NCBI数据库文献查找
- 格式:doc
- 大小:382.50 KB
- 文档页数:2
NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦注:在本文中的叙述中,所有输入PubMED检索框中的内容均用<>符号括起来,如以基因治疗为主题词检索,在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therapy"[MESH]>。
PubMed简介PubMed是由隶属于美国国家卫生部(NIH, National Institues of Health)的国家医学图书馆(NLM, Nationa Library of Medicine)下属的国家生物技术信息中心(NCBI, National Center for Biotechnology Information)提供,可通过NCBI网站的Entrez检索系统(Entrez retrieval system)进行MEDLINE和PreMEDLINE引文数据库的在线免费检索。
此外,PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务,与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据,提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务,这个数据库归NCBI所有,其内容包括:DNA 与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线。
Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统,可检索NCBI网站的主要数据库,如PubMed,核酸与蛋白序列,基因组序列,蛋白结构,OMIM等等。
PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库,此外,它还针对网上资源,提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源,如核酸蛋白序列、OMIM入口等,以及其它生命科学数据库。
其文献内容的提供方式,由各期刊出版商在期刊发表前可发表时提供给NCBI。
如果该出版商有网站,则NCBI会提供相应的网络出口。
MEDLINE 及PubMed引文数据库中的新条目在每周周二至周六每日更新。
PubMed服务内容概括基于互联网WWW的MEDLINE及PreMEDLINE引文数据库免费检索系统。
ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI(National Center for Biotechnology Information)是美国国家生物技术信息中心的缩写,是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。
该网站由美国国家卫生研究院(NIH)建立,旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。
以下是 NCBI 的使用指导:一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具,包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。
这些资源对于生物学和医学研究非常重要。
二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站:https:///2.在主页上,你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。
你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。
3.在数据库或工具页面,你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。
例如,在基因序列数据库中,你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。
三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库(GenBank):提供了全球各种生物的基因序列信息。
2.蛋白质序列数据库(Protein Database):提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。
3.基因组数据库(Genome Database):提供了全球各种生物的基因组信息。
4.生物学文献数据库(PubMed):提供了全球生物学和医学领域的文献信息。
四、NCBI 的实用工具1.BLAST(Basic Local Alignment Search Tool):用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。
2.Entrez:用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。
3.Coffee Break:用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。
五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时,请遵守相关的知识产权和版权规定。
如何在ncbi上检索NCBI包括五个部分,第一部分是欢迎进入NCBI,包括NCBI的最新信息、计划与活动、读者来信、服务地址和用户评论等。
第二部分是基因序列数据库(GenBank),包括基因库概述、检索与投稿。
第三部分是数据库服务,包括免费的PubMed检索、Entrez 检索、BLAST序列族性检索、电子邮件服务(详见本章第四节)、匿名FTP服务。
第四部分是NCBI的其它资源。
GenBank的检索在NCBI主页的第二部分点击"Searching GenBank",即可进入GenBank的检索屏幕。
NCBI•提供了五种检索,即Entrez浏览检索、BLAST序列类似性检索、dbEST检索、dbSTS•检索和文本检索(Text Searching)。
一、Entrez浏览检索1.Entrez检索的数据库及其检索信息Entrez浏览器(Entrez Browser)可以检索以下与NCBI•链接的基因序列数据库的分子生物数据和书目文献资料。
••••(1) GenBank、EMBL、DDBJ中的DNA序列; ••••(2) SWISS-PROT、PIR、PRF、PDB中的蛋白质序列以及DNA序列数据库中翻译的蛋白质序列; ••••(3) 基因和染色体图像数据; ••••(4) PDB以及收入NCBI分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构; ••••(5) 通过PubMed检索Medline和PreMedline数据库。
••••2.Entrez检索功能••••Entrez提供了以下三种检索功能。
•• (1)自由词检索功能•••用户可以通过文本词、关键词、截词、期刊名或文献的作者检索Entrez数据库。
截词用*号,期刊名必须用Medline刊名缩写,作者姓名必须是姓在前,名在后,用首字母缩写。
••••(2)索引词表(List Terms)检索功能••••索引词表检索是当你键入检索词,Entrez•在你选定的字段中显示从该检索词开始的一个索引词表窗口,这时,你可以选择一个或几个词进行检索,这对单词拼写不准确时非常有用。
NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦注:在本文中的叙述中,所有输入PubMED检索框中的内容均用<>符号括起来,如以基因治疗为主题词检索,在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therapy"[MESH]>。
PubMed简介PubMed是由隶属于美国国家卫生部(NIH, National Institues of Health)的国家医学图书馆(NLM, Nationa Library of Medicine)下属的国家生物技术信息中心(NCBI, National Center for Biotechnology Information)提供,可通过NCBI网站的Entrez检索系统(Entrez retrieval system)进行MEDLINE和PreMEDLINE引文数据库的在线免费检索。
此外,PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务,与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据,提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务,这个数据库归NCBI所有,其内容包括:DNA 与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线。
Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统,可检索NCBI网站的主要数据库,如PubMed,核酸与蛋白序列,基因组序列,蛋白结构,OMIM等等。
PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库,此外,它还针对网上资源,提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源,如核酸蛋白序列、OMIM入口等,以及其它生命科学数据库。
其文献内容的提供方式,由各期刊出版商在期刊发表前可发表时提供给NCBI。
如果该出版商有网站,则NCBI会提供相应的网络出口。
MEDLINE 及PubMed引文数据库中的新条目在每周周二至周六每日更新。
PubMed服务内容概括基于互联网及PreMEDLINE引文数据库免费检索系统。
ncbi的使用方法
1.功能:
-在NCBI网站的主页上,可以找到一个栏。
在栏中输入关键词,可以特定的基因、蛋白质、序列或文献等。
-在结果页面中,可以使用筛选器(过滤器)来缩小范围,例如按照物种、文章类型、出版日期等进行筛选。
2.数据库浏览:
- NCBI拥有多个数据库,包括GenBank、PubMed、Protein、Nucleotide等。
用户可以通过点击导航栏上的“主页”选择相应的数据库。
- 在每个数据库页面上,用户可以找到相关的方法和信息。
例如,在GenBank数据库页面上,用户可以和浏览基因序列的信息。
- NCBI 的PubMed数据库提供了数百万篇生物医学文献的摘要和全文信息。
用户可以通过在栏中输入关键词来特定的文献。
- 在结果页面上,用户可以点击文章标题来查看摘要,进一步点击“Full Text”或“PDF”链接来获取全文。
一些文章可能需要订阅或付费获取。
- 用户还可以使用PUBMED Central(PMC)数据库来获取免费的全文文章。
4.序列和分析:
- NCBI 的Nucleotide和Protein数据库提供了大量的基因和蛋白质序列。
用户可以通过在栏中输入基因或蛋白质的名称、序列号或其他相关信息来相应的序列。
- NCBI还提供了一些序列分析工具,例如BLAST(Basic Local Alignment Search Tool),可以对新序列进行比对和分析。
6.创建和保存历史:
7.利用NCBIAPI:。
NCBI PubMed检索简介与检索技巧集锦注:在本文中的叙述中,所有输入Pu bMED检索框中的内容均用<>符号括起来,如以基因治疗为主题词检索,在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therap y"[MESH]>。
PubMed简介PubMed是由隶属于美国国家卫生部(NIH, Nation al Institu es of Health)的国家医学图书馆(NLM, Nationa Library of Medici n e)下属的国家生物技术信息中心(NCBI, Nation al Center for Biotec hnol o g y Inform a tion)提供,可通过NCBI网站的E n trez检索系统(E ntrez retrie val system)进行MED L I NE和P reMED LINE引文数据库的在线免费检索。
此外,PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务,与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据,提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务,这个数据库归NCBI所有,其内容包括:DNA与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线。
Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统,可检索NCBI网站的主要数据库,如PubMed,核酸与蛋白序列,基因组序列,蛋白结构,OMIM等等。
PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库,此外,它还针对网上资源,提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源,如核酸蛋白序列、OMIM入口等,以及其它生命科学数据库。
NCBI的检索NCBI包括五个部分,第一部分是欢迎进入NCBI,包括NCBI的最新信息、计划与活动、读者来信、服务地址和用户评论等。
第二部分是基因序列数据库(GenBank),包括基因库概述、检索与投稿。
第三部分是数据库服务,包括免费的PubMed检索、Entrez检索、BLAST序列族性检索、电子邮件服务(详见本章第四节)、匿名FTP服务。
第四部分是NCBI的其它资源。
GenBank的检索在NCBI主页的第二部分点击“Searching GenBank”,即可进入GenBank的检索屏幕。
NCBI•提供了五种检索,即Entrez浏览检索、BLAST序列类似性检索、dbEST检索、dbSTS•检索和文本检索(Text Searching)。
一、Entrez浏览检索1.Entrez检索的数据库及其检索信息Entrez浏览器(Entrez Browser)可以检索以下与NCBI•链接的基因序列数据库的分子生物数据和书目文献资料。
••••(1) GenBank、EMBL、DDBJ中的DNA序列;••••(2) SWISS-PROT、PIR、PRF、PDB中的蛋白质序列以及DNA序列数据库中翻译的蛋白质序列;••••(3) 基因和染色体图像数据;••••(4) PDB以及收入NCBI分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构;••••(5) 通过PubMed检索Medline和PreMedline数据库。
••••2.Entrez检索功能••••Entrez提供了以下三种检索功能。
••••(1)自由词检索功能••••用户可以通过文本词、关键词、截词、期刊名或文献的作者检索Entrez数据库。
截词用*号,期刊名必须用Medline刊名缩写,作者姓名必须是姓在前,名在后,用首字母缩写。
••••(2)索引词表(List Terms)检索功能••••索引词表检索是当你键入检索词,Entrez•在你选定的字段中显示从该检索词开始的一个索引词表窗口,这时,你可以选择一个或几个词进行检索,这对单词拼写不准确时非常有用。