%92%ad散型汗孔角化症致病基因的定位克隆

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硕士学位论文shandOn9Unjversjty

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论文题目:高衣砖铆:彳址向I逮t鼬而勘i聊

作者姓名壶2睦盟专业整巫瘟疰4勃盘篮

指导教师姓名孤苇I专业技术职务叵】赵选

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即乳校学学原创性声明

本人郑重声明:所呈交的学位论文,是本人在导师的指导下,独立进行研究所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外,本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的科研成果。对本文的研究作出重要贡献的个人和集体,均已在文中以明确方式标明。本声明的法律责任由本人承担。

论文作者签名:监

Et期:堕』.篁、易

关于学位论文使用授权的声明本人完全了解山东大学有关保留、使用学位论文的规定,同意学校保留或向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版,允许论文被查阅和借阅;本人授权山东大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索,可以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文和汇编本学位论文。

(保密论文在解密后应遵守此规定)

论文作者签名:壶噬盟导师签名:论文作者签名:业监魁导师签名:日期:塑丛:茎:];山东大学硕士学位论文浅表播散型汗孔角化症致病基因的定位克隆专业:皮肤病与性病学硕士研究生:刘晨帆导师:张莉副教授

中文摘要目的对已定位的浅表播撒型汗孔角化症致病区段的候选基因进行大规模突变筛查及突变分析,以识别该病的致病基因,进一步阐明汗孔角化症的发病机制。方法抽提家系成员的外周血基因组DNA和正常人皮肤组织RNA。利用已知的网上资源对候选区域内的基因进行搜索,然后利用皮肤组织RNA对候选基因进行RT-PCR,确定在皮肤中表达的基因,根据基因组序列设计PCR引物,用家系样本的DNA做模板,进行PCR扩增,然后用SAP、ExonI纯化PCR产物。用BigDye

Terminator测序试剂盒进行测序反应,采用3700DNA自动测序仪测序,再采用生物信息学方法处理测序结果,寻找突变位点,识别致病基因。结果发现了标记物D12s1671.D12s1605之间的24个基因在皮肤中表达。共筛查了这一区段包括SSHI、SART3基因在内的60个基因,一共736个外显子,发现了203个SNPs,其中有3个与家系4高度连锁,即:KIAA0701E20外显子161bp处

T/G杂合:FLJl0620E8外显子上游108bp处GG的杂合缺失:FLJ34221E25外显子22bp处G/A杂合。结论发现了与家系4高度连锁的3个SNPs,排除了60个候选基因是汗孔角化症致病基因的可能性。意义本研究发现了与家系4高度连锁的3个SNPs更加支持了我们将DSP致病基因定位于染色体12q23.1.24.2的准确性。同时排除了这一区域中60个候选基因是汗孔角化症致病基因的可能性,为以后汗孔角化症致病基因的研究节省了大量的人力物力。关键词汗孔角化症定位克隆大规模突变筛查突变分析致病基因单核苷酸多态性山东大学硕士学位论文DISEASEGENEPOSITIONALCLONINGOF

DISSEMINATED

SUPERFICIALPOROKERATOSIS

Special:DermatologyandVenerologyGraduatestudant:LiuChertfan

Mentor:ZhangLiAssociateprofessor

AbstractobjectiveUsing

the

locatedlocusfor

DSP.weperformacosmicalmutation

screeningandthemutationanalysisforcandidategenesinordertofmdthediseasegene

causingDSP,andthencladfythepathogenesisofPKmoreclearly.MethodWecollectedthepedigreemembers’clinicaldata,bloodsamples

andtheskintissueofthe

healthy

person.AfterwardsthegenomieDNAofperipheralbloodandtheRNAoftheskintissuewereextracted.Firstly,wescreenedthehuman

genomicdatabase

(http://www.genomic.ucsc.edu/)andfixed78candidategenesatthis

region.Then,we

designedPCRprimersbyPrimerExpressTM2.0

softwareourselves.Acosmicalmumtion

screeningwasbeginning.Firstofall,weprocessedRT-PCRwith

RNAextracted丘om

normalskintissuesbyclassicalmethod,andselectedthegenesexpressed

inskinto

pefformePCRamplificationwithgenomicDNAofindividualsofpedigree4.Afterwards,

thePCRproductswerepurifiedwithShrimpAlkalineand

Exonuclease.Then,sequenced

with2vIpurifiedproduct(withABIPrism8BigDyeTMTerminator

CycleSequencing

ReadyReactionKit).themutationanalysiswasperformedforthesequenceinordertofindthediseasegenecausingDSE

ResultWefound24genesareexpressedinskininthecandidate

regionbyRT-PCIL

Wescreenedthe60candidategenesincluding736exons.Inthesegenes,wefound203

supsincluding3locuswh/chaletightlylinkagetothedisease.(1)KIAA0701exon20

161bp;aG/Theterozygote;(2)FLJl0620theupstreamof

exon8a

two-G-deletion;(3)

2mutationanalysisdiseasegenesinglenucleotidepolymorphism

3山东大学硕士学位论文MDHGPPKPMDSPLPPPDSAPPPPDPPPPSTRPCRsNPSSCPDGGEDHPLCHADRFLPCCM

TGGERAPD~捎m

SAPExonIDTTSuperscriptaseIICKl8

符号说明单基因遗传病人类基因组计划汗孔角化症斑块型汗孔角化症浅表播散型汗孑L角化症线性汗孔角化症点状汗孔角化症播散浅表性光化性汗孔角化症掌跖合并播散性汗孔角化症掌跖点状汗孔角化症短串联重复序列聚合酶链反应单核苷酸多态性单链构象多态性变性梯度凝胶电泳变性高效液相色谱异源双链核酸分子分析限制性片段长度多态性酶化学裂解法温度梯度凝胶电泳随机扩增多态性突变错配扩增检验虾碱性磷酸酶核酸外切酶二硫苏糖醇SSH逆转录酶细胞角蛋白18

4山东大学硕士学位论文======================================;=======================;===;======;=;=================盘

RT—PcR逆转录聚合酶链反应CM厘摩尔根

HIV人类免疫缺陷病毒LCHCC肝硬化

肝细胞肝癌山东大学硕士学位论文前言单基因遗传病(monogenicdisease,MD)是由单个基因突变引起的一类遗传性疾病,也是唯一符合孟德尔遗传方式的疾病。MD具有数量多,散发,危害子代健康的特点。20世纪90年代初人类基因组计划(HGP)的启动和发展,尤其是人类基因组框架草图的完成,为人类遗传性疾病(尤其是单基因遗传病)致病或易感基因的定位、克隆提供了前所未有的契机。目前全基因组扫描技术、定位候选克隆技术已经成熟。大规模全基因组扫描和分型的连锁分析方法具有快速、准确及高效率的特点,它已在许多单基因遗传病的研究中发挥了巨大的优势。单基因病主要包括常染色体显性、常染色体隐性和X连锁遗传这三种形式。汗孔角化症(porokeratosis,PK)是一组少见的、慢性、进行性以常染色体显性方式遗传的单基因遗传性皮肤病。皮损特征为一个或多个离心性环状斑,中央呈轻度萎缩,边缘堤状角质嵴围绕。1893年MibeUi首次发现MibeUi斑块型汗孔角化症【11(plaquetypeofMibelli,PM),

同年Respighi发现了浅表播散型汗孔角化症Ⅲ(disseminatedsuperficial

formof

porokeratosis,DSP)。汗孔角化症可以简单的划分为两大类:局限型和播散性[31。局限型包括:PM、线性汗孔角化症(1inerporokeratosis,LP)[41、掌跖点状汗孔角化症嘲(porokeratosispunctatapalmariset

planm_,'is,PPPP),播撒性包括:播散浅表性光化性汗

孔角化症161(disseminatedsuperticialactinicformofporokeratosis,DSAP)、掌跖合并播散性汗孔角化症171(porokeratosispalmarisplantariset

disseminated,PPPD)。近年来随着移

植手术广泛地开展,接受器官移植手术、免疫抑制剂治疗及HIV感染的患者可伴发pKIs・9’101。汗孔角化症的各种变异型有不同的临床表现、病因及发病机制,但各型的病理表现却基本相同。光镜下,皮损中央有一个高出表皮、角化异常、叠瓦状角化不全柱,此为本病最有特征的组织象,其下方颗粒细胞层减少或消失,棘层细胞角化不良或核周出现空泡【IlJ2】。电镜下,叠瓦状角化不全柱主要由固缩细胞核及由于出现许多部分退化的细胞器而具有高电子致密度的胞质所构成。叠瓦状角化不全柱下的表皮明显水肿,角质形成细胞『日j隙增宽。最显著特点是细胞核周围水肿,出现自噬泡和异型溶酶体累积、外周张力微丝脱位.在表皮的基底细胞层和棘细胞层中见到许多郎格汉斯细胞,