生物竞赛 第9章 核糖体

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第11章.核糖体
核糖体,是细胞内一种核糖核蛋白颗粒, 其
惟一功能是按照mRNA的指令将氨基酸合成蛋白质
多肽链,所以核糖体是细胞内蛋白质合成的分子机
器。

6.1 核糖体的形态结构
核糖体是细胞内数量最多的细胞器,原核细胞
和真核细胞都有核糖体,功能也相同,但是结构组
成却有很大差别。

6.1.1 核糖体的类型和化学组成
■ 核糖体的类型
● 按存在的部位:有三种类型核糖体,细胞质核
糖体、线粒体核糖体、叶绿体核糖体。

● 按存在的生物类型: 分为两种类型,即真核
生物核糖体和原核生物核糖体。原核细胞的核糖体
较小, 沉降系数为70S,相对分子质量为2.5x103
kDa,由50S和30S两个亚基组成(图6-1);而真
核细胞的核糖体体积较大, 沉降系数是80S,相
对分子质量为3.9~4.5x103 kDa, 由60S和40S
两个亚基组成。
图6-1 从两个不同角度观察的E.coli 核糖体
的三维结构

● Mg2+ 的浓度对于大小亚基的聚合和解离有
很大的影响.
体外实验表明:70S核糖体在Mg2+的浓度小于
1mmol/L的溶液中易解离; 当Mg2+浓度大于
10mmol/L, 两个核糖体通常形成100S的二聚体
(图6-2)。
图6-2 通过区带离心鉴定核糖体的亚基
在低浓度的Mg2+时,完整的核糖体将分成大小两
个亚基。

● 在组成上,叶绿体中的核糖体与原核生物核
糖体相同,但线粒体中核糖体的大小变化较大(表
6-1)。


■ 核糖体的化学组成
图6-3 典型的原核细胞和真核细胞质核糖体的
化学组成

6.1.2 核糖体蛋白质与rRNA
■ 核糖体蛋白
■ 核糖体rRNA
不同生物来源的16S rRNA的序列组成具有进
化上的保守性。认为30S核糖体亚基的形态主要是
由16S rRNA决定的。
图6-5 E.coli中16S rRNA分子折叠的二级结构
折叠主要是由序列中互补碱基配对引起的。
6.3.1 核糖体的功能位点
原核生物核糖体中有四种与RNA分子结合的位
点,其中一个是与mRNA结合的位点,另三个是与
tRNA结合的位点(图6-15)。
图6-15 原核生物核糖体中与RNA结合的位点
● A位点(A site) (即氨酰基位点,是与新掺
入的氨酰tRNA结合的位点, 又叫受位,主要位于
大亚基,是接受氨酰tRNA的部位)

● P位点(P site)( 即肽酰tRNA位点, 又叫供
位, 或肽酰基位点, 主要位于大亚基, 是肽基
tRNA移交肽链后肽酰tRNA所占据的位置, 即与延
伸中的肽酰tRNA结合位点)

● E 位点(exit site ,E site)( E位点是脱
氨酰tRNA离开A位点到完全从核糖体释放出来的
一个中间停靠点,只是作暂时的停留。当E位点被
占据之后,A位点同氨酰tRNA的亲和力降低,防止
了氨酰tRNA的结合,直到核糖体准备就绪,E位点
腾空,才会接受下一个氨酰tRNA)

● mRNA结合位点
真核生物的mRNA同核糖体的结合主要靠5'
端的帽子结构.

原核生物mRNA中与核糖体16S rRNA结合的序
列称为SD序列(SD sequence) (图6-17)。

图6-17 典型的细菌核糖体与mRNA的结合位点
mRNA中的SD序列与核糖体16S rRNA3'端互
补。在SD序列的下游5~10个碱基处是起始密码
AUG或GUG。

6.3.2 蛋白质合成的基本过程
蛋白质合成,或称mRNA翻译是细胞中最复杂的
合成活动。
图6-18 RNA在蛋白质合成中的三种作用
在核糖体上合成多肽链,分为三个完全不同的过
程: 链的起始、链的延伸、链的终止(图6-19)。

■ 蛋白质合成的起始(initiation)
蛋白质合成的起始涉及到mRNA、起始tRNA和核
糖体小亚基之间的相互作用,最后装配成完整的核
糖体,起始过程分三步完成(图6-20)。
图6-20 原核生物蛋白质合成的起始

起始过程涉及多步反应,在原核生物中需要三个
起始因子,在真核生物中涉及多个起始因子。

① 30S亚基与mRNA的结合
mRNA不能与完整的核糖体结合,但是能够同
独立存在的30S核糖体小亚基结合。在原核生物
中,30S核糖体小亚基通过16S rRNA与mRNA起始
密码子AUG上游的SD序列的互补,从而与mRNA结
合。

核糖体小亚基与mRNA的结合还需要起始因子
(IF)的帮助,原核生物的起始因子命名为IFs,真
核生物的起始因子命名为eIFs。原核生物有三种
起始因子,其中有两种(IF1、IF3)通过与30S核糖
体亚基的结合帮助30S亚基与mRNA的识别与结合。

② 第一个aa-tRNA进入核糖体
当mRNA与核糖体小亚基结合后,携带甲酰甲硫
氨酸的tRNA通过反密码子与mRNA中AUG的识别从
而进入核糖体。起始tRNA在与mRNA形成mRNA-30S
亚基复合物之前,必须同GTP、起始因子IF2结合,
形成GTP-IF2-tRNAfMet复合物。起始tRNA复合物与
mRNA的AUG密码子结合后,释放IF3。

③ 完整起始复合物的装配 一旦起始tRNA与
AUG密码子结合,核糖体大亚基就加入到复合物中
形成完整的核糖体-mRNA起始复合物。该过程伴随
GTP的水解、IF1和IF2的释放。其中GTP的水解
可能引起核糖体构型的变化,而改变了的构型正是
蛋白质合成所必需的。

■ 多肽链的延伸
一旦起始复合物形成,蛋白质的合成随即开始,
此过程称为蛋白质合成的延伸。延伸涉及四个重复
的步骤∶①氨酰tRNA进入核糖体的A位点;②肽
键形成;③转位;④脱氨酰tRNA释放。上述四步的
循环,使肽链不断延长。在整个过程中,需要GTP
和一些延长因子的参与(图6-21)。

图6-21 蛋白质合成的延伸
■ 终止(termination)
蛋白质合成的终止是指核糖体沿着mRNA移
动,如果进入A位的是终止密码子,由于没有与之
匹配的反密码子,而终止蛋白质的合成。一共有三
种终止密码子:UAA、UAG、UGA,其中任何一种进入
A位都会终止蛋白质的合成,并导致多肽链从核糖
体释放出来(图6-22)。

图6-22 蛋白质合成的终止
6.3.3 多聚核糖体(polyribosomes)

6.3.4 蛋白质合成抑制剂
不同的蛋白质合成抑制剂具有不同的作用方式,
是研究蛋白质合成机制的有用工具。


■ 抗生素
抗生素是主要的蛋白质合成抑制剂,如氯霉素、
链霉素等。

不同抗生素的作用机制不同。如链霉素主要是
抑制起始tRNA和非起始tRNA与核糖体的结合,导
致肽链合成的提前终止。有些抗生素抑制50S大亚
基肽酰转移酶的活性,如氯霉素。表6-3是某些常
用抗生素的作用。

■ 嘌呤霉素
● 结构 嘌呤霉素(puromycin)是一种蛋白质合
成抑制剂,它具有与tRNA分子末端类似的结构(图
6-26), 能够同氨基酸结合,代替氨酰化的tRNA同
核糖体的A位点结合,并掺入到生长的肽链中。

图6-26 嘌呤霉素与苯丙氨酰tRNA3'末端结构
的比较


■ 蛋白质的寿命信号
N-端规则(N-end rule): 每一种蛋白质都有寿
命特征, 称为半衰期(half-life)。研究发现多肽
链N-端特异的氨基酸与半衰期相关,称为N-端规
则。