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GenBank Overview大体信息•什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。
每条纪录都有编码区（CDS）特点的注释，还包括氨基酸的翻译。
GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
•纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，和同Entrez搜索字段的交叉索引。
•访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。
用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。
关于Entrez更多的信息请看下文。
用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。
用E-mail来访问Entrez和BLAST能够通过Query 和BLAST效劳器。
另外一种选择是能够用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
•增加统计- 参见发布通知的（每一个分类的统计），（每一个物种的统计），（GenBank增加）末节。
•发布通知，最新- 最近和即将有的转变，GenBank的分类，数据增加统计，GenBank的引用。
•发布通知，旧- 同上相同，是过去发布的统计。
•遗传密码- 15个遗传密码的概要。
用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
（向）GenBank提交（数据）•关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一样信息。
•BankIt - 用于一条或少数条提交的基于WWW的提交工具软件。
（请在提交前用VecScreen去除载体）•Sequin - 提交软件程序，用于一条或很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。
能够独立利用，或用基于TCP/IP的“network aware”模式，能够链接到其他NCBI 的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。
（请在提交前用VecScreen去除载体）•ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。
NCBI使用指导1. 什么是NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是一个提供生物信息学相关服务的综合性数据库和资源平台。
NCBI的目标是收集、存储和分析全球生命科学研究数据，并为科学家和研究人员提供免费的访问和使用。
2. 注册和登录要使用NCBI提供的服务，首先需要注册一个账号。
在NCBI的官方网站上找到注册页面，填写相应的信息并创建账号。
注册成功后，可以使用注册邮箱和密码登录。
3. 常用功能介绍3.1 数据库搜索NCBI提供了多个数据库，包括PubMed、GenBank、BLAST等。
在首页可以看到这些数据库的链接。
通过点击相应的链接，可以进入对应数据库进行搜索。
3.1.1 PubMedPubMed是一个包含生命科学和医学文献的数据库。
在PubMed上可以搜索相关文献，并获取摘要或全文。
使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击文章标题可以查看详细信息。
- 可以通过邮箱将文章发送给自己或他人。
3.1.2 GenBankGenBank是一个包含DNA序列和相关注释信息的数据库。
研究人员可以在GenBank中搜索并下载DNA序列。
使用方法： - 在搜索框中输入关键词，点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击序列编号可以查看详细信息。
- 可以将序列下载到本地。
3.1.3 BLASTBLAST是一种用于比对DNA、RNA或蛋白质序列的工具，可以找到与输入序列相似的序列。
使用方法： - 在搜索框中输入待比对的序列。
- 选择相应的数据库和参数设置。
- 点击搜索按钮，等待比对结果。
3.2 数据上传与下载NCBI允许用户上传自己的数据，并提供了相应的工具和接口。
同时，用户也可以从NCBI下载他人共享的数据。
收稿日期:2001-09-18美国N CBI 网站基因组数据库使用和检索李晓玲(复旦大学医科图书馆 上海200032) 【摘要】 针对基因组信息在生物信息学中日益占据重要的地位,介绍基因组数据库Genoma 的检索和使用特点。
【关键词】 生物信息学数据库基因组检索策略 【分类号】 G 250Using and Searching on NCBI GenomaLi Xiaoling(L ibrary of F udan University ,S hanghai 200032,China )【Abstract 】 T he ar ticle g iv es intro duction to sear ch st rateg ies and functio n of N CBI G enoma .【Keywords 】 Bioinfo rmat ics database N CBI G enoma Sear ch str ateg ies 美国国家生物技术信息中心(N ational Center for Biotechnolog y infor matio n NCBI )网站http://w w w.ncbi.nlm .nih .g ov 有一系列的生物信息学数据库,其集成系统Entrez 包括了序列报告数据库如N ucleotide 、蛋白质信息数据库Pr otien 、结构数据库Structur e 、基因组数据库G enoma 、遗传信息知识库O M IM 等。
其中G enoma 数据库向全世界提供免费检索特定有机体基因组的遗传学、物理学图谱和序列数据,从而在生物信息学中占据重要位置。
与其它基因组数据库比较,N CBI 网站的G eno ma 数据库具有图形功能强、检索系统全面、界面友好等特点。
本文主要介绍该数据库的使用和检索,以加强我国科技人员对它的认识和理解。
1 Genoma 基因组数据库的数据收录范围至2001年8月,该数据库收录了800多个有机体的基因组信息,这些基因组包括已经测定的有机体完整序列和正在测定中的序列。
图解NCBIBlast
生物信息的入门史诗级工具NCBI是我们日常接触最多的生物信息综合数据库，基础而不简单，关于它的使用可真是让笔者又爱又恨。
爱其功能强大，恨其复杂。
关于NCBI，笔者也写过其他的短文介绍其使用。
感兴趣的伙伴们自取了不起的NCBI Blast
从NCBI下载基因组数据的N种方式比较
今天又有小伙伴咨询NCBI Blast的使用方法。
借之前的一个ppt 内容，多图详细梳理NCBI blast在线工具的使用方法，希望对大家的工作用所帮助~
（注：以上部分截图内容来自于网络）
微信号：
Mypathogen
微微悦明
科学的乐趣是获得新知识的喜悦
高通量测序、大数据
病原微生物检测和监测
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每一天获得一点微小的收获和进步。
小确幸的科研也很好。
与君共勉！。
GenBank Overview基本信息∙什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。
每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。
GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
∙纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
∙访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。
用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。
关于Entrez更多的信息请看下文。
用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。
用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query 和BLAST服务器。
另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
∙增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank 增长）小节。
∙公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。
∙公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。
∙遗传密码- 15个遗传密码的概要。
用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
（向）GenBank提交（数据）∙关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。
∙BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。
（请在提交前用VecScreen去除载体）∙Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。
可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。
