不同外显子突变的疗效分析
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全外显子基因检测报告解读全外显子基因检测是一种最新的基因检测技术,它可以检测出所有外显子(编码蛋白质的区域)的突变情况,从而为疾病的诊断、治疗及防止健康问题提供重要的信息。
以下是一份全外显子基因检测报告的详细解读。
一、基本信息报告的第一页通常会列出基本信息,包括受检者姓名、性别、年龄、样本编号、检测日期等。
另外还会有一个简要的概述,告诉你检测的目的、方法和结论。
如果报告中涉及复杂的技术术语,可以先阅读概述来了解基本情况。
二、基因突变检测结果接下来的几页将列出所有被检测的基因以及它们的突变情况。
可能会有几百个基因需要检测,因此这部分的信息通常会分成多页,并按字母顺序排列。
对于每个基因,报告将列出它的基本信息,比如基因名称、编码的蛋白质名称、突变频率等。
然后,报告将列出每个检测到的突变,并给出它们的类型、位置和临床意义。
突变信息会根据重要性排序,首先展示疾病相关的突变,然后是与药物反应和其他健康问题相关的突变。
对于每个突变,报告还会提供相关文献的参考,你可以根据这些参考了解更多关于该突变的信息。
同时,报告还将给出每个突变的相关遗传学术语的详细解释,帮助你更好地理解突变的含义。
需要注意的是,突变不一定等同于疾病或健康问题。
对于大部分突变,它们仅是个别变异或常见变异。
而仅有少数突变才是真正的病因。
因此,在评估突变的风险时,需要综合考虑突变的类型、位置、临床意义以及与该突变相关的其他因素。
三、全基因组分析全基因组分析通常是报告的最后一个部分。
它会列出可能和受检者背景相关的健康问题和风险。
例如,基于该受检者基因组数据的预测,可能提示有高风险的健康问题,例如糖尿病、心脏病等。
此外,还会给出一些健康建议,例如建议采取特定的饮食、运动和生活方式。
需要注意的是,全基因组分析的准确性和实用性仍需进一步研究。
目前,科学家们尚未完全了解人类全部基因对健康的影响,而全基因组分析只提供了有限的信息。
因此,报告中的这部分内容应被视为参考,其结果和建议应和受检者的医生共同讨论和制定治疗计划。
LOU W,CHEN Y,ZHU KY,et al. PoOyhyl/n I overcomes EMT [J]. MoVern Occology ,2619,27 (3) :427 - 427.[15]王川丽,王俊峰.UCH37与非小细胞肺癌患者预后的相关性 研究[J ]中国现代医学杂志,4919,49(3) :53 -37.WANG CL,WANG JO. Correlation between UCH37 and prognosis in patien-s with non - smal l - cell luug ca/inoma syndrome [ J ]. Chineso Journal of MoUem Medicine ,2719,29 (5) :53 - 39.[14]-associated resistance to erlotinib in luug cancer cells via IL - 6/STAT3 yathway indibitiov [ J ]. Biol Pharn Bull, 2717,47 ( 3 ): 1326-13132[15] SIL,TIAN H , YUE W,et al. Potential use of microRNA -266c asa prognostie marker in non - smal l cell lung cancer [ J ]. OncolLett,2917,12(4) :4325 -4337.[J6] LEDUC C , MERLIA JO,BESSE B,et al. Clinical and mOecuOs cha/ctePstics of con - small cell luug cacces ( NSCLC ) harPo-ring EGFR mumOon : results of the nabonwibo French Cooperative Thoracic Intergroup (IFCT ) program [ J ]. Ann Occol , 2917,23(11):4715 -4729.[17]方高洁,胡娟.肿瘤标记物CEA 、SCCA 、CYFRAO1 - 1联合NSE 检测对肺癌的诊断价值分析[J ].实用癌症杂志,2719 ,34(7) :1161 -1 173,1 175.FANG GJ,HU J. Detection value of tumor marker CEA 、SCCA 、 CYFRA41 - 1 combiced with NSE for luug cancer [J]. The Prac tical Ooxmal of Cancer,4617,54(7) :1161 -1173,1175.[18] SONG H,LIA S,ZHAO Z , et ad 1xcreased cycles of DC/LIK im munotherapy decreases frequency of Tregs in paOen-s with resec ted NSCLC [ J]. 1ct [1111x (x )0—18—1,2717,54:197 - 274.(编校:李祥婷)5例非小细胞肺癌G715X 突变临床特征及治疗疗效房延凤、,张涛5,南岩东、,刘 伟5,张海涛2马李杰2 *,任腾5,金发光5,吴水淼5【收稿日期】2726 -17 -14【基金项目】 国家公益性行业科研专项项目(编号:271472720);唐都医院科技创新发展基金(编号:2617LCYjui7) 【作者单位】1空军军医大学第二附属医院呼吸与危重症医学科,陕西 西安7106346西部战区总医院呼吸与危重症医学科,四川成都6160334渭南市中心医院呼吸与危重症医学科,陕西渭南714/7【作者简介】 房延凤(1933 -)女,陕西延安人,博士,副主任医师,主要从事肺癌诊治研究。
外显子测序生物学重复-概述说明以及解释1.引言1.1 概述外显子测序(exome sequencing)是一种基于高通量测序技术的生物学研究方法,其目的是对生物体中的外显子区域进行快速、准确地测序和分析。
外显子是基因组中编码蛋白质的片段,它们占据了整个基因组的仅0.5至1.5的区域,但却承载着80以上的已知致病突变。
因此,外显子测序被广泛应用于寻找蛋白质编码基因的突变,以及与遗传性疾病、肿瘤和其他复杂疾病相关的致病突变的鉴定和研究。
外显子测序的基本原理是使用高通量测序技术对DNA样本进行测序,然后利用生物信息学方法将测序结果与参考基因组进行比对和分析,从而确定样本中外显子的序列和存在突变的位置。
与全基因组测序相比,外显子测序具有较低的成本和更高的效率,因为外显子相对较小且具有较高的功能重要性,可以更准确地筛选和鉴定潜在致病突变。
外显子测序在生物学研究中的应用广泛而重要。
它不仅可以用于研究人类遗传性疾病和肿瘤突变,还可应用于农业、畜牧业和其他生物领域的基因组学研究。
通过对不同个体的外显子进行测序,我们可以了解个体间的遗传差异、突变积累和遗传进化规律,为人类进化和适应性研究提供重要依据。
然而,外显子测序也面临一些挑战。
首先,由于外显子区域相对较小,它只能提供关于外显子的信息,对非编码区域的突变鉴定有限。
其次,外显子测序在处理复杂疾病和疾病相关基因组变异时可能会遇到困难,因为这些变异可能位于基因的调控区域或与功能相关的非编码RNA中。
此外,外显子测序对测序深度和准确性要求较高,因此需要高质量的测序平台和数据分析方法的支持。
总之,外显子测序作为一种高效、准确的测序技术,在生物学研究和临床诊断中发挥着重要作用。
随着技术的不断发展和应用的不断扩大,外显子测序将为我们揭示生物体的基因组变异与功能之间的关系,为疾病的早期诊断和个性化治疗提供更多可能性。
同时,对于生物学重复的研究也为我们提供了全新的视角和理解,有助于揭示生命的奥秘和进化的规律。
monthss u r v i v a l d i s t r i b u t i o n f u n c t i o n EGFR mutation median PFS (range)A763_Y764insFQEA 5.5 months (3.9-18)other exon 20 insertions 1 month (0.8-9)一个问题 为什么NCCN 指南对20外显子插入突变提示“可能预测临床对TKIs 耐药”?EGFR 20 外显子插入突变通常认为对TKI 耐药,NCCN 指南并没有给出一个完全耐药的提示。
下面两个研究会使我们对这一位点有更准确的理解。
一项来自2013年发表在《Sci Transl Med 》对肺癌中20外显子 插入突变的结构、生化和临床特征的研究。
先来看下20外显子插入在EGFR 结构上的位置,20外显子在激酶结构域上构成C-螺旋和环,即图1黄色螺旋和后面紫色环状。
再直观看下20外显子不同插入位点所处结构位置,见图1右图所示。
这些不同类型的20外显子插入位点对TKI 药物反应如何呢?研究者分析了19例不同20外显子插入类型经吉非替尼或厄罗替尼治疗的患者。
其中3例携带EGFR A763_Y764insFQEA 的患者2例部分缓解,1例稳定,见图2。
尽管患者总数少, A763_Y764insFQEA 的RR 达到了66.6% (2/3),对比其他C-螺旋上或以外的位点RR 为0%(0/16;p=0.0175),同样A763_Y764insFQEA 患者的PFS 比其他类型20外显子插入的也更长(5.5月vs 1.0月),见图3。
图2.不同20外显子插入位点患者对TKI 的疗效:黄色表示部分缓减(PR ),蓝色表示疾病稳定(SD ),红色表示疾病进展(PD ),*表示患者PD 但病灶无法测量。
右表是每一个患者对TKI 的响应情况。
图3. Kaplan-Meier PFS曲线分析。
外显子组学全文共四篇示例,供读者参考第一篇示例:外显子组学是一种基于DNA外显子序列的高通量测序技术,它可以帮助科学家查找与疾病相关的基因突变,并为个体化医学提供重要的数据支持。
外显子组学在癌症研究、临床诊断和药物研发等领域具有广阔的应用前景,是现代生物医学研究中的重要工具之一。
外显子是一个基因的功能性区域,它包含了编码蛋白质所需的信息。
与之相对应的是基因组中的全基因组序列,全基因组测序技术可以对基因组中的所有DNA序列进行测序,包括外显子和内含子(不编码蛋白质的区域)。
外显子组学则是针对外显子的测序技术,它可以更快速、更便捷地寻找基因突变与疾病之间的关联。
外显子组学的主要流程包括样本采集、DNA提取、文库构建、高通量测序、数据分析和结果解读等步骤。
研究人员需要采集病人或实验动物的组织样本,提取其中的DNA。
然后,将DNA片段通过膨胀PCR扩增,构建成文库,再通过高通量测序技术进行测序。
测序完成后,利用生物信息学分析工具对测序数据进行处理和分析,最终得出与疾病相关的基因突变信息。
外显子组学在癌症研究中有着重要的应用价值。
许多癌症是由基因突变引起的,通过外显子组学可以发现癌症相关基因的突变,为癌症的诊断和治疗提供重要依据。
临床医生可以通过外显子组学技术对癌症患者的基因进行分析,找到特定的基因突变,选择更有效的靶向药物治疗方案。
外显子组学在临床诊断中也有着广泛的应用。
通过外显子组学技术可以快速、准确地诊断遗传性疾病,如囊性纤维化、遗传性肿瘤等。
外显子组学还可以帮助医生对药物代谢相关基因进行分析,为个体化用药提供依据,避免药物不良反应。
在药物研发领域,外显子组学也起着重要作用。
通过外显子组学技术可以预测药物的疗效和不良反应,为药物的研发和临床应用提供重要信息。
制药公司可以通过外显子组学技术筛选出适合患者的靶向药物,提高药物的治疗效果和安全性。
第二篇示例:外显子组学是一种高通量测序技术,通过对外显子进行全面测序来研究基因组的变异及其与疾病之间的关联。
•临床研究•C-kk11号外显子突变的胃间质瘤的影像学表现赵明(四川省成都市第六人民医院放射科,四川成都610000)[摘要]目的探索C-kit11号外显子突变的胃间质瘤(Gastrointestinal stromal tumor,GIST))的CT表现。
方法回顾性纳入我院2014年1月至2019年12月确诊的C-kit11号外显子突变GIST患者14例$两位诊断医生阅读并记录其腹部增强CT征象$结果14例肿瘤均单发,平均大小48mm$8例病灶形状规则$7例表现为为外生型生长,5例为内生型$增强扫描分别有6例、4例和4例表现为轻度、中度和重度强化$7例肿瘤内部出现坏死$6例肿瘤内部或外周出现供血血管或引流静脉增粗$14例肿瘤均无钙化或远处转移$结论C-kit11号外显子突变GIST CT通常表现为边界清楚,形状规则的单发肿瘤,增强后轻中度强化为主$肿瘤可出现坏死或增粗的供血或引流血管征象$本研究可为临床术前评估GIST的基因突变类型提供一定$[关键词]间质瘤;胃;CT;基因突变;外显子11DOI:10.3969/j.issn.1009-5519.2020.25.041文章编号:1009-5519(2020)25-0104-03文献标识码:B胃肠道间质瘤(Gastrointestinal stromal tumor, GIST))是胃肠道最常见的间叶源性肿瘤#其好发年龄为50〜70岁,年发病率约10"20人/百万人%12&。
GIST可发生在所有消化道,其中约60%的肿瘤发生于胃3。
根治性的手术切除是GIST的首选治疗方式。
近几年来,以伊马替尼为代表的药物的应用使GIST的靶向治疗取得巨大进展,被认为是实体肿瘤靶向治疗的典范#原癌基因C-kit或血小板源性生长因子受体a的功能获得性突变是GIST发生的关键因素4#70%〜80%的GIST患者存在C-kit突变,其中最常见于第11号外显子,其次是9号外显子,发生在第13、14、17和18外显子的突变很少见GIST的基因突变类型与其预后、靶向治疗药物选择及疗效密切相关#由于C-kit基因11号外显子突变导致相应密码结构域改变对伊马替尼结合的影响很小,这一类GIST患者接受伊马替尼治疗疗效最好%7 #影像学在GIST诊断和治疗中发挥重要作用# CT扫描成像速度快、图像空间分辨率及密度分辨力高,是GIST靶向治疗疗效评价首选的成像方式本研究回顾性分析我院确诊的C-kit基因11号外显子突变GIST的CT图像,总结其CT影像表现#1资料与方法1.1一般资料回顾性纳入2014年1月至2019年12月期间在我院确诊为GIST的患者#纳入标准:病理学及基因学检测明确诊断为C-kit基因11号外显子突变者;术前在我院行腹部增强CT扫描#排除标准:术前接受过肿瘤相关治疗(如靶向治疗、手术治疗等);图像伪影重,质量不符合要求者;影像检查与手术时间间隔大于30d#1.2扫描参数患者于检查前一天清淡饮食#检查当天禁食8h#扫描前40min至1h口服温开水1000mL#CT扫描采用飞利浦256iCT扫描机#具体参数如下:管电压120kV;管电流159mAs;扫描层厚0.625mm;重建层厚2mm;螺距自动匹配,矩阵512X512#采用高压注射器注入非离子对比剂(碘海醇注射液,扬子江药业集团有限公司,300mg/mL),剂量为1.5mL/kg,注射流率为2.0"3•0mL/s#采用触发式扫描,trigger位于腹主动脉,当CT值大于100HU时触发动脉期(AP)扫描,动脉期扫描后35s 进行门静月期(PVP)扫描#1.3图像分析所有图像均传输至图像存储与传输系统,由两位腹部影像诊断医师(分别有6年和10年的工作经验)在飞利浦星云工作站采用盲片独立分析图像#阅读并记录相关的影像特征,包括:大小、边界、形状、生长方式(包括外生型、腔内型和混合型)、平扫密度、强化方式(均匀或不均匀)、强化程度、有无坏死、有无钙化、有无溃疡、有无增粗的供血或引流血管、有无远处转移、有无增大淋巴结#在平扫CT图像评估有无钙化#在门脉期图像评估肿瘤强化程度:轻度,肿瘤强化低于同层面椎旁肌肉;中度,肿瘤强化高于同层面椎旁肌肉但低于同层面正常肝实质;重度,肿瘤强化程度高于同层面正常肝实质9#当淋巴结短径大于10mm时,提示淋巴结增大#当结果不一致时讨两位医生论达成一致意见#1.4统计学处理采用SPSS20.0进行统计学分析#两位阅片者之间的一致性分析采用Kappa检验。
高频突变外显子测序发现GJA8突变所致先天性白内障的家系分析曹宗富;刘丽娟;喻浴飞;朱益华;童绎;马旭;阳菊华【摘要】目的:鉴定一个先天性白内障家系的致病基因及位点.方法:对该先天性白内障家系的先证者进行高频突变外显子直接测序,通过生物信息学分析鉴定的致病基因及位点,利用ACMG标准对突变致病性进行分级.结果:在先证者的GJA8基因上存在1个杂合变异位点,c.569A>G (p.N190S).该位点在家系中符合遗传共分离规律.结论:GJA8基因上的c.569A>G位点是引起该先天性白内障家系临床病变的可能致病位点.该突变位点是引起先天性白内障发生的致病位点为首次报道.【期刊名称】《中国计划生育学杂志》【年(卷),期】2019(027)004【总页数】4页(P518-521)【关键词】先天性白内障;突变谱;高频突变外显子;直接测序;GJA8基因【作者】曹宗富;刘丽娟;喻浴飞;朱益华;童绎;马旭;阳菊华【作者单位】国家卫生计生委科学技术研究所北京,100081;国家人类遗传资源中心;福建省福州东南眼科医院;国家卫生计生委科学技术研究所北京,100081;国家人类遗传资源中心;福建医科大学附属第一医院;福建医科大学附属第一医院;国家卫生计生委科学技术研究所北京,100081;国家人类遗传资源中心;福建医科大学医药生物工程中心【正文语种】中文先天性白内障是一组在出生或儿童早期发生的白内障[1],是一种严重的出生缺陷,是世界儿童期可治疗性致盲的首要原因[2]。
在精准医学时代,可以通过基因检测在植入前、孕期和出生后筛查先天性白内障致病突变,实现出生缺陷的三级预防和干预。
先天性白内障具有明显的遗传异质性[3]。
大量研究证实,先天性白内障致病基因包括α/β/γ晶体蛋白基因[4]、膜蛋白基因[5]、调节眼球发育的基因[6]、细胞骨架蛋白基因[7]等基因。
本研究对一个常染色体显性的先天性白内障家系的先证者,利用Sanger测序技术对先天性白内障突变热点区域进行检测,对发现的变异位点在家系中进行验证,利用美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)的解读规则对发现的变异进行致病性分级。
252例结直肠癌组织中KRAS、NRAS、 BRAF、PIK3CA的基因突变分析刘影;郑细闰;朱亚珍;何青莲;郑广娟【摘要】目的分析结直肠癌(colorectal cancer,CRC)组织中KRAS、NRAS、BRAF和PIK3CA基因的常见突变类型及其与临床病理指标的关系.方法对252例CRC石蜡包埋组织进行DNA提取,采用Sanger测序法对KRAS、NRAS、BRAF和PIK3CA基因进行检测,分析各个基因的突变率与临床病理特征的关系,并统计各个基因的突变类型.结果 252例CRC中,KRAS、BRAF、NRAS和PIK3CA突变发生率在性别、年龄、肿瘤部位、病理分期和有无淋巴结转移上差异均无统计学意义(P>0.05);检测阳性突变共140例(55.5%),其中KRAS 113例(44.8%),NRAS 1例(0.4%),BRAF 19例(7.5%),PIK3CA 28例(11.1%),包括PIK3 CA与KRAS、NRAS、BRAF基因发生双突变21例(8.3%);KRAS的主要突变类型包括G12A、G12C、G12D、G12R、G12S、G12V、G13D、T20M、A59T、Q61H、Q61L、Q61P;NRAS仅有1例突变为G12D;BRAF的主要突变类型为V600E、D594G、K601E;PIK3CA的主要突变类型包括E542K、E545K、Q546K、Q546P、Q546R、M1043I、H1047R.PIK3CA与KRAS、NRAS、BRAF之间会发生交叉突变,但KRAS、NRAS、BRAF三者之间基本不存在交叉突变.结论 CRC中KRAS阳性突变率居高,PIK3CA次之,BRAF、NRAS突变率最低,且PIK3CA常与KRAS、NRAS、BRAF发生交叉突变.对CRC患者行KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA等多基因检测,可正确指导并选择抗EGFR单抗药,从而实现真正意义上的个体化靶向治疗.【期刊名称】《临床与实验病理学杂志》【年(卷),期】2016(032)008【总页数】6页(P851-855,859)【关键词】结直肠肿瘤;Sanger测序;KRAS;PIK3CA;靶向治疗【作者】刘影;郑细闰;朱亚珍;何青莲;郑广娟【作者单位】广东省中医院病理科,广州510120;广东省中医院病理科,广州510120;广东省中医院病理科,广州510120;广东省中医院病理科,广州510120;广东省中医院病理科,广州510120【正文语种】中文【中图分类】R735.3美国最新癌症统计结果显示,结直肠癌(colorectal cancer, CRC)发病率居全球常见恶性肿瘤的第3位,病死率居第4位[1]。
人结直肠癌BRAF基因V600E突变阐述目前,临床中有超过30种BRAF突变类型,大约90%突变处在第15外显子,而V600E突变则是最为常见的一种突变。
本文将人BRAF基因V600E突变位点作为等位基因特异性扩增引物,经等位基因特异性扩增技术检测且与金标准Sanger测序法,分析其可行性。
1 资料与方法1.1 一般资料选用的人大肠癌SW480、HT29细胞均通过测序显示为BRAF野生型、携带BRAFV600E杂合突变。
80例结直肠癌标本均由医院病理科提供。
其DNA肿瘤组织切片通过镜检显示肿瘤细胞水平超过90%。
1.2 方法提取DNA,并将模板DNA放置到-20℃环境内保存。
等位基因特异性扩增法:将人大肠癌细胞株SW480、HT29与80例肿瘤标本予以等位基因特异性扩增,PCR体系总体积是20μL ,含有Mg2+buffer2μL,dNTPmixture1.5μL,上、下游引物各有0.5μL(10μmol),模板DNA30ng,置入灭菌去离子水达到20μL。
通过95℃预变性30s;95℃变性10s;67℃退火20s;72℃延伸30s,总45个循环进行反应。
将肿瘤标本取出1μL进行第一次扩增,并将其产物用作二次扩增物,采用同样扩增方法。
将PCR产物采集5μL实施琼脂糖(2%)凝胶电泳,持续30min,然后予以显像。
标本与细胞株均通过PCR测序且对比等位基因特异性扩增的结果。
PCR反应条件为:含有Mg2+buffer2μL,dNTPmixture1.5μL,上、下游引物各有1μL ((10μmol),模板DNA30ng,置入灭菌去离子水达到20μL。
通过95℃预变性30s;95℃变性10s;54℃退火20s;72℃延伸30s,总40个循环。
将PCR 产物通过琼脂糖(2%)凝胶电泳显示目的条带扩增完成后进行测序。
采集SW480、HT29细胞株DNA,通过核酸定量仪进行定量,达到30ng,依据一定比例通过携带BRAF野生型(SW480)的核酸与包含BRAFV600E突变(HT29)的核酸相混合,获得包含50%、25%、12.5%、6.2%、3.1%、1.5%的突变DNA混合模板,然后再分别采集30ng实施等位基因特异性扩增,且对比普通PCR后测序的灵敏度。
外显子组学-概述说明以及解释1.引言1.1 概述外显子组学是一种新兴的基因组学研究领域,它专注于外显子区域的基因组分析。
与传统的全基因组测序方法相比,外显子组学的特点是能够更加高效地筛选和分析与疾病相关的基因变异。
外显子组学的发展得益于高通量测序技术的快速进步和降低成本,使得研究人员能够更深入地研究外显子的遗传变异对健康和疾病的影响。
在过去,研究人员主要关注基因组中的编码区域,即外显子,而忽略了非编码区域的功能。
然而,随着外显子组学的兴起,科学家们开始意识到,虽然外显子只占据了基因组的1.5左右,但却包含了大多数编码蛋白质的基因序列。
因此,外显子组学成为了研究疾病发生和发展的重要工具。
通过外显子组学的研究,我们能够精确定位与疾病相关的基因变异,并揭示它们与疾病发生的关联。
这种精准的基因鉴定为疾病的早期预测、预防和个体化治疗提供了重要的依据。
例如,外显子组学的应用可以帮助医生更好地了解患者的基因变异,从而为其选择最有效的治疗方案,提高治疗效果。
此外,外显子组学还可以加深我们对疾病的认识。
通过对大规模样本的外显子测序和分析,可以识别出与疾病发生相关联的共性变异位点,从而为疾病的病理机制研究提供新的视角和研究重点。
这对于揭示复杂疾病的发生发展规律以及寻找新的治疗靶点具有重要意义。
综上所述,外显子组学作为一种新的基因组学研究方向,具有重要的意义和广阔的前景。
通过对外显子的深入研究,我们将更好地理解基因变异对疾病的影响,为个性化医疗和疾病研究的进展做出贡献。
随着技术的不断发展和成本的降低,外显子组学将成为医学研究和临床实践中的重要工具,带来更多的突破和进步。
文章结构部分设置是为了使读者更好地理解和阅读整篇文章,同时也可以帮助作者组织思路和逻辑。
本文的结构如下:1. 引言1.1 概述1.2 文章结构1.3 目的2. 正文2.1 外显子组学的定义和背景2.2 外显子组学的技术和方法2.3 外显子组学在疾病研究中的应用3. 结论3.1 外显子组学的意义和前景3.2 未来发展方向3.3 结束语在本篇长文中,文章结构的主要目的是引导读者更好地理解和掌握外显子组学的相关内容。
NSCLC患者EGFR 突变类型为使患者尽可能地从最有效的治疗中受益,只要条件许可,所有非小细胞肺癌患者和含腺癌成分的其他类型肺癌患者都应当尝试进行EGFR基因突变检测。
EGFR基因位于第7号染色体p12-q22区上,包括28个外显子区域。
与NSCLC相关的EGFR基因突变主要集中在酪氨酸激酶(tyrosinekinase,TK)区域的18~21号外显子上,包括30余种突变。
NSCLC患者EGFR 突变类型18外显子基因突变G719X 基因突变亚洲NSCLC 患者中,G719X 突变约占EGFR 突变总数的2%~3%,是18外显子最常见的突变类型。
对于G719X 突变的患者,临床上使用二代TKIs 作为首选靶向药物预后或许更好。
E709X 点突变E709X 是发生于18外显子的少见敏感突变之一,约占EGFR 突变总数的1.5%。
近年来发表的临床研究或个案报道中,E709X 突变的患者对一代TKIs 的疗效反应不一,或病情得到控制或出现疾病进展。
二代TKIs 治疗E709X 突变的NSCLC 患者是否比一代TKIs 更具生存优势仍待更大样本的临床研究进一步证实。
DelE709_T710insX 点突变DelE709_T710insX 是发生在第709位外显子上的缺失/插入突变,约占EGFR 突变总数的0.16%。
目前尚缺乏关于DelE709_T710insX 对一代TKIs 敏感程度的系统性研究。
在临床应用方面,二代TKIs 对DelE709_T710insX 突变的NSCLC 患者临床疗效是否更好仍缺乏临床证据。
19外显子基因突变缺失突变外显子19缺失突变超过20种,包括大的缺失突变、缺失合并点突变、缺失并插入突变等。
其中最常见的就是小的外显子747-750LREA 模体框内缺失,约占EGFR 总突变类型的40%~50%。
多项大型一线Ⅲ期临床研究已证实,与传统化疗相比,一代TKIs 如吉非替尼、厄洛替尼可以明显提高Del19和L858R 患者的客观有效率(超过70%)、延长无进展生存期(达9~12个月)和总生存期(达20~24个月)。
外显子杂合突变表示方式概述说明以及解释1. 引言1.1 概述外显子杂合突变是遗传学研究中的一个重要概念,它指的是在基因的某个外显子中同时存在两种不同等位基因(突变和正常)。
外显子是基因组中编码蛋白质所需的信息片段,而外显子杂合突变可以导致蛋白质结构和功能发生改变,进而影响个体的生理和病理过程。
了解并准确表示外显子杂合突变有助于深入研究相关疾病的发生机制以及设计更有效的治疗策略。
1.2 文章结构本文将围绕外显子杂合突变表示方式展开详细说明与解释。
首先,在“2. 外显子杂合突变表示方式的概述”部分,我们将介绍和定义外显子杂合突变,并提供常见的类型和特点。
然后,在“3. 外显子杂合突变表示方式的说明”部分,我们将介绍三种主要的方法来检测和表示外显子杂合突变,包括Sanger测序法、Next-Generation Sequencing技术和基因芯片技术。
最后,在“4. 外显子杂合突变表示方式的解释”部分,我们将详细解释这三种方法的原理、应用和优缺点,并通过实际案例分析来展示它们在外显子杂合突变检测中的有效性。
1.3 目的本文的目的是全面介绍外显子杂合突变表示方式,让读者了解不同方法的原理与应用,并对其在研究和临床实践中的价值有一个清晰的认识。
通过本文内容,读者可以更好地选择适合自身研究需求和资源条件的技术方法,从而推动外显子杂合突变研究领域的发展。
2. 外显子杂合突变表示方式的概述2.1 外显子杂合突变的定义外显子是基因组中编码蛋白质的片段,外显子杂合突变则指在同一基因的两个副本中至少有一个外显子发生了突变。
这种突变可能包括错义突变、无义突变、插入或缺失等不同类型。
2.2 常见的外显子杂合突变类型和特点常见的外显子杂合突变类型包括错义突变、无义突变、插入和缺失等。
错义突变是指导致蛋白质编码信息发生改变的单个碱基替代。
无义突变则导致蛋白质合成过程中提前终止,使得产生的蛋白质缺失功能区域。
此外,插入和缺失是指在DNA序列中出现额外添加或丧失碱基对,导致读取框架发生改变。
胃肠间质瘤c-Kit和PDGFRA基因突变分析孙浩;李卫;孙可心【摘要】Objective To analyze mutation characteristics of transmembrane receptor tyrosine kinase c-kit and platelet-derived growth factor ( PDGFRA) genes in gastrointestinal stromal tumor ( GIST) patients. Methods DNA ex-traction, PCR amplification and direct sequencing were performed in 57 paraffin-embedded GIST specimens in order to detect mutations of t-RTKS exon 9, 11, 13 and 17 and PDGFRA exon 12 and 18. Results A total of 44 cases (77. 2%) of c-Kit/PDGFRA gene heterozygous mutation were detected among the 57 GIST specimens, but there was no homozygosity mutation. There were 9 cases (15. 8%) of t-RTKS exon 9 mutations, 32 cases (56. 1%) of t-RTKS exon 11 mutations, 2 cases (3. 5%) of t-RTKS exon 13 mutations, 1 case (1. 8%) of PDGFRA exon 18 mutation and 13 ca-ses (22. 8%) without t-RTKS/PDGFRA mutations. Conclusion The t-RTKS/PDGFRA has high mutations rates in Chinese population with diverse mutation types, and mutations rate of t-RTKS exon 11 is high. The t-RTKS/PDGFRA genotyping may help to choose targeted drug Imatinib and evaluate the dose.%目的分析胃肠间质瘤( gastrointestinal stromal tumor, GIST)跨膜酪氨酸激酶受体c-Kit和血小板源性生长因子受体( platelet-derived growth factor, PDGFRA)基因的突变特征. 方法对57例GIST石蜡标本进行DNA提取、PCR扩增和直接测序,检测c-Kit外显子9、11、13、17和PDGFRA 外显子12、18突变状态. 结果 57例GIST标本中共检出44 例( 77. 2%) c-Kit/PDGFRA 基因杂合性突变,未检测到纯合性突变. 其中, c-Kit exon9 突变 9 例(15. 8%),c-Kit exon11突变32 例(56. 1%),c-Kit exon13 突变2 例(3.5%),PDGFRA 18 突变1 例(1. 8%),c-Kit/PDGFRA均未检测到突变的13例(22. 8%). 结论中国人群c-Kit/PDGFRA突变比例高,突变类型多样,其中c-Kit外显子11比例高,进行c-Kit/PDGFRA基因分型有助于靶向药物伊马替尼的选择和剂量估计.【期刊名称】《解放军医药杂志》【年(卷),期】2015(027)012【总页数】5页(P36-40)【关键词】胃肠间质瘤;c-kit;PDGFRA;基因突变【作者】孙浩;李卫;孙可心【作者单位】400030 重庆市,广西医科大学附属重庆市肿瘤医院胃肠外科;400030 重庆市,广西医科大学附属重庆市肿瘤医院胃肠外科;重庆医科大学2013级医学一系丙三班【正文语种】中文【中图分类】R735胃肠间质瘤(gastrointestinal stromal tumor, GIST)是胃肠道最常见的间叶来源肿瘤,依照目前的GIST诊断标准,新近流行病学研究显示发病率0.66~2.20/10万[1-3]。
肺癌TP53突变有啥⽤?有什么靶向药物?TP53是⼀个抑癌基因,在正常细胞中低表达,在恶性肿瘤中⾼表达。
在约90%的⼩细胞肺癌(SCLC)和约50%的⾮⼩细胞肺癌(NSCLC)中发⽣改变。
很多患者的基因检测报告发现有该基因的突变,⽽且⼤部分(70%-80%)突变是错义点突变(降低TP53的功能)。
在肺癌中TP53基因突变究竟有什么意义?TP53不同外显⼦的突变形式对于肺癌的治疗⼜有什么意义?针对TP53突变的NSCLC,有什么药物可以使⽤?除了TP53突变,肺癌中常见的就是EGFR突变,根据⽤药不同,EGFR突变形式主要有19号和21号外显⼦突变以及⾮19和21号外显⼦突变(如18和20号外显⼦突变),出现EGFR突变⼀般都使⽤对应的⼀代,⼆代或者三代靶向药。
既然TP53和EGFR在肺癌中⾼发突变,那么对于EGFR和TP53共突变的肺癌患者,他们的总⽣存⼜有什么不同呢?今天⼩编就整理了相关数据,为⼤家⼀⼀解答。
01TP53突变形式研究者从癌症基因组图谱数据库下载和收集1441例转移性NSCLC患者的数据。
在1441例转移性NSCLC患者中,TP53的突变率为56.1%(809/1441)。
其中外显⼦4-8是TP53中最常见的突变位点,占44.8%(分别为645/1441; 63,225,69,161,127)。
外显⼦2,3,9和10很少发⽣突变,占2.8%(分别为41/1441; 1,1,24,15)。
4.6%的患者(67/1441)发⽣多个突变,3.9%(56/1441)的突变⽆法分类(表1,图1A,B)。
02晚期NSCLC患者TP53突变的意义Kaplan-Meier⽣存曲线表明TP53突变是OS的不良预后因素。
TP53野⽣型和TP53突变型的NSCLC患者,对应的OS分别为27.0个⽉和19个⽉(p <0.001),03TP53不同外显⼦突变对应的OS根据TP53不同外显⼦突变形式,将TP53突变细分为不同突变亚组。