基于转录组测序的紫色秋葵花青素合成相关基因研究

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基于转录组测序的紫色秋葵花青素合成相关基因研究作者:张少平应璐邱珊莲张帅洪建基郑开斌余文权来源:《福建农业学报》2018年第05期摘要:紫色秋葵富含花青素,因此其全株及果实均为紫红色,为获取正常生长状态下紫色秋葵花青素合成代谢相关基因,采用Illumina HiSeq 2500高通量转录组测序技术对紫色秋葵全转录功能基因组测序后组装,再通过Nr、SwissProt和GO等三大数据库进行花青素相关功能基因筛选。

三大数据库涉及35个花青素相关Unigene,具体包括19个花青素相关糖基转移酶、6个花青素酰基转移酶家族基因,5个无色花色素双加氧酶(合酶)以及5个花色素相关还原酶。

这些花青素相关基因在Nr及SwissProt数据库中涉及较多相关植物,包括拟南芥、可可、树棉、木薯、苹果及葡萄等。

聚类分析研究表明:涉及花青素相关四大家族成员的35个Unigene中,无色花色素双加氧酶亲缘关系最近,花青素酰基转移酶次之,花青素相关还原酶亲缘关系稍远,而花青素相关糖基转移酶家族成员亲缘关系最远。

本研究获取的紫色秋葵众多花青素相关转移酶、合酶及还原酶等相关Unigene,為进一步研究紫色秋葵或其他植物的花青素合成代谢过程中基因克隆分析等奠定了坚实基础。

关键词:紫色秋葵;花青素基因;转录组;测序分析;功能注释中图分类号:S 661.2文献标识码:A文章编号:1008-0384(2018)05-474-07Abstract: The rich content of anthocyanidin in purple Abelmoschus esculentus renders the characteristic color of the plant and its fruits. This study used the transcriptome of the plant to study the genetics associated with the anthocyanidin biosynthesis pathway under natural conditions. The transcriptome was sequenced using the Illumina HiSeq 2500 platform to isolate 35 anthocyanidin unigenes from the Nr, SwissProt and GO databases. These unigenes belonged to 4 distinct gene types including 19 of anthocyanidin-related glucosyltransferases, 6 of anthocyanidin-related acyltransferases, 5 of leucoanthocyanidin dioxygenases, and 5 of anthocyanidin-related reductases. The genes were annotated by Nr and SwissProt databases to show their associations with a variety of plants, such as Arabidopsis thaliana, Theobroma cacao, Gossypium arboretum, Manihot esculenta, Malus domestica and Vitis vinifera. A clustering analysis indicated that the unigenes had the closest relationship with the leucoanthocyanidin dioxygenase family, followed by the anthocyanin-related acyltransferases and the reductases, while the anthocyanidin-related glucosyltransferases showed the farthest homology. Identification of the 35 anthocyanidin-related unigenes would be useful for the gene cloning and analysis in studying anthocyanin biosynthesis of purple A. esculentus or other plants rich in anthocyanidin.Key words:purple Abelmoschus esculentus;anthocyanidin gene;transcriptome;sequencing analysis;function annotation黄秋葵Abelmoschus esculentus L.按嫩果色泽可分为乳黄色、绿色及紫色等不同品种[1]。

传统黄秋葵种植品种一般为乳黄色或绿色,但近年来,随着人们对植物花青素的青睐[2-5],紫色秋葵种植已引起重视。

紫色秋葵全株在营养生长及生殖生长前期(包括果实和花等)皆为紫红色,其嫩果荚除富含可溶性多糖、黄酮、纤维素以及铁、钙、锌等矿质元素外[6-7],还富含花青素。

植物花青素安全无毒副作用,具有预防心脑血管疾病、抗肿瘤、抗癌及抗氧化等多种功效[7-8]。

自然条件下,花青素一般与糖苷键形成稳定的花青苷(也叫花色苷)[9]。

目前关于植物花青苷合成代谢一般分为苯丙烷途径、类黄酮代谢的关键反应以及各种花青素的合成与修饰等3个主要阶段。

以上过程在花青素相关还原酶、合成酶(双加氧酶)等作用下形成花青素基本骨架后,再经糖基化、酰基化等酶修饰形成稳定的不同花色素苷[10-11]。

根据花青素结构和种类的不同,花青素颜色存在差异,一般花青素结构单元中B环的羟基化(-OH)数量由1个增加到3个,颜色逐渐趋向蓝色发展,甲氧基化(-OCH3)数量由0个增多到2个,颜色逐渐趋向红色发展;其中A环和C环上3和5位置可加上糖基,糖基化由0个增加到2个,植物颜色鲜艳程度逐渐降低[12],因此,不同植物由于花青素结构和种类的差异呈现出丰富的颜色。

目前,有关黄秋葵栽培育种、营养成分以及药理功效等方面的研究都有大量报道[13-14],但关于黄秋葵功能基因的克隆分析等研究报道较少[15-16],有关紫色秋葵花青素相关功能基因的研究更是鲜见报道。

近年来,随着高通量转录组测序技术的发展,许多生物进行了特定状态下全转录功能基因组测序,一些重要功能基因被挖掘并加以利用[17-19]。

本研究以紫色秋葵嫩茎叶为材料,利用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术进行全转录功能基因组测序,通过生物信息学方法进行基因簇(Unigene)功能注释,再深入进行花青素相关Unigene系统分析,此研究为进一步从事紫色秋葵乃至其他植物花青素合成代谢相关功能基因研究打下坚实基础。

1材料和方法1.1试验材料供试验的紫色秋葵来自于福建省农业科学院亚热带农业研究所,从黄秋葵种质资源库中选取紫色秋葵种质资源(该资源在营养生长及生殖生长前期全株,包括嫩果和花等皆为紫红色,生殖生长后期全株及老果红中偏绿)种子直播于穴盘,待植株长至四叶一心时,整盆3株紫色秋葵活体包装快递至北京百迈克生物科技有限公司。

1.2试验方法1.2.1高通量测序进行紫色秋葵全转录功能基因组测序,依次进行3株紫色秋葵幼苗嫩茎叶总RNA提取,3个样本等量混合组成RNA池,mRNA的磁珠富集,反转录成cDNA,文库制备等一系列的Illumina HiSeq 2500测序平台转录组测序及测序数据分析。

1.2.2功能注释及花青素相关基因分析所获得的紫色秋葵基因簇(Unigene)通过Blast比对后,再分别进行非冗余蛋白数据库(Nr)、蛋白质序列数据库(SwissProt)、基因本体论数据库(GO)、蛋白质真核同源数据库(KOG)、蛋白质原核同源数据库(COG)、蛋白质家族域数据库(Pfam)以及东京基因与基金组百科全书(KEGG)等数据库检索,进一步进行花青素相关Unigene分析,获得紫色秋葵花青素相关基因信息。

1.2.3花青素相关Unigene分析根据Nr、SwissProt及GO等3个公共数据库所注释到的紫色秋葵花青素相关Unigene,通过DNAMAN.EXE分析,获得紫色秋葵花青素合成代谢过程中不同花青素相关Unigene亲缘关系。

2结果和分析2.1花青素相关糖基转移酶信息分析42 484个Unigene在Nr、SwissProt及GO等3个数据库中共注释到花青素相关糖基转移酶19个,这些Unigene的FPKM(Reads per kilobase of exon model per million mapped reads)值为0.96~342.33,序列长度为325~1 939 bp。

所有19个Unigene中,GO数据库注释到了17个,其中13个明确为花青素相关转移酶(包括12个花青素3-O- 糖基转移酶和1个UDP糖基转移酶);Nr数据库注释到的18个Unigene中,共有11个明确为花青素相关转移酶(包括1个花青素3-O- 糖基转移酶和10个UDP糖基转移酶),这11个Unigene所匹配的物种均为可可Theobroma cacao;SwissProt注釋到的18个Unigene中,明确为花青素合成代谢相关酶有16个,具体包括:6个花青素3-O- 糖基转移酶,所匹配物种为木薯Manihot esculenta(4个Unigene)、草莓Fragaria ananassa(1个)和葡萄Vitis vinifera(1个);2个花青素3,5-O- 糖基转移酶,所匹配物种分别为月季Rosa hybrid cultivar和美女樱Verbena hybrida;6个UDP糖基转移酶,1个花青素3,2-O- 双糖基转移酶,1个花青素3-O- 糖基-2-O- 木糖基转移酶,所匹配物种均为拟南芥Arabidopsis thaliana(表1)。

2.2花青素相关酰基转移酶信息分析从Nr、SwissProt和GO等3个数据库中,共注释到花青素相关酰基转移酶6个,这6个Unigene的FPKM值为1.03~89.64,序列长度为370~1 664 bp。

其中GO数据库注释到其中的5个Unigene皆显示为转移酶活性;Nr数据库注释到的6个Unigene皆为酰基转移酶家族蛋白,所匹配的植物都为可可;而SwissProt数据库注释到的6个Unigene都为花青素3-O- 糖基-6-O- 香豆酰转移酶,所匹配的植物皆为拟南芥(表2)。