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PhyA基因序列分析,生物信息学论文

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PhyA基因序列分析 前言：phyA基因是编码拟南芥（arabidopsis）phyA（光敏色素A）基因，光敏色素是植物体本身合成的一种调节生长发育的色蛋白，由蛋白质及生色团两部分组成。植物光敏色素作为光受体,感知环境条件,进行能量转换。深入挖掘光敏色素基因作用的分子机理,便于提升其在作物遗传改良中应用的有效性。在生物学中起着重要作用。因此，用生物信息学的方法和软件对phyA基因进行分析是很有必要的。

编码拟南芥（arabidopsis）phyA（光敏色素A）基因，它的GI: 224576211. Unigene号：EU915082 基因序列： >gi|224576211|gb|EU915082.1| Arabidopsis thaliana phytochrome A (PHYA) gene, partial cds GACTTTGAGCCGGTGAAGCCTTACGAAGTCCCCATGACAGCTGCTGGTGCCTTACAATCATACAAGCTCG CTGCCAAAGCAATCACTAGGCTGCAATCTTTACCCAGCGGGAGTATGGAAAGGCTTTGTGATACAATGGT TCAAGAGGTTTTTGAACTCACGGGGTATGACAGGGTGATGGCTTATAAGTTTCATGAAGATGATCACGGT GAGGTTGTCTCCGAGGTTACAAAACCTGGGCTGGAGCCTTATCTTGGGCTGCATTATCCTGCCACCGACA TCCCTCAAGCAGCCCGTTTTCTGTTTATGAAGAACAAGGTCCGGATGATAGTTGATTGCAATGCAAAACA TGCTAGGGTGCTTCAAGACGAAAAGCTTTCCTTTGACCTTACCTGGTGTGGCTCCACCCTTAGAGCACCG CACAGCTGCCATTTGCAGTACATGGCCAACATGGATTCAATTGCATCTCTGGTTATGGCGGTTGTAGTTA ACGAGGAAGATGGAGAAGGGGATGCTCCTGATGCTACTACACAGCCTCAAAAGAGAAAGAGACTATGGGG TTTAGTGGTTTGTCACAATACGACTCCGAGGTTTGTTCCATTTCCTCTCAGGTATGCCTGTGAGTTTCTA GCTCAAGTGTTTGCCATACACGTCAATAAGGAGGTGGAACTCGATAACCAGATGGTGGAGAAGAACATTN TGCGCACGCAGACACTCTTGTGCGATATGCTGATGCGTGATGCTCCACTGGGTATTGTGTCGCAAAGCCC CAACATAATGGACCTTGTGAAATGTGATGGAGCAGCTCTCTTGTATAAAGACAAGATATGGAAACTGGGA ACAACTCCAAGTGAGTTCCACCTGCAGGAGATAGCTTCATGGTTGTGTGAATACCACATGGATTTAACGG GTTTGAGCACTGATAGTTTGCATGACGCCGGGTTTCCTAGGGCTCTATCTCTCGGGGATTCGGTATGTGG GATGGCAGCTGTGAGGATATCATCGAAAGACATGATTTTCTGGTTCCGTTCTCATACCGCTGGTGAAGTG AGATGGGGAGGTGCGAAGCATGATCCAGATGATAGGGATGATGCAAGGAGAATGCACCCAACGTCATCGT TCAAGGCTTTCCTTGAAGTGGTCAAGACAAGGAGTTTACCTTGGAAGGACTATGAGATGGATGCCATACA CTCCTTGCAACTTATTTTGAGGAATGCTTTCAAGGATAGTGAAACTACTGATGTGAATACAAAGGTCATT TACTCGAAGCCAAATGATCTCAAAATTGATGGTATACAAGAACTAGAAGCTGTGACCAGTGAGATGGTTC GTTTAATTGAGACTGCTACGGTGCCAATATTGGCGGTTGATTCTGATGGACTGGTTAATGGTTGGAACAC GAAAATCGCTGAGCTGACTGGTCTTTCGGTTGATGAAGCAATCGGGAAGCATTTCCTCACACTTGTTGAA GATTCTTCAGTGGAAATCGTTAAAAGGATGCTAGAGAACGCATTAGAAGGTAAACTCTCTTCCTAAGTTA TGCTGAGTTTGCTAAGAATCTTCCAACTAGATTTCACTATTCAAGTTCCAGTTGAGTATCGTGGTCGAAG AAACTTGATGCAATGTGTTGTTTTTGGTTCTTAATGATGGAATTTTGTTTTCCAATTTTATCAAACACTG AAGCCGAGTCTATAACTTCACTTGCTTATCTATGCAGGAACTGAGGAGCAGAATGTCCAGTTTGAGATCA AGACACATCTGTCCAGGGCTGATGCTGGGCCAATAAGTTTAGTTGTAAATGCATGCGCAAGTAGAGATCT CCATGAAAACGTGGTTGGGGTGTGTTTTGTAGCCCATGATCTTACTGGCCAGAAGACTGTGATGGACAAG TTTACGCGGATTGAAGGTGATTACAAGGCAATCATCCAA

protein_id="ACN56799.1" 蛋白质序列： >gi|224576212|gb|ACN56799.1| phytochrome A [Arabidopsis thaliana] DFEPVKPYEVPMTAAGALQSYKLAAKAITRLQSLPSGSMERLCDTMVQEVFELTGYDRVMAYKFHEDDHG EVVSEVTKPGLEPYLGLHYPATDIPQAARFLFMKNKVRMIVDCNAKHARVLQDEKLSFDLTWCGSTLRAP HSCHLQYMANMDSIASLVMAVVVNEEDGEGDAPDATTQPQKRKRLWGLVVCHNTTPRFVPFPLRYACEFL AQVFAIHVNKEVELDNQMVEKNIXRTQTLLCDMLMRDAPLGIVSQSPNIMDLVKCDGAALLYKDKIWKLG TTPSEFHLQEIASWLCEYHMDLTGLSTDSLHDAGFPRALSLGDSVCGMAAVRISSKDMIFWFRSHTAGEV RWGGAKHDPDDRDDARRMHPTSSFKAFLEVVKTRSLPWKDYEMDAIHSLQLILRNAFKDSETTDVNTKVI YSKPNDLKIDGIQELEAVTSEMVRLIETATVPILAVDSDGLVNGWNTKIAELTGLSVDEAIGKHFLTLVE DSSVEIVKRMLENALEGTEEQNVQFEIKTHLSRADAGPISLVVNACASRDLHENVVGVCFVAHDLTGQKT VMDKFTRIEGDYKAIIQ

文献资料：Brassicaceae phylogeny inferred from phytochrome A and ndhF sequence data: tribes and trichomes revisited.

它的分子质量、碱基组成： Composition 35 A; 25 C; 35 G; 15 T; 0 OTHER Percentage: 32% A; 23% C; 32% G; 14% T; 0%OTHER Molecular Weight (kDa): ssDNA: 34.26 dsDNA: 67.8 互补序列、反向序列、反向互补序列、DNA双链序列和RNA序列： R S 1 ACTACTCGAG AAGCAGCGAC AGAGGCGTTA GCCCGCTCAG CAGACTGGCA GTTCTCTACC 61 GACAAAAAAG AGGTAGGAGG CACAGTAATG ATACAGGCGT AGCAGGAGGG C S 1 CCCTCCTGCT ACGCCTGTAT CATTACTGTG CCTCCTACCT CTTTTTTGTC GGTAGAGAAC 61 TGCCAGTCTG CTGAGCGGGC TAACGCCTCT GTCGCTGCTT CTCGAGTAGT R C S 1 TGATGAGCTC TTCGTCGCTG TCTCCGCAAT CGGGCGAGTC GTCTGACCGT CAAGAGATGG 61 CTGTTTTTTC TCCATCCTCC GTGTCATTAC TATGTCCGCA TCGTCCTCCC D DNA S 1 GGGAGGACGA TGCGGACATA GTAATGACAC GGAGGATGGA GAAAAAACAG CCATCTCTTG CCCTCCTGCT ACGCCTGTAT CATTACTGTG CCTCCTACCT CTTTTTTGTC GGTAGAGAAC 61 ACGGTCAGAC GACTCGCCCG ATTGCGGAGA CAGCGACGAA GAGCTCATCA TGCCAGTCTG CTGAGCGGGC TAACGCCTCT GTCGCTGCTT CTCGAGTAGT RNA S 1 GGGAGGACGA UGCGGACAUA GUAAUGACAC GGAGGAUGGA GAAAAAACAG CCAUCUCUUG 61 ACGGUCAGAC GACUCGCCCG AUUGCGGAGA CAGCGACGAA GAGCUCAUCA 限制性酶切位点分析结果（酶及识别位点）： Restriction analysis on US Methylation: dam-No dcm-No Screened with 117 enzymes, 5 sites found Ecl136II 1 GAG/CTC 103 EcoICRI 1 GAG/CTC 103 SacI 1 GAGCT/C 105

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RNA测序数据的生物信息学分析

RNA测序数据的生物信息学分析

RNA测序数据的生物信息学分析RNA 测序数据的生物信息学分析，这可真是个有意思的话题！咱先来说说 RNA 测序是啥。

简单来讲，就好比我们要去了解一个神秘的语言密码，而 RNA 测序就是帮我们捕捉这些密码的工具。

比如说，我们身体里的细胞就像一个个小工厂，每个工厂都有自己的工作任务和交流方式。

RNA 就是这些小工厂之间传递信息的“小信使”。

那 RNA 测序数据的生物信息学分析又是咋回事呢？这就像是我们拿到了一堆乱码，得想办法把它们整理清楚，搞明白里面的意思。

我给您举个例子吧。

之前我在实验室里，和小伙伴们一起研究一种疾病。

我们收集了患者的细胞样本，然后进行 RNA 测序。

那数据一出来，简直是眼花缭乱，就像一堆乱麻。

这时候，生物信息学分析就派上用场啦！我们用各种软件和算法，对这些数据进行筛选、整理和比较。

就好像在大海里捞针，要找出那些和疾病相关的关键信息。

比如说，我们发现某些基因的表达量在患者中明显升高或者降低了，这可能就是疾病发生的线索。

在分析的过程中，可不能马虎。

一点点小错误，都可能导致完全不同的结果。

有时候，为了验证一个分析结果，我们得反复检查数据，重新计算，那真是费了不少功夫。

而且这分析可不只是简单的加减乘除，还得考虑很多复杂的因素。

比如样本的差异、实验条件的影响等等。

不过，当我们最终从那一堆看似毫无头绪的数据中，找到了有价值的信息，那种成就感简直爆棚！就好像在黑暗中摸索了好久，终于看到了一丝曙光。

总的来说，RNA 测序数据的生物信息学分析就像是一场解谜游戏。

我们要运用各种技巧和工具，去解开那些隐藏在数据背后的秘密，为医学研究和疾病治疗提供有力的支持。

这工作虽然有时候挺头疼，但每一次的突破都让我们离真相更近一步，也让我们对生命的奥秘有了更深的理解。

希望未来，通过我们不断的努力和探索，能让这个领域有更多的惊喜和发现，为人类的健康事业做出更大的贡献！。

梨贝壳杉烯氧化酶基因PpKO的克隆及生物信息学分析

梨贝壳杉烯氧化酶基因PpKO的克隆及生物信息学分析

园艺学报 2010，37（10）：1575–1582Acta Horticulturae Sinica梨贝壳杉烯氧化酶基因PpKO的克隆及生物信息学分析李节法，田义轲*，王彩虹，田伟，宋伟，殷豪（青岛农业大学园林园艺学院，山东青岛 266109）摘 要：以黄金梨（Pyrus pyrifolia Nakai）茎尖为试材，应用同源克隆和RACE方法从梨茎尖中克隆到赤霉素合成代谢的关键酶：内根-贝壳杉烯氧化酶（KO）基因cDNA的全长序列，命名为PpKO，GenBank登录号为：HM003112，其长度为1 752 bp。

PpKO的开放阅读框（ORF）编码515个氨基酸，相对分子量为59.007 kD，等电点为7.19。

氨基酸同源性分析表明，PpKO与已报道的其它植物的KO氨基酸序列具有59.4% ~ 95.9%相似性；氨基酸聚类分析表明，梨和苹果首先聚类，其次是草莓；生物信息学分析表明：PpKO含有细胞色素P450核心功能域FXXGXRXCXG和氨基端的跨膜结构域。

关键词：梨；贝壳杉烯氧化酶基因（PpKO）；生物信息学分析中图分类号：S 661.2 文献标识码：A 文章编号：0513-353X（2010）10-1575-08Cloning and Bioinformatics Analysis of ent-Kaurene Oxidase Gene PpKO in Pear（Pyrus pyrifolia Nakai）LI Jie-fa，TIAN Yi-ke*，WANG Cai-hong，TIAN Wei，SONG Wei，and YIN Hao（College of Landscape and Horticulture，Qingdao Agricultural University，Qingdao，Shandong 266109，China）Abstract：Ent-kaurene oxidase（KO）is a critical enzyme in the pathway of gibberellins biosynthesis. In this research，ent-kaurene oxidase gene in pear，designated as PpKO（GenBank accession number：HM003112），was isolated from‘Whangkeumbae’（Pyrus pyrifolia Nakai）stem apical tissue by homologous cloning and RACE technology. The full cDNA was 1 752 bp in length with an open reading frame（ORF）of 1 548 bp encoding a protein of 515 amino acids. Molecular weight and isoelectric point of the protein was 59.007 kD and 7.19，respectively. Amino acids homology analysis indicated that the sequence had 59.4%–95.9% similarity with those of other reported plants. Amino acids cluster analysis showed that KO from apple was clustered together with PpKO firstly，and followed by that from strawberry. Bioinformatics analysis exhibited that PpKO contained a core functional domain of cytochrome P450（FXXGXRXCXG）and transmembrane region near the N-terminus.Key words：pear；ent-kaurene oxidase gene（PpKO）；bioinformatics analysis果树的矮化性状是一个非常重要的农艺性状，在提高产量、改进品质和变革果树种植模式上发收稿日期：2010–06–02；修回日期：2010–09–03基金项目：山东省自然科学基金项目（Y2008D51）；青岛农业大学高层次人才科研基金项目* 通信作者Author for correspondence（E-mail：yktian123@）1576 园艺学报37卷挥着巨大作用。

亚洲棉CBL基因家族鉴定及生物信息学分析

亚洲棉CBL基因家族鉴定及生物信息学分析

棉花科学，２０２１，４３（２）：１４－２１前沿与创新亚洲棉ＣＢＬ基因家族鉴定及生物信息学分析杨秀，邓艳凤，肖水平，刘新稳，王涛，杨绍群（江西省棉花研究所／国家棉花产业技术体系鄱阳湖综合试验站，江西九江３３２１０５）收稿日期：２０２１ ０２ １９基金项目：国家重点研发计划（２０１８ＹＦＤ０１００４０４）；国家重点研发计划（２０１６ＹＦＤ０１０１４１４）；江西省现代农业产业技术体系专项（ＪＸＡＲＳ ２２）。

作者简介：杨秀（１９９１ ），女，研究实习员，硕士，从事棉花新品种选育与栽培研究工作，ｙａｎｇｘｉｕ０１１７＠１６３ ｃｏｍ。

通信作者：杨绍群，农艺师，从事棉花新品种选育与栽培研究工作，５２３６３９５１５＠ｑｑ ｃｏｍ。

摘要：为了探究ＣＢＬ（钙调磷酸酶Ｂ亚基蛋白）基因参与棉花非生物胁迫响应。

利用生物信息学的方法对亚洲棉ＣＢＬ家族成员进行鉴定，并对其成员的理化性质、进化关系、基因结构、蛋白结构、染色体定位、顺式作用元件进行分析。

结果表明，在亚洲棉中获得２０个ＣＢＬ基因，该基因成员蛋白的理化性质差异不大，大多数ＣＢＬ基因成员的等电点为４～５ ５，ＣＢＬ蛋白中的氨基酸大部分为酸性；系统进化树分析得出两个组，ＧｒｏｕｐＩＩ包含的成员最多，ＧｒｏｕｐＩ中仅有ＧａＣＢＬ４ １、ＧａＣＢＬ４ ２、ＧａＣＢＬ４ ３和ＧａＣＢＬ８共４个成员；结构域和保守基序分析发现所有的ＣＢＬ基因均含有至少一个ＥＦ ｈａｎｄ结构域，且同一类群中的大多数成员具有相似的ｍｏｔｉｆ；基因结构分析发现同一类群中外显子－内含子结构比较相似，不同组之间的基因结构差异较大。

染色体定位分析发现１８个ＣＢＬ基因被定位在１０条染色体上，而ＧａＣＢＬ２ ５和ＧａＣＢＬ２ ６不能定位到任何染色体上。

ＧａＣＢＬ家族基因成员启动子区域中均含有多个能够应答逆境和植物激素的顺式作用元件。

综上表明，亚洲棉各ＣＢＬ基因参与不同的生物学过程并发挥着不同的功能。

关键词：亚洲棉；ＣＢＬ；基因鉴定；生物信息分析中图分类号：Ｓ５６２ ０３５　文献标识码：Ａ　文章编号：２０９５－３１４３（２０２１）０２－００１４－０８ＤＯＩ：１０ ３９６９／ｊ ｉｓｓｎ ２０９５－３１４３ ２０２１ ０２ ００２ＩｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＧＡＣＢＬＦａｍｉｌｙＧｅｎｅｉｎＧｏｓｓｙｐｉｕｍＡｒｂｏｒｅｔｕｍＹａｎｇＸｉｕ，ＤｅｎｇＹａｎｆｅｎｇ，ＸｉａｏＳｈｕｉｐｉｎｇ，ＬｉｕＸｉｎｗｅｎ，ＷａｎｇＴａｏ，ＹａｎｇＳｈａｏｑｕｎ（ＣｏｔｔｏｎＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＪｉａｎｇｘｉＰｒｏｖｉｎｃｅ／ＰｏｙａｎｇＬａｋｅＣｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅＥｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌＳｔａｔｉｏｎｏｆＮａｔｉｏｎａｌＣｏｔｔｏｎＩｎｄｕｓｔｒｉａｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙＳｙｓｔｅｍ．，Ｊｉｕｊｉａｎｇ，Ｊｉａｎｇｘｉ３３２１０５，Ｃｈｉｎａ）Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＩｎｏｒｄｅｒｔｏｅｘｐｌｏｒｅｔｈｅｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔｏｆＣＢＬ（ｃａｌｃｉｎｅｕｒｉｎＢｓｕｂｕｎｉｔｐｒｏｔｅｉｎ）ｇｅｎｅｓｉｎａｂｉｏｔｉｃｓｔｒｅｓｓｒｅｓｐｏｎｓｅｉｎｃｏｔｔｏｎ．ＵｓｉｎｇｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｍｅｔｈｏｄｓｔｏｉｄｅｎｔｉｆｙｔｈｅｍｅｍｂｅｒｓｏｆＧａＣＢＬｆａｍｉｌｙ，ａｎｄｔｈｅｐｈｙｓｉｃｏｃｈｅｍｉ·４１·《棉花科学》欢迎投稿，欢迎订阅！棉花科学２０２１年（第４３卷）第２期杨秀，等：亚洲棉ＣＢＬ基因家族鉴定及生物信息学分析ｃａｌｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ，ｇｅｎｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ｐｒｏｔｅｉｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｌｏｃａｔｉｏｎａｎｄｃｉｓ－ａｃｔｉｎｇｅｌｅｍｅｎｔｓｏｆｔｈｅｍｅｍｂｅｒｓｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔ２０ＣＢＬｇｅｎｅｓｗｅｒｅｏｂｔａｉｎｅｄｆｒｏｍＧ．ａｒｂｏｒｅｕｍ，ａｎｄｔｈｅｐｈｙｓｉｃａｌａｎｄｃｈｅｍｉｃａｌｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓｏｆｔｈｅｉｒｍｅｍｂｅｒｐｒｏｔｅｉｎｓｗｅｒｅｎｏｔｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙｄｉｆｆｅｒｅｎｔ．ＴｈｅｉｓｏｅｌｅｃｔｒｉｃｐｏｉｎｔｓｏｆｍｏｓｔｍｅｍｂｅｒｓｏｆＧａＣＢＬｇｅｎｅｓｗｅｒｅｂｅｔｗｅｅｎ４ｔｏ５ ５，ｔｈａｔｍｏｓｔｏｆｔｈｅａｍｉｎｏａｃｉｄｓｉｎＧａＣＢＬｐｒｏｔｅｉｎｓｗｅｒｅａｃｉｄｉｃ．Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｔｗｏｇｒｏｕｐｓ，ＧｒｏｕｐＩＩｃｏｎｔａｉｎｅｄｔｈｅｍｏｓｔｍｅｍｂｅｒｓ，ｗｈｉｌｅＧｒｏｕｐＩｏｎｌｙｃｏｎｔａｉｎｅｄＧａＣＢＬ４ １，ＧａＣＢＬ４ ２，ＧａＣＢＬ４ ３ａｎｄＧａＣＢＬ８．Ｔｈｒｏｕｇｈｄｏｍａｉｎａｎｄｃｏｎｓｅｒｖｅｄｍｏｔｉｆａｎａｌｙｓｉｓ，ｆｏｕｎｄｔｈａｔａｌｌＧａＣＢＬｇｅｎｅｓｃｏｎｔａｉｎａｔｌｅａｓｔｏｎｅＥＦ ｈａｎｄｄｏｍａｉｎ，ａｎｄｍｏｓｔｍｅｍｂｅｒｓｏｆｔｈｅｓａｍｅｇｒｏｕｐｈａｖｅｓｉｍｉｌａｒｍｏ ｔｉｆｓ．Ｔｈｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｇｅｎｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅｆｏｕｎｄｔｈａｔｔｈｅｅｘｏｎ ｉｎｔｒｏｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｔｈｅｓａｍｅｇｒｏｕｐｗａｓｓｉｍｉｌａｒ，ａｎｄｔｈｅｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｏｆｇｅｎｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅｂｅｔｗｅｅｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｇｒｏｕｐｓｗａｓｇｒｅａｔ．Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌｌｏｃａｔｉｏｎａｎａｌｙｓｉｓｒｅｖｅａｌｅｄｔｈａｔ１８ＧａＣＢＬｇｅｎｅｓｗｅｒｅｌｏｃａｔｅｄｏｎ１０ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ，ｗｈｉｌｅＧａＣＢＬ２ ５ａｎｄＧａＣＢＬ２ ６ｃｏｕｌｄｎｏｔｂｅｌｏｃａｔｅｄｏｎａｎｙｃｈｒｏ ｍｏｓｏｍｅ．ＴｈｅｐｒｏｍｏｔｅｒｒｅｇｉｏｎｓｏｆｍｅｍｂｅｒｓｏｆｔｈｅＧａＣＢＬｆａｍｉｌｙｏｆｇｅｎｅｓｃｏｎｔａｉｎｓｅｖｅｒａｌｃｉｓ ａｃｔｉｎｇｅｌｅｍｅｎｔｓｔｈａｔｒｅ ｓｐｏｎｄｔｏｓｔｒｅｓｓａｎｄｐｌａｎｔｈｏｒｍｏｎｅｓ．Ｉｎｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎ，ｄｉｆｆｅｒｅｎｔＧａＣＢＬｐａｒｔｉｃｉｐａｔｅｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｐｒｏｃｅｓｓｅｓａｎｄｐｌａｙｄｉｆｆｅｒｅｎｔｆｕｎｃｔｉｏｎｓ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍａｒｂｏｒｅｕｍ；ＣａｌｃｉｎｅｕｒｉｎＢ ｌｉｋｅｐｒｏｔｅｉｎｓ；Ｇｅｎｅｔｉｃｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ；Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓ 土壤盐碱化会引起离子毒性、高渗透胁迫和氧化等次生胁迫从而对植物造成危害［１］。

参薯ADP-ribosylation factor(ARF)基因的生物信息学分析

参薯ADP-ribosylation factor(ARF)基因的生物信息学分析


参薯Ａ Ｄ Ｐ — ｒ ｉ ｂ ｏ ｓ ｙ ｌ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｆ ａ ｃ ｔ ｏ ｒ （ Ａ Ｒ Ｆ ） 基因的 生物信 息学分析
高洪 昌，黄小龙 ，陈银 华 ，许 云 ，吴文嫱 ，谢 俊 ，黄东益
（ 海 南大 学农 学 院 ，海 口 ５ ７ ０ ２ ２ ８ ）
摘要： 【 目的 】 对参薯等 １ １ 种植 物 的Ａ Ｒ Ｆ 基因进行生 物信息学分析 ， 为深入研 究植物Ａ Ｒ Ｆ 基 因的结构与功能分 析 奠定 基础。【 方法 】 对参薯Ａ Ｒ Ｆ 同源序列进行克 隆和序列测定 ， 利用生物信息学相关软件对参薯等 Ｉ １ 种植物 的Ａ Ｒ Ｆ 的
Ａ ｂ ｓ ｔ ｒ ａ ｃ ｔ ： 【 ０ ｂ ｊ ｅ ｃ ｔ ｉ ｖ ｅ 】 Ｔ ｈ ｅ ｂ ｉ ｏ ｉ ｎ ｆ ｏ ｒ ｍ ａ ｔ ｉ ｃ ｓ ａ ｎ ａ ｌ ｙ ｓ ｉ ｓ ｏ ｆ １ １ ｐ ｌ ａ ｎ ｔ ｓ ｉ ｎ ｃ ｌ ｕ ｄ ｉ ｎ ｇ Ｄ ｉ ｏ ｓ ｅ ｏ ｒ ｅ ａ ａ ｌ ａ ｔ ａ Ｌ ． ｗ ａ ｓ ｃ ｏ ｎ ｄ ｕ ｃ ｔ ｅ ｄ ｔ ｏ ｐ ｒ ｏ ｖ ｉ ｄ ｅ ｒ ｅ ｆ ｅ ｒ ｅ ｎ ｃ ｅ ｓ ｆ ｏ ｒ ｆ ｕ ｒ ｔ ｈ ｅ ｒ ｒ ｅ ｓ ｅ ａ ｒ ｃ ｈ ｏ ｎ ｓ ｔ ｒ ｕ ｃ ｔ ｕ ｒ ｅ ａ ｎ ｄ ｆ ｕ ｎ ｃ ｔ ｉ ｏ ｎ ｏ ｆ ｐ ｌ ａ ｎ ｔ Ａ Ｒ Ｆ ｇ ｅ ｎ ｅ ． 【 Ｍｅ ｔ ｈ ｏ ｄ 】 Ｔ ｈ ｅ ｃ ｌ ｏ ｎ ｉ ｎ ｇ ａ ｎ ｄ ｓ ｅ ｑ ｕ ｅ ｎ ｃ ｅ ａ ｎ ａ ｌ ｙ ｓ ｉ ｓ ｏ ｆ
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