分子标记。
它的发现途径有两种：一是对同源DNA片段测序或直接利用现有的基因与EST序列，通过序列比对，获取多态性的位点。
通过特异PCR扩增和酶切相结合的方法进行检测；二是由于SNP通常变现为二等位多态性，也可以直接应用高通量快速的DNA微阵列、DNA芯片技术等高新技术来发现与检测生物基因组或基因之间的差异。
1.4 SRAP （sequence-related amplified polymorphism，相关序列扩增多态性）标记相关序列扩增多态性是一种新型的基于PCR的标记系统，又称为基于序列扩增多态性（sequence-based amplified polymorphism，SBAP）。
引物设计是SRAP分析的核心。
它共有两套引物为正向引物和反向引物。
正向引物中使用CCGG序列，其目的是使之特异结合ORF中的外显子，反向引物中使用AATT序列，以特异性结合富含AT区，这样就使得有可能扩增出基于内含子与外显子的SRAP多态性标记。
1.5 TRAP （target region amplified polymorphism，靶位区域扩增多态性）标记靶位区域扩增多态性也是一种新型的基于PCR的分子标记。
TRAP标记技术是基于SRAP发展而来的，但与SRAP、RAPD和RFLP等标记技术无需任何序列信息即可直接PCR扩增不同，它是基于已知的cDNA或EST序列信息的。
TRAP是使用长度为16-20核苷酸的固定引物和任意引物，固定引物以公共数据库中的靶EST序列设计而来，任意引物与SRAP所用一样，为一段富含AT或GC为核心，可与内含子或外显子区配对的随机序列。
2 正向和反向遗传学方法在功能基因组学中的应用2.1 建立突变体库的研究方法基因功能分析的传统并且有效的方法之一就是利用突变体。
传统的物理化学诱变来产生突变体的方法效果差且浪费资源，现在有另一种方法就是利用插入突变，即利用转座子（主要是玉米的Ac/Ds,En/Spm或Mu 转座子）或根癌农杆菌的T-DNA随机插入染色体，以获得失去功能的突变体。
由于插入序列是已知的，我们可以用各种克隆或PCR技术鉴定基因。
目前已经在例如拟南芥、牵牛花、金鱼草、番茄、水稻中获得了一些插入突变体。
2.2 反向遗传学方法应用虽然说研究基因功能最直接的方法是在获得失去功能的基因突变体后研究该突变体的表型，但是，在植物中利用同源重组方法很有难度，不利进行。
所以我们必须另避蹊径。
在得到插入突变体后，可以用寡核苷酸引物做PCR来检测插入突变，在群体中大规模筛选突变体株系。
通过DNA-RNA杂种可能产生点突变，通过把终止密码子引入重复基因的保守区域，可能产生多基因家族的若干个无义突变。
嵌合寡核苷酸技术可能是定点突变的有效方法之一，嵌合寡核苷酸的一条链含有与目标基因互补的5个内部核苷酸（仅为了使突变的碱基不配对），引入单碱基突变的基础是DNA修复酶识别不配对的碱基与否。
3 植物代谢组学是功能基因组研究的重要内容我们知道代谢组的成分中代谢产物是基因表达的终产物，代谢组是一个细胞或组织的生物化学表现型，代谢产物的水平是由代谢途径中所涉及的所有酶的活性以及作用于这些酶的效应物所决定的。
所以从理论上来说，代谢组学分析所提供的信息更直接的揭示基因和表现型之间的关系，达到检测和推断基因功能的目的。
对于转基因生物和敲除突变体来说，代谢组分析意义重大。
因为转基因生物和突变体往往没有明显的表型变化，比如拟南芥中就含有90%的沉默突变。
人们很难通过表现型的变化来确定有关基因的功能。
然而，转基因生物和敲除突变体中某些代谢产物的产量和组成却会发生改变，通过代谢产物水平的变化分析，就可以把它们和野生型区分开来。
所以除了从mRNA和蛋白质水平外，从代谢组学分析中也能研究功能基因组学。
图1 大规模代谢组学分析的流程4 RNA干扰和植物功能基因组学人们发现在生物体内普遍存在一种保守的基因转录后沉默机制（post-transcriptional gene silencing，PTGS）。
这种PTGS可以由外源或内源的双链RNA降解为21-25个碱基的干扰性RNA（即small stranded RNA，siRNA），从而引发生物体细胞内同源mRNA的特异性降解，这种机制叫做RNA干扰。
利用这种干扰机制发展起来的技术则成为RNAi技术。
流程图如下。
图2 RNA干扰的机制流程图RNA干扰现象现在广泛应用于抑制真核生物的一些基因的表达，从而为解析基因的功能开辟了新的途径。
与反义RNA表达技术和基因敲除技术相比较，RNAi技术具有明显的优点：能够强有力地抑制序列特异性的目的基因的表达，抑制率很高，操作简便迅速，耗费的精力和财力较小。
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