10X单细胞转录组测序原理和文库构建注意要点

10xgenomics 3’转录组建库流程-回复10x Genomics 3’转录组建库流程是一种先进的技术，用于分析和研究细胞的转录组。

这项技术可以高通量地分析单个细胞的转录组，并提供高质量的数据，以研究细胞的功能和特异性。

本文将逐步介绍10x Genomics 3’转录组建库流程的各个步骤，并解释每个步骤的原理和操作。

第一步：细胞分离和裂解在10x Genomics 3’转录组建库流程中，首先要将目标细胞从组织样本中分离出来。

这可以通过传统的细胞培养、机械分离或离心等方法实现。

分离后的细胞需要裂解以释放细胞内的RNA。

常用的裂解方法包括化学法、机械法和热裂解法。

裂解后的细胞溶液将用于后续的转录组测序。

第二步：细胞浆中的RNA逆转录在10x Genomics 3’转录组建库流程中，细胞溶液中的RNA将通过逆转录反应转化为cDNA。

逆转录反应可使用10x Genomics提供的Reverse Transcription Master Mix进行。

此反应中将使用随机引物和特定引物，使RNA模板与引物结合并逆转录为cDNA。

随机引物能产生全长cDNA，而特定引物仅能逆转录cDNA的3’端。

第三步：cDNA的修饰和扩增在10x Genomics 3’转录组建库流程的这一步骤中，将对cDNA进行修饰和扩增。

首先，在修饰步骤中，使用10x Genomics提供的LibraryAmplification Primer进行扩增，引物序列包含了一个barcode和一个用于放大cDNA的序列。

随后，在扩增步骤中，使用Polymerase Chain Reaction（PCR）方法进行cDNA的扩增。

此步骤可以增加cDNA的数量，并为后续的测序步骤提供足够的cDNA。

第四步：文库构建和样品准备在10x Genomics 3’转录组建库流程的这一步骤中，将进行文库构建和样品准备。

首先，将扩增的cDNA进行剪切，并连接引物，形成单链文库。

10x genomics是一种新型的转录组建库技术，它使用了新的3’转录组建库流程。

这个流程是怎样的呢？让我们仔细来看一下。

1. 背景介绍10x genomics是一种基于微流控芯片的单细胞测序技术，它可以对单细胞进行高通量的转录组测序。

它的3’转录组建库流程是在10x genomics的核心技术基础上的一个新的发展。

2. 流程概述从总体上看，10x genomics的3’转录组建库流程包括以下几个步骤：细胞悬浮、细胞裂解、RNA反转录、测序文库构建和测序。

3. 细胞悬浮需要将待测细胞进行悬浮处理，使得细胞可以均匀分布在反应系统中。

4. 细胞裂解对悬浮的细胞进行裂解处理，释放出细胞内的RNA。

这个步骤需要特别小心，以避免RNA的降解。

5. RNA反转录在裂解后，需要进行RNA的反转录。

在这一步骤中，需要加入特殊设计的引物，使得反转录过程可以选择性地反转录3’端的RNA。

6. 测序文库构建反转录后的RNA需要经过测序文库构建，包括末端修饰和PCR扩增等步骤。

7. 测序构建好的测序文库进行高通量测序，获得转录组数据。

8. 流程特点10x genomics的3’转录组建库流程具有以下几个特点：一是高通量性能，能够对大量的单细胞进行转录组测序；二是高度选择性，能够选择性地测序RNA的3’端，避免了测序过程中的噪音；三是流程简便，操作相对简单，适用于大规模的转录组测序研究。

9. 应用前景由于其优越的特点，10x genomics的3’转录组建库流程被广泛应用于生命科学领域的研究中，包括细胞分化、肿瘤测序、免疫组学等方面，为相关领域的研究提供了强大的工具。

10. 结语10x genomics的3’转录组建库流程是一种新型的高通量、高选择性的转录组测序技术，具有广阔的应用前景。

随着生命科学领域的发展，相信这项技术将会发挥越来越重要的作用，为人类健康和科学研究做出更大的贡献。

我国科学院上海生命科学研究所研究人员最近在一项研究中使用了10x genomics的3’转录组建库流程进行了令人印象深刻的单细胞转录组测序，发表在Nature Communications杂志上。

10xgenomics 3’转录组建库流程10x Genomics 3’转录组建库流程[这篇文章将指导您一步一步完成10x Genomics 3’转录组建库流程，并详细解释每个步骤的原理和操作步骤。

]随着转录组学的发展，研究人员需要能够高通量地检测和定量基因表达水平的方法。

10x Genomics提供了一种先进的技术，可以通过低成本的方式在单个细胞水平上进行全转录组测序。

这项技术被广泛应用于生物学研究，尤其是在癌症、免疫学和神经学等领域。

以下是10x Genomics 3’转录组建库流程的详细步骤：1. 细胞（细胞悬液或组织）处理在进行转录组分析之前，需要首先处理样品。

如果使用细胞悬液样品，可以选择使用细胞分类和富集策略（如荧光激活细胞分选或磁珠分选）来纯化感兴趣的细胞。

如果使用组织样品，需要进行组织分离和细胞裂解来获取单个细胞。

2. 单个细胞的固定和裂解将获得的单个细胞进行固定，这可以通过化学交联、冷冻或热处理等方法来完成。

随后，使用裂解缓冲液将细胞裂解，释放细胞内的RNA。

这个步骤旨在保持转录组信息的完整性。

3. 反转录和条形码标记在此步骤中，利用反转录酶将细胞裂解液中的RNA转录为cDNA。

10x Genomics使用了一种特殊的反转录酶，它包含一个带有唯一分子识别序列的条形码，并且能够引入可逆转录特性。

这个条形码会在后续步骤中被用于鉴定来自同一个单个细胞的cDNA分子。

4. cDNA放大为了增加cDNA的复制数，需要进行两轮PCR反应。

第一轮PCR对带有条形码的cDNA进行扩增，将其转化为单链DNA。

第二轮PCR使用Illumina测序引物扩增DNA，以准备测序文库。

5. 文库构建和高通量测序在这个步骤中，使用Illumina的测序引物将cDNA进行文库构建。

这个过程包括显微滴悬液的精确分配和Illumina测序适配器的连接。

随后，文库会被送入Illumina测序仪中进行高通量测序。

6. 数据分析完成测序后，生成的测序读段将通过特殊的分析软件来解析。

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10x单细胞测序试验方法引言：随着单细胞测序技术的快速发展，10x单细胞测序试验方法成为了当前最为常用和先进的单细胞测序技术之一。

该方法通过使用微滴技术将单个细胞分离，并在微滴中进行细胞溶解、总RNA提取、cDNA合成、文库构建和高通量测序等步骤，从而实现对单个细胞的全转录组分析。

本文将详细介绍10x单细胞测序试验方法的操作步骤和应用领域。

一、10x单细胞测序试验方法的操作步骤1. 细胞样本准备：首先需要选择合适的细胞样本，并对细胞进行处理，如细胞培养、组织切片或体液分离等。

样本的选择和处理对后续实验结果至关重要。

2. 单细胞悬浮液的制备：将细胞样本进行细胞解离，并制备单细胞悬浮液。

这一步骤需要注意细胞的完整性和纯度，避免细胞的死亡和杂质的干扰。

3. 单细胞的捕获：使用10x Genomics的微滴技术，将单个细胞和适量的微滴反应液混合，实现单细胞的捕获和封装。

这一步骤中，每个微滴内只有一个细胞，并在细胞破裂后释放细胞内的RNA。

4. 细胞溶解和总RNA提取：通过温和的细胞溶解方法，将细胞内的RNA释放出来，并使用RNA提取试剂盒提取总RNA。

这一步骤需要注意细胞溶解的温度和时间，以及RNA提取试剂盒的选择和使用。

5. cDNA合成和文库构建：使用反转录酶将提取的总RNA转录成cDNA，并将其进行二次扩增，以增加cDNA的产量。

然后，对cDNA 进行文库构建，包括添加适配体、文库放大和片段大小选择等。

这一步骤需要选择合适的反转录酶、文库构建试剂盒和文库构建方法。

6. 高通量测序：将构建好的文库进行高通量测序，获取单个细胞的全转录组数据。

测序平台的选择和测序深度的确定需要根据实验目的和预算来决定。

二、10x单细胞测序试验方法的应用领域1. 发育生物学：10x单细胞测序试验方法可以帮助研究者揭示胚胎发育过程中不同细胞类型的转录组差异，从而深入了解细胞命运决定的分子机制。

2. 免疫学：通过对免疫细胞的单细胞测序，可以鉴定和表征不同类型的免疫细胞亚群，并研究其在免疫应答和疾病发生中的功能和相互作用。

10xgenomics 3’转录组建库流程-回复10x Genomics 3'转录组建库流程转录组学研究是理解细胞如何通过转录将基因组信息转化为蛋白质的关键过程。

随着高通量测序技术的飞速发展，研究人员可以更深入地了解转录组的组成和调控机制。

其中，10x Genomics公司的3'转录组建库技术是目前很受欢迎的一种方法。

本文将介绍这种技术的步骤和原理。

10x Genomics 3'转录组建库技术允许对细胞中每个mRNA的3'端进行高通量测序，并通过条码来对每个mRNA进行区分，从而实现高通量的单细胞转录组测序。

整个流程大致包括10x芯片的准备、细胞的悬浮和测序文库的构建。

首先是芯片的准备。

10x Genomics提供了各种型号的芯片，根据需要选择合适的型号。

之后，将芯片放入芯片承载载板中，并将载板放入10x Genomics的芯片读取仪中进行操作。

第二步是细胞的悬浮。

首先，需要准备细胞悬浮液，其中包含待测细胞。

这些细胞可以是单细胞悬浮液，也可以是细胞悬液混合物。

将细胞悬浮液放入10x Genomics提供的芯片中，并通过微流控芯片技术将细胞限制在微小喷嘴中。

第三步是测序文库的构建。

10x Genomics提供了一套独特的文库构建试剂盒，其中包括反转录和扩增步骤所需的试剂。

首先，通过反转录将细胞中mRNA转录成cDNA，反转录过程中会加入独特的分子条码和细胞条码。

然后，通过PCR扩增来增加DNA片段的复制数，并且在扩增过程中会加入适配器。

最后，对PCR扩增产物进行片段大小选择，去除杂散的片段。

接下来是测序步骤。

将构建好的文库送入Illumina测序平台进行测序。

这个步骤通常由专业的测序中心完成。

完成测序后，需要对数据进行处理和分析。

10x Genomics为测序数据分析提供了一整套的分析流程和软件工具。

数据分析主要包括去除低质量序列、去除测序适配器、对reads进行比对、对gene expression进行定量等。

10x xexium空间转录组学原理10x Genomics空间转录组学原理转录组学是研究生物体在特定生理状态下基因表达的科学，通过测量RNA分子的数量和序列来揭示基因的功能和调控机制。

传统的转录组学技术通常只能提供关于单一细胞中特定基因表达水平的信息，而10x Genomics空间转录组学则能够提供更全面、更高分辨率的转录组学数据，从而深入了解细胞和组织的复杂性。

1. 原理简介10x Genomics公司开发的空间转录组学技术结合了单细胞转录组学和组织学的优势，能够在组织中实现对细胞类型和基因表达模式的高分辨率分析。

其核心原理是通过对组织切片进行空间定位，结合单细胞RNA测序技术，实现对细胞类型和基因表达模式的同时鉴定。

2. 实验流程10x Genomics空间转录组学技术的实验流程相对复杂，包括样品准备、细胞分离、组织切片、核酸提取、测序文库构建和高通量测序等多个步骤。

首先，需要准备组织样品并将其进行细胞分离，以获得单个细胞的悬液。

然后，将组织切片固定在载玻片上，并对其进行处理，以获取RNA信息。

接下来，进行核酸提取和文库构建，将RNA分子转化为测序文库。

最后，通过高通量测序技术获取转录组数据。

3. 数据分析得到测序数据后，进行数据分析是10x Genomics空间转录组学研究的关键一步。

数据分析包括预处理、比对、基因表达量计算、聚类和细胞类型鉴定等多个环节。

预处理步骤主要包括去除噪音和低质量序列，以及将碎片化的RNA序列进行拼接。

接着，对拼接后的序列进行比对，将其与参考基因组进行比对，以获得每个RNA分子的起始位置。

然后，根据RNA的起始位置和数量，计算基因的表达量。

最后，通过聚类分析和细胞类型鉴定来研究组织中的细胞异质性和分布模式。

4. 应用领域10x Genomics空间转录组学技术在生命科学研究中有着广泛的应用。

它可以帮助科学家了解组织中不同细胞类型之间的相互作用和信号传递机制，揭示细胞在发育、疾病和治疗过程中的变化。

10x Genomics单细胞RNA测序是一种在单细胞水平上利用RNA测序对特定细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术。

其主要目的是研究单个细胞内的基因表达情况，同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题。

其建库原理及步骤如下：
1. 将准备好的单细胞悬液通过全自动的仪器Chromium Controller快速进行单细胞GEMs（Gene Expression Microarrays）的生成。

2. 每个GEM未破裂，在GEMs内部进行反转录生成cDNA, 这样每个GEM里的反转录得到的cDNA都带有该细胞的细胞标签Barcode。

3. GEMs 破裂，所有细胞的cDNA pooling在一起，PCR扩增cDNA 全长，使扩增产物量达到建库要求。

4. 构建带有10x标签的cDNA文库，并在Illumina测序仪上进行短读长NGS测序。

5. 得到的数据经Cell Ranger软件处理后，可以获得单个细胞水平的基因表达谱和差异分析情况。

10x单细胞标准流程单细胞技术是一种能够对单个细胞进行分析和测序的重要方法，它在生命科学领域具有广泛的应用。

10x单细胞测序平台是一种常用的单细胞测序解决方案，它通过使用微流控芯片将单个细胞和一系列的DNA条形码随机分配到不同的微小反应室中，从而实现高通量的单细胞测序。

10x单细胞标准流程是指使用10x Genomics的单细胞测序平台进行单细胞分析的一系列标准化步骤。

下面将介绍10x单细胞标准流程的主要内容。

首先，需要进行样品准备。

该步骤包括选择合适的细胞样品，如培养细胞、原代细胞或组织，以及样品的收集和保存。

样品的处理过程需要注意细胞的保持和完整性，以确保后续的测序分析的准确性和可靠性。

接下来是细胞悬浮和捕获。

该步骤将样品中的细胞悬浮，并使用微流控芯片将细胞和条形码随机分配到不同的微小反应室中。

这个过程可以确保每个反应室中只有一个细胞，并且与其他细胞的DNA条形码无重复，从而保证测序结果的准确性。

然后是cDNA合成和放大。

该步骤使用反转录酶将细胞中的RNA转录成cDNA，并利用PCR技术进行放大。

这一步骤可以增加cDNA的数量，以满足后续的测序需求。

接着是文库构建和测序准备。

该步骤将放大的cDNA进行文库构建，并进行测序准备，如标记样品、质量控制等。

这个过程需要遵循10x Genomics提供的相关方案和说明。

最后是测序和数据分析。

该步骤将文库进行测序，并得到原始的测序数据。

原始数据经过质量控制和过滤后，可以进行后续的数据分析，如基因表达量计算、细胞类型鉴定、细胞亚群分析等。

综上所述，10x单细胞标准流程是一套规范的单细胞测序步骤，能够实现高通量的单细胞测序和数据分析。

通过这一流程，我们可以深入了解单个细胞的基因表达、功能和亚群分布，为生命科学研究提供有力的支持。

单细胞转录组测序技术的原理及其应用近年来，单细胞转录组测序技术越来越受到青睐。

单细胞转录组测序技术可以帮助我们对细胞的基因表达水平进行分析，可以分析单个细胞的转录组，生物学研究中具有非常大的价值。

本文将重点介绍单细胞转录组测序技术的原理及其应用。

一、单细胞转录组测序技术原理单细胞转录组测序技术是近年来兴起的一种基因测序技术，主要分为以下几个步骤：（一）单细胞的分选单细胞的分选是单细胞转录组测序技术中非常重要的一步。

它可以选择细胞类型，进行单细胞的分选，可以使用显微镜或流式细胞仪进行分选。

当我们完成细胞分选后，需要解离细胞，进行cDNA合成，采用反转录酶将RNA转录成cDNA，作为测序的样品。

（二）cDNA测序在转录组实验中，我们需要对已经得到的cDNA进行RNA测序。

RNA测序常用的方法是轮廓序列和转录组，前者是将编码mRNA转录成cDNA，后者是将全部RNA转录成cDNA。

（三）数据分析cDNA测序完成后，我们需要对数据进行分析处理。

首先是定量和表达分析，找到基因在转录组中的表达水平。

接着进行生物信息学分析，如富集分析、通路分析、差异分析等。

最后进行模型构建和预测，发掘新的细胞类型。

二、单细胞转录组测序技术的应用单细胞转录组测序技术在许多领域具有重要的应用价值：（一）发现新细胞亚型使用单细胞测序技术可以发现新的细胞亚型，传统的细胞分离术大多受限于背景噪声的影响，而单细胞转录组测序技术可以在不受干扰的情况下进行细胞子集的分离和分类。

（二）基因表达和调控研究单细胞转录组测序技术可以帮助我们研究基因的表达和调控，从而可以发现潜在的治疗靶点，并提供药物开发的新思路。

（三）肿瘤细胞的进化和药物抗性单细胞转录组测序技术可以帮助我们研究肿瘤细胞的进化机制和药物抗性。

肿瘤细胞是非常异质的，单细胞转录组测序技术可以根据不同的表达模式来揭示其异质性，并发现肿瘤细胞生长和适应性策略的新方案和新技术。

（四）生物学和医学的其他研究领域单细胞转录组测序技术还可以应用于其他广泛的研究领域，如产前检测、神经科学、微生物学、发育生物学、病毒学等。

10x单细胞totalseq测序原理10x单细胞Totalseq测序原理导言：随着单细胞技术的发展，研究人员能够对单个细胞进行高通量的基因表达分析，从而揭示不同细胞类型之间的差异和功能特性。

10x Genomics公司开发的单细胞Totalseq测序技术，通过结合索引和UMI（Unique Molecular Identifier）的方式，实现了对单细胞RNA测序的高效、精确和可靠的分析。

本文将介绍10x单细胞Totalseq测序的原理及其应用。

一、测序原理10x单细胞Totalseq测序技术的核心在于其独特的细胞和分子条码策略。

它通过微流控芯片将单个细胞和特定的细胞破碎反应液滴在一起，每个液滴内只有一个细胞，然后在破碎反应液中加入一系列含有细胞和分子条码的独特微珠。

在破碎反应液中，细胞被破碎并释放出RNA，RNA与微珠中的独特分子条码发生反应，形成RNA-分子条码复合物。

然后，这些复合物经过逆转录反应、扩增和建库等步骤，得到包含有细胞和分子信息的cDNA文库。

接下来，对cDNA文库进行高通量测序，通过读取RNA分子上的分子条码，可以将每个RNA分子与其来自的细胞进行关联，从而实现对单个细胞的基因表达分析。

此外，由于每个RNA分子都含有独特的分子条码，可以有效地区分PCR扩增引入的误差，提高数据的准确性。

二、应用领域10x单细胞Totalseq测序技术可以广泛应用于单细胞基因表达分析的各个领域。

例如，在免疫学研究中，研究人员可以利用该技术对免疫细胞进行高通量分析，揭示不同类型和亚型的免疫细胞之间的功能差异和调控机制。

在神经科学领域，研究人员可以利用10x单细胞Totalseq测序技术对大脑中的神经元进行分析，探索神经元亚型的表达特征以及其在不同脑区和发育阶段的分布情况。

10x单细胞Totalseq测序技术还可以应用于癌症研究、发育生物学、植物学等多个领域，为研究人员提供了一个全新的视角来了解细胞的多样性和功能。

单细胞转录组测序分析随着近年来生物科技的飞速发展，单细胞测序技术的出现不仅能够帮助科学家更加深入地了解生命和疾病的本质，还能够为医学诊疗提供精准的个性化治疗方案。

在单细胞测序技术中，单细胞转录组测序是其中的一个重要分支，它可以为我们提供一个单细胞内所有基因的表达水平。

在本文中，我们将详细介绍单细胞转录组测序分析的原理、流程及其在生命科学研究和医学诊疗中的应用。

一、单细胞转录组测序的原理单细胞转录组测序是通过将一个单一细胞的RNA聚合转录成cDNA，并利用高通量测序技术进行测序分析，从而获得该细胞的转录组信息。

细胞分离以及RNA的提取和扩增非常关键，因为任何一个环节的失误都会导致数据的偏差。

在测序前，还需要用RNA质量评估和库检测等流程进行质量控制。

单细胞转录组测序的原理机制很复杂，需要多方面的知识支持。

二、单细胞转录组测序的流程单细胞转录组测序的流程比较复杂，需要经过以下的步骤：1. 细胞活动状态的评估在测序前，需要对样本细胞的生存状态进行评估，一般通过显微镜观察、细胞计数、第二代荧光活细胞染色剂等方法进行。

2. 细胞分离和捕获细胞分离和捕获是单细胞转录组测序的关键步骤，主要有切割、荧光激活细胞排序（FACS）、微型液滴和微流控芯片等方法进行。

3. RNA提取、扩增和测序将分离得到的单个细胞注入到反应管中，消化细胞膜和细胞核，释放RNA。

并进行RNA修饰清洗以及RNA的反转录。

得到的RNA需要进行扩增，扩增能够让RNA的数量到达足够测序的标准；测序可以用多种方法进行，但是Illumina HiSeq X、MiSeq和Ion Proton平台是最常用的测序方法。

4. 数据处理经过测序，得到的数据需要进行处理，包括数据过滤、比对、聚类、细胞类型识别、表达分析和功能注释等。

三、单细胞转录组测序在生命科学研究中的应用单细胞转录组测序在生命科学研究中的应用十分广泛，以下是一些应用实例：1. 帮助我们重新定义细胞类型使用单细胞转录组测序技术分析肝脏、肾脏和胸腺的细胞转录组，发现了一些未曾发现的小型类型的细胞。

10x 单细胞序列
单细胞测序技术的发展为科学家们提供了一个全新的视角来理
解生物学系统的复杂性。

而10x 单细胞序列技术作为单细胞测序领
域的一项重要突破，为研究人员提供了更为高效和准确的单细胞基
因组学和转录组学分析工具。

本文将介绍10x 单细胞序列技术的原
理和应用，并探讨其在生命科学研究中的潜在价值。

10x 单细胞序列技术是一种基于微流控芯片的单细胞测序平台，通过将单细胞与DNA条形码颗粒共同封装在微水滴中，实现了高通
量的单细胞测序。

这项技术不仅能够实现单细胞的基因组和转录组
测序，还可以将不同细胞的信息进行高效地分离和识别。

这使得研
究人员可以更加全面地了解单个细胞的基因表达和功能，从而揭示
生物体内部复杂的细胞类型和功能差异。

在生命科学研究中，10x 单细胞序列技术已经被广泛应用于多
个领域。

例如，在肿瘤研究中，研究人员利用10x 单细胞序列技术
可以对肿瘤组织中的不同细胞亚群进行高分辨率的分析，从而揭示
肿瘤内部的细胞异质性和进化过程。

此外，10x 单细胞序列技术还
被应用于免疫学、神经科学和发育生物学等领域，为研究人员提供
了全新的视角来理解生物学系统的复杂性。

总的来说，10x 单细胞序列技术的出现为单细胞研究提供了全新的工具和方法，为科学家们揭示生物学系统内部的复杂性和多样性提供了重要的支持。

随着技术的不断进步和应用的不断拓展，相信10x 单细胞序列技术将在未来的生命科学研究中发挥越来越重要的作用。

科普单细胞转录组测序之10×Genomics技术2019年伊始，⾸先，⼩编祝⼤家在新的⼀年⾥事事顺⼼，最主要的是科研成绩节节⾼升，硕果累累~~~*:*。

⋆.(*´◡`)[2019好运加载中......]⾔归正传啦！⼩编之前已经跟⼤家简单介绍过了单细胞转录组测序的⼀些相关知识，并提到了在单细胞转录组前期，主要依赖三种⽅法：SMART-seq2技术、10×genomics技术及Andeplete技术。

今天，⼩编就跟⼤家详细介绍⼀下其中10×genomics单细胞转录组测序的那些事⼉。

0110x Genomics单细胞技术ChromiumTM Single Cell 3' Solution是基于10 X Genomics平台，能够⼀次性分离、并标记500–10000个单细胞，并能在单细胞⽔平进⾏检测的技术，其通过微流控系统，将单细胞或长⽚段DNA分⼦快速分配到油包⽔的微反应体系中，每个微反应体系中的单DNA分⼦会获得唯⼀的特异性分⼦标签，制备⽣成的测序⽂库可以在illumina平台进⾏测序，并由10x Genomics提供数据分析及可视化软件，测序实验及分析流程可以和illumina系统⽆缝衔接。

该平台⼴泛应⽤于3’单细胞转录组测序、基因组组装应⽤、免疫组库测序、ATAC-seq、⼈全基因组及全外显⼦组测序。

10x Genomics单细胞转录组测序有效地解决了组织样本⽆法破解的细胞异质性难题，有助于发现新的细胞类型；并基于⼤量的单细胞基因表达数据，可以提供细胞表达特征聚类、亚群表达特征的分析、标志物筛选等⽅⾯的分析，是⼀种⾼效的单细胞基因表达⽔平检测技术。

02优缺点单细胞转录组测序优缺点10x Genomics单细胞转录组测序优点1、简单便捷：集单细胞分选、扩增、建库于⼀体；2、细胞通量⾼：每个样本细胞数可达500-10000个；3、建库周期短：1天可完成细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增及建库；4、超⾼捕获效率：单细胞捕获效率⾼达65%；5、真正意义的单细胞：单个液滴捕获到多个细胞的概率极低（0.9%/1000cells）；6、价格实惠：相较于其它单细胞平台，价格实惠。

10×Genomics单细胞转录组测序技术10×Genomics技术是一种单细胞RNA测序方法，该技术可实现数千个细胞的快速高效标记、测序和分析，获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况，实现细胞群体的划分与细胞群体间差异表达基因的检测。

10×Genomics单细胞转录组测序的原理10×Genomics平台基于微滴的核酸条形码分配系统，该系统提供了数以百万计级的携带唯一DNA条形码的微滴，通过微流控技术，首先将带有条形码和引物的凝胶珠与单个细胞包裹在油滴（GEMs）中。

凝胶珠溶解，细胞裂解释放mRNA，通过逆转录产生用于测序的带条形码和UMI信息的cDNA。

液滴油层破碎，cDNA扩增，制备cDNA 文库，然后对文库进行测序检测，即可获得大量单细胞的基因表达和免疫组库数据。

技术核心–油滴包裹的凝胶珠（GEMs）该系统有75万种barcoded beads，每个bead上有40-80万探针。

首先介绍（Gel bead）。

Gel bead由凝胶珠和磁珠上的一段引物构成。

Gel bead上连接的引物序列包含四个部分：Illumina TruSeq Read 1测序引物、16 nt的条形码（Barcode）、12 nt的UMI和30 nt的Poly(dT)反转录引物。

•TruSeq Read 1测序引物，为一段已知的短肽核苷酸序列，用于后续的上机测序。

•Barcode：有400万种Barcode，一个微珠对应一种Barcode，通过这400万种Barcode，可以把凝胶微珠给区分开。

•UMI是由随机碱基组成的一段序列，每个DNA分子都有自己的UMI序列，在混合测序时，用于区分不同的样本。

能够区分哪些reads是来自于一个原始cDNA分子，区分基因片段是重复还是duplication及区分是真实的单核苷酸多态性（SNP）位点还是PCR产生的突变。

Poly(dT)VN反转录引物，是含有30个T碱基的同聚DNA片段，一般具有启动子的作用。

10X单细胞转录组测序原理和文库构建注意要点一、10X单细胞转录组测序原理：10X单细胞转录组测序是一种通过将细胞内的RNA转录为cDNA并进行文库构建的高通量测序方法，可以对数千个单个细胞进行同时测序，从而研究细胞间的遗传变异和表达差异。

其原理主要分为四个步骤：细胞的分离、cDNA的合成、文库构建和测序。

1.细胞的分离：先将待测单细胞样品进行细胞的分离，通常使用细胞悬液或组织进行细胞的机械或酶解离。

分离后的单个细胞被封装到微滴中。

2.cDNA的合成：将每个微滴内的单细胞进行RNA的逆转录，得到cDNA。

为了确保单个细胞的cDNA只包含其本身的转录本而不受其他细胞的影响，每个细胞将被随机分配到一个微滴中，并在内部加入一个特定的细胞特异性的条形码。

3.文库构建：经过cDNA合成后，可以进行文库构建。

文库构建包括将样品的cDNA片段连接到测序引物和适配器上，并通过PCR扩增以增加生成的DNA量。

4. 测序：将构建好的文库进行高通量测序，通常使用Illumina测序平台。

通过测序，可以获取到每个单细胞的cDNA序列信息，从而分析细胞内的转录水平和基因表达差异。

二、文库构建注意要点：文库构建是10X单细胞转录组测序中的重要步骤，其正确性和高效性对后续测序结果的准确性和可靠性具有重要影响。

以下是文库构建过程中需要注意的要点：1.cDNA的合成：合成cDNA时，应使用高逆转录效率的酶，确保cDNA 的合成效率和质量。

同时，注意适当调整反应条件，控制cDNA合成反应的温度、时间和酶的浓度，以保证cDNA的合成效率和可靠性。

2.选择适当的引物和适配器：合成文库时，选择适当的引物和适配器非常重要。

引物应能够特异地结合到cDNA的两端，并提供适当的引物序列用于测序。

适配器应能够与测序平台相匹配，并包含用于文库索引的序列。

3.控制PCR扩增条件：PCR扩增是文库构建的重要步骤之一，而PCR 过程中的温度、循环数和酶的浓度对结果具有重要影响。