ncbi数据库检索解读

一步一步教你使用NCBI数据库资源随着ncbi数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找，数据分析的工具。

那么NCBI 数据如何使用，新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。

一综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)，即我们所熟知的NCBI 是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。

创办NCBI 的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。

除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。

目前，NCBI提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、Entrez Gene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR等共计36种功能，而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能发展而来的。

1 NCBI最新进展1.1 PubMed搜索功能的增强去年，NCBI对PubMed进行了几项改进工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。

其中，搜索界面中新增了“Advanced Search”选项(这实际上是对以往“Limits”和“Preview/Index”功能的整合)，并且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过“论文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行搜索。

而且，“论文作者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。

现在，在PubMed数据库中进行文本搜索的同时还可以立即通过两个“内容传感器(content sensors)”进行分析。

NCBI 浏览，序列文件解读实验目的1. 了解NCBI上提供的数据库资源；2. 熟练掌握Entrez搜索序列的方法；3. 理解直系同源和并系同源的含义；4. 读懂GenBank序列文件。

实验内容1 对NCBI中一些数据库的资源进行解释1. GenBank库NCBI的GenBank是美国NIH下辖的一个核酸序列数据库，里面包含已注释过的所有公开的、具有一定可信度的DNA序列信息。

它与日本的DDBJ（the DNA DataBank of Japan）、欧盟的ENA（the European Nucleotide Archive）共同组成了国际协作核酸序列数据库（ International Nucleotide Sequence Database Collaboration）。

我们可以通过Entrez系统对自己感兴趣的核酸序列进行检索，并下载所想要研究的核酸序列，这种开源模式会大大降低生物学涉及序列研究的成本（一些生信干实验室的重要数据来源）。

2. Gene库NCBI的Gene数据库主要包含了已经完全测序的基因组，其将基因组图、序列、表型、结构、功能、定位与同源信息等基因特性联系起来，自然也可以查看搜索到的序列所包含的上述特性。

每条基因都会有一个唯一的识别码（GeneID）加以区分。

我们同样可以通过Entrez系统对Gene库中的基因组序列进行检索。

3. Geneme库NCBI的Genome数据库包含上千种生物的全基因组的序列和比对数据。

但要注意的是，其中不仅含有已完全测序的基因组，还有一部分是未完全测序的基因组。

4. Taxonomy库NCBI的Taxonomy数据库包含NCBI数据库中具有分子数据的350,000多种生物的名称和系统发育谱系。

它提供了一颗物种树（taxdump.tar.gz），并记录了节点的描述信息（names.dmp）以及树的上下游信（odes.dmp），以及lineage信息（rankedlineage.dmp）和 host 信息。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，提供了一系列的生物信息学工具和数据库，其中包括了著名的BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）。

在BLAST页面上，有多种不同的BLAST程序可供选择，包括基本本地比对（BLAST），快速本地比对（BLASTN），核酸-蛋白质比对（BLASTX），蛋白质-蛋白质比对（BLASTP）等。

选择合适的BLAST程序后，可以开始设置参数。

在参数设置中，最重要的是输入查询序列和选择数据库。

查询序列可以通过手动输入或者上传FASTA文件的方式进行。

数据库可以选择NCBI的预设数据库，如非冗余（nr）数据库、参考序列（refseq）数据库等，也可以选择本地自定义的数据库。

此外，还可以设置一些其他参数，如比对算法、匹配得分、序列相似度等。

设置完参数后，即可点击“BLAST”按钮开始进行比对。

在比对过程中，系统会显示出比对进度，一般来说，比对的时间会随着查询序列的长度和数据库的大小而变化。

一旦比对完成，系统会显示出比对结果。

比对结果将分为多个部分，包含了与查询序列相似的序列的信息。

其中，最重要的是Alignment summary（比对总结）和Alignment details （比对细节）。

比对总结中会给出比对的统计数据，如比对的得分、相似性的百分比等。

而比对细节则会展示每个相似序列与查询序列的具体比对情况，包括比对的位置、匹配的碱基、得分等信息。

此外，在比对结果中还会提供其他的相关信息，如序列注释、蛋白质功能预测等。

用户可以根据自己的需求对比对结果进行分析和解读。

总之，NCBI在线BLAST是一种非常方便实用的生物信息学工具，可以帮助用户找到与查询序列相似的序列，并提供详细的比对信息。

通过合理设置参数，并结合其他数据库和工具的使用，用户可以进一步探索序列相似性和功能预测等方面的问题。

如何在ncbi上检索NCBI包括五个部分，第一部分是欢迎进入NCBI，包括NCBI的最新信息、计划与活动、读者来信、服务地址和用户评论等。

第二部分是基因序列数据库(GenBank)，包括基因库概述、检索与投稿。

第三部分是数据库服务，包括免费的PubMed检索、Entrez 检索、BLAST序列族性检索、电子邮件服务(详见本章第四节)、匿名FTP服务。

第四部分是NCBI的其它资源。

GenBank的检索在NCBI主页的第二部分点击"Searching GenBank"，即可进入GenBank的检索屏幕。

NCBI•提供了五种检索，即Entrez浏览检索、BLAST序列类似性检索、dbEST检索、dbSTS•检索和文本检索(Text Searching)。

一、Entrez浏览检索1.Entrez检索的数据库及其检索信息Entrez浏览器(Entrez Browser)可以检索以下与NCBI•链接的基因序列数据库的分子生物数据和书目文献资料。

••••(1) GenBank、EMBL、DDBJ中的DNA序列; ••••(2) SWISS-PROT、PIR、PRF、PDB中的蛋白质序列以及DNA序列数据库中翻译的蛋白质序列; ••••(3) 基因和染色体图像数据; ••••(4) PDB以及收入NCBI分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构; ••••(5) 通过PubMed检索Medline和PreMedline数据库。

••••2.Entrez检索功能••••Entrez提供了以下三种检索功能。

•• (1)自由词检索功能•••用户可以通过文本词、关键词、截词、期刊名或文献的作者检索Entrez数据库。

截词用*号，期刊名必须用Medline刊名缩写，作者姓名必须是姓在前，名在后，用首字母缩写。

••••(2)索引词表(List Terms)检索功能••••索引词表检索是当你键入检索词，Entrez•在你选定的字段中显示从该检索词开始的一个索引词表窗口，这时，你可以选择一个或几个词进行检索，这对单词拼写不准确时非常有用。

NCBI使用指导1. 什么是NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是一个提供生物信息学相关服务的综合性数据库和资源平台。

NCBI的目标是收集、存储和分析全球生命科学研究数据，并为科学家和研究人员提供免费的访问和使用。

2. 注册和登录要使用NCBI提供的服务，首先需要注册一个账号。

在NCBI的官方网站上找到注册页面，填写相应的信息并创建账号。

注册成功后，可以使用注册邮箱和密码登录。

3. 常用功能介绍3.1 数据库搜索NCBI提供了多个数据库，包括PubMed、GenBank、BLAST等。

在首页可以看到这些数据库的链接。

通过点击相应的链接，可以进入对应数据库进行搜索。

3.1.1 PubMedPubMed是一个包含生命科学和医学文献的数据库。

在PubMed上可以搜索相关文献，并获取摘要或全文。

使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。

- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。

- 点击文章标题可以查看详细信息。

- 可以通过邮箱将文章发送给自己或他人。

3.1.2 GenBankGenBank是一个包含DNA序列和相关注释信息的数据库。

研究人员可以在GenBank中搜索并下载DNA序列。

使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。

- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。

- 点击序列编号可以查看详细信息。

- 可以将序列下载到本地。

3.1.3 BLASTBLAST是一种用于比对DNA、RNA或蛋白质序列的工具，可以找到与输入序列相似的序列。

使用方法： - 在搜索框中输入待比对的序列。

- 选择相应的数据库和参数设置。

- 点击搜索按钮，等待比对结果。

3.2 数据上传与下载NCBI允许用户上传自己的数据，并提供了相应的工具和接口。

同时，用户也可以从NCBI下载他人共享的数据。

收稿日期:2001-09-18美国N CBI 网站基因组数据库使用和检索李晓玲(复旦大学医科图书馆　上海200032) 【摘要】　针对基因组信息在生物信息学中日益占据重要的地位,介绍基因组数据库Genoma 的检索和使用特点。

【关键词】　生物信息学数据库基因组检索策略 【分类号】　G 250Using and Searching on NCBI GenomaLi Xiaoling(L ibrary of F udan University ,S hanghai 200032,China )【Abstract 】　T he ar ticle g iv es intro duction to sear ch st rateg ies and functio n of N CBI G enoma .【Keywords 】　Bioinfo rmat ics database N CBI G enoma Sear ch str ateg ies 美国国家生物技术信息中心(N ational Center for Biotechnolog y infor matio n NCBI )网站http://w w w.ncbi.nlm .nih .g ov 有一系列的生物信息学数据库,其集成系统Entrez 包括了序列报告数据库如N ucleotide 、蛋白质信息数据库Pr otien 、结构数据库Structur e 、基因组数据库G enoma 、遗传信息知识库O M IM 等。

其中G enoma 数据库向全世界提供免费检索特定有机体基因组的遗传学、物理学图谱和序列数据,从而在生物信息学中占据重要位置。

与其它基因组数据库比较,N CBI 网站的G eno ma 数据库具有图形功能强、检索系统全面、界面友好等特点。

本文主要介绍该数据库的使用和检索,以加强我国科技人员对它的认识和理解。

1　Genoma 基因组数据库的数据收录范围至2001年8月,该数据库收录了800多个有机体的基因组信息,这些基因组包括已经测定的有机体完整序列和正在测定中的序列。

如何看懂NCBIBLAST输出结果NCBI BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于比较生物序列之间的相似性的工具。

BLAST将一个查询序列与一个目标数据库中的序列进行比对，并输出比对结果。

下面将介绍如何看懂NCBI BLAST输出结果。

BLAST报告的不同部分提供了关于比对结果的详细信息。

以下是BLAST输出结果中的重要部分：1.查询信息：在输出结果的第一部分，会显示关于查询序列的信息，如查询序列的名称、长度以及描述。

这些信息可以帮助确认你是否正确提交了查询序列。

2.数据库信息：在查询信息的下方，输出结果会提供关于目标数据库的信息，包括数据库的名称、大小以及参与比对的序列数目。

这些信息可以帮助你了解比对参考的范围和样本数目。

3.参数信息：BLAST在进行比对时使用了一系列的参数，这些参数可以影响比对的灵敏度和特异性。

输出结果会显示用于比对的参数信息，包括比对算法、匹配得分、不匹配得分、开始扣分以及扩展扣分等。

这些参数提供了对比对结果的解释依据。

4.结果摘要：在参数信息的下方，会显示一个结果摘要表，提供了与查询序列最相似的多个数据库序列的信息。

这些信息包括数据库序列的名称、长度、比对得分以及比对的e值。

e值是一个表示比对结果的统计显著性的指标，越小表示比对结果越显著。

这些信息可以帮助你快速了解最相关的序列。

5.序列比对信息：在结果摘要之后，会显示每个比对的详细信息。

比对信息包括目标序列的名称和描述、比对长度、匹配得分、比对得分、e值以及比对图形。

比对图形以垂直线表示查询和目标序列之间的匹配，帮助你在比对中可视化相似区域。

6.比对统计信息：在序列比对信息之后，会显示比对的统计信息。

这些统计信息包括查询序列的覆盖率、比对序列的覆盖率以及总体比对得分。

这些信息对比对结果的解释和评估非常重要。

7.结果解释：在比对统计信息之后，会提供进一步解释和分析比对结果的信息。

ncbi数据库使用方法
NCBI数据库是由美国国立卫生研究院(National Center for Biotechnology Information, NCBI)创建的一个全球最大的生物学资源数据库，包含了来自全球研究者提供的各种专业数据。

它提供了一个通过网络搜索、浏览和下载生物学数据的方便渠道。

使用NCBI数据库的方法如下： 1. 首先打开NCBI的主页，在搜索栏中输入要查询的关键词。

2. 点击“搜索”按钮，将会显示出与该关键词相关的所有数据。

3. 根据自己的需要，可以通过筛选和排序功能，精确找到所需要的数据。

4. 在搜索结果中点击你想要查看的文章，即可查看该文章的详细信息，包括文章的内容、作者、发表时间等。

5. 如果需要，还可以将该文章以PDF文件的形式下载，保存在自己的计算机上。

NCBI的检索NCBI包括五个部分，第一部分是欢迎进入NCBI，包括NCBI的最新信息、计划与活动、读者来信、服务地址和用户评论等。

第二部分是基因序列数据库(GenBank)，包括基因库概述、检索与投稿。

第三部分是数据库服务，包括免费的PubMed检索、Entrez检索、BLAST 序列族性检索、电子邮件服务（详见本章第四节）、匿名FTP服务。

第四部分是NCBI的其它资源。

GenBank的检索在NCBI主页的第二部分点击“Searching GenBank”，即可进入GenBank的检索屏幕。

NCBI•提供了五种检索，即Entrez浏览检索、BLAST序列类似性检索、dbEST检索、dbSTS•检索和文本检索(Text Searching)。

一、Entrez浏览检索1.Entrez检索的数据库及其检索信息Entrez浏览器(Entrez Browser)可以检索以下与NCBI•链接的基因序列数据库的分子生物数据和书目文献资料。

••••(1) GenBank、EMBL、DDBJ中的DNA序列；••••(2) SWISS-PROT、PIR、PRF、PDB中的蛋白质序列以及DNA序列数据库中翻译的蛋白质序列；••••(3) 基因和染色体图像数据；••••(4) PDB以及收入NCBI分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构；••••(5) 通过PubMed检索Medline和PreMedline数据库。

••••2.Entrez检索功能••••Entrez提供了以下三种检索功能。

••••(1)自由词检索功能••••用户可以通过文本词、关键词、截词、期刊名或文献的作者检索Entrez数据库。

截词用*号，期刊名必须用Medline刊名缩写，作者姓名必须是姓在前，名在后，用首字母缩写。

••••(2)索引词表(List Terms)检索功能••••索引词表检索是当你键入检索词，Entrez•在你选定的字段中显示从该检索词开始的一个索引词表窗口，这时，你可以选择一个或几个词进行检索，这对单词拼写不准确时非常有用。

NCBI分子生物学数据库网络生物医学1. 引言生物医学研究的进展离不开大量的数据资源和分析工具的支持。

NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个旨在促进生物信息学和分子生物学研究的重要组织。

它提供了多个分子生物学数据库，这些数据库存储了大量的生物信息学数据，并提供了丰富的分析工具，以帮助科学家进行生物医学研究。

本文将介绍一些常用的NCBI分子生物学数据库及其在网络生物医学研究中的应用。

2. NCBI基因数据库2.1 GenBankGenBank 是全球最大的基因序列数据库之一，它存储了大量的DNA和RNA序列数据。

研究者可以通过GenBank访问到已被发表的基因序列数据，以及一些未发表的序列数据。

这些数据对于研究基因功能、生物进化以及人类疾病等方面都非常重要。

2.2 RefSeqRefSeq (Reference Sequence) 是一个注释完整的、高质量的基因序列数据库。

与GenBank不同，RefSeq仅收录了经过验证且与蛋白质对应的基因序列，这使得研究者可以更加准确地进行基因结构和功能的研究。

RefSeq还提供了基因组、转录组和蛋白质序列的相关信息。

2.3 dbSNPdbSNP (database of Single Nucleotide Polymorphisms) 存储了人类和其他物种中的单核苷酸多态性数据。

这些多态性位点是基因组中常见的变异，对于人类疾病的研究和个体之间的遗传差异分析非常重要。

dbSNP收集了来自各种来源的单核苷酸多态性数据，包括人类单核苷酸多态性计划 (HapMap) 和千人基因组计划 (1000 Genomes Project)。

3. NCBI蛋白质数据库3.1 UniProtUniProt 是全球最大的蛋白质序列和注释数据库。

它整合了来自不同来源的蛋白质序列数据和相关的注释信息。

UniProt 提供了蛋白质序列、结构、功能、亚细胞定位和表达等方面的详细信息，帮助研究者理解蛋白质的结构和功能。

NCBI，从一窍不通到略知一二进了实验室就要学会使用各种高级你看啊NCBI应该是这么用的：1）序列查询进入NCBI 主页：/，在 search 后面选择 Gene，在for后面填写需要查找的基因的名字，我们用P53作为例子。

实验万事屋作品点击进入后，可以看到大量的信息，如下图：实验万事屋作品按照这样的提示，我们就可以同时获得基因的mRNA，基因组DNA，蛋白序列，及功能等大量相关信息了。

2）用Map-View寻找基因的启动子打开Map viewer页面，网址为：/mapview/index.html，search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

我们还是用P53作为例子。

实验万事屋作品点击“advanced search”，“Type of mapped object”选择“Gene”。

实验万事屋作品染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。

实验万事屋作品下面参考序列给出了很多个基因，但并不全是P53，有很多是P53结合蛋白之类的。

真正的P53在17号染色体上，显示了三个基因，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。

尽管分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。

点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的'Genes seq'，出现新的页面。

点击上图出现的“Download/ViewSequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能。

实验万事屋作品先对上面这张图做点简要的说明，在SequenceFormat（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为 FASTA 格式，还有一个是 GenBank 格式。

推荐大家选择 GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。

在SequenceFormat 后选择 GenBank，然后点击下面的 Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。

NCBI使用方法NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物学数据库和工具的公共资源。

它提供了许多与生物学相关的数据库，如基因、蛋白质、序列、文献等。

这些数据库对于生物学研究者和生物信息学家来说是非常有用的。

本文将介绍如何使用NCBI进行常见的生物学研究。

另一个常用的NCBI数据库是GenBank，它是一个包含DNA序列、RNA序列和蛋白质序列的数据库。

要在GenBank中查找特定序列，可以在NCBI主页中的框中输入序列信息，如基因名称、序列碱基或蛋白质序列；还可以输入序列的GenBank号、Accession号或序列的FASTA格式。

点击后，系统会返回与查询相关的序列记录。

每个记录都包含序列信息、注释和相关文献等。

当找到感兴趣的序列后，可以查看其详细信息。

如果序列是基因，可以了解它的基因组位置、启动子区域、外显子和内含子等信息。

如果序列是蛋白质，可以了解其氨基酸序列、结构、功能等信息。

此外，在GenBank中还可以找到与特定序列关联的其他序列记录，如同一基因的多个转录本、同源基因等。

除了PubMed和GenBank外，NCBI还提供了许多其他有用的数据库和工具。

例如，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一个用于比较序列相似性的工具，可以帮助找到特定序列的同源序列。

通过输入查询序列，BLAST可以在NCBI的数据库中相似的序列，并对它们进行比对。

这对于鉴定未知序列的功能以及研究序列进化关系非常有用。

此外，NCBI还提供了一些用于序列分析和生物信息学研究的工具。

例如，COBALT（Constraint-Based Multiple Alignment Tool）可以用于多序列比对，Open Reading Frame Finder可以用于预测DNA序列中的开放阅读框，而RefSeq database则提供了高质量的基因组和蛋白质序列等。

NCBIPubMed检索简介与检索技巧集锦NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦注：在本文中的叙述中，所有输入PubMED检索框中的内容均用<>符号括起来，如以基因治疗为主题词检索，在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therapy"[MESH]>。

PubMed简介PubMed是由隶属于美国国家卫生部（NIH, National Institues of Health）的国家医学图书馆（NLM, Nationa Library of Medicine）下属的国家生物技术信息中心（NCBI, National Center for Biotechnology Information）提供，可通过NCBI网站的Entrez检索系统（Entrez retrieval system）进行MEDLINE和PreMEDLINE引文数据库的在线免费检索。

此外，PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务，与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据，提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA 与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。

Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统，可检索NCBI网站的主要数据库，如PubMed，核酸与蛋白序列，基因组序列，蛋白结构，OMIM等等。

PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库，此外，它还针对网上资源，提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源，如核酸蛋白序列、OMIM入口等，以及其它生命科学数据库。

其文献内容的提供方式，由各期刊出版商在期刊发表前可发表时提供给NCBI。

如果该出版商有网站，则NCBI会提供相应的网络出口。

MEDLINE 及PubMed引文数据库中的新条目在每周周二至周六每日更新。